Base-pair frequencies

predominant_types
Base-pair types shown in bold in the published table (most frequent).
covarying_types
Base-pair types marked * in the published table (involved in a covariation).
header_format
legacy = entry not yet revised to the v4 layout (no type / conformation).

133 rows where conformation = "No BP" and molecule = "23S" sorted by position_1

✎ View and edit SQL

This data as json, CSV (advanced)

Suggested facets: helix_number, position_1, position_2, reference_base_pair, AA, AC, AG, CA, CC, CU, GG, UC, UU

group_code 7

  • 3 19
  • A 19
  • B 19
  • C 19
  • E 19
  • M 19
  • T 19

strength 5

tertiary_type 2

molecule 1

  • 23S · 133 ✖

header_format 1

conformation 1

  • No BP · 133 ✖
Link rowid molecule helix_number position_1 ▼ position_2 pair_note header_format reference_base_pair conformation ai_code tertiary_type header_extra strength group_code GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq predominant_types covarying_types
4992 4992 23S 33 687 775   v4 C:G No BP       Weak T   95.8 0.2 0.9   1.2   0.1 0.3 0.1 0.1 0.3 0.1 0.3     0.3 886 CG CG,UA,AU
4993 4993 23S 33 687 775   v4 C:G No BP       Weak 3   99.0               0.2 0.2     0.4     0.2 524 CG  
4994 4994 23S 33 687 775   v4 C:G No BP       Weak B   99.3               0.4 0.4             282 CG  
4995 4995 23S 33 687 775   v4 C:G No BP       Weak A   100.0                               37 CG  
4996 4996 23S 33 687 775   v4 C:G No BP       Weak C   95.0             2.0     3.0           100 CG,AG,CU  
4997 4997 23S 33 687 775   v4 C:G No BP       Weak E   98.5                       1.0     0.5 205 CG  
4998 4998 23S 33 687 775   v4 C:G No BP       Weak M   89.7 0.8 3.1   4.2   0.4 0.4       0.4 0.4     0.8 262 CG,AU,UG CG,UA,AU
4999 4999 23S 33 688 774   v4 U:G No BP       Significant T     90.9 1.5 0.1 3.6       0.1         3.3 0.3 0.2 886 UA,UG,UC UA,AU
5000 5000 23S 33 688 774   v4 U:G No BP       Significant 3     89.5     5.3                 5.0 0.2   524 UA,UG,UC  
5001 5001 23S 33 688 774   v4 U:G No BP       Significant B     88.7     9.2                 2.1     282 UA,UG,UC  
5002 5002 23S 33 688 774   v4 U:G No BP       Significant A     100.0                             37 UA  
5003 5003 23S 33 688 774   v4 U:G No BP       Significant C     100.0                             100 UA  
5004 5004 23S 33 688 774   v4 U:G No BP       Significant E     88.8     1.0                 9.8 0.5   205 UA,UC  
5005 5005 23S 33 688 774   v4 U:G No BP       Significant M     90.1 5.0 0.4 1.5       0.4         1.1 0.8 0.8 262 UA,AU UA,AU
5097 5097 23S 34 703 729   v4 U:G No BP       Weak T   15.1 0.1 0.1 0.1 71.4 0.2   5.1 0.1   0.1   0.6     7.1 887 CG,UG,AG GU,UG,AA
5098 5098 23S 34 703 729   v4 U:G No BP       Weak 3   22.5       77.3       0.2               524 CG,UG UG,CA
5099 5099 23S 34 703 729   v4 U:G No BP       Weak B   1.8       98.2                       282 UG  
5100 5100 23S 34 703 729   v4 U:G No BP       Weak A   32.4       67.6                       37 CG,UG  
5101 5101 23S 34 703 729   v4 U:G No BP       Weak C           100.0                       100 UG  
5102 5102 23S 34 703 729   v4 U:G No BP       Weak E   49.3       50.2       0.5               205 CG,UG UG,CA
5103 5103 23S 34 703 729   v4 U:G No BP       Weak M   6.1 0.4 0.4 0.4 48.7 0.8   17.1     0.4   1.9     24.0 263 CG,UG,AG GU,UG,AA
6602 6602 23S 55 1420 1578   v4 A:U No BP       Strong T 4.5 10.9 5.9 7.0 0.8 0.2 0.1 0.2 0.6 0.2   0.8       22.3 46.3 860 GC,CG,UA,AU,UU GC,CG,AA,UU
