Base-pair statistics (frequencies and scores together) (view)

predominant_types
Base-pair types shown in bold in the published table (most frequent).
covarying_types
Base-pair types marked * in the published table (involved in a covariation).
sequences
Number of sequences in the group.

870 rows where group_code = "C" and molecule = "23S" sorted by position_1

✎ View and edit SQL

This data as json, CSV (advanced)

Suggested facets: reference_base_pair, AC, AG, CA, CC, CU, GA, GG, UC, sequences, Xch, Ych, PE, DfDel

conformation 9

strength 5

molecule 1

  • 23S · 870 ✖

group_code 1

molecule helix_number position_1 ▼ position_2 reference_base_pair conformation tertiary_type strength group_code GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap sequences predominant_types covarying_types Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1_C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc
23S 1 1 2902 G:C cWW   Strong C 12.8   2.1 12.8 6.4   2.1                   63.8 47 GC,UA,AU,GU,AA GC,UA,AU 2 3 1 0.4 0.64 0.77 1.4 0.77 0.94 -0.53 0.68 0.78 0.17
23S 1 2 2901 G:C cWW   Strong C 2.2   21.7 17.4 2.2               2.2   4.3 4.3 45.7 46 GC,UA,AU,GU,GA,UC,UU GC,UA,AU 3 3 0 0.0 0.6 0.76 1.36 0.76 0.8 -0.68 0.51 0.61 0.24
23S 1 3 2900 U:A cWW   Strong C     40.9 6.8   45.5                   2.3 4.5 44 UA,AU,UG,UU AU,UG 1 2 0 0.0 0.14 0.0 0.14 0.5 0.98 1.65 0.4 0.02 0.41
23S 1 4 2899 U:A cWW   Strong C   36.4 6.8 9.1 2.3             45.5           44 CG,UA,AU,GU,CU UA,CU 5 4 1 0.22 0.12 0.0 0.12 0.52 0.55 1.09 0.76 0.0 0.43
23S 1 5 2898 A:U cWW   Strong C   2.3 2.3 95.5                           44 CG,UA,AU CG,UA,AU 2 2 1 0.5 1.0 1.0 2.0 1.0 1.0 1.7 1.72 0.0 0.43
23S 1 6 2897 A:U cWW   Strong C     4.5 95.5                           44 UA,AU UA,AU 1 1 1 1.0 1.0 1.0 2.0 1.0 1.0 1.74 1.76 0.0 0.43
23S 1 7 2896 G:C cWW   Strong C 15.9   4.5 68.2       11.4                   44 GC,UA,AU,AC GC,UA,AU 2 4 1 0.33 0.64 0.89 1.53 0.89 0.89 1.14 0.82 0.0 0.43
23S 1 8 2895 C:G cWW   Weak C 2.3 6.8 56.8 2.3   2.3 9.1     20.5               44 GC,CG,UA,AU,UG,AA,CA GC,CG,UA,AU 4 4 1 0.25 0.26 0.68 0.94 0.68 0.7 0.57 1.32 0.0 0.43
23S 2 15 525 G:U cWW   Strong C 4.3   6.5 4.3 21.7   2.2 19.6 41.3                 46 GC,UA,AU,GU,AA,AC,AG UA,GU,AG 3 9 0 0.0 0.48 0.7 1.18 0.15 0.37 0.85 0.43 0.0 0.45
23S 2 16 524 C:G cWW   Strong C 2.2     28.3 67.4   2.2                     46 GC,AU,GU,AA GU,AA 2 3 1 0.4 0.07 0.0 0.07 0.3 0.98 1.11 1.78 0.0 0.45
23S 2 17 523 G:C cWW   Strong C 91.3     2.2 2.2           4.3             46 GC,AU,GU,CC GC,AU 2 2 1 0.5 0.25 0.94 1.19 0.94 0.96 1.59 1.81 0.0 0.45
23S 2 18 522 U:A cWW   Strong C 4.3 84.8 4.3 2.2                   4.3       46 GC,CG,UA,AU,GG GC,CG,UA,AU 4 6 2 0.4 0.71 0.96 1.67 0.96 0.96 1.18 1.38 0.0 0.45
23S 2 19 521 A:U cWW   Strong C 8.7   63.0 10.9 15.2                     2.2   46 GC,UA,AU,GU,UU UA,GU 4 9 0 0.0 0.41 0.78 1.19 0.83 0.98 0.76 0.62 0.0 0.45
