Base-pair statistics (frequencies and scores together) (view)

predominant_types
Base-pair types shown in bold in the published table (most frequent).
covarying_types
Base-pair types marked * in the published table (involved in a covariation).
sequences
Number of sequences in the group.

1,390 rows where group_code = "A" sorted by position_1

✎ View and edit SQL

This data as json, CSV (advanced)

Suggested facets: reference_base_pair, CC, CU, Xch, Ych, PE, DfDel

conformation 12

strength 5

molecule 3

group_code 1

  • A · 1,390 ✖
molecule helix_number position_1 ▼ position_2 reference_base_pair conformation tertiary_type strength group_code GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap sequences predominant_types covarying_types Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1_C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc
23S 1 1 2902 G:C cWW   Strong A 12.1 3.0   3.0 6.1         6.1   3.0         66.7 33 GC,CG,AU,GU,CA,CU GC,AU,CA 3 0 0 0.0 0.43 0.64 1.06 0.55 0.73 -0.71 -0.97 0.05 0.27
5S 1 1 119 U:A cWW   Strong A 11.4 6.8 13.6 4.5 4.5               2.3     2.3 54.5 44 GC,CG,UA,AU,GU,GA,UU GC,CG,UA,AU                          
23S 1 2 2901 G:C cWW   Strong A 9.1 21.2               3.0   3.0       3.0 60.6 33 GC,CG,CA,CU,UU GC,CG,UU 2 2 0 0.0 0.67 0.85 1.51 0.77 0.77 -0.42 -0.8 0.0 0.32
5S 1 2 118 G:C cWW   Strong A 27.9 16.3   4.7 2.3       2.3               46.5 43 GC,CG,AU,GU,AG GC,CG,AU                          
23S 1 3 2900 U:A cWW   Strong A 3.0 30.3                         3.0 12.1 51.5 33 GC,CG,UC,UU GC,CG,UU 4 2 1 0.33 0.83 0.94 1.77 0.69 0.69 -0.65 -0.81 0.07 0.39
5S 1 3 117 C:G cWW   Strong A 36.4 15.9 4.5 15.9                         27.3 44 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU                          
23S 1 4 2899 U:A cWW   Strong A 18.2 6.1 15.2 21.2                     3.0   36.4 33 GC,CG,UA,AU,UC GC,CG,UA,AU 6 4 3 0.6 0.93 0.95 1.88 0.95 0.95 -0.51 -0.81 0.15 0.51
5S 1 4 116 C:G cWW   Strong A 9.1 20.5 20.5 11.4   20.5                   2.3 15.9 44 GC,CG,UA,AU,UG,UU GC,CG,UA,AU                          
23S 1 5 2898 A:U cWW   Strong A 51.5 12.1 6.1 6.1     3.0         3.0         18.2 33 GC,CG,UA,AU,AA,CU GC,CG,UA,AU 5 5 3 0.6 0.8 0.93 1.73 0.93 0.93 -0.12 -0.33 0.02 0.66
5S 1 5 115 U:A cWW   Strong A 2.3 13.6 38.6 31.8   6.8       2.3             4.5 44 GC,CG,UA,AU,UG,CA GC,CG,UA,AU                          
23S 1 6 2897 A:U cWW   Strong A 63.6 3.0 9.1 3.0                   6.1     15.2 33 GC,CG,UA,AU,GG GC,CG,UA,AU 3 4 2 0.57 0.71 0.93 1.64 0.93 0.93 0.4 0.15 0.0 0.68
5S 1 6 114 G:C cWW   Strong A 65.9 15.9   15.9 2.3                         44 GC,CG,AU,GU GC,CG,AU                          
23S 1 7 2896 G:C cWW   Strong A 39.4 36.4 3.0 3.0 6.1         3.0             9.1 33 GC,CG,UA,AU,GU,CA GC,CG,UA,AU 2 3 0 0.0 0.82 0.9 1.72 0.9 0.97 0.69 -0.01 0.07 0.73
5S 1 7 113 G:C cWW   Strong A 72.7 15.9   9.1 2.3                         44 GC,CG,AU,GU GC,CG,AU                          
23S 1 8 2895 C:G cWW   Weak A 24.2 24.2 27.3 3.0   3.0         3.0           15.1 33 GC,CG,UA,AU,UG,CC GC,CG,UA,AU 5 8 2 0.31 0.9 0.93 1.82 0.93 0.96 0.1 -0.3 0.07 0.68
5S 1 8 112 C:G cWW   Strong A   97.7       2.3                       44 CG,UG                            
