Base-pair frequencies

predominant_types
Base-pair types shown in bold in the published table (most frequent).
covarying_types
Base-pair types marked * in the published table (involved in a covariation).
header_format
legacy = entry not yet revised to the v4 layout (no type / conformation).

756 rows where strength = "Weak" sorted by position_1

✎ View and edit SQL

This data as json, CSV (advanced)

Suggested facets: reference_base_pair

group_code 7

  • 3 108
  • A 108
  • B 108
  • C 108
  • E 108
  • M 108
  • T 108

conformation 5

tertiary_type 2

molecule 2

strength 1

  • Weak · 756 ✖

header_format 1

Link rowid molecule helix_number position_1 ▼ position_2 pair_note header_format reference_base_pair conformation ai_code tertiary_type header_extra strength group_code GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq predominant_types covarying_types
3564 3564 23S 1 8 2895   v4 C:G cWW       Weak T 4.9 21.6 31.6 3.3 0.6 15.5 1.8 0.6   3.0 0.3     0.3   0.6 15.7 329 GC,CG,UA,AU,UG,CA GC,CG,UA,AU
3565 3565 23S 1 8 2895   v4 C:G cWW       Weak 3 5.6 27.1 27.5 1.2   19.9         0.4     0.4     18.0 251 GC,CG,UA,UG GC,CG,UA,AU
3566 3566 23S 1 8 2895   v4 C:G cWW       Weak B 3.4 33.3 33.9 1.1   27.7               0.6       177 GC,CG,UA,UG GC,CG,UA,AU
3567 3567 23S 1 8 2895   v4 C:G cWW       Weak A 24.2 24.2 27.3 3.0   3.0         3.0           15.1 33 GC,CG,UA,AU,UG,CC GC,CG,UA,AU
3568 3568 23S 1 8 2895   v4 C:G cWW       Weak C 2.3 6.8 56.8 2.3   2.3 9.1     20.5               44 GC,CG,UA,AU,UG,AA,CA GC,CG,UA,AU
3569 3569 23S 1 8 2895   v4 C:G cWW       Weak E   2.4                             97.4 41 CG  
3570 3570 23S 1 8 2895   v4 C:G cWW       Weak M 2.9   29.4 20.6 5.9   5.9 5.9   2.9           5.9 20.6 34 GC,UA,AU,GU,AA,AC,CA,UU GC,UA,AU
197 197 16S 1 13 21   v4 U:G No BP       Weak T   0.1 8.8 0.1   88.5 0.1   1.5 0.1     0.1 0.1   0.3 0.5 3890 UA,UG UG,AA
198 198 16S 1 13 21   v4 U:G No BP       Weak 3   0.1 0.2     99.0     0.1         0.1   0.1 0.4 3097 UG  
199 199 16S 1 13 21   v4 U:G No BP       Weak B     0.2     98.9     0.2         0.1   0.1 0.1 2128 UG  
200 200 16S 1 13 21   v4 U:G No BP       Weak A           100.0                       154 UG  
201 201 16S 1 13 21   v4 U:G No BP       Weak C     0.8     94.4                   4.8   126 UG,UU  
202 202 16S 1 13 21   v4 U:G No BP       Weak E   0.1 0.1     98.9                     0.8 815 UG  
203 203 16S 1 13 21   v4 U:G No BP       Weak M     50.2 0.1   38.6 0.4   8.1 0.7     0.4 0.1   0.6 0.6 669 UA,UG,AG UA,AG
274 274 16S 3 35 549   v4 G:C cWW       Weak T 82.3 0.1 0.3 4.1 10.8     1.2   0.1 0.3   0.1   0.2 0.1 0.3 5420 GC,AU,GU GC,CG,UA,AU
275 275 16S 3 35 549   v4 G:C cWW       Weak 3 93.4 0.1     5.3     0.2     0.3   0.1   0.2   0.4 4555 GC,GU GC,CG