23S 2 20 520 C:G cWW   Strong C     84.8     10.9 4.3                     46 UA,UG,AA   1 8 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.85 0.96 1.74 1.08 0.0 0.45
23S 2 21 519 A:U cWW   Strong C       91.3 6.5                     2.2   46 AU,GU,UU   2 1 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.91 0.98 1.5 1.84 0.0 0.45
23S 2 22 518 C:G cWW   Strong C 4.3 63.0 13.0 10.9   6.5                     2.2 46 GC,CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU 5 6 0 0.0 0.81 0.93 1.75 0.93 1.0 0.52 0.87 0.01 0.44
23S 2 23 517 G:C cWW   Strong C 93.5     6.5                           46 GC,AU GC,AU 1 1 0 0.0 1.0 1.0 2.0 1.0 1.0 1.65 1.81 0.0 0.45
23S 2 24 516 G:C cWW   Strong C 80.4 2.2 4.3 8.7   4.3                       46 GC,CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU 3 8 2 0.36 0.78 0.96 1.73 0.96 1.0 1.01 1.2 0.0 0.45
23S 2 30 510 G:C cWW 3°: base pair Strong C 6.5   6.5       80.4   6.5                 46 GC,UA,AA,AG GC,AA 1 2 0 0.0 0.33 0.87 1.2 0.13 0.13 1.31 1.56 0.0 0.45
23S 3 31 474 C:G cWW   Strong C 6.5 87.0 6.5                             46 GC,CG,UA GC,CG,UA 1 4 0 0.0 1.0 1.0 2.0 1.0 1.0 1.31 1.43 0.0 0.45
23S 3 32 473 C:G cWW   Strong C   100.0                               46 CG   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 2.0 2.0 0.0 0.45
23S 4 35 445 G:C cWW   Strong C 97.8     2.2                           46 GC,AU GC,AU 1 1 1 1.0 1.0 1.0 2.0 1.0 1.0 1.85 1.92 0.0 0.45
23S 4 36 444 G:C cWW   Strong C 97.8     2.2                           46 GC,AU GC,AU 1 1 1 1.0 1.0 1.0 2.0 1.0 1.0 1.85 1.92 0.0 0.45
23S 4 37 442 C:G cWW   Strong C   84.8 6.5     4.3       4.3               46 CG,UA,UG,CA CG,UA 3 6 1 0.22 0.43 0.91 1.34 0.91 0.96 1.5 1.48 0.0 0.45
23S 4 38 441 A:U cWW   Strong C 2.2   2.2 95.7                           46 GC,UA,AU GC,UA,AU 2 4 2 0.67 1.0 1.0 2.0 1.0 1.0 1.7 1.73 0.0 0.45
23S 4 39 440 G:C cWW   Strong C   74.0 22.1     3.9                       77 CG,UA,UG CG,UA 4 6 3 0.6 0.85 0.96 1.81 0.96 1.0 1.17 1.26 0.0 0.75
23S 4 40 439 U:A cWW   Strong C   50.6 48.1     1.3                       77 CG,UA CG,UA 7 8 6 0.8 0.97 0.99 1.96 0.99 1.0 1.0 1.0 0.0 0.75
23S 4 41 438 C:G cWW   Strong C   79.2 20.8                             77 CG,UA CG,UA 6 7 7 1.0 1.0 1.0 2.0 1.0 1.0 1.26 1.26 0.0 0.75
23S 4 42 437 A:U cWW   Strong C     2.6 97.4                           77 UA,AU UA,AU 1 2 1 0.67 1.0 1.0 2.0 1.0 1.0 1.83 1.78 0.0 0.75
23S 4 43 436 G:C cWW   Strong C 88.6   1.3 10.1                           79 GC,AU GC,UA,AU 5 6 4 0.73 1.0 1.0 2.0 1.0 1.0 1.43 1.45 0.0 0.77
23S 4 44 434 A:U cWW   Strong C     1.3 96.2 2.5                         79 AU,GU UA,AU 2 1 1 0.67 0.33 0.97 1.31 0.97 1.0 1.73 1.92 0.0 0.77
23S 4 45 433 G:C cWW   Strong C 83.5     13.9 2.5                         79 GC,AU,GU GC,AU 3 4 2 0.57 0.85 0.97 1.82 0.97 1.0 1.42 1.39 0.0 0.77
