Base-pair frequencies

predominant_types
Base-pair types shown in bold in the published table (most frequent).
covarying_types
Base-pair types marked * in the published table (involved in a covariation).
header_format
legacy = entry not yet revised to the v4 layout (no type / conformation).

478 rows where group_code = "B" and molecule = "16S" sorted by position_1

✎ View and edit SQL

This data as json, CSV (advanced)

Suggested facets: reference_base_pair, AA, AC, CA, CC, CU, GG, UC

conformation 8

strength 4

tertiary_type 2

molecule 1

  • 16S · 478 ✖

header_format 1

group_code 1

Link rowid molecule helix_number position_1 ▼ position_2 pair_note header_format reference_base_pair conformation ai_code tertiary_type header_extra strength group_code GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq predominant_types covarying_types
171 171 16S 1 9 25   v4 G:C cWW       Strong B 97.2       1.2 0.1   1.2           0.1 0.3   0.1 1946 GC GC,UG
178 178 16S 1 10 24   v4 A:U cWW       Strong B       96.2 2.8       0.1     0.6       0.1   2016 AU,GU  
185 185 16S 1 11 23   v4 G:C cWW       Strong B 99.1     0.2       0.4                 0.1 2053 GC GC,AU
192 192 16S 1 12 22   v4 U:G cWW       Strong B   0.4       98.6     0.1         0.2 0.1 0.1 0.2 2131 UG  
199 199 16S 1 13 21   v4 U:G No BP       Weak B     0.2     98.9     0.2         0.1   0.1 0.1 2128 UG  
206 206 16S 2 17 918   v4 U:A cWW   3°: pseudoknot   Strong B     99.1     0.1             0.1     0.2 0.2 2163 UA  
213 213 16S 2 18 917   v4 C:G cWW   3°: pseudoknot   Strong B   95.2 3.0     0.7     0.2 0.5   0.1         0.1 2163 CG,UA CG,UA
220 220 16S 2 19 916   v4 A:U cWW   3°: pseudoknot   Strong B   79.9 0.3 13.9   0.4     1.7 0.2 0.1 3.2   0.1     0.2 2190 CG,AU,CU CG,UA,AU
227 227 16S 3 27 556   v4 G:C cWW       Strong B 99.3             0.2     0.1       0.1   0.2 2600 GC  
234 234 16S 3 28 555   v4 A:U cWW       Strong B 51.4 0.2   46.9 1.0     0.1     0.1           0.1 3080 GC,AU GC,CG,AU
241 241 16S 3 29 554   v4 U:A cWW       Strong B 10.0   21.2 67.7 0.3     0.1       0.2 0.1     0.3   3182 GC,UA,AU GC,UA,AU
248 248 16S 3 30 553   v4 U:A cWW       Strong B 0.1 50.4 47.0     1.6 0.1   0.1 0.3   0.1 0.1     0.1   3238 CG,UA GC,CG,UA
255 255 16S 3 32 552   v4 A:U cWW       Strong B     0.2 98.8 0.4   0.1 0.1       0.1       0.2 0.1 3333 AU UA,AU
262 262 16S 3 33 551   v4 A:U cWW       Strong B       99.6 0.2                         3361 AU  
269 269 16S 3 34 550   v4 C:G cWW       Strong B   98.6 0.3     0.1     0.3   0.1 0.1   0.3     0.2 3444 CG CG,UA
