Base-pair statistics (frequencies and scores together) (view)

predominant_types
Base-pair types shown in bold in the published table (most frequent).
covarying_types
Base-pair types marked * in the published table (involved in a covariation).
sequences
Number of sequences in the group.

427 rows where molecule = "23S" and strength = "Weak" sorted by position_1

✎ View and edit SQL

This data as json, CSV (advanced)

Suggested facets: reference_base_pair, PE, DfDel

group_code 7

  • 3 61
  • A 61
  • B 61
  • C 61
  • E 61
  • M 61
  • T 61

conformation 3

tertiary_type 2

strength 1

  • Weak · 427 ✖

molecule 1

  • 23S · 427 ✖
molecule helix_number position_1 ▼ position_2 reference_base_pair conformation tertiary_type strength group_code GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap sequences predominant_types covarying_types Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1_C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc
23S 1 8 2895 C:G cWW   Weak T 4.9 21.6 31.6 3.3 0.6 15.5 1.8 0.6   3.0 0.3     0.3   0.6 15.7 329 GC,CG,UA,AU,UG,CA GC,CG,UA,AU 31 29 7 0.23 0.57 0.73 1.3 0.73 0.92 -0.23 -0.26 0.0 0.27
23S 1 8 2895 C:G cWW   Weak 3 5.6 27.1 27.5 1.2   19.9         0.4     0.4     18.0 251 GC,CG,UA,UG GC,CG,UA,AU 22 21 5 0.23 0.62 0.75 1.37 0.75 0.99 -0.14 -0.16 0.01 0.33
23S 1 8 2895 C:G cWW   Weak B 3.4 33.3 33.9 1.1   27.7               0.6       177 GC,CG,UA,UG GC,CG,UA,AU 11 13 3 0.25 0.57 0.72 1.29 0.72 0.99 0.77 0.73 0.0 0.54
23S 1 8 2895 C:G cWW   Weak A 24.2 24.2 27.3 3.0   3.0         3.0           15.1 33 GC,CG,UA,AU,UG,CC GC,CG,UA,AU 5 8 2 0.31 0.9 0.93 1.82 0.93 0.96 0.1 -0.3 0.07 0.68
23S 1 8 2895 C:G cWW   Weak C 2.3 6.8 56.8 2.3   2.3 9.1     20.5               44 GC,CG,UA,AU,UG,AA,CA GC,CG,UA,AU 4 4 1 0.25 0.26 0.68 0.94 0.68 0.7 0.57 1.32 0.0 0.43
23S 1 8 2895 C:G cWW   Weak E   2.4                             97.4 41 CG   6 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 -0.91 -0.43 0.01 0.0
23S 1 8 2895 C:G cWW   Weak M 2.9   29.4 20.6 5.9   5.9 5.9   2.9           5.9 20.6 34 GC,UA,AU,GU,AA,AC,CA,UU GC,UA,AU 5 4 1 0.22 0.47 0.67 1.14 0.67 0.74 -0.74 -0.53 0.02 0.09
23S 6.1 66 88 C:G cWW 3°: pseudoknot Weak T 0.1 49.5 1.5 0.5 0.1 0.8 0.1   0.9 0.1 0.3   0.3 0.3 0.3 0.3 44.8 740 CG GC,CG,UA,AU 15 8 3 0.26 0.38 0.94 1.32 0.94 0.95 -0.29 -0.15 0.12 0.39