23S 4.1 46 179 G:C cWW   Strong C 10.1   3.8     1.3 44.3   34.2 2.5             3.8 79 GC,UA,AA,AG,CA GC,UG,AA 4 11 0 0.0 0.22 0.58 0.8 0.14 0.16 1.08 0.42 0.03 0.74
23S 4.1 47 178 C:G cWW   Strong C   94.9 1.3       1.3                   2.5 79 CG CG,UA 2 2 1 0.5 0.5 0.99 1.49 0.99 0.99 1.8 1.54 0.02 0.75
23S 5 53 117 A:G tHS 3°: base pair Significant C             6.2   93.8                 81 AA,AG   0 2 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 2.0 1.71 0.0 0.79
23S 5 54 116 G:C cWW   Strong C 98.8     1.2                           81 GC GC,AU 1 2 1 0.67 1.0 1.0 2.0 1.0 1.0 1.9 1.86 0.0 0.79
23S 5 55 115 G:C cWW   Strong C 100.0                                 86 GC   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 2.0 2.0 0.0 0.83
23S 5 56 114 A:U cWW   Strong C 94.2     4.7       1.2                   86 GC,AU GC,AU 2 2 1 0.5 0.8 0.99 1.79 0.99 0.99 1.68 1.76 0.0 0.83
23S 6 57 70 C:G cWW   Strong C   97.7       2.3                       87 CG,UG   1 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.98 1.0 1.84 2.0 0.0 0.84
23S 6 58 69 G:C cWW   Strong C 100.0                                 94 GC   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 2.0 2.0 0.0 0.91
23S 6 59 68 U:G cWW   Strong C   45.7 53.2     1.1                       94 CG,UA CG,UA 5 6 4 0.73 0.98 0.99 1.97 0.99 1.0 1.0 1.0 0.0 0.91
23S 6.1 61 93 C:G cWW 3°: pseudoknot Strong C 67.0 3.2   7.4 16.0               2.1   2.1   2.2 94 GC,CG,AU,GU,GA,UC GC,CG,AU 5 7 3 0.5 0.34 0.79 1.14 0.79 0.96 1.13 0.8 0.0 0.89
23S 6.1 62 92   cWW 3°: pseudoknot Strong C   8.4 15.8 2.1     57.9   4.2 6.3       1.1   3.2 1.1 95 CG,UA,AU,AA,AG,CA,UU CG,AA,UU 10 7 4 0.47 0.28 0.7 0.98 0.27 0.27 0.65 1.02 0.01 0.91
23S 6.1 64 90 A:U cWW 3°: pseudoknot Significant C       5.2     54.2 34.4 1.0         1.0   1.0 3.1 96 AU,AA,AC AA,GG,UU 2 8 1 0.2 0.05 0.0 0.05 0.05 0.05 1.57 0.66 0.03 0.9
23S 6.1 65 89 U:A cWW 3°: pseudoknot Strong C   81.2 6.2 2.1                 8.3   1.0   1.0 96 CG,UA,AU,GA CG,AU,GA,UC 5 4 4 0.89 0.65 0.94 1.58 0.91 0.91 0.98 1.2 0.01 0.92
23S 6.1 66 88 C:G cWW 3°: pseudoknot Weak C   92.7 3.1               1.0       2.1   1.0 96 CG,UA,UC CG,UA 2 2 1 0.5 0.5 0.97 1.47 0.97 0.97 1.66 1.51 0.01 0.92
23S 6.2 67 74 U:A cWH 3°: pseudoknot Strong C 63.5 2.1 3.1 9.4 19.8   1.0           1.0         96 GC,CG,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU 8 11 7 0.74 0.4 0.78 1.18 0.78 0.98 1.18 0.73 0.0 0.93
23S 7 76 110 C:G cWW   Strong C   94.9 4.1                     1.0       98 CG,UA CG,UA 3 2 2 0.8 0.8 0.99 1.79 0.99 0.99 1.67 1.76 0.0 0.95
23S 7 77 109 G:C cWW   Strong C   2.0 93.9   1.0 1.0                 2.0     98 CG,UA,UC CG,UA,GU 2 5 2 0.57 0.5 0.97 1.47 0.96 0.98 1.77 1.58 0.0 0.95
23S 7 78 108 U:G cWW   Strong C   9.2 54.1     34.7                   2.0   98 CG,UA,UG,UU CG,UA 5 12 2 0.23 0.2 0.0 0.2 0.63 0.98 1.56 0.88 0.0 0.95