276 276 16S 3 35 549   v4 G:C cWW       Weak B 98.8 0.1     0.1     0.2     0.4       0.1   0.2 3467 GC GC,CG
283 283 16S 3 36 548   v4 C:G cWW       Strong B   96.2 2.4     0.2     0.1 0.2 0.1 0.1   0.3     0.3 3539 CG,UA CG,UA
290 290 16S 3 37 547   v4 U:A tWS       Weak B     98.7     0.7 0.1     0.2     0.1     0.1 0.1 3570 UA  
297 297 16S 4 39 403   v4 G:C cWW       Weak B 96.4   1.0 0.5 1.0     0.2     0.2   0.1 0.1 0.3   0.1 3830 GC GC,UA,AU
304 304 16S 4 40 402   v4 C:G cWW       Strong B   98.5 0.7     0.2     0.2   0.1     0.2       3915 CG CG,UA
311 311 16S 4 41 401   v4 G:C cWW       Strong B 94.6   2.3 2.1 0.3     0.1     0.1     0.1 0.1   0.3 3896 GC,UA,AU GC,UA,AU
318 318 16S 4 42 400   v4 G:C cWW       Strong B 96.7     2.4 0.3     0.1     0.2       0.1   0.3 3959 GC,AU GC,AU
325 325 16S 4 43 399   v4 C:G cWW       Strong B 0.8 88.1 7.1 1.2   0.9     0.1 0.4 0.6 0.2   0.3 0.1   0.2 3943 CG,UA GC,CG,UA,AU
332 332 16S 4 44 398   v4 A:U cWW       Strong B 53.1 0.1   44.4 0.4   1.2 0.3                 0.2 4002 GC,AU GC,CG,AU
339 339 16S 4 45 396   v4 G:C cWW       Strong B 27.0 5.3 37.2 0.8 0.2 25.2       0.1     0.2 0.1 3.6   0.2 3969 GC,CG,UA,UG,UC GC,CG,UA,AU
346 346 16S 4 46 395   v4 G:C cWW       Strong B 99.2     0.1       0.1     0.1     0.1 0.1   0.1 4020 GC GC,AU
353 353 16S 5 47 361   v4 C:G cWW   3°: base pair   Strong B   92.6 3.9     0.5             1.6 0.7     0.3 4038 CG,UA CG,UA
360 360 16S 5 52 359   v4 C:G cWW       Strong B 2.2 72.8 19.1 3.6 1.0 0.2   0.1 0.2 0.1 0.2 0.2   0.1       4113 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
367 367 16S 5 53 358   v4 A:U cWW       Strong B 3.8 0.1   94.0 1.6     0.1       0.1       0.1 0.1 4095 GC,AU GC,CG,AU
374 374 16S 5 54 357   v4 C:G cWW       Weak B   99.3 0.4     0.1     0.1                 4138 CG CG,UA
381 381 16S 5 56 356   v4 U:A cWW       Weak B     99.8                   0.1     0.1   4124 UA  
388 388 16S 5 57 355   v4 G:C cWW       Strong B 98.8       0.1     0.3     0.4   0.1 0.1 0.2     4194 GC  
395 395 16S 5 58 354   v4 C:G cWW       Weak B   99.3       0.1     0.1 0.1 0.2     0.1     0.1 4221 CG  
402 402 16S 6 61 106   v4 G:C cWW       Strong B 98.5     0.3 0.2     0.1     0.2     0.3     0.3 4392 GC GC,AU
409 409 16S 6 62 105   v4 U:G cWW       Weak B   0.4 0.2     98.6                 0.4 0.2 0.1 4404 UG  
416 416 16S 6 63 104   v4 C:G cWW       Strong B 0.1 98.0 0.7 0.3   0.2       0.1 0.1     0.1     0.2 4402 CG GC,CG,UA,AU
423 423 16S 6 66 103   v4 A:U cWW       Strong B 43.8   0.4 53.9 0.9     0.4       0.1   0.1 0.1   0.2 4409 GC,AU GC,UA,AU
