Base-pair statistics (frequencies and scores together) (view)

predominant_types
Base-pair types shown in bold in the published table (most frequent).
covarying_types
Base-pair types marked * in the published table (involved in a covariation).
sequences
Number of sequences in the group.

371 rows where molecule = "23S" and tertiary_type = "3°: base pair" sorted by position_1

✎ View and edit SQL

This data as json, CSV (advanced)

Suggested facets: reference_base_pair, CC, PE

group_code 7

  • 3 53
  • A 53
  • B 53
  • C 53
  • E 53
  • M 53
  • T 53

strength 5

conformation 5

tertiary_type 1

  • 3°: base pair · 371 ✖

molecule 1

  • 23S · 371 ✖
molecule helix_number position_1 ▼ position_2 reference_base_pair conformation tertiary_type strength group_code GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap sequences predominant_types covarying_types Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1_C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc
23S 2 30 510 G:C cWW 3°: base pair Strong T 49.1 8.0 2.2 5.0 0.6 0.7 5.9   0.4             0.1 27.8 678 GC,CG,UA,AU,AA GC,CG,AA,UU 37 23 12 0.4 0.61 0.88 1.48 0.89 0.91 0.21 -0.49 0.19 0.47
23S 2 30 510 G:C cWW 3°: base pair Strong 3 76.2 13.2 1.7 5.7 0.7 1.2 0.7                   0.4 403 GC,CG,AU GC,CG,UA,AU 10 13 7 0.61 0.88 0.97 1.86 0.97 0.99 0.88 0.75 0.0 0.64
23S 2 30 510 G:C cWW 3°: base pair Strong B 97.6       1.2   1.2                     250 GC GC,AA 1 3 0 0.0 0.5 0.99 1.49 0.98 0.99 1.91 1.81 0.0 0.77
23S 2 30 510 G:C cWW 3°: base pair Strong A 75.0 2.8 13.9 8.3                           36 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU 2 2 2 1.0 1.0 1.0 2.0 1.0 1.0 0.85 0.87 0.0 0.88
23S 2 30 510 G:C cWW 3°: base pair Strong C 6.5   6.5       80.4   6.5                 46 GC,UA,AA,AG GC,AA 1 2 0 0.0 0.33 0.87 1.2 0.13 0.13 1.31 1.56 0.0 0.45
23S 2 30 510 G:C cWW 3°: base pair Strong E 30.8 44.4 1.7 17.1   4.3                     1.8 117 GC,CG,AU,UG GC,CG,UA,AU 7 8 5 0.67 0.92 0.96 1.88 0.96 1.0 0.15 0.41 0.01 0.44
23S 2 30 510 G:C cWW 3°: base pair Strong M 10.0 0.4 2.2 4.8 0.4                     0.4 81.6 229 GC,UA,AU GC,CG,UA,AU 26 8 5 0.29 0.9 0.95 1.85 0.95 0.98 0.02 -0.6 0.64 0.14
23S 5 53 117 A:G tHS 3°: base pair Significant T   0.4 1.5 2.1     0.8 0.3 66.2         0.1   0.3 28.1 719 AU,AG UA,AG 12 11 6 0.52 0.28 0.94 1.22 0.06 0.06 0.42 0.29 0.01 0.49
23S 5 53 117 A:G tHS 3°: base pair Significant 3   0.5   1.5         97.5         0.2     0.2 405 AG   2 2 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.02 0.02 1.9 1.86 0.0 0.64
23S 5 53 117 A:G tHS 3°: base pair Significant B                 100.0                 252 AG   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 2.0 2.0 0.0 0.77