6603 6603 23S 55 1420 1578   v4 A:U No BP       Strong 3 8.1 18.8 9.1 10.5 1.0 0.4   0.2 0.8 0.4   1.2       39.5 9.8 484 GC,CG,UA,AU,UU GC,CG,UU
6604 6604 23S 55 1420 1578   v4 A:U No BP       Strong B       11.4 0.4 0.8     1.5     2.3       72.3 11.5 264 AU,CU,UU AG,UU
6605 6605 23S 55 1420 1578   v4 A:U No BP       Strong A 39.0     29.3 7.3                       24.4 41 GC,AU,GU GC,AU
6606 6606 23S 55 1420 1578   v4 A:U No BP       Strong C     3.0 3.0 2.0   1.0 1.0       1.0       1.0 88.0 100 UA,AU,GU UA,AU
6607 6607 23S 55 1420 1578   v4 A:U No BP       Strong E 12.8 50.8 24.6 5.0 0.6     0.6   1.1             4.6 179 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
6608 6608 23S 55 1420 1578   v4 A:U No BP       Strong M   1.1 1.4 2.2         0.4               94.9 276 AU CG,UA,AU
6910 6910 23S 59 1527 1544   v4 G:A No BP   3°: base pair   Strong T 1.9 18.8 3.7 1.6 7.7 0.3 1.0   0.2 2.8 0.2 0.1 20.0 0.2 0.1 0.3 40.8 861 CG,UA,GU,CA,GA CG,AU,GA,UC
6911 6911 23S 59 1527 1544   v4 G:A No BP   3°: base pair   Strong 3 2.9 32.6 4.7 0.4 13.4   0.8   0.2       33.8 0.2   0.4 10.4 485 GC,CG,UA,GU,GA CG,AU,GA
6912 6912 23S 59 1527 1544   v4 G:A No BP   3°: base pair   Strong B 3.4 13.6 5.7 0.4 2.7   1.5           62.1     0.8 9.9 264 GC,CG,UA,GU,GA CG,GA,UU
6913 6913 23S 59 1527 1544   v4 G:A No BP   3°: base pair   Strong A         73.2                       26.8 41 GU  
6914 6914 23S 59 1527 1544   v4 G:A No BP   3°: base pair   Strong C 2.0 4.0 9.0 11.0 1.0 3.0 5.0   1.0 24.0 2.0 1.0 8.0 1.0 1.0 1.0 26.0 100 GC,CG,UA,AU,UG,AA,CA,CC,GA GC,AU,UG,CA
6915 6915 23S 59 1527 1544   v4 G:A No BP   3°: base pair   Strong E 2.8 67.8 4.4 0.6 15.6       0.6         0.6     7.8 180 GC,CG,UA,GU CG,UA,GU
6916 6916 23S 59 1527 1544   v4 G:A No BP   3°: base pair   Strong M       0.4                         99.7 276    
7393 7393 23S 66 1799 1820   v4 G:U No BP       Weak T 22.1   0.1 0.6 73.2     0.1         0.4       3.5 842 GC,GU UA,GU,AC
7394 7394 23S 66 1799 1820   v4 G:U No BP       Weak 3 40.0       58.3     0.2                 1.5 458 GC,GU GU,AC
7395 7395 23S 66 1799 1820   v4 G:U No BP       Weak B         100.0                         262 GU  
7396 7396 23S 66 1799 1820   v4 G:U No BP       Weak A 90.2       9.8                         41 GC,GU  
7397 7397 23S 66 1799 1820   v4 G:U No BP       Weak C 1.0       96.0               3.0         101 GU,GA  
7398 7398 23S 66 1799 1820   v4 G:U No BP       Weak E 97.4       0.6     0.6                 1.2 155 GC  
7399 7399 23S 66 1799 1820   v4 G:U No BP       Weak M 0.7   0.4 1.8 89.0                       8.1 283 GU UA,GU
7666 7666 23S 69 1911 1919   v4 U:A No BP       Weak T     97.9             0.5           0.1 1.5 852 UA  
7667 7667 23S 69 1911 1919   v4 U:A No BP       Weak 3     98.6             0.9           0.2 0.2 440 UA  
7668 7668 23S 69 1911 1919   v4 U:A No BP       Weak B     98.0             1.6             0.4 244 UA  
7669 7669 23S 69 1911 1919   v4 U:A No BP       Weak A     100.0                             41 UA  
7670 7670 23S 69 1911 1919   v4 U:A No BP       Weak C     100.0                             101 UA  
7671 7671 23S 69 1911 1919   v4 U:A No BP       Weak E     99.4                         0.6   155 UA  
7672 7672 23S 69 1911 1919   v4 U:A No BP       Weak M     96.1                           3.8 311 UA  
7680 7680 23S 71 1935 1962   v4 G:C No BP       Strong T 51.6 20.5   16.5 5.7 0.2 0.2 2.6 1.1       0.2 0.7 0.2 0.4   847 GC,CG,AU,GU,AC GC,CG,AU