23S 6.1 66 88 C:G cWW 3°: pseudoknot Weak 3   67.4 1.5     1.5 0.2   0.2 0.2       0.5     28.5 411 CG CG,UA 10 2 1 0.17 0.35 0.96 1.32 0.96 0.98 0.75 0.43 0.19 0.47
23S 6.1 66 88 C:G cWW 3°: pseudoknot Weak B   94.6 1.6     2.3 0.4   0.4         0.8       257 CG,UG CG,UA 2 1 0 0.0 0.29 0.96 1.25 0.96 0.98 1.63 1.86 0.0 0.79
23S 6.1 66 88 C:G cWW 3°: pseudoknot Weak A   94.4 5.6                             36 CG,UA CG,UA 1 1 1 1.0 1.0 1.0 2.0 1.0 1.0 1.69 1.69 0.0 0.88
23S 6.1 66 88 C:G cWW 3°: pseudoknot Weak C   92.7 3.1               1.0       2.1   1.0 96 CG,UA,UC CG,UA 2 2 1 0.5 0.5 0.97 1.47 0.97 0.97 1.66 1.51 0.01 0.92
23S 6.1 66 88 C:G cWW 3°: pseudoknot Weak E                   0.8             99.1 118     7 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.25 -0.05 0.45 0.0
23S 6.1 66 88 C:G cWW 3°: pseudoknot Weak M 0.4   0.9 1.7 0.4       2.6   0.4   0.9     0.9 91.7 233 AG UA,GU,AG,CC 3 4 1 0.29 0.39 0.58 0.96 0.37 0.42 -0.48 -0.47 0.02 0.06
23S 10 158 168 U:G cWW   Weak T 0.9 1.2 13.2 0.8   36.6 1.2 0.3 2.1 0.9 0.5   0.4 0.1 0.3 0.3 41.1 759 UA,UG,AG GC,UG,AA 18 23 8 0.39 0.1 0.0 0.1 0.27 0.9 -0.27 -0.52 0.01 0.43
23S 10 158 168 U:G cWW   Weak 3 1.2 2.1 20.9 0.2   55.6 0.5   0.5 0.5     0.7 0.2   0.2 17.4 426 CG,UA,UG GC,AU,UG,CA 11 10 5 0.48 0.06 0.0 0.06 0.29 0.97 0.62 0.08 0.0 0.56
23S 10 158 168 U:G cWW   Weak B   2.2 0.4     87.0       0.4       0.4     9.7 270 CG,UG UG,CA 5 3 1 0.25 0.11 0.0 0.11 0.03 0.99 1.15 1.28 0.0 0.75
23S 10 158 168 U:G cWW   Weak A           2.8     5.6 2.8             88.9 36 UG,AG,CA AG,CA 1 1 1 1.0 0.5 0.75 1.25 0.0 0.25 -0.59 -0.37 0.07 0.1
23S 10 158 168 U:G cWW   Weak C 1.0   11.1 4.0   41.4 7.1 2.0 14.1 5.1         2.0 1.0 11.1 99 UA,AU,UG,AA,AC,AG,CA,UC GC,UG,AA 6 13 3 0.32 0.17 0.0 0.17 0.18 0.65 0.17 0.32 0.07 0.85
23S 10 158 168 U:G cWW   Weak E 4.2 2.5 73.3 0.8   0.8 1.7           2.5     0.8 13.3 120 GC,CG,UA,GA GC,CG,UA,AU 5 6 3 0.55 0.56 0.93 1.5 0.93 0.94 0.53 0.68 0.0 0.4
23S 10 158 168 U:G cWW   Weak M 0.4     0.4             1.7           97.4 234   AU,CC 1 0 0 0.0 0.5 0.83 1.33 0.33 0.33 -0.15 -0.17 0.0 0.02
23S 16 274 363 C:G cWW   Weak T 2.3 3.7 4.7 0.2 0.3 2.2 1.3 1.9 0.6 0.8 1.3 0.5 0.8 0.1 0.7 2.6 76.1 872 GC,CG,UA,UG,UU GC,CG,UA,AU 32 17 4 0.16 0.32 0.46 0.78 0.46 0.56 -0.97 -0.85 0.16 0.2
