Base-pair frequencies

predominant_types
Base-pair types shown in bold in the published table (most frequent).
covarying_types
Base-pair types marked * in the published table (involved in a covariation).
header_format
legacy = entry not yet revised to the v4 layout (no type / conformation).

1,390 rows where group_code = "B" sorted by position_1

✎ View and edit SQL

This data as json, CSV (advanced)

Suggested facets: reference_base_pair, CC

conformation 12

strength 5

molecule 3

header_format 2

group_code 1

  • B · 1,390 ✖
Link rowid molecule helix_number position_1 ▼ position_2 pair_note header_format reference_base_pair conformation ai_code tertiary_type header_extra strength group_code GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq predominant_types covarying_types
2 2 5S 1 1 119   v4 U:A cWW       Strong B 18.8   35.4 9.7 0.7 5.6 1.4 2.1 1.4 1.4 0.7 0.7     1.4 11.8 9.0 144 GC,UA,AU,UG,AC,UU GC,UA,AU
3517 3517 23S 1 1 2902   v4 G:C cWW       Strong B 69.9 1.2 3.5 10.4 4.0   2.3         0.6       0.6 7.5 173 GC,UA,AU,GU,AA GC,CG,UA,AU
6 6 5S 1 2 118   v4 G:C cWW       Strong B 54.8 2.7 10.5 10.0 1.4 4.1 1.4 5.5     0.5 0.5 0.9   1.8 1.8 4.1 219 GC,CG,UA,AU,UG,AC GC,CG,UA,AU
3524 3524 23S 1 2 2901   v4 G:C cWW       Strong B 63.6 0.6 5.2 23.1 2.9   1.2 0.6       0.6     1.2   1.2 173 GC,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU
10 10 5S 1 3 117   v4 C:G cWW       Strong B 2.1 50.9 18.6 1.1   20.7   0.4     0.4 0.7 0.4 0.7 1.4 1.4 1.4 285 GC,CG,UA,UG GC,CG,UA,AU
3531 3531 23S 1 3 2900   v4 U:A cWW       Strong B 6.9 4.6 69.9 4.0 1.2 1.7       1.7   5.2       2.9 1.8 173 GC,CG,UA,AU,CU,UU GC,UA,CU
14 14 5S 1 4 116   v4 C:G cWW       Strong B 2.3 60.9 14.7 1.7 1.0 15.7       0.3 0.7 0.3 0.7   0.3 0.3 1.0 299 GC,CG,UA,UG GC,CG,UA,AU
3538 3538 23S 1 4 2899   v4 U:A cWW       Strong B 1.2 42.8 49.1 2.3   1.2 1.2   0.6 0.6             1.2 173 CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
18 18 5S 1 5 115   v4 U:A cWW       Strong B 3.3 18.4 70.6 0.3   3.0 0.3   2.3 0.3             1.3 299 GC,CG,UA,UG,AG GC,CG,UA,AU
3545 3545 23S 1 5 2898   v4 A:U cWW       Strong B   0.6   98.9                         0.6 174 AU CG,AU
22 22 5S 1 6 114   v4 G:C cWW       Strong B 89.7 1.3 0.3 4.7 1.7 1.0         0.3 0.3         0.7 300 GC,AU GC,CG,UA,AU
3552 3552 23S 1 6 2897   v4 A:U cWW       Strong B 0.6     98.9 0.6                         174 AU GC,AU
26 26 5S 1 7 113   v4 G:C cWW       Strong B 89.4   0.3 7.6 1.3     0.3             0.3   0.7 301 GC,AU GC,UA,AU
3559 3559 23S 1 7 2896   v4 G:C cWW       Strong B 95.5   0.6 3.4             0.6             177 GC,AU GC,UA,AU
30 30 5S 1 8 112   v4 C:G cWW       Strong B 2.0 39.5 1.3 1.3   55.1               0.3     0.3 301 CG,UG GC,AU,UG
