Base-pair statistics (frequencies and scores together) (view)

predominant_types
Base-pair types shown in bold in the published table (most frequent).
covarying_types
Base-pair types marked * in the published table (involved in a covariation).
sequences
Number of sequences in the group.

870 rows where group_code = "E" and molecule = "23S" sorted by position_1

✎ View and edit SQL

This data as json, CSV (advanced)

Suggested facets: reference_base_pair, Xch, Ych, PE

conformation 9

strength 5

molecule 1

  • 23S · 870 ✖

group_code 1

molecule helix_number position_1 ▼ position_2 reference_base_pair conformation tertiary_type strength group_code GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap sequences predominant_types covarying_types Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1_C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc
23S 1 1 2902 G:C cWW   Strong E                                 100.0 40     0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 -0.35 -0.29 0.05 0.0
23S 1 2 2901 G:C cWW   Strong E                                 100.0 40     1 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 -0.39 -0.29 0.04 0.0
23S 1 3 2900 U:A cWW   Strong E                                 100.0 41     0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 -0.33 -0.29 0.05 0.0
23S 1 4 2899 U:A cWW   Strong E             2.4                   97.5 41 AA   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 -0.47 -0.35 0.05 0.0
23S 1 5 2898 A:U cWW   Strong E         2.4                       97.5 41 GU   2 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 -0.48 -0.49 0.06 0.0
23S 1 6 2897 A:U cWW   Strong E             2.4                   97.4 41 AA   2 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 -0.55 -0.45 0.05 0.0
23S 1 7 2896 G:C cWW   Strong E             2.4                   97.6 41 AA   3 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 -0.66 -0.45 0.03 0.0
23S 1 8 2895 C:G cWW   Weak E   2.4                             97.4 41 CG   6 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 -0.91 -0.43 0.01 0.0
23S 2 15 525 G:U cWW   Strong E 0.9 71.6 4.3 1.7 8.6       3.4 4.3   1.7 0.9   0.9   1.8 116 CG,UA,GU,AG,CA CG,UA,GU 8 11 2 0.21 0.48 0.86 1.34 0.8 0.89 0.86 0.91 0.0 0.43
23S 2 16 524 C:G cWW   Strong E 7.8 9.5 64.7 0.9 4.3 7.8     0.9 1.7 1.7           0.9 116 GC,CG,UA,GU,UG GC,CG,UA,AU 6 15 2 0.19 0.53 0.83 1.36 0.83 0.96 0.71 0.63 0.0 0.44
23S 2 17 523 G:C cWW   Strong E   37.1 54.3 1.7 0.9 0.9           3.4         1.8 116 CG,UA,CU CG,UA,AU 6 7 4 0.61 0.88 0.95 1.83 0.95 0.96 0.72 0.67 0.0 0.43
