Base-pair statistics (frequencies and scores together) (view)

predominant_types
Base-pair types shown in bold in the published table (most frequent).
covarying_types
Base-pair types marked * in the published table (involved in a covariation).
sequences
Number of sequences in the group.

6,090 rows where molecule = "23S" sorted by position_1

✎ View and edit SQL

This data as json, CSV (advanced)

conformation 9

group_code 7

  • 3 870
  • A 870
  • B 870
  • C 870
  • E 870
  • M 870
  • T 870

strength 5

tertiary_type 3

molecule 1

  • 23S · 6,090 ✖
molecule helix_number position_1 ▼ position_2 reference_base_pair conformation tertiary_type strength group_code GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap sequences predominant_types covarying_types Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1_C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc
23S 1 1 2902 G:C cWW   Strong T 40.7 0.9 4.9 10.4 4.3 0.6 1.8 0.3   0.6   0.6     0.3 0.6 33.9 327 GC,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU 22 22 9 0.41 0.64 0.86 1.5 0.86 0.94 -0.54 -0.28 0.11 0.21
23S 1 1 2902 G:C cWW   Strong 3 50.8 1.2 2.4 7.7 3.7   1.6     0.8   0.8       0.4 30.4 246 GC,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU 14 10 3 0.25 0.61 0.9 1.5 0.9 0.95 -0.19 -0.23 0.04 0.27
23S 1 1 2902 G:C cWW   Strong B 69.9 1.2 3.5 10.4 4.0   2.3         0.6       0.6 7.5 173 GC,UA,AU,GU,AA GC,CG,UA,AU 11 10 3 0.29 0.67 0.92 1.58 0.92 0.96 0.63 0.73 0.05 0.49
23S 1 1 2902 G:C cWW   Strong A 12.1 3.0   3.0 6.1         6.1   3.0         66.7 33 GC,CG,AU,GU,CA,CU GC,AU,CA 3 0 0 0.0 0.43 0.64 1.06 0.55 0.73 -0.71 -0.97 0.05 0.27
23S 1 1 2902 G:C cWW   Strong C 12.8   2.1 12.8 6.4   2.1                   63.8 47 GC,UA,AU,GU,AA GC,UA,AU 2 3 1 0.4 0.64 0.77 1.4 0.77 0.94 -0.53 0.68 0.78 0.17
23S 1 1 2902 G:C cWW   Strong E                                 100.0 40     0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 -0.35 -0.29 0.05 0.0
23S 1 1 2902 G:C cWW   Strong M 5.9   26.5 26.5 5.9 5.9 2.9 2.9             2.9 2.9 17.6 34 GC,UA,AU,GU,UG,AA,AC,UC,UU GC,UA,AU 6 9 5 0.67 0.58 0.71 1.29 0.71 0.86 -0.64 -0.71 0.02 0.09
23S 1 2 2901 G:C cWW   Strong T 36.5 2.8 7.7 17.2 2.5   0.6 0.3 0.3 0.3 0.3 0.6 0.9   1.2 1.5 27.2 326 GC,CG,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU 25 23 8 0.33 0.76 0.88 1.65 0.88 0.92 -0.7 -0.5 0.08 0.23