276 276 16S 3 35 549   v4 G:C cWW       Weak B 98.8 0.1     0.1     0.2     0.4       0.1   0.2 3467 GC GC,CG
277 277 16S 3 35 549   v4 G:C cWW       Weak A 3.8 1.1     94.0             0.5         0.5 184 GC,GU CG,GU
278 278 16S 3 35 549   v4 G:C cWW       Weak C 86.8       13.2                         136 GC,GU  
279 279 16S 3 35 549   v4 G:C cWW       Weak E 90.8     0.1 7.1           0.1   0.2   0.3 0.2 1.1 904 GC,GU GC,UU
280 280 16S 3 35 549   v4 G:C cWW       Weak M 12.1 0.4 1.8 31.0 44.2   0.3 8.2   0.4 0.1     0.1 0.5 0.5 0.3 733 GC,AU,GU,AC CG,UA,GU,AC
288 288 16S 3 37 547   v4 U:A tWS       Weak T     97.5 0.1   0.7 0.2     0.9     0.2   0.1 0.1 0.3 5551 UA UA,AU
289 289 16S 3 37 547   v4 U:A tWS       Weak 3     98.6     0.7 0.1     0.2     0.1     0.1 0.2 4665 UA  
290 290 16S 3 37 547   v4 U:A tWS       Weak B     98.7     0.7 0.1     0.2     0.1     0.1 0.1 3570 UA  
291 291 16S 3 37 547   v4 U:A tWS       Weak A     100.0                             183 UA  
292 292 16S 3 37 547   v4 U:A tWS       Weak C     96.7       1.3     0.7     0.7       0.7 152 UA  
293 293 16S 3 37 547   v4 U:A tWS       Weak E     98.0     0.8       0.1         0.1 0.1 0.9 912 UA  
294 294 16S 3 37 547   v4 U:A tWS       Weak M 0.1 0.1 90.8 0.5   0.5 0.5   0.3 5.3   0.1 0.5   0.1 0.4 0.5 738 UA,CA GC,CG,UA,AU
295 295 16S 4 39 403   v4 G:C cWW       Weak T 67.3 0.2 13.1 1.2 1.0 0.2 0.3 0.3   0.6 0.3 0.1 14.2 0.1 0.3 0.6 0.5 5839 GC,UA,GA GC,CG,UA,AU
296 296 16S 4 39 403   v4 G:C cWW       Weak 3 75.2   5.4 0.4 1.1   0.1 0.2     0.2   16.7 0.1 0.3   0.3 4942 GC,UA,GA GC,UA,AU
297 297 16S 4 39 403   v4 G:C cWW       Weak B 96.4   1.0 0.5 1.0     0.2     0.2   0.1 0.1 0.3   0.1 3830 GC GC,UA,AU
298 298 16S 4 39 403   v4 G:C cWW       Weak A     99.0     1.0                       193 UA  
299 299 16S 4 39 403   v4 G:C cWW       Weak C 98.1     0.6 0.6                   0.6     154 GC GC,AU
300 300 16S 4 39 403   v4 G:C cWW       Weak E 2.4   4.0   1.5   0.8 0.4   0.1 0.1   89.7       1.0 919 GC,UA,GA AC,GA
301 301 16S 4 39 403   v4 G:C cWW       Weak M 8.0 1.3 67.2 6.3 0.8 1.1 1.1 0.4 0.1 4.6 0.8 0.8 0.1 0.1 0.7 5.5 1.1 747 GC,UA,AU,CA,UU GC,CG,UA,AU
372 372 16S 5 54 357   v4 C:G cWW       Weak T   99.0 0.3     0.3     0.1 0.1               6225 CG CG,UA
373 373 16S 5 54 357   v4 C:G cWW       Weak 3   99.3 0.3     0.1     0.1 0.1               5285 CG CG,UA
374 374 16S 5 54 357   v4 C:G cWW       Weak B   99.3 0.4     0.1     0.1                 4138 CG CG,UA
375 375 16S 5 54 357   v4 C:G cWW       Weak A   97.5               2.5               201 CG,CA  
376 376 16S 5 54 357   v4 C:G cWW       Weak C   100.0                               158 CG  
377 377 16S 5 54 357   v4 C:G cWW       Weak E   99.6       0.2           0.1         0.1 946 CG  
