Base-pair frequencies

predominant_types
Base-pair types shown in bold in the published table (most frequent).
covarying_types
Base-pair types marked * in the published table (involved in a covariation).
header_format
legacy = entry not yet revised to the v4 layout (no type / conformation).

870 rows where group_code = "B" and molecule = "23S" sorted by position_1

✎ View and edit SQL

This data as json, CSV (advanced)

Suggested facets: reference_base_pair, CC, CU, GG, UC

conformation 9

strength 5

molecule 1

  • 23S · 870 ✖

header_format 1

group_code 1

Link rowid molecule helix_number position_1 ▼ position_2 pair_note header_format reference_base_pair conformation ai_code tertiary_type header_extra strength group_code GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq predominant_types covarying_types
3517 3517 23S 1 1 2902   v4 G:C cWW       Strong B 69.9 1.2 3.5 10.4 4.0   2.3         0.6       0.6 7.5 173 GC,UA,AU,GU,AA GC,CG,UA,AU
3524 3524 23S 1 2 2901   v4 G:C cWW       Strong B 63.6 0.6 5.2 23.1 2.9   1.2 0.6       0.6     1.2   1.2 173 GC,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU
3531 3531 23S 1 3 2900   v4 U:A cWW       Strong B 6.9 4.6 69.9 4.0 1.2 1.7       1.7   5.2       2.9 1.8 173 GC,CG,UA,AU,CU,UU GC,UA,CU
3538 3538 23S 1 4 2899   v4 U:A cWW       Strong B 1.2 42.8 49.1 2.3   1.2 1.2   0.6 0.6             1.2 173 CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
3545 3545 23S 1 5 2898   v4 A:U cWW       Strong B   0.6   98.9                         0.6 174 AU CG,AU
3552 3552 23S 1 6 2897   v4 A:U cWW       Strong B 0.6     98.9 0.6                         174 AU GC,AU
3559 3559 23S 1 7 2896   v4 G:C cWW       Strong B 95.5   0.6 3.4             0.6             177 GC,AU GC,UA,AU
3566 3566 23S 1 8 2895   v4 C:G cWW       Weak B 3.4 33.3 33.9 1.1   27.7               0.6       177 GC,CG,UA,UG GC,CG,UA,AU
3573 3573 23S 2 15 525   v4 G:U cWW       Strong B 1.6   0.8   97.6                         247 GU UA,GU
3580 3580 23S 2 16 524   v4 C:G cWW       Strong B 42.3 14.6 8.5 28.0 6.5                         246 GC,CG,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU
3587 3587 23S 2 17 523   v4 G:C cWW       Strong B 96.8       3.2                         250 GC,GU  
3594 3594 23S 2 18 522   v4 U:A cWW       Strong B   81.2 17.2     1.2 0.4                     250 CG,UA CG,UA
3601 3601 23S 2 19 521   v4 A:U cWW       Strong B 8.8 3.2 22.7 33.1 30.3                     2.0   251 GC,CG,UA,AU,GU,UU GC,CG,UA,AU
3608 3608 23S 2 20 520   v4 C:G cWW       Strong B 2.0 45.0 25.9 22.7   2.0       1.2           0.8 0.4 251 GC,CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU
3615 3615 23S 2 21 519   v4 A:U cWW       Strong B 8.8 2.0 6.4 58.6 1.2 21.5     0.8             0.8   251 GC,CG,UA,AU,UG GC,AU,UG
3622 3622 23S 2 22 518   v4 C:G cWW       Strong B 0.8 43.6 32.4 3.2   18.8         0.8           0.4 250 CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU
3629 3629 23S 2 23 517   v4 G:C cWW       Strong B 99.6     0.4                           251 GC GC,AU
3636 3636 23S 2 24 516   v4 G:C cWW       Strong B 98.4     1.6                           250 GC GC,AU
3643 3643 23S 2 30 510   v4 G:C cWW   3°: base pair   Strong B 97.6       1.2   1.2                     250 GC GC,AA
3650 3650 23S 3 31 474   v4 C:G cWW       Strong B   98.4 1.2                 0.4           249 CG CG,UA
3657 3657 23S 3 32 473   v4 C:G cWW       Strong B   99.6                 0.4             251 CG  
3664 3664 23S 4 35 445   v4 G:C cWW       Strong B 100.0                                 251 GC  
3671 3671 23S 4 36 444   v4 G:C cWW       Strong B 94.8 1.2   2.4       1.2     0.4             251 GC,AU GC,CG,AU