430 430 16S 6 67 102   v4 C:G cWW       Strong B 3.4 94.5 0.3 0.1 0.1       0.1 0.5 0.2 0.1   0.3     0.3 4438 GC,CG GC,CG,UA,AU
437 437 16S 6 68 101   v4 G:A cWW   3°: base pair   Weak B 0.7   0.1   0.2 0.3 0.2     0.3     97.0 0.5     0.6 4427 GA UG,GA
444 444 16S 6 69 99   v4 G:C cWW       Strong B 43.5 9.2 0.5 19.0 13.6 0.2 0.4 0.3 1.5 0.1 0.1 0.6 0.5 0.8     9.5 4378 GC,CG,AU,GU GC,CG,UA,AU
451 451 16S 6 70 98   v4 U:A cWW       Strong B 8.2 15.9 22.9 30.7 6.9 1.2 0.3 0.2 0.2 0.1 0.2   0.7 0.3   0.3 11.5 4404 GC,CG,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU
458 458 16S 6 73 97   v4 C:G cWW       Strong B 11.8 29.0 1.2 1.0 0.4 1.0 0.1 0.1 0.3     0.1 0.1 0.2   0.1 54.7 4435 GC,CG GC,CG,UA,AU
465 465 16S 6 74 96   v4 A:U cWW       Strong B 7.7 2.0 3.0 16.4 0.6 0.4             0.5 0.1   0.1 69.0 4427 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
472 472 16S 6 75 95   v4 G:C cWW       Strong B 12.4 7.5 4.6 1.4 7.3 0.5 0.1   2.0   0.1 0.4 0.5 0.1   0.1 63.0 4428 GC,CG,UA,GU,AG GC,CG,UA,AU
479 479 16S 6 76 93   v4 G:U cWW       Strong B 3.6 4.4 5.0 7.7 5.9 1.1 0.5 0.2 4.9       0.9 0.7 0.1 0.7 64.2 4456 GC,CG,UA,AU,GU,AG GC,CG,UA,AU
486 486 16S 6 77 92   v4 A:U cWW       Strong B 6.6 4.6 7.4 11.8 6.8 3.1 0.2 0.2 3.5 0.1   0.1 0.8 0.1 0.6 0.7 53.1 4420 GC,CG,UA,AU,GU,UG,AG GC,CG,UA,AU
493 493 16S 6 78 91   v4 A:U cWW       Strong B 10.7 8.4 9.5 15.9 5.0 2.9 0.2 0.2 2.4   0.1 0.1 1.6 0.3 0.1 0.3 42.3 4430 GC,CG,UA,AU,GU,UG,AG GC,CG,UA,AU
500 500 16S 6 79 90   v4 G:C cWW       Strong B 20.8 16.9 8.9 12.3 10.4 2.8 0.8 0.3 1.2 0.1 0.1 0.1 0.2 0.1   0.4 24.5 4439 GC,CG,UA,AU,GU,UG GC,CG,UA,AU
507 507 16S 6 80 89   v4 A:U cWW       Strong B 32.5 18.9 18.1 12.1 5.2 1.2 0.1 0.3 1.2 0.1   0.1   0.2   0.2 9.7 4409 GC,CG,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU
514 514 16S 6 81 88   v4 A:U cWW       Strong B 8.3 25.7 23.5 34.9 3.2 1.2   0.1 0.2 0.1 0.1   0.1 0.1   0.1 2.3 4440 GC,CG,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU
521 521 16S 6 82 87   v4 G:C cWW       Strong B 42.2 36.8 1.9 12.3 0.3 4.2 0.1   0.1   0.1   0.2     0.1 1.4 4468 GC,CG,AU,UG GC,CG,UA,AU
528 528 16S 6.1 113 314   v4 G:C cWW       Strong B 99.0 0.7                             0.1 4720 GC GC,CG
535 535 16S 6.1 114 313   v4 U:A cWW       Strong B 0.6 0.1 98.5 0.4   0.1       0.1             0.1 4704 UA GC,CG,UA,AU
542 542 16S 6.1 115 312   v4 G:C cWW       Strong B 98.1 0.3 1.0   0.2     0.1                 0.2 4659 GC GC,CG,UA
