Base-pair frequencies

predominant_types
Base-pair types shown in bold in the published table (most frequent).
covarying_types
Base-pair types marked * in the published table (involved in a covariation).
header_format
legacy = entry not yet revised to the v4 layout (no type / conformation).

870 rows where group_code = 3 and molecule = "23S" sorted by position_1

✎ View and edit SQL

This data as json, CSV (advanced)

Suggested facets: reference_base_pair

conformation 9

strength 5

molecule 1

  • 23S · 870 ✖

header_format 1

group_code 1

Link rowid molecule helix_number position_1 ▼ position_2 pair_note header_format reference_base_pair conformation ai_code tertiary_type header_extra strength group_code GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq predominant_types covarying_types
3516 3516 23S 1 1 2902   v4 G:C cWW       Strong 3 50.8 1.2 2.4 7.7 3.7   1.6     0.8   0.8       0.4 30.4 246 GC,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU
3523 3523 23S 1 2 2901   v4 G:C cWW       Strong 3 45.9 3.3 3.7 16.3 2.0   0.8 0.4   0.4   0.8     0.8 0.4 25.1 246 GC,CG,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU
3530 3530 23S 1 3 2900   v4 U:A cWW       Strong 3 5.3 7.3 49.0 2.8 0.8 1.2       1.2   3.6     0.4 3.6 24.6 247 GC,CG,UA,AU,CU,UU GC,CG,UA,AU
3537 3537 23S 1 4 2899   v4 U:A cWW       Strong 3 3.2 30.8 36.4 4.5   0.8 1.2   0.4 0.4         0.4   21.8 247 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
3544 3544 23S 1 5 2898   v4 A:U cWW       Strong 3 6.9 2.0 0.8 70.2 0.4   0.4         0.4         18.9 248 GC,CG,AU GC,CG,UA,AU
3551 3551 23S 1 6 2897   v4 A:U cWW       Strong 3 8.9 0.4 1.2 69.8 0.4   0.4             0.8     18.1 248 GC,AU GC,CG,UA,AU
3558 3558 23S 1 7 2896   v4 G:C cWW       Strong 3 72.5 4.8 0.8 2.8 0.8   0.4     0.4 0.4           17.2 251 GC,CG,AU GC,CG,UA,AU
3565 3565 23S 1 8 2895   v4 C:G cWW       Weak 3 5.6 27.1 27.5 1.2   19.9         0.4     0.4     18.0 251 GC,CG,UA,UG GC,CG,UA,AU
3572 3572 23S 2 15 525   v4 G:U cWW       Strong 3 1.3 20.8 1.8 2.0 63.4 4.0   0.5 2.0 1.3   1.8 0.3   0.3 0.3 0.6 399 CG,AU,GU,UG,AG CG,UA,GU,AC
3579 3579 23S 2 16 524   v4 C:G cWW       Strong 3 32.7 13.1 24.4 17.6 8.5 2.3     0.3 0.5 0.5           0.3 398 GC,CG,UA,AU,GU,UG GC,CG,UA,AU
3586 3586 23S 2 17 523   v4 G:C cWW       Strong 3 60.7 19.2 15.7 0.5 2.2 0.2           1.0         0.4 402 GC,CG,UA,GU GC,CG,UA,AU
3593 3593 23S 2 18 522   v4 U:A cWW       Strong 3 2.7 60.7 30.1 0.5   3.7 0.2   0.2     0.2 0.2 0.2   0.7 0.2 402 GC,CG,UA,UG GC,CG,UA,AU
3600 3600 23S 2 19 521   v4 A:U cWW       Strong 3 9.2 15.6 23.3 28.0 19.6 0.2 1.0       0.2     0.5   2.0 0.2 403 GC,CG,UA,AU,GU,UU GC,CG,UA,AU
