Base-pair frequencies

predominant_types
Base-pair types shown in bold in the published table (most frequent).
covarying_types
Base-pair types marked * in the published table (involved in a covariation).
header_format
legacy = entry not yet revised to the v4 layout (no type / conformation).

108 rows where group_code = "C" and strength = "Weak" sorted by position_1

✎ View and edit SQL

This data as json, CSV (advanced)

Suggested facets: reference_base_pair, GC, CG, UG, AA, AC, AG, CA, CC, CU, GA, GG, UC, UU, gap, Seq, covarying_types

conformation 5

tertiary_type 2

molecule 2

strength 1

  • Weak · 108 ✖

header_format 1

group_code 1

Link rowid molecule helix_number position_1 ▼ position_2 pair_note header_format reference_base_pair conformation ai_code tertiary_type header_extra strength group_code GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq predominant_types covarying_types
3568 3568 23S 1 8 2895   v4 C:G cWW       Weak C 2.3 6.8 56.8 2.3   2.3 9.1     20.5               44 GC,CG,UA,AU,UG,AA,CA GC,CG,UA,AU
201 201 16S 1 13 21   v4 U:G No BP       Weak C     0.8     94.4                   4.8   126 UG,UU  
278 278 16S 3 35 549   v4 G:C cWW       Weak C 86.8       13.2                         136 GC,GU  
292 292 16S 3 37 547   v4 U:A tWS       Weak C     96.7       1.3     0.7     0.7       0.7 152 UA  
299 299 16S 4 39 403   v4 G:C cWW       Weak C 98.1     0.6 0.6                   0.6     154 GC GC,AU
376 376 16S 5 54 357   v4 C:G cWW       Weak C   100.0                               158 CG  
383 383 16S 5 56 356   v4 U:A cWW       Weak C     100.0                             158 UA  
397 397 16S 5 58 354   v4 C:G cWW       Weak C   100.0                               158 CG  
411 411 16S 6 62 105   v4 U:G cWW       Weak C           99.4                     0.6 162 UG  
3834 3834 23S 6.1 66 88   v4 C:G cWW   3°: pseudoknot   Weak C   92.7 3.1               1.0       2.1   1.0 96 CG,UA,UC CG,UA
439 439 16S 6 68 101   v4 G:A cWW   3°: base pair   Weak C 1.8   2.4 0.6 0.6               92.7 1.8       164 UA,GA AU,GA
4044 4044 23S 10 158 168   v4 U:G cWW       Weak C 1.0   11.1 4.0   41.4 7.1 2.0 14.1 5.1         2.0 1.0 11.1 99 UA,AU,UG,AA,AC,AG,CA,UC GC,UG,AA
4226 4226 23S 16 274 363   v4 C:G cWW       Weak C 1.0 1.0 2.0       2.0 1.0   1.0           1.0 91.0 100 UA,AA GC,CG,UA
4233 4233 23S 18 281 359   v4 C:G cWW       Weak C 4.0 1.0 6.1 17.2 1.0 2.0 2.0 1.0   2.0     3.0 1.0 2.0 9.1 48.3 99 GC,UA,AU,UG,AA,CA,GA,UC,UU GC,CG,UA,AU
4254 4254 23S 18 284 356   v4 U:G cWW       Weak C 1.0 4.0 9.1 11.1 2.0 10.1 12.1 5.1 2.0 3.0 2.0   2.0 2.0 4.0 7.1 23.2 99 CG,UA,AU,GU,UG,AA,AC,AG,CA,CC,GA,GG,UC,UU GU,UG,AA,CC
950 950 16S 12 292 308   v4 G:C cWW       Weak C 99.4             0.6                   167 GC  
4317 4317 23S 18 293 347   v4 U:A cWW       Weak C   1.0 40.0 8.0     9.0 2.0 1.0 11.0   1.0 3.0 1.0   3.0 20.0 100 UA,AU,AA,AC,CA,GA,UU UA,AU,GG
4415 4415 23S 20 327 335   v4 G:C cWW       Weak C 96.0     1.0                         3.0 100 GC GC,AU
1048 1048 16S 14 342 347   v4 C:G cWW       Weak C   93.3 1.2     4.2     0.6             0.6   165 CG,UG CG,UA
1083 1083 16S 15 375 388   v4 U:G No BP       Weak C     0.6     99.4                       164 UG  
4443 4443 23S 21 378 396   v4 C:G cWW       Weak C   4.0   3.0   91.0     2.0                 100 CG,AU,UG,AG AU,UG