23S 2 18 522 U:A cWW   Strong E 9.5 6.0 65.5 1.7   10.3     0.9     0.9 0.9 0.9   2.6 0.9 116 GC,CG,UA,UG,UU GC,CG,UA,AU 6 13 1 0.1 0.51 0.83 1.35 0.83 0.94 0.86 0.42 0.0 0.44
23S 2 19 521 A:U cWW   Strong E 0.9 47.4 31.0 11.2 1.7 0.9 3.4       0.9     1.7     0.9 116 CG,UA,AU,AA GC,CG,UA,AU 9 17 7 0.54 0.83 0.91 1.75 0.91 0.94 0.31 0.47 0.0 0.44
23S 2 20 520 C:G cWW   Strong E 14.7 13.8 2.6 62.1 0.9 1.7   0.9             0.9 1.7 0.9 116 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU 9 9 4 0.44 0.84 0.94 1.78 0.94 0.96 0.42 0.51 0.0 0.44
23S 2 21 519 A:U cWW   Strong E 31.9 2.6 2.6 34.5 25.0             1.7       0.9 0.9 116 GC,CG,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU 11 16 7 0.52 0.57 0.72 1.29 0.72 0.97 0.53 0.88 0.0 0.44
23S 2 22 518 C:G cWW   Strong E   94.8 1.7     0.9       1.7             0.9 116 CG CG,UA 2 4 1 0.33 0.4 0.97 1.37 0.97 0.98 1.74 1.72 0.0 0.44
23S 2 23 517 G:C cWW   Strong E 33.6   0.9 51.7 8.6   0.9   3.4               0.9 116 GC,AU,GU,AG GC,UA,AU 8 9 3 0.35 0.73 0.87 1.6 0.87 0.96 0.87 0.86 0.0 0.44
23S 2 24 516 G:C cWW   Strong E 25.0   6.9 62.9   0.9   0.9   2.6             0.9 116 GC,UA,AU,CA GC,UA,AU 6 10 3 0.38 0.88 0.96 1.84 0.96 0.96 0.57 0.62 0.0 0.44
23S 2 30 510 G:C cWW 3°: base pair Strong E 30.8 44.4 1.7 17.1   4.3                     1.8 117 GC,CG,AU,UG GC,CG,UA,AU 7 8 5 0.67 0.92 0.96 1.88 0.96 1.0 0.15 0.41 0.01 0.44
23S 3 31 474 C:G cWW   Strong E 2.6 4.3 55.2 28.4 0.9 2.6     0.9               5.2 116 GC,CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU 4 6 2 0.4 0.89 0.95 1.85 0.95 0.99 0.42 0.34 0.06 0.42
23S 3 32 473 C:G cWW   Strong E   87.1 0.9 8.6   0.9               0.9     1.8 116 CG,AU CG,UA,AU 3 2 2 0.8 0.85 0.98 1.83 0.98 0.99 1.28 1.25 0.04 0.43
23S 4 35 445 G:C cWW   Strong E 96.5     0.9                         2.6 115 GC GC,AU 1 2 1 0.67 1.0 1.0 2.0 1.0 1.0 1.71 1.93 0.01 0.43
23S 4 36 444 G:C cWW   Strong E 96.6 0.9   0.9                         1.7 116 GC GC,CG,AU 1 2 0 0.0 1.0 1.0 2.0 1.0 1.0 1.7 1.85 0.01 0.43
23S 4 37 442 C:G cWW   Strong E 3.5 73.9 4.3 3.5   13.9                     0.9 115 GC,CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU 7 8 2 0.27 0.45 0.86 1.31 0.86 1.0 0.83 1.29 0.0 0.43
23S 4 38 441 A:U cWW   Strong E 0.9 1.7 90.4 6.1                         0.9 115 UA,AU GC,CG,UA,AU 3 3 3 1.0 1.0 1.0 2.0 1.0 1.0 1.31 1.69 0.0 0.43
23S 4 39 440 G:C cWW   Strong E   77.4 16.5 5.2                         0.9 115 CG,UA,AU CG,UA,AU 4 8 3 0.5 1.0 1.0 2.0 1.0 1.0 1.0 0.96 0.0 0.43
23S 4 40 439 U:A cWW   Strong E 20.9 32.2 29.6 11.3 0.9 3.5           0.9         0.9 115 GC,CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU 11 18 6 0.41 0.92 0.95 1.87 0.95 0.99 0.02 0.18 0.0 0.43