23S 7 79 107 C:G cWW   Strong C 2.0 86.7 8.2 2.0   1.0                       98 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU 7 6 7 1.0 0.92 0.99 1.91 0.99 1.0 1.28 1.31 0.0 0.95
23S 7 80 106 G:C cWW   Strong C 95.9   1.0 2.0   1.0                       98 GC,AU GC,UA,AU 2 1 1 0.67 0.75 0.99 1.74 0.99 1.0 1.71 1.7 0.0 0.95
23S 7 81 105 G:C cWW   Strong C 85.7   3.1 7.1       3.1               1.0   98 GC,UA,AU,AC GC,UA,AU 5 4 4 0.89 0.71 0.96 1.67 0.96 0.96 1.28 1.4 0.0 0.95
23S 7 82 104 U:A tSH   Strong C     2.0 2.0 91.8           2.0   1.0 1.0       98 UA,AU,GU,CC UA,GU,CC 4 4 3 0.75 0.5 0.96 1.46 0.04 0.96 1.57 1.58 0.0 0.95
23S 7 85 97 G:C cWW   Strong C 87.9     5.1 4.0   1.0                 2.0   99 GC,AU,GU,UU GC,AU 3 6 3 0.67 0.42 0.93 1.35 0.93 0.97 1.53 1.42 0.0 0.96
23S 7 86 96 G:C cWW   Strong C   72.7 7.1 2.0   17.2 1.0                     99 CG,UA,AU,UG CG,UA,AU 11 5 3 0.38 0.33 0.82 1.15 0.82 0.99 1.02 1.46 0.0 0.96
23S 7 87 95 U:A cWW   Strong C 2.0 1.0 90.9 2.0   1.0                 2.0 1.0   99 GC,UA,AU,UC GC,CG,UA,AU 3 5 3 0.75 0.56 0.96 1.51 0.96 0.97 1.64 1.42 0.0 0.96
23S 8 121 130 G:C cWW   Strong C 16.2     73.7 8.1   2.0                     99 GC,AU,GU,AA GC,AU 9 8 6 0.71 0.61 0.9 1.51 0.9 0.98 1.2 1.22 0.0 0.96
23S 8 122 129 G:C cWW   Strong C 86.9     13.1                           99 GC,AU GC,AU 3 3 3 1.0 1.0 1.0 2.0 1.0 1.0 1.44 1.44 0.0 0.96
23S 8 123 128 G:C cWW   Strong C 98.0     2.0                           99 GC,AU GC,AU 1 1 1 1.0 1.0 1.0 2.0 1.0 1.0 1.86 1.86 0.0 0.96
23S 9 131 148 A:U cWW   Strong C     1.0                           99.0 100     0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 -0.12 -0.2 0.02 0.01
23S 9 132 147 G:C cWW   Strong C       1.0                         99.0 100     0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 -0.12 -0.13 0.01 0.01
23S 9 133 146 U:A cWW   Strong C                                 100.0 100     0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 -0.06 0.0 0.01 0.0
23S 9 134 145 G:C cWW   Strong C     1.0                           99.0 100     0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 -0.06 -0.06 0.0 0.01
23S 9 135 144 U:A cWW   Strong C             1.0                   99.0 100     0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 -0.06 -0.06 0.0 0.01
23S 9 136 143 G:C cWW   Strong C         1.0                       99.0 100     0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 -0.06 -0.06 0.0 0.01
23S 9 137 142 U:A cWW   Strong C                               1.0 99.0 100     0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 -0.06 -0.06 0.0 0.01
23S 10 150 176 U:A cWW   Strong C 2.0 90.9 1.0 5.1           1.0               99 GC,CG,AU GC,CG,UA,AU 4 5 4 0.89 0.89 0.99 1.88 0.99 0.99 1.49 1.43 0.0 0.96
23S 10 151 175 C:G cWW   Strong C   1.0 93.9 4.0                 1.0         99 UA,AU CG,UA,AU 4 3 3 0.86 0.83 0.99 1.82 0.99 0.99 1.59 1.68 0.0 0.96