16S 1 9 25 G:C cWW   Strong A   99.3       0.7                       148 CG   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.99 1.0 1.94 2.0 0.0 0.56
5S 1 9 111 G:U cWW   Strong A 38.6     2.3 59.1                         44 GC,AU,GU                            
16S 1 10 24 A:U cWW   Strong A   73.5 25.9     0.7                       147 CG,UA CG,UA 3 2 2 0.8 0.97 0.99 1.97 0.99 1.0 1.17 1.21 0.0 0.56
5S 1 10 110 G:C cWW   Strong A 93.2     2.3                         4.5 44 GC,AU GC,AU                          
16S 1 11 23 G:C cWW   Strong A 100.0                                 151 GC   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 2.0 2.0 0.0 0.57
16S 1 12 22 U:G cWW   Strong A 90.6   0.7     8.1               0.7       149 GC,UG GC,UG 2 3 2 0.8 0.86 0.99 1.84 0.91 0.99 1.57 1.53 0.0 0.56
16S 1 13 21 U:G No BP   Weak A           100.0                       154 UG   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 2.0 2.0 0.0 0.58
23S 2 15 525 G:U cWW   Strong A       16.7 5.6 44.4   5.6 11.1     13.9       2.8   36 AU,GU,UG,AC,AG,CU,UU AU,UG 5 4 1 0.22 0.3 0.61 0.91 0.17 0.67 0.33 0.77 0.0 0.88
23S 2 16 524 C:G cWW   Strong A 47.2 13.9 2.8   36.1                         36 GC,CG,UA,GU GC,CG,UA 2 5 1 0.29 0.32 0.64 0.95 0.64 1.0 1.24 0.43 0.0 0.88
5S 2 16 68 G:C cWW   Strong A 97.7     2.3                           44 GC,AU GC,AU                          
16S 2 17 918 U:A cWW 3°: pseudoknot Strong A     98.6     1.4                       148 UA   0 1 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.99 1.0 2.0 1.93 0.0 0.56
23S 2 17 523 G:C cWW   Strong A 5.6 94.4                               36 GC,CG GC,CG 1 1 1 1.0 1.0 1.0 2.0 1.0 1.0 1.69 1.7 0.0 0.88
5S 2 17 67 C:G cWW   Strong A 2.3 81.8 13.6             2.3               44 GC,CG,UA,CA GC,CG,UA                          
16S 2 18 917 C:G cWW 3°: pseudoknot Strong A   99.3       0.7                       149 CG   1 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.99 1.0 1.94 1.96 0.0 0.56
23S 2 18 522 U:A cWW   Strong A   94.4 5.6                             36 CG,UA CG,UA 2 2 2 1.0 1.0 1.0 2.0 1.0 1.0 1.69 1.7 0.0 0.88
5S 2 18 65 G:U cWW   Strong A 90.9     4.5 4.5                         44 GC,AU,GU GC,AU                          
16S 2 19 916 A:U cWW 3°: pseudoknot Strong A   100.0                               150 CG   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 2.0 1.96 0.0 0.57
23S 2 19 521 A:U cWW   Strong A 38.9   2.8 47.2 2.8                     8.3   36 GC,UA,AU,GU,UU GC,UA,AU 5 3 2 0.5 0.79 0.89 1.68 0.89 0.92 0.61 0.87 0.0 0.88
5S 2 19 64 C:G cWW   Strong A 77.3 4.5   9.1   6.8   2.3                   44 GC,CG,AU,UG,AC GC,AU,UG                          
23S 2 20 520 C:G cWW   Strong A 16.7 47.2 5.6 8.3 13.9 8.3                       36 GC,CG,UA,AU,GU,UG GC,CG,UA,AU 6 6 4 0.67 0.58 0.78 1.36 0.78 1.0 0.27 0.41 0.0 0.88
5S 2 20 63 G:C cWW   Strong A 18.2 45.5 6.8 13.6 9.1 4.5                   2.3   44 GC,CG,UA,AU,GU,UG,UU GC,CG,UA,AU                          
23S 2 21 519 A:U cWW   Strong A   88.9 11.1                             36 CG,UA CG,UA 2 2 2 1.0 1.0 1.0 2.0 1.0 1.0 1.5 1.51 0.0 0.88
5S 2 21 62 G:C cWW   Strong A 63.6 11.4 2.3 18.2 2.3           2.3             44 GC,CG,UA,AU,GU,CC GC,CG,UA,AU                          