23S 16 274 363 C:G cWW   Weak 3 2.9 6.0 7.5 0.4 0.4 3.5 1.7 3.1 1.0 1.2 2.1 0.8 1.4 0.2 1.2 3.9 62.9 518 GC,CG,UA,UG,AC,CC,UU CG,UA,GU,AC 27 14 4 0.2 0.32 0.46 0.78 0.45 0.56 -0.9 -0.96 0.22 0.3
23S 16 274 363 C:G cWW   Weak B 6.9 26.1 26.8 18.8 0.4 5.1 0.7           0.7     0.4 14.2 276 GC,CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU 8 2 1 0.2 0.88 0.92 1.79 0.92 0.98 -0.36 -0.38 0.01 0.73
23S 16 274 363 C:G cWW   Weak A 33.3 30.6 8.3     2.8         5.6   5.6   13.9     36 GC,CG,UA,UG,CC,GA,UC GC,CG,UA 4 4 1 0.25 0.58 0.72 1.31 0.72 0.75 0.44 0.59 0.0 0.88
23S 16 274 363 C:G cWW   Weak C 1.0 1.0 2.0       2.0 1.0   1.0           1.0 91.0 100 UA,AA GC,CG,UA 5 2 0 0.0 0.43 0.56 0.98 0.44 0.44 -0.85 -0.64 0.32 0.09
23S 16 274 363 C:G cWW   Weak E 0.5 2.9 15.7 0.5 1.0   3.4 7.8 1.0 2.9 4.4 2.0 0.5 0.5 0.5 9.8 46.6 204 CG,UA,AA,AC,CA,CC,CU,UU CG,UA,GU,AC 15 8 2 0.17 0.31 0.51 0.82 0.37 0.39 -0.64 -0.88 0.13 0.41
23S 16 274 363 C:G cWW   Weak M 1.6       0.4 0.4                   0.8 96.9 254   GC,UU 0 1 0 0.0 0.5 0.75 1.25 0.5 0.75 -0.23 -0.3 0.01 0.03
23S 18 281 359 C:G cWW   Weak T 6.2 5.6 3.1 7.4 4.5 2.8 1.6 7.5 0.8 0.6 0.9 2.0 0.7 1.5 0.7 2.5 51.7 869 GC,CG,UA,AU,GU,UG,AC,CU,UU CG,UA,GU,AC 41 56 13 0.27 0.32 0.43 0.75 0.46 0.61 -0.97 -0.87 0.09 0.4
23S 18 281 359 C:G cWW   Weak 3 9.7 8.5 3.5 8.5 7.4 4.1 1.9 12.4 1.4 0.6 1.6 3.1 0.6 2.3 0.6 2.5 31.4 516 GC,CG,UA,AU,GU,UG,AC,CU,GG,UU CG,UA,GU,AC 26 44 9 0.26 0.34 0.46 0.81 0.44 0.61 -0.79 -0.35 0.14 0.56
23S 18 281 359 C:G cWW   Weak B 9.1 9.4 3.3 15.2 12.3 7.6 3.6 22.8 2.5   1.4 1.4 1.1 2.9 0.4 5.1 1.9 276 GC,CG,UA,AU,GU,UG,AA,AC,AG,GG,UU CG,UA,GU,AC 15 22 5 0.27 0.33 0.49 0.82 0.38 0.58 0.08 0.03 0.01 0.83
23S 18 281 359 C:G cWW   Weak A 19.4 33.3 25.0 8.3 5.6           2.8       5.6     36 GC,CG,UA,AU,GU,CC,UC GC,CG,UA,AU 5 5 3 0.6 0.79 0.86 1.65 0.86 0.92 0.15 0.06 0.0 0.88
23S 18 281 359 C:G cWW   Weak C 4.0 1.0 6.1 17.2 1.0 2.0 2.0 1.0   2.0     3.0 1.0 2.0 9.1 48.3 99 GC,UA,AU,UG,AA,CA,GA,UC,UU GC,CG,UA,AU 14 9 3 0.26 0.32 0.55 0.87 0.55 0.61 -0.8 -0.62 0.05 0.49
23S 18 281 359 C:G cWW   Weak E 8.8 3.4   1.0 1.0         1.5 1.5 5.9   2.5   0.5 74.0 204 GC,CG,CU,GG GC,CU 6 17 1 0.09 0.34 0.57 0.91 0.51 0.55 -0.73 -0.56 0.35 0.2
