Base-pair statistics (frequencies and scores together) (view)

predominant_types
Base-pair types shown in bold in the published table (most frequent).
covarying_types
Base-pair types marked * in the published table (involved in a covariation).
sequences
Number of sequences in the group.

1,348 rows where group_code = "T" sorted by position_1

✎ View and edit SQL

This data as json, CSV (advanced)

Suggested facets: reference_base_pair, DfDel

conformation 12

strength 5

molecule 2

group_code 1

  • T · 1,348 ✖
molecule helix_number position_1 ▼ position_2 reference_base_pair conformation tertiary_type strength group_code GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap sequences predominant_types covarying_types Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1_C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc
23S 1 1 2902 G:C cWW   Strong T 40.7 0.9 4.9 10.4 4.3 0.6 1.8 0.3   0.6   0.6     0.3 0.6 33.9 327 GC,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU 22 22 9 0.41 0.64 0.86 1.5 0.86 0.94 -0.54 -0.28 0.11 0.21
23S 1 2 2901 G:C cWW   Strong T 36.5 2.8 7.7 17.2 2.5   0.6 0.3 0.3 0.3 0.3 0.6 0.9   1.2 1.5 27.2 326 GC,CG,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU 25 23 8 0.33 0.76 0.88 1.65 0.88 0.92 -0.7 -0.5 0.08 0.23
23S 1 3 2900 U:A cWW   Strong T 4.0 5.8 45.2 8.0 0.6 7.1   0.3   0.9   3.1     0.6 3.1 21.1 325 GC,CG,UA,AU,UG,CU,UU GC,CG,UA,AU 16 20 13 0.72 0.53 0.8 1.33 0.8 0.9 -0.39 -0.44 0.01 0.24
23S 1 4 2899 U:A cWW   Strong T 3.4 28.6 31.7 7.1 0.6 0.9 1.5   0.3 0.3   6.2 0.3   0.3 0.3 18.4 325 GC,CG,UA,AU,CU GC,CG,UA,AU 30 28 18 0.62 0.78 0.87 1.65 0.87 0.89 -0.41 -0.49 0.02 0.25
23S 1 5 2898 A:U cWW   Strong T 6.1 2.5 2.1 69.9 0.6 0.6 0.3         0.3     0.3 0.6 16.5 326 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU 20 15 9 0.51 0.8 0.97 1.76 0.97 0.98 0.18 0.27 0.02 0.26
23S 1 6 2897 A:U cWW   Strong T 7.4 0.3 4.6 68.7 0.3   0.9           0.6 0.6   0.6 15.9 326 GC,UA,AU GC,CG,UA,AU 16 13 11 0.76 0.8 0.96 1.76 0.96 0.97 0.26 0.22 0.02 0.26
23S 1 7 2896 G:C cWW   Strong T 58.1 4.3 2.7 15.2 1.2   0.6 1.5   0.3 0.3   0.6       15.1 329 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU 20 16 10 0.56 0.83 0.95 1.78 0.95 0.96 -0.02 -0.04 0.01 0.27
23S 1 8 2895 C:G cWW   Weak T 4.9 21.6 31.6 3.3 0.6 15.5 1.8 0.6   3.0 0.3     0.3   0.6 15.7 329 GC,CG,UA,AU,UG,CA GC,CG,UA,AU 31 29 7 0.23 0.57 0.73 1.3 0.73 0.92 -0.23 -0.26 0.0 0.27
16S 1 9 25 G:C cWW   Strong T 56.7 24.9 0.2 15.1 0.9 0.1 0.1 1.1 0.1   0.2     0.1 0.1   0.5 3661 GC,CG,AU GC,CG,UA,AU 32 27 12 0.41 0.94 0.97 1.91 0.97 0.98 0.52 0.64 0.0 0.43