3566 3566 23S 1 8 2895   v4 C:G cWW       Weak B 3.4 33.3 33.9 1.1   27.7               0.6       177 GC,CG,UA,UG GC,CG,UA,AU
34 34 5S 1 9 111   v4 G:U cWW       Strong B 63.6 0.7 0.7 3.6 28.8 0.7                     2.0 302 GC,AU,GU GC,CG,UA,AU
171 171 16S 1 9 25   v4 G:C cWW       Strong B 97.2       1.2 0.1   1.2           0.1 0.3   0.1 1946 GC GC,UG
38 38 5S 1 10 110   v4 G:C cWW       Strong B 39.4 4.3 6.6 43.7 2.6 0.7 1.3 0.7 0.3               0.3 302 GC,CG,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU
178 178 16S 1 10 24   v4 A:U cWW       Strong B       96.2 2.8       0.1     0.6       0.1   2016 AU,GU  
185 185 16S 1 11 23   v4 G:C cWW       Strong B 99.1     0.2       0.4                 0.1 2053 GC GC,AU
192 192 16S 1 12 22   v4 U:G cWW       Strong B   0.4       98.6     0.1         0.2 0.1 0.1 0.2 2131 UG  
199 199 16S 1 13 21   v4 U:G No BP       Weak B     0.2     98.9     0.2         0.1   0.1 0.1 2128 UG  
3573 3573 23S 2 15 525   v4 G:U cWW       Strong B 1.6   0.8   97.6                         247 GU UA,GU
42 42 5S 2 16 68   v4 G:C cWW       Strong B 86.4 3.3 5.3 1.0 1.7 1.3   0.3     0.3   0.3         302 GC,CG,UA GC,CG,UA,AU
3580 3580 23S 2 16 524   v4 C:G cWW       Strong B 42.3 14.6 8.5 28.0 6.5                         246 GC,CG,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU
46 46 5S 2 17 67   v4 C:G cWW       Strong B 2.0 75.5 3.0 5.3   5.6 0.3     6.6             1.7 302 CG,UA,AU,UG,CA GC,CG,UA,AU
206 206 16S 2 17 918   v4 U:A cWW   3°: pseudoknot   Strong B     99.1     0.1             0.1     0.2 0.2 2163 UA  
3587 3587 23S 2 17 523   v4 G:C cWW       Strong B 96.8       3.2                         250 GC,GU  
50 50 5S 2 18 65   v4 G:U cWW       Strong B 54.6 2.0 4.0 16.9 20.2   0.3 1.0     0.3 0.3 0.3         302 GC,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU
213 213 16S 2 18 917   v4 C:G cWW   3°: pseudoknot   Strong B   95.2 3.0     0.7     0.2 0.5   0.1         0.1 2163 CG,UA CG,UA
3594 3594 23S 2 18 522   v4 U:A cWW       Strong B   81.2 17.2     1.2 0.4                     250 CG,UA CG,UA
54 54 5S 2 19 64   v4 C:G cWW       Strong B 22.8 14.9 26.2 31.1 2.0 0.7 0.3 0.3   0.3     0.3 0.3 0.3 0.3   302 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
220 220 16S 2 19 916   v4 A:U cWW   3°: pseudoknot   Strong B   79.9 0.3 13.9   0.4     1.7 0.2 0.1 3.2   0.1     0.2 2190 CG,AU,CU CG,UA,AU
3601 3601 23S 2 19 521   v4 A:U cWW       Strong B 8.8 3.2 22.7 33.1 30.3                     2.0   251 GC,CG,UA,AU,GU,UU GC,CG,UA,AU
58 58 5S 2 20 63   v4 G:C cWW       Strong B 30.1 8.9 23.8 29.8 3.3 0.7                 0.7 2.6   302 GC,CG,UA,AU,GU,UU GC,CG,UA,AU
3608 3608 23S 2 20 520   v4 C:G cWW       Strong B 2.0 45.0 25.9 22.7   2.0       1.2           0.8 0.4 251 GC,CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU
62 62 5S 2 21 62   v4 G:C cWW       Strong B 57.6 4.3 14.6 15.9 3.6 1.7   0.3 0.3       0.3     1.3   302 GC,CG,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU
3615 3615 23S 2 21 519   v4 A:U cWW       Strong B 8.8 2.0 6.4 58.6 1.2 21.5     0.8             0.8   251 GC,CG,UA,AU,UG GC,AU,UG
66 66 5S 2 22 61   v4 U:G cWW       Strong B 29.1 5.3 11.6 22.5 1.0 29.8                   0.7   302 GC,CG,UA,AU,UG GC,AU,UG
3622 3622 23S 2 22 518   v4 C:G cWW       Strong B 0.8 43.6 32.4 3.2   18.8         0.8           0.4 250 CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU
70 70 5S 2 23 60   v4 G:C cWW       Strong B 82.1 1.7   3.0 0.3 0.3   0.3         4.3 1.0 4.7 2.0 0.3 301 GC,AU,GA,UC GC,CG,AU
3629 3629 23S 2 23 517   v4 G:C cWW       Strong B 99.6     0.4                           251 GC GC,AU
3636 3636 23S 2 24 516   v4 G:C cWW       Strong B 98.4     1.6                           250 GC GC,AU
227 227 16S 3 27 556   v4 G:C cWW       Strong B 99.3             0.2     0.1       0.1   0.2 2600 GC  
74 74 5S 2 28 56   v4 C:G cWW       Strong B   46.0   4.3 0.3           1.0 46.0     1.3 1.0   302 CG,AU,CU CG,AU,UC
234 234 16S 3 28 555   v4 A:U cWW       Strong B 51.4 0.2   46.9 1.0     0.1     0.1           0.1 3080 GC,AU GC,CG,AU
78 78 5S 2 29 55   v4 A:U cWW       Strong B 9.6   0.3 89.7 0.3                         302 GC,AU GC,UA,AU
241 241 16S 3 29 554   v4 U:A cWW       Strong B 10.0   21.2 67.7 0.3     0.1       0.2 0.1     0.3   3182 GC,UA,AU GC,UA,AU
82 82 5S 2 30 54   v4 C:G cWW       Strong B   99.3       0.3         0.3             302 CG  
248 248 16S 3 30 553   v4 U:A cWW       Strong B 0.1 50.4 47.0     1.6 0.1   0.1 0.3   0.1 0.1     0.1   3238 CG,UA GC,CG,UA
3643 3643 23S 2 30 510   v4 G:C cWW   3°: base pair   Strong B 97.6       1.2   1.2                     250 GC GC,AA
86 86 5S 2 31 51   v4 C:G cWW       Strong B   88.1 5.0     0.7 1.0     3.6     0.3   1.3     302 CG,UA,CA CG,UA
3650 3650 23S 3 31 474   v4 C:G cWW       Strong B   98.4 1.2                 0.4           249 CG CG,UA
90 90 5S 2 32 50   v4 U:A cWW       Strong B 0.3 57.6 40.1     1.3       0.3 0.3             302 CG,UA GC,CG,UA
255 255 16S 3 32 552   v4 A:U cWW       Strong B     0.2 98.8 0.4   0.1 0.1       0.1       0.2 0.1 3333 AU UA,AU
3657 3657 23S 3 32 473   v4 C:G cWW       Strong B   99.6                 0.4             251 CG  
94 94 5S 2 33 49   v4 G:C cWW       Strong B 81.1 10.6 0.7 6.6 0.3 0.3               0.3       302 GC,CG,AU GC,CG,UA,AU
262 262 16S 3 33 551   v4 A:U cWW       Strong B       99.6 0.2                         3361 AU  
98 98 5S 2 34 48   v4 A:U cWW       Strong B 13.2   32.8 53.6 0.3                         302 GC,UA,AU GC,UA,AU