3678 3678 23S 4 37 442   v4 C:G cWW       Strong B 1.2 94.8 0.4 2.4   0.8               0.4       250 CG,AU GC,CG,UA,AU
3685 3685 23S 4 38 441   v4 A:U cWW       Strong B 16.0   4.4 79.6                           250 GC,UA,AU GC,UA,AU
3692 3692 23S 4 39 440   v4 G:C cWW       Strong B 16.8 40.8 28.4 13.2   0.4   0.4                   250 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
3699 3699 23S 4 40 439   v4 U:A cWW       Strong B 3.2 22.2 70.2 4.0                   0.4       248 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
3706 3706 23S 4 41 438   v4 C:G cWW       Strong B 30.8 25.2 4.4 39.2                         0.4 250 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
3713 3713 23S 4 42 437   v4 A:U cWW       Strong B 34.0   2.4 63.2 0.4                         250 GC,UA,AU GC,UA,AU
3720 3720 23S 4 43 436   v4 G:C cWW       Strong B 58.0 27.2 1.6 4.4     6.4   1.6               0.8 250 GC,CG,AU,AA GC,CG,AA
3727 3727 23S 4 44 434   v4 A:U cWW       Strong B 0.4     99.6                           249 AU GC,AU
3734 3734 23S 4 45 433   v4 G:C cWW       Strong B 97.2 0.4   2.4                           249 GC,AU GC,CG,AU
3741 3741 23S 4.1 46 179   v4 G:C cWW       Strong B 63.6 32.4 2.8                     0.8     0.4 250 GC,CG,UA GC,CG,UA
3748 3748 23S 4.1 47 178   v4 C:G cWW       Strong B   98.8       1.2                       249 CG  
3755 3755 23S 5 53 117   v4 A:G tHS   3°: base pair   Significant B                 100.0                 252 AG  
3762 3762 23S 5 54 116   v4 G:C cWW       Strong B 95.7     4.0 0.4                         253 GC,AU GC,AU
3769 3769 23S 5 55 115   v4 G:C cWW       Strong B 99.6       0.4                         252 GC  
3776 3776 23S 5 56 114   v4 A:U cWW       Strong B 3.2   2.4 93.7 0.4     0.4                   253 GC,UA,AU GC,UA,AU
3783 3783 23S 6 57 70   v4 C:G cWW       Strong B   86.9 12.7     0.4                       252 CG,UA CG,UA
3790 3790 23S 6 58 69   v4 G:C cWW       Strong B 100.0                                 252 GC  
3797 3797 23S 6 59 68   v4 U:G cWW       Strong B 13.4 27.2 11.0     48.4                       254 GC,CG,UA,UG GC,UG
3804 3804 23S 6.1 61 93   v4 C:G cWW   3°: pseudoknot   Strong B 32.7 18.5 14.2 25.2   0.4   9.1                   254 GC,CG,UA,AU,AC GC,CG,UA,AU
3811 3811 23S 6.1 62 92   v4   cWW   3°: pseudoknot   Strong B 8.9 26.8 31.1 1.6 0.4 0.8 6.6   1.9 0.4     1.6     19.5 0.4 257 GC,CG,UA,AA,UU GC,CG,UA,AU
3818 3818 23S 6.1 64 90   v4 A:U cWW   3°: pseudoknot   Significant B 22.6 8.2 0.8 35.4   0.4 32.3             0.4       257 GC,CG,AU,AA GC,CG,UA,AU
3825 3825 23S 6.1 65 89   v4 U:A cWW   3°: pseudoknot   Strong B 15.6 39.7 11.3 24.1 8.2                 0.8   0.4   257 GC,CG,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU
3832 3832 23S 6.1 66 88   v4 C:G cWW   3°: pseudoknot   Weak B   94.6 1.6     2.3 0.4   0.4         0.8       257 CG,UG CG,UA
3839 3839 23S 6.2 67 74   v4 U:A cWH   3°: pseudoknot   Strong B 2.7 2.7 71.9 10.5 6.6         0.4     0.4   0.4 3.9 0.4 256 GC,CG,UA,AU,GU,UU GC,CG,UA,AU
3846 3846 23S 7 76 110   v4 C:G cWW       Strong B 0.8 96.5 0.4 0.4   0.8       0.4       0.4 0.4     258 CG GC,CG,UA,AU
3853 3853 23S 7 77 109   v4 G:C cWW       Strong B 9.7 24.0 65.1 0.8     0.4                     258 GC,CG,UA GC,CG,UA,AU
3860 3860 23S 7 78 108   v4 U:G cWW       Strong B 6.6 17.8 19.4 15.5 2.3 37.6       0.4   0.4           258 GC,CG,UA,AU,GU,UG GC,AU,UG,CA
3867 3867 23S 7 79 107   v4 C:G cWW       Strong B 9.3 72.1 12.4 1.9   3.9               0.4       258 GC,CG,UA,UG GC,CG,UA,AU
