Base-pair frequencies

predominant_types
Base-pair types shown in bold in the published table (most frequent).
covarying_types
Base-pair types marked * in the published table (involved in a covariation).
header_format
legacy = entry not yet revised to the v4 layout (no type / conformation).

870 rows where group_code = "A" and molecule = "23S" sorted by position_1

✎ View and edit SQL

This data as json, CSV (advanced)

Suggested facets: reference_base_pair, AA, AC, AG, CA, CC, CU, GA, GG, UC, UU, Seq

conformation 9

strength 5

molecule 1

  • 23S · 870 ✖

header_format 1

group_code 1

Link rowid molecule helix_number position_1 ▼ position_2 pair_note header_format reference_base_pair conformation ai_code tertiary_type header_extra strength group_code GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq predominant_types covarying_types
3518 3518 23S 1 1 2902   v4 G:C cWW       Strong A 12.1 3.0   3.0 6.1         6.1   3.0         66.7 33 GC,CG,AU,GU,CA,CU GC,AU,CA
3525 3525 23S 1 2 2901   v4 G:C cWW       Strong A 9.1 21.2               3.0   3.0       3.0 60.6 33 GC,CG,CA,CU,UU GC,CG,UU
3532 3532 23S 1 3 2900   v4 U:A cWW       Strong A 3.0 30.3                         3.0 12.1 51.5 33 GC,CG,UC,UU GC,CG,UU
3539 3539 23S 1 4 2899   v4 U:A cWW       Strong A 18.2 6.1 15.2 21.2                     3.0   36.4 33 GC,CG,UA,AU,UC GC,CG,UA,AU
3546 3546 23S 1 5 2898   v4 A:U cWW       Strong A 51.5 12.1 6.1 6.1     3.0         3.0         18.2 33 GC,CG,UA,AU,AA,CU GC,CG,UA,AU
3553 3553 23S 1 6 2897   v4 A:U cWW       Strong A 63.6 3.0 9.1 3.0                   6.1     15.2 33 GC,CG,UA,AU,GG GC,CG,UA,AU
3560 3560 23S 1 7 2896   v4 G:C cWW       Strong A 39.4 36.4 3.0 3.0 6.1         3.0             9.1 33 GC,CG,UA,AU,GU,CA GC,CG,UA,AU
3567 3567 23S 1 8 2895   v4 C:G cWW       Weak A 24.2 24.2 27.3 3.0   3.0         3.0           15.1 33 GC,CG,UA,AU,UG,CC GC,CG,UA,AU
3574 3574 23S 2 15 525   v4 G:U cWW       Strong A       16.7 5.6 44.4   5.6 11.1     13.9       2.8   36 AU,GU,UG,AC,AG,CU,UU AU,UG
3581 3581 23S 2 16 524   v4 C:G cWW       Strong A 47.2 13.9 2.8   36.1                         36 GC,CG,UA,GU GC,CG,UA
3588 3588 23S 2 17 523   v4 G:C cWW       Strong A 5.6 94.4                               36 GC,CG GC,CG
3595 3595 23S 2 18 522   v4 U:A cWW       Strong A   94.4 5.6                             36 CG,UA CG,UA
3602 3602 23S 2 19 521   v4 A:U cWW       Strong A 38.9   2.8 47.2 2.8                     8.3   36 GC,UA,AU,GU,UU GC,UA,AU
3609 3609 23S 2 20 520   v4 C:G cWW       Strong A 16.7 47.2 5.6 8.3 13.9 8.3                       36 GC,CG,UA,AU,GU,UG GC,CG,UA,AU
3616 3616 23S 2 21 519   v4 A:U cWW       Strong A   88.9 11.1                             36 CG,UA CG,UA
3623 3623 23S 2 22 518   v4 C:G cWW       Strong A   52.8 41.7 5.6                           36 CG,UA,AU CG,UA,AU
3630 3630 23S 2 23 517   v4 G:C cWW       Strong A 94.4     5.6                           36 GC,AU GC,AU
3637 3637 23S 2 24 516   v4 G:C cWW       Strong A 75.0       25.0                         36 GC,GU  
3644 3644 23S 2 30 510   v4 G:C cWW   3°: base pair   Strong A 75.0 2.8 13.9 8.3                           36 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
3651 3651 23S 3 31 474   v4 C:G cWW       Strong A 100.0                                 36 GC  
3658 3658 23S 3 32 473   v4 C:G cWW       Strong A   100.0                               36 CG  