549 549 16S 7 122 239   v4 G:U cWW       Strong B 0.3     11.5 49.1   0.7 4.1 33.6     0.2 0.1 0.1     0.2 4717 AU,GU,AC,AG GU,AG
556 556 16S 7 123 238   v4 U:A cWW       Strong B 0.1 91.9 7.1   0.2 0.2         0.1     0.1     0.2 4769 CG,UA CG,UA,GU
563 563 16S 7 124 237   v4 C:G cWW       Strong B 75.6 7.2 3.5 12.8 0.2 0.1           0.1 0.1     0.1 0.2 4767 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
570 570 16S 7 125 236   v4 U:A cWW       Strong B   0.2 25.4 0.1   73.6       0.1         0.1 0.1 0.2 4679 UA,UG AU,UG,CA
577 577 16S 7 126 235   v4 G:C cWW       Strong B 61.2 6.7 0.2 27.8 3.2 0.1           0.1 0.1 0.1   0.1 0.3 4751 GC,CG,AU,GU GC,CG,UA,AU
584 584 16S 7 127 234   v4 G:C cWW       Strong B 76.3 1.5 4.5 13.8 2.3 0.7   0.1           0.2     0.5 4777 GC,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU
591 591 16S 7 128 233   v4 G:C cWW       Strong B 85.0 3.8 0.9 7.5 0.4 0.6   0.1     0.3   0.1 0.5     0.5 4770 GC,CG,AU GC,CG,UA,AU
598 598 16S 7 129 232   v4 A:G cWW   3°: base pair   Strong B 1.5 17.8 11.5 1.0 0.4 25.1 0.1 0.1 38.0 0.2 0.2   2.4 0.3 0.1   1.2 4743 CG,UA,UG,AG,GA GC,UA,AG
605 605 16S 7 131 231   v4 A:U cWW       Strong B 0.1 50.5 40.0 3.4 0.1 4.7     0.1 0.1 0.1 0.1       0.3 0.4 4782 CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU
612 612 16S 7 132 230   v4 C:G cWW       Strong B 14.2 76.5 3.4 4.3 0.1 0.5       0.1   0.1   0.1     0.5 4755 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
619 619 16S 7 136 227   v4 C:G cWW       Strong B   98.4 0.6     0.2       0.3   0.1         0.5 4743 CG CG,UA
626 626 16S 7 137 226   v4 U:G cWW       Strong B 1.8 53.9 38.3 0.4 0.6 3.3 0.1   0.1 0.3           0.4 0.6 4737 CG,UA,UG GC,CG,UA,AU
633 633 16S 7 138 225   v4 G:C cWW       Strong B 10.5 17.3 36.4 17.8 0.5 11.0 0.1   0.1 0.2 0.1 0.1   0.1 0.2 5.2 0.4 4733 GC,CG,UA,AU,UG,UU GC,CG,UA,AU
640 640 16S 7 139 224   v4 A:U cWW       Strong B 11.4 7.1 31.1 20.5 16.8 6.6 1.4 0.1 0.2 0.3   0.4 0.3 0.1 0.1 3.4 0.2 4768 GC,CG,UA,AU,GU,UG,UU GC,CG,UA,AU
647 647 16S 7 140 223   v4 U:A cWW       Strong B 8.0 18.5 36.1 22.2 7.2 5.5 0.6 0.1 0.1 0.1   0.2 0.3 0.3 0.1 0.4 0.3 4760 GC,CG,UA,AU,GU,UG GC,CG,UA,AU
654 654 16S 7 141 222   v4 G:C cWW       Strong B 22.1 4.5 4.5 64.0 0.3 2.9 0.1 0.1   0.1   0.1   0.1   0.7 0.3 4787 GC,CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU
661 661 16S 7 142 221   v4 G:C cWW       Strong B 63.7 31.6 0.4 2.2 0.7 0.2 0.1 0.1     0.1 0.1 0.2 0.1 0.1   0.5 4814 GC,CG,AU GC,CG,UA,AU