23S 10 152 174 A:U cWW   Strong C 12.1 11.1 33.3 22.2 1.0 1.0 11.1 2.0   1.0 1.0 1.0 2.0       1.0 99 GC,CG,UA,AU,AA,AC,GA GC,CG,UA,AU 17 15 7 0.44 0.69 0.8 1.49 0.8 0.82 0.12 0.13 0.01 0.95
23S 10 153 173 U:A cWW   Strong C   71.7 10.1 2.0     1.0 1.0   1.0 1.0     1.0 1.0 1.0 9.1 99 CG,UA,AU CG,UA,AU 9 12 9 0.86 0.63 0.92 1.55 0.92 0.92 0.56 1.02 0.09 0.87
23S 10 154 172 U:A cWW   Strong C   62.6 28.3 4.0   1.0                   4.0   99 CG,UA,AU,UU CG,UA,AU 12 12 10 0.83 0.86 0.95 1.81 0.95 0.96 0.86 0.78 0.0 0.96
23S 10 155 171 A:U cWW   Strong C   10.1 74.7 11.1 2.0               1.0       1.0 99 CG,UA,AU,GU CG,UA,AU 11 11 10 0.91 0.88 0.97 1.84 0.97 0.99 0.83 0.9 0.01 0.95
23S 10 156 170 A:U cWW   Strong C 22.2 5.1 10.1 57.6   1.0 1.0             1.0     2.0 99 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU 11 13 10 0.83 0.93 0.97 1.89 0.97 0.98 0.41 0.28 0.01 0.94
23S 10 157 169 C:G cWW   Strong C 2.0 32.3 31.3 1.0 1.0 7.1 3.0       1.0     1.0   17.2 3.0 99 GC,CG,UA,UG,AA,UU GC,CG,UA,AU 13 10 7 0.61 0.53 0.69 1.22 0.69 0.77 0.52 0.12 0.02 0.93
23S 10 158 168 U:G cWW   Weak C 1.0   11.1 4.0   41.4 7.1 2.0 14.1 5.1         2.0 1.0 11.1 99 UA,AU,UG,AA,AC,AG,CA,UC GC,UG,AA 6 13 3 0.32 0.17 0.0 0.17 0.18 0.65 0.17 0.32 0.07 0.85
23S 11 183 214 C:G cWW   Strong C   100.0                               100 CG   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 2.0 2.0 0.0 0.97
23S 11 184 212 C:G cWW   Strong C   82.0 18.0                             100 CG,UA CG,UA 8 8 8 1.0 1.0 1.0 2.0 1.0 1.0 1.32 1.32 0.0 0.97
23S 11 185 211 G:C cWW   Strong C 2.0 59.0 38.0     1.0                       100 GC,CG,UA GC,CG,UA 10 9 9 0.95 0.98 0.99 1.97 0.99 1.0 0.91 0.91 0.0 0.97
23S 11 186 210 G:C cWW   Strong C 45.0     52.0 2.0     1.0                   100 GC,AU,GU GC,AU 12 11 10 0.87 0.94 0.97 1.91 0.97 0.99 1.0 1.0 0.0 0.97
23S 11 187 209 G:C cWW   Strong C 93.0 2.0   4.0       1.0                   100 GC,CG,AU GC,CG,AU 4 3 3 0.86 0.86 0.99 1.85 0.99 0.99 1.57 1.62 0.0 0.97
23S 11 188 208 G:C cWW   Strong C 3.0 22.0 18.0 1.0   55.0       1.0               100 GC,CG,UA,UG GC,AU,UG,CA 9 8 2 0.23 0.11 0.0 0.11 0.44 0.99 0.96 1.04 0.0 0.97
23S 11 194 201 G:C cWW   Strong C 100.0                                 100 GC   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 2.0 2.0 0.0 0.97
23S 11 195 200 A:U tSH   Strong C       100.0                           100 AU   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 2.0 2.0 0.0 0.97
23S 12 224 231 U:A cWW   Strong C 96.0     4.0                           100 GC,AU GC,AU 2 2 2 1.0 1.0 1.0 2.0 1.0 1.0 1.76 1.76 0.0 0.97
23S 12 225 230 C:G cWW   Strong C   95.0 5.0                             100 CG,UA CG,UA 2 2 2 1.0 1.0 1.0 2.0 1.0 1.0 1.71 1.71 0.0 0.97
