Base-pair statistics (frequencies and scores together) (view)

predominant_types
Base-pair types shown in bold in the published table (most frequent).
covarying_types
Base-pair types marked * in the published table (involved in a covariation).
sequences
Number of sequences in the group.

478 rows where group_code = "T" and molecule = "16S" sorted by position_1

✎ View and edit SQL

This data as json, CSV (advanced)

Suggested facets: reference_base_pair, AC, CC, UC, DfDel

conformation 8

strength 4

tertiary_type 2

molecule 1

  • 16S · 478 ✖

group_code 1

molecule helix_number position_1 ▼ position_2 reference_base_pair conformation tertiary_type strength group_code GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap sequences predominant_types covarying_types Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1_C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc
16S 1 9 25 G:C cWW   Strong T 56.7 24.9 0.2 15.1 0.9 0.1 0.1 1.1 0.1   0.2     0.1 0.1   0.5 3661 GC,CG,AU GC,CG,UA,AU 32 27 12 0.41 0.94 0.97 1.91 0.97 0.98 0.52 0.64 0.0 0.43
16S 1 10 24 A:U cWW   Strong T 14.6 3.2 20.7 58.4 1.9     0.2 0.1 0.1   0.4       0.2 0.3 3741 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU 33 22 8 0.29 0.93 0.97 1.9 0.97 0.99 0.44 0.56 0.0 0.44
16S 1 11 23 G:C cWW   Strong T 93.8 0.1 0.4 1.1 0.1     4.0     0.1       0.1   0.3 3799 GC,AC GC,CG,UA,AU 23 16 10 0.51 0.26 0.96 1.21 0.96 0.96 1.61 1.84 0.0 0.45
16S 1 12 22 U:G cWW   Strong T 23.1 0.6 0.9 0.2   68.2 0.2 1.0 0.1 4.9 0.1     0.2 0.1 0.2 0.4 3888 GC,UG,CA GC,AU,UG,CA 35 31 9 0.27 0.89 0.97 1.86 0.25 0.93 0.79 0.88 0.0 0.46
16S 1 13 21 U:G No BP   Weak T   0.1 8.8 0.1   88.5 0.1   1.5 0.1     0.1 0.1   0.3 0.5 3890 UA,UG UG,AA 14 68 3 0.07 0.02 0.0 0.02 0.09 0.98 1.8 1.5 0.0 0.46
16S 2 17 918 U:A cWW 3°: pseudoknot Strong T   0.1 98.3 0.1   0.4 0.1     0.1     0.1   0.2 0.2 0.4 3912 UA CG,UA,AU 13 16 7 0.48 0.15 0.0 0.15 0.99 0.99 1.92 1.9 0.0 0.46
16S 2 18 917 C:G cWW 3°: pseudoknot Strong T 0.6 92.5 3.9     0.6     0.3 1.7   0.1 0.1       0.2 3930 CG,UA GC,CG,UA 44 41 21 0.49 0.62 0.97 1.6 0.97 0.98 1.62 1.59 0.0 0.46
16S 2 19 916 A:U cWW 3°: pseudoknot Strong T 0.1 86.3 1.4 8.0   0.2 0.1   1.3 0.4 0.1 1.8   0.1     0.4 3959 CG,AU GC,CG,UA,AU 49 31 7 0.17 0.71 0.96 1.67 0.96 0.96 1.38 1.41 0.0 0.46
16S 3 27 556 G:C cWW   Strong T 71.0 3.4 2.3 18.6 0.3 0.1 2.0 0.8 0.2   0.2 0.1     0.1 0.5 0.4 4476 GC,CG,UA,AU,AA GC,CG,UA,AU 50 80 26 0.4 0.85 0.96 1.81 0.96 0.96 0.83 0.96 0.0 0.52
