Base-pair frequencies

predominant_types
Base-pair types shown in bold in the published table (most frequent).
covarying_types
Base-pair types marked * in the published table (involved in a covariation).
header_format
legacy = entry not yet revised to the v4 layout (no type / conformation).

870 rows where group_code = "T" and molecule = "23S" sorted by position_1

✎ View and edit SQL

This data as json, CSV (advanced)

Suggested facets: reference_base_pair

conformation 9

strength 5

molecule 1

  • 23S · 870 ✖

header_format 1

group_code 1

Link rowid molecule helix_number position_1 ▼ position_2 pair_note header_format reference_base_pair conformation ai_code tertiary_type header_extra strength group_code GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq predominant_types covarying_types
3515 3515 23S 1 1 2902   v4 G:C cWW       Strong T 40.7 0.9 4.9 10.4 4.3 0.6 1.8 0.3   0.6   0.6     0.3 0.6 33.9 327 GC,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU
3522 3522 23S 1 2 2901   v4 G:C cWW       Strong T 36.5 2.8 7.7 17.2 2.5   0.6 0.3 0.3 0.3 0.3 0.6 0.9   1.2 1.5 27.2 326 GC,CG,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU
3529 3529 23S 1 3 2900   v4 U:A cWW       Strong T 4.0 5.8 45.2 8.0 0.6 7.1   0.3   0.9   3.1     0.6 3.1 21.1 325 GC,CG,UA,AU,UG,CU,UU GC,CG,UA,AU
3536 3536 23S 1 4 2899   v4 U:A cWW       Strong T 3.4 28.6 31.7 7.1 0.6 0.9 1.5   0.3 0.3   6.2 0.3   0.3 0.3 18.4 325 GC,CG,UA,AU,CU GC,CG,UA,AU
3543 3543 23S 1 5 2898   v4 A:U cWW       Strong T 6.1 2.5 2.1 69.9 0.6 0.6 0.3         0.3     0.3 0.6 16.5 326 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
3550 3550 23S 1 6 2897   v4 A:U cWW       Strong T 7.4 0.3 4.6 68.7 0.3   0.9           0.6 0.6   0.6 15.9 326 GC,UA,AU GC,CG,UA,AU
3557 3557 23S 1 7 2896   v4 G:C cWW       Strong T 58.1 4.3 2.7 15.2 1.2   0.6 1.5   0.3 0.3   0.6       15.1 329 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
3564 3564 23S 1 8 2895   v4 C:G cWW       Weak T 4.9 21.6 31.6 3.3 0.6 15.5 1.8 0.6   3.0 0.3     0.3   0.6 15.7 329 GC,CG,UA,AU,UG,CA GC,CG,UA,AU
3571 3571 23S 2 15 525   v4 G:U cWW       Strong T 15.9 12.5 2.4 12.4 41.9 2.5 1.5 1.8 4.8 0.7   1.0 0.3   0.3 0.1 1.7 671 GC,CG,UA,AU,GU,UG,AG CG,UA,GU,AC
3578 3578 23S 2 16 524   v4 C:G cWW       Strong T 20.7 31.4 17.4 15.3 10.1 1.9 0.6 0.1 0.1 0.3 0.3           1.6 672 GC,CG,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU
3585 3585 23S 2 17 523   v4 G:C cWW       Strong T 45.0 11.5 9.6 2.2 3.1 0.1   0.1   0.1 0.3 0.6 0.1     0.1 26.9 676 GC,CG,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU
3592 3592 23S 2 18 522   v4 U:A cWW       Strong T 2.4 44.5 20.0 1.9   2.2 0.3   0.1     0.1 0.1 0.6   0.4 27.3 676 GC,CG,UA,UG GC,CG,UA,AU