16S 1 10 24 A:U cWW   Strong T 14.6 3.2 20.7 58.4 1.9     0.2 0.1 0.1   0.4       0.2 0.3 3741 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU 33 22 8 0.29 0.93 0.97 1.9 0.97 0.99 0.44 0.56 0.0 0.44
16S 1 11 23 G:C cWW   Strong T 93.8 0.1 0.4 1.1 0.1     4.0     0.1       0.1   0.3 3799 GC,AC GC,CG,UA,AU 23 16 10 0.51 0.26 0.96 1.21 0.96 0.96 1.61 1.84 0.0 0.45
16S 1 12 22 U:G cWW   Strong T 23.1 0.6 0.9 0.2   68.2 0.2 1.0 0.1 4.9 0.1     0.2 0.1 0.2 0.4 3888 GC,UG,CA GC,AU,UG,CA 35 31 9 0.27 0.89 0.97 1.86 0.25 0.93 0.79 0.88 0.0 0.46
16S 1 13 21 U:G No BP   Weak T   0.1 8.8 0.1   88.5 0.1   1.5 0.1     0.1 0.1   0.3 0.5 3890 UA,UG UG,AA 14 68 3 0.07 0.02 0.0 0.02 0.09 0.98 1.8 1.5 0.0 0.46
23S 2 15 525 G:U cWW   Strong T 15.9 12.5 2.4 12.4 41.9 2.5 1.5 1.8 4.8 0.7   1.0 0.3   0.3 0.1 1.7 671 GC,CG,UA,AU,GU,UG,AG CG,UA,GU,AC 34 52 18 0.42 0.3 0.6 0.89 0.44 0.89 0.32 0.14 0.02 0.63
23S 2 16 524 C:G cWW   Strong T 20.7 31.4 17.4 15.3 10.1 1.9 0.6 0.1 0.1 0.3 0.3           1.6 672 GC,CG,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU 33 53 22 0.51 0.8 0.86 1.66 0.86 0.98 -0.06 -0.17 0.01 0.63
16S 2 17 918 U:A cWW 3°: pseudoknot Strong T   0.1 98.3 0.1   0.4 0.1     0.1     0.1   0.2 0.2 0.4 3912 UA CG,UA,AU 13 16 7 0.48 0.15 0.0 0.15 0.99 0.99 1.92 1.9 0.0 0.46
23S 2 17 523 G:C cWW   Strong T 45.0 11.5 9.6 2.2 3.1 0.1   0.1   0.1 0.3 0.6 0.1     0.1 26.9 676 GC,CG,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU 17 27 10 0.46 0.83 0.94 1.77 0.94 0.98 -0.39 0.09 0.15 0.47
16S 2 18 917 C:G cWW 3°: pseudoknot Strong T 0.6 92.5 3.9     0.6     0.3 1.7   0.1 0.1       0.2 3930 CG,UA GC,CG,UA 44 41 21 0.49 0.62 0.97 1.6 0.97 0.98 1.62 1.59 0.0 0.46
23S 2 18 522 U:A cWW   Strong T 2.4 44.5 20.0 1.9   2.2 0.3   0.1     0.1 0.1 0.6   0.4 27.3 676 GC,CG,UA,UG GC,CG,UA,AU 25 45 16 0.46 0.86 0.94 1.8 0.94 0.98 -0.34 0.31 0.15 0.47
16S 2 19 916 A:U cWW 3°: pseudoknot Strong T 0.1 86.3 1.4 8.0   0.2 0.1   1.3 0.4 0.1 1.8   0.1     0.4 3959 CG,AU GC,CG,UA,AU 49 31 7 0.17 0.71 0.96 1.67 0.96 0.96 1.38 1.41 0.0 0.46
23S 2 19 521 A:U cWW   Strong T 6.2 10.5 19.5 20.8 12.9 0.1 0.6       0.1     0.3   1.6 27.3 677 GC,CG,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU 34 55 18 0.4 0.7 0.79 1.48 0.79 0.96 -0.81 -0.02 0.14 0.47
23S 2 20 520 C:G cWW   Strong T 4.1 22.3 19.8 21.3 1.0 2.2 0.3 0.1   0.4         0.1 0.6 27.5 677 GC,CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU 38 48 27 0.63 0.9 0.93 1.83 0.93 0.98 -0.74 -0.66 0.01 0.47