23S 18 281 359 C:G cWW   Weak M   1.6 1.2 1.2   0.4 0.8         0.4     0.4   94.1 254   CG,UA,AU 1 3 1 0.5 0.55 0.67 1.21 0.67 0.73 -0.35 -0.35 0.0 0.05
23S 18 284 356 U:G cWW   Weak T 5.7 15.1 4.4 6.3 3.4 3.8 2.8 4.3 1.5 1.6 2.1 0.8 0.7 1.4 3.7 4.1 38.3 870 GC,CG,UA,AU,GU,UG,AA,AC,CC,UC,UU GC,CG,UA,AU 73 65 23 0.33 0.35 0.51 0.86 0.51 0.63 -0.91 -0.88 0.0 0.51
23S 18 284 356 U:G cWW   Weak 3 9.5 24.2 5.0 8.3 5.4 4.3 1.9 6.2 2.1 2.1 2.9 1.4 0.8 1.7 5.2 4.8 14.2 517 GC,CG,UA,AU,GU,UG,AC,AG,CA,CC,UC,UU GC,CG,UA,AU 49 44 17 0.37 0.37 0.55 0.92 0.55 0.66 -0.39 -0.3 0.01 0.7
23S 18 284 356 U:G cWW   Weak B 14.4 32.1 8.7 5.4 1.1 5.8 2.5 9.4 1.8 2.9 0.4 2.5 0.4   2.9 6.5 3.3 277 GC,CG,UA,AU,UG,AA,AC,CA,CU,UC,UU GC,CG,UA,AU 29 23 11 0.42 0.44 0.63 1.07 0.63 0.7 0.04 -0.07 0.02 0.82
23S 18 284 356 U:G cWW   Weak A   72.2 2.8 5.6 2.8 11.1       5.6               36 CG,UA,AU,GU,UG,CA CG,UA,AU 3 2 0 0.0 0.3 0.81 1.11 0.81 0.94 0.95 1.18 0.0 0.88
23S 18 284 356 U:G cWW   Weak C 1.0 4.0 9.1 11.1 2.0 10.1 12.1 5.1 2.0 3.0 2.0   2.0 2.0 4.0 7.1 23.2 99 CG,UA,AU,GU,UG,AA,AC,AG,CA,CC,GA,GG,UC,UU GU,UG,AA,CC 22 16 4 0.21 0.22 0.34 0.56 0.33 0.49 -0.48 -0.68 0.01 0.74
23S 18 284 356 U:G cWW   Weak E 4.4 5.4 1.0 12.7 11.8 1.0 1.5 2.9 2.9 0.5 6.4   1.5 4.4 9.3 3.4 30.9 204 GC,CG,AU,GU,AC,AG,CC,GG,UC,UU CG,AU,GA,UC 17 19 6 0.33 0.29 0.42 0.7 0.34 0.53 -0.71 -0.44 0.06 0.54
23S 18 284 356 U:G cWW   Weak M   0.8 1.2 0.4   0.4 0.8       0.4     0.4 0.4 1.6 93.7 254   CG,AA,UU 2 5 2 0.57 0.33 0.5 0.83 0.38 0.44 -0.34 -0.38 0.0 0.05
23S 18 293 347 U:A cWW   Weak T 6.1 1.4 35.2 2.7 1.1 2.4 2.8 1.1 1.5 2.4 0.6 1.0 1.8 1.5 2.1 1.8 34.7 888 GC,UA,AU,UG,AA,CA,UC GC,CG,UA,AU 52 48 20 0.4 0.34 0.69 1.03 0.69 0.75 -0.58 -0.56 0.01 0.56
23S 18 293 347 U:A cWW   Weak 3 10.1 1.9 50.7 1.5 1.1 3.7 2.8 1.3 2.2 1.9 0.9 1.5 2.2 2.2 3.6 1.7 10.6 534 GC,UA,UG,AA,AG,GA,GG,UC GC,UA,AG,CU 31 34 14 0.43 0.36 0.72 1.08 0.72 0.77 0.12 0.24 0.04 0.76
23S 18 293 347 U:A cWW   Weak B   1.4 83.5   0.4 4.3 2.2   1.4 0.7     2.9 1.4     1.8 278 UA,UG,AA,GA UA,GU,AG 11 9 2 0.2 0.12 0.0 0.12 0.86 0.91 1.2 1.53 0.01 0.84
23S 18 293 347 U:A cWW   Weak A   2.8 44.4   2.8 16.7 19.4             11.1     2.8 36 CG,UA,GU,UG,AA,GG UA,GG 1 2 1 0.67 0.21 0.57 0.78 0.49 0.69 0.37 0.92 0.02 0.85
23S 18 293 347 U:A cWW   Weak C   1.0 40.0 8.0     9.0 2.0 1.0 11.0   1.0 3.0 1.0   3.0 20.0 100 UA,AU,AA,AC,CA,GA,UU UA,AU,GG 17 10 5 0.37 0.23 0.61 0.84 0.61 0.61 0.12 0.16 0.14 0.78