3665 3665 23S 4 35 445   v4 G:C cWW       Strong A 100.0                                 36 GC  
3672 3672 23S 4 36 444   v4 G:C cWW       Strong A 100.0                                 36 GC  
3679 3679 23S 4 37 442   v4 C:G cWW       Strong A   94.4 2.8     2.8                       36 CG,UA,UG CG,UA
3686 3686 23S 4 38 441   v4 A:U cWW       Strong A     100.0                             36 UA  
3693 3693 23S 4 39 440   v4 G:C cWW       Strong A   80.6 19.4                             36 CG,UA CG,UA
3700 3700 23S 4 40 439   v4 U:A cWW       Strong A 91.7     8.3                           36 GC,AU GC,AU
3707 3707 23S 4 41 438   v4 C:G cWW       Strong A 75.0     25.0                           36 GC,AU GC,AU
3714 3714 23S 4 42 437   v4 A:U cWW       Strong A 94.4     5.6                           36 GC,AU GC,AU
3721 3721 23S 4 43 436   v4 G:C cWW       Strong A       2.8 11.1                     8.3 77.8 36 AU,GU,UU  
3728 3728 23S 4 44 434   v4 A:U cWW       Strong A 5.6 72.2 2.8 5.6           8.3           5.6   36 GC,CG,UA,AU,CA,UU GC,CG,UA,AU
3735 3735 23S 4 45 433   v4 G:C cWW       Strong A 86.1     13.9                           36 GC,AU GC,AU
3742 3742 23S 4.1 46 179   v4 G:C cWW       Strong A 5.6 94.4                               36 GC,CG GC,CG
3749 3749 23S 4.1 47 178   v4 C:G cWW       Strong A   69.4 8.3 5.6   16.7                       36 CG,UA,AU,UG CG,UA,AU
3756 3756 23S 5 53 117   v4 A:G tHS   3°: base pair   Significant A   5.6   11.1         83.3                 36 CG,AU,AG  
3763 3763 23S 5 54 116   v4 G:C cWW       Strong A 100.0                                 36 GC  
3770 3770 23S 5 55 115   v4 G:C cWW       Strong A 100.0                                 36 GC  
3777 3777 23S 5 56 114   v4 A:U cWW       Strong A 55.6 13.9   30.6                           36 GC,CG,AU GC,CG,AU
3784 3784 23S 6 57 70   v4 C:G cWW       Strong A   100.0                               36 CG  
3791 3791 23S 6 58 69   v4 G:C cWW       Strong A 100.0                                 36 GC  
3798 3798 23S 6 59 68   v4 U:G cWW       Strong A   19.4       80.6                       36 CG,UG  
3805 3805 23S 6.1 61 93   v4 C:G cWW   3°: pseudoknot   Strong A 63.9 30.6                     2.8 2.8       36 GC,CG,GA,GG GC,CG
3812 3812 23S 6.1 62 92   v4   cWW   3°: pseudoknot   Strong A   94.4 2.8               2.8             36 CG,UA,CC CG,UA
3819 3819 23S 6.1 64 90   v4 A:U cWW   3°: pseudoknot   Significant A             100.0                     36 AA  
3826 3826 23S 6.1 65 89   v4 U:A cWW   3°: pseudoknot   Strong A 100.0                                 36 GC  
3833 3833 23S 6.1 66 88   v4 C:G cWW   3°: pseudoknot   Weak A   94.4 5.6                             36 CG,UA CG,UA
3840 3840 23S 6.2 67 74   v4 U:A cWH   3°: pseudoknot   Strong A 2.8   75.0 8.3 11.1                       2.8 36 GC,UA,AU,GU UA,GU
3847 3847 23S 7 76 110   v4 C:G cWW       Strong A   100.0                               36 CG  
3854 3854 23S 7 77 109   v4 G:C cWW       Strong A   77.8 22.2                             36 CG,UA CG,UA
3861 3861 23S 7 78 108   v4 U:G cWW       Strong A 2.8 75.0 16.7 5.6                           36 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
3868 3868 23S 7 79 107   v4 C:G cWW       Strong A 58.3 16.7 11.1 13.9                           36 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