23S 12.1 234 430 U:A tWW   Strong C     100.0                             100 UA   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 2.0 2.0 0.0 0.97
23S 13 235 262 U:A cWW   Strong C     97.0     3.0                       100 UA,UG   0 2 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.97 1.0 2.0 1.81 0.0 0.97
23S 13 236 261 C:G cWW   Strong C   85.0 12.0             1.0 2.0             100 CG,UA,CC CG,UA 7 8 7 0.93 0.8 0.97 1.77 0.97 0.97 1.47 1.3 0.0 0.97
23S 13 237 260 C:G cWW   Strong C   93.0 3.0     2.0         2.0             100 CG,UA,UG,CC CG,UA 4 3 2 0.57 0.43 0.96 1.39 0.96 0.98 1.71 1.67 0.0 0.97
23S 13 238 259 C:G cWW   Strong C   98.0                 2.0             100 CG,CC   0 1 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.98 0.98 2.0 1.86 0.0 0.97
23S 13 239 258 C:G cWW   Significant C 29.0   8.0 5.0 17.0 5.0 3.0     4.0     1.0   12.0 16.0   100 GC,UA,AU,GU,UG,AA,CA,UC,UU GC,CA,UU 11 19 6 0.4 0.28 0.49 0.77 0.42 0.64 0.48 0.3 0.0 0.97
23S 13 245 253 G:C cWW   Strong C 100.0                                 100 GC   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 2.0 2.0 0.0 0.97
23S 13 246 252 C:G cWW   Strong C   79.0 6.0     15.0                       100 CG,UA,UG CG,UA 7 3 1 0.2 0.29 0.85 1.14 0.85 1.0 1.26 1.67 0.0 0.97
23S 14 265 427 A:U tSS   Strong C       97.0 2.0   1.0                     100 AU,GU   0 1 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.97 0.99 1.86 1.92 0.0 0.97
23S 14 266 426 G:C cWW   Strong C 99.0     1.0                           100 GC GC,AU 1 1 1 1.0 1.0 1.0 2.0 1.0 1.0 1.92 1.92 0.0 0.97
23S 14 267 425 C:G cWW   Strong C   89.0 6.0     1.0 3.0             1.0       100 CG,UA,AA CG,UA 7 5 5 0.83 0.55 0.95 1.5 0.95 0.96 1.36 1.56 0.0 0.97
23S 14 268 424 C:G cWW   Strong C   96.0 1.0       2.0     1.0               100 CG,AA CG,AA 1 2 0 0.0 0.5 0.98 1.48 0.97 0.97 1.78 1.76 0.0 0.97
23S 16 271 366 G:C cWW   Strong C     1.0 1.0   1.0   1.0 2.0             1.0 93.0 100 AG UA,AG 5 3 0 0.0 0.2 0.0 0.2 0.29 0.43 -0.68 -0.62 0.22 0.07
23S 16 272 365 A:U cWW   Strong C   1.0       1.0 2.0 2.0     1.0       1.0 2.0 90.0 100 AA,AC,UU AA,CC,UU 4 2 0 0.0 0.38 0.5 0.88 0.1 0.2 -0.92 -0.64 0.24 0.1

Next page

Advanced export

JSON shape: default, array, newline-delimited

CSV options: 

CREATE VIEW basepair_combined as
select f.molecule, f.helix_number, f.position_1, f.position_2,
       f.reference_base_pair, f.conformation, f.tertiary_type, f.strength, f.group_code,
       f.GC, f.CG, f.UA, f.AU, f.GU, f.UG, f.AA, f.AC, f.AG, f.CA, f.CC, f.CU, f.GA, f.GG, f.UC, f.UU, f.gap, f.Seq as sequences,
       f.predominant_types, f.covarying_types,
       s.Xch, s.Ych, s.PE, s.PES, s.Cov1, s.Cov3, s."C1+C3" as C1_C3,
       s.WC, s.WCGU, s.XCons, s.YCons, s.DfDel, s.PNuc
from basepair_frequency f
left join basepair_collective_score s
  on s.molecule = f.molecule and s.position_1 = f.position_1
 and s.position_2 = f.position_2 and s.group_code = f.group_code;