4471 4471 23S 21 382 392   v4 A:U cWW       Weak C       40.0 57.0     2.0                 1.0 100 AU,GU,AC GU,AC
1118 1118 16S 16 406 436   v4 G:C cWW       Weak C 98.1   0.6                   0.6     0.6   162 GC GC,UA
1146 1146 16S 16 416 427   v4 G:U cWW       Weak C 41.1     6.7 44.2 0.6   1.8               4.9 0.6 163 GC,AU,GU,UU GU,UG,AC
1167 1167 16S 16 419 424   v4 C:G cWW       Weak C   84.8 2.4 0.6   10.3       0.6 0.6           0.6 165 CG,UA,UG CG,UA,AU
4632 4632 23S 25 538 555   v4 A:G cWW   3°: base pair   Weak C       1.0     5.0   94.0                 100 AA,AG  
4688 4688 23S 25.1 564 577   v4 C:G cWW       Weak C   100.0                               100 CG  
1426 1426 16S 19.1 571 865   v4 U:A cWW   3°: pseudoknot   Weak C     98.8                         0.6 0.6 162 UA  
1475 1475 16S 20 584 757   v4 G:U cWW       Weak C 0.6     0.6 98.8                         165 GU  
1538 1538 16S 21 594 645   v4 U:G cWW       Weak C 0.6 7.1 49.7 9.5   14.8 3.0 4.1   9.5         0.6 1.2   169 CG,UA,AU,UG,AA,AC,CA GC,CG,UA,AU
1552 1552 16S 21 597 643   v4 G:C cWW       Weak C 91.8   1.8 3.5     0.6 1.8             0.6     170 GC,AU GC,UA,AU
4828 4828 23S 27 600 657   v4 G:U cWW       Weak C       2.0 98.0                         100 AU,GU  
1608 1608 16S 21 605 633   v4 U:G cWW       Weak C     2.9 2.4   90.6 1.2   0.6 0.6           0.6 1.2 170 UA,AU,UG AU,UG,CA
1615 1615 16S 21 606 632   v4 G:U No BP       Weak C 2.4 44.7 27.1 2.4 1.8 12.4 1.2   1.2     0.6     4.1 1.8 0.6 170 GC,CG,UA,AU,UG,UC GC,CG,UA,AU
4926 4926 23S 31 641 647   v4 U:G cWW       Weak C   2.0 8.0     86.0           2.0       2.0   100 CG,UA,UG,CU,UU UG,CU
1692 1692 16S 22 658 748   v4 C:G cWW       Weak C 2.4 0.6 6.0 25.6 2.4 0.6 9.5 31.0 1.2     3.0 7.7 3.0   7.1   168 GC,UA,AU,GU,AA,AC,CU,GA,GG,UU CG,AC,GA,UU
1734 1734 16S 22 666 740   v4 G:U cWW       Weak C       5.4 94.0                       0.6 167 AU,GU  
4933 4933 23S 32 671 809   v4 C:G cWW       Weak C   98.0                             2.0 100 CG  
1797 1797 16S 23 677 713   v4 U:G cWW       Weak C   1.8 75.7     18.9     0.6 1.8           0.6 0.6 169 UA,UG CG,UA
1846 1846 16S 23 684 706   v4 U:A cWW       Weak C     86.9 1.8 0.6   7.1         3.6           168 UA,AA,CU UA,CU
4996 4996 23S 33 687 775   v4 C:G No BP       Weak C   95.0             2.0     3.0           100 CG,AG,CU  
1867 1867 16S 23 690 697   v4 G:U tSH       Weak C       10.1 88.8   0.6                   0.6 169 AU,GU GU,AA
5052 5052 23S 33 695 767   v4 G:U cWW       Weak C     2.0 1.0 96.0                     1.0   100 UA,GU UA,GU
5101 5101 23S 34 703 729   v4 U:G No BP       Weak C           100.0                       100 UG  
5108 5108 23S 34 707 724   v4 G:U cWW       Weak C 4.0     7.0 87.0     1.0               1.0   100 GC,AU,GU GU,AC
5304 5304 23S 37 826 831   v4 U:G cWW       Weak C     1.0     96.0               1.0     2.0 100 UG  
2042 2042 16S 26 832 854   v4 G:U cWW       Weak C 1.8 0.6   14.6 80.5 0.6           0.6       0.6 0.6 164 AU,GU CG,GU
2105 2105 16S 26.1 861 868   v4 G:C cWW       Weak C 89.6     1.8       1.2     4.9       0.6   1.8 164 GC,CC GC,AU
2196 2196 16S 28 925 1391   v4 G:U cWW       Weak C 0.6       99.4                         154 GU  
2252 2252 16S 28 935 1380   v4 A:U cWW       Weak C       97.4 0.6   0.6   0.6               0.6 154 AU  