269 269 16S 3 34 550   v4 C:G cWW       Strong B   98.6 0.3     0.1     0.3   0.1 0.1   0.3     0.2 3444 CG CG,UA
276 276 16S 3 35 549   v4 G:C cWW       Weak B 98.8 0.1     0.1     0.2     0.4       0.1   0.2 3467 GC GC,CG
3664 3664 23S 4 35 445   v4 G:C cWW       Strong B 100.0                                 251 GC  
283 283 16S 3 36 548   v4 C:G cWW       Strong B   96.2 2.4     0.2     0.1 0.2 0.1 0.1   0.3     0.3 3539 CG,UA CG,UA
3671 3671 23S 4 36 444   v4 G:C cWW       Strong B 94.8 1.2   2.4       1.2     0.4             251 GC,AU GC,CG,AU
290 290 16S 3 37 547   v4 U:A tWS       Weak B     98.7     0.7 0.1     0.2     0.1     0.1 0.1 3570 UA  
3678 3678 23S 4 37 442   v4 C:G cWW       Strong B 1.2 94.8 0.4 2.4   0.8               0.4       250 CG,AU GC,CG,UA,AU
3685 3685 23S 4 38 441   v4 A:U cWW       Strong B 16.0   4.4 79.6                           250 GC,UA,AU GC,UA,AU
297 297 16S 4 39 403   v4 G:C cWW       Weak B 96.4   1.0 0.5 1.0     0.2     0.2   0.1 0.1 0.3   0.1 3830 GC GC,UA,AU
3692 3692 23S 4 39 440   v4 G:C cWW       Strong B 16.8 40.8 28.4 13.2   0.4   0.4                   250 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
304 304 16S 4 40 402   v4 C:G cWW       Strong B   98.5 0.7     0.2     0.2   0.1     0.2       3915 CG CG,UA
3699 3699 23S 4 40 439   v4 U:A cWW       Strong B 3.2 22.2 70.2 4.0                   0.4       248 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
311 311 16S 4 41 401   v4 G:C cWW       Strong B 94.6   2.3 2.1 0.3     0.1     0.1     0.1 0.1   0.3 3896 GC,UA,AU GC,UA,AU
3706 3706 23S 4 41 438   v4 C:G cWW       Strong B 30.8 25.2 4.4 39.2                         0.4 250 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
318 318 16S 4 42 400   v4 G:C cWW       Strong B 96.7     2.4 0.3     0.1     0.2       0.1   0.3 3959 GC,AU GC,AU
3713 3713 23S 4 42 437   v4 A:U cWW       Strong B 34.0   2.4 63.2 0.4                         250 GC,UA,AU GC,UA,AU
325 325 16S 4 43 399   v4 C:G cWW       Strong B 0.8 88.1 7.1 1.2   0.9     0.1 0.4 0.6 0.2   0.3 0.1   0.2 3943 CG,UA GC,CG,UA,AU
3720 3720 23S 4 43 436   v4 G:C cWW       Strong B 58.0 27.2 1.6 4.4     6.4   1.6               0.8 250 GC,CG,AU,AA GC,CG,AA
332 332 16S 4 44 398   v4 A:U cWW       Strong B 53.1 0.1   44.4 0.4   1.2 0.3                 0.2 4002 GC,AU GC,CG,AU
3727 3727 23S 4 44 434   v4 A:U cWW       Strong B 0.4     99.6                           249 AU GC,AU
339 339 16S 4 45 396   v4 G:C cWW       Strong B 27.0 5.3 37.2 0.8 0.2 25.2       0.1     0.2 0.1 3.6   0.2 3969 GC,CG,UA,UG,UC GC,CG,UA,AU
3734 3734 23S 4 45 433   v4 G:C cWW       Strong B 97.2 0.4   2.4                           249 GC,AU GC,CG,AU
346 346 16S 4 46 395   v4 G:C cWW       Strong B 99.2     0.1       0.1     0.1     0.1 0.1   0.1 4020 GC GC,AU