23S 18 293 347 U:A cWW   Weak E 24.5 2.3 10.5 3.6 1.8 0.9 0.9 3.2 3.6 3.6 2.3 3.6 1.8 1.8 8.6 4.1 22.9 220 GC,CG,UA,AU,AC,AG,CA,CC,CU,UC,UU GC,UA,AG,CU 19 23 11 0.52 0.34 0.55 0.88 0.53 0.56 -0.54 -0.18 0.06 0.65
23S 18 293 347 U:A cWW   Weak M   0.4 0.8 3.1 1.6 0.4 0.4 0.4         0.4     1.6 91.0 254 AU CG,UA,AU 4 4 1 0.25 0.2 0.0 0.2 0.48 0.7 -0.43 -0.4 0.0 0.07
23S 20 327 335 G:C cWW   Weak T 71.8 0.2   1.8       0.1             0.3   25.7 891 GC GC,CG,AU 3 1 1 0.5 0.82 0.99 1.81 0.99 0.99 0.49 0.52 0.0 0.63
23S 20 327 335 G:C cWW   Weak 3 96.1 0.4   2.6       0.2             0.2   0.6 537 GC,AU GC,CG,AU 2 1 1 0.67 0.89 1.0 1.89 1.0 1.0 1.72 1.75 0.0 0.85
23S 20 327 335 G:C cWW   Weak B 99.3                               0.8 281 GC   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 1.96 1.96 0.0 0.86
23S 20 327 335 G:C cWW   Weak A 100.0                                 36 GC   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 2.0 2.0 0.0 0.88
23S 20 327 335 G:C cWW   Weak C 96.0     1.0                         3.0 100 GC GC,AU 0 0 0 0.0 1.0 1.0 2.0 1.0 1.0 1.74 1.67 0.01 0.94
23S 20 327 335 G:C cWW   Weak E 91.4 0.9   6.4       0.5             0.5   0.5 220 GC,AU GC,CG,AU 2 1 1 0.67 0.89 0.99 1.88 0.99 0.99 1.48 1.53 0.0 0.83
23S 20 327 335 G:C cWW   Weak M 11.0     0.4                     0.8   87.8 254 GC GC,AU 1 0 0 0.0 0.33 0.94 1.27 0.94 0.94 -0.36 -0.32 0.0 0.1
23S 21 378 396 C:G cWW   Weak T 1.2 38.0 1.2 1.1 0.9 32.4     0.2     0.6     0.1   24.3 893 CG,UG GC,CG,UA,AU 25 15 11 0.55 0.1 0.0 0.1 0.55 0.99 -0.24 0.36 0.0 0.65
23S 21 378 396 C:G cWW   Weak 3 2.0 59.9 1.1 0.4 1.3 35.1                 0.2     538 GC,CG,UG GC,CG,UA,AU 14 8 4 0.36 0.09 0.0 0.09 0.63 1.0 0.83 1.64 0.0 0.85
23S 21 378 396 C:G cWW   Weak B 3.2 96.1       0.7                       280 GC,CG GC,CG 3 1 1 0.5 0.82 0.99 1.81 0.99 1.0 1.74 1.79 0.0 0.86
23S 21 378 396 C:G cWW   Weak A 5.4 27.0     18.9 48.6                       37 GC,CG,GU,UG GU,UG 4 2 2 0.67 0.37 0.68 1.04 0.32 1.0 0.49 1.01 0.0 0.9
23S 21 378 396 C:G cWW   Weak C   4.0   3.0   91.0     2.0                 100 CG,AU,UG,AG AU,UG 3 1 1 0.5 0.33 0.94 1.27 0.07 0.98 1.47 1.81 0.0 0.97
23S 21 378 396 C:G cWW   Weak E   19.5 2.7 0.9   76.5                 0.5     221 CG,UA,UG AU,UG 7 5 1 0.17 0.04 0.0 0.04 0.23 0.99 1.22 1.71 0.0 0.84