23S 2 21 519 A:U cWW   Strong T 8.9 6.4 5.3 35.9 5.2 9.0     0.4     0.3       0.9 27.7 677 GC,CG,UA,AU,GU,UG GC,AU,UG 37 43 25 0.62 0.49 0.74 1.24 0.78 0.98 -0.67 -0.36 0.02 0.47
23S 2 22 518 C:G cWW   Strong T 1.6 40.5 15.7 3.7   9.5 0.1     0.3 0.3   0.1       28.0 676 CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU 28 34 11 0.35 0.67 0.86 1.53 0.86 0.99 -0.39 -0.12 0.01 0.47
23S 2 23 517 G:C cWW   Strong T 55.7 0.4 1.5 12.3 1.5   0.3   0.6               27.6 677 GC,AU GC,CG,UA,AU 17 19 11 0.61 0.86 0.97 1.82 0.97 0.99 -0.03 -0.01 0.02 0.47
23S 2 24 516 G:C cWW   Strong T 51.3 0.1 1.5 16.7 1.3 0.4   0.1   0.4             27.9 676 GC,AU GC,CG,UA,AU 15 29 10 0.46 0.89 0.97 1.85 0.97 0.99 -0.14 -0.13 0.02 0.47
16S 3 27 556 G:C cWW   Strong T 71.0 3.4 2.3 18.6 0.3 0.1 2.0 0.8 0.2   0.2 0.1     0.1 0.5 0.4 4476 GC,CG,UA,AU,AA GC,CG,UA,AU 50 80 26 0.4 0.85 0.96 1.81 0.96 0.96 0.83 0.96 0.0 0.52
16S 3 28 555 A:U cWW   Strong T 40.4 7.5 2.1 32.1 14.2 0.5 0.1 1.2   0.4 0.1 0.5     0.1 0.4 0.2 4977 GC,CG,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU 69 103 33 0.38 0.7 0.82 1.53 0.82 0.97 0.51 0.55 0.0 0.58
16S 3 29 554 U:A cWW   Strong T 7.5 2.4 36.6 46.9 0.5 1.1 0.2 1.1   0.4 0.4 0.7 0.1 0.1 0.2 0.6 1.1 5079 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU 103 125 48 0.42 0.9 0.94 1.84 0.94 0.96 0.39 0.48 0.01 0.59
16S 3 30 553 U:A cWW   Strong T 7.3 33.6 34.0 22.1 0.6 1.2 0.2 0.2   0.2   0.1 0.2 0.1   0.1 0.2 5157 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU 98 108 65 0.63 0.96 0.97 1.93 0.97 0.99 0.14 0.21 0.0 0.6
23S 2 30 510 G:C cWW 3°: base pair Strong T 49.1 8.0 2.2 5.0 0.6 0.7 5.9   0.4             0.1 27.8 678 GC,CG,UA,AU,AA GC,CG,AA,UU 37 23 12 0.4 0.61 0.88 1.48 0.89 0.91 0.21 -0.49 0.19 0.47
23S 3 31 474 C:G cWW   Strong T 15.0 45.6 17.6 7.4 0.1 0.6 0.9 0.4 0.4 5.6 0.3 0.1 2.4 0.1 0.1 0.4 2.7 678 GC,CG,UA,AU,CA,GA GC,CG,UA,AU 44 33 18 0.47 0.77 0.88 1.65 0.88 0.89 0.16 0.0 0.02 0.63
16S 3 32 552 A:U cWW   Strong T 0.5 0.2 27.4 70.3 0.2   0.1   0.1 0.1   0.1   0.5   0.2 0.4 5253 UA,AU GC,CG,UA,AU 23 28 12 0.47 0.95 0.99 1.94 0.99 0.99 1.0 1.09 0.0 0.61
23S 3 32 473 C:G cWW   Strong T   90.6 1.5 2.3 0.1 0.7 0.1     1.5 0.3 0.1   0.1 0.1 0.1 2.1 681 CG,AU CG,UA,AU 16 16 9 0.56 0.53 0.96 1.5 0.96 0.97 1.47 1.29 0.02 0.64
16S 3 33 551 A:U cWW   Strong T 0.1 5.5 9.3 84.1 0.4                     0.1 0.5 5282 CG,UA,AU GC,CG,UA,AU 20 22 11 0.52 0.96 0.99 1.96 0.99 1.0 1.17 1.25 0.0 0.62