23S 5 53 117 A:G tHS 3°: base pair Significant A   5.6   11.1         83.3                 36 CG,AU,AG   1 1 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.17 0.17 1.69 1.5 0.0 0.88
23S 5 53 117 A:G tHS 3°: base pair Significant C             6.2   93.8                 81 AA,AG   0 2 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 2.0 1.71 0.0 0.79
23S 5 53 117 A:G tHS 3°: base pair Significant E       1.7         96.6         0.9     0.9 117 AG   1 1 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.02 0.02 1.84 1.79 0.0 0.44
23S 5 53 117 A:G tHS 3°: base pair Significant M   0.4 4.7 3.9     0.4 0.9 2.1             0.9 86.6 233 UA,AU,AG CG,UA,AU 10 7 6 0.71 0.5 0.68 1.18 0.68 0.68 -0.51 -0.56 0.02 0.1
23S 19.2 319 323 G:C cWW 3°: base pair Strong T 10.1 59.5 0.6 0.4 0.1 2.6 0.1   0.1       0.4 0.2     25.7 892 GC,CG,UG GC,CG,UA,AU 21 15 11 0.61 0.76 0.95 1.71 0.95 0.99 -0.01 0.11 0.0 0.63
23S 19.2 319 323 G:C cWW 3°: base pair Strong 3 16.2 77.5 0.7 0.2 0.2 3.2 0.2   0.2       0.6 0.4     0.8 538 GC,CG,UG GC,CG,UA,AU 14 10 8 0.67 0.79 0.95 1.74 0.95 0.99 1.0 1.18 0.0 0.85
23S 19.2 319 323 G:C cWW 3°: base pair Strong B 27.4 68.7     0.4 1.8             1.1 0.7       281 GC,CG GC,CG 5 6 4 0.73 0.88 0.96 1.84 0.96 0.98 1.0 1.04 0.0 0.86
23S 19.2 319 323 G:C cWW 3°: base pair Strong A 19.4 77.8       2.8                       36 GC,CG,UG GC,CG 2 1 1 0.67 0.88 0.97 1.85 0.97 1.0 1.11 1.29 0.0 0.88
23S 19.2 319 323 G:C cWW 3°: base pair Strong C 3.0 94.0       1.0                     2.0 100 GC,CG GC,CG 1 1 1 1.0 0.75 0.99 1.74 0.99 1.0 1.54 1.62 0.0 0.95
23S 19.2 319 323 G:C cWW 3°: base pair Strong E 1.4 88.7 1.8 0.5   5.0 0.5   0.5               1.9 221 CG,UG GC,CG,UA,AU 7 3 3 0.6 0.38 0.94 1.32 0.94 0.99 1.31 1.61 0.0 0.82
23S 19.2 319 323 G:C cWW 3°: base pair Strong M   7.9 0.4 1.2   2.0             0.4       88.2 254 CG,UG CG,UA,AU 6 4 2 0.4 0.4 0.8 1.2 0.8 0.97 -0.45 -0.4 0.0 0.1
23S 21 383 391 C:A cWW 3°: base pair ??? T   0.1 0.4     0.4 0.1     41.5     0.6       56.8 894 CA UG,CA 5 18 2 0.17 0.27 0.97 1.24 0.01 0.02 -0.28 -0.04 0.26 0.37
23S 21 383 391 C:A cWW 3°: base pair ??? 3   0.2 0.2     0.7       50.5             48.4 539 CA UG,CA 3 15 2 0.22 0.67 0.99 1.66 0.01 0.02 -0.07 0.86 0.4 0.44
23S 21 383 391 C:A cWW 3°: base pair ??? B   0.4       1.4       96.8             1.4 281 CA UG,CA 3 2 1 0.4 0.8 1.0 1.8 0.0 0.02 1.78 1.74 0.01 0.85
23S 21 383 391 C:A cWW 3°: base pair ??? A                                 99.9 37     0 3 1 0.67 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.51 0.9 0.0
23S 21 383 391 C:A cWW 3°: base pair ??? C     1.0             96.0             3.0 100 CA   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.01 1.82 1.75 0.02 0.94
