Base-pair statistics (frequencies and scores together) (view)

predominant_types
Base-pair types shown in bold in the published table (most frequent).
covarying_types
Base-pair types marked * in the published table (involved in a covariation).
sequences
Number of sequences in the group.

478 rows where group_code = "A" and molecule = "16S" sorted by position_1

✎ View and edit SQL

This data as json, CSV (advanced)

Suggested facets: reference_base_pair, AA, AC, AG, CA, CC, CU, GA, GG, UC, UU, Xch, Ych, PE, WCGU, DfDel

conformation 8

strength 4

tertiary_type 2

molecule 1

  • 16S · 478 ✖

group_code 1

molecule helix_number position_1 ▼ position_2 reference_base_pair conformation tertiary_type strength group_code GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap sequences predominant_types covarying_types Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1_C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc
16S 1 9 25 G:C cWW   Strong A   99.3       0.7                       148 CG   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.99 1.0 1.94 2.0 0.0 0.56
16S 1 10 24 A:U cWW   Strong A   73.5 25.9     0.7                       147 CG,UA CG,UA 3 2 2 0.8 0.97 0.99 1.97 0.99 1.0 1.17 1.21 0.0 0.56
16S 1 11 23 G:C cWW   Strong A 100.0                                 151 GC   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 2.0 2.0 0.0 0.57
16S 1 12 22 U:G cWW   Strong A 90.6   0.7     8.1               0.7       149 GC,UG GC,UG 2 3 2 0.8 0.86 0.99 1.84 0.91 0.99 1.57 1.53 0.0 0.56
16S 1 13 21 U:G No BP   Weak A           100.0                       154 UG   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 2.0 2.0 0.0 0.58
16S 2 17 918 U:A cWW 3°: pseudoknot Strong A     98.6     1.4                       148 UA   0 1 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.99 1.0 2.0 1.93 0.0 0.56
16S 2 18 917 C:G cWW 3°: pseudoknot Strong A   99.3       0.7                       149 CG   1 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.99 1.0 1.94 1.96 0.0 0.56
16S 2 19 916 A:U cWW 3°: pseudoknot Strong A   100.0                               150 CG   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 2.0 1.96 0.0 0.57
16S 3 27 556 G:C cWW   Strong A 63.9 29.7   1.3       3.2     1.3           0.6 155 GC,CG,AC GC,CG,AU 5 3 2 0.5 0.87 0.95 1.83 0.95 0.95 0.84 1.0 0.0 0.58
16S 3 28 555 A:U cWW   Strong A 56.5 28.0   1.2 11.3           1.2           1.8 168 GC,CG,GU GC,CG,AU 4 5 2 0.44 0.7 0.87 1.57 0.87 0.99 0.9 0.61 0.01 0.62
16S 3 29 554 U:A cWW   Strong A 1.1 56.5 26.0 1.7   10.2               2.8     1.7 177 CG,UA,UG,GG GC,CG,UA,AU 13 11 6 0.5 0.69 0.87 1.56 0.87 0.97 0.62 1.06 0.01 0.66
16S 3 30 553 U:A cWW   Strong A 28.1 50.6 14.0 1.1   5.6             0.6         178 GC,CG,UA,UG GC,CG,UA,AU 8 8 6 0.75 0.88 0.94 1.81 0.94 0.99 0.45 0.48 0.0 0.67
16S 3 32 552 A:U cWW   Strong A 1.1     98.3               0.6           178 AU GC,AU 1 1 1 1.0 0.67 0.99 1.66 0.99 0.99 1.87 1.93 0.0 0.67