16S 3 34 550 C:G cWW   Strong T 0.9 69.8 0.9 9.4 0.4 17.0   0.3 0.2   0.1 0.1   0.3   0.1 0.3 5366 CG,AU,UG GC,CG,UA,AU 68 55 28 0.46 0.38 0.81 1.19 0.81 0.99 0.74 1.37 0.0 0.63
16S 3 35 549 G:C cWW   Weak T 82.3 0.1 0.3 4.1 10.8     1.2   0.1 0.3   0.1   0.2 0.1 0.3 5420 GC,AU,GU GC,CG,UA,AU 75 71 20 0.27 0.26 0.87 1.13 0.87 0.98 1.57 1.35 0.0 0.63
23S 4 35 445 G:C cWW   Strong T 94.1     1.6   0.3 0.3                 0.3 3.2 681 GC GC,AU,UG 13 12 9 0.72 0.77 0.99 1.76 0.99 0.99 1.58 1.49 0.02 0.63
16S 3 36 548 C:G cWW   Strong T   88.7 9.2     0.7 0.1   0.1 0.3 0.1 0.1   0.2     0.4 5516 CG,UA CG,UA 55 59 30 0.53 0.85 0.98 1.83 0.98 0.99 1.45 1.52 0.0 0.65
23S 4 36 444 G:C cWW   Strong T 65.8 25.5 0.6 3.2 0.3   0.1 0.4   0.1 0.1   0.3       3.3 682 GC,CG,AU GC,CG,UA,AU 15 15 9 0.6 0.95 0.98 1.94 0.98 0.99 0.68 0.7 0.02 0.63
16S 3 37 547 U:A tWS   Weak T     97.5 0.1   0.7 0.2     0.9     0.2   0.1 0.1 0.3 5551 UA UA,AU 34 24 5 0.17 0.06 0.0 0.06 0.98 0.99 1.85 1.89 0.0 0.65
23S 4 37 442 C:G cWW   Strong T 1.5 74.7 12.2 2.9   4.3 0.1     0.4       0.1     3.6 680 CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU 36 34 20 0.57 0.77 0.95 1.72 0.95 0.99 0.83 0.85 0.03 0.63
23S 4 38 441 A:U cWW   Strong T 6.3 15.0 31.5 41.6 0.4 0.7 0.3     0.3   0.1         3.5 680 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU 34 39 31 0.85 0.96 0.98 1.95 0.98 0.99 0.09 0.07 0.03 0.63
16S 4 39 403 G:C cWW   Weak T 67.3 0.2 13.1 1.2 1.0 0.2 0.3 0.3   0.6 0.3 0.1 14.2 0.1 0.3 0.6 0.5 5839 GC,UA,GA GC,CG,UA,AU 95 98 28 0.29 0.45 0.82 1.27 0.82 0.83 1.17 0.93 0.0 0.68
23S 4 39 440 G:C cWW   Strong T 7.0 39.4 22.1 14.8   0.6 1.7 2.1   0.3 1.1 0.8 0.4     0.6 9.0 711 GC,CG,UA,AU,AC GC,CG,UA,AU 47 63 37 0.67 0.85 0.92 1.77 0.92 0.92 -0.2 -0.19 0.02 0.62
16S 4 40 402 C:G cWW   Strong T 0.5 71.5 23.1 2.9 0.1 0.4 0.3 0.1 0.2 0.3 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.2 5927 CG,UA,AU GC,CG,UA,AU 87 84 53 0.62 0.94 0.98 1.92 0.98 0.99 0.93 0.99 0.0 0.69
23S 4 40 439 U:A cWW   Strong T 9.6 18.6 38.1 6.2 0.3 0.7           0.1   0.1     26.0 709 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU 38 48 32 0.74 0.96 0.98 1.95 0.98 1.0 -0.59 -0.54 0.01 0.5
16S 4 41 401 G:C cWW   Strong T 71.2 7.2 2.3 9.0 0.4 0.6 0.2 0.2   3.5 0.1 4.6 0.1 0.1 0.3   0.3 5909 GC,CG,UA,AU,CA,CU GC,CG,UA,AU 83 97 58 0.64 0.65 0.9 1.55 0.9 0.91 0.74 0.77 0.0 0.69
23S 4 41 438 C:G cWW   Strong T 16.2 27.8 9.8 18.6 0.1 0.1           0.1         27.1 711 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU 42 47 35 0.79 0.99 0.99 1.99 0.99 1.0 -0.77 -0.69 0.02 0.5