3741 3741 23S 4.1 46 179   v4 G:C cWW       Strong B 63.6 32.4 2.8                     0.8     0.4 250 GC,CG,UA GC,CG,UA
353 353 16S 5 47 361   v4 C:G cWW   3°: base pair   Strong B   92.6 3.9     0.5             1.6 0.7     0.3 4038 CG,UA CG,UA
3748 3748 23S 4.1 47 178   v4 C:G cWW       Strong B   98.8       1.2                       249 CG  
360 360 16S 5 52 359   v4 C:G cWW       Strong B 2.2 72.8 19.1 3.6 1.0 0.2   0.1 0.2 0.1 0.2 0.2   0.1       4113 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
367 367 16S 5 53 358   v4 A:U cWW       Strong B 3.8 0.1   94.0 1.6     0.1       0.1       0.1 0.1 4095 GC,AU GC,CG,AU
3755 3755 23S 5 53 117   v4 A:G tHS   3°: base pair   Significant B                 100.0                 252 AG  
374 374 16S 5 54 357   v4 C:G cWW       Weak B   99.3 0.4     0.1     0.1                 4138 CG CG,UA
3762 3762 23S 5 54 116   v4 G:C cWW       Strong B 95.7     4.0 0.4                         253 GC,AU GC,AU
3769 3769 23S 5 55 115   v4 G:C cWW       Strong B 99.6       0.4                         252 GC  
381 381 16S 5 56 356   v4 U:A cWW       Weak B     99.8                   0.1     0.1   4124 UA  
3776 3776 23S 5 56 114   v4 A:U cWW       Strong B 3.2   2.4 93.7 0.4     0.4                   253 GC,UA,AU GC,UA,AU
388 388 16S 5 57 355   v4 G:C cWW       Strong B 98.8       0.1     0.3     0.4   0.1 0.1 0.2     4194 GC  
3783 3783 23S 6 57 70   v4 C:G cWW       Strong B   86.9 12.7     0.4                       252 CG,UA CG,UA
395 395 16S 5 58 354   v4 C:G cWW       Weak B   99.3       0.1     0.1 0.1 0.2     0.1     0.1 4221 CG  
3790 3790 23S 6 58 69   v4 G:C cWW       Strong B 100.0                                 252 GC  
3797 3797 23S 6 59 68   v4 U:G cWW       Strong B 13.4 27.2 11.0     48.4                       254 GC,CG,UA,UG GC,UG
402 402 16S 6 61 106   v4 G:C cWW       Strong B 98.5     0.3 0.2     0.1     0.2     0.3     0.3 4392 GC GC,AU

Next page

Advanced export

JSON shape: default, array, newline-delimited

CSV options: 

CREATE TABLE "basepair_frequency" (
   "molecule" TEXT,
   "helix_number" TEXT,
   "position_1" INTEGER,
   "position_2" INTEGER,
   "pair_note" TEXT,
   "header_format" TEXT,
   "reference_base_pair" TEXT,
   "conformation" TEXT,
   "ai_code" TEXT,
   "tertiary_type" TEXT,
   "header_extra" TEXT,
   "strength" TEXT,
   "group_code" TEXT,
   "GC" REAL,
   "CG" REAL,
   "UA" REAL,
   "AU" REAL,
   "GU" REAL,
   "UG" REAL,
   "AA" REAL,
   "AC" REAL,
   "AG" REAL,
   "CA" REAL,
   "CC" REAL,
   "CU" REAL,
   "GA" REAL,
   "GG" REAL,
   "UC" REAL,
   "UU" REAL,
   "gap" REAL,
   "Seq" INTEGER,
   "predominant_types" TEXT,
   "covarying_types" TEXT
);
CREATE INDEX "idx_basepair_frequency_molecule_position_1_position_2"
    ON "basepair_frequency" ("molecule", "position_1", "position_2");