2287 2287 16S 29 942 1341   v4 G:U cWW       Weak C       1.9 91.2     1.9               1.2 3.8 160 GU GU,AC
2343 2343 16S 30 950 1231   v4 U:G cWW       Weak C   1.9 1.9     95.0                     1.2 160 UG  
2385 2385 16S 31 960 975   v4 U:A No BP       Weak C     96.9                         3.1   162 UA,UU  
2392 2392 16S 31 961 974   v4 U:A No BP       Weak C     96.9             2.5           0.6   163 UA,CA  
5878 5878 23S 42 1051 1108   v4 G:U cWW       Weak C       83.0 14.0       1.0               2.0 100 AU,GU  
2623 2623 16S 34 1052 1206   v4 U:G cWW       Weak C           100.0                       163 UG  
2630 2630 16S 34 1053 1205   v4 G:U No BP       Weak C 0.6       99.4                         163 GU  
2651 2651 16S 34 1058 1199   v4 G:U cWW       Weak C         99.4                       0.6 161 GU  
2903 2903 16S 40 1158 1178   v4 C:G No BP       Weak C   91.0   0.6   3.0 0.6   0.6     0.6         3.6 167 CG,UG CG,AU
2910 2910 16S 40 1159 1177   v4 U:G No BP       Weak C   3.0 0.6 0.6   90.4     1.2 0.6       0.6   0.6 2.4 167 CG,UG AU,UG,CA
6123 6123 23S 46 1215 1234   v4 G:U cWW       Weak C       2.0 96.0                     2.0   100 AU,GU,UU  
3022 3022 16S 41 1255 1282   v4 G:C cWW       Weak C 81.5   4.2 5.4 4.8   3.0               0.6   0.6 168 GC,UA,AU,GU,AA GC,UA,AU
3190 3190 16S 44 1401 1501   v4 G:C cWW       Weak C 100.0                                 142 GC  
6585 6585 23S 54 1415 1587   v4 U:G cWW       Weak C 29.0 1.0 45.0 13.0   2.0 1.0     1.0     1.0   2.0 2.0 3.0 100 GC,UA,AU,UG,UC,UU GC,CG,UA,AU
3323 3323 16S 44 1425 1475   v4 U:G cWW       Weak C   50.7 26.0 2.0 0.7 15.3 0.7   0.7 2.0     0.7     0.7 0.7 150 CG,UA,AU,UG,CA CG,UA,AU
3365 3365 16S 44 1435 1466   v4 G:C cWW       Weak C 74.3   3.3 6.6     5.9 6.6 0.7     0.7 1.3       0.7 152 GC,UA,AU,AA,AC GC,UA,AU
6683 6683 23S 56 1436 1556   v4 G:C cWW       Weak C 19.0 1.0 1.0 13.0 61.0 1.0             2.0       2.0 100 GC,AU,GU,GA CG,UA,GU
6697 6697 23S 56 1440 1551   v4 U:A cWW       Weak C 9.0   2.0 32.0 5.0   9.0 5.0 2.0 3.0 1.0 4.0   1.0   2.0 25.0 100 GC,UA,AU,GU,AA,AC,AG,CA,CU,UU GC,AU,CA
3407 3407 16S 44 1442 1460   v4 G:C cWW       Weak C 8.4 58.4 14.3   0.6 1.9     0.6 1.3 0.6   2.6 0.6   1.9 8.3 154 GC,CG,UA,GA GC,CG,UA
6732 6732 23S 57 1445 1466   v4 G:U cWW       Weak C 2.0 9.0   3.0 27.0                       59.0 100 GC,CG,AU,GU CG,GU
6781 6781 23S 58 1468 1524   v4 U:G cWW       Weak C 46.0   3.0 2.0 3.0 3.0   1.0 1.0 1.0 2.0 6.0 7.0   1.0 12.0 12.0 100 GC,UA,AU,GU,UG,CC,CU,GA,UU GC,AG,CA,UU
6816 6816 23S 58 1478 1513   v4 G:U cWW       Weak C 21.0   4.0 4.0 41.0   2.0 1.0 1.0       5.0 8.0     13.0 100 GC,UA,AU,GU,AA,GA,GG UA,GU,AC
6837 6837 23S 58 1481 1510   v4 U:G cWW       Weak C     7.0       1.0     1.0       2.0     89.0 100 UA,GG UA,GG
6851 6851 23S 58 1483 1506   v4 G:U cWW       Weak C   1.0 1.0   3.0 3.0 1.0 1.0   2.0     42.0 3.0   1.0 42.0 100 GU,UG,CA,GA,GG UG,AC,GA
3449 3449 16S 45 1506 1529   v4 U:G No BP       Weak C           100.0                       108 UG  
3484 3484 16S 45 1511 1524   v4 G:C cWW       Weak C 75.7 1.9     20.4             1.9           103 GC,GU GC,CG
3491 3491 16S 45 1512 1523   v4 U:G cWW       Weak C           100.0                       114 UG  