16S 3 28 555 A:U cWW   Strong T 40.4 7.5 2.1 32.1 14.2 0.5 0.1 1.2   0.4 0.1 0.5     0.1 0.4 0.2 4977 GC,CG,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU 69 103 33 0.38 0.7 0.82 1.53 0.82 0.97 0.51 0.55 0.0 0.58
16S 3 29 554 U:A cWW   Strong T 7.5 2.4 36.6 46.9 0.5 1.1 0.2 1.1   0.4 0.4 0.7 0.1 0.1 0.2 0.6 1.1 5079 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU 103 125 48 0.42 0.9 0.94 1.84 0.94 0.96 0.39 0.48 0.01 0.59
16S 3 30 553 U:A cWW   Strong T 7.3 33.6 34.0 22.1 0.6 1.2 0.2 0.2   0.2   0.1 0.2 0.1   0.1 0.2 5157 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU 98 108 65 0.63 0.96 0.97 1.93 0.97 0.99 0.14 0.21 0.0 0.6
16S 3 32 552 A:U cWW   Strong T 0.5 0.2 27.4 70.3 0.2   0.1   0.1 0.1   0.1   0.5   0.2 0.4 5253 UA,AU GC,CG,UA,AU 23 28 12 0.47 0.95 0.99 1.94 0.99 0.99 1.0 1.09 0.0 0.61
16S 3 33 551 A:U cWW   Strong T 0.1 5.5 9.3 84.1 0.4                     0.1 0.5 5282 CG,UA,AU GC,CG,UA,AU 20 22 11 0.52 0.96 0.99 1.96 0.99 1.0 1.17 1.25 0.0 0.62
16S 3 34 550 C:G cWW   Strong T 0.9 69.8 0.9 9.4 0.4 17.0   0.3 0.2   0.1 0.1   0.3   0.1 0.3 5366 CG,AU,UG GC,CG,UA,AU 68 55 28 0.46 0.38 0.81 1.19 0.81 0.99 0.74 1.37 0.0 0.63
16S 3 35 549 G:C cWW   Weak T 82.3 0.1 0.3 4.1 10.8     1.2   0.1 0.3   0.1   0.2 0.1 0.3 5420 GC,AU,GU GC,CG,UA,AU 75 71 20 0.27 0.26 0.87 1.13 0.87 0.98 1.57 1.35 0.0 0.63
16S 3 36 548 C:G cWW   Strong T   88.7 9.2     0.7 0.1   0.1 0.3 0.1 0.1   0.2     0.4 5516 CG,UA CG,UA 55 59 30 0.53 0.85 0.98 1.83 0.98 0.99 1.45 1.52 0.0 0.65
16S 3 37 547 U:A tWS   Weak T     97.5 0.1   0.7 0.2     0.9     0.2   0.1 0.1 0.3 5551 UA UA,AU 34 24 5 0.17 0.06 0.0 0.06 0.98 0.99 1.85 1.89 0.0 0.65
16S 4 39 403 G:C cWW   Weak T 67.3 0.2 13.1 1.2 1.0 0.2 0.3 0.3   0.6 0.3 0.1 14.2 0.1 0.3 0.6 0.5 5839 GC,UA,GA GC,CG,UA,AU 95 98 28 0.29 0.45 0.82 1.27 0.82 0.83 1.17 0.93 0.0 0.68
16S 4 40 402 C:G cWW   Strong T 0.5 71.5 23.1 2.9 0.1 0.4 0.3 0.1 0.2 0.3 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.2 5927 CG,UA,AU GC,CG,UA,AU 87 84 53 0.62 0.94 0.98 1.92 0.98 0.99 0.93 0.99 0.0 0.69
16S 4 41 401 G:C cWW   Strong T 71.2 7.2 2.3 9.0 0.4 0.6 0.2 0.2   3.5 0.1 4.6 0.1 0.1 0.3   0.3 5909 GC,CG,UA,AU,CA,CU GC,CG,UA,AU 83 97 58 0.64 0.65 0.9 1.55 0.9 0.91 0.74 0.77 0.0 0.69
16S 4 42 400 G:C cWW   Strong T 72.2 5.8 16.4 4.1 0.4 0.3   0.1   0.1 0.2       0.1   0.4 5987 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU 62 67 42 0.65 0.96 0.99 1.95 0.99 0.99 0.77 0.84 0.0 0.7
16S 4 43 399 C:G cWW   Strong T 3.1 65.4 15.0 2.4 0.1 1.3 0.6   0.1 10.7 0.5 0.1   0.2 0.1 0.2 0.4 5974 GC,CG,UA,AU,CA GC,CG,UA,AU 135 146 92 0.66 0.6 0.86 1.46 0.86 0.88 0.94 0.81 0.0 0.7