23S 2 22 518 C:G cWW   Strong A   52.8 41.7 5.6                           36 CG,UA,AU CG,UA,AU 3 3 3 1.0 1.0 1.0 2.0 1.0 1.0 0.76 0.77 0.0 0.88
5S 2 22 61 U:G cWW   Strong A 93.2     4.5 2.3                         44 GC,AU,GU GC,AU                          
23S 2 23 517 G:C cWW   Strong A 94.4     5.6                           36 GC,AU GC,AU 1 1 1 1.0 1.0 1.0 2.0 1.0 1.0 1.69 1.7 0.0 0.88
5S 2 23 60 G:C cWW   Strong A 65.9   2.3   15.9 2.3   2.3             11.4     44 GC,UA,GU,UG,AC,UC GC,UA                          
23S 2 24 516 G:C cWW   Strong A 75.0       25.0                         36 GC,GU   0 1 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.75 1.0 2.0 1.2 0.0 0.88
16S 3 27 556 G:C cWW   Strong A 63.9 29.7   1.3       3.2     1.3           0.6 155 GC,CG,AC GC,CG,AU 5 3 2 0.5 0.87 0.95 1.83 0.95 0.95 0.84 1.0 0.0 0.58
16S 3 28 555 A:U cWW   Strong A 56.5 28.0   1.2 11.3           1.2           1.8 168 GC,CG,GU GC,CG,AU 4 5 2 0.44 0.7 0.87 1.57 0.87 0.99 0.9 0.61 0.01 0.62
5S 2 28 56 C:G cWW   Strong A       2.3   2.3       2.3   77.3   2.3   13.6   44 AU,UG,CA,CU,GG,UU CU,GG                          
16S 3 29 554 U:A cWW   Strong A 1.1 56.5 26.0 1.7   10.2               2.8     1.7 177 CG,UA,UG,GG GC,CG,UA,AU 13 11 6 0.5 0.69 0.87 1.56 0.87 0.97 0.62 1.06 0.01 0.66
5S 2 29 55 A:U cWW   Strong A 2.3   34.1 63.6                           44 GC,UA,AU GC,UA,AU                          
16S 3 30 553 U:A cWW   Strong A 28.1 50.6 14.0 1.1   5.6             0.6         178 GC,CG,UA,UG GC,CG,UA,AU 8 8 6 0.75 0.88 0.94 1.81 0.94 0.99 0.45 0.48 0.0 0.67
23S 2 30 510 G:C cWW 3°: base pair Strong A 75.0 2.8 13.9 8.3                           36 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU 2 2 2 1.0 1.0 1.0 2.0 1.0 1.0 0.85 0.87 0.0 0.88
5S 2 30 54 C:G cWW   Strong A   88.6 11.4                             44 CG,UA CG,UA                          
23S 3 31 474 C:G cWW   Strong A 100.0                                 36 GC   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 2.0 2.0 0.0 0.88
5S 2 31 51 C:G cWW   Strong A   97.7               2.3               44 CG,CA                            
16S 3 32 552 A:U cWW   Strong A 1.1     98.3               0.6           178 AU GC,AU 1 1 1 1.0 0.67 0.99 1.66 0.99 0.99 1.87 1.93 0.0 0.67
23S 3 32 473 C:G cWW   Strong A   100.0                               36 CG   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 2.0 2.0 0.0 0.88
5S 2 32 50 U:A cWW   Strong A   63.6 34.1           2.3                 44 CG,UA,AG CG,UA                          
16S 3 33 551 A:U cWW   Strong A   71.6 27.3             0.5             0.5 183 CG,UA CG,UA 5 6 3 0.55 0.98 0.99 1.98 0.99 0.99 1.16 1.17 0.0 0.69
5S 2 33 49 G:C cWW   Strong A 100.0                                 44 GC                            
16S 3 34 550 C:G cWW   Strong A   29.0       71.0                       183 CG,UG   4 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.29 1.0 1.13 2.0 0.0 0.69
5S 2 34 48 A:U cWW   Strong A 25.0   47.7 27.3                           44 GC,UA,AU GC,UA,AU                          
16S 3 35 549 G:C cWW   Weak A 3.8 1.1     94.0             0.5         0.5 184 GC,GU CG,GU 2 3 1 0.4 0.2 0.0 0.2 0.05 0.99 1.89 1.65 0.0 0.69
23S 4 35 445 G:C cWW   Strong A 100.0                                 36 GC   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 2.0 2.0 0.0 0.88