3607 3607 23S 2 20 520   v4 C:G cWW       Strong 3 6.9 36.2 17.4 32.8 1.5 2.5   0.2   0.7         0.2 1.0 0.4 403 GC,CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU
3614 3614 23S 2 21 519   v4 A:U cWW       Strong 3 14.6 9.9 5.7 46.4 7.9 13.4     0.5     0.5       0.7 0.2 403 GC,CG,UA,AU,GU,UG GC,AU,UG
3621 3621 23S 2 22 518   v4 C:G cWW       Strong 3 0.5 59.2 24.4 2.5   11.9       0.5 0.5           0.4 402 CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU
3628 3628 23S 2 23 517   v4 G:C cWW       Strong 3 80.1   0.2 15.6 2.5   0.2   1.0               0.2 403 GC,AU,GU GC,UA,AU
3635 3635 23S 2 24 516   v4 G:C cWW       Strong 3 75.1   2.0 19.2 2.2 0.2   0.2   0.7             0.2 402 GC,UA,AU,GU GC,UA,AU
3642 3642 23S 2 30 510   v4 G:C cWW   3°: base pair   Strong 3 76.2 13.2 1.7 5.7 0.7 1.2 0.7                   0.4 403 GC,CG,AU GC,CG,UA,AU
3649 3649 23S 3 31 474   v4 C:G cWW       Strong 3 9.7 62.3 16.7 8.2 0.2 0.7     0.2     0.2         1.4 401 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
3656 3656 23S 3 32 473   v4 C:G cWW       Strong 3   96.0 0.2 2.5   0.2         0.2     0.2     0.4 403 CG,AU CG,UA,AU
3663 3663 23S 4 35 445   v4 G:C cWW       Strong 3 99.0     0.2                         0.7 402 GC GC,AU
3670 3670 23S 4 36 444   v4 G:C cWW       Strong 3 95.8 1.0   1.7       0.7     0.2           0.5 403 GC GC,CG,AU
3677 3677 23S 4 37 442   v4 C:G cWW       Strong 3 1.7 88.8 1.7 2.5   4.7               0.2     0.2 401 CG,AU,UG GC,CG,UA,AU
3684 3684 23S 4 38 441   v4 A:U cWW       Strong 3 10.2 0.5 37.7 51.4                         0.2 401 GC,UA,AU GC,CG,UA,AU
3691 3691 23S 4 39 440   v4 G:C cWW       Strong 3 10.5 54.9 24.2 9.7   0.2   0.2                 0.2 401 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
3698 3698 23S 4 40 439   v4 U:A cWW       Strong 3 16.3 23.1 52.1 6.5 0.3 1.0           0.3   0.3     0.3 399 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
3705 3705 23S 4 41 438   v4 C:G cWW       Strong 3 27.4 33.7 9.7 28.4               0.2         0.4 401 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
3712 3712 23S 4 42 437   v4 A:U cWW       Strong 3 47.1 0.2 4.5 47.1 0.5     0.2                 0.2 401 GC,UA,AU GC,CG,UA,AU
3719 3719 23S 4 43 436   v4 G:C cWW       Strong 3 38.1 36.6 4.5 5.5 1.0   4.0   1.0   0.2       0.2 0.7 8.1 402 GC,CG,UA,AU,AA GC,CG,UA,AU
3726 3726 23S 4 44 434   v4 A:U cWW       Strong 3 3.5 6.5 3.0 73.5 1.8 0.5 2.2 1.8 3.5 0.8 0.2   1.5 0.5   0.5 0.2 400 GC,CG,UA,AU,AA,AG GC,CG,UA,AU