3599 3599 23S 2 19 521   v4 A:U cWW       Strong T 6.2 10.5 19.5 20.8 12.9 0.1 0.6       0.1     0.3   1.6 27.3 677 GC,CG,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU
3606 3606 23S 2 20 520   v4 C:G cWW       Strong T 4.1 22.3 19.8 21.3 1.0 2.2 0.3 0.1   0.4         0.1 0.6 27.5 677 GC,CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU
3613 3613 23S 2 21 519   v4 A:U cWW       Strong T 8.9 6.4 5.3 35.9 5.2 9.0     0.4     0.3       0.9 27.7 677 GC,CG,UA,AU,GU,UG GC,AU,UG
3620 3620 23S 2 22 518   v4 C:G cWW       Strong T 1.6 40.5 15.7 3.7   9.5 0.1     0.3 0.3   0.1       28.0 676 CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU
3627 3627 23S 2 23 517   v4 G:C cWW       Strong T 55.7 0.4 1.5 12.3 1.5   0.3   0.6               27.6 677 GC,AU GC,CG,UA,AU
3634 3634 23S 2 24 516   v4 G:C cWW       Strong T 51.3 0.1 1.5 16.7 1.3 0.4   0.1   0.4             27.9 676 GC,AU GC,CG,UA,AU
3641 3641 23S 2 30 510   v4 G:C cWW   3°: base pair   Strong T 49.1 8.0 2.2 5.0 0.6 0.7 5.9   0.4             0.1 27.8 678 GC,CG,UA,AU,AA GC,CG,AA,UU
3648 3648 23S 3 31 474   v4 C:G cWW       Strong T 15.0 45.6 17.6 7.4 0.1 0.6 0.9 0.4 0.4 5.6 0.3 0.1 2.4 0.1 0.1 0.4 2.7 678 GC,CG,UA,AU,CA,GA GC,CG,UA,AU
3655 3655 23S 3 32 473   v4 C:G cWW       Strong T   90.6 1.5 2.3 0.1 0.7 0.1     1.5 0.3 0.1   0.1 0.1 0.1 2.1 681 CG,AU CG,UA,AU
3662 3662 23S 4 35 445   v4 G:C cWW       Strong T 94.1     1.6   0.3 0.3                 0.3 3.2 681 GC GC,AU,UG
3669 3669 23S 4 36 444   v4 G:C cWW       Strong T 65.8 25.5 0.6 3.2 0.3   0.1 0.4   0.1 0.1   0.3       3.3 682 GC,CG,AU GC,CG,UA,AU
3676 3676 23S 4 37 442   v4 C:G cWW       Strong T 1.5 74.7 12.2 2.9   4.3 0.1     0.4       0.1     3.6 680 CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU
3683 3683 23S 4 38 441   v4 A:U cWW       Strong T 6.3 15.0 31.5 41.6 0.4 0.7 0.3     0.3   0.1         3.5 680 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
3690 3690 23S 4 39 440   v4 G:C cWW       Strong T 7.0 39.4 22.1 14.8   0.6 1.7 2.1   0.3 1.1 0.8 0.4     0.6 9.0 711 GC,CG,UA,AU,AC GC,CG,UA,AU
3697 3697 23S 4 40 439   v4 U:A cWW       Strong T 9.6 18.6 38.1 6.2 0.3 0.7           0.1   0.1     26.0 709 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
3704 3704 23S 4 41 438   v4 C:G cWW       Strong T 16.2 27.8 9.8 18.6 0.1 0.1           0.1         27.1 711 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
3711 3711 23S 4 42 437   v4 A:U cWW       Strong T 27.6 0.4 3.5 40.9 0.3     0.1                 27.1 711 GC,UA,AU GC,CG,UA,AU
3718 3718 23S 4 43 436   v4 G:C cWW       Strong T 32.8 20.6 4.2 6.9 0.6   2.2   0.6 0.1 0.1       0.1 0.4 31.3 714 GC,CG,UA,AU,AA GC,CG,UA,AU
3725 3725 23S 4 44 434   v4 A:U cWW       Strong T 2.7 3.7 4.2 53.9 1.3 0.4 1.3 1.0 2.0 0.4 0.1   0.8 0.6   0.7 26.8 712 GC,CG,UA,AU,AG GC,CG,UA,AU
