Base-pair frequencies

predominant_types
Base-pair types shown in bold in the published table (most frequent).
covarying_types
Base-pair types marked * in the published table (involved in a covariation).
header_format
legacy = entry not yet revised to the v4 layout (no type / conformation).

329 rows where molecule = "16S" and strength = "Weak" sorted by position_1

✎ View and edit SQL

This data as json, CSV (advanced)

Suggested facets: helix_number, reference_base_pair, AC, AG, CC, CU, UC

group_code 7

  • 3 47
  • A 47
  • B 47
  • C 47
  • E 47
  • M 47
  • T 47

conformation 4

tertiary_type 2

strength 1

  • Weak · 329 ✖

molecule 1

  • 16S · 329 ✖

header_format 1

Link rowid molecule helix_number position_1 ▼ position_2 pair_note header_format reference_base_pair conformation ai_code tertiary_type header_extra strength group_code GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq predominant_types covarying_types
197 197 16S 1 13 21   v4 U:G No BP       Weak T   0.1 8.8 0.1   88.5 0.1   1.5 0.1     0.1 0.1   0.3 0.5 3890 UA,UG UG,AA
198 198 16S 1 13 21   v4 U:G No BP       Weak 3   0.1 0.2     99.0     0.1         0.1   0.1 0.4 3097 UG  
199 199 16S 1 13 21   v4 U:G No BP       Weak B     0.2     98.9     0.2         0.1   0.1 0.1 2128 UG  
200 200 16S 1 13 21   v4 U:G No BP       Weak A           100.0                       154 UG  
201 201 16S 1 13 21   v4 U:G No BP       Weak C     0.8     94.4                   4.8   126 UG,UU  
202 202 16S 1 13 21   v4 U:G No BP       Weak E   0.1 0.1     98.9                     0.8 815 UG  
203 203 16S 1 13 21   v4 U:G No BP       Weak M     50.2 0.1   38.6 0.4   8.1 0.7     0.4 0.1   0.6 0.6 669 UA,UG,AG UA,AG
274 274 16S 3 35 549   v4 G:C cWW       Weak T 82.3 0.1 0.3 4.1 10.8     1.2   0.1 0.3   0.1   0.2 0.1 0.3 5420 GC,AU,GU GC,CG,UA,AU
275 275 16S 3 35 549   v4 G:C cWW       Weak 3 93.4 0.1     5.3     0.2     0.3   0.1   0.2   0.4 4555 GC,GU GC,CG
276 276 16S 3 35 549   v4 G:C cWW       Weak B 98.8 0.1     0.1     0.2     0.4       0.1   0.2 3467 GC GC,CG
277 277 16S 3 35 549   v4 G:C cWW       Weak A 3.8 1.1     94.0             0.5         0.5 184 GC,GU CG,GU
278 278 16S 3 35 549   v4 G:C cWW       Weak C 86.8       13.2                         136 GC,GU  
279 279 16S 3 35 549   v4 G:C cWW       Weak E 90.8     0.1 7.1           0.1   0.2   0.3 0.2 1.1 904 GC,GU GC,UU
280 280 16S 3 35 549   v4 G:C cWW       Weak M 12.1 0.4 1.8 31.0 44.2   0.3 8.2   0.4 0.1     0.1 0.5 0.5 0.3 733 GC,AU,GU,AC CG,UA,GU,AC
288 288 16S 3 37 547   v4 U:A tWS       Weak T     97.5 0.1   0.7 0.2     0.9     0.2   0.1 0.1 0.3 5551 UA UA,AU
289 289 16S 3 37 547   v4 U:A tWS       Weak 3     98.6     0.7 0.1     0.2     0.1     0.1 0.2 4665 UA  
290 290 16S 3 37 547   v4 U:A tWS       Weak B     98.7     0.7 0.1     0.2     0.1     0.1 0.1 3570 UA  
291 291 16S 3 37 547   v4 U:A tWS       Weak A     100.0                             183 UA  
292 292 16S 3 37 547   v4 U:A tWS       Weak C     96.7       1.3     0.7     0.7       0.7 152 UA  
293 293 16S 3 37 547   v4 U:A tWS       Weak E     98.0     0.8       0.1         0.1 0.1 0.9 912 UA  
294 294 16S 3 37 547   v4 U:A tWS       Weak M 0.1 0.1 90.8 0.5   0.5 0.5   0.3 5.3   0.1 0.5   0.1 0.4 0.5 738 UA,CA GC,CG,UA,AU