378 378 16S 5 54 357   v4 C:G cWW       Weak M   96.6 0.1     2.1 0.1   0.3     0.1         0.6 791 CG,UG CG,AA
379 379 16S 5 56 356   v4 U:A cWW       Weak T     99.5             0.1     0.1       0.2 6225 UA  
380 380 16S 5 56 356   v4 U:A cWW       Weak 3     99.6                   0.1     0.1 0.1 5283 UA  
381 381 16S 5 56 356   v4 U:A cWW       Weak B     99.8                   0.1     0.1   4124 UA  
382 382 16S 5 56 356   v4 U:A cWW       Weak A     97.5                           2.5 201 UA  
383 383 16S 5 56 356   v4 U:A cWW       Weak C     100.0                             158 UA  
384 384 16S 5 56 356   v4 U:A cWW       Weak E     99.5       0.2           0.1   0.1   0.1 958 UA  
385 385 16S 5 56 356   v4 U:A cWW       Weak M     98.6     0.3       0.5             0.6 793 UA  
393 393 16S 5 58 354   v4 C:G cWW       Weak T 0.6 98.2       0.3     0.1 0.1 0.2     0.1     0.3 6357 CG GC,CG
394 394 16S 5 58 354   v4 C:G cWW       Weak 3 0.7 98.5       0.1     0.1 0.1 0.2     0.1     0.2 5381 CG GC,CG
395 395 16S 5 58 354   v4 C:G cWW       Weak B   99.3       0.1     0.1 0.1 0.2     0.1     0.1 4221 CG  
396 396 16S 5 58 354   v4 C:G cWW       Weak A 19.0 76.5       0.5         1.5           2.5 200 GC,CG GC,CG
397 397 16S 5 58 354   v4 C:G cWW       Weak C   100.0                               158 CG  
398 398 16S 5 58 354   v4 C:G cWW       Weak E   99.6       0.1     0.1         0.1     0.1 960 CG  
399 399 16S 5 58 354   v4 C:G cWW       Weak M 0.4 96.1 0.2 0.2   1.6 0.1   0.4         0.1   0.2 0.6 827 CG GC,CG,UA,AU
407 407 16S 6 62 105   v4 U:G cWW       Weak T 0.1 1.4 1.1 0.2   94.0 0.1 0.2 0.1 0.9 0.5     0.1 0.4 0.2 0.6 6551 UG UG,AC,CA
408 408 16S 6 62 105   v4 U:G cWW       Weak 3   1.0 0.7     97.6               0.1 0.3 0.1 0.1 5571 UG  
409 409 16S 6 62 105   v4 U:G cWW       Weak B   0.4 0.2     98.6                 0.4 0.2 0.1 4404 UG  
410 410 16S 6 62 105   v4 U:G cWW       Weak A           100.0                       202 UG  
411 411 16S 6 62 105   v4 U:G cWW       Weak C           99.4                     0.6 162 UG  
412 412 16S 6 62 105   v4 U:G cWW       Weak E                                 100.0 965    
413 413 16S 6 62 105   v4 U:G cWW       Weak M 1.0 4.7 4.0 1.3   68.2 0.5 1.8 1.0 6.8 3.9 0.1     0.8 1.0 4.7 827 CG,UA,UG,CA,CC UG,AC,CA
3830 3830 23S 6.1 66 88   v4 C:G cWW   3°: pseudoknot   Weak T 0.1 49.5 1.5 0.5 0.1 0.8 0.1   0.9 0.1 0.3   0.3 0.3 0.3 0.3 44.8 740 CG GC,CG,UA,AU
3831 3831 23S 6.1 66 88   v4 C:G cWW   3°: pseudoknot   Weak 3   67.4 1.5     1.5 0.2   0.2 0.2       0.5     28.5 411 CG CG,UA
3832 3832 23S 6.1 66 88   v4 C:G cWW   3°: pseudoknot   Weak B   94.6 1.6     2.3 0.4   0.4         0.8       257 CG,UG CG,UA