16S 3 33 551 A:U cWW   Strong A   71.6 27.3             0.5             0.5 183 CG,UA CG,UA 5 6 3 0.55 0.98 0.99 1.98 0.99 0.99 1.16 1.17 0.0 0.69
16S 3 34 550 C:G cWW   Strong A   29.0       71.0                       183 CG,UG   4 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.29 1.0 1.13 2.0 0.0 0.69
16S 3 35 549 G:C cWW   Weak A 3.8 1.1     94.0             0.5         0.5 184 GC,GU CG,GU 2 3 1 0.4 0.2 0.0 0.2 0.05 0.99 1.89 1.65 0.0 0.69
16S 3 36 548 C:G cWW   Strong A   99.5                             0.5 184 CG   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 2.0 1.95 0.0 0.69
16S 3 37 547 U:A tWS   Weak A     100.0                             183 UA   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 2.0 2.0 0.0 0.69
16S 4 39 403 G:C cWW   Weak A     99.0     1.0                       193 UA   0 1 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.99 1.0 2.0 1.93 0.0 0.73
16S 4 40 402 C:G cWW   Strong A 8.7 62.1 25.1 2.6   1.0                     0.5 195 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU 10 11 10 0.95 0.97 0.99 1.96 0.99 1.0 0.61 0.56 0.0 0.73
16S 4 41 401 G:C cWW   Strong A 90.7 1.6   7.3 0.5                         193 GC,AU GC,CG,AU 5 5 5 1.0 0.94 0.99 1.94 0.99 1.0 1.52 1.54 0.0 0.73
16S 4 42 400 G:C cWW   Strong A 94.9     2.0 2.5                       0.5 197 GC,AU,GU GC,AU 2 3 1 0.4 0.44 0.97 1.42 0.97 1.0 1.86 1.58 0.0 0.74
16S 4 43 399 C:G cWW   Strong A 69.7   10.1 20.2                           198 GC,UA,AU GC,UA,AU 7 7 7 1.0 1.0 1.0 2.0 1.0 1.0 0.84 0.92 0.0 0.75
16S 4 44 398 A:U cWW   Strong A 75.4 2.0 5.5 14.6   1.5   0.5         0.5         199 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU 15 15 12 0.8 0.9 0.97 1.87 0.97 0.99 0.91 0.92 0.0 0.75
16S 4 45 396 G:C cWW   Strong A 11.7 31.4 19.1 16.0 6.4 14.9       0.5               188 GC,CG,UA,AU,GU,UG GC,CG,UA,AU 13 9 5 0.46 0.68 0.78 1.46 0.78 0.99 0.1 0.18 0.0 0.71
16S 4 46 395 G:C cWW   Strong A 17.9 63.7 3.0 6.0 8.5     0.5             0.5     201 GC,CG,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU 8 10 6 0.67 0.74 0.91 1.65 0.91 0.99 0.65 0.68 0.0 0.76
16S 5 47 361 C:G cWW 3°: base pair Strong A 91.0 0.5 4.5               0.5     1.0     2.5 199 GC,UA GC,CG,UA 4 4 4 1.0 0.77 0.98 1.75 0.98 0.98 1.64 1.47 0.02 0.73
16S 5 52 359 C:G cWW   Strong A 95.5 1.0                 1.0           2.5 199 GC GC,CG 1 1 1 1.0 0.5 0.99 1.49 0.99 0.99 1.86 1.73 0.02 0.73
16S 5 53 358 A:U cWW   Strong A   96.5   1.0             2.5             201 CG,CC CG,AU 0 1 0 0.0 0.29 0.97 1.26 0.97 0.97 1.92 1.71 0.0 0.76
16S 5 54 357 C:G cWW   Weak A   97.5               2.5               201 CG,CA   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.97 0.97 2.0 1.85 0.0 0.76
16S 5 56 356 U:A cWW   Weak A     97.5                           2.5 201 UA   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 2.0 1.8 0.02 0.74
16S 5 57 355 G:C cWW   Strong A 95.5                         1.5     3.0 200 GC   0 1 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.98 0.98 2.0 1.67 0.02 0.73