23S 4 41 438 C:G cWW   Strong E 5.2 62.6 24.3 6.1               0.9         0.9 115 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU 9 17 6 0.46 0.98 0.99 1.97 0.99 0.99 0.51 0.68 0.0 0.43
23S 4 42 437 A:U cWW   Strong E 60.9 0.9 10.4 25.2 0.9     0.9                 0.9 115 GC,UA,AU GC,CG,UA,AU 11 17 8 0.57 0.95 0.98 1.94 0.98 0.99 0.6 0.48 0.0 0.43
23S 4 43 436 G:C cWW   Strong E 6.9 68.1 12.1 8.6             0.9       0.9   2.6 116 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU 6 14 6 0.6 0.94 0.98 1.92 0.98 0.98 0.51 0.56 0.01 0.43
23S 4 44 434 A:U cWW   Strong E 9.6   9.6 38.3 6.1 1.7 7.8 6.1 12.2   0.9   5.2 1.7     0.9 115 GC,UA,AU,GU,AA,AC,AG,GA GC,UA,AU 8 22 1 0.07 0.31 0.58 0.89 0.58 0.66 0.61 0.0 0.01 0.43
23S 4 45 433 G:C cWW   Strong E   0.9 3.4 10.3 7.8 6.9 0.9 9.5     0.9       19.0 30.2 10.5 116 UA,AU,GU,UG,AC,UC,UU CG,AC,UU 6 17 2 0.17 0.17 0.0 0.17 0.16 0.33 0.39 -0.23 0.07 0.4
23S 4.1 46 179 G:C cWW   Strong E     8.6                           91.4 116 UA   0 18 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 -0.25 0.73 0.41 0.04
23S 4.1 47 178 C:G cWW   Strong E   97.4 0.9                           1.8 114 CG CG,UA 1 2 1 0.67 1.0 1.0 2.0 1.0 1.0 1.84 1.72 0.0 0.43
23S 5 53 117 A:G tHS 3°: base pair Significant E       1.7         96.6         0.9     0.9 117 AG   1 1 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.02 0.02 1.84 1.79 0.0 0.44
23S 5 54 116 G:C cWW   Strong E 24.8       73.5               0.9       0.9 117 GC,GU   0 4 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.25 0.99 1.91 1.0 0.0 0.44
23S 5 55 115 G:C cWW   Strong E 21.4 0.9   73.5 3.4                       0.9 117 GC,AU,GU GC,CG,AU 7 4 2 0.36 0.87 0.97 1.83 0.97 1.0 1.04 1.04 0.0 0.44
23S 5 56 114 A:U cWW   Strong E 6.8 8.5 5.1 78.6                         0.9 117 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU 3 6 5 1.0 1.0 1.0 2.0 1.0 1.0 0.81 0.85 0.0 0.44
23S 6 57 70 C:G cWW   Strong E   98.3                             1.6 118 CG   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 1.91 1.78 0.01 0.44
23S 6 58 69 G:C cWW   Strong E 94.9     0.8 2.5     0.8                 0.8 118 GC,GU GC,AU 2 3 1 0.4 0.2 0.0 0.2 0.97 0.99 1.81 1.56 0.01 0.45
23S 6 59 68 U:G cWW   Strong E   76.3 10.2     12.7                     0.8 118 CG,UA,UG CG,UA 5 3 2 0.5 0.44 0.87 1.32 0.87 1.0 1.22 1.31 0.01 0.45
23S 6.1 61 93 C:G cWW 3°: pseudoknot Strong E           0.9                     99.1 117     5 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.38 -0.05 0.45 0.0