16S 4 42 400 G:C cWW   Strong T 72.2 5.8 16.4 4.1 0.4 0.3   0.1   0.1 0.2       0.1   0.4 5987 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU 62 67 42 0.65 0.96 0.99 1.95 0.99 0.99 0.77 0.84 0.0 0.7
23S 4 42 437 A:U cWW   Strong T 27.6 0.4 3.5 40.9 0.3     0.1                 27.1 711 GC,UA,AU GC,CG,UA,AU 29 36 23 0.71 0.99 0.99 1.98 0.99 1.0 -0.3 -0.3 0.02 0.5
16S 4 43 399 C:G cWW   Strong T 3.1 65.4 15.0 2.4 0.1 1.3 0.6   0.1 10.7 0.5 0.1   0.2 0.1 0.2 0.4 5974 GC,CG,UA,AU,CA GC,CG,UA,AU 135 146 92 0.66 0.6 0.86 1.46 0.86 0.88 0.94 0.81 0.0 0.7
23S 4 43 436 G:C cWW   Strong T 32.8 20.6 4.2 6.9 0.6   2.2   0.6 0.1 0.1       0.1 0.4 31.3 714 GC,CG,UA,AU,AA GC,CG,UA,AU 33 39 27 0.75 0.88 0.94 1.82 0.94 0.95 -0.68 -0.68 0.02 0.47
16S 4 44 398 A:U cWW   Strong T 38.9 1.1 2.3 39.8 0.3 0.1 1.3 14.4   0.1 0.2   0.1   0.2 0.8 0.2 6046 GC,UA,AU,AC GC,CG,UA,AU 106 113 69 0.63 0.71 0.82 1.53 0.82 0.83 0.73 0.74 0.0 0.71
23S 4 44 434 A:U cWW   Strong T 2.7 3.7 4.2 53.9 1.3 0.4 1.3 1.0 2.0 0.4 0.1   0.8 0.6   0.7 26.8 712 GC,CG,UA,AU,AG GC,CG,UA,AU 23 36 12 0.41 0.55 0.88 1.43 0.88 0.91 -0.15 -0.23 0.03 0.5
16S 4 45 396 G:C cWW   Strong T 21.4 4.7 29.0 7.6 1.4 17.3 0.1 0.8 14.4 0.1     0.1 0.4 2.4 0.1 0.2 6007 GC,CG,UA,AU,UG,AG,UC GC,UA,AG 134 168 78 0.52 0.51 0.65 1.15 0.63 0.81 0.29 0.14 0.0 0.7
23S 4 45 433 G:C cWW   Strong T 47.8 0.4 2.5 7.6 1.5 1.4 0.1 1.7     0.1       3.2 5.0 28.4 713 GC,UA,AU,UC,UU GC,CG,UA,AU 22 34 15 0.54 0.44 0.82 1.26 0.82 0.86 -0.3 -0.28 0.04 0.49
16S 4 46 395 G:C cWW   Strong T 71.9 2.2 0.2 20.4 3.7     0.8     0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 6074 GC,CG,AU,GU GC,CG,UA,AU 86 90 50 0.57 0.82 0.95 1.77 0.95 0.99 1.05 1.04 0.0 0.71
23S 4.1 46 179 G:C cWW   Strong T 24.2 16.1 2.9 0.6   0.1 5.3   3.9 0.7     0.7 0.3 0.1 0.7 44.1 714 GC,CG,UA,AA,AG GC,CG,AA,UU 19 40 11 0.37 0.7 0.83 1.53 0.79 0.79 -0.86 -0.65 0.07 0.38
16S 5 47 361 C:G cWW 3°: base pair Strong T 18.0 65.2 3.2 2.5 0.2 0.4   0.7   0.1 1.4 3.3 1.1 0.5 0.1 2.7 0.4 6093 GC,CG,UA,AU,CU,UU GC,CG,UA,AU 85 51 22 0.32 0.69 0.89 1.58 0.89 0.9 0.75 0.66 0.0 0.71
23S 4.1 47 178 C:G cWW   Strong T 0.1 64.3 0.8 0.6 0.7 1.3 0.1                   32.1 711 CG CG,UA,GU 12 7 4 0.42 0.42 0.97 1.39 0.97 1.0 0.15 0.35 0.03 0.46
16S 5 52 359 C:G cWW   Strong T 19.1 60.4 16.0 2.5 0.7 0.2     0.1 0.2 0.2 0.1   0.1     0.2 6188 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU 73 73 55 0.75 0.95 0.98 1.94 0.98 0.99 0.53 0.52 0.0 0.72
16S 5 53 358 A:U cWW   Strong T 2.5 18.4   77.2 1.2     0.1     0.1 0.1       0.1 0.1 6181 GC,CG,AU GC,CG,AU 22 16 9 0.47 0.93 0.98 1.91 0.98 0.99 1.07 1.15 0.0 0.72