23S 21 378 396 C:G cWW   Weak M   5.1 2.0 2.0 0.4 3.5           2.0         85.1 255 CG,UA,AU,UG,CU CG,UA,AU 8 6 6 0.86 0.4 0.6 1.0 0.6 0.87 -0.54 -0.51 0.0 0.12
23S 21 382 392 A:U cWW   Weak T 2.7 1.1 0.7 22.9 11.3 0.1 0.7 6.9 0.1 0.1   0.2 0.1   0.1 27.4 25.5 894 GC,AU,GU,AC,UU CG,AC,GA,UU 28 18 7 0.3 0.17 0.0 0.17 0.37 0.52 -0.54 0.05 0.0 0.64
23S 21 382 392 A:U cWW   Weak 3 4.3 1.9   29.3 7.1 0.2   11.1       0.4     0.2 45.5 0.2 539 GC,AU,GU,AC,UU CG,AC,UU 14 14 5 0.36 0.24 0.59 0.82 0.35 0.43 0.48 1.21 0.0 0.85
23S 21 382 392 A:U cWW   Weak B 8.2 0.7   56.2 13.5     21.4                   281 GC,AU,GU,AC GC,CG,AU 12 11 4 0.35 0.2 0.65 0.85 0.65 0.79 1.19 1.07 0.0 0.86
23S 21 382 392 A:U cWW   Weak A   21.6                           78.4   37 CG,UU CG,UU 1 1 1 1.0 1.0 1.0 2.0 0.22 0.22 1.25 1.25 0.0 0.9
23S 21 382 392 A:U cWW   Weak C       40.0 57.0     2.0                 1.0 100 AU,GU,AC GU,AC 10 0 0 0.0 0.05 0.0 0.05 0.4 0.98 0.93 1.76 0.0 0.96
23S 21 382 392 A:U cWW   Weak E           0.5           0.9     0.5 97.7 0.5 221 UU   1 2 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 1.93 1.87 0.0 0.84
23S 21 382 392 A:U cWW   Weak M 0.4   2.4 2.7 2.4   2.4   0.4 0.4     0.4       88.6 255 UA,AU,GU,AA GC,UA,AU 4 4 2 0.5 0.32 0.48 0.8 0.48 0.69 -0.47 -0.44 0.0 0.09
23S 25 538 555 A:G cWW 3°: base pair Weak T 11.9 0.6 0.3 3.7 6.4 3.1 2.7   43.4     0.1 0.1 0.2   1.4 26.1 881 GC,AU,GU,UG,AA,AG GC,AG,UU 16 29 6 0.27 0.43 0.77 1.2 0.22 0.35 -0.24 -0.4 0.0 0.62
23S 25 538 555 A:G cWW 3°: base pair Weak 3 20.0 1.0   4.0 10.3 5.1 0.6   52.2         0.4   2.3 4.2 525 GC,AU,GU,UG,AG,UU GC,AG,UU 14 17 3 0.19 0.51 0.78 1.29 0.26 0.42 0.42 0.46 0.01 0.8
23S 25 538 555 A:G cWW 3°: base pair Weak B         0.7   1.1   97.5         0.4     0.4 281 AG GU,AG 1 3 0 0.0 0.33 0.99 1.32 0.0 0.01 1.87 1.85 0.0 0.86
23S 25 538 555 A:G cWW 3°: base pair Weak A 70.3     5.4 24.3                         37 GC,AU,GU GC,AU 2 3 1 0.4 0.18 0.0 0.18 0.76 1.0 1.7 1.12 0.0 0.9
23S 25 538 555 A:G cWW 3°: base pair Weak C       1.0     5.0   94.0                 100 AA,AG   0 2 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.01 2.0 1.63 0.0 0.97