23S 21 383 391 C:A cWW 3°: base pair ??? E     0.5                           99.6 221     0 10 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 -0.03 0.46 0.84 0.0
23S 21 383 391 C:A cWW 3°: base pair ??? M     0.8       0.4     1.2     2.0       95.8 255 GA   2 3 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.18 0.18 -0.3 -0.4 0.06 0.04
23S 24.1 531 2018 C:G cWW 3°: base pair Strong T 2.5 57.3 8.6 3.7 1.0 1.3 20.1   0.4 0.8 0.6 0.1 1.0 0.4   0.1 1.9 775 GC,CG,UA,AU,AA GC,CG,AA,UU 37 30 16 0.48 0.56 0.82 1.37 0.74 0.76 0.35 0.64 0.01 0.73
23S 24.1 531 2018 C:G cWW 3°: base pair Strong 3 4.0 36.4 11.9 5.0 1.9 1.9 34.0   0.5 0.7 1.0   1.4 0.5     0.7 420 GC,CG,UA,AU,AA GC,CG,AA 20 11 7 0.45 0.61 0.75 1.36 0.58 0.62 0.24 0.46 0.0 0.66
23S 24.1 531 2018 C:G cWW 3°: base pair Strong B 1.7 63.9 21.0 8.6   3.0     0.9       0.4       0.4 233 CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU 9 5 4 0.57 0.88 0.96 1.84 0.96 0.99 0.79 0.69 0.01 0.71
23S 24.1 531 2018 C:G cWW 3°: base pair Strong A 32.4 10.8 2.7 2.7 21.6 2.7 8.1     2.7 10.8     5.4       37 GC,CG,UA,AU,GU,UG,AA,CA,CC,GG GC,CG,AA 5 5 2 0.4 0.28 0.51 0.79 0.49 0.73 0.48 0.08 0.0 0.9
23S 24.1 531 2018 C:G cWW 3°: base pair Strong C   97.0 2.0       1.0                     100 CG,UA CG,UA 2 2 2 1.0 0.67 0.99 1.66 0.99 0.99 1.78 1.81 0.0 0.97
23S 24.1 531 2018 C:G cWW 3°: base pair Strong E 0.7           93.3     1.3     3.3       1.3 150 AA,GA GC,AA 6 1 1 0.29 0.12 0.0 0.12 0.01 0.01 1.29 1.94 0.01 0.56
23S 24.1 531 2018 C:G cWW 3°: base pair Strong M 0.8 76.1 5.9 3.1   0.8 4.7   0.4 1.2 0.4 0.4 0.8 0.4   0.4 4.7 255 CG,UA,AU,AA GC,CG,UA,AU 15 17 7 0.44 0.51 0.9 1.41 0.9 0.91 0.74 0.94 0.04 0.78
23S 25 537 556 G:A cWW 3°: base pair Strong T 3.3 2.6 17.7 3.2 0.2 0.1 8.3 0.3 0.2 0.1   0.1 37.8 0.1   0.5 25.4 883 GC,CG,UA,AU,AA,GA CG,AU,GA 38 17 14 0.51 0.16 0.0 0.16 0.36 0.36 -0.48 0.06 0.0 0.63
23S 25 537 556 G:A cWW 3°: base pair Strong 3 5.5 4.4 28.3 4.0 0.2 0.2 8.3   0.4     0.2 44.4 0.2   0.8 3.3 527 GC,CG,UA,AU,AA,GA CG,AU,GA 28 16 13 0.59 0.16 0.0 0.16 0.43 0.44 0.23 0.95 0.01 0.81
23S 25 537 556 G:A cWW 3°: base pair Strong B   1.8         14.5           83.0       0.7 282 AA,GA CG,GA 10 3 1 0.15 0.11 0.0 0.11 0.02 0.02 1.2 1.87 0.01 0.86
23S 25 537 556 G:A cWW 3°: base pair Strong A 29.7 40.5 21.6 5.4   2.7                       37 GC,CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU 7 6 6 0.92 0.95 0.97 1.93 0.97 1.0 0.23 0.25 0.0 0.9
23S 25 537 556 G:A cWW 3°: base pair Strong C     1.0       7.0 1.0   1.0     90.0         100 AA,GA AC,GA 4 1 1 0.4 0.1 0.0 0.1 0.01 0.01 1.44 1.92 0.0 0.97
23S 25 537 556 G:A cWW 3°: base pair Strong E 8.7 1.4 67.8 9.1 0.5   1.4   1.0     0.5   0.5   1.9 7.3 208 GC,UA,AU GC,CG,UA,AU 11 7 6 0.67 0.77 0.94 1.71 0.94 0.94 0.52 0.53 0.01 0.73