23S 5 53 117 A:G tHS 3°: base pair Significant T   0.4 1.5 2.1     0.8 0.3 66.2         0.1   0.3 28.1 719 AU,AG UA,AG 12 11 6 0.52 0.28 0.94 1.22 0.06 0.06 0.42 0.29 0.01 0.49
16S 5 54 357 C:G cWW   Weak T   99.0 0.3     0.3     0.1 0.1               6225 CG CG,UA 12 6 2 0.22 0.29 0.99 1.28 0.99 1.0 1.92 1.94 0.0 0.73
23S 5 54 116 G:C cWW   Strong T 56.1 0.1 0.6 2.9 12.1               0.1       28.0 720 GC,AU,GU GC,CG,UA,AU 12 16 10 0.71 0.23 0.83 1.06 0.83 1.0 0.35 0.01 0.01 0.5
23S 5 55 115 G:C cWW   Strong T 58.1 0.4   12.4 1.0       0.1       0.1       27.7 724 GC,AU GC,CG,AU 13 7 4 0.4 0.91 0.98 1.9 0.98 1.0 0.09 0.06 0.01 0.5
16S 5 56 356 U:A cWW   Weak T     99.5             0.1     0.1       0.2 6225 UA   4 4 1 0.25 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 1.96 1.97 0.0 0.73
23S 5 56 114 A:U cWW   Strong T 16.6 2.1 2.2 49.9 0.1 0.4 0.3 0.4 0.1             0.1 27.7 725 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU 21 25 19 0.83 0.93 0.98 1.91 0.98 0.99 -0.25 -0.26 0.01 0.5
16S 5 57 355 G:C cWW   Strong T 98.7             0.3     0.3   0.1 0.1 0.2   0.3 6323 GC   15 9 2 0.17 0.04 0.0 0.04 0.99 0.99 1.91 1.94 0.0 0.74
23S 6 57 70 C:G cWW   Strong T 0.3 65.7 4.8 1.5   0.4 0.1     0.1             27.0 726 CG,UA GC,CG,UA,AU 9 6 7 0.93 0.91 0.99 1.9 0.99 1.0 0.21 0.25 0.0 0.51
16S 5 58 354 C:G cWW   Weak T 0.6 98.2       0.3     0.1 0.1 0.2     0.1     0.3 6357 CG GC,CG 16 11 3 0.22 0.46 0.99 1.45 0.99 0.99 1.87 1.88 0.0 0.74
23S 6 58 69 G:C cWW   Strong T 70.7   1.0 0.5 0.5   0.1 0.5                 26.6 733 GC GC,UA,AU 4 7 3 0.55 0.55 0.98 1.53 0.98 0.99 0.47 0.46 0.0 0.52
23S 6 59 68 U:G cWW   Strong T 4.6 29.7 14.1 1.4   23.4 0.1 0.1                 26.5 735 GC,CG,UA,UG GC,CG,UA,AU 25 21 15 0.65 0.46 0.68 1.14 0.68 1.0 -0.39 -0.22 0.0 0.52
16S 6 61 106 G:C cWW   Strong T 96.2     2.0 0.6     0.1     0.2   0.1 0.3     0.4 6539 GC,AU GC,AU 23 39 13 0.42 0.6 0.99 1.58 0.99 0.99 1.79 1.75 0.0 0.77
23S 6.1 61 93 C:G cWW 3°: pseudoknot Strong T 23.0 8.3 5.0 9.9 2.0 0.3 0.4 3.1 0.3   0.1   0.7 0.4 0.4 0.8 45.0 734 GC,CG,UA,AU,GU,AC GC,CG,UA,AU 36 33 21 0.61 0.73 0.84 1.57 0.84 0.89 -0.6 -0.87 0.12 0.39
16S 6 62 105 U:G cWW   Weak T 0.1 1.4 1.1 0.2   94.0 0.1 0.2 0.1 0.9 0.5     0.1 0.4 0.2 0.6 6551 UG UG,AC,CA 65 65 17 0.26 0.21 0.96 1.16 0.03 0.97 1.64 1.66 0.0 0.76
23S 6.1 62 92   cWW 3°: pseudoknot Strong T 3.1 15.2 13.3 1.5 0.3 0.7 10.4   1.2 0.9 0.4 0.3 0.7 0.4   7.9 43.8 738 GC,CG,UA,AA,UU GC,CG,UA,AU 42 27 17 0.49 0.44 0.59 1.02 0.59 0.6 -0.67 -0.83 0.12 0.4