16S 3 36 548 C:G cWW   Strong A   99.5                             0.5 184 CG   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 2.0 1.95 0.0 0.69
23S 4 36 444 G:C cWW   Strong A 100.0                                 36 GC   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 2.0 2.0 0.0 0.88
16S 3 37 547 U:A tWS   Weak A     100.0                             183 UA   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 2.0 2.0 0.0 0.69
23S 4 37 442 C:G cWW   Strong A   94.4 2.8     2.8                       36 CG,UA,UG CG,UA 1 0 0 0.0 0.5 0.97 1.47 0.97 1.0 1.69 1.82 0.0 0.88
23S 4 38 441 A:U cWW   Strong A     100.0                             36 UA   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 2.0 2.0 0.0 0.88
16S 4 39 403 G:C cWW   Weak A     99.0     1.0                       193 UA   0 1 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.99 1.0 2.0 1.93 0.0 0.73
23S 4 39 440 G:C cWW   Strong A   80.6 19.4                             36 CG,UA CG,UA 3 3 3 1.0 1.0 1.0 2.0 1.0 1.0 1.29 1.3 0.0 0.88
16S 4 40 402 C:G cWW   Strong A 8.7 62.1 25.1 2.6   1.0                     0.5 195 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU 10 11 10 0.95 0.97 0.99 1.96 0.99 1.0 0.61 0.56 0.0 0.73
23S 4 40 439 U:A cWW   Strong A 91.7     8.3                           36 GC,AU GC,AU 0 0 0 0.0 1.0 1.0 2.0 1.0 1.0 1.59 1.59 0.0 0.88
16S 4 41 401 G:C cWW   Strong A 90.7 1.6   7.3 0.5                         193 GC,AU GC,CG,AU 5 5 5 1.0 0.94 0.99 1.94 0.99 1.0 1.52 1.54 0.0 0.73
23S 4 41 438 C:G cWW   Strong A 75.0     25.0                           36 GC,AU GC,AU 3 3 3 1.0 1.0 1.0 2.0 1.0 1.0 1.19 1.2 0.0 0.88
16S 4 42 400 G:C cWW   Strong A 94.9     2.0 2.5                       0.5 197 GC,AU,GU GC,AU 2 3 1 0.4 0.44 0.97 1.42 0.97 1.0 1.86 1.58 0.0 0.74
23S 4 42 437 A:U cWW   Strong A 94.4     5.6                           36 GC,AU GC,AU 1 1 1 1.0 1.0 1.0 2.0 1.0 1.0 1.69 1.7 0.0 0.88
16S 4 43 399 C:G cWW   Strong A 69.7   10.1 20.2                           198 GC,UA,AU GC,UA,AU 7 7 7 1.0 1.0 1.0 2.0 1.0 1.0 0.84 0.92 0.0 0.75
23S 4 43 436 G:C cWW   Strong A       2.8 11.1                     8.3 77.8 36 AU,GU,UU   2 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.12 0.62 -0.63 -0.43 0.02 0.2
16S 4 44 398 A:U cWW   Strong A 75.4 2.0 5.5 14.6   1.5   0.5         0.5         199 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU 15 15 12 0.8 0.9 0.97 1.87 0.97 0.99 0.91 0.92 0.0 0.75
23S 4 44 434 A:U cWW   Strong A 5.6 72.2 2.8 5.6           8.3           5.6   36 GC,CG,UA,AU,CA,UU GC,CG,UA,AU 2 2 2 1.0 0.5 0.86 1.36 0.86 0.86 0.99 0.75 0.0 0.88
16S 4 45 396 G:C cWW   Strong A 11.7 31.4 19.1 16.0 6.4 14.9       0.5               188 GC,CG,UA,AU,GU,UG GC,CG,UA,AU 13 9 5 0.46 0.68 0.78 1.46 0.78 0.99 0.1 0.18 0.0 0.71
23S 4 45 433 G:C cWW   Strong A 86.1     13.9                           36 GC,AU GC,AU 2 2 2 1.0 1.0 1.0 2.0 1.0 1.0 1.42 1.43 0.0 0.88
16S 4 46 395 G:C cWW   Strong A 17.9 63.7 3.0 6.0 8.5     0.5             0.5     201 GC,CG,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU 8 10 6 0.67 0.74 0.91 1.65 0.91 0.99 0.65 0.68 0.0 0.76
23S 4.1 46 179 G:C cWW   Strong A 5.6 94.4                               36 GC,CG GC,CG 1 1 1 1.0 1.0 1.0 2.0 1.0 1.0 1.69 1.69 0.0 0.88