16S 4 44 398 A:U cWW   Strong T 38.9 1.1 2.3 39.8 0.3 0.1 1.3 14.4   0.1 0.2   0.1   0.2 0.8 0.2 6046 GC,UA,AU,AC GC,CG,UA,AU 106 113 69 0.63 0.71 0.82 1.53 0.82 0.83 0.73 0.74 0.0 0.71
16S 4 45 396 G:C cWW   Strong T 21.4 4.7 29.0 7.6 1.4 17.3 0.1 0.8 14.4 0.1     0.1 0.4 2.4 0.1 0.2 6007 GC,CG,UA,AU,UG,AG,UC GC,UA,AG 134 168 78 0.52 0.51 0.65 1.15 0.63 0.81 0.29 0.14 0.0 0.7
16S 4 46 395 G:C cWW   Strong T 71.9 2.2 0.2 20.4 3.7     0.8     0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 6074 GC,CG,AU,GU GC,CG,UA,AU 86 90 50 0.57 0.82 0.95 1.77 0.95 0.99 1.05 1.04 0.0 0.71
16S 5 47 361 C:G cWW 3°: base pair Strong T 18.0 65.2 3.2 2.5 0.2 0.4   0.7   0.1 1.4 3.3 1.1 0.5 0.1 2.7 0.4 6093 GC,CG,UA,AU,CU,UU GC,CG,UA,AU 85 51 22 0.32 0.69 0.89 1.58 0.89 0.9 0.75 0.66 0.0 0.71
16S 5 52 359 C:G cWW   Strong T 19.1 60.4 16.0 2.5 0.7 0.2     0.1 0.2 0.2 0.1   0.1     0.2 6188 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU 73 73 55 0.75 0.95 0.98 1.94 0.98 0.99 0.53 0.52 0.0 0.72
16S 5 53 358 A:U cWW   Strong T 2.5 18.4   77.2 1.2     0.1     0.1 0.1       0.1 0.1 6181 GC,CG,AU GC,CG,AU 22 16 9 0.47 0.93 0.98 1.91 0.98 0.99 1.07 1.15 0.0 0.72
16S 5 54 357 C:G cWW   Weak T   99.0 0.3     0.3     0.1 0.1               6225 CG CG,UA 12 6 2 0.22 0.29 0.99 1.28 0.99 1.0 1.92 1.94 0.0 0.73
16S 5 56 356 U:A cWW   Weak T     99.5             0.1     0.1       0.2 6225 UA   4 4 1 0.25 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 1.96 1.97 0.0 0.73
16S 5 57 355 G:C cWW   Strong T 98.7             0.3     0.3   0.1 0.1 0.2   0.3 6323 GC   15 9 2 0.17 0.04 0.0 0.04 0.99 0.99 1.91 1.94 0.0 0.74
16S 5 58 354 C:G cWW   Weak T 0.6 98.2       0.3     0.1 0.1 0.2     0.1     0.3 6357 CG GC,CG 16 11 3 0.22 0.46 0.99 1.45 0.99 0.99 1.87 1.88 0.0 0.74
16S 6 61 106 G:C cWW   Strong T 96.2     2.0 0.6     0.1     0.2   0.1 0.3     0.4 6539 GC,AU GC,AU 23 39 13 0.42 0.6 0.99 1.58 0.99 0.99 1.79 1.75 0.0 0.77
16S 6 62 105 U:G cWW   Weak T 0.1 1.4 1.1 0.2   94.0 0.1 0.2 0.1 0.9 0.5     0.1 0.4 0.2 0.6 6551 UG UG,AC,CA 65 65 17 0.26 0.21 0.96 1.16 0.03 0.97 1.64 1.66 0.0 0.76
16S 6 63 104 C:G cWW   Strong T 0.1 71.2 1.2 0.3   0.5       0.1       0.1     26.4 6600 CG GC,CG,UA,AU 57 41 27 0.55 0.67 0.99 1.66 0.99 1.0 0.79 0.5 0.11 0.57
16S 6 66 103 A:U cWW   Strong T 30.3 0.1 0.7 53.9 0.7 0.3   2.0 0.1     0.1   0.1 0.1 0.1 11.3 6563 GC,AU,AC GC,CG,UA,AU 112 108 77 0.7 0.9 0.96 1.85 0.96 0.97 0.28 0.34 0.01 0.68
16S 6 67 102 C:G cWW   Strong T 16.6 68.6 1.5 0.7 0.2 0.1 0.1 0.1 0.1 0.3 0.2 0.1   0.2 0.1   11.1 6597 GC,CG GC,CG,UA,AU 58 66 40 0.65 0.93 0.98 1.91 0.98 0.99 0.41 0.47 0.01 0.69