16S 5 58 354 C:G cWW   Weak A 19.0 76.5       0.5         1.5           2.5 200 GC,CG GC,CG 4 3 2 0.57 0.91 0.98 1.88 0.98 0.98 1.24 1.11 0.02 0.74
16S 6 61 106 G:C cWW   Strong A 99.5                         0.5       203 GC   0 1 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.99 0.99 2.0 1.96 0.0 0.77
16S 6 62 105 U:G cWW   Weak A           100.0                       202 UG   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 2.0 2.0 0.0 0.77
16S 6 63 104 C:G cWW   Strong A   82.2 11.9     5.0               1.0       202 CG,UA,UG CG,UA 10 9 5 0.53 0.67 0.94 1.61 0.94 0.99 1.27 1.43 0.0 0.77
16S 6 66 103 A:U cWW   Strong A 30.7   4.5 61.8 0.5           0.5   0.5       1.5 199 GC,UA,AU GC,UA,AU 10 11 9 0.86 0.96 0.98 1.94 0.98 0.99 0.68 0.83 0.01 0.74
16S 6 67 102 C:G cWW   Strong A 11.4 50.7 25.4 11.9                         0.5 201 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU 11 11 11 1.0 1.0 1.0 2.0 1.0 1.0 0.29 0.23 0.0 0.76
16S 6 68 101 G:A cWW 3°: base pair Weak A 78.9     6.0 0.5 1.0             11.6 0.5     1.5 199 GC,AU,GA GC,AU,UG 4 8 3 0.5 0.36 0.87 1.23 0.86 0.88 1.45 0.91 0.0 0.74
16S 6 69 99 G:C cWW   Strong A                                 100.0 202     0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
16S 6 70 98 U:A cWW   Strong A                                 100.0 202     0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
16S 6 73 97 C:G cWW   Strong A                                 100.0 202     0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
16S 6 74 96 A:U cWW   Strong A                                 100.0 202     0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
16S 6 75 95 G:C cWW   Strong A                                 100.0 202     0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
16S 6 76 93 G:U cWW   Strong A 4.0                               96.0 201 GC   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.04 0.04 -0.17 -0.2 0.0 0.0
16S 6 77 92 A:U cWW   Strong A 3.5 9.5   1.0 0.5 3.0     0.5               82.1 201 GC,CG,UG GC,CG,AU 3 1 0 0.0 0.53 0.78 1.31 0.78 0.97 -0.65 -0.53 0.01 0.14
16S 6 78 91 A:U cWW   Strong A 5.0 23.8 1.0 2.5   1.5             0.5 1.0     64.9 202 GC,CG,AU GC,CG,UA,AU 4 5 4 0.89 0.74 0.92 1.66 0.92 0.96 -0.72 -0.65 0.01 0.27
16S 6 79 90 G:C cWW   Strong A 3.9 15.8 11.3 1.5   5.4                     62.1 203 GC,CG,UA,UG GC,CG,UA,AU 8 5 4 0.61 0.76 0.86 1.61 0.86 1.0 -0.84 -0.78 0.01 0.29
16S 6 80 89 A:U cWW   Strong A 15.3 35.2 9.7 16.3   1.5                     21.9 196 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU 9 8 7 0.82 0.96 0.98 1.95 0.98 1.0 -0.62 -0.65 0.02 0.58
16S 6 81 88 A:U cWW   Strong A 44.4 22.2 22.7 8.1 1.0                   0.5   1.0 198 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU 12 13 10 0.8 0.97 0.98 1.96 0.98 0.99 0.14 0.13 0.0 0.74
16S 6 82 87 G:C cWW   Strong A 11.9 45.0 26.7 10.4   4.0       2.0               202 GC,CG,UA,AU,UG,CA GC,CG,UA,AU 16 15 14 0.9 0.89 0.94 1.83 0.94 0.98 0.26 0.27 0.0 0.77
