Base-pair frequencies

predominant_types
Base-pair types shown in bold in the published table (most frequent).
covarying_types
Base-pair types marked * in the published table (involved in a covariation).
header_format
legacy = entry not yet revised to the v4 layout (no type / conformation).

6,090 rows where molecule = "23S" sorted by position_1

✎ View and edit SQL

This data as json, CSV (advanced)

Suggested facets: reference_base_pair

conformation 9

group_code 7

  • 3 870
  • A 870
  • B 870
  • C 870
  • E 870
  • M 870
  • T 870

strength 5

tertiary_type 3

molecule 1

  • 23S · 6,090 ✖

header_format 1

  • v4 6,090
Link rowid molecule helix_number position_1 ▼ position_2 pair_note header_format reference_base_pair conformation ai_code tertiary_type header_extra strength group_code GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq predominant_types covarying_types
3515 3515 23S 1 1 2902   v4 G:C cWW       Strong T 40.7 0.9 4.9 10.4 4.3 0.6 1.8 0.3   0.6   0.6     0.3 0.6 33.9 327 GC,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU
3516 3516 23S 1 1 2902   v4 G:C cWW       Strong 3 50.8 1.2 2.4 7.7 3.7   1.6     0.8   0.8       0.4 30.4 246 GC,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU
3517 3517 23S 1 1 2902   v4 G:C cWW       Strong B 69.9 1.2 3.5 10.4 4.0   2.3         0.6       0.6 7.5 173 GC,UA,AU,GU,AA GC,CG,UA,AU
3518 3518 23S 1 1 2902   v4 G:C cWW       Strong A 12.1 3.0   3.0 6.1         6.1   3.0         66.7 33 GC,CG,AU,GU,CA,CU GC,AU,CA
3519 3519 23S 1 1 2902   v4 G:C cWW       Strong C 12.8   2.1 12.8 6.4   2.1                   63.8 47 GC,UA,AU,GU,AA GC,UA,AU
3520 3520 23S 1 1 2902   v4 G:C cWW       Strong E                                 100.0 40    
3521 3521 23S 1 1 2902   v4 G:C cWW       Strong M 5.9   26.5 26.5 5.9 5.9 2.9 2.9             2.9 2.9 17.6 34 GC,UA,AU,GU,UG,AA,AC,UC,UU GC,UA,AU
3522 3522 23S 1 2 2901   v4 G:C cWW       Strong T 36.5 2.8 7.7 17.2 2.5   0.6 0.3 0.3 0.3 0.3 0.6 0.9   1.2 1.5 27.2 326 GC,CG,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU
3523 3523 23S 1 2 2901   v4 G:C cWW       Strong 3 45.9 3.3 3.7 16.3 2.0   0.8 0.4   0.4   0.8     0.8 0.4 25.1 246 GC,CG,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU
3524 3524 23S 1 2 2901   v4 G:C cWW       Strong B 63.6 0.6 5.2 23.1 2.9   1.2 0.6       0.6     1.2   1.2 173 GC,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU
3525 3525 23S 1 2 2901   v4 G:C cWW       Strong A 9.1 21.2               3.0   3.0       3.0 60.6 33 GC,CG,CA,CU,UU GC,CG,UU
3526 3526 23S 1 2 2901   v4 G:C cWW       Strong C 2.2   21.7 17.4 2.2               2.2   4.3 4.3 45.7 46 GC,UA,AU,GU,GA,UC,UU GC,UA,AU
3527 3527 23S 1 2 2901   v4 G:C cWW       Strong E                                 100.0 40    
3528 3528 23S 1 2 2901   v4 G:C cWW       Strong M 14.7 2.9 17.6 23.5 5.9       2.9   2.9   5.9     5.9 17.6 34 GC,CG,UA,AU,GU,AG,CC,GA,UU GC,CG,UA,AU
3529 3529 23S 1 3 2900   v4 U:A cWW       Strong T 4.0 5.8 45.2 8.0 0.6 7.1   0.3   0.9   3.1     0.6 3.1 21.1 325 GC,CG,UA,AU,UG,CU,UU GC,CG,UA,AU