23S 25 538 555 A:G cWW 3°: base pair Weak E 38.2 2.4   9.2 20.8 13.0               0.5   5.8 10.1 207 GC,CG,AU,GU,UG,UU GC,AU,UG 11 11 2 0.18 0.43 0.67 1.1 0.55 0.93 0.13 0.14 0.02 0.71
23S 25 538 555 A:G cWW 3°: base pair Weak M     1.2 4.3 0.8   6.2   5.5     0.4 0.4       81.3 256 AU,AA,AG GU,AA 2 10 3 0.5 0.06 0.0 0.06 0.29 0.33 -0.47 -0.61 0.01 0.15
23S 25.1 564 577 C:G cWW   Weak T 0.1 97.6 0.2 0.1 0.1       0.1   0.2 0.2         1.2 888 CG CG,UA,GU 3 4 1 0.29 0.4 0.99 1.39 0.99 0.99 1.81 1.78 0.0 0.84
23S 25.1 564 577 C:G cWW   Weak 3   99.6                 0.2 0.2           526 CG   0 2 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 2.0 1.96 0.0 0.83
23S 25.1 564 577 C:G cWW   Weak B   99.3                 0.4 0.4           282 CG   0 2 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.99 0.99 2.0 1.93 0.0 0.86
23S 25.1 564 577 C:G cWW   Weak A   100.0                               37 CG   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 2.0 2.0 0.0 0.9
23S 25.1 564 577 C:G cWW   Weak C   100.0                               100 CG   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 2.0 2.0 0.0 0.97
23S 25.1 564 577 C:G cWW   Weak E   100.0                               207 CG   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 2.0 2.0 0.0 0.79
23S 25.1 564 577 C:G cWW   Weak M 0.4 92.7 0.8 0.4 0.4       0.4   0.4 0.4         4.2 262 CG GC,CG,UA,AU 3 2 1 0.4 0.5 0.98 1.48 0.98 0.99 1.47 1.45 0.0 0.8
23S 27 600 657 G:U cWW   Weak T 20.1   0.1 1.0 54.1                       24.7 882 GC,GU UA,GU 4 6 1 0.2 0.01 0.0 0.01 0.28 1.0 0.6 0.05 0.0 0.64
23S 27 600 657 G:U cWW   Weak 3 33.8   0.2 0.8 65.0                       0.2 520 GC,GU UA,GU 2 6 1 0.25 0.01 0.0 0.01 0.35 1.0 1.89 1.05 0.0 0.82
23S 27 600 657 G:U cWW   Weak B         100.0                         282 GU   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 2.0 2.0 0.0 0.86
23S 27 600 657 G:U cWW   Weak A 21.6     8.1 70.3                         37 GC,AU,GU   1 1 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.3 1.0 1.59 1.25 0.0 0.9
23S 27 600 657 G:U cWW   Weak C       2.0 98.0                         100 AU,GU   1 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.02 1.0 1.86 2.0 0.0 0.97
23S 27 600 657 G:U cWW   Weak E 83.6   0.5 0.5 14.9                       0.5 201 GC,GU GC,UA,AU 1 5 1 0.33 0.06 0.0 0.06 0.85 1.0 1.85 1.34 0.0 0.76