16S 6.1 113 314 G:C cWW   Strong A   97.5                   2.5           203 CG,CU   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.97 0.97 2.0 1.85 0.0 0.77
16S 6.1 114 313 U:A cWW   Strong A     97.5                         2.5   204 UA,UU   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.97 0.97 2.0 1.85 0.0 0.77
16S 6.1 115 312 G:C cWW   Strong A 18.2 79.3               2.5               203 GC,CG,CA GC,CG 3 3 3 1.0 0.88 0.97 1.86 0.97 0.97 1.31 1.2 0.0 0.77
16S 7 122 239 G:U cWW   Strong A       4.4       5.4 87.7       0.5 2.0       204 AU,AC,AG,GG AG,GA 1 5 0 0.0 0.04 0.0 0.04 0.04 0.04 1.83 1.4 0.0 0.77
16S 7 123 238 U:A cWW   Strong A   99.5 0.5                             206 CG CG,UA 0 0 0 0.0 1.0 1.0 2.0 1.0 1.0 1.96 1.96 0.0 0.78
16S 7 124 237 C:G cWW   Strong A 99.0     0.5 0.5                         206 GC GC,AU 1 1 0 0.0 0.5 0.99 1.5 0.99 1.0 1.96 1.93 0.0 0.78
16S 7 125 236 U:A cWW   Strong A   1.4 7.8     89.9                   0.5 0.5 217 UA,UG   2 3 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.09 0.99 1.9 1.52 0.0 0.82
16S 7 126 235 G:C cWW   Strong A 5.5 5.1   5.1 83.9                       0.5 217 GC,CG,AU,GU CG,GU 5 4 2 0.44 0.32 0.89 1.22 0.16 1.0 1.43 1.3 0.0 0.82
16S 7 127 234 G:C cWW   Strong A 96.8 3.2                               216 GC,CG GC,CG 1 1 1 1.0 1.0 1.0 2.0 1.0 1.0 1.77 1.8 0.0 0.82
16S 7 128 233 G:C cWW   Strong A 7.0 44.1 16.4 31.5           0.5       0.5       213 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU 10 12 10 0.91 0.98 0.99 1.97 0.99 0.99 0.24 0.22 0.0 0.81
16S 7 129 232 A:G cWW 3°: base pair Strong A   38.9 11.1     50.0                       216 CG,UA,UG   11 6 2 0.23 0.0 0.0 0.0 0.5 1.0 1.04 1.49 0.0 0.82
16S 7 131 231 A:U cWW   Strong A 2.8 74.1 5.1 14.8   2.8         0.5             216 GC,CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU 7 6 3 0.46 0.88 0.97 1.84 0.97 0.99 0.84 0.93 0.0 0.82
16S 7 132 230 C:G cWW   Strong A   93.1 2.8 3.2         0.5 0.5               216 CG,UA,AU CG,UA,AU 4 5 4 0.89 0.87 0.99 1.86 0.99 0.99 1.59 1.6 0.0 0.82
16S 7 136 227 C:G cWW   Strong A   99.5                             0.5 188 CG   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 1.95 2.0 0.0 0.71
16S 7 137 226 U:G cWW   Strong A   98.5       0.5       1.0               203 CG   1 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.98 0.99 1.96 1.92 0.0 0.77
16S 7 138 225 G:C cWW   Strong A     98.6     0.5                   0.9   211 UA   0 1 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.99 0.99 2.0 1.88 0.0 0.8
16S 7 139 224 A:U cWW   Strong A 9.4 35.8 25.5 27.8   0.5 0.5   0.5                 212 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU 15 15 13 0.87 0.98 0.99 1.96 0.99 0.99 0.14 0.14 0.0 0.8
16S 7 140 223 U:A cWW   Strong A 46.3 8.4 12.1 25.7 0.5 2.8   0.5             0.9 0.5 2.3 214 GC,CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU 14 14 9 0.64 0.9 0.95 1.85 0.95 0.98 0.21 0.1 0.02 0.79