23S 1 2 2901 G:C cWW   Strong 3 45.9 3.3 3.7 16.3 2.0   0.8 0.4   0.4   0.8     0.8 0.4 25.1 246 GC,CG,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU 13 13 4 0.31 0.8 0.92 1.73 0.92 0.95 -0.43 -0.33 0.03 0.29
23S 1 2 2901 G:C cWW   Strong B 63.6 0.6 5.2 23.1 2.9   1.2 0.6       0.6     1.2   1.2 173 GC,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU 10 11 4 0.38 0.82 0.94 1.75 0.94 0.96 0.52 0.8 0.01 0.53
23S 1 2 2901 G:C cWW   Strong A 9.1 21.2               3.0   3.0       3.0 60.6 33 GC,CG,CA,CU,UU GC,CG,UU 2 2 0 0.0 0.67 0.85 1.51 0.77 0.77 -0.42 -0.8 0.0 0.32
23S 1 2 2901 G:C cWW   Strong C 2.2   21.7 17.4 2.2               2.2   4.3 4.3 45.7 46 GC,UA,AU,GU,GA,UC,UU GC,UA,AU 3 3 0 0.0 0.6 0.76 1.36 0.76 0.8 -0.68 0.51 0.61 0.24
23S 1 2 2901 G:C cWW   Strong E                                 100.0 40     1 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 -0.39 -0.29 0.04 0.0
23S 1 2 2901 G:C cWW   Strong M 14.7 2.9 17.6 23.5 5.9       2.9   2.9   5.9     5.9 17.6 34 GC,CG,UA,AU,GU,AG,CC,GA,UU GC,CG,UA,AU 9 7 4 0.5 0.6 0.71 1.31 0.71 0.79 -0.88 -0.77 0.02 0.09
23S 1 3 2900 U:A cWW   Strong T 4.0 5.8 45.2 8.0 0.6 7.1   0.3   0.9   3.1     0.6 3.1 21.1 325 GC,CG,UA,AU,UG,CU,UU GC,CG,UA,AU 16 20 13 0.72 0.53 0.8 1.33 0.8 0.9 -0.39 -0.44 0.01 0.24
23S 1 3 2900 U:A cWW   Strong 3 5.3 7.3 49.0 2.8 0.8 1.2       1.2   3.6     0.4 3.6 24.6 247 GC,CG,UA,AU,CU,UU GC,CG,UA,AU 11 12 6 0.52 0.58 0.85 1.44 0.85 0.88 -0.4 -0.38 0.02 0.29
23S 1 3 2900 U:A cWW   Strong B 6.9 4.6 69.9 4.0 1.2 1.7       1.7   5.2       2.9 1.8 173 GC,CG,UA,AU,CU,UU GC,UA,CU 7 10 5 0.59 0.43 0.83 1.26 0.87 0.9 0.38 0.63 0.01 0.52
23S 1 3 2900 U:A cWW   Strong A 3.0 30.3                         3.0 12.1 51.5 33 GC,CG,UC,UU GC,CG,UU 4 2 1 0.33 0.83 0.94 1.77 0.69 0.69 -0.65 -0.81 0.07 0.39
23S 1 3 2900 U:A cWW   Strong C     40.9 6.8   45.5                   2.3 4.5 44 UA,AU,UG,UU AU,UG 1 2 0 0.0 0.14 0.0 0.14 0.5 0.98 1.65 0.4 0.02 0.41
23S 1 3 2900 U:A cWW   Strong E                                 100.0 41     0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 -0.33 -0.29 0.05 0.0
23S 1 3 2900 U:A cWW   Strong M   2.9 23.5 47.1       2.9       2.9     2.9   17.6 34 CG,UA,AU,AC,CU,UC CG,UA,AU 4 6 7 1.0 0.75 0.89 1.64 0.89 0.89 -0.52 -0.49 0.02 0.09
23S 1 4 2899 U:A cWW   Strong T 3.4 28.6 31.7 7.1 0.6 0.9 1.5   0.3 0.3   6.2 0.3   0.3 0.3 18.4 325 GC,CG,UA,AU,CU GC,CG,UA,AU 30 28 18 0.62 0.78 0.87 1.65 0.87 0.89 -0.41 -0.49 0.02 0.25