3875 3875 23S 7 80 106   v4 G:C cWW       Strong A 91.7     8.3                           36 GC,AU GC,AU
3882 3882 23S 7 81 105   v4 G:C cWW       Strong A 100.0                                 36 GC  
3889 3889 23S 7 82 104   v4 U:A tSH       Strong A         25.0         8.3     55.6   11.1     36 GU,CA,GA,UC GA,UC
3896 3896 23S 7 85 97   v4 G:C cWW       Strong A 94.4 5.6                               36 GC,CG GC,CG
3903 3903 23S 7 86 96   v4 G:C cWW       Strong A 72.2 25.0   2.8                           36 GC,CG,AU GC,CG,AU
3910 3910 23S 7 87 95   v4 U:A cWW       Strong A   83.3   8.3             2.8       5.6     36 CG,AU,CC,UC CG,AU,UC
3917 3917 23S 8 121 130   v4 G:C cWW       Strong A 38.9     5.6 52.8   2.8                     36 GC,AU,GU,AA GU,AA
3924 3924 23S 8 122 129   v4 G:C cWW       Strong A 91.7     8.3                           36 GC,AU GC,AU
3931 3931 23S 8 123 128   v4 G:C cWW       Strong A 100.0                                 36 GC  
3938 3938 23S 9 131 148   v4 A:U cWW       Strong A 65.7     8.6                         25.7 35 GC,AU GC,AU
3945 3945 23S 9 132 147   v4 G:C cWW       Strong A 2.8 58.3 5.6 2.8 5.6                       25.0 36 GC,CG,UA,AU,GU CG,UA,GU
3952 3952 23S 9 133 146   v4 U:A cWW       Strong A 5.6 52.8 13.9                           27.8 36 GC,CG,UA GC,CG,UA
3959 3959 23S 9 134 145   v4 G:C cWW       Strong A 36.1 25.0   2.8               5.6         30.6 36 GC,CG,AU,CU GC,CG,AU
3966 3966 23S 9 135 144   v4 U:A cWW       Strong A 20.0 40.0 2.9 2.9                         34.3 35 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
3973 3973 23S 9 136 143   v4 G:C cWW       Strong A 16.7 5.6   2.8 2.8 2.8                     69.4 36 GC,CG,AU,GU,UG GC,CG,AU
3980 3980 23S 9 137 142   v4 U:A cWW       Strong A 19.4 8.3                             72.2 36 GC,CG GC,CG
3987 3987 23S 10 150 176   v4 U:A cWW       Strong A   72.2 5.6 22.2                           36 CG,UA,AU CG,UA,AU
3994 3994 23S 10 151 175   v4 C:G cWW       Strong A   16.7 75.0 8.3                           36 CG,UA,AU CG,UA,AU
4001 4001 23S 10 152 174   v4 A:U cWW       Strong A   80.6 19.4                             36 CG,UA CG,UA
4008 4008 23S 10 153 173   v4 U:A cWW       Strong A 22.2 75.0                 2.8             36 GC,CG,CC GC,CG
4015 4015 23S 10 154 172   v4 U:A cWW       Strong A 16.7 72.2                       2.8     8.3 36 GC,CG,GG GC,CG
4022 4022 23S 10 155 171   v4 A:U cWW       Strong A 11.1 11.1 2.8   8.3 2.8             5.6       58.3 36 GC,CG,UA,GU,UG,GA GC,CG,UA
4029 4029 23S 10 156 170   v4 A:U cWW       Strong A 2.8     2.8         8.3       8.3       77.7 36 GC,AU,AG,GA AG,GA
4036 4036 23S 10 157 169   v4 C:G cWW       Strong A     8.3       5.6     2.8             83.4 36 UA,AA,CA  
4043 4043 23S 10 158 168   v4 U:G cWW       Weak A           2.8     5.6 2.8             88.9 36 UG,AG,CA AG,CA
4050 4050 23S 11 183 214   v4 C:G cWW       Strong A   100.0                               36 CG  
4057 4057 23S 11 184 212   v4 C:G cWW       Strong A 36.1 55.6 8.3                             36 GC,CG,UA GC,CG,UA
4064 4064 23S 11 185 211   v4 G:C cWW       Strong A 8.3 88.9 2.8                             36 GC,CG,UA GC,CG,UA
4071 4071 23S 11 186 210   v4 G:C cWW       Strong A 33.3 55.6 11.1                             36 GC,CG,UA GC,CG,UA