16S 7 141 222 G:C cWW   Strong A 87.2     10.0                         2.9 211 GC,AU GC,AU 4 4 4 1.0 1.0 1.0 2.0 1.0 1.0 1.48 1.31 0.02 0.78
16S 7 142 221 G:C cWW   Strong A 95.8 2.3   0.5                   0.9     0.5 216 GC,CG GC,CG,AU 2 2 2 1.0 0.75 0.99 1.74 0.99 0.99 1.8 1.71 0.0 0.81
16S 8 144 178 G:C cWW   Strong A 39.7 46.3 6.5 5.1 0.5 0.9                     1.0 214 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU 15 15 15 1.0 0.97 0.99 1.96 0.99 1.0 0.45 0.39 0.01 0.8
16S 8 145 177 G:G cWW 3°: base pair Strong A 55.1 29.0 2.8 6.5   5.6       0.9               214 GC,CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU 18 14 12 0.75 0.85 0.94 1.79 0.94 0.99 0.45 0.56 0.0 0.81
16S 8 146 176 G:C cWW   Strong A 71.6 4.2 2.8 15.3 4.2 1.9                       215 GC,CG,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU 13 16 13 0.9 0.79 0.94 1.73 0.94 1.0 0.89 0.81 0.0 0.81
16S 8 147 175 G:C cWW   Strong A 81.9 10.2 0.9 4.6 0.9 0.5   0.5   0.5               216 GC,CG,AU GC,CG,UA,AU 8 7 5 0.67 0.87 0.98 1.85 0.98 0.99 1.13 1.11 0.0 0.82
16S 8 152 169 A:C tHW 3°: base pair Strong A       0.5     47.9 35.8 0.9   11.2 2.3       1.4   215 AA,AC,CC,CU AA,CC,UU 7 13 1 0.1 0.24 0.6 0.85 0.01 0.01 1.33 0.73 0.0 0.81
16S 8 153 168 C:G cWW   Strong A   84.2   1.4   6.7       5.7     0.5   1.4     209 CG,UG,CA CG,AU,GA,UC 8 6 1 0.14 0.21 0.88 1.09 0.86 0.92 1.44 1.45 0.0 0.79
16S 8 154 167 U:A cWW   Strong A   89.8 5.6 2.3                       1.9 0.5 216 CG,UA,AU CG,UA,AU 6 6 4 0.67 0.81 0.98 1.79 0.98 0.98 1.41 1.43 0.0 0.81
16S 8 155 166 A:U cWW   Strong A   61.6 36.1     0.9       0.5   0.9           216 CG,UA CG,UA 5 7 4 0.67 0.94 0.98 1.92 0.98 0.99 1.05 0.98 0.0 0.82
16S 8 156 165 C:G cWW   Strong A   92.1       7.9                       216 CG,UG   3 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.92 1.0 1.6 2.0 0.0 0.82
16S 8 157 164 U:G cWW   Strong A         99.5                       0.5 216 GU   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.95 2.0 0.0 0.81
16S 8 158 163 G:C cWW   Strong A 99.5 0.5                               216 GC GC,CG 1 1 1 1.0 1.0 1.0 2.0 1.0 1.0 1.96 1.96 0.0 0.82
16S 9 184 193 G:C cWW   Strong A 3.7 1.4 4.2 6.5 29.4 4.7   0.5 3.3   5.6 0.5     14.0 25.7 0.5 214 GC,UA,AU,GU,UG,AG,CC,UC,UU GU,AG,UC 21 15 5 0.28 0.25 0.47 0.72 0.16 0.5 0.36 0.5 0.0 0.81
16S 9 185 192 U:A cWW   Strong A 25.5 42.6 12.5 14.4   0.9 1.9     0.9     1.4         216 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU 14 13 13 0.96 0.91 0.95 1.86 0.95 0.96 0.15 0.13 0.0 0.82
16S 9 186 191 C:G cWW   Strong A   94.4 3.7     0.5       0.5   0.9           215 CG,UA CG,UA 2 4 0 0.0 0.67 0.98 1.65 0.98 0.99 1.75 1.67 0.0 0.81
16S 10 198 219 G:U cWW   Strong A 82.2   0.9 7.3 7.3       0.5         1.4     0.5 219 GC,AU,GU GC,UA,AU 4 6 3 0.6 0.47 0.91 1.38 0.91 0.98 1.48 1.15 0.0 0.83