23S 1 4 2899 U:A cWW   Strong 3 3.2 30.8 36.4 4.5   0.8 1.2   0.4 0.4         0.4   21.8 247 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU 18 19 13 0.7 0.92 0.96 1.88 0.96 0.97 -0.36 -0.37 0.02 0.31
23S 1 4 2899 U:A cWW   Strong B 1.2 42.8 49.1 2.3   1.2 1.2   0.6 0.6             1.2 173 CG,UA,AU GC,CG,UA,AU 12 15 10 0.74 0.93 0.96 1.9 0.96 0.98 0.61 0.77 0.01 0.53
23S 1 4 2899 U:A cWW   Strong A 18.2 6.1 15.2 21.2                     3.0   36.4 33 GC,CG,UA,AU,UC GC,CG,UA,AU 6 4 3 0.6 0.93 0.95 1.88 0.95 0.95 -0.51 -0.81 0.15 0.51
23S 1 4 2899 U:A cWW   Strong C   36.4 6.8 9.1 2.3             45.5           44 CG,UA,AU,GU,CU UA,CU 5 4 1 0.22 0.12 0.0 0.12 0.52 0.55 1.09 0.76 0.0 0.43
23S 1 4 2899 U:A cWW   Strong E             2.4                   97.5 41 AA   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 -0.47 -0.35 0.05 0.0
23S 1 4 2899 U:A cWW   Strong M 8.8 2.9 29.4 23.5 2.9 2.9 5.9           2.9     2.9 17.6 34 GC,CG,UA,AU,GU,UG,AA,GA,UU GC,CG,UA,AU 7 5 4 0.67 0.67 0.79 1.45 0.79 0.86 -0.78 -0.68 0.02 0.09
23S 1 5 2898 A:U cWW   Strong T 6.1 2.5 2.1 69.9 0.6 0.6 0.3         0.3     0.3 0.6 16.5 326 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU 20 15 9 0.51 0.8 0.97 1.76 0.97 0.98 0.18 0.27 0.02 0.26
23S 1 5 2898 A:U cWW   Strong 3 6.9 2.0 0.8 70.2 0.4   0.4         0.4         18.9 248 GC,CG,AU GC,CG,UA,AU 10 6 3 0.38 0.89 0.98 1.87 0.98 0.99 0.26 0.3 0.03 0.32
23S 1 5 2898 A:U cWW   Strong B   0.6   98.9                         0.6 174 AU CG,AU 3 1 0 0.0 1.0 1.0 2.0 1.0 1.0 1.66 1.95 0.01 0.53
23S 1 5 2898 A:U cWW   Strong A 51.5 12.1 6.1 6.1     3.0         3.0         18.2 33 GC,CG,UA,AU,AA,CU GC,CG,UA,AU 5 5 3 0.6 0.8 0.93 1.73 0.93 0.93 -0.12 -0.33 0.02 0.66
23S 1 5 2898 A:U cWW   Strong C   2.3 2.3 95.5                           44 CG,UA,AU CG,UA,AU 2 2 1 0.5 1.0 1.0 2.0 1.0 1.0 1.7 1.72 0.0 0.43
23S 1 5 2898 A:U cWW   Strong E         2.4                       97.5 41 GU   2 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 -0.48 -0.49 0.06 0.0
23S 1 5 2898 A:U cWW   Strong M 8.8 5.9 11.8 35.3 2.9 5.9                 2.9 5.9 20.5 34 GC,CG,UA,AU,GU,UG,UC,UU GC,CG,UA,AU 8 7 5 0.67 0.6 0.78 1.38 0.78 0.89 -0.8 -0.71 0.01 0.09