16S 6 68 101 G:A cWW 3°: base pair Weak T 3.1 0.3 13.9 0.7 0.3 0.3 0.2   0.1 0.2     68.8 0.4   0.2 11.6 6584 GC,UA,GA AU,UG,GA 39 50 15 0.34 0.05 0.0 0.05 0.2 0.21 0.52 0.9 0.01 0.68
16S 6 69 99 G:C cWW   Strong T 29.7 6.2 0.9 13.4 9.3 0.1 0.4 0.4 1.6 0.1 0.1 0.4 0.4 0.6   0.1 36.3 6585 GC,CG,AU,GU GC,CG,UA,AU 132 139 48 0.35 0.6 0.79 1.39 0.79 0.94 -0.55 -0.67 0.01 0.49
16S 6 70 98 U:A cWW   Strong T 6.3 10.6 15.7 21.4 5.0 0.9 0.2 0.2 0.2 0.5 0.2   0.6 0.2 0.3 0.3 37.3 6610 GC,CG,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU 186 181 107 0.58 0.79 0.86 1.66 0.86 0.96 -0.92 -0.85 0.0 0.48
16S 6 73 97 C:G cWW   Strong T 7.9 19.4 1.4 1.2 0.3 0.7 0.2 0.1 0.2     0.1 0.1 0.1   0.2 68.2 6642 GC,CG GC,CG,UA,AU 60 53 23 0.41 0.84 0.94 1.78 0.94 0.97 -0.73 -0.71 0.0 0.25
16S 6 74 96 A:U cWW   Strong T 5.1 1.4 2.4 11.0 0.4 0.7 0.1           0.3 0.1   0.4 78.0 6634 GC,UA,AU GC,CG,UA,AU 75 74 38 0.51 0.8 0.9 1.7 0.9 0.95 -0.7 -0.81 0.05 0.17
16S 6 75 95 G:C cWW   Strong T 8.3 5.0 3.7 1.0 4.9 0.6 0.3   1.4   0.1 0.3 0.3 0.1   0.1 74.0 6635 GC,CG,UA,GU GC,CG,UA,AU 93 93 54 0.58 0.55 0.69 1.23 0.69 0.9 -0.76 -0.83 0.0 0.2
16S 6 76 93 G:U cWW   Strong T 2.5 3.3 3.6 5.9 4.0 0.8 0.4 0.2 3.4       0.6 0.5 0.1 0.6 74.0 6662 GC,CG,UA,AU,GU,AG GC,CG,UA,AU 124 130 47 0.37 0.47 0.59 1.06 0.59 0.78 -0.8 -0.79 0.01 0.2
16S 6 77 92 A:U cWW   Strong T 4.9 3.4 5.4 8.4 5.0 2.2 0.2 0.1 2.4     0.1 0.6 0.1 0.4 0.5 66.5 6626 GC,CG,UA,AU,GU,UG,AG GC,CG,UA,AU 159 163 53 0.33 0.54 0.66 1.2 0.66 0.87 -0.89 -0.89 0.0 0.26
16S 6 78 91 A:U cWW   Strong T 7.4 6.4 7.2 10.9 3.8 2.0 0.2 0.2 1.6     0.1 1.1 0.2 0.1 0.2 58.6 6638 GC,CG,UA,AU,GU,UG GC,CG,UA,AU 197 184 87 0.46 0.69 0.77 1.46 0.77 0.91 -0.96 -0.96 0.01 0.32
16S 6 79 90 G:C cWW   Strong T 14.1 12.0 6.9 9.0 7.0 2.1 0.5 0.2 0.8 0.1 0.1 0.1 0.2 0.3   0.3 46.3 6648 GC,CG,UA,AU,GU,UG GC,CG,UA,AU 243 240 128 0.53 0.7 0.78 1.49 0.78 0.95 -0.95 -0.96 0.01 0.42
16S 6 80 89 A:U cWW   Strong T 22.6 13.8 12.7 9.8 3.5 0.9 0.1 0.2 0.8 0.1   0.1 0.3 0.2   0.2 34.7 6611 GC,CG,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU 281 291 195 0.68 0.85 0.9 1.75 0.9 0.97 -0.87 -0.9 0.01 0.51
16S 6 81 88 A:U cWW   Strong T 7.1 18.1 17.2 24.3 2.5 1.0 0.1 0.2 0.2 0.1 0.1   0.1     0.1 28.8 6644 GC,CG,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU 264 263 201 0.76 0.91 0.94 1.85 0.94 0.99 -0.82 -0.77 0.01 0.55
16S 6 82 87 G:C cWW   Strong T 28.8 26.5 2.8 9.0 0.5 3.3 0.1   0.1 0.1 0.1   0.4     0.2 28.1 6676 GC,CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU 232 196 152 0.71 0.89 0.94 1.83 0.94 0.99 -0.68 -0.59 0.01 0.56