23S 6.1 62 92   cWW 3°: pseudoknot Strong E                           0.9     99.1 117     7 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.23 -0.05 0.45 0.0
23S 6.1 64 90 A:U cWW 3°: pseudoknot Significant E     0.8                           99.1 118     4 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 1.04 -0.05 0.45 0.0
23S 6.1 65 89 U:A cWW 3°: pseudoknot Strong E                             0.8   99.1 118     0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.26 -0.05 0.45 0.0
23S 6.1 66 88 C:G cWW 3°: pseudoknot Weak E                   0.8             99.1 118     7 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.25 -0.05 0.45 0.0
23S 6.2 67 74 U:A cWH 3°: pseudoknot Strong E 0.8 1.7 31.1 4.2 4.2 5.0       1.7 3.4       44.5 0.8 2.5 119 UA,AU,GU,UG,CC,UC CG,AU,UC 7 8 2 0.27 0.11 0.0 0.11 0.39 0.48 0.97 0.16 0.01 0.44
23S 7 76 110 C:G cWW   Strong E 4.2 2.5 7.6     48.7       13.4   0.8   2.5 7.6 1.7 10.9 119 GC,CG,UA,UG,CA,GG,UC GC,UG,CA 8 2 0 0.0 0.44 0.74 1.18 0.16 0.71 0.48 0.04 0.0 0.4
23S 7 77 109 G:C cWW   Strong E 22.7 2.5 0.8 3.4 2.5     53.8     4.2 1.7     0.8   7.5 119 GC,CG,AU,GU,AC,CC CG,UA,GU,AC 6 5 1 0.18 0.15 0.0 0.15 0.32 0.34 0.21 1.07 0.03 0.42
23S 7 78 108 U:G cWW   Strong E 11.8 1.7 10.1 45.4 15.1 1.7 1.7 1.7             0.8 2.5 7.5 119 GC,UA,AU,GU,UU GC,CG,UA,AU 2 7 2 0.44 0.5 0.74 1.25 0.74 0.93 0.05 0.48 0.03 0.42
23S 7 79 107 C:G cWW   Strong E 4.2 1.7 76.5   0.8 7.6           0.8 0.8 0.8     6.7 119 GC,UA,UG GC,CG,UA 9 3 0 0.0 0.35 0.88 1.23 0.88 0.97 1.0 0.76 0.01 0.42
23S 7 80 106 G:C cWW   Strong E 67.2 3.4 3.4 11.8 3.4     1.7         1.7   0.8   6.7 119 GC,CG,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU 4 5 1 0.22 0.71 0.92 1.63 0.92 0.95 0.53 0.49 0.01 0.42
23S 7 81 105 G:C cWW   Strong E     0.8   0.8                       98.3 119   UA,GU 6 0 0 0.0 1.0 1.0 2.0 0.5 1.0 0.16 -0.17 0.37 0.01
23S 7 82 104 U:A tSH   Strong E           0.8                     99.1 119     5 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 -0.09 -0.05 0.0 0.0
23S 7 85 97 G:C cWW   Strong E                         0.8       99.2 120     0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 -0.05 -0.05 0.0 0.0
23S 7 86 96 G:C cWW   Strong E 0.8                               99.2 120     0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 -0.05 -0.05 0.0 0.0
23S 7 87 95 U:A cWW   Strong E 0.8                               99.2 120     0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 -0.05 -0.05 0.0 0.0
23S 8 121 130 G:C cWW   Strong E 80.0       5.0     3.3 0.8               10.8 120 GC,GU,AC GC,AG 1 2 1 0.67 0.09 0.0 0.09 0.9 0.95 1.06 0.92 0.02 0.41