23S 27 600 657 G:U cWW   Weak M 0.4     1.1 15.6                       82.9 262 GU   1 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.09 1.0 -0.42 -0.37 0.0 0.14
23S 31 641 647 U:G cWW   Weak T   6.2 2.0     39.9 0.1   0.1     0.2 0.2   0.1 0.2 50.8 883 CG,UA,UG UG,CU,GA 16 10 3 0.23 0.05 0.0 0.05 0.17 0.98 -0.33 -0.2 0.0 0.41
23S 31 641 647 U:G cWW   Weak 3   9.4 0.2     50.9                     39.5 521 CG,UG   12 1 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.16 1.0 -0.14 0.22 0.0 0.5
23S 31 641 647 U:G cWW   Weak B   14.2 0.4     85.4                       281 CG,UG   8 1 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.15 1.0 1.41 1.97 0.0 0.86
23S 31 641 647 U:G cWW   Weak A   24.3       67.6                     8.1 37 CG,UG   4 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.27 1.0 0.67 1.43 0.0 0.83
23S 31 641 647 U:G cWW   Weak C   2.0 8.0     86.0           2.0       2.0   100 CG,UA,UG,CU,UU UG,CU 2 7 1 0.22 0.14 0.0 0.14 0.1 0.96 1.76 1.36 0.0 0.97
23S 31 641 647 U:G cWW   Weak E                                 100.0 203     0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
23S 31 641 647 U:G cWW   Weak M   1.5 3.4     0.4 0.4   0.4       0.8   0.4   92.7 262 UA CG,UA 2 2 2 1.0 0.4 0.68 1.08 0.68 0.74 -0.35 -0.32 0.0 0.06
23S 32 671 809 C:G cWW   Weak T   97.6 0.1 1.1 0.1 0.1   0.1                 0.8 845 CG CG,UA,AU 2 3 1 0.4 0.77 1.0 1.77 1.0 1.0 1.84 1.8 0.0 0.8
23S 32 671 809 C:G cWW   Weak 3   99.8                             0.2 483 CG   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 2.0 1.97 0.0 0.77

Next page

Advanced export

JSON shape: default, array, newline-delimited

CSV options: 

CREATE VIEW basepair_combined as
select f.molecule, f.helix_number, f.position_1, f.position_2,
       f.reference_base_pair, f.conformation, f.tertiary_type, f.strength, f.group_code,
       f.GC, f.CG, f.UA, f.AU, f.GU, f.UG, f.AA, f.AC, f.AG, f.CA, f.CC, f.CU, f.GA, f.GG, f.UC, f.UU, f.gap, f.Seq as sequences,
       f.predominant_types, f.covarying_types,
       s.Xch, s.Ych, s.PE, s.PES, s.Cov1, s.Cov3, s."C1+C3" as C1_C3,
       s.WC, s.WCGU, s.XCons, s.YCons, s.DfDel, s.PNuc
from basepair_frequency f
left join basepair_collective_score s
  on s.molecule = f.molecule and s.position_1 = f.position_1
 and s.position_2 = f.position_2 and s.group_code = f.group_code;