16S 6.1 113 314 G:C cWW   Strong T 81.3 17.9                   0.1   0.1     0.3 6916 GC,CG GC,CG 11 8 7 0.74 0.98 1.0 1.98 1.0 1.0 1.26 1.27 0.0 0.81
16S 6.1 114 313 U:A cWW   Strong T 0.4 0.1 98.3 0.3     0.1     0.1           0.2 0.3 6906 UA GC,CG,UA,AU 11 9 9 0.9 0.65 0.99 1.64 0.99 1.0 1.85 1.86 0.0 0.81
16S 6.1 115 312 G:C cWW   Strong T 81.1 17.2 0.7   0.1 0.1   0.1   0.1     0.1       0.3 6856 GC,CG GC,CG,UA 19 18 12 0.65 0.97 0.99 1.96 0.99 1.0 1.22 1.21 0.0 0.8
16S 7 122 239 G:U cWW   Strong T 8.9   1.2 8.9 35.7 0.1 4.7 5.0 26.2 0.1 0.5 0.1 0.1 0.2 7.6   0.5 6923 GC,AU,GU,AA,AC,AG,UC GU,AG,CA,UC 144 141 37 0.26 0.53 0.7 1.23 0.19 0.55 0.55 0.21 0.0 0.81
16S 7 123 238 U:A cWW   Strong T 0.1 92.0 5.4 0.7 0.2 0.1 0.1     0.3   0.1 0.1 0.2     0.5 6977 CG,UA GC,CG,UA,AU 63 65 54 0.84 0.84 0.99 1.82 0.99 0.99 1.51 1.53 0.0 0.81
16S 7 124 237 C:G cWW   Strong T 57.3 14.9 3.1 23.0 0.2 0.1   0.1       0.1 0.1     0.4 0.5 6975 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU 65 67 52 0.79 0.97 0.99 1.96 0.99 0.99 0.42 0.44 0.0 0.81
16S 7 125 236 U:A cWW   Strong T 14.2 10.2 18.4 0.5 0.1 55.2 0.1 0.3   0.1         0.1 0.1 0.6 6897 GC,CG,UA,UG GC,AU,UG,CA 35 82 20 0.34 0.33 0.7 1.04 0.44 0.99 0.84 0.65 0.0 0.81
16S 7 126 235 G:C cWW   Strong T 42.7 5.5 8.6 21.4 5.2 0.3 0.5 0.5   0.6   3.0 0.1 0.1 0.2 10.5 1.0 6969 GC,CG,UA,AU,GU,CU,UU GC,CG,UA,AU 151 134 72 0.51 0.63 0.79 1.42 0.79 0.84 0.17 0.34 0.0 0.81
16S 7 127 234 G:C cWW   Strong T 55.8 2.4 8.5 13.1 1.8 3.6 0.8 0.2 0.1 2.0 0.4 0.2 0.1 0.2 0.1 9.5 0.9 6995 GC,CG,UA,AU,UG,CA,UU GC,CG,UA,AU 155 147 63 0.42 0.56 0.81 1.37 0.81 0.86 0.38 0.37 0.0 0.81
16S 7 128 233 G:C cWW   Strong T 61.6 4.1 4.0 20.3 0.6 0.7 1.4 1.4 0.3 0.8 0.4 0.2 0.4 0.4 0.9 0.6 2.0 6986 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU 183 148 78 0.47 0.78 0.92 1.7 0.92 0.93 0.53 0.52 0.0 0.81
16S 7 129 232 A:G cWW 3°: base pair Strong T 1.4 13.5 19.1 2.7 0.4 22.5 2.5 2.0 29.0 0.5 0.3 0.1 1.9 0.3 0.4 0.7 2.5 6964 CG,UA,AU,UG,AA,AC,AG GC,UA,AG,CU 204 218 59 0.28 0.3 0.51 0.81 0.38 0.61 0.26 0.58 0.01 0.8
16S 7 131 231 A:U cWW   Strong T 1.2 39.9 44.7 5.4 0.5 3.5 0.7 0.5 0.1 0.6 0.4 0.3 0.3 0.1 0.2 0.4 1.1 6998 CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU 214 222 127 0.58 0.86 0.92 1.78 0.92 0.96 0.51 0.5 0.0 0.81
16S 7 132 230 C:G cWW   Strong T 9.9 63.1 20.2 3.3 0.1 1.0 0.2   0.1 0.5   0.1       0.1 1.2 6974 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU 160 154 112 0.71 0.94 0.98 1.92 0.98 0.99 0.53 0.53 0.0 0.81