3733 3733 23S 4 45 433   v4 G:C cWW       Strong 3 68.1 0.5 1.0 5.7 2.2 2.0 0.2 2.7     0.2       5.5 8.7 2.8 401 GC,AU,GU,UG,AC,UC,UU GC,CG,AA,UU
3740 3740 23S 4.1 46 179   v4 G:C cWW       Strong 3 40.0 28.6 4.2                     0.5     26.5 402 GC,CG,UA GC,CG,UA
3747 3747 23S 4.1 47 178   v4 C:G cWW       Strong 3   95.7 1.0 0.5   2.3                     0.6 399 CG,UG CG,UA,AU
3754 3754 23S 5 53 117   v4 A:G tHS   3°: base pair   Significant 3   0.5   1.5         97.5         0.2     0.2 405 AG  
3761 3761 23S 5 54 116   v4 G:C cWW       Strong 3 75.6     2.5 21.4               0.2       0.2 406 GC,AU,GU GC,AU
3768 3768 23S 5 55 115   v4 G:C cWW       Strong 3 77.0 0.2   21.2 1.2                       0.2 405 GC,AU GC,CG,AU
3775 3775 23S 5 56 114   v4 A:U cWW       Strong 3 8.9 3.7 3.0 83.7 0.2     0.2                 0.2 406 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
3782 3782 23S 6 57 70   v4 C:G cWW       Strong 3   91.4 7.9     0.2                     0.4 406 CG,UA CG,UA
3789 3789 23S 6 58 69   v4 G:C cWW       Strong 3 98.5     0.2 0.7     0.2                 0.2 406 GC GC,AU
3796 3796 23S 6 59 68   v4 U:G cWW       Strong 3 8.3 40.7 9.8     40.9                     0.2 408 GC,CG,UA,UG GC,UG
3803 3803 23S 6.1 61 93   v4 C:G cWW   3°: pseudoknot   Strong 3 26.0 14.3 8.8 15.7   0.5   5.7         0.2 0.2     28.5 407 GC,CG,UA,AU,AC GC,CG,UA,AU
3810 3810 23S 6.1 62 92   v4   cWW   3°: pseudoknot   Strong 3 5.6 25.1 19.8 1.0 0.2 0.5 4.1   1.2 0.2 0.2   1.0 0.2   12.2 28.5 410 GC,CG,UA,AA,UU GC,CG,UA,AU
3817 3817 23S 6.1 64 90   v4 A:U cWW   3°: pseudoknot   Significant 3 14.1 5.1 0.7 22.1   0.2 29.0             0.2     28.4 411 GC,CG,AU,AA GC,CG,AA
3824 3824 23S 6.1 65 89   v4 U:A cWW   3°: pseudoknot   Strong 3 18.5 24.8 7.1 15.1 5.1                 0.5 0.2 0.2 28.5 411 GC,CG,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU
3831 3831 23S 6.1 66 88   v4 C:G cWW   3°: pseudoknot   Weak 3   67.4 1.5     1.5 0.2   0.2 0.2       0.5     28.5 411 CG CG,UA
3838 3838 23S 6.2 67 74   v4 U:A cWH   3°: pseudoknot   Strong 3 2.2 2.2 60.3 8.5 6.3 1.5       0.7 1.0   0.2   13.1 2.7 1.1 411 GC,CG,UA,AU,GU,UC,UU GC,CG,UA,AU
3845 3845 23S 7 76 110   v4 C:G cWW       Strong 3 0.5 69.7 2.4 0.2   14.5       4.1 1.2 0.2   1.0 2.4 0.5 3.1 413 CG,UA,UG,CA,UC GC,CG,UA,AU
3852 3852 23S 7 77 109   v4 G:C cWW       Strong 3 12.1 21.8 42.9 1.2 0.5   0.2 15.5     1.2 0.5     0.2   3.8 413 GC,CG,UA,AC CG,UA,GU,AC
3859 3859 23S 7 78 108   v4 U:G cWW       Strong 3 6.5 17.7 13.6 12.1 1.7 23.5 0.2     0.5 0.5 0.2 1.5 0.5 0.2   21.3 413 GC,CG,UA,AU,UG GC,AU,UG,CA
3866 3866 23S 7 79 107   v4 C:G cWW       Strong 3 10.9 47.0 14.0 2.4   3.9 11.9   0.2     0.2 4.8 1.0 1.2 0.2 2.2 413 GC,CG,UA,AU,UG,AA,GA GC,CG,UA,AU