7681 7681 23S 71 1935 1962   v4 G:C No BP       Strong 3 56.9 39.9     2.5 0.5   0.2                   436 GC,CG,GU GC,CG
7682 7682 23S 71 1935 1962   v4 G:C No BP       Strong B 99.6         0.4                       240 GC GC,UG
7683 7683 23S 71 1935 1962   v4 G:C No BP       Strong A 22.0 51.2     26.8                         41 GC,CG,GU CG,GU
7684 7684 23S 71 1935 1962   v4 G:C No BP       Strong C 97.0             2.0           1.0       101 GC,AC  
7685 7685 23S 71 1935 1962   v4 G:C No BP       Strong E   98.7       0.6   0.6                   155 CG CG,AC
7686 7686 23S 71 1935 1962   v4 G:C No BP       Strong M 29.4     45.2 11.9   0.6 6.1 2.9       0.6 1.6 0.6 1.0   310 GC,AU,GU,AC,AG GC,AU
7925 7925 23S 74 2075 2434   v4 U:A No BP       Weak T   0.1 97.8     0.4 0.2         0.1     0.2 1.2   845 UA CG,UA
7926 7926 23S 74 2075 2434   v4 U:A No BP       Weak 3     99.3                         0.7   437 UA  
7927 7927 23S 74 2075 2434   v4 U:A No BP       Weak B     100.0                             241 UA  
7928 7928 23S 74 2075 2434   v4 U:A No BP       Weak A     100.0                             41 UA  
7929 7929 23S 74 2075 2434   v4 U:A No BP       Weak C     100.0                             99 UA  
7930 7930 23S 74 2075 2434   v4 U:A No BP       Weak E     98.1                         1.9   155 UA  
7931 7931 23S 74 2075 2434   v4 U:A No BP       Weak M   0.3 94.8     1.0 0.6         0.3     0.6 2.3   309 UA,UU CG,UA
8135 8135 23S 76.1 2112 2169   v4 G:A No BP   3°: pseudoknot   Strong T 0.1 0.2 0.9 1.1 0.5   1.3   11.0 0.1     53.0   0.1   31.6 847 AG,GA AG,GA,UC
8136 8136 23S 76.1 2112 2169   v4 G:A No BP   3°: pseudoknot   Strong 3 0.2     2.1 0.9       20.1       76.7         437 AU,AG,GA AG,GA
8137 8137 23S 76.1 2112 2169   v4 G:A No BP   3°: pseudoknot   Strong B                 34.4       65.6         241 AG,GA AG,GA
8138 8138 23S 76.1 2112 2169   v4 G:A No BP   3°: pseudoknot   Strong A       4.9         12.2       82.9         41 AU,AG,GA AG,GA
8139 8139 23S 76.1 2112 2169   v4 G:A No BP   3°: pseudoknot   Strong C             3.0           97.0         101 AA,GA  
8140 8140 23S 76.1 2112 2169   v4 G:A No BP   3°: pseudoknot   Strong E 0.6     4.5 2.6               92.3         155 AU,GU,GA AU,GA
8141 8141 23S 76.1 2112 2169   v4 G:A No BP   3°: pseudoknot   Strong M   0.6 2.6       2.6   1.6 0.3     5.2   0.3   86.7 309 UA,AA,GA AG,GA,UC
8142 8142 23S 76.1 2113 2170   v4 U:A No BP   3°: pseudoknot   Strong T   26.0 37.7     1.1 0.1     1.8     1.3     0.1 32.0 847 CG,UA CG,UA
8143 8143 23S 76.1 2113 2170   v4 U:A No BP   3°: pseudoknot   Strong 3   27.5 66.8     0.9       2.5     2.1     0.2   437 CG,UA,CA,GA CG,UA
8144 8144 23S 76.1 2113 2170   v4 U:A No BP   3°: pseudoknot   Strong B   41.9 53.9             1.7     2.5         241 CG,UA,GA CG,UA
8145 8145 23S 76.1 2113 2170   v4 U:A No BP   3°: pseudoknot   Strong A   29.3 48.8             17.1     4.9         41 CG,UA,CA,GA CG,UA
8146 8146 23S 76.1 2113 2170   v4 U:A No BP   3°: pseudoknot   Strong C   96.0 3.0             1.0               101 CG,UA CG,UA
8147 8147 23S 76.1 2113 2170   v4 U:A No BP   3°: pseudoknot   Strong E   4.5 91.6     2.6             0.6     0.6   155 CG,UA,UG CG,UA
8148 8148 23S 76.1 2113 2170   v4 U:A No BP   3°: pseudoknot   Strong M   1.0 7.8     1.6 0.3     1.0     0.6       87.7 309 UA CG,UA
8149 8149 23S 76.1 2117 2172   v4 A:U No BP   3°: pseudoknot   Strong T 5.4 7.7 0.6 49.2 0.4   0.7   0.5 0.4   0.2 0.8     2.5 31.6 847 GC,CG,AU,UU GC,CG,UA,AU