3530 3530 23S 1 3 2900   v4 U:A cWW       Strong 3 5.3 7.3 49.0 2.8 0.8 1.2       1.2   3.6     0.4 3.6 24.6 247 GC,CG,UA,AU,CU,UU GC,CG,UA,AU
3531 3531 23S 1 3 2900   v4 U:A cWW       Strong B 6.9 4.6 69.9 4.0 1.2 1.7       1.7   5.2       2.9 1.8 173 GC,CG,UA,AU,CU,UU GC,UA,CU
3532 3532 23S 1 3 2900   v4 U:A cWW       Strong A 3.0 30.3                         3.0 12.1 51.5 33 GC,CG,UC,UU GC,CG,UU
3533 3533 23S 1 3 2900   v4 U:A cWW       Strong C     40.9 6.8   45.5                   2.3 4.5 44 UA,AU,UG,UU AU,UG
3534 3534 23S 1 3 2900   v4 U:A cWW       Strong E                                 100.0 41    
3535 3535 23S 1 3 2900   v4 U:A cWW       Strong M   2.9 23.5 47.1       2.9       2.9     2.9   17.6 34 CG,UA,AU,AC,CU,UC CG,UA,AU
3536 3536 23S 1 4 2899   v4 U:A cWW       Strong T 3.4 28.6 31.7 7.1 0.6 0.9 1.5   0.3 0.3   6.2 0.3   0.3 0.3 18.4 325 GC,CG,UA,AU,CU GC,CG,UA,AU
3537 3537 23S 1 4 2899   v4 U:A cWW       Strong 3 3.2 30.8 36.4 4.5   0.8 1.2   0.4 0.4         0.4   21.8 247 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
3538 3538 23S 1 4 2899   v4 U:A cWW       Strong B 1.2 42.8 49.1 2.3   1.2 1.2   0.6 0.6             1.2 173 CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
3539 3539 23S 1 4 2899   v4 U:A cWW       Strong A 18.2 6.1 15.2 21.2                     3.0   36.4 33 GC,CG,UA,AU,UC GC,CG,UA,AU
3540 3540 23S 1 4 2899   v4 U:A cWW       Strong C   36.4 6.8 9.1 2.3             45.5           44 CG,UA,AU,GU,CU UA,CU
3541 3541 23S 1 4 2899   v4 U:A cWW       Strong E             2.4                   97.5 41 AA  
3542 3542 23S 1 4 2899   v4 U:A cWW       Strong M 8.8 2.9 29.4 23.5 2.9 2.9 5.9           2.9     2.9 17.6 34 GC,CG,UA,AU,GU,UG,AA,GA,UU GC,CG,UA,AU
3543 3543 23S 1 5 2898   v4 A:U cWW       Strong T 6.1 2.5 2.1 69.9 0.6 0.6 0.3         0.3     0.3 0.6 16.5 326 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
3544 3544 23S 1 5 2898   v4 A:U cWW       Strong 3 6.9 2.0 0.8 70.2 0.4   0.4         0.4         18.9 248 GC,CG,AU GC,CG,UA,AU
3545 3545 23S 1 5 2898   v4 A:U cWW       Strong B   0.6   98.9                         0.6 174 AU CG,AU
3546 3546 23S 1 5 2898   v4 A:U cWW       Strong A 51.5 12.1 6.1 6.1     3.0         3.0         18.2 33 GC,CG,UA,AU,AA,CU GC,CG,UA,AU
3547 3547 23S 1 5 2898   v4 A:U cWW       Strong C   2.3 2.3 95.5                           44 CG,UA,AU CG,UA,AU
3548 3548 23S 1 5 2898   v4 A:U cWW       Strong E         2.4                       97.5 41 GU  
3549 3549 23S 1 5 2898   v4 A:U cWW       Strong M 8.8 5.9 11.8 35.3 2.9 5.9                 2.9 5.9 20.5 34 GC,CG,UA,AU,GU,UG,UC,UU GC,CG,UA,AU
3550 3550 23S 1 6 2897   v4 A:U cWW       Strong T 7.4 0.3 4.6 68.7 0.3   0.9           0.6 0.6   0.6 15.9 326 GC,UA,AU GC,CG,UA,AU
3551 3551 23S 1 6 2897   v4 A:U cWW       Strong 3 8.9 0.4 1.2 69.8 0.4   0.4             0.8     18.1 248 GC,AU GC,CG,UA,AU
3552 3552 23S 1 6 2897   v4 A:U cWW       Strong B 0.6     98.9 0.6                         174 AU GC,AU
3553 3553 23S 1 6 2897   v4 A:U cWW       Strong A 63.6 3.0 9.1 3.0                   6.1     15.2 33 GC,CG,UA,AU,GG GC,CG,UA,AU