3732 3732 23S 4 45 433   v4 G:C cWW       Strong T 47.8 0.4 2.5 7.6 1.5 1.4 0.1 1.7     0.1       3.2 5.0 28.4 713 GC,UA,AU,UC,UU GC,CG,UA,AU
3739 3739 23S 4.1 46 179   v4 G:C cWW       Strong T 24.2 16.1 2.9 0.6   0.1 5.3   3.9 0.7     0.7 0.3 0.1 0.7 44.1 714 GC,CG,UA,AA,AG GC,CG,AA,UU
3746 3746 23S 4.1 47 178   v4 C:G cWW       Strong T 0.1 64.3 0.8 0.6 0.7 1.3 0.1                   32.1 711 CG CG,UA,GU
3753 3753 23S 5 53 117   v4 A:G tHS   3°: base pair   Significant T   0.4 1.5 2.1     0.8 0.3 66.2         0.1   0.3 28.1 719 AU,AG UA,AG
3760 3760 23S 5 54 116   v4 G:C cWW       Strong T 56.1 0.1 0.6 2.9 12.1               0.1       28.0 720 GC,AU,GU GC,CG,UA,AU
3767 3767 23S 5 55 115   v4 G:C cWW       Strong T 58.1 0.4   12.4 1.0       0.1       0.1       27.7 724 GC,AU GC,CG,AU
3774 3774 23S 5 56 114   v4 A:U cWW       Strong T 16.6 2.1 2.2 49.9 0.1 0.4 0.3 0.4 0.1             0.1 27.7 725 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
3781 3781 23S 6 57 70   v4 C:G cWW       Strong T 0.3 65.7 4.8 1.5   0.4 0.1     0.1             27.0 726 CG,UA GC,CG,UA,AU
3788 3788 23S 6 58 69   v4 G:C cWW       Strong T 70.7   1.0 0.5 0.5   0.1 0.5                 26.6 733 GC GC,UA,AU
3795 3795 23S 6 59 68   v4 U:G cWW       Strong T 4.6 29.7 14.1 1.4   23.4 0.1 0.1                 26.5 735 GC,CG,UA,UG GC,CG,UA,AU
3802 3802 23S 6.1 61 93   v4 C:G cWW   3°: pseudoknot   Strong T 23.0 8.3 5.0 9.9 2.0 0.3 0.4 3.1 0.3   0.1   0.7 0.4 0.4 0.8 45.0 734 GC,CG,UA,AU,GU,AC GC,CG,UA,AU
3809 3809 23S 6.1 62 92   v4   cWW   3°: pseudoknot   Strong T 3.1 15.2 13.3 1.5 0.3 0.7 10.4   1.2 0.9 0.4 0.3 0.7 0.4   7.9 43.8 738 GC,CG,UA,AA,UU GC,CG,UA,AU
3816 3816 23S 6.1 64 90   v4 A:U cWW   3°: pseudoknot   Significant T 7.8 3.0 0.5 13.6 0.1 0.1 23.2 4.6 0.7   0.3 0.3 0.4 0.3   0.5 44.5 740 GC,CG,AU,AA,AC GC,CG,AA,UU
3823 3823 23S 6.1 65 89   v4 U:A cWW   3°: pseudoknot   Strong T 10.4 24.5 4.9 9.1 2.8   0.1 0.1 0.4 0.1     1.9 0.3 0.3 0.1 44.9 740 GC,CG,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU
3830 3830 23S 6.1 66 88   v4 C:G cWW   3°: pseudoknot   Weak T 0.1 49.5 1.5 0.5 0.1 0.8 0.1   0.9 0.1 0.3   0.3 0.3 0.3 0.3 44.8 740 CG GC,CG,UA,AU
3837 3837 23S 6.2 67 74   v4 U:A cWH   3°: pseudoknot   Strong T 9.9 1.5 34.7 6.9 6.2 0.8 0.7 0.1 0.1 0.5 0.5 0.4 0.8 0.5 7.3 1.8 27.1 740 GC,UA,AU,GU,UC GC,CG,UA,AU
3844 3844 23S 7 76 110   v4 C:G cWW       Strong T 0.9 52.3 3.5 0.3   8.3 0.3   0.1 2.3 0.7 0.1   0.7 1.3 0.4 28.7 745 CG,UA,UG,CA GC,CG,UA,AU
3851 3851 23S 7 77 109   v4 G:C cWW       Strong T 7.1 13.7 37.3 1.9 0.4 0.4 0.1 8.6     0.7 0.3     0.4   29.2 745 GC,CG,UA,AC CG,UA,GU,AC
3858 3858 23S 7 78 108   v4 U:G cWW       Strong T 4.0 11.0 15.4 9.7 1.1 17.6 0.3     0.3 0.3 0.1 0.8 0.3 0.1 0.3 38.7 745 GC,CG,UA,AU,UG GC,AU,UG,CA