668 668 16S 8 144 178   v4 G:C cWW       Strong B 40.4 23.7 8.9 10.9 0.2 14.5 0.1 0.1     0.1   0.1 0.1 0.1 0.1 0.5 4750 GC,CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU
675 675 16S 8 145 177   v4 G:G cWW   3°: base pair   Strong B 6.7 24.1 2.4 2.8 0.2 21.8 0.1 0.1 0.3 0.1   0.1 0.1 40.8   0.1 0.3 4809 GC,CG,UA,AU,UG,GG UA,AU,GG
682 682 16S 8 146 176   v4 G:C cWW       Strong B 91.6 0.4 0.4 2.9 3.6 0.4             0.1 0.2     0.2 4836 GC,AU,GU GC,CG,UA,AU
689 689 16S 8 147 175   v4 G:C cWW       Strong B 98.7     0.6 0.2               0.1       0.3 4845 GC GC,AU
696 696 16S 8 152 169   v4 A:C tHW   3°: base pair   Strong B 0.1     0.4 10.5 0.3 1.1 79.6 0.2 0.1 0.6 0.5 0.8 5.4 0.1   0.3 4869 GU,AC,GG GU,UG,AC,CA
703 703 16S 8 153 168   v4 C:G cWW       Strong B 0.1 70.0 1.4   13.1 0.2       13.8 0.2 0.4       0.1 0.5 4851 CG,GU,CA CG,UA,GU
710 710 16S 8 154 167   v4 U:A cWW       Strong B 7.6 39.3 22.8 18.3 3.7 4.8 0.1 0.1 0.1 0.5 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 1.9 0.1 4802 GC,CG,UA,AU,GU,UG GC,CG,UA,AU
717 717 16S 8 155 166   v4 A:U cWW       Strong B 12.9 40.3 17.4 19.1 1.8 6.6 0.1 0.1 0.1 0.6   0.1   0.1   0.3 0.2 4805 GC,CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU
724 724 16S 8 156 165   v4 C:G cWW       Strong B 8.8 31.8 20.4 15.8 2.9 18.6 0.1   0.1 0.1   0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.9 4805 GC,CG,UA,AU,GU,UG GC,CG,UA,AU
731 731 16S 8 157 164   v4 U:G cWW       Strong B 13.2 10.3 11.2 2.4 33.1 29.0   0.1   0.1       0.2   0.1 0.3 4852 GC,CG,UA,AU,GU,UG GU,UG,AC,CA
738 738 16S 8 158 163   v4 G:C cWW       Strong B 70.0 17.3 0.5 10.5 0.2 0.8         0.2 0.1   0.1     0.2 4850 GC,CG,AU GC,CG,UA,AU
745 745 16S 9 184 193   v4 G:C cWW       Strong B 14.6 29.0 13.3 28.1 6.0 2.7 0.2 0.4 1.9 0.2 0.1 0.4 0.1 0.3 0.1 0.9 1.8 4800 GC,CG,UA,AU,GU,UG GC,CG,UA,AU
752 752 16S 9 185 192   v4 U:A cWW       Strong B 4.3 42.7 28.5 11.4 1.7 7.1 0.1   0.1 0.6 0.1 0.2 0.1 0.2   1.7 1.3 4829 GC,CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU
759 759 16S 9 186 191   v4 C:G cWW       Strong B 10.9 73.9 2.0 2.1 0.3 7.4 0.1   0.2   0.2 0.1 0.1 0.3 0.1 0.6 1.6 4806 GC,CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU
766 766 16S 10 198 219   v4 G:U cWW       Strong B 81.3 0.6 0.6 4.3 11.8 0.1   0.1     0.1   0.1 0.3 0.1   0.5 4898 GC,AU,GU GC,CG,UA,AU
773 773 16S 10 199 218   v4 A:U cWW       Strong B 13.6 24.3 6.0 36.6 7.7 1.2   0.2     0.1 0.2 1.2 0.1   0.2 8.3 4880 GC,CG,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU
780 780 16S 10 200 217   v4 G:C cWW       Strong B 15.5 6.6 8.3 15.7 1.1 1.8     0.1 0.1   0.1 0.7 0.2   0.2 49.5 4854 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