4078 4078 23S 11 187 209   v4 G:C cWW       Strong A 44.4 55.6                               36 GC,CG GC,CG
4085 4085 23S 11 188 208   v4 G:C cWW       Strong A 36.1 47.2   11.1   5.6                       36 GC,CG,AU,UG GC,CG,AU
4092 4092 23S 11 194 201   v4 G:C cWW       Strong A 100.0                                 36 GC  
4099 4099 23S 11 195 200   v4 A:U tSH       Strong A       100.0                           36 AU  
4106 4106 23S 12 224 231   v4 U:A cWW       Strong A 22.2 30.6 36.1 11.1                           36 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
4113 4113 23S 12 225 230   v4 C:G cWW       Strong A   100.0                               36 CG  
4120 4120 23S 12.1 234 430   v4 U:A tWW       Strong A   2.8 91.7           2.8 2.8               36 CG,UA,AG,CA CG,UA
4127 4127 23S 13 235 262   v4 U:A cWW       Strong A 27.8 38.9 11.1 2.8 19.4                         36 GC,CG,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU
4134 4134 23S 13 236 261   v4 C:G cWW       Strong A   75.0 25.0                             36 CG,UA CG,UA
4141 4141 23S 13 237 260   v4 C:G cWW       Strong A   100.0                               36 CG  
4148 4148 23S 13 238 259   v4 C:G cWW       Strong A 52.8 47.2                               36 GC,CG GC,CG
4155 4155 23S 13 239 258   v4 C:G cWW       Significant A 5.6 2.8 8.3     77.8       5.6               36 GC,CG,UA,UG,CA GC,UG,CA
4162 4162 23S 13 245 253   v4 G:C cWW       Strong A 66.7 2.8   25.0 2.8     2.8                   36 GC,CG,AU,GU,AC GC,CG,AU
4169 4169 23S 13 246 252   v4 C:G cWW       Strong A 55.6 13.9 13.9 13.9 2.8                         36 GC,CG,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU
4176 4176 23S 14 265 427   v4 A:U tSS       Strong A       100.0                           36 AU  
4183 4183 23S 14 266 426   v4 G:C cWW       Strong A 97.2     2.8                           36 GC,AU GC,AU
4190 4190 23S 14 267 425   v4 C:G cWW       Strong A 22.2 61.1 13.9   2.8                         36 GC,CG,UA,GU GC,CG,UA
4197 4197 23S 14 268 424   v4 C:G cWW       Strong A 16.7 72.2 2.8 8.3                           36 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
4204 4204 23S 16 271 366   v4 G:C cWW       Strong A 22.2 41.7 13.9 19.4   2.8                       36 GC,CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU
4211 4211 23S 16 272 365   v4 A:U cWW       Strong A 11.1 52.8 8.3 22.2                 5.6         36 GC,CG,UA,AU,GA GC,CG,UA,AU

Next page

Advanced export

JSON shape: default, array, newline-delimited

CSV options: 

CREATE TABLE "basepair_frequency" (
   "molecule" TEXT,
   "helix_number" TEXT,
   "position_1" INTEGER,
   "position_2" INTEGER,
   "pair_note" TEXT,
   "header_format" TEXT,
   "reference_base_pair" TEXT,
   "conformation" TEXT,
   "ai_code" TEXT,
   "tertiary_type" TEXT,
   "header_extra" TEXT,
   "strength" TEXT,
   "group_code" TEXT,
   "GC" REAL,
   "CG" REAL,
   "UA" REAL,
   "AU" REAL,
   "GU" REAL,
   "UG" REAL,
   "AA" REAL,
   "AC" REAL,
   "AG" REAL,
   "CA" REAL,
   "CC" REAL,
   "CU" REAL,
   "GA" REAL,
   "GG" REAL,
   "UC" REAL,
   "UU" REAL,
   "gap" REAL,
   "Seq" INTEGER,
   "predominant_types" TEXT,
   "covarying_types" TEXT
);
CREATE INDEX "idx_basepair_frequency_molecule_position_1_position_2"
    ON "basepair_frequency" ("molecule", "position_1", "position_2");