3865 3865 23S 7 79 107   v4 C:G cWW       Strong T 6.7 37.7 11.0 2.7   2.8 6.6   0.1     0.1 2.7 0.5 0.7 0.1 28.2 745 GC,CG,UA,AU,UG,AA,GA GC,CG,UA,AU
3872 3872 23S 7 80 106   v4 G:C cWW       Strong T 54.1 0.4 1.1 3.9 0.5 0.3       0.1   0.1 0.3 0.5 9.8 0.9 27.9 745 GC,AU,UC GC,CG,UA,AU
3879 3879 23S 7 81 105   v4 G:C cWW       Strong T 48.7 0.7 1.9 3.4 0.4 0.4 0.1 0.9         0.1     0.1 43.3 744 GC,AU GC,CG,UA,AU
3886 3886 23S 7 82 104   v4 U:A tSH       Strong T   0.1 4.3 0.8 35.6 1.2 0.1 0.1 0.1 0.4 6.2   3.6 0.8 2.6 0.3 43.7 745 UA,GU,CC,GA,UC UA,GU,AG,CC
3893 3893 23S 7 85 97   v4 G:C cWW       Strong T 49.5 0.3 1.1 3.6 1.1   0.1 0.1 0.1       0.3     0.3 43.6 746 GC,AU GC,CG,UA,AU
3900 3900 23S 7 86 96   v4 G:C cWW       Strong T 9.2 36.3 4.0 2.7 0.1 3.8 0.3                   43.6 746 GC,CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU
3907 3907 23S 7 87 95   v4 U:A cWW       Strong T 2.0 10.1 38.3 2.9   0.5 0.3 0.4   0.1 0.3 0.1     0.7 0.1 44.1 746 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
3914 3914 23S 8 121 130   v4 G:C cWW       Strong T 51.1 0.9 0.1 11.2 5.4   0.7 0.8 0.1     0.1         29.4 753 GC,AU,GU GC,CG,UA,AU
3921 3921 23S 8 122 129   v4 G:C cWW       Strong T 52.8 12.1 1.3 3.7 0.3 0.4         0.1       0.1   29.2 754 GC,CG,AU GC,CG,UA,AU
3928 3928 23S 8 123 128   v4 G:C cWW       Strong T 53.8 0.3 0.4 1.7 0.1 0.3   0.1                 43.3 753 GC GC,CG,UA,AU
3935 3935 23S 9 131 148   v4 A:U cWW       Strong T 23.5 0.8 0.5 25.1 1.6       0.1               48.3 758 GC,AU GC,CG,UA,AU
3942 3942 23S 9 132 147   v4 G:C cWW       Strong T 11.6 23.7 1.1 6.7 8.0 0.3             0.1     0.1 48.4 758 GC,CG,AU,GU GC,CG,UA,AU
3949 3949 23S 9 133 146   v4 U:A cWW       Strong T 0.7 26.5 19.0 2.9   0.5     2.1 0.1 0.1   0.3 0.4   0.1 47.4 759 CG,UA,AU,AG GC,CG,UA,AU
3956 3956 23S 9 134 145   v4 G:C cWW       Strong T 7.4 13.3 8.2 18.0 0.1 1.8   0.1 0.1   0.7 1.7     0.1   48.4 760 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
3963 3963 23S 9 135 144   v4 U:A cWW       Strong T 15.2 17.0 9.4 4.0 0.5 1.1 0.4 0.3   0.9   0.7 0.7     0.3 49.9 759 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
3970 3970 23S 9 136 143   v4 G:C cWW       Strong T 12.9 5.9 6.6 11.3 0.7 1.6 1.7 0.3 1.3     0.1   0.1   0.1 57.4 760 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
3977 3977 23S 9 137 142   v4 U:A cWW       Strong T 7.2 8.7 8.3 5.1 0.7 5.1 0.4 0.8 0.3       0.5 2.1   0.5 60.3 760 GC,CG,UA,AU,UG,GG GC,CG,UA,AU
3984 3984 23S 10 150 176   v4 U:A cWW       Strong T 0.4 30.0 35.3 2.2   0.4 0.1     0.3     0.1 0.1     31.0 759 CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
3991 3991 23S 10 151 175   v4 C:G cWW       Strong T 8.8 25.2 26.7 3.4 3.3 0.7       0.1   0.1 0.3     0.5 30.8 759 GC,CG,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU
3998 3998 23S 10 152 174   v4 A:U cWW       Strong T 6.6 26.4 9.7 13.3 2.5 3.6 1.7 0.3   1.8 0.1 0.3 0.4 0.3   1.4 31.6 759 GC,CG,UA,AU,GU,UG GC,CG,UA,AU
4005 4005 23S 10 153 173   v4 U:A cWW       Strong T 3.2 29.4 17.3 10.9 2.0 0.3 0.4 0.1   0.3 0.4 0.1   0.1 0.1 0.9 34.4 759 GC,CG,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU
4012 4012 23S 10 154 172   v4 U:A cWW       Strong T 2.5 18.7 26.7 13.0 0.8 1.7         0.1 0.3   0.1 0.3 1.1 34.7 759 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
4019 4019 23S 10 155 171   v4 A:U cWW       Strong T 14.9 8.0 18.7 16.6 1.8 1.6   0.1 0.1   0.1   0.4   0.3 0.3 37.0 759 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
4026 4026 23S 10 156 170   v4 A:U cWW       Strong T 12.5 7.4 15.4 18.7 1.6 3.2 0.3   0.7 0.1 0.7 0.1 0.7 0.1 0.1 0.4 38.0 759 GC,CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU
4033 4033 23S 10 157 169   v4 C:G cWW       Strong T 6.2 30.3 11.7 2.0 0.5 5.0 0.7   0.3 0.1 0.4     0.3   2.8 39.7 759 GC,CG,UA,AU,UG,UU GC,CG,UA,AU
4040 4040 23S 10 158 168   v4 U:G cWW       Weak T 0.9 1.2 13.2 0.8   36.6 1.2 0.3 2.1 0.9 0.5   0.4 0.1 0.3 0.3 41.1 759 UA,UG,AG GC,UG,AA
4047 4047 23S 11 183 214   v4 C:G cWW       Strong T   71.8 1.6 0.1   0.1     0.1       0.1 0.1   0.2 25.7 834 CG CG,UA,AU
4054 4054 23S 11 184 212   v4 C:G cWW       Strong T 10.7 55.4 5.6 0.7 1.9 0.4 0.1   0.1             0.2 24.7 834 GC,CG,UA GC,CG,UA,AU
4061 4061 23S 11 185 211   v4 G:C cWW       Strong T 6.6 48.3 15.1 4.0 0.4 0.5   0.1 0.1 0.1         0.1   24.8 835 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
4068 4068 23S 11 186 210   v4 G:C cWW       Strong T 48.3 4.2 4.8 16.0 1.6     0.2               0.1 24.7 835 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
4075 4075 23S 11 187 209   v4 G:C cWW       Strong T 41.9 28.3 2.4 1.9 0.1 0.2   0.1 0.1               24.9 833 GC,CG,UA GC,CG,UA,AU
4082 4082 23S 11 188 208   v4 G:C cWW       Strong T 18.8 7.4 28.6 1.1   12.0   2.9   3.8 0.2   0.1       25.1 836 GC,CG,UA,UG,AC,CA GC,CG,UA,AU
4089 4089 23S 11 194 201   v4 G:C cWW       Strong T 53.3 0.4 21.8 21.3   0.1           0.1       0.8 2.1 840 GC,UA,AU GC,CG,UA,AU
4096 4096 23S 11 195 200   v4 A:U tSH       Strong T     1.2 95.8 0.1   0.5 0.2                 2.1 840 AU UA,AU
4103 4103 23S 12 224 231   v4 U:A cWW       Strong T 20.9 19.0 25.5 9.7     0.5     0.1     0.1       24.2 865 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
4110 4110 23S 12 225 230   v4 C:G cWW       Strong T 0.1 51.3 19.4 3.7 0.1       0.2 0.1   0.1       0.6 24.3 863 CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
4117 4117 23S 12.1 234 430   v4 U:A tWW       Strong T   3.8 69.1 0.1   0.8 0.7 0.1 0.1 0.2     0.1     0.2 24.7 866 CG,UA CG,UA,AU