16S 7 136 227 C:G cWW   Strong T 0.2 73.7 1.7 0.2   0.2       0.2   0.1   0.1   12.6 10.9 6934 CG,UU GC,CG,UU 23 76 16 0.32 0.84 0.97 1.81 0.85 0.85 0.69 1.04 0.08 0.72
16S 7 137 226 U:G cWW   Strong T 1.8 44.3 36.1 2.2 1.2 2.3     0.1 0.3           0.4 11.2 6935 CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU 194 243 145 0.66 0.9 0.95 1.85 0.95 0.99 0.11 0.31 0.05 0.72
16S 7 138 225 G:C cWW   Strong T 20.5 12.0 30.6 12.9 0.4 7.9 0.1   0.2 0.2 0.1 0.3 0.1 0.1 0.1 3.6 10.8 6940 GC,CG,UA,AU,UG,UU GC,CG,UA,AU 248 284 136 0.51 0.78 0.85 1.63 0.85 0.95 -0.31 -0.51 0.02 0.73
16S 7 139 224 A:U cWW   Strong T 9.8 6.2 23.9 27.5 12.0 5.1 1.1 0.1 0.3 0.2 0.1 0.3 0.2 0.1 0.1 2.4 10.6 6986 GC,CG,UA,AU,GU,UG,UU GC,CG,UA,AU 299 301 155 0.52 0.65 0.75 1.4 0.75 0.94 -0.35 -0.34 0.02 0.73
16S 7 140 223 U:A cWW   Strong T 8.5 13.9 32.8 18.6 5.1 4.1 0.4 0.1 0.1 0.4 0.1 0.1 0.3 0.3 0.4 3.8 10.7 6978 GC,CG,UA,AU,GU,UG,UU GC,CG,UA,AU 295 310 186 0.61 0.73 0.83 1.56 0.83 0.93 -0.35 -0.43 0.02 0.73
16S 7 141 222 G:C cWW   Strong T 24.1 4.1 3.4 46.0 1.6 2.0 0.8 0.9 1.9 0.4 1.4 0.4 0.6 0.7 0.1 0.7 10.7 7002 GC,CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU 166 170 125 0.74 0.73 0.87 1.6 0.87 0.91 -0.07 -0.17 0.02 0.73
16S 7 142 221 G:C cWW   Strong T 49.7 22.1 0.7 2.5 0.7 1.4 1.1 0.4 0.9 0.1 0.1 0.1 0.6 8.7 0.1 0.1 11.0 7034 GC,CG,AU,GG GC,CG,UA,AU 120 125 82 0.67 0.64 0.84 1.49 0.84 0.86 0.18 0.04 0.02 0.74
16S 8 144 178 G:C cWW   Strong T 30.6 30.1 6.9 8.3 0.2 10.6 0.1 0.1 0.4 0.2   0.1 0.1 0.3 0.1 0.1 11.6 6972 GC,CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU 214 188 120 0.6 0.79 0.86 1.65 0.86 0.98 -0.37 -0.22 0.01 0.72
16S 8 145 177 G:G cWW 3°: base pair Strong T 8.1 17.8 1.9 6.8 0.3 15.1 0.3 0.2 0.2 0.1   0.3 0.1 28.0   9.4 11.4 7032 GC,CG,AU,UG,GG,UU AA,GG,UU 211 148 61 0.34 0.16 0.0 0.16 0.39 0.56 -0.33 0.13 0.0 0.73
16S 8 146 176 G:C cWW   Strong T 67.5 4.4 9.9 3.5 3.0 0.3     0.1       0.1 0.1   0.1 10.9 7057 GC,CG,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU 76 101 55 0.62 0.82 0.96 1.78 0.96 0.99 0.38 0.25 0.0 0.74
16S 8 147 175 G:C cWW   Strong T 87.1 0.5 0.2 0.7 0.3   0.1   0.1               10.8 7071 GC GC,CG,UA,AU 30 33 12 0.38 0.66 0.99 1.66 0.99 1.0 1.15 1.13 0.0 0.74
16S 8 152 169 A:C tHW 3°: base pair Strong T 0.2     0.4 7.2 0.2 2.5 69.9 0.4 0.1 2.1 0.4 0.7 3.7 0.2 0.1 11.9 7096 GU,AA,AC,CC,GG GU,UG,AC,CA 98 108 48 0.47 0.41 0.88 1.29 0.01 0.09 0.53 0.41 0.0 0.73
16S 8 153 168 C:G cWW   Strong T   66.9 1.1   9.0 0.5 0.1     9.7 0.2 0.3   0.1   0.1 12.0 7070 CG,GU,CA CG,UA,GU 48 81 23 0.36 0.48 0.87 1.35 0.77 0.88 0.69 0.32 0.0 0.73