23S 8 122 129 G:C cWW   Strong E 0.8 75.8 7.5 0.8   2.5         0.8           11.6 120 CG,UA,UG GC,CG,UA,AU 4 2 2 0.67 0.73 0.96 1.7 0.96 0.99 0.66 0.75 0.0 0.4
23S 8 123 128 G:C cWW   Strong E 0.8 0.8 0.8     0.8                     96.6 120   GC,CG,UA 0 0 0 0.0 0.67 0.75 1.42 0.75 1.0 -0.24 -0.19 0.01 0.01
23S 9 131 148 A:U cWW   Strong E 54.1 2.5   14.8 8.2                       20.4 122 GC,CG,AU,GU GC,CG,AU 5 6 4 0.73 0.68 0.9 1.57 0.9 1.0 0.17 0.28 0.04 0.37
23S 9 132 147 G:C cWW   Strong E 14.9 56.2 1.7 1.7 2.5 1.7                     21.5 121 GC,CG,GU GC,CG,UA,AU 4 4 4 1.0 0.81 0.95 1.76 0.95 1.0 -0.02 0.33 0.04 0.36
23S 9 133 146 U:A cWW   Strong E 0.8 36.9 21.3 12.3   0.8     12.3       0.8     0.8 13.9 122 CG,UA,AU,AG GC,CG,UA,AU 11 11 11 1.0 0.7 0.83 1.53 0.83 0.84 -0.26 -0.1 0.0 0.4
23S 9 134 145 G:C cWW   Strong E 3.3 46.7 8.2 1.6 0.8 9.8         3.3 9.0         17.1 122 GC,CG,UA,UG,CC,CU GC,CG,UA,AU 7 8 6 0.8 0.36 0.72 1.09 0.72 0.85 0.1 -0.16 0.02 0.38
23S 9 135 144 U:A cWW   Strong E 10.7 37.7 7.4 3.3   4.1 0.8     5.7   4.1 4.1     1.6 20.5 122 GC,CG,UA,AU,UG,CA,CU,GA GC,CG,UA,AU 9 11 6 0.6 0.51 0.74 1.25 0.74 0.79 -0.26 -0.51 0.02 0.37
23S 9 136 143 G:C cWW   Strong E 13.1 17.2 19.7 4.9   3.3 3.3 1.6 8.2     0.8   0.8   0.8 26.2 122 GC,CG,UA,AU,UG,AA,AG GC,CG,UA,AU 9 8 5 0.59 0.65 0.74 1.4 0.74 0.79 -0.7 -0.67 0.02 0.34
23S 9 137 142 U:A cWW   Strong E 26.2 2.5 8.2 1.6 2.5 13.9 2.5 4.9 1.6       3.3     1.6 31.1 122 GC,CG,UA,GU,UG,AA,AC,GA GC,UG,AA 7 10 7 0.82 0.39 0.62 1.0 0.56 0.8 -0.58 -0.73 0.04 0.32
23S 10 150 176 U:A cWW   Strong E   43.3 45.0             0.8             10.9 120 CG,UA CG,UA 5 7 5 0.83 0.98 0.99 1.97 0.99 0.99 0.4 0.32 0.0 0.41
23S 10 151 175 C:G cWW   Strong E 45.8 5.0 5.8 7.5 20.8             0.8       3.3 10.8 120 GC,CG,UA,AU,GU,UU GC,CG,UA,AU 4 8 3 0.5 0.42 0.72 1.14 0.72 0.95 0.18 0.09 0.0 0.41
23S 10 152 174 A:U cWW   Strong E 2.5 45.0 5.0 0.8   20.8       10.8       0.8   2.5 11.7 120 GC,CG,UA,UG,CA,UU GC,CG,UA,AU 8 10 3 0.33 0.19 0.0 0.19 0.6 0.84 0.18 0.52 0.01 0.4
23S 10 153 173 U:A cWW   Strong E 2.5 68.3 10.0 5.0 0.8         0.8 0.8         0.8 10.8 120 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU 7 10 7 0.82 0.84 0.96 1.8 0.96 0.97 0.37 0.44 0.0 0.41
23S 10 154 172 U:A cWW   Strong E 2.5 10.0 66.7 7.5 0.8                   0.8 0.8 10.9 120 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU 6 8 5 0.71 0.89 0.97 1.86 0.97 0.98 0.26 0.46 0.0 0.41
23S 10 155 171 A:U cWW   Strong E 65.8 6.7 4.2 5.0 2.5 1.7   0.8 0.8   0.8       0.8 0.8 10.0 120 GC,CG,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU 7 7 4 0.57 0.66 0.91 1.56 0.91 0.95 0.26 0.42 0.01 0.41