295 295 16S 4 39 403   v4 G:C cWW       Weak T 67.3 0.2 13.1 1.2 1.0 0.2 0.3 0.3   0.6 0.3 0.1 14.2 0.1 0.3 0.6 0.5 5839 GC,UA,GA GC,CG,UA,AU
296 296 16S 4 39 403   v4 G:C cWW       Weak 3 75.2   5.4 0.4 1.1   0.1 0.2     0.2   16.7 0.1 0.3   0.3 4942 GC,UA,GA GC,UA,AU
297 297 16S 4 39 403   v4 G:C cWW       Weak B 96.4   1.0 0.5 1.0     0.2     0.2   0.1 0.1 0.3   0.1 3830 GC GC,UA,AU
298 298 16S 4 39 403   v4 G:C cWW       Weak A     99.0     1.0                       193 UA  
299 299 16S 4 39 403   v4 G:C cWW       Weak C 98.1     0.6 0.6                   0.6     154 GC GC,AU
300 300 16S 4 39 403   v4 G:C cWW       Weak E 2.4   4.0   1.5   0.8 0.4   0.1 0.1   89.7       1.0 919 GC,UA,GA AC,GA
301 301 16S 4 39 403   v4 G:C cWW       Weak M 8.0 1.3 67.2 6.3 0.8 1.1 1.1 0.4 0.1 4.6 0.8 0.8 0.1 0.1 0.7 5.5 1.1 747 GC,UA,AU,CA,UU GC,CG,UA,AU
372 372 16S 5 54 357   v4 C:G cWW       Weak T   99.0 0.3     0.3     0.1 0.1               6225 CG CG,UA
373 373 16S 5 54 357   v4 C:G cWW       Weak 3   99.3 0.3     0.1     0.1 0.1               5285 CG CG,UA
374 374 16S 5 54 357   v4 C:G cWW       Weak B   99.3 0.4     0.1     0.1                 4138 CG CG,UA
375 375 16S 5 54 357   v4 C:G cWW       Weak A   97.5               2.5               201 CG,CA  
376 376 16S 5 54 357   v4 C:G cWW       Weak C   100.0                               158 CG  
377 377 16S 5 54 357   v4 C:G cWW       Weak E   99.6       0.2           0.1         0.1 946 CG  
378 378 16S 5 54 357   v4 C:G cWW       Weak M   96.6 0.1     2.1 0.1   0.3     0.1         0.6 791 CG,UG CG,AA
379 379 16S 5 56 356   v4 U:A cWW       Weak T     99.5             0.1     0.1       0.2 6225 UA  
380 380 16S 5 56 356   v4 U:A cWW       Weak 3     99.6                   0.1     0.1 0.1 5283 UA  
381 381 16S 5 56 356   v4 U:A cWW       Weak B     99.8                   0.1     0.1   4124 UA  
382 382 16S 5 56 356   v4 U:A cWW       Weak A     97.5                           2.5 201 UA  
383 383 16S 5 56 356   v4 U:A cWW       Weak C     100.0                             158 UA  
384 384 16S 5 56 356   v4 U:A cWW       Weak E     99.5       0.2           0.1   0.1   0.1 958 UA  
385 385 16S 5 56 356   v4 U:A cWW       Weak M     98.6     0.3       0.5             0.6 793 UA  
393 393 16S 5 58 354   v4 C:G cWW       Weak T 0.6 98.2       0.3     0.1 0.1 0.2     0.1     0.3 6357 CG GC,CG
394 394 16S 5 58 354   v4 C:G cWW       Weak 3 0.7 98.5       0.1     0.1 0.1 0.2     0.1     0.2 5381 CG GC,CG
395 395 16S 5 58 354   v4 C:G cWW       Weak B   99.3       0.1     0.1 0.1 0.2     0.1     0.1 4221 CG  
396 396 16S 5 58 354   v4 C:G cWW       Weak A 19.0 76.5       0.5         1.5           2.5 200 GC,CG GC,CG
397 397 16S 5 58 354   v4 C:G cWW       Weak C   100.0                               158 CG  
398 398 16S 5 58 354   v4 C:G cWW       Weak E   99.6       0.1     0.1         0.1     0.1 960 CG  
399 399 16S 5 58 354   v4 C:G cWW       Weak M 0.4 96.1 0.2 0.2   1.6 0.1   0.4         0.1   0.2 0.6 827 CG GC,CG,UA,AU
407 407 16S 6 62 105   v4 U:G cWW       Weak T 0.1 1.4 1.1 0.2   94.0 0.1 0.2 0.1 0.9 0.5     0.1 0.4 0.2 0.6 6551 UG UG,AC,CA
408 408 16S 6 62 105   v4 U:G cWW       Weak 3   1.0 0.7     97.6               0.1 0.3 0.1 0.1 5571 UG  