16S 5 47 361 C:G cWW 3°: base pair Strong A 91.0 0.5 4.5               0.5     1.0     2.5 199 GC,UA GC,CG,UA 4 4 4 1.0 0.77 0.98 1.75 0.98 0.98 1.64 1.47 0.02 0.73
23S 4.1 47 178 C:G cWW   Strong A   69.4 8.3 5.6   16.7                       36 CG,UA,AU,UG CG,UA,AU 3 1 1 0.5 0.46 0.83 1.29 0.83 1.0 0.9 1.28 0.0 0.88
16S 5 52 359 C:G cWW   Strong A 95.5 1.0                 1.0           2.5 199 GC GC,CG 1 1 1 1.0 0.5 0.99 1.49 0.99 0.99 1.86 1.73 0.02 0.73
16S 5 53 358 A:U cWW   Strong A   96.5   1.0             2.5             201 CG,CC CG,AU 0 1 0 0.0 0.29 0.97 1.26 0.97 0.97 1.92 1.71 0.0 0.76
23S 5 53 117 A:G tHS 3°: base pair Significant A   5.6   11.1         83.3                 36 CG,AU,AG   1 1 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.17 0.17 1.69 1.5 0.0 0.88
16S 5 54 357 C:G cWW   Weak A   97.5               2.5               201 CG,CA   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.97 0.97 2.0 1.85 0.0 0.76
23S 5 54 116 G:C cWW   Strong A 100.0                                 36 GC   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 2.0 2.0 0.0 0.88
23S 5 55 115 G:C cWW   Strong A 100.0                                 36 GC   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 2.0 2.0 0.0 0.88
16S 5 56 356 U:A cWW   Weak A     97.5                           2.5 201 UA   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 2.0 1.8 0.02 0.74
23S 5 56 114 A:U cWW   Strong A 55.6 13.9   30.6                           36 GC,CG,AU GC,CG,AU 5 5 5 1.0 1.0 1.0 2.0 1.0 1.0 0.61 0.61 0.0 0.88
16S 5 57 355 G:C cWW   Strong A 95.5                         1.5     3.0 200 GC   0 1 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.98 0.98 2.0 1.67 0.02 0.73
23S 6 57 70 C:G cWW   Strong A   100.0                               36 CG   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 2.0 2.0 0.0 0.88
16S 5 58 354 C:G cWW   Weak A 19.0 76.5       0.5         1.5           2.5 200 GC,CG GC,CG 4 3 2 0.57 0.91 0.98 1.88 0.98 0.98 1.24 1.11 0.02 0.74
23S 6 58 69 G:C cWW   Strong A 100.0                                 36 GC   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 2.0 2.0 0.0 0.88
23S 6 59 68 U:G cWW   Strong A   19.4       80.6                       36 CG,UG   1 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.19 1.0 1.29 2.0 0.0 0.88
16S 6 61 106 G:C cWW   Strong A 99.5                         0.5       203 GC   0 1 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.99 0.99 2.0 1.96 0.0 0.77

Next page

Advanced export

JSON shape: default, array, newline-delimited

CSV options: 

CREATE VIEW basepair_combined as
select f.molecule, f.helix_number, f.position_1, f.position_2,
       f.reference_base_pair, f.conformation, f.tertiary_type, f.strength, f.group_code,
       f.GC, f.CG, f.UA, f.AU, f.GU, f.UG, f.AA, f.AC, f.AG, f.CA, f.CC, f.CU, f.GA, f.GG, f.UC, f.UU, f.gap, f.Seq as sequences,
       f.predominant_types, f.covarying_types,
       s.Xch, s.Ych, s.PE, s.PES, s.Cov1, s.Cov3, s."C1+C3" as C1_C3,
       s.WC, s.WCGU, s.XCons, s.YCons, s.DfDel, s.PNuc
from basepair_frequency f
left join basepair_collective_score s
  on s.molecule = f.molecule and s.position_1 = f.position_1
 and s.position_2 = f.position_2 and s.group_code = f.group_code;