3554 3554 23S 1 6 2897   v4 A:U cWW       Strong C     4.5 95.5                           44 UA,AU UA,AU
3555 3555 23S 1 6 2897   v4 A:U cWW       Strong E             2.4                   97.4 41 AA  
3556 3556 23S 1 6 2897   v4 A:U cWW       Strong M 5.9   29.4 26.5     5.9           5.9     5.9 20.5 34 GC,UA,AU,AA,GA,UU GC,UA,AU
3557 3557 23S 1 7 2896   v4 G:C cWW       Strong T 58.1 4.3 2.7 15.2 1.2   0.6 1.5   0.3 0.3   0.6       15.1 329 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
3558 3558 23S 1 7 2896   v4 G:C cWW       Strong 3 72.5 4.8 0.8 2.8 0.8   0.4     0.4 0.4           17.2 251 GC,CG,AU GC,CG,UA,AU
3559 3559 23S 1 7 2896   v4 G:C cWW       Strong B 95.5   0.6 3.4             0.6             177 GC,AU GC,UA,AU
3560 3560 23S 1 7 2896   v4 G:C cWW       Strong A 39.4 36.4 3.0 3.0 6.1         3.0             9.1 33 GC,CG,UA,AU,GU,CA GC,CG,UA,AU
3561 3561 23S 1 7 2896   v4 G:C cWW       Strong C 15.9   4.5 68.2       11.4                   44 GC,UA,AU,AC GC,UA,AU
3562 3562 23S 1 7 2896   v4 G:C cWW       Strong E             2.4                   97.6 41 AA  
3563 3563 23S 1 7 2896   v4 G:C cWW       Strong M 5.9 5.9 14.7 38.2 5.9   2.9           5.9       20.5 34 GC,CG,UA,AU,GU,AA,GA GC,CG,UA,AU
3564 3564 23S 1 8 2895   v4 C:G cWW       Weak T 4.9 21.6 31.6 3.3 0.6 15.5 1.8 0.6   3.0 0.3     0.3   0.6 15.7 329 GC,CG,UA,AU,UG,CA GC,CG,UA,AU
3565 3565 23S 1 8 2895   v4 C:G cWW       Weak 3 5.6 27.1 27.5 1.2   19.9         0.4     0.4     18.0 251 GC,CG,UA,UG GC,CG,UA,AU
3566 3566 23S 1 8 2895   v4 C:G cWW       Weak B 3.4 33.3 33.9 1.1   27.7               0.6       177 GC,CG,UA,UG GC,CG,UA,AU
3567 3567 23S 1 8 2895   v4 C:G cWW       Weak A 24.2 24.2 27.3 3.0   3.0         3.0           15.1 33 GC,CG,UA,AU,UG,CC GC,CG,UA,AU
3568 3568 23S 1 8 2895   v4 C:G cWW       Weak C 2.3 6.8 56.8 2.3   2.3 9.1     20.5               44 GC,CG,UA,AU,UG,AA,CA GC,CG,UA,AU
3569 3569 23S 1 8 2895   v4 C:G cWW       Weak E   2.4                             97.4 41 CG  
3570 3570 23S 1 8 2895   v4 C:G cWW       Weak M 2.9   29.4 20.6 5.9   5.9 5.9   2.9           5.9 20.6 34 GC,UA,AU,GU,AA,AC,CA,UU GC,UA,AU
3571 3571 23S 2 15 525   v4 G:U cWW       Strong T 15.9 12.5 2.4 12.4 41.9 2.5 1.5 1.8 4.8 0.7   1.0 0.3   0.3 0.1 1.7 671 GC,CG,UA,AU,GU,UG,AG CG,UA,GU,AC
3572 3572 23S 2 15 525   v4 G:U cWW       Strong 3 1.3 20.8 1.8 2.0 63.4 4.0   0.5 2.0 1.3   1.8 0.3   0.3 0.3 0.6 399 CG,AU,GU,UG,AG CG,UA,GU,AC
3573 3573 23S 2 15 525   v4 G:U cWW       Strong B 1.6   0.8   97.6                         247 GU UA,GU
3574 3574 23S 2 15 525   v4 G:U cWW       Strong A       16.7 5.6 44.4   5.6 11.1     13.9       2.8   36 AU,GU,UG,AC,AG,CU,UU AU,UG
3575 3575 23S 2 15 525   v4 G:U cWW       Strong C 4.3   6.5 4.3 21.7   2.2 19.6 41.3                 46 GC,UA,AU,GU,AA,AC,AG UA,GU,AG
3576 3576 23S 2 15 525   v4 G:U cWW       Strong E 0.9 71.6 4.3 1.7 8.6       3.4 4.3   1.7 0.9   0.9   1.8 116 CG,UA,GU,AG,CA CG,UA,GU