409 409 16S 6 62 105   v4 U:G cWW       Weak B   0.4 0.2     98.6                 0.4 0.2 0.1 4404 UG  
410 410 16S 6 62 105   v4 U:G cWW       Weak A           100.0                       202 UG  
411 411 16S 6 62 105   v4 U:G cWW       Weak C           99.4                     0.6 162 UG  
412 412 16S 6 62 105   v4 U:G cWW       Weak E                                 100.0 965    
413 413 16S 6 62 105   v4 U:G cWW       Weak M 1.0 4.7 4.0 1.3   68.2 0.5 1.8 1.0 6.8 3.9 0.1     0.8 1.0 4.7 827 CG,UA,UG,CA,CC UG,AC,CA
435 435 16S 6 68 101   v4 G:A cWW   3°: base pair   Weak T 3.1 0.3 13.9 0.7 0.3 0.3 0.2   0.1 0.2     68.8 0.4   0.2 11.6 6584 GC,UA,GA AU,UG,GA
436 436 16S 6 68 101   v4 G:A cWW   3°: base pair   Weak 3 3.4 0.3 16.3 0.7 0.2 0.3 0.2   0.1 0.3     77.1 0.4   0.2 0.6 5599 GC,UA,GA CG,AU,GA
437 437 16S 6 68 101   v4 G:A cWW   3°: base pair   Weak B 0.7   0.1   0.2 0.3 0.2     0.3     97.0 0.5     0.6 4427 GA UG,GA
438 438 16S 6 68 101   v4 G:A cWW   3°: base pair   Weak A 78.9     6.0 0.5 1.0             11.6 0.5     1.5 199 GC,AU,GA GC,AU,UG
439 439 16S 6 68 101   v4 G:A cWW   3°: base pair   Weak C 1.8   2.4 0.6 0.6               92.7 1.8       164 UA,GA AU,GA
440 440 16S 6 68 101   v4 G:A cWW   3°: base pair   Weak E   1.5 93.1 2.6   0.3 0.2   0.2 0.2   0.1 0.2 0.1   1.3 0.1 973 UA,AU CG,UA,AU
441 441 16S 6 68 101   v4 G:A cWW   3°: base pair   Weak M 1.2   0.4 0.7 1.2       0.1       6.9 0.1   0.1 89.2 830 GA AU,GA
946 946 16S 12 292 308   v4 G:C cWW       Weak T 74.5     6.4 7.4     0.3         0.2   0.1 0.2 10.6 7204 GC,AU,GU GC,AU
947 947 16S 12 292 308   v4 G:C cWW       Weak 3 82.8     7.4 8.6     0.3         0.3   0.1 0.3   6174 GC,AU,GU GC,AU
948 948 16S 12 292 308   v4 G:C cWW       Weak B 99.2     0.2 0.1     0.1     0.1       0.2     4920 GC GC,AU
949 949 16S 12 292 308   v4 G:C cWW       Weak A 100.0                                 229 GC  
950 950 16S 12 292 308   v4 G:C cWW       Weak C 99.4             0.6                   167 GC  
951 951 16S 12 292 308   v4 G:C cWW       Weak E 0.3     43.2 51.6   0.1 1.3 0.1     0.1 1.5     1.8 0.1 1025 AU,GU GU,AC
952 952 16S 12 292 308   v4 G:C cWW       Weak M 9.6   0.2 0.6   0.2                     89.2 871 GC GC,UA,AU
1044 1044 16S 14 342 347   v4 C:G cWW       Weak T 0.1 94.9 0.4 0.1   0.6     1.7         0.1   0.1 2.1 7119 CG GC,CG,UA,AU
1045 1045 16S 14 342 347   v4 C:G cWW       Weak 3 0.1 98.2       0.3               0.1     1.3 6131 CG GC,CG
1046 1046 16S 14 342 347   v4 C:G cWW       Weak B   98.1       0.4               0.1     1.4 4889 CG  
1047 1047 16S 14 342 347   v4 C:G cWW       Weak A 2.2 92.9       0.4                     4.5 224 GC,CG GC,CG
1048 1048 16S 14 342 347   v4 C:G cWW       Weak C   93.3 1.2     4.2     0.6             0.6   165 CG,UG CG,UA
1049 1049 16S 14 342 347   v4 C:G cWW       Weak E   100.0                               1018 CG  
1050 1050 16S 14 342 347   v4 C:G cWW       Weak M 0.2 69.7 2.8 0.5   1.7 0.4 0.1 14.1     0.1 0.1   0.1 0.4 9.8 831 CG,UA,AG GC,CG,UA,AU
1079 1079 16S 15 375 388   v4 U:G No BP       Weak T   0.1 0.9     97.8     0.1         0.1 0.1 0.4 0.4 6852 UG  
1080 1080 16S 15 375 388   v4 U:G No BP       Weak 3   0.1 0.4     98.5     0.1           0.1 0.4 0.3 5867 UG  