23S 1 6 2897 A:U cWW   Strong T 7.4 0.3 4.6 68.7 0.3   0.9           0.6 0.6   0.6 15.9 326 GC,UA,AU GC,CG,UA,AU 16 13 11 0.76 0.8 0.96 1.76 0.96 0.97 0.26 0.22 0.02 0.26
23S 1 6 2897 A:U cWW   Strong 3 8.9 0.4 1.2 69.8 0.4   0.4             0.8     18.1 248 GC,AU GC,CG,UA,AU 7 6 3 0.46 0.87 0.98 1.85 0.98 0.98 0.36 0.28 0.03 0.32
23S 1 6 2897 A:U cWW   Strong B 0.6     98.9 0.6                         174 AU GC,AU 2 2 1 0.5 0.5 0.99 1.49 0.99 1.0 1.85 1.91 0.01 0.53
23S 1 6 2897 A:U cWW   Strong A 63.6 3.0 9.1 3.0                   6.1     15.2 33 GC,CG,UA,AU,GG GC,CG,UA,AU 3 4 2 0.57 0.71 0.93 1.64 0.93 0.93 0.4 0.15 0.0 0.68
23S 1 6 2897 A:U cWW   Strong C     4.5 95.5                           44 UA,AU UA,AU 1 1 1 1.0 1.0 1.0 2.0 1.0 1.0 1.74 1.76 0.0 0.43
23S 1 6 2897 A:U cWW   Strong E             2.4                   97.4 41 AA   2 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 -0.55 -0.45 0.05 0.0
23S 1 6 2897 A:U cWW   Strong M 5.9   29.4 26.5     5.9           5.9     5.9 20.5 34 GC,UA,AU,AA,GA,UU GC,UA,AU 8 6 7 1.0 0.65 0.78 1.43 0.78 0.78 -0.64 -0.47 0.01 0.09
23S 1 7 2896 G:C cWW   Strong T 58.1 4.3 2.7 15.2 1.2   0.6 1.5   0.3 0.3   0.6       15.1 329 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU 20 16 10 0.56 0.83 0.95 1.78 0.95 0.96 -0.02 -0.04 0.01 0.27
23S 1 7 2896 G:C cWW   Strong 3 72.5 4.8 0.8 2.8 0.8   0.4     0.4 0.4           17.2 251 GC,CG,AU GC,CG,UA,AU 10 7 4 0.47 0.81 0.98 1.78 0.98 0.99 0.33 0.33 0.01 0.33
23S 1 7 2896 G:C cWW   Strong B 95.5   0.6 3.4             0.6             177 GC,AU GC,UA,AU 5 4 4 0.89 0.88 0.99 1.87 0.99 0.99 1.64 1.66 0.01 0.54
23S 1 7 2896 G:C cWW   Strong A 39.4 36.4 3.0 3.0 6.1         3.0             9.1 33 GC,CG,UA,AU,GU,CA GC,CG,UA,AU 2 3 0 0.0 0.82 0.9 1.72 0.9 0.97 0.69 -0.01 0.07 0.73
23S 1 7 2896 G:C cWW   Strong C 15.9   4.5 68.2       11.4                   44 GC,UA,AU,AC GC,UA,AU 2 4 1 0.33 0.64 0.89 1.53 0.89 0.89 1.14 0.82 0.0 0.43
23S 1 7 2896 G:C cWW   Strong E             2.4                   97.6 41 AA   3 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 -0.66 -0.45 0.03 0.0
23S 1 7 2896 G:C cWW   Strong M 5.9 5.9 14.7 38.2 5.9   2.9           5.9       20.5 34 GC,CG,UA,AU,GU,AA,GA GC,CG,UA,AU 8 5 5 0.77 0.64 0.81 1.46 0.81 0.89 -0.78 -0.62 0.01 0.09
23S 1 8 2895 C:G cWW   Weak T 4.9 21.6 31.6 3.3 0.6 15.5 1.8 0.6   3.0 0.3     0.3   0.6 15.7 329 GC,CG,UA,AU,UG,CA GC,CG,UA,AU 31 29 7 0.23 0.57 0.73 1.3 0.73 0.92 -0.23 -0.26 0.0 0.27