3577 3577 23S 2 15 525   v4 G:U cWW       Strong M 44.2 0.4 2.7 32.3 8.0 0.4 4.0 0.4 2.2       0.4   0.4   4.4 226 GC,UA,AU,GU,AA,AG GC,CG,UA,AU
3578 3578 23S 2 16 524   v4 C:G cWW       Strong T 20.7 31.4 17.4 15.3 10.1 1.9 0.6 0.1 0.1 0.3 0.3           1.6 672 GC,CG,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU
3579 3579 23S 2 16 524   v4 C:G cWW       Strong 3 32.7 13.1 24.4 17.6 8.5 2.3     0.3 0.5 0.5           0.3 398 GC,CG,UA,AU,GU,UG GC,CG,UA,AU
3580 3580 23S 2 16 524   v4 C:G cWW       Strong B 42.3 14.6 8.5 28.0 6.5                         246 GC,CG,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU
3581 3581 23S 2 16 524   v4 C:G cWW       Strong A 47.2 13.9 2.8   36.1                         36 GC,CG,UA,GU GC,CG,UA
3582 3582 23S 2 16 524   v4 C:G cWW       Strong C 2.2     28.3 67.4   2.2                     46 GC,AU,GU,AA GU,AA
3583 3583 23S 2 16 524   v4 C:G cWW       Strong E 7.8 9.5 64.7 0.9 4.3 7.8     0.9 1.7 1.7           0.9 116 GC,CG,UA,GU,UG GC,CG,UA,AU
3584 3584 23S 2 16 524   v4 C:G cWW       Strong M 3.5 69.7 8.8 8.8 1.3 1.8 1.3 0.4                 4.4 228 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
3585 3585 23S 2 17 523   v4 G:C cWW       Strong T 45.0 11.5 9.6 2.2 3.1 0.1   0.1   0.1 0.3 0.6 0.1     0.1 26.9 676 GC,CG,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU
3586 3586 23S 2 17 523   v4 G:C cWW       Strong 3 60.7 19.2 15.7 0.5 2.2 0.2           1.0         0.4 402 GC,CG,UA,GU GC,CG,UA,AU
3587 3587 23S 2 17 523   v4 G:C cWW       Strong B 96.8       3.2                         250 GC,GU  
3588 3588 23S 2 17 523   v4 G:C cWW       Strong A 5.6 94.4                               36 GC,CG GC,CG
3589 3589 23S 2 17 523   v4 G:C cWW       Strong C 91.3     2.2 2.2           4.3             46 GC,AU,GU,CC GC,AU
3590 3590 23S 2 17 523   v4 G:C cWW       Strong E   37.1 54.3 1.7 0.9 0.9           3.4         1.8 116 CG,UA,CU CG,UA,AU
3591 3591 23S 2 17 523   v4 G:C cWW       Strong M 7.9 0.4 0.9 5.3 4.8     0.4   0.4     0.4     0.4 79.0 228 GC,AU,GU GC,CG,UA,AU
3592 3592 23S 2 18 522   v4 U:A cWW       Strong T 2.4 44.5 20.0 1.9   2.2 0.3   0.1     0.1 0.1 0.6   0.4 27.3 676 GC,CG,UA,UG GC,CG,UA,AU
3593 3593 23S 2 18 522   v4 U:A cWW       Strong 3 2.7 60.7 30.1 0.5   3.7 0.2   0.2     0.2 0.2 0.2   0.7 0.2 402 GC,CG,UA,UG GC,CG,UA,AU
3594 3594 23S 2 18 522   v4 U:A cWW       Strong B   81.2 17.2     1.2 0.4                     250 CG,UA CG,UA
3595 3595 23S 2 18 522   v4 U:A cWW       Strong A   94.4 5.6                             36 CG,UA CG,UA
3596 3596 23S 2 18 522   v4 U:A cWW       Strong C 4.3 84.8 4.3 2.2                   4.3       46 GC,CG,UA,AU,GG GC,CG,UA,AU
3597 3597 23S 2 18 522   v4 U:A cWW       Strong E 9.5 6.0 65.5 1.7   10.3     0.9     0.9 0.9 0.9   2.6 0.9 116 GC,CG,UA,UG,UU GC,CG,UA,AU
3598 3598 23S 2 18 522   v4 U:A cWW       Strong M 1.3 7.9 5.3 4.4     0.4             0.4     80.2 228 CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
3599 3599 23S 2 19 521   v4 A:U cWW       Strong T 6.2 10.5 19.5 20.8 12.9 0.1 0.6       0.1     0.3   1.6 27.3 677 GC,CG,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU
3600 3600 23S 2 19 521   v4 A:U cWW       Strong 3 9.2 15.6 23.3 28.0 19.6 0.2 1.0       0.2     0.5   2.0 0.2 403 GC,CG,UA,AU,GU,UU GC,CG,UA,AU
3601 3601 23S 2 19 521   v4 A:U cWW       Strong B 8.8 3.2 22.7 33.1 30.3                     2.0   251 GC,CG,UA,AU,GU,UU GC,CG,UA,AU
3602 3602 23S 2 19 521   v4 A:U cWW       Strong A 38.9   2.8 47.2 2.8                     8.3   36 GC,UA,AU,GU,UU GC,UA,AU
3603 3603 23S 2 19 521   v4 A:U cWW       Strong C 8.7   63.0 10.9 15.2                     2.2   46 GC,UA,AU,GU,UU UA,GU
3604 3604 23S 2 19 521   v4 A:U cWW       Strong E 0.9 47.4 31.0 11.2 1.7 0.9 3.4       0.9     1.7     0.9 116 CG,UA,AU,AA GC,CG,UA,AU
3605 3605 23S 2 19 521   v4 A:U cWW       Strong M 0.4 3.5 3.9 10.1 0.4                     0.9 80.7 228 CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
3606 3606 23S 2 20 520   v4 C:G cWW       Strong T 4.1 22.3 19.8 21.3 1.0 2.2 0.3 0.1   0.4         0.1 0.6 27.5 677 GC,CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU
3607 3607 23S 2 20 520   v4 C:G cWW       Strong 3 6.9 36.2 17.4 32.8 1.5 2.5   0.2   0.7         0.2 1.0 0.4 403 GC,CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU
3608 3608 23S 2 20 520   v4 C:G cWW       Strong B 2.0 45.0 25.9 22.7   2.0       1.2           0.8 0.4 251 GC,CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU
3609 3609 23S 2 20 520   v4 C:G cWW       Strong A 16.7 47.2 5.6 8.3 13.9 8.3                       36 GC,CG,UA,AU,GU,UG GC,CG,UA,AU
3610 3610 23S 2 20 520   v4 C:G cWW       Strong C     84.8     10.9 4.3                     46 UA,UG,AA  
3611 3611 23S 2 20 520   v4 C:G cWW       Strong E 14.7 13.8 2.6 62.1 0.9 1.7   0.9             0.9 1.7 0.9 116 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
3612 3612 23S 2 20 520   v4 C:G cWW       Strong M   2.2 11.0 5.3 0.4                       81.1 228 CG,UA,AU CG,UA,AU
3613 3613 23S 2 21 519   v4 A:U cWW       Strong T 8.9 6.4 5.3 35.9 5.2 9.0     0.4     0.3       0.9 27.7 677 GC,CG,UA,AU,GU,UG GC,AU,UG
3614 3614 23S 2 21 519   v4 A:U cWW       Strong 3 14.6 9.9 5.7 46.4 7.9 13.4     0.5     0.5       0.7 0.2 403 GC,CG,UA,AU,GU,UG GC,AU,UG

Next page

Advanced export

JSON shape: default, array, newline-delimited

CSV options: 

CREATE TABLE "basepair_frequency" (
   "molecule" TEXT,
   "helix_number" TEXT,
   "position_1" INTEGER,
   "position_2" INTEGER,
   "pair_note" TEXT,
   "header_format" TEXT,
   "reference_base_pair" TEXT,
   "conformation" TEXT,
   "ai_code" TEXT,
   "tertiary_type" TEXT,
   "header_extra" TEXT,
   "strength" TEXT,
   "group_code" TEXT,
   "GC" REAL,
   "CG" REAL,
   "UA" REAL,
   "AU" REAL,
   "GU" REAL,
   "UG" REAL,
   "AA" REAL,
   "AC" REAL,
   "AG" REAL,
   "CA" REAL,
   "CC" REAL,
   "CU" REAL,
   "GA" REAL,
   "GG" REAL,
   "UC" REAL,
   "UU" REAL,
   "gap" REAL,
   "Seq" INTEGER,
   "predominant_types" TEXT,
   "covarying_types" TEXT
);
CREATE INDEX "idx_basepair_frequency_molecule_position_1_position_2"
    ON "basepair_frequency" ("molecule", "position_1", "position_2");