3874 3874 23S 7 80 106   v4 G:C cWW       Strong B 99.6       0.4                         258 GC  
3881 3881 23S 7 81 105   v4 G:C cWW       Strong B 90.3 1.6 1.9 4.3 0.4 0.4   1.2                   257 GC,AU GC,CG,UA,AU
3888 3888 23S 7 82 104   v4 U:A tSH       Strong B   0.4 8.1   60.9 2.7   0.4     17.1   2.3 1.9 5.8   0.4 258 UA,GU,UG,CC,GA,UC UA,GU,CC
3895 3895 23S 7 85 97   v4 G:C cWW       Strong B 96.5   0.8 1.2 1.6                         257 GC GC,UA,AU
3902 3902 23S 7 86 96   v4 G:C cWW       Strong B 12.1 72.8 7.0 3.9 0.4 3.9                       257 GC,CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU
3909 3909 23S 7 87 95   v4 U:A cWW       Strong B 2.7 16.3 74.3 2.7   0.8   1.2   0.4 0.4 0.4     0.4   0.4 257 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
3916 3916 23S 8 121 130   v4 G:C cWW       Strong B 94.7     0.4 3.0     0.8                 1.2 264 GC,GU GC,AU
3923 3923 23S 8 122 129   v4 G:C cWW       Strong B 97.4     1.9 0.4                       0.4 265 GC GC,AU
3930 3930 23S 8 123 128   v4 G:C cWW       Strong B 97.0     2.3 0.4                       0.4 264 GC,AU GC,AU
3937 3937 23S 9 131 148   v4 A:U cWW       Strong B 33.0 1.1 0.7 62.9 0.4                       1.9 267 GC,AU GC,CG,UA,AU
3944 3944 23S 9 132 147   v4 G:C cWW       Strong B 25.5 33.7 0.7 17.2 21.0               0.4       1.5 267 GC,CG,AU,GU GC,CG,UA,AU
3951 3951 23S 9 133 146   v4 U:A cWW       Strong B 0.4 50.9 41.6 2.6   1.1     0.4       0.4 1.1     1.5 267 CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
3958 3958 23S 9 134 145   v4 G:C cWW       Strong B 14.6 12.3 18.7 50.0   0.4   0.4 0.4   0.4           3.0 268 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
3965 3965 23S 9 135 144   v4 U:A cWW       Strong B 35.4 25.4 22.4 9.3 1.5 1.1   0.4                 4.5 268 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
3972 3972 23S 9 136 143   v4 G:C cWW       Strong B 28.0 8.2 9.7 29.5 0.7 2.6 3.4                   17.9 268 GC,CG,UA,AU,UG,AA GC,CG,UA,AU
3979 3979 23S 9 137 142   v4 U:A cWW       Strong B 6.0 22.4 19.8 13.8 0.7 8.2               6.0     23.2 268 GC,CG,UA,AU,UG,GG GC,CG,UA,AU
3986 3986 23S 10 150 176   v4 U:A cWW       Strong B   21.9 75.6 0.4   1.1 0.4           0.4       0.4 270 CG,UA CG,UA,AU
3993 3993 23S 10 151 175   v4 C:G cWW       Strong B 4.4 64.1 27.8 1.1   1.9       0.4             0.4 270 GC,CG,UA GC,CG,UA,AU
4000 4000 23S 10 152 174   v4 A:U cWW       Strong B 12.6 37.0 10.4 27.0 6.3 0.4 0.7         0.4 0.4 0.4   3.0 1.5 270 GC,CG,UA,AU,GU,UU GC,CG,UA,AU
4007 4007 23S 10 153 173   v4 U:A cWW       Strong B 4.4 15.9 39.6 24.8 5.2 0.7 0.7         0.4       1.9 6.3 270 GC,CG,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU
4014 4014 23S 10 154 172   v4 U:A cWW       Strong B 3.7 15.2 35.2 29.3 1.9 4.4           0.7     0.4 1.1 8.2 270 GC,CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU
4021 4021 23S 10 155 171   v4 A:U cWW       Strong B 10.7 14.4 23.0 39.3 0.7 3.3                   0.4 8.2 270 GC,CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU
4028 4028 23S 10 156 170   v4 A:U cWW       Strong B 22.6 13.3 16.3 27.0 4.1 7.4 0.4   0.4             0.4 8.2 270 GC,CG,UA,AU,GU,UG GC,CG,UA,AU
4035 4035 23S 10 157 169   v4 C:G cWW       Strong B 15.6 61.9 3.7 3.0 0.4 7.4         0.4           7.8 270 GC,CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU
4042 4042 23S 10 158 168   v4 U:G cWW       Weak B   2.2 0.4     87.0       0.4       0.4     9.7 270 CG,UG UG,CA
4049 4049 23S 11 183 214   v4 C:G cWW       Strong B   99.3                     0.4 0.4       270 CG CG,GA
4056 4056 23S 11 184 212   v4 C:G cWW       Strong B 22.6 71.5 0.7   4.1 1.1                       270 GC,CG,GU GC,CG,UA