16S 10 199 218 A:U cWW   Strong A 30.9 38.7 2.8 10.1 1.8 10.6         0.5 0.5 0.9       3.3 217 GC,CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU 24 17 11 0.54 0.75 0.85 1.61 0.85 0.98 0.03 0.22 0.0 0.8
16S 10 200 217 G:C cWW   Strong A 6.8 19.6 5.5 9.1 3.2 0.5   2.3 0.5         0.5     52.1 219 GC,CG,UA,AU,GU,AC GC,CG,UA,AU 7 7 6 0.86 0.76 0.86 1.61 0.86 0.93 -0.94 -0.92 0.0 0.4
16S 10 201 216 G:U cWW   Strong A 3.2 16.4 7.3 0.5 0.5 3.2       0.9   0.5   1.8     66.0 220 GC,CG,UA,UG GC,CG,UA,AU 4 4 1 0.25 0.61 0.8 1.42 0.8 0.91 -0.77 -0.73 0.01 0.28
16S 10 202 215 G:C cWW   Strong A 2.3 13.6 1.4 8.6           0.9             73.3 221 GC,CG,AU GC,CG,UA,AU 5 4 3 0.67 0.93 0.97 1.9 0.97 0.97 -0.71 -0.77 0.01 0.22
16S 10 203 214 G:C cWW   Strong A 6.8 2.7 9.5 0.5 0.9 3.2   0.5                 76.1 221 GC,CG,UA,UG GC,CG,UA,AU 3 4 1 0.29 0.69 0.81 1.5 0.81 0.98 -0.74 -0.77 0.0 0.2
16S 10 206 213 C:G cWW   Strong A 10.0 10.0 0.5 4.1   0.5 0.5     0.5             74.2 221 GC,CG,AU GC,CG,UA,AU 5 2 2 0.57 0.91 0.95 1.86 0.95 0.96 -0.74 -0.75 0.0 0.22
16S 10 207 212 C:G cWW   Strong A 13.6 1.8   0.5 8.6 0.5               0.5     74.7 221 GC,GU GC,CG,AU 1 1 0 0.0 0.19 0.0 0.19 0.62 0.98 -0.47 -0.66 0.0 0.21
16S 11 240 286 G:C cWW   Strong A 0.5 86.9 6.3     6.3                       221 CG,UA,UG GC,CG,UA 8 7 5 0.67 0.52 0.94 1.45 0.94 1.0 1.41 1.62 0.0 0.84
16S 11 241 285 G:C cWW   Strong A 5.4 91.0 0.5 2.3   0.5                     0.5 221 GC,CG,AU GC,CG,UA,AU 8 8 8 1.0 0.95 0.99 1.94 0.99 1.0 1.42 1.5 0.0 0.83
16S 11 242 284 G:C cWW   Strong A 54.5 21.4 4.5     19.1         0.5             220 GC,CG,UA,UG GC,CG,UA 4 4 2 0.5 0.57 0.81 1.38 0.81 0.99 0.51 0.8 0.0 0.83
16S 11 245 283 U:U cWW 3°: base pair Strong A                     44.3       0.5 55.2   221 CC,UU CC,UU 2 3 2 0.8 0.99 0.99 1.99 0.0 0.0 1.01 1.01 0.0 0.84
16S 11 247 277 G:C cWW   Strong A 100.0                                 221 GC   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 2.0 2.0 0.0 0.84
16S 11 248 276 C:G cWW   Strong A 95.5 2.7 1.8                             223 GC,CG GC,CG,UA 4 4 4 1.0 1.0 1.0 2.0 1.0 1.0 1.69 1.69 0.0 0.84
16S 11 249 275 U:G cWW   Strong A     0.4     91.5       8.1               223 UG,CA UG,CA 2 2 2 1.0 0.95 1.0 1.94 0.0 0.92 1.6 1.58 0.0 0.84

Next page

Advanced export

JSON shape: default, array, newline-delimited

CSV options: 

CREATE VIEW basepair_combined as
select f.molecule, f.helix_number, f.position_1, f.position_2,
       f.reference_base_pair, f.conformation, f.tertiary_type, f.strength, f.group_code,
       f.GC, f.CG, f.UA, f.AU, f.GU, f.UG, f.AA, f.AC, f.AG, f.CA, f.CC, f.CU, f.GA, f.GG, f.UC, f.UU, f.gap, f.Seq as sequences,
       f.predominant_types, f.covarying_types,
       s.Xch, s.Ych, s.PE, s.PES, s.Cov1, s.Cov3, s."C1+C3" as C1_C3,
       s.WC, s.WCGU, s.XCons, s.YCons, s.DfDel, s.PNuc
from basepair_frequency f
left join basepair_collective_score s
  on s.molecule = f.molecule and s.position_1 = f.position_1
 and s.position_2 = f.position_2 and s.group_code = f.group_code;