23S 1 8 2895 C:G cWW   Weak 3 5.6 27.1 27.5 1.2   19.9         0.4     0.4     18.0 251 GC,CG,UA,UG GC,CG,UA,AU 22 21 5 0.23 0.62 0.75 1.37 0.75 0.99 -0.14 -0.16 0.01 0.33
23S 1 8 2895 C:G cWW   Weak B 3.4 33.3 33.9 1.1   27.7               0.6       177 GC,CG,UA,UG GC,CG,UA,AU 11 13 3 0.25 0.57 0.72 1.29 0.72 0.99 0.77 0.73 0.0 0.54
23S 1 8 2895 C:G cWW   Weak A 24.2 24.2 27.3 3.0   3.0         3.0           15.1 33 GC,CG,UA,AU,UG,CC GC,CG,UA,AU 5 8 2 0.31 0.9 0.93 1.82 0.93 0.96 0.1 -0.3 0.07 0.68
23S 1 8 2895 C:G cWW   Weak C 2.3 6.8 56.8 2.3   2.3 9.1     20.5               44 GC,CG,UA,AU,UG,AA,CA GC,CG,UA,AU 4 4 1 0.25 0.26 0.68 0.94 0.68 0.7 0.57 1.32 0.0 0.43
23S 1 8 2895 C:G cWW   Weak E   2.4                             97.4 41 CG   6 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 -0.91 -0.43 0.01 0.0
23S 1 8 2895 C:G cWW   Weak M 2.9   29.4 20.6 5.9   5.9 5.9   2.9           5.9 20.6 34 GC,UA,AU,GU,AA,AC,CA,UU GC,UA,AU 5 4 1 0.22 0.47 0.67 1.14 0.67 0.74 -0.74 -0.53 0.02 0.09
23S 2 15 525 G:U cWW   Strong T 15.9 12.5 2.4 12.4 41.9 2.5 1.5 1.8 4.8 0.7   1.0 0.3   0.3 0.1 1.7 671 GC,CG,UA,AU,GU,UG,AG CG,UA,GU,AC 34 52 18 0.42 0.3 0.6 0.89 0.44 0.89 0.32 0.14 0.02 0.63
23S 2 15 525 G:U cWW   Strong 3 1.3 20.8 1.8 2.0 63.4 4.0   0.5 2.0 1.3   1.8 0.3   0.3 0.3 0.6 399 CG,AU,GU,UG,AG CG,UA,GU,AC 14 19 4 0.24 0.64 0.87 1.51 0.26 0.94 0.63 0.68 0.0 0.63
23S 2 15 525 G:U cWW   Strong B 1.6   0.8   97.6                         247 GU UA,GU 1 4 1 0.4 0.33 0.98 1.32 0.02 1.0 1.93 1.83 0.0 0.76
23S 2 15 525 G:U cWW   Strong A       16.7 5.6 44.4   5.6 11.1     13.9       2.8   36 AU,GU,UG,AC,AG,CU,UU AU,UG 5 4 1 0.22 0.3 0.61 0.91 0.17 0.67 0.33 0.77 0.0 0.88
23S 2 15 525 G:U cWW   Strong C 4.3   6.5 4.3 21.7   2.2 19.6 41.3                 46 GC,UA,AU,GU,AA,AC,AG UA,GU,AG 3 9 0 0.0 0.48 0.7 1.18 0.15 0.37 0.85 0.43 0.0 0.45
23S 2 15 525 G:U cWW   Strong E 0.9 71.6 4.3 1.7 8.6       3.4 4.3   1.7 0.9   0.9   1.8 116 CG,UA,GU,AG,CA CG,UA,GU 8 11 2 0.21 0.48 0.86 1.34 0.8 0.89 0.86 0.91 0.0 0.43
23S 2 15 525 G:U cWW   Strong M 44.2 0.4 2.7 32.3 8.0 0.4 4.0 0.4 2.2       0.4   0.4   4.4 226 GC,UA,AU,GU,AA,AG GC,CG,UA,AU 17 24 14 0.68 0.69 0.83 1.52 0.83 0.92 0.49 -0.03 0.05 0.69
23S 2 16 524 C:G cWW   Strong T 20.7 31.4 17.4 15.3 10.1 1.9 0.6 0.1 0.1 0.3 0.3           1.6 672 GC,CG,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU 33 53 22 0.51 0.8 0.86 1.66 0.86 0.98 -0.06 -0.17 0.01 0.63