16S 8 154 167 U:A cWW   Strong T 5.3 31.0 20.4 14.4 2.6 3.3 0.1 0.1 0.1 8.9   0.1 0.1 0.1   1.4 11.7 7029 GC,CG,UA,AU,GU,UG,CA GC,CG,UA,AU 217 220 129 0.59 0.7 0.81 1.51 0.81 0.88 -0.33 -0.33 0.0 0.73
16S 8 155 166 A:U cWW   Strong T 10.0 29.8 13.5 14.4 2.0 4.6 0.1 0.1 0.1 0.5 0.1 0.1   12.5 0.1 0.3 11.8 7030 GC,CG,UA,AU,GU,UG,GG GC,CG,UA,AU 235 229 131 0.56 0.65 0.77 1.42 0.77 0.84 -0.47 -0.28 0.0 0.73
16S 8 156 165 C:G cWW   Strong T 6.2 27.0 27.1 11.2 2.0 13.3 0.1   0.1 0.2   0.1   0.1 0.1 0.1 12.2 7030 GC,CG,UA,AU,GU,UG GC,CG,UA,AU 253 221 129 0.54 0.73 0.82 1.55 0.82 0.99 -0.31 -0.29 0.0 0.72
16S 8 157 164 U:G cWW   Strong T 9.5 7.1 7.9 8.8 32.6 21.8 0.1 0.1   0.1       0.2   0.1 11.8 7078 GC,CG,UA,AU,GU,UG GU,UG,AC,CA 193 199 91 0.46 0.39 0.62 1.01 0.38 0.99 -0.22 -0.26 0.0 0.73
16S 8 158 163 G:C cWW   Strong T 66.1 12.7 0.6 7.3 0.2 0.8         0.1 0.3       0.1 11.4 7078 GC,CG,AU GC,CG,UA,AU 123 125 96 0.77 0.92 0.98 1.9 0.98 0.99 0.27 0.29 0.0 0.74
16S 9 184 193 G:C cWW   Strong T 11.6 19.9 9.3 19.8 6.2 2.0 0.2 0.3 1.4 0.2 0.3 0.3 0.1 0.2 0.5 1.4 26.4 7034 GC,CG,UA,AU,GU,UG GC,CG,UA,AU 303 291 144 0.48 0.76 0.82 1.58 0.82 0.94 -0.81 -0.73 0.0 0.61
16S 9 185 192 U:A cWW   Strong T 4.1 32.9 20.0 8.6 1.1 4.9 0.2   0.1 0.4 0.1 0.1 0.1 0.1   1.2 25.8 7065 GC,CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU 273 259 150 0.56 0.8 0.89 1.68 0.89 0.97 -0.6 -0.55 0.01 0.61
16S 9 186 191 C:G cWW   Strong T 7.5 53.7 3.7 2.0 0.2 5.2 0.1   0.1   0.1 0.1 0.1 0.2   0.4 26.2 7040 GC,CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU 177 136 82 0.52 0.66 0.91 1.57 0.91 0.98 -0.25 -0.06 0.0 0.61
16S 10 198 219 G:U cWW   Strong T 59.8 0.5 0.5 3.7 8.5 0.1   0.1 0.1   0.1   0.1 0.2 0.1 0.1 26.0 7137 GC,AU,GU GC,CG,UA,AU 76 145 38 0.34 0.34 0.87 1.21 0.87 0.99 0.33 0.06 0.0 0.62
16S 10 199 218 A:U cWW   Strong T 11.8 17.9 4.2 26.0 5.4 1.2 0.2 0.1     0.1 0.2 0.9 0.1   0.1 31.7 7117 GC,CG,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU 226 191 118 0.57 0.8 0.88 1.68 0.88 0.97 -0.79 -0.73 0.0 0.57
16S 10 200 217 G:C cWW   Strong T 10.8 5.2 6.2 12.5 0.9 1.4   0.1 0.1 0.1   0.1 0.5 0.2   0.2 61.7 7093 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU 135 138 95 0.7 0.86 0.91 1.77 0.91 0.97 -0.94 -0.94 0.0 0.32
16S 10 201 216 G:U cWW   Strong T 3.9 2.9 1.8 0.8 21.0 0.5 0.1 0.1 0.1 0.1   0.1 0.1 0.2   0.3 67.8 7143 GC,CG,GU CG,UA,GU,AC 48 46 20 0.43 0.44 0.81 1.25 0.29 0.96 -0.6 -0.7 0.0 0.27
16S 10 202 215 G:C cWW   Strong T 22.8 5.6 0.4 0.7 0.2 0.1               0.1     69.8 7151 GC,CG GC,CG,UA,AU 29 26 18 0.66 0.91 0.98 1.89 0.98 0.99 -0.59 -0.6 0.0 0.25