3873 3873 23S 7 80 106   v4 G:C cWW       Strong 3 72.6   0.7 2.9 0.5         0.2   0.2 0.5 1.0 17.7 1.7 2.0 413 GC,AU,UC GC,UA,AU
3880 3880 23S 7 81 105   v4 G:C cWW       Strong 3 65.0 1.0 1.2 2.7 0.5 0.2   0.7         0.2       28.4 412 GC,AU GC,CG,UA,AU
3887 3887 23S 7 82 104   v4 U:A tSH       Strong 3   0.2 5.1   40.2 1.9   0.2   0.7 10.7   6.3 1.2 4.6   28.8 413 UA,GU,CC,GA,UC UA,GU,CC
3894 3894 23S 7 85 97   v4 G:C cWW       Strong 3 68.3 0.5 0.5 0.7 1.0               0.2       28.8 413 GC GC,CG,UA,AU
3901 3901 23S 7 86 96   v4 G:C cWW       Strong 3 14.0 47.5 4.4 2.7 0.2 2.4                     28.8 413 GC,CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU
3908 3908 23S 7 87 95   v4 U:A cWW       Strong 3 1.9 17.4 46.2 2.4   0.5   0.7   0.2 0.5 0.2     0.7   29.0 413 CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
3915 3915 23S 8 121 130   v4 G:C cWW       Strong 3 85.7     0.7 7.9   0.2 1.4 0.2               3.8 420 GC,GU GC,AU
3922 3922 23S 8 122 129   v4 G:C cWW       Strong 3 69.4 21.6 2.1 2.1 0.2 0.7         0.2           3.5 421 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
3929 3929 23S 8 123 128   v4 G:C cWW       Strong 3 69.8 0.2 0.2 1.4 0.2 0.2                     27.8 420 GC GC,CG,UA,AU
3936 3936 23S 9 131 148   v4 A:U cWW       Strong 3 41.7 1.4 0.5 44.6 2.6                       9.2 424 GC,AU,GU GC,CG,UA,AU
3943 3943 23S 9 132 147   v4 G:C cWW       Strong 3 20.5 42.2 1.4 11.6 14.4 0.5             0.2       9.2 424 GC,CG,AU,GU GC,CG,UA,AU
3950 3950 23S 9 133 146   v4 U:A cWW       Strong 3 0.9 47.1 33.4 5.2   0.9     3.8       0.5 0.7   0.2 7.3 425 CG,UA,AU,AG GC,CG,UA,AU
3957 3957 23S 9 134 145   v4 G:C cWW       Strong 3 13.1 23.2 14.1 32.2 0.2 3.1   0.2 0.2   1.2 3.1         9.5 426 GC,CG,UA,AU,UG,CU GC,CG,UA,AU
3964 3964 23S 9 135 144   v4 U:A cWW       Strong 3 27.1 30.1 16.5 7.1 0.9 1.9 0.2 0.2   1.6   1.2 1.2     0.5 11.4 425 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
3971 3971 23S 9 136 143   v4 G:C cWW       Strong 3 22.8 10.6 11.7 20.2 0.7 2.8 3.1 0.5 2.3     0.2   0.2   0.2 24.7 426 GC,CG,UA,AU,UG,AA,AG GC,CG,UA,AU
3978 3978 23S 9 137 142   v4 U:A cWW       Strong 3 12.9 15.5 14.8 9.2 1.2 9.2 0.7 1.4 0.5       0.9 3.8   0.5 29.4 426 GC,CG,UA,AU,UG,GG GC,CG,UA,AU
3985 3985 23S 10 150 176   v4 U:A cWW       Strong 3   32.2 61.0 2.1   0.7 0.2     0.2     0.2       3.3 426 CG,UA,AU CG,UA,AU
3992 3992 23S 10 151 175   v4 C:G cWW       Strong 3 15.7 43.4 25.6 3.5 5.9 1.2       0.2   0.2       0.9 3.3 426 GC,CG,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU
3999 3999 23S 10 152 174   v4 A:U cWW       Strong 3 8.7 43.0 9.6 17.4 4.0 6.1 0.5     3.1   0.2 0.2 0.5   2.6 4.2 426 GC,CG,UA,AU,GU,UG,CA,UU GC,CG,UA,AU
4006 4006 23S 10 153 173   v4 U:A cWW       Strong 3 5.4 35.7 27.9 17.1 3.5 0.5 0.5     0.2 0.5 0.2       1.4 6.9 426 GC,CG,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU
4013 4013 23S 10 154 172   v4 U:A cWW       Strong 3 4.5 18.5 41.1 20.7 1.4 2.8           0.5   0.2 0.5 0.9 8.9 426 GC,CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU
4020 4020 23S 10 155 171   v4 A:U cWW       Strong 3 26.3 12.0 16.0 26.3 1.9 2.8   0.2 0.2   0.2   0.5   0.2 0.5 12.8 426 GC,CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU
4027 4027 23S 10 156 170   v4 A:U cWW       Strong 3 17.1 12.0 24.9 19.7 2.8 5.4 0.2   1.2 0.2   0.2 0.9   0.2 0.5 14.5 426 GC,CG,UA,AU,GU,UG GC,CG,UA,AU
4034 4034 23S 10 157 169   v4 C:G cWW       Strong 3 10.6 46.5 13.6 3.3 0.5 7.3 0.5   0.5 0.2 0.5           16.6 426 GC,CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU
4041 4041 23S 10 158 168   v4 U:G cWW       Weak 3 1.2 2.1 20.9 0.2   55.6 0.5   0.5 0.5     0.7 0.2   0.2 17.4 426 CG,UA,UG GC,AU,UG,CA
4048 4048 23S 11 183 214   v4 C:G cWW       Strong 3   97.5 1.9           0.2       0.2 0.2       484 CG CG,UA
4055 4055 23S 11 184 212   v4 C:G cWW       Strong 3 17.8 77.7 1.7   2.3 0.6                       484 GC,CG,GU GC,CG,UA
4062 4062 23S 11 185 211   v4 G:C cWW       Strong 3 10.7 69.3 14.2 4.1 0.6 0.6       0.2         0.2     485 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
4069 4069 23S 11 186 210   v4 G:C cWW       Strong 3 72.6 6.8 5.8 12.4 2.3     0.2                   485 GC,CG,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU
4076 4076 23S 11 187 209   v4 G:C cWW       Strong 3 47.4 48.0 3.7   0.2 0.4     0.2                 483 GC,CG,UA GC,CG,UA
4083 4083 23S 11 188 208   v4 G:C cWW       Strong 3 31.1 5.8 41.4 1.0   8.2   4.9   6.4 0.4   0.2       0.6 486 GC,CG,UA,UG,AC,CA GC,CG,UA,AU
4090 4090 23S 11 194 201   v4 G:C cWW       Strong 3 63.2   36.2 0.4                         0.2 486 GC,UA GC,UA,AU
4097 4097 23S 11 195 200   v4 A:U tSH       Strong 3       99.6 0.2                       0.2 486 AU  
4104 4104 23S 12 224 231   v4 U:A cWW       Strong 3 16.6 31.9 35.8 15.5           0.2               511 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
4111 4111 23S 12 225 230   v4 C:G cWW       Strong 3 0.2 60.7 31.4 6.1         0.4 0.2   0.2       0.6 0.2 509 CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
4118 4118 23S 12.1 234 430   v4 U:A tWW       Strong 3   4.7 92.6     1.2 0.6   0.2 0.2             0.6 512 CG,UA CG,UA