23S 2 16 524 C:G cWW   Strong 3 32.7 13.1 24.4 17.6 8.5 2.3     0.3 0.5 0.5           0.3 398 GC,CG,UA,AU,GU,UG GC,CG,UA,AU 19 36 12 0.44 0.82 0.88 1.7 0.88 0.99 0.1 0.05 0.0 0.63
23S 2 16 524 C:G cWW   Strong B 42.3 14.6 8.5 28.0 6.5                         246 GC,CG,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU 11 16 9 0.67 0.89 0.94 1.82 0.94 1.0 0.28 0.27 0.0 0.76
23S 2 16 524 C:G cWW   Strong A 47.2 13.9 2.8   36.1                         36 GC,CG,UA,GU GC,CG,UA 2 5 1 0.29 0.32 0.64 0.95 0.64 1.0 1.24 0.43 0.0 0.88
23S 2 16 524 C:G cWW   Strong C 2.2     28.3 67.4   2.2                     46 GC,AU,GU,AA GU,AA 2 3 1 0.4 0.07 0.0 0.07 0.3 0.98 1.11 1.78 0.0 0.45
23S 2 16 524 C:G cWW   Strong E 7.8 9.5 64.7 0.9 4.3 7.8     0.9 1.7 1.7           0.9 116 GC,CG,UA,GU,UG GC,CG,UA,AU 6 15 2 0.19 0.53 0.83 1.36 0.83 0.96 0.71 0.63 0.0 0.44
23S 2 16 524 C:G cWW   Strong M 3.5 69.7 8.8 8.8 1.3 1.8 1.3 0.4                 4.4 228 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU 12 14 9 0.69 0.81 0.95 1.76 0.95 0.98 0.46 0.22 0.05 0.7
23S 2 17 523 G:C cWW   Strong T 45.0 11.5 9.6 2.2 3.1 0.1   0.1   0.1 0.3 0.6 0.1     0.1 26.9 676 GC,CG,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU 17 27 10 0.46 0.83 0.94 1.77 0.94 0.98 -0.39 0.09 0.15 0.47
23S 2 17 523 G:C cWW   Strong 3 60.7 19.2 15.7 0.5 2.2 0.2           1.0         0.4 402 GC,CG,UA,GU GC,CG,UA,AU 7 12 5 0.53 0.91 0.96 1.88 0.96 0.99 0.62 0.38 0.0 0.64
23S 2 17 523 G:C cWW   Strong B 96.8       3.2                         250 GC,GU   0 4 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.97 1.0 2.0 1.81 0.0 0.77
23S 2 17 523 G:C cWW   Strong A 5.6 94.4                               36 GC,CG GC,CG 1 1 1 1.0 1.0 1.0 2.0 1.0 1.0 1.69 1.7 0.0 0.88
23S 2 17 523 G:C cWW   Strong C 91.3     2.2 2.2           4.3             46 GC,AU,GU,CC GC,AU 2 2 1 0.5 0.25 0.94 1.19 0.94 0.96 1.59 1.81 0.0 0.45
23S 2 17 523 G:C cWW   Strong E   37.1 54.3 1.7 0.9 0.9           3.4         1.8 116 CG,UA,CU CG,UA,AU 6 7 4 0.61 0.88 0.95 1.83 0.95 0.96 0.72 0.67 0.0 0.43
23S 2 17 523 G:C cWW   Strong M 7.9 0.4 0.9 5.3 4.8     0.4   0.4     0.4     0.4 79.0 228 GC,AU,GU GC,CG,UA,AU 8 13 4 0.38 0.5 0.69 1.19 0.69 0.92 -0.61 0.35 0.49 0.15