7159 7159 23S 63 1707 1751   v4 G:U cWW       Weak C 27.7     21.8 49.5     1.0                   101 GC,AU,GU GU,AC
7299 7299 23S 64 1770 1982   v4 G:U cWW       Weak C 3.0     1.0 93.1               1.0       2.0 101 GC,GU  
7320 7320 23S 65 1775 1789   v4 U:A tHS       Weak C     100.0                             101 UA  
7397 7397 23S 66 1799 1820   v4 G:U No BP       Weak C 1.0       96.0               3.0         101 GU,GA  
7411 7411 23S 66 1803 1814   v4 A:G tHS   3°: base pair   Weak C       4.0     53.5 11.9 29.7               1.0 101 AU,AA,AC,AG  
7467 7467 23S 68 1835 1905   v4 G:C cWW       Weak C 100.0                                 101 GC  
7495 7495 23S 68 1841 1901   v4 U:A cWW       Weak C     100.0                             101 UA  
7502 7502 23S 68 1842 1898   v4 G:U cWW       Weak C 1.0       99.0                         101 GU  
7551 7551 23S 68 1851 1891   v4 U:G cWW       Weak C           100.0                       101 UG  
7642 7642 23S 69 1907 1923   v4 G:U cWW       Weak C         100.0                         101 GU  
7670 7670 23S 69 1911 1919   v4 U:A No BP       Weak C     100.0                             101 UA  
7691 7691 23S 71 1945 1961   v4 G:C cWW       Weak C 100.0                                 101 GC  
7705 7705 23S 71 1947 1959   v4 C:G cWW       Weak C 1.0 99.0                               101 CG GC,CG
7845 7845 23S 73 2056 2612   v4 G:C cWW       Weak C             96.2   3.8                 52 AA,AG  
7866 7866 23S 74 2065 2445   v4 C:G cWW       Weak C   100.0                               99 CG  
7929 7929 23S 74 2075 2434   v4 U:A No BP       Weak C     100.0                             99 UA  
7936 7936 23S 75 2077 2243   v4 A:U cWW       Weak C       99.0               1.0           100 AU  
8062 8062 23S 76 2100 2189   v4 G:U cWW       Weak C     1.0 7.9 90.1             1.0           101 AU,GU UA,GU
8125 8125 23S 76 2109 2180   v4 U:U cWW   3°: base pair   Weak C       1.0               1.0     1.0 97.0   101 UU  
8160 8160 23S 77 2120 2178   v4 G:C cWW       Weak C 2.0     7.9 90.1                         101 GC,AU,GU  
8216 8216 23S 78 2136 2155   v4 G:U cWW       Weak C 21.8 4.0 3.0 20.8 36.6 1.0 2.0     2.0     4.0 1.0   2.0 2.0 101 GC,CG,UA,AU,GU,AA,CA,GA,UU CG,UA,GU
8265 8265 23S 78 2143 2148   v4 C:G cWW       Weak C           95.0                     5.0 101 UG  
8363 8363 23S 80 2249 2255   v4 U:G No BP       Weak C     2.0     98.0                       102 UA,UG  

Next page

Advanced export

JSON shape: default, array, newline-delimited

CSV options: 

CREATE TABLE "basepair_frequency" (
   "molecule" TEXT,
   "helix_number" TEXT,
   "position_1" INTEGER,
   "position_2" INTEGER,
   "pair_note" TEXT,
   "header_format" TEXT,
   "reference_base_pair" TEXT,
   "conformation" TEXT,
   "ai_code" TEXT,
   "tertiary_type" TEXT,
   "header_extra" TEXT,
   "strength" TEXT,
   "group_code" TEXT,
   "GC" REAL,
   "CG" REAL,
   "UA" REAL,
   "AU" REAL,
   "GU" REAL,
   "UG" REAL,
   "AA" REAL,
   "AC" REAL,
   "AG" REAL,
   "CA" REAL,
   "CC" REAL,
   "CU" REAL,
   "GA" REAL,
   "GG" REAL,
   "UC" REAL,
   "UU" REAL,
   "gap" REAL,
   "Seq" INTEGER,
   "predominant_types" TEXT,
   "covarying_types" TEXT
);
CREATE INDEX "idx_basepair_frequency_molecule_position_1_position_2"
    ON "basepair_frequency" ("molecule", "position_1", "position_2");