23S 25 537 556 G:A cWW 3°: base pair Strong M     2.3 2.7 0.4   8.6 0.8         3.9       81.3 256 UA,AU,AA,GA GU,AA 6 0 0 0.0 0.04 0.0 0.04 0.27 0.29 -0.58 -0.49 0.02 0.15
23S 25 538 555 A:G cWW 3°: base pair Weak T 11.9 0.6 0.3 3.7 6.4 3.1 2.7   43.4     0.1 0.1 0.2   1.4 26.1 881 GC,AU,GU,UG,AA,AG GC,AG,UU 16 29 6 0.27 0.43 0.77 1.2 0.22 0.35 -0.24 -0.4 0.0 0.62
23S 25 538 555 A:G cWW 3°: base pair Weak 3 20.0 1.0   4.0 10.3 5.1 0.6   52.2         0.4   2.3 4.2 525 GC,AU,GU,UG,AG,UU GC,AG,UU 14 17 3 0.19 0.51 0.78 1.29 0.26 0.42 0.42 0.46 0.01 0.8
23S 25 538 555 A:G cWW 3°: base pair Weak B         0.7   1.1   97.5         0.4     0.4 281 AG GU,AG 1 3 0 0.0 0.33 0.99 1.32 0.0 0.01 1.87 1.85 0.0 0.86
23S 25 538 555 A:G cWW 3°: base pair Weak A 70.3     5.4 24.3                         37 GC,AU,GU GC,AU 2 3 1 0.4 0.18 0.0 0.18 0.76 1.0 1.7 1.12 0.0 0.9
23S 25 538 555 A:G cWW 3°: base pair Weak C       1.0     5.0   94.0                 100 AA,AG   0 2 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.01 2.0 1.63 0.0 0.97
23S 25 538 555 A:G cWW 3°: base pair Weak E 38.2 2.4   9.2 20.8 13.0               0.5   5.8 10.1 207 GC,CG,AU,GU,UG,UU GC,AU,UG 11 11 2 0.18 0.43 0.67 1.1 0.55 0.93 0.13 0.14 0.02 0.71
23S 25 538 555 A:G cWW 3°: base pair Weak M     1.2 4.3 0.8   6.2   5.5     0.4 0.4       81.3 256 AU,AA,AG GU,AA 2 10 3 0.5 0.06 0.0 0.06 0.29 0.33 -0.47 -0.61 0.01 0.15
23S 25.1 563 578 A:G cWW 3°: base pair Strong T   24.0 1.5     1.6 17.3   21.8       32.2 0.1     1.4 888 CG,AA,AG,GA CG,GA 17 13 4 0.27 0.36 0.57 0.93 0.26 0.27 0.18 0.88 0.0 0.84
23S 25.1 563 578 A:G cWW 3°: base pair Strong 3   40.5 0.8     2.5 1.7   18.3       35.9 0.2     0.2 526 CG,UG,AG,GA CG,GA 8 7 3 0.4 0.61 0.77 1.37 0.41 0.44 0.32 1.02 0.0 0.83
23S 25.1 563 578 A:G cWW 3°: base pair Strong B             1.1   31.9       66.7 0.4       282 AG,GA AG,GA 3 4 2 0.57 0.96 0.99 1.94 0.0 0.0 1.08 1.09 0.0 0.86
23S 25.1 563 578 A:G cWW 3°: base pair Strong A   43.2       21.6 16.2   16.2       2.7         37 CG,UG,AA,AG,GA CG,AA 3 1 0 0.0 0.29 0.59 0.88 0.43 0.65 0.33 1.3 0.0 0.9
23S 25.1 563 578 A:G cWW 3°: base pair Strong C     4.0       3.0   1.0       92.0         100 UA,AA,GA AG,GA 5 1 1 0.33 0.12 0.0 0.12 0.04 0.04 1.52 1.92 0.0 0.97
23S 25.1 563 578 A:G cWW 3°: base pair Strong E   95.2 1.9     2.4                     0.5 207 CG,UG CG,UA 2 2 1 0.5 0.44 0.98 1.42 0.98 1.0 1.74 1.81 0.0 0.78
23S 25.1 563 578 A:G cWW 3°: base pair Strong M     1.9     0.4 54.2   37.0       1.9       4.6 262 AA,AG UG,AA 4 5 0 0.0 0.01 0.0 0.01 0.02 0.02 1.35 0.74 0.0 0.8
23S 25.1 565 576 C:U cWW 3°: base pair Strong T 27.4 2.1 0.1 0.6 0.6     0.3   0.1   65.8     1.5 0.3 1.2 888 GC,CG,CU GC,UA,CU 10 9 4 0.42 0.83 0.94 1.78 0.31 0.31 0.83 0.85 0.0 0.84