4063 4063 23S 11 185 211   v4 G:C cWW       Strong B 15.6 50.0 24.8 7.4 1.1 0.7                 0.4     270 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
4070 4070 23S 11 186 210   v4 G:C cWW       Strong B 71.1   4.4 21.1 3.3                         270 GC,UA,AU,GU GC,UA,AU
4077 4077 23S 11 187 209   v4 G:C cWW       Strong B 79.2 19.7     0.4 0.4     0.4                 269 GC,CG GC,CG
4084 4084 23S 11 188 208   v4 G:C cWW       Strong B 49.4 4.1 17.7 0.4   12.9   8.9   4.8 0.7           1.1 271 GC,CG,UA,UG,AC,CA GC,CG,UA,AU
4091 4091 23S 11 194 201   v4 G:C cWW       Strong B 99.3     0.7                           271 GC GC,AU
4098 4098 23S 11 195 200   v4 A:U tSH       Strong B       100.0                           271 AU  
4105 4105 23S 12 224 231   v4 U:A cWW       Strong B 27.4   59.9 12.6                           277 GC,UA,AU GC,UA,AU
4112 4112 23S 12 225 230   v4 C:G cWW       Strong B   85.9 2.2 11.2         0.7                 276 CG,UA,AU CG,UA,AU
4119 4119 23S 12.1 234 430   v4 U:A tWW       Strong B   8.3 91.3                           0.4 276 CG,UA CG,UA
4126 4126 23S 13 235 262   v4 U:A cWW       Strong B 0.7   98.9         0.4                   274 UA GC,UA
4133 4133 23S 13 236 261   v4 C:G cWW       Strong B 4.0 81.2 12.3 0.4             0.4 0.4         1.4 276 GC,CG,UA GC,CG,UA,AU
4140 4140 23S 13 237 260   v4 C:G cWW       Strong B   94.9       4.7                     0.4 274 CG,UG  
4147 4147 23S 13 238 259   v4 C:G cWW       Strong B 28.3 67.0     3.3                       1.5 276 GC,CG,GU GC,CG
4154 4154 23S 13 239 258   v4 C:G cWW       Significant B 5.1 14.9 15.6 8.7 0.7 46.7         0.7       7.2   0.4 276 GC,CG,UA,AU,UG,UC GC,AU,UG
4161 4161 23S 13 245 253   v4 G:C cWW       Strong B 98.9             0.4           0.4 0.4     277 GC  
4168 4168 23S 13 246 252   v4 C:G cWW       Strong B   63.9 0.4 0.4   34.7         0.4           0.4 277 CG,UG CG,UA,AU
4175 4175 23S 14 265 427   v4 A:U tSS       Strong B       97.5 0.7   1.8                     277 AU  
4182 4182 23S 14 266 426   v4 G:C cWW       Strong B 100.0                                 276 GC  
4189 4189 23S 14 267 425   v4 C:G cWW       Strong B 23.2 67.4 2.2 6.9 0.4                         276 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
4196 4196 23S 14 268 424   v4 C:G cWW       Strong B 6.9 93.1                               277 GC,CG GC,CG
4203 4203 23S 16 271 366   v4 G:C cWW       Strong B 27.4 39.7 4.3 3.6 0.4 1.1 0.4           0.7 1.1 0.4   21.1 277 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
4210 4210 23S 16 272 365   v4 A:U cWW       Strong B 6.1 7.6 18.1 42.2 5.4 1.1     0.4     0.7   0.4 0.7   17.3 277 GC,CG,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU

Next page

Advanced export

JSON shape: default, array, newline-delimited

CSV options: 

CREATE TABLE "basepair_frequency" (
   "molecule" TEXT,
   "helix_number" TEXT,
   "position_1" INTEGER,
   "position_2" INTEGER,
   "pair_note" TEXT,
   "header_format" TEXT,
   "reference_base_pair" TEXT,
   "conformation" TEXT,
   "ai_code" TEXT,
   "tertiary_type" TEXT,
   "header_extra" TEXT,
   "strength" TEXT,
   "group_code" TEXT,
   "GC" REAL,
   "CG" REAL,
   "UA" REAL,
   "AU" REAL,
   "GU" REAL,
   "UG" REAL,
   "AA" REAL,
   "AC" REAL,
   "AG" REAL,
   "CA" REAL,
   "CC" REAL,
   "CU" REAL,
   "GA" REAL,
   "GG" REAL,
   "UC" REAL,
   "UU" REAL,
   "gap" REAL,
   "Seq" INTEGER,
   "predominant_types" TEXT,
   "covarying_types" TEXT
);
CREATE INDEX "idx_basepair_frequency_molecule_position_1_position_2"
    ON "basepair_frequency" ("molecule", "position_1", "position_2");