3833 3833 23S 6.1 66 88   v4 C:G cWW   3°: pseudoknot   Weak A   94.4 5.6                             36 CG,UA CG,UA
3834 3834 23S 6.1 66 88   v4 C:G cWW   3°: pseudoknot   Weak C   92.7 3.1               1.0       2.1   1.0 96 CG,UA,UC CG,UA
3835 3835 23S 6.1 66 88   v4 C:G cWW   3°: pseudoknot   Weak E                   0.8             99.1 118    
3836 3836 23S 6.1 66 88   v4 C:G cWW   3°: pseudoknot   Weak M 0.4   0.9 1.7 0.4       2.6   0.4   0.9     0.9 91.7 233 AG UA,GU,AG,CC
435 435 16S 6 68 101   v4 G:A cWW   3°: base pair   Weak T 3.1 0.3 13.9 0.7 0.3 0.3 0.2   0.1 0.2     68.8 0.4   0.2 11.6 6584 GC,UA,GA AU,UG,GA
436 436 16S 6 68 101   v4 G:A cWW   3°: base pair   Weak 3 3.4 0.3 16.3 0.7 0.2 0.3 0.2   0.1 0.3     77.1 0.4   0.2 0.6 5599 GC,UA,GA CG,AU,GA
437 437 16S 6 68 101   v4 G:A cWW   3°: base pair   Weak B 0.7   0.1   0.2 0.3 0.2     0.3     97.0 0.5     0.6 4427 GA UG,GA
438 438 16S 6 68 101   v4 G:A cWW   3°: base pair   Weak A 78.9     6.0 0.5 1.0             11.6 0.5     1.5 199 GC,AU,GA GC,AU,UG
439 439 16S 6 68 101   v4 G:A cWW   3°: base pair   Weak C 1.8   2.4 0.6 0.6               92.7 1.8       164 UA,GA AU,GA
440 440 16S 6 68 101   v4 G:A cWW   3°: base pair   Weak E   1.5 93.1 2.6   0.3 0.2   0.2 0.2   0.1 0.2 0.1   1.3 0.1 973 UA,AU CG,UA,AU
441 441 16S 6 68 101   v4 G:A cWW   3°: base pair   Weak M 1.2   0.4 0.7 1.2       0.1       6.9 0.1   0.1 89.2 830 GA AU,GA
4040 4040 23S 10 158 168   v4 U:G cWW       Weak T 0.9 1.2 13.2 0.8   36.6 1.2 0.3 2.1 0.9 0.5   0.4 0.1 0.3 0.3 41.1 759 UA,UG,AG GC,UG,AA
4041 4041 23S 10 158 168   v4 U:G cWW       Weak 3 1.2 2.1 20.9 0.2   55.6 0.5   0.5 0.5     0.7 0.2   0.2 17.4 426 CG,UA,UG GC,AU,UG,CA
4042 4042 23S 10 158 168   v4 U:G cWW       Weak B   2.2 0.4     87.0       0.4       0.4     9.7 270 CG,UG UG,CA
4043 4043 23S 10 158 168   v4 U:G cWW       Weak A           2.8     5.6 2.8             88.9 36 UG,AG,CA AG,CA
4044 4044 23S 10 158 168   v4 U:G cWW       Weak C 1.0   11.1 4.0   41.4 7.1 2.0 14.1 5.1         2.0 1.0 11.1 99 UA,AU,UG,AA,AC,AG,CA,UC GC,UG,AA
4045 4045 23S 10 158 168   v4 U:G cWW       Weak E 4.2 2.5 73.3 0.8   0.8 1.7           2.5     0.8 13.3 120 GC,CG,UA,GA GC,CG,UA,AU
4046 4046 23S 10 158 168   v4 U:G cWW       Weak M 0.4     0.4             1.7           97.4 234   AU,CC
4222 4222 23S 16 274 363   v4 C:G cWW       Weak T 2.3 3.7 4.7 0.2 0.3 2.2 1.3 1.9 0.6 0.8 1.3 0.5 0.8 0.1 0.7 2.6 76.1 872 GC,CG,UA,UG,UU GC,CG,UA,AU
4223 4223 23S 16 274 363   v4 C:G cWW       Weak 3 2.9 6.0 7.5 0.4 0.4 3.5 1.7 3.1 1.0 1.2 2.1 0.8 1.4 0.2 1.2 3.9 62.9 518 GC,CG,UA,UG,AC,CC,UU CG,UA,GU,AC
4224 4224 23S 16 274 363   v4 C:G cWW       Weak B 6.9 26.1 26.8 18.8 0.4 5.1 0.7           0.7     0.4 14.2 276 GC,CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU
4225 4225 23S 16 274 363   v4 C:G cWW       Weak A 33.3 30.6 8.3     2.8         5.6   5.6   13.9     36 GC,CG,UA,UG,CC,GA,UC GC,CG,UA
4226 4226 23S 16 274 363   v4 C:G cWW       Weak C 1.0 1.0 2.0       2.0 1.0   1.0           1.0 91.0 100 UA,AA GC,CG,UA
4227 4227 23S 16 274 363   v4 C:G cWW       Weak E 0.5 2.9 15.7 0.5 1.0   3.4 7.8 1.0 2.9 4.4 2.0 0.5 0.5 0.5 9.8 46.6 204 CG,UA,AA,AC,CA,CC,CU,UU CG,UA,GU,AC
4228 4228 23S 16 274 363   v4 C:G cWW       Weak M 1.6       0.4 0.4                   0.8 96.9 254   GC,UU
4229 4229 23S 18 281 359   v4 C:G cWW       Weak T 6.2 5.6 3.1 7.4 4.5 2.8 1.6 7.5 0.8 0.6 0.9 2.0 0.7 1.5 0.7 2.5 51.7 869 GC,CG,UA,AU,GU,UG,AC,CU,UU CG,UA,GU,AC
4230 4230 23S 18 281 359   v4 C:G cWW       Weak 3 9.7 8.5 3.5 8.5 7.4 4.1 1.9 12.4 1.4 0.6 1.6 3.1 0.6 2.3 0.6 2.5 31.4 516 GC,CG,UA,AU,GU,UG,AC,CU,GG,UU CG,UA,GU,AC
4231 4231 23S 18 281 359   v4 C:G cWW       Weak B 9.1 9.4 3.3 15.2 12.3 7.6 3.6 22.8 2.5   1.4 1.4 1.1 2.9 0.4 5.1 1.9 276 GC,CG,UA,AU,GU,UG,AA,AC,AG,GG,UU CG,UA,GU,AC
4232 4232 23S 18 281 359   v4 C:G cWW       Weak A 19.4 33.3 25.0 8.3 5.6           2.8       5.6     36 GC,CG,UA,AU,GU,CC,UC GC,CG,UA,AU
4233 4233 23S 18 281 359   v4 C:G cWW       Weak C 4.0 1.0 6.1 17.2 1.0 2.0 2.0 1.0   2.0     3.0 1.0 2.0 9.1 48.3 99 GC,UA,AU,UG,AA,CA,GA,UC,UU GC,CG,UA,AU
4234 4234 23S 18 281 359   v4 C:G cWW       Weak E 8.8 3.4   1.0 1.0         1.5 1.5 5.9   2.5   0.5 74.0 204 GC,CG,CU,GG GC,CU
4235 4235 23S 18 281 359   v4 C:G cWW       Weak M   1.6 1.2 1.2   0.4 0.8         0.4     0.4   94.1 254   CG,UA,AU
4250 4250 23S 18 284 356   v4 U:G cWW       Weak T 5.7 15.1 4.4 6.3 3.4 3.8 2.8 4.3 1.5 1.6 2.1 0.8 0.7 1.4 3.7 4.1 38.3 870 GC,CG,UA,AU,GU,UG,AA,AC,CC,UC,UU GC,CG,UA,AU
4251 4251 23S 18 284 356   v4 U:G cWW       Weak 3 9.5 24.2 5.0 8.3 5.4 4.3 1.9 6.2 2.1 2.1 2.9 1.4 0.8 1.7 5.2 4.8 14.2 517 GC,CG,UA,AU,GU,UG,AC,AG,CA,CC,UC,UU GC,CG,UA,AU

Next page

Advanced export

JSON shape: default, array, newline-delimited

CSV options: 

CREATE TABLE "basepair_frequency" (
   "molecule" TEXT,
   "helix_number" TEXT,
   "position_1" INTEGER,
   "position_2" INTEGER,
   "pair_note" TEXT,
   "header_format" TEXT,
   "reference_base_pair" TEXT,
   "conformation" TEXT,
   "ai_code" TEXT,
   "tertiary_type" TEXT,
   "header_extra" TEXT,
   "strength" TEXT,
   "group_code" TEXT,
   "GC" REAL,
   "CG" REAL,
   "UA" REAL,
   "AU" REAL,
   "GU" REAL,
   "UG" REAL,
   "AA" REAL,
   "AC" REAL,
   "AG" REAL,
   "CA" REAL,
   "CC" REAL,
   "CU" REAL,
   "GA" REAL,
   "GG" REAL,
   "UC" REAL,
   "UU" REAL,
   "gap" REAL,
   "Seq" INTEGER,
   "predominant_types" TEXT,
   "covarying_types" TEXT
);
CREATE INDEX "idx_basepair_frequency_molecule_position_1_position_2"
    ON "basepair_frequency" ("molecule", "position_1", "position_2");