23S 25.1 565 576 C:U cWW 3°: base pair Strong 3 45.8     0.4 0.8     0.6   0.2   50.0     1.9 0.4   526 GC,CU GC,CU 6 3 2 0.44 0.92 0.96 1.88 0.46 0.47 0.8 0.98 0.0 0.83
23S 25.1 565 576 C:U cWW 3°: base pair Strong B       0.7 1.4         0.4   93.3     3.5 0.7   282 CU,UC CU,UC 5 3 2 0.5 0.53 0.97 1.49 0.01 0.02 1.58 1.75 0.0 0.86
23S 25.1 565 576 C:U cWW 3°: base pair Strong A 100.0                                 37 GC   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 2.0 2.0 0.0 0.9
23S 25.1 565 576 C:U cWW 3°: base pair Strong C   2.0 1.0 3.0               94.0           100 CG,AU,CU UA,CU 2 1 1 0.67 0.17 0.0 0.17 0.06 0.06 1.73 1.78 0.0 0.97
23S 25.1 565 576 C:U cWW 3°: base pair Strong E 98.6             1.4                   207 GC   1 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.99 0.99 1.89 2.0 0.0 0.79
23S 25.1 565 576 C:U cWW 3°: base pair Strong M 0.8 6.5     0.4             86.6     1.1 0.4 4.2 262 CG,CU CU,UC 2 5 1 0.29 0.12 0.0 0.12 0.08 0.08 1.46 1.19 0.0 0.8
23S 31 637 651 A:G cWW 3°: base pair Strong T 2.9 1.2 0.6 1.9 0.1 0.3 2.7 0.6 38.4         0.3   0.1 50.7 883 GC,AA,AG GC,UA,AG 6 24 3 0.2 0.32 0.85 1.17 0.14 0.14 -0.34 -0.49 0.0 0.42
23S 31 637 651 A:G cWW 3°: base pair Strong 3 5.0 2.1   0.4     0.2   52.8         0.6     39.0 521 GC,CG,AG GC,AG 4 3 2 0.57 0.6 0.95 1.55 0.12 0.12 -0.14 -0.04 0.0 0.51
23S 31 637 651 A:G cWW 3°: base pair Strong B       0.7     0.4   97.9         1.1       281 AG   2 1 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.01 1.92 1.91 0.0 0.86
23S 31 637 651 A:G cWW 3°: base pair Strong A 70.3 29.7                               37 GC,CG GC,CG 2 2 2 1.0 1.0 1.0 2.0 1.0 1.0 1.12 1.12 0.0 0.9
23S 31 637 651 A:G cWW 3°: base pair Strong C     1.0 12.0   1.0 20.0 5.0 58.0             1.0 2.0 100 AU,AA,AC,AG UA,AG 2 18 1 0.1 0.03 0.0 0.03 0.13 0.14 1.81 0.33 0.02 0.95
23S 31 637 651 A:G cWW 3°: base pair Strong E                                 100.0 203     0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 -0.04 0.0 0.0
23S 31 637 651 A:G cWW 3°: base pair Strong M     1.5 1.1 0.4 0.8 1.1   2.3               92.8 262 AG UA,GU,AG 0 3 0 0.0 0.39 0.58 0.96 0.37 0.53 -0.32 -0.35 0.0 0.06
23S 32 674 806 G:C cWW 3°: base pair ??? T 97.9   0.9 0.2 0.1 0.1   0.1     0.1           0.4 843 GC GC,UA,AU 1 3 0 0.0 0.71 0.99 1.71 0.99 1.0 1.83 1.84 0.0 0.8
23S 32 674 806 G:C cWW 3°: base pair ??? 3 99.2       0.2     0.2                 0.4 481 GC   1 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 1.96 1.95 0.0 0.76
23S 32 674 806 G:C cWW 3°: base pair ??? B 98.8             0.4                 0.8 242 GC   1 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 1.93 1.95 0.0 0.74