1081 1081 16S 15 375 388   v4 U:G No BP       Weak B     0.3     98.8     0.1           0.2 0.5   4613 UG  
1082 1082 16S 15 375 388   v4 U:G No BP       Weak A     2.2     95.6                     2.2 228 UA,UG  
1083 1083 16S 15 375 388   v4 U:G No BP       Weak C     0.6     99.4                       164 UG  
1084 1084 16S 15 375 388   v4 U:G No BP       Weak E 0.1 0.2 0.1     98.0             0.1 0.2   0.1 1.3 1026 UG GC,UG
1085 1085 16S 15 375 388   v4 U:G No BP       Weak M 0.2 0.4 5.1     92.9 0.4   0.1         0.2   0.1 0.6 829 UA,UG GC,UG,AA
1114 1114 16S 16 406 436   v4 G:C cWW       Weak T 73.7   0.1 0.5 0.5                 0.1 0.1   24.9 7096 GC GC,UA,AU
1115 1115 16S 16 406 436   v4 G:C cWW       Weak 3 82.4       0.4                 0.1 0.1   16.9 6109 GC  
1116 1116 16S 16 406 436   v4 G:C cWW       Weak B 99.1       0.5                 0.1 0.1   0.1 4861 GC  
1117 1117 16S 16 406 436   v4 G:C cWW       Weak A 97.7       0.5     0.5     0.5           1.0 218 GC  
1118 1118 16S 16 406 436   v4 G:C cWW       Weak C 98.1   0.6                   0.6     0.6   162 GC GC,UA
1119 1119 16S 16 406 436   v4 G:C cWW       Weak E                                 100.0 1030    
1120 1120 16S 16 406 436   v4 G:C cWW       Weak M 4.4 0.2 0.4 4.6 1.2               0.2       88.9 833 GC,AU GC,CG,UA,AU
1142 1142 16S 16 416 427   v4 G:U cWW       Weak T 12.5   0.4 0.8 56.1     0.7       0.1       1.4 27.8 7239 GC,GU UA,GU,AC
1143 1143 16S 16 416 427   v4 G:U cWW       Weak 3 13.4     0.4 63.4     0.8       0.1       1.5 20.4 6249 GC,GU GU,AC
1144 1144 16S 16 416 427   v4 G:U cWW       Weak B 16.8     0.5 79.5     1.0       0.1       1.8 0.1 4982 GC,GU GU,AC
1145 1145 16S 16 416 427   v4 G:U cWW       Weak A                                 100.0 237    
1146 1146 16S 16 416 427   v4 G:U cWW       Weak C 41.1     6.7 44.2 0.6   1.8               4.9 0.6 163 GC,AU,GU,UU GU,UG,AC
1147 1147 16S 16 416 427   v4 G:U cWW       Weak E                                 100.0 1030    
1148 1148 16S 16 416 427   v4 G:U cWW       Weak M 0.4 0.1 3.6 2.5 2.9 0.1 0.2   0.2     0.2         89.6 835 UA,AU,GU UA,GU,AG
1163 1163 16S 16 419 424   v4 C:G cWW       Weak T 0.2 56.0 0.7 0.4   12.2 0.1   0.1               30.1 7217 CG,UG GC,CG,UA,AU
1164 1164 16S 16 419 424   v4 C:G cWW       Weak 3 0.3 62.3 0.4 0.2   13.8                     23.0 6225 CG,UG GC,CG,UA,AU

Next page

Advanced export

JSON shape: default, array, newline-delimited

CSV options: 

CREATE TABLE "basepair_frequency" (
   "molecule" TEXT,
   "helix_number" TEXT,
   "position_1" INTEGER,
   "position_2" INTEGER,
   "pair_note" TEXT,
   "header_format" TEXT,
   "reference_base_pair" TEXT,
   "conformation" TEXT,
   "ai_code" TEXT,
   "tertiary_type" TEXT,
   "header_extra" TEXT,
   "strength" TEXT,
   "group_code" TEXT,
   "GC" REAL,
   "CG" REAL,
   "UA" REAL,
   "AU" REAL,
   "GU" REAL,
   "UG" REAL,
   "AA" REAL,
   "AC" REAL,
   "AG" REAL,
   "CA" REAL,
   "CC" REAL,
   "CU" REAL,
   "GA" REAL,
   "GG" REAL,
   "UC" REAL,
   "UU" REAL,
   "gap" REAL,
   "Seq" INTEGER,
   "predominant_types" TEXT,
   "covarying_types" TEXT
);
CREATE INDEX "idx_basepair_frequency_molecule_position_1_position_2"
    ON "basepair_frequency" ("molecule", "position_1", "position_2");