4125 4125 23S 13 235 262   v4 U:A cWW       Strong 3 2.4 2.9 90.2 1.4 1.4 0.8   0.2               0.2 0.6 509 GC,CG,UA GC,CG,UA,AU
4132 4132 23S 13 236 261   v4 C:G cWW       Strong 3 6.7 77.1 12.9 0.8   0.2       0.6 0.2 0.4         1.2 511 GC,CG,UA GC,CG,UA,AU
4139 4139 23S 13 237 260   v4 C:G cWW       Strong 3   92.0 1.8     4.7         0.4           1.2 510 CG,UG CG,UA
4146 4146 23S 13 238 259   v4 C:G cWW       Strong 3 19.1 73.7 4.7   1.8                       0.8 513 GC,CG,UA GC,CG,UA
4153 4153 23S 13 239 258   v4 C:G cWW       Significant 3 3.3 8.2 20.3 4.9 1.0 31.6       3.9 9.8   0.2 0.4 13.9 2.1 0.4 512 GC,CG,UA,AU,UG,CA,CC,UC,UU AU,UG,CC,GA
4160 4160 23S 13 245 253   v4 G:C cWW       Strong 3 63.4 0.4   22.6 5.1     8.2           0.2 0.2     514 GC,AU,GU,AC GC,CG,AU
4167 4167 23S 13 246 252   v4 C:G cWW       Strong 3 4.5 70.2 4.1 1.6 0.2 19.1         0.2           0.2 514 GC,CG,UA,UG GC,CG,UA,AU
4174 4174 23S 14 265 427   v4 A:U tSS       Strong 3       96.9 1.0   1.0         0.2     0.2 0.6 0.2 515 AU AU,UC
4181 4181 23S 14 266 426   v4 G:C cWW       Strong 3 94.7     5.3                           514 GC,AU GC,AU
4188 4188 23S 14 267 425   v4 C:G cWW       Strong 3 14.0 77.0 4.3 3.9 0.4 0.4                       514 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
4195 4195 23S 14 268 424   v4 C:G cWW       Strong 3 4.9 76.7 15.3 0.6   2.1       0.4               515 GC,CG,UA,UG GC,CG,UA,AU
4202 4202 23S 16 271 366   v4 G:C cWW       Strong 3 5.4 6.2 1.9 2.7 0.2 2.9 0.2 0.4 1.2   0.2   0.2 1.0 3.9 1.2 72.6 518 GC,CG,AU,UG,UC GC,CG,UA,AU
4209 4209 23S 16 272 365   v4 A:U cWW       Strong 3 0.8 3.7 3.1 6.6 1.0 1.9   1.7 0.4 2.5 0.2 0.4 1.0 1.2 0.4 4.6 70.6 517 CG,UA,AU,CA,UU GC,CG,UA,AU

Next page

Advanced export

JSON shape: default, array, newline-delimited

CSV options: 

CREATE TABLE "basepair_frequency" (
   "molecule" TEXT,
   "helix_number" TEXT,
   "position_1" INTEGER,
   "position_2" INTEGER,
   "pair_note" TEXT,
   "header_format" TEXT,
   "reference_base_pair" TEXT,
   "conformation" TEXT,
   "ai_code" TEXT,
   "tertiary_type" TEXT,
   "header_extra" TEXT,
   "strength" TEXT,
   "group_code" TEXT,
   "GC" REAL,
   "CG" REAL,
   "UA" REAL,
   "AU" REAL,
   "GU" REAL,
   "UG" REAL,
   "AA" REAL,
   "AC" REAL,
   "AG" REAL,
   "CA" REAL,
   "CC" REAL,
   "CU" REAL,
   "GA" REAL,
   "GG" REAL,
   "UC" REAL,
   "UU" REAL,
   "gap" REAL,
   "Seq" INTEGER,
   "predominant_types" TEXT,
   "covarying_types" TEXT
);
CREATE INDEX "idx_basepair_frequency_molecule_position_1_position_2"
    ON "basepair_frequency" ("molecule", "position_1", "position_2");