16S 6 63 104 C:G cWW   Strong T 0.1 71.2 1.2 0.3   0.5       0.1       0.1     26.4 6600 CG GC,CG,UA,AU 57 41 27 0.55 0.67 0.99 1.66 0.99 1.0 0.79 0.5 0.11 0.57
23S 6.1 64 90 A:U cWW 3°: pseudoknot Significant T 7.8 3.0 0.5 13.6 0.1 0.1 23.2 4.6 0.7   0.3 0.3 0.4 0.3   0.5 44.5 740 GC,CG,AU,AA,AC GC,CG,AA,UU 23 25 11 0.46 0.35 0.62 0.97 0.45 0.46 -0.16 -0.86 0.12 0.39
23S 6.1 65 89 U:A cWW 3°: pseudoknot Strong T 10.4 24.5 4.9 9.1 2.8   0.1 0.1 0.4 0.1     1.9 0.3 0.3 0.1 44.9 740 GC,CG,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU 26 25 20 0.78 0.8 0.89 1.68 0.89 0.94 -0.75 -0.9 0.11 0.39
16S 6 66 103 A:U cWW   Strong T 30.3 0.1 0.7 53.9 0.7 0.3   2.0 0.1     0.1   0.1 0.1 0.1 11.3 6563 GC,AU,AC GC,CG,UA,AU 112 108 77 0.7 0.9 0.96 1.85 0.96 0.97 0.28 0.34 0.01 0.68
23S 6.1 66 88 C:G cWW 3°: pseudoknot Weak T 0.1 49.5 1.5 0.5 0.1 0.8 0.1   0.9 0.1 0.3   0.3 0.3 0.3 0.3 44.8 740 CG GC,CG,UA,AU 15 8 3 0.26 0.38 0.94 1.32 0.94 0.95 -0.29 -0.15 0.12 0.39
16S 6 67 102 C:G cWW   Strong T 16.6 68.6 1.5 0.7 0.2 0.1 0.1 0.1 0.1 0.3 0.2 0.1   0.2 0.1   11.1 6597 GC,CG GC,CG,UA,AU 58 66 40 0.65 0.93 0.98 1.91 0.98 0.99 0.41 0.47 0.01 0.69
23S 6.2 67 74 U:A cWH 3°: pseudoknot Strong T 9.9 1.5 34.7 6.9 6.2 0.8 0.7 0.1 0.1 0.5 0.5 0.4 0.8 0.5 7.3 1.8 27.1 740 GC,UA,AU,GU,UC GC,CG,UA,AU 33 37 15 0.43 0.48 0.73 1.21 0.73 0.82 -0.45 -0.59 0.0 0.52
16S 6 68 101 G:A cWW 3°: base pair Weak T 3.1 0.3 13.9 0.7 0.3 0.3 0.2   0.1 0.2     68.8 0.4   0.2 11.6 6584 GC,UA,GA AU,UG,GA 39 50 15 0.34 0.05 0.0 0.05 0.2 0.21 0.52 0.9 0.01 0.68
16S 6 69 99 G:C cWW   Strong T 29.7 6.2 0.9 13.4 9.3 0.1 0.4 0.4 1.6 0.1 0.1 0.4 0.4 0.6   0.1 36.3 6585 GC,CG,AU,GU GC,CG,UA,AU 132 139 48 0.35 0.6 0.79 1.39 0.79 0.94 -0.55 -0.67 0.01 0.49
16S 6 70 98 U:A cWW   Strong T 6.3 10.6 15.7 21.4 5.0 0.9 0.2 0.2 0.2 0.5 0.2   0.6 0.2 0.3 0.3 37.3 6610 GC,CG,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU 186 181 107 0.58 0.79 0.86 1.66 0.86 0.96 -0.92 -0.85 0.0 0.48
16S 6 73 97 C:G cWW   Strong T 7.9 19.4 1.4 1.2 0.3 0.7 0.2 0.1 0.2     0.1 0.1 0.1   0.2 68.2 6642 GC,CG GC,CG,UA,AU 60 53 23 0.41 0.84 0.94 1.78 0.94 0.97 -0.73 -0.71 0.0 0.25
16S 6 74 96 A:U cWW   Strong T 5.1 1.4 2.4 11.0 0.4 0.7 0.1           0.3 0.1   0.4 78.0 6634 GC,UA,AU GC,CG,UA,AU 75 74 38 0.51 0.8 0.9 1.7 0.9 0.95 -0.7 -0.81 0.05 0.17
16S 6 75 95 G:C cWW   Strong T 8.3 5.0 3.7 1.0 4.9 0.6 0.3   1.4   0.1 0.3 0.3 0.1   0.1 74.0 6635 GC,CG,UA,GU GC,CG,UA,AU 93 93 54 0.58 0.55 0.69 1.23 0.69 0.9 -0.76 -0.83 0.0 0.2