23S 2 18 522 U:A cWW   Strong T 2.4 44.5 20.0 1.9   2.2 0.3   0.1     0.1 0.1 0.6   0.4 27.3 676 GC,CG,UA,UG GC,CG,UA,AU 25 45 16 0.46 0.86 0.94 1.8 0.94 0.98 -0.34 0.31 0.15 0.47
23S 2 18 522 U:A cWW   Strong 3 2.7 60.7 30.1 0.5   3.7 0.2   0.2     0.2 0.2 0.2   0.7 0.2 402 GC,CG,UA,UG GC,CG,UA,AU 13 19 6 0.38 0.85 0.94 1.8 0.94 0.98 0.77 0.68 0.0 0.64
23S 2 18 522 U:A cWW   Strong B   81.2 17.2     1.2 0.4                     250 CG,UA CG,UA 5 4 3 0.67 0.92 0.98 1.9 0.98 1.0 1.27 1.37 0.0 0.77
23S 2 18 522 U:A cWW   Strong A   94.4 5.6                             36 CG,UA CG,UA 2 2 2 1.0 1.0 1.0 2.0 1.0 1.0 1.69 1.7 0.0 0.88
23S 2 18 522 U:A cWW   Strong C 4.3 84.8 4.3 2.2                   4.3       46 GC,CG,UA,AU,GG GC,CG,UA,AU 4 6 2 0.4 0.71 0.96 1.67 0.96 0.96 1.18 1.38 0.0 0.45
23S 2 18 522 U:A cWW   Strong E 9.5 6.0 65.5 1.7   10.3     0.9     0.9 0.9 0.9   2.6 0.9 116 GC,CG,UA,UG,UU GC,CG,UA,AU 6 13 1 0.1 0.51 0.83 1.35 0.83 0.94 0.86 0.42 0.0 0.44
23S 2 18 522 U:A cWW   Strong M 1.3 7.9 5.3 4.4     0.4             0.4     80.2 228 CG,UA,AU GC,CG,UA,AU 8 20 8 0.57 0.93 0.96 1.88 0.96 0.96 -0.69 0.21 0.5 0.14
23S 2 19 521 A:U cWW   Strong T 6.2 10.5 19.5 20.8 12.9 0.1 0.6       0.1     0.3   1.6 27.3 677 GC,CG,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU 34 55 18 0.4 0.7 0.79 1.48 0.79 0.96 -0.81 -0.02 0.14 0.47
23S 2 19 521 A:U cWW   Strong 3 9.2 15.6 23.3 28.0 19.6 0.2 1.0       0.2     0.5   2.0 0.2 403 GC,CG,UA,AU,GU,UU GC,CG,UA,AU 25 31 12 0.43 0.67 0.76 1.44 0.76 0.96 0.01 0.19 0.0 0.64
23S 2 19 521 A:U cWW   Strong B 8.8 3.2 22.7 33.1 30.3                     2.0   251 GC,CG,UA,AU,GU,UU GC,CG,UA,AU 11 11 3 0.27 0.52 0.68 1.2 0.68 0.98 0.29 0.68 0.0 0.77
23S 2 19 521 A:U cWW   Strong A 38.9   2.8 47.2 2.8                     8.3   36 GC,UA,AU,GU,UU GC,UA,AU 5 3 2 0.5 0.79 0.89 1.68 0.89 0.92 0.61 0.87 0.0 0.88
23S 2 19 521 A:U cWW   Strong C 8.7   63.0 10.9 15.2                     2.2   46 GC,UA,AU,GU,UU UA,GU 4 9 0 0.0 0.41 0.78 1.19 0.83 0.98 0.76 0.62 0.0 0.45
23S 2 19 521 A:U cWW   Strong E 0.9 47.4 31.0 11.2 1.7 0.9 3.4       0.9     1.7     0.9 116 CG,UA,AU,AA GC,CG,UA,AU 9 17 7 0.54 0.83 0.91 1.75 0.91 0.94 0.31 0.47 0.0 0.44
23S 2 19 521 A:U cWW   Strong M 0.4 3.5 3.9 10.1 0.4                     0.9 80.7 228 CG,UA,AU GC,CG,UA,AU 5 15 6 0.6 0.86 0.93 1.79 0.93 0.95 -0.64 -0.2 0.48 0.14