23S 32 674 806 G:C cWW 3°: base pair ??? A 100.0                                 37 GC   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 2.0 2.0 0.0 0.9
23S 32 674 806 G:C cWW 3°: base pair ??? C 100.0                                 100 GC   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 2.0 2.0 0.0 0.97
23S 32 674 806 G:C cWW 3°: base pair ??? E 99.5       0.5                         202 GC   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.99 1.0 2.0 1.96 0.0 0.77
23S 32 674 806 G:C cWW 3°: base pair ??? M 94.7   3.1 0.8   0.4         0.4           0.8 262 GC,UA GC,UA,AU 0 3 0 0.0 0.83 0.99 1.83 0.99 1.0 1.6 1.64 0.0 0.83
23S 33 698 763 C:G cWW 3°: base pair Strong T 0.5 79.5 13.8 1.4   1.2 0.7   0.1 0.9 0.2 0.3 0.1 0.5 0.2 0.1 0.6 887 CG,UA GC,CG,UA,AU 25 23 13 0.54 0.78 0.96 1.74 0.96 0.97 1.11 1.14 0.0 0.84
23S 33 698 763 C:G cWW 3°: base pair Strong 3 0.8 76.9 17.6 0.4   1.3       1.1 0.4 0.4 0.2 0.8     0.2 524 CG,UA GC,CG,UA,AU 10 10 4 0.4 0.82 0.96 1.77 0.96 0.97 1.15 1.13 0.0 0.83
23S 33 698 763 C:G cWW 3°: base pair Strong B   98.9                       0.7     0.4 282 CG   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.99 0.99 1.94 1.96 0.0 0.86
23S 33 698 763 C:G cWW 3°: base pair Strong A   83.8 8.1     8.1                       37 CG,UA,UG CG,UA 2 1 0 0.0 0.5 0.92 1.42 0.92 1.0 1.36 1.59 0.0 0.9
23S 33 698 763 C:G cWW 3°: base pair Strong C   99.0 1.0                             100 CG CG,UA 1 1 1 1.0 1.0 1.0 2.0 1.0 1.0 1.92 1.92 0.0 0.97
23S 33 698 763 C:G cWW 3°: base pair Strong E 2.0 45.4 43.4 1.0   2.0       2.9 1.0 1.0 0.5 1.0       205 GC,CG,UA,UG,CA GC,CG,UA,AU 8 9 4 0.47 0.85 0.92 1.76 0.92 0.94 0.75 0.72 0.0 0.78
23S 33 698 763 C:G cWW 3°: base pair Strong M   77.2 11.0 3.8   1.5 2.3   0.4 0.8   0.4     0.8 0.4 1.5 263 CG,UA,AU,AA CG,UA,AU 14 12 8 0.61 0.7 0.93 1.63 0.93 0.95 0.95 1.03 0.01 0.83
23S 34 713 718 G:A cWW 3°: base pair Strong T 21.1 5.1 1.5 1.0 0.2 0.2 0.5 0.1   0.9     41.4 0.5 0.2   27.3 886 GC,CG,GA CG,AU,GA,UC 20 18 11 0.58 0.2 0.66 0.86 0.39 0.4 0.08 -0.36 0.0 0.62
23S 34 713 718 G:A cWW 3°: base pair Strong 3 35.8 8.4 1.0 1.0   0.2   0.2         52.8 0.4 0.2   0.2 523 GC,CG,GA CG,AU,GA,UC 13 12 9 0.72 0.2 0.62 0.83 0.46 0.46 1.37 0.61 0.0 0.83
23S 34 713 718 G:A cWW 3°: base pair Strong B     0.7                   97.9 0.7 0.4   0.4 282 GA GA,UC 3 2 1 0.4 0.2 0.0 0.2 0.01 0.01 1.87 1.91 0.0 0.86
23S 34 713 718 G:A cWW 3°: base pair Strong A 35.1 62.2       2.7                       37 GC,CG,UG GC,CG 3 2 2 0.8 0.93 0.97 1.9 0.97 1.0 0.9 1.06 0.0 0.9
23S 34 713 718 G:A cWW 3°: base pair Strong C     2.0 2.0 2.0   4.0           88.0 1.0 1.0     100 UA,AU,GU,AA,GA AU,GA,UC 4 4 1 0.25 0.25 0.91 1.16 0.04 0.06 1.48 1.6 0.0 0.97