16S 10 203 214 G:C cWW   Strong T 15.2 5.7 1.0 0.8 0.1 2.4 0.1       0.1     0.1     74.2 7167 GC,CG,UG GC,CG,UA,AU 50 33 17 0.41 0.71 0.88 1.59 0.88 0.98 -0.7 -0.66 0.0 0.22
16S 10 206 213 C:G cWW   Strong T 0.5 10.2 6.9 0.5 0.1 0.2       0.1 0.1 0.1         81.2 7176 CG,UA GC,CG,UA,AU 46 42 36 0.82 0.92 0.96 1.88 0.96 0.98 -0.58 -0.58 0.0 0.16
16S 10 207 212 C:G cWW   Strong T 1.2 14.2 1.2 0.9 0.5 0.8                     81.0 7178 CG GC,CG,UA,AU 41 36 23 0.6 0.7 0.92 1.62 0.92 0.99 -0.55 -0.53 0.0 0.16
16S 11 240 286 G:C cWW   Strong T 16.0 67.3 10.5 4.7 0.1 0.5 0.1     0.1 0.1     0.1     0.6 7196 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU 125 130 111 0.87 0.97 0.99 1.96 0.99 1.0 0.58 0.59 0.0 0.84
16S 11 241 285 G:C cWW   Strong T 32.6 40.6 12.6 9.0 2.2 2.1   0.1     0.1     0.2     0.5 7233 GC,CG,UA,AU,GU,UG GC,CG,UA,AU 174 165 145 0.85 0.92 0.95 1.87 0.95 1.0 0.17 0.17 0.0 0.84
16S 11 242 284 G:C cWW   Strong T 38.1 18.2 10.1 0.2 0.1 32.3     0.1 0.1 0.2     0.1 0.1   0.4 7218 GC,CG,UA,UG GC,AU,UG,CA 149 129 82 0.59 0.53 0.71 1.24 0.67 0.99 0.42 0.56 0.0 0.84
16S 11 245 283 U:U cWW 3°: base pair Strong T     0.1 0.1 0.2     0.1     42.1 0.1     0.2 56.3 0.5 7222 CC,UU CC,UU 46 39 29 0.68 0.98 0.99 1.97 0.0 0.0 0.93 0.94 0.0 0.84
16S 11 247 277 G:C cWW   Strong T 84.4 0.1 0.1 14.3 0.4           0.1           0.4 7251 GC,AU GC,CG,UA,AU 22 26 17 0.71 0.96 0.99 1.96 0.99 1.0 1.32 1.32 0.0 0.85
16S 11 248 276 C:G cWW   Strong T 20.5 72.6 3.7 1.2   0.8       0.1 0.4     0.1     0.4 7247 GC,CG,UA GC,CG,UA,AU 125 117 94 0.78 0.95 0.99 1.93 0.99 0.99 0.87 0.89 0.0 0.85
16S 11 249 275 U:G cWW   Strong T   9.1 0.1 0.1   88.7     0.1 1.2       0.1   0.1 0.5 7256 CG,UG AU,UG,CA 47 29 16 0.42 0.12 0.0 0.12 0.09 0.98 1.44 1.81 0.0 0.85

Next page

Advanced export

JSON shape: default, array, newline-delimited

CSV options: 

CREATE VIEW basepair_combined as
select f.molecule, f.helix_number, f.position_1, f.position_2,
       f.reference_base_pair, f.conformation, f.tertiary_type, f.strength, f.group_code,
       f.GC, f.CG, f.UA, f.AU, f.GU, f.UG, f.AA, f.AC, f.AG, f.CA, f.CC, f.CU, f.GA, f.GG, f.UC, f.UU, f.gap, f.Seq as sequences,
       f.predominant_types, f.covarying_types,
       s.Xch, s.Ych, s.PE, s.PES, s.Cov1, s.Cov3, s."C1+C3" as C1_C3,
       s.WC, s.WCGU, s.XCons, s.YCons, s.DfDel, s.PNuc
from basepair_frequency f
left join basepair_collective_score s
  on s.molecule = f.molecule and s.position_1 = f.position_1
 and s.position_2 = f.position_2 and s.group_code = f.group_code;