23S 2 20 520 C:G cWW   Strong T 4.1 22.3 19.8 21.3 1.0 2.2 0.3 0.1   0.4         0.1 0.6 27.5 677 GC,CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU 38 48 27 0.63 0.9 0.93 1.83 0.93 0.98 -0.74 -0.66 0.01 0.47
23S 2 20 520 C:G cWW   Strong 3 6.9 36.2 17.4 32.8 1.5 2.5   0.2   0.7         0.2 1.0 0.4 403 GC,CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU 28 29 17 0.6 0.9 0.94 1.84 0.94 0.98 0.11 0.18 0.0 0.64
23S 2 20 520 C:G cWW   Strong B 2.0 45.0 25.9 22.7   2.0       1.2           0.8 0.4 251 GC,CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU 13 14 9 0.67 0.93 0.96 1.89 0.96 0.98 0.33 0.4 0.0 0.77
23S 2 20 520 C:G cWW   Strong A 16.7 47.2 5.6 8.3 13.9 8.3                       36 GC,CG,UA,AU,GU,UG GC,CG,UA,AU 6 6 4 0.67 0.58 0.78 1.36 0.78 1.0 0.27 0.41 0.0 0.88
23S 2 20 520 C:G cWW   Strong C     84.8     10.9 4.3                     46 UA,UG,AA   1 8 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.85 0.96 1.74 1.08 0.0 0.45
23S 2 20 520 C:G cWW   Strong E 14.7 13.8 2.6 62.1 0.9 1.7   0.9             0.9 1.7 0.9 116 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU 9 9 4 0.44 0.84 0.94 1.78 0.94 0.96 0.42 0.51 0.0 0.44
23S 2 20 520 C:G cWW   Strong M   2.2 11.0 5.3 0.4                       81.1 228 CG,UA,AU CG,UA,AU 9 11 10 1.0 0.94 0.98 1.92 0.98 1.0 -0.6 -0.61 0.05 0.14
23S 2 21 519 A:U cWW   Strong T 8.9 6.4 5.3 35.9 5.2 9.0     0.4     0.3       0.9 27.7 677 GC,CG,UA,AU,GU,UG GC,AU,UG 37 43 25 0.62 0.49 0.74 1.24 0.78 0.98 -0.67 -0.36 0.02 0.47
23S 2 21 519 A:U cWW   Strong 3 14.6 9.9 5.7 46.4 7.9 13.4     0.5     0.5       0.7 0.2 403 GC,CG,UA,AU,GU,UG GC,AU,UG 26 32 16 0.55 0.53 0.75 1.27 0.77 0.98 0.17 0.46 0.0 0.64

Next page

Advanced export

JSON shape: default, array, newline-delimited

CSV options: 

CREATE VIEW basepair_combined as
select f.molecule, f.helix_number, f.position_1, f.position_2,
       f.reference_base_pair, f.conformation, f.tertiary_type, f.strength, f.group_code,
       f.GC, f.CG, f.UA, f.AU, f.GU, f.UG, f.AA, f.AC, f.AG, f.CA, f.CC, f.CU, f.GA, f.GG, f.UC, f.UU, f.gap, f.Seq as sequences,
       f.predominant_types, f.covarying_types,
       s.Xch, s.Ych, s.PE, s.PES, s.Cov1, s.Cov3, s."C1+C3" as C1_C3,
       s.WC, s.WCGU, s.XCons, s.YCons, s.DfDel, s.PNuc
from basepair_frequency f
left join basepair_collective_score s
  on s.molecule = f.molecule and s.position_1 = f.position_1
 and s.position_2 = f.position_2 and s.group_code = f.group_code;