23S 34 713 718 G:A cWW 3°: base pair Strong E 85.3 10.3 1.5 2.5       0.5                   204 GC,CG,AU GC,CG,UA,AU 7 8 6 0.8 0.97 0.99 1.96 0.99 0.99 1.23 1.25 0.0 0.78
23S 34 713 718 G:A cWW 3°: base pair Strong M   0.4 2.3 0.8   0.4       3.0     1.1 0.4     91.7 263 UA,CA AU,UG,CA 3 2 1 0.4 0.21 0.5 0.71 0.41 0.46 -0.4 -0.34 0.0 0.07
23S 38 847 933 U:A cWW 3°: base pair Strong T 6.9 3.7 15.3 17.5 0.8 1.5 1.2 0.8 0.6 0.9     0.1 2.3 0.2 0.1 47.8 855 GC,CG,UA,AU,GG GC,CG,UA,AU 31 44 12 0.32 0.75 0.83 1.58 0.83 0.88 -0.92 -0.77 0.15 0.43
23S 38 847 933 U:A cWW 3°: base pair Strong 3 0.4 6.5 25.2 25.8 0.8 2.5 0.4 0.6 0.4 0.2       1.2     36.0 489 CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU 17 29 10 0.43 0.84 0.9 1.74 0.9 0.95 -0.67 0.31 0.28 0.5
23S 38 847 933 U:A cWW 3°: base pair Strong B     49.6 44.2 1.7 2.5 0.4 1.2   0.4               242 UA,AU,UG UA,AU 15 14 9 0.62 0.88 0.94 1.81 0.94 0.98 0.86 0.78 0.0 0.74
23S 38 847 933 U:A cWW 3°: base pair Strong A                                 100.0 36     0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 2.0 0.9 0.0
23S 38 847 933 U:A cWW 3°: base pair Strong C 64.0   4.0 6.0 3.0 1.0 1.0 1.0 2.0 5.0       11.0 1.0   1.0 100 GC,UA,AU,GU,AG,CA,GG GC,AU,UG,CA 10 8 2 0.22 0.34 0.77 1.11 0.75 0.79 0.91 0.48 0.01 0.96
23S 38 847 933 U:A cWW 3°: base pair Strong E 0.9 15.2 1.4 9.0   2.8 0.5   0.9         2.8     66.4 211 CG,AU,UG,GG GC,CG,UA,AU 2 15 1 0.12 0.61 0.79 1.4 0.79 0.87 -0.84 0.52 0.53 0.27
23S 38 847 933 U:A cWW 3°: base pair Strong M     1.1 7.1 0.4   2.6 0.4 0.4 0.8           0.4 86.9 266 AU,AA UA,AU 4 7 0 0.0 0.19 0.0 0.19 0.63 0.66 -0.56 -0.51 0.05 0.11
23S 38 857 920 G:A cWW 3°: base pair Strong T 2.9 7.4 2.9 3.4 1.2 3.3 5.6 0.1 17.7   0.1   28.8     0.6 26.0 857 GC,CG,UA,AU,UG,AA,AG,GA AG,CC,GA,UU 39 33 17 0.47 0.41 0.64 1.05 0.22 0.28 -0.6 -0.46 0.01 0.61
23S 38 857 920 G:A cWW 3°: base pair Strong 3 5.1 12.8 3.9 4.3 1.4 5.5 6.7 0.2 28.7   0.2   29.9     0.6 0.6 491 GC,CG,UA,AU,UG,AA,AG,GA AG,CC,GA,UU 26 23 11 0.45 0.42 0.6 1.02 0.26 0.33 0.19 0.44 0.0 0.78

Next page

Advanced export

JSON shape: default, array, newline-delimited

CSV options: 

CREATE VIEW basepair_combined as
select f.molecule, f.helix_number, f.position_1, f.position_2,
       f.reference_base_pair, f.conformation, f.tertiary_type, f.strength, f.group_code,
       f.GC, f.CG, f.UA, f.AU, f.GU, f.UG, f.AA, f.AC, f.AG, f.CA, f.CC, f.CU, f.GA, f.GG, f.UC, f.UU, f.gap, f.Seq as sequences,
       f.predominant_types, f.covarying_types,
       s.Xch, s.Ych, s.PE, s.PES, s.Cov1, s.Cov3, s."C1+C3" as C1_C3,
       s.WC, s.WCGU, s.XCons, s.YCons, s.DfDel, s.PNuc
from basepair_frequency f
left join basepair_collective_score s
  on s.molecule = f.molecule and s.position_1 = f.position_1
 and s.position_2 = f.position_2 and s.group_code = f.group_code;