787 787 16S 10 201 216   v4 G:U cWW       Strong B 5.5 3.4 2.2 0.9 30.6 0.5 0.1 0.1     0.1 0.1 0.1 0.2   0.4 55.9 4903 GC,CG,UA,GU CG,UA,GU,AC
794 794 16S 10 202 215   v4 G:C cWW       Strong B 33.1 7.6 0.3 0.6 0.3 0.1   0.1     0.1     0.2     57.6 4910 GC,CG GC,CG,UA,AU
801 801 16S 10 203 214   v4 G:C cWW       Strong B 21.7 8.2 1.1 1.0 0.1 3.3         0.2   0.1 0.2     63.9 4926 GC,CG,UG GC,CG,UA,AU
808 808 16S 10 206 213   v4 C:G cWW       Strong B 0.3 14.3 10.0 0.5 0.1 0.3     0.1 0.1 0.1 0.1         74.1 4935 CG,UA GC,CG,UA,AU
815 815 16S 10 207 212   v4 C:G cWW       Strong B 1.1 20.6 1.5 1.2 0.3 1.1                     74.0 4937 CG GC,CG,UA,AU
822 822 16S 11 240 286   v4 G:C cWW       Strong B 10.0 69.7 14.3 4.9   0.4 0.1     0.1 0.1 0.1   0.1     0.1 4956 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
829 829 16S 11 241 285   v4 G:C cWW       Strong B 32.7 36.8 14.7 11.8 2.8 0.5   0.1     0.1     0.2       4993 GC,CG,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU
836 836 16S 11 242 284   v4 G:C cWW       Strong B 48.4 20.6 6.8 0.1   23.5         0.3       0.1     4979 GC,CG,UA,UG GC,AU,UG
843 843 16S 11 245 283   v4 U:U cWW   3°: base pair   Strong B                     25.2 0.1     0.1 74.3   4985 CC,UU CC,UU
850 850 16S 11 247 277   v4 G:C cWW       Strong B 99.2     0.1 0.4           0.1     0.1       5011 GC GC,AU
857 857 16S 11 248 276   v4 C:G cWW       Strong B 9.8 82.2 4.7 1.5   0.7       0.1 0.5 0.1   0.1 0.1   0.1 5006 GC,CG,UA GC,CG,UA,AU
864 864 16S 11 249 275   v4 U:G cWW       Strong B   0.1 0.1     98.4     0.1 1.2         0.1 0.1   5017 UG UG,CA

Next page

Advanced export

JSON shape: default, array, newline-delimited

CSV options: 

CREATE TABLE "basepair_frequency" (
   "molecule" TEXT,
   "helix_number" TEXT,
   "position_1" INTEGER,
   "position_2" INTEGER,
   "pair_note" TEXT,
   "header_format" TEXT,
   "reference_base_pair" TEXT,
   "conformation" TEXT,
   "ai_code" TEXT,
   "tertiary_type" TEXT,
   "header_extra" TEXT,
   "strength" TEXT,
   "group_code" TEXT,
   "GC" REAL,
   "CG" REAL,
   "UA" REAL,
   "AU" REAL,
   "GU" REAL,
   "UG" REAL,
   "AA" REAL,
   "AC" REAL,
   "AG" REAL,
   "CA" REAL,
   "CC" REAL,
   "CU" REAL,
   "GA" REAL,
   "GG" REAL,
   "UC" REAL,
   "UU" REAL,
   "gap" REAL,
   "Seq" INTEGER,
   "predominant_types" TEXT,
   "covarying_types" TEXT
);
CREATE INDEX "idx_basepair_frequency_molecule_position_1_position_2"
    ON "basepair_frequency" ("molecule", "position_1", "position_2");