8150 8150 23S 76.1 2117 2172   v4 A:U No BP   3°: pseudoknot   Strong 3 8.9     88.8 0.2         0.7   0.5 0.9         437 GC,AU GC,AU,CA
8151 8151 23S 76.1 2117 2172   v4 A:U No BP   3°: pseudoknot   Strong B       100.0                           241 AU  
8152 8152 23S 76.1 2117 2172   v4 A:U No BP   3°: pseudoknot   Strong A 85.4     14.6                           41 GC,AU GC,AU
8153 8153 23S 76.1 2117 2172   v4 A:U No BP   3°: pseudoknot   Strong C 2.0 64.4   11.9 1.0                     20.8   101 GC,CG,AU,UU GC,CG,UU
8154 8154 23S 76.1 2117 2172   v4 A:U No BP   3°: pseudoknot   Strong E 2.6     91.0 0.6         1.9   1.3 2.6         155 GC,AU,GA GC,AU,CA
8155 8155 23S 76.1 2117 2172   v4 A:U No BP   3°: pseudoknot   Strong M 1.6   1.6 5.5 0.3   1.9   1.3       1.0       86.7 309 AU GC,UA,AU
8359 8359 23S 80 2249 2255   v4 U:G No BP       Weak T     4.1     94.6       0.6       0.4 0.1 0.1 0.1 845 UA,UG UG,CA
8360 8360 23S 80 2249 2255   v4 U:G No BP       Weak 3           99.1               0.7     0.2 434 UG  
8361 8361 23S 80 2249 2255   v4 U:G No BP       Weak B           99.6                     0.4 238 UG  
8362 8362 23S 80 2249 2255   v4 U:G No BP       Weak A           100.0                       41 UG  
8363 8363 23S 80 2249 2255   v4 U:G No BP       Weak C     2.0     98.0                       102 UA,UG  
8364 8364 23S 80 2249 2255   v4 U:G No BP       Weak E           98.1               1.9       155 UG  
8365 8365 23S 80 2249 2255   v4 U:G No BP       Weak M     10.7     87.1       1.6         0.3 0.3   309 UA,UG UG,CA
8478 8478 23S 84 2296 2322   v4 U:A No BP       Strong T   0.4 63.4 0.1   0.2 0.1 0.1   0.1 0.1   0.5   2.7 0.5 31.7 848 UA,UC CG,UA,AU
8479 8479 23S 84 2296 2322   v4 U:A No BP       Strong 3     92.9         0.2   0.2     0.9   5.0 0.7   437 UA,UC UA,AC
8480 8480 23S 84 2296 2322   v4 U:A No BP       Strong B     96.7                       2.5 0.8   241 UA,UC  
8481 8481 23S 84 2296 2322   v4 U:A No BP       Strong A     100.0                             41 UA  
8482 8482 23S 84 2296 2322   v4 U:A No BP       Strong C     99.0                           1.0 102 UA  
8483 8483 23S 84 2296 2322   v4 U:A No BP       Strong E     85.2         0.6   0.6     2.6   10.3 0.6   155 UA,GA,UC UA,AC
8484 8484 23S 84 2296 2322   v4 U:A No BP       Strong M   1.0 10.0 0.3   0.6 0.3       0.3       0.3 0.3 86.7 309 UA CG,UA,AU
8849 8849 23S 90 2511 2577   v4 U:A No BP       No Support T     99.1             0.9               778 UA  
8850 8850 23S 90 2511 2577   v4 U:A No BP       No Support 3     100.0                             417 UA  

Next page

Advanced export

JSON shape: default, array, newline-delimited

CSV options: 

CREATE TABLE "basepair_frequency" (
   "molecule" TEXT,
   "helix_number" TEXT,
   "position_1" INTEGER,
   "position_2" INTEGER,
   "pair_note" TEXT,
   "header_format" TEXT,
   "reference_base_pair" TEXT,
   "conformation" TEXT,
   "ai_code" TEXT,
   "tertiary_type" TEXT,
   "header_extra" TEXT,
   "strength" TEXT,
   "group_code" TEXT,
   "GC" REAL,
   "CG" REAL,
   "UA" REAL,
   "AU" REAL,
   "GU" REAL,
   "UG" REAL,
   "AA" REAL,
   "AC" REAL,
   "AG" REAL,
   "CA" REAL,
   "CC" REAL,
   "CU" REAL,
   "GA" REAL,
   "GG" REAL,
   "UC" REAL,
   "UU" REAL,
   "gap" REAL,
   "Seq" INTEGER,
   "predominant_types" TEXT,
   "covarying_types" TEXT
);
CREATE INDEX "idx_basepair_frequency_molecule_position_1_position_2"
    ON "basepair_frequency" ("molecule", "position_1", "position_2");