4124 4124 23S 13 235 262   v4 U:A cWW       Strong T 1.4 1.9 67.7 1.3 0.9 0.8 0.1 0.1   0.3   0.1 0.5     0.9 24.0 863 UA GC,CG,UA,AU
4131 4131 23S 13 236 261   v4 C:G cWW       Strong T 4.6 57.7 11.8 8.9 1.3 0.1 1.7 0.5 0.1 1.2 0.6 0.8     0.6 1.8 8.3 865 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
4138 4138 23S 13 237 260   v4 C:G cWW       Strong T 0.3 72.6 6.6 3.1   3.7 0.5 0.1 0.9 0.6 0.6 0.9 0.2   1.0 3.9 4.7 864 CG,UA,AU,UG,UU GC,CG,UA,AU
4145 4145 23S 13 238 259   v4 C:G cWW       Strong T 13.8 63.6 5.9 4.3 1.4   0.1 0.3   0.2 0.6 0.8 0.1   0.7 4.4 3.7 867 GC,CG,UA,AU,UU GC,CG,UA,AU
4152 4152 23S 13 239 258   v4 C:G cWW       Significant T 5.7 5.5 22.5 12.1 2.5 21.2 1.4   0.1 4.4 5.9 0.3 0.3 0.2 9.6 4.7 3.3 866 GC,CG,UA,AU,GU,UG,CA,CC,UC,UU UA,AU,CC,GG
4159 4159 23S 13 245 253   v4 G:C cWW       Strong T 53.0 3.2 16.1 15.8 3.2 0.1 0.2 5.2   0.5 0.1   0.1 0.1 0.1 0.5 1.7 868 GC,CG,UA,AU,GU,AC GC,CG,UA,AU
4166 4166 23S 13 246 252   v4 C:G cWW       Strong T 8.4 52.4 6.6 14.4 0.1 15.2 0.1     0.1 0.1 0.1 0.1     0.5 1.8 868 GC,CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU
4173 4173 23S 14 265 427   v4 A:U tSS       Strong T 0.2   0.5 72.2 1.0   0.8         0.1     0.1 0.3 24.7 869 AU GC,UA,AU
4180 4180 23S 14 266 426   v4 G:C cWW       Strong T 71.2   0.1 3.9                       0.1 24.6 868 GC,AU GC,UA,AU
4187 4187 23S 14 267 425   v4 C:G cWW       Strong T 10.1 57.4 4.0 2.4 0.2 0.3 0.5       0.1   0.1 0.1     24.7 868 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
4194 4194 23S 14 268 424   v4 C:G cWW       Strong T 3.0 59.0 10.2 0.5   1.4 0.3     0.3       0.3   0.2 24.6 869 GC,CG,UA GC,CG,UA,AU
4201 4201 23S 16 271 366   v4 G:C cWW       Strong T 3.7 3.7 1.3 1.8 0.1 1.8 0.1 0.3 0.9   0.1   0.2 0.6 2.3 0.8 82.2 872 GC,CG,UC GC,CG,UA,AU
4208 4208 23S 16 272 365   v4 A:U cWW       Strong T 0.5 2.4 1.8 3.9 0.7 1.3 0.3 1.4 0.2 1.5 0.2 0.2 0.6 0.7 0.3 3.3 80.7 871 CG,AU,UU GC,CG,UA,AU

Next page

Advanced export

JSON shape: default, array, newline-delimited

CSV options: 

CREATE TABLE "basepair_frequency" (
   "molecule" TEXT,
   "helix_number" TEXT,
   "position_1" INTEGER,
   "position_2" INTEGER,
   "pair_note" TEXT,
   "header_format" TEXT,
   "reference_base_pair" TEXT,
   "conformation" TEXT,
   "ai_code" TEXT,
   "tertiary_type" TEXT,
   "header_extra" TEXT,
   "strength" TEXT,
   "group_code" TEXT,
   "GC" REAL,
   "CG" REAL,
   "UA" REAL,
   "AU" REAL,
   "GU" REAL,
   "UG" REAL,
   "AA" REAL,
   "AC" REAL,
   "AG" REAL,
   "CA" REAL,
   "CC" REAL,
   "CU" REAL,
   "GA" REAL,
   "GG" REAL,
   "UC" REAL,
   "UU" REAL,
   "gap" REAL,
   "Seq" INTEGER,
   "predominant_types" TEXT,
   "covarying_types" TEXT
);
CREATE INDEX "idx_basepair_frequency_molecule_position_1_position_2"
    ON "basepair_frequency" ("molecule", "position_1", "position_2");