23S 10 156 170 A:U cWW   Strong E 9.2 12.5 51.7 8.3 0.8 2.5     0.8 0.8   0.8 0.8   0.8 0.8 10.0 120 GC,CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU 9 12 6 0.57 0.78 0.91 1.69 0.91 0.94 -0.09 -0.05 0.0 0.41
23S 10 157 169 C:G cWW   Strong E 2.5 25.8 37.5 5.0 0.8 9.2     1.7   0.8           16.6 120 GC,CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU 5 9 5 0.71 0.73 0.85 1.58 0.85 0.97 -0.2 0.07 0.02 0.38
23S 10 158 168 U:G cWW   Weak E 4.2 2.5 73.3 0.8   0.8 1.7           2.5     0.8 13.3 120 GC,CG,UA,GA GC,CG,UA,AU 5 6 3 0.55 0.56 0.93 1.5 0.93 0.94 0.53 0.68 0.0 0.4
23S 11 183 214 C:G cWW   Strong E   94.4 5.1           0.6                 178 CG,UA CG,UA 2 1 1 0.67 0.9 0.99 1.89 0.99 0.99 1.6 1.63 0.0 0.68
23S 11 184 212 C:G cWW   Strong E 6.7 91.6 1.7                             178 GC,CG GC,CG,UA 4 4 4 1.0 1.0 1.0 2.0 1.0 1.0 1.52 1.54 0.0 0.68
23S 11 185 211 G:C cWW   Strong E 3.9 94.4 0.6     0.6       0.6               179 GC,CG GC,CG,UA 4 4 3 0.75 0.8 0.99 1.79 0.99 0.99 1.67 1.69 0.0 0.68
23S 11 186 210 G:C cWW   Strong E 82.7 7.3 6.7 1.7 1.1     0.6                   179 GC,CG,UA GC,CG,UA,AU 6 6 5 0.83 0.9 0.98 1.89 0.98 0.99 1.13 1.1 0.0 0.68
23S 11 187 209 G:C cWW   Strong E   89.3 10.1     0.6                       178 CG,UA CG,UA 2 1 1 0.67 0.95 0.99 1.94 0.99 1.0 1.51 1.54 0.0 0.68
23S 11 188 208 G:C cWW   Strong E 2.2   85.5     1.7       10.1     0.6         179 GC,UA,CA GC,UA 6 3 1 0.22 0.15 0.0 0.15 0.88 0.89 1.35 1.73 0.0 0.68
23S 11 194 201 G:C cWW   Strong E 1.1   98.3                           0.6 179 UA GC,UA 1 0 1 1.0 1.0 1.0 2.0 1.0 1.0 1.85 1.85 0.0 0.68
23S 11 195 200 A:U tSH   Strong E       98.9 0.6                       0.6 179 AU   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.99 1.0 1.84 1.94 0.0 0.68
23S 12 224 231 U:A cWW   Strong E 0.5 76.8 2.0 20.2           0.5               198 CG,UA,AU GC,CG,UA,AU 6 7 6 0.92 0.98 0.99 1.97 0.99 0.99 1.09 1.07 0.0 0.75
23S 12 225 230 C:G cWW   Strong E 0.5 18.3 78.2             0.5   0.5       1.5 0.5 197 CG,UA GC,CG,UA 5 7 5 0.83 0.88 0.97 1.85 0.97 0.97 1.2 1.08 0.0 0.74
23S 12.1 234 430 U:A tWW   Strong E     94.5     3.0 1.5                   1.0 200 UA,UG   1 1 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.95 0.98 1.79 1.82 0.01 0.75
23S 13 235 262 U:A cWW   Strong E   0.5 92.5 3.0   2.0                   0.5 1.5 199 UA,AU,UG CG,UA,AU 3 6 4 0.89 0.58 0.97 1.56 0.97 0.99 1.62 1.62 0.01 0.74
23S 13 236 261 C:G cWW   Strong E 11.6 71.9 11.6 1.5   0.5       1.5   0.5         1.0 199 GC,CG,UA GC,CG,UA,AU 9 8 6 0.71 0.91 0.97 1.88 0.97 0.98 0.84 0.69 0.01 0.75