16S 6 76 93 G:U cWW   Strong T 2.5 3.3 3.6 5.9 4.0 0.8 0.4 0.2 3.4       0.6 0.5 0.1 0.6 74.0 6662 GC,CG,UA,AU,GU,AG GC,CG,UA,AU 124 130 47 0.37 0.47 0.59 1.06 0.59 0.78 -0.8 -0.79 0.01 0.2
23S 7 76 110 C:G cWW   Strong T 0.9 52.3 3.5 0.3   8.3 0.3   0.1 2.3 0.7 0.1   0.7 1.3 0.4 28.7 745 CG,UA,UG,CA GC,CG,UA,AU 25 14 8 0.41 0.25 0.8 1.05 0.8 0.92 -0.09 0.01 0.0 0.51
16S 6 77 92 A:U cWW   Strong T 4.9 3.4 5.4 8.4 5.0 2.2 0.2 0.1 2.4     0.1 0.6 0.1 0.4 0.5 66.5 6626 GC,CG,UA,AU,GU,UG,AG GC,CG,UA,AU 159 163 53 0.33 0.54 0.66 1.2 0.66 0.87 -0.89 -0.89 0.0 0.26
23S 7 77 109 G:C cWW   Strong T 7.1 13.7 37.3 1.9 0.4 0.4 0.1 8.6     0.7 0.3     0.4   29.2 745 GC,CG,UA,AC CG,UA,GU,AC 35 36 28 0.79 0.68 0.85 1.52 0.85 0.86 -0.65 -0.59 0.01 0.51
16S 6 78 91 A:U cWW   Strong T 7.4 6.4 7.2 10.9 3.8 2.0 0.2 0.2 1.6     0.1 1.1 0.2 0.1 0.2 58.6 6638 GC,CG,UA,AU,GU,UG GC,CG,UA,AU 197 184 87 0.46 0.69 0.77 1.46 0.77 0.91 -0.96 -0.96 0.01 0.32
23S 7 78 108 U:G cWW   Strong T 4.0 11.0 15.4 9.7 1.1 17.6 0.3     0.3 0.3 0.1 0.8 0.3 0.1 0.3 38.7 745 GC,CG,UA,AU,UG GC,AU,UG,CA 43 51 24 0.51 0.32 0.52 0.83 0.66 0.96 -0.77 -0.7 0.08 0.44
16S 6 79 90 G:C cWW   Strong T 14.1 12.0 6.9 9.0 7.0 2.1 0.5 0.2 0.8 0.1 0.1 0.1 0.2 0.3   0.3 46.3 6648 GC,CG,UA,AU,GU,UG GC,CG,UA,AU 243 240 128 0.53 0.7 0.78 1.49 0.78 0.95 -0.95 -0.96 0.01 0.42
23S 7 79 107 C:G cWW   Strong T 6.7 37.7 11.0 2.7   2.8 6.6   0.1     0.1 2.7 0.5 0.7 0.1 28.2 745 GC,CG,UA,AU,UG,AA,GA GC,CG,UA,AU 43 35 25 0.64 0.6 0.81 1.41 0.81 0.85 -0.66 -0.49 0.0 0.51
16S 6 80 89 A:U cWW   Strong T 22.6 13.8 12.7 9.8 3.5 0.9 0.1 0.2 0.8 0.1   0.1 0.3 0.2   0.2 34.7 6611 GC,CG,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU 281 291 195 0.68 0.85 0.9 1.75 0.9 0.97 -0.87 -0.9 0.01 0.51

Next page

Advanced export

JSON shape: default, array, newline-delimited

CSV options: 

CREATE VIEW basepair_combined as
select f.molecule, f.helix_number, f.position_1, f.position_2,
       f.reference_base_pair, f.conformation, f.tertiary_type, f.strength, f.group_code,
       f.GC, f.CG, f.UA, f.AU, f.GU, f.UG, f.AA, f.AC, f.AG, f.CA, f.CC, f.CU, f.GA, f.GG, f.UC, f.UU, f.gap, f.Seq as sequences,
       f.predominant_types, f.covarying_types,
       s.Xch, s.Ych, s.PE, s.PES, s.Cov1, s.Cov3, s."C1+C3" as C1_C3,
       s.WC, s.WCGU, s.XCons, s.YCons, s.DfDel, s.PNuc
from basepair_frequency f
left join basepair_collective_score s
  on s.molecule = f.molecule and s.position_1 = f.position_1
 and s.position_2 = f.position_2 and s.group_code = f.group_code;