23S 13 237 260 C:G cWW   Strong E   86.5 4.5     5.5         1.0           2.5 200 CG,UA,UG CG,UA 3 4 1 0.29 0.41 0.93 1.34 0.93 0.99 1.53 1.44 0.02 0.74
23S 13 238 259 C:G cWW   Strong E 0.5 87.6 11.9                             201 CG,UA GC,CG,UA 5 5 5 1.0 1.0 1.0 2.0 1.0 1.0 1.43 1.42 0.0 0.76
23S 13 239 258 C:G cWW   Significant E 0.5   29.0 0.5 1.5 2.5       9.0 24.0   0.5 1.0 25.5 5.5 0.5 200 UA,UG,CA,CC,UC,UU UA,GU,CC 22 18 7 0.35 0.36 0.55 0.91 0.3 0.34 0.84 0.47 0.0 0.76
23S 13 245 253 G:C cWW   Strong E 13.9 0.5   53.2 12.4     19.9                   201 GC,AU,GU,AC GC,CG,AU 7 7 4 0.57 0.31 0.68 0.98 0.68 0.8 1.12 1.03 0.0 0.76
23S 13 246 252 C:G cWW   Strong E 1.5 89.1 7.5 1.0   1.0                       201 CG,UA GC,CG,UA,AU 7 8 7 0.93 0.91 0.99 1.9 0.99 1.0 1.34 1.43 0.0 0.76
23S 14 265 427 A:U tSS   Strong E       95.5 1.5             0.5     0.5 1.5 0.5 202 AU AU,UC 5 1 0 0.0 0.12 0.0 0.12 0.96 0.97 1.65 1.92 0.0 0.76
23S 14 266 426 G:C cWW   Strong E 87.1     12.9                           202 GC,AU GC,AU 1 1 1 1.0 1.0 1.0 2.0 1.0 1.0 1.45 1.45 0.0 0.77
23S 14 267 425 C:G cWW   Strong E   93.1 5.4 0.5   1.0                       202 CG,UA CG,UA,AU 7 5 5 0.83 0.86 0.99 1.85 0.99 1.0 1.61 1.67 0.0 0.77
23S 14 268 424 C:G cWW   Strong E   55.0 38.6     5.4       1.0               202 CG,UA,UG CG,UA 11 13 9 0.75 0.86 0.94 1.79 0.94 0.99 1.01 1.04 0.0 0.77
23S 16 271 366 G:C cWW   Strong E   8.3 2.5 3.4 0.5 6.9 0.5 1.0 2.9   0.5     2.5 9.8 2.9 58.3 204 CG,UA,AU,UG,AG,GG,UC,UU CG,AU,UC 15 5 2 0.2 0.37 0.52 0.89 0.34 0.52 -0.47 -0.95 0.31 0.32
23S 16 272 365 A:U cWW   Strong E     3.4 3.9 2.5 3.9   4.4 0.5 6.4 0.5 1.0 0.5 2.5 1.0 11.8 57.7 203 UA,AU,GU,UG,AC,CA,GG,UU AC,CA,GG,UU 19 6 1 0.08 0.43 0.59 1.03 0.17 0.33 -0.58 -0.79 0.24 0.33

Next page

Advanced export

JSON shape: default, array, newline-delimited

CSV options: 

CREATE VIEW basepair_combined as
select f.molecule, f.helix_number, f.position_1, f.position_2,
       f.reference_base_pair, f.conformation, f.tertiary_type, f.strength, f.group_code,
       f.GC, f.CG, f.UA, f.AU, f.GU, f.UG, f.AA, f.AC, f.AG, f.CA, f.CC, f.CU, f.GA, f.GG, f.UC, f.UU, f.gap, f.Seq as sequences,
       f.predominant_types, f.covarying_types,
       s.Xch, s.Ych, s.PE, s.PES, s.Cov1, s.Cov3, s."C1+C3" as C1_C3,
       s.WC, s.WCGU, s.XCons, s.YCons, s.DfDel, s.PNuc
from basepair_frequency f
left join basepair_collective_score s
  on s.molecule = f.molecule and s.position_1 = f.position_1
 and s.position_2 = f.position_2 and s.group_code = f.group_code;