Base-pair frequencies

predominant_types
Base-pair types shown in bold in the published table (most frequent).
covarying_types
Base-pair types marked * in the published table (involved in a covariation).
header_format
legacy = entry not yet revised to the v4 layout (no type / conformation).

63 rows where molecule = "16S" and tertiary_type = "3°: pseudoknot" sorted by position_1

✎ View and edit SQL

This data as json, CSV (advanced)

Suggested facets: helix_number, position_1, position_2, reference_base_pair, GC, CG, UA, AU, GU, UG, AA, AC, AG, CA, CC, CU, GA, GG, UC, UU, gap, predominant_types, covarying_types

group_code 7

strength 3

tertiary_type 1

  • 3°: pseudoknot · 63 ✖

molecule 1

  • 16S · 63 ✖

header_format 1

conformation 1

Link rowid molecule helix_number position_1 ▼ position_2 pair_note header_format reference_base_pair conformation ai_code tertiary_type header_extra strength group_code GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq predominant_types covarying_types
204 204 16S 2 17 918   v4 U:A cWW   3°: pseudoknot   Strong T   0.1 98.3 0.1   0.4 0.1     0.1     0.1   0.2 0.2 0.4 3912 UA CG,UA,AU
205 205 16S 2 17 918   v4 U:A cWW   3°: pseudoknot   Strong 3     98.5     0.5       0.1     0.1   0.2 0.2 0.3 3123 UA  
206 206 16S 2 17 918   v4 U:A cWW   3°: pseudoknot   Strong B     99.1     0.1             0.1     0.2 0.2 2163 UA  
207 207 16S 2 17 918   v4 U:A cWW   3°: pseudoknot   Strong A     98.6     1.4                       148 UA  
208 208 16S 2 17 918   v4 U:A cWW   3°: pseudoknot   Strong C     100.0                             117 UA  
209 209 16S 2 17 918   v4 U:A cWW   3°: pseudoknot   Strong E     96.8 0.1   1.4       0.4         0.7 0.1 0.5 812 UA UA,AU
210 210 16S 2 17 918   v4 U:A cWW   3°: pseudoknot   Strong M   0.4 97.3 0.4   0.1 0.3     0.1     0.1 0.1 0.3 0.3 0.3 672 UA CG,UA,AU
211 211 16S 2 18 917   v4 C:G cWW   3°: pseudoknot   Strong T 0.6 92.5 3.9     0.6     0.3 1.7   0.1 0.1       0.2 3930 CG,UA GC,CG,UA
212 212 16S 2 18 917   v4 C:G cWW   3°: pseudoknot   Strong 3   92.8 3.9     0.7     0.2 2.1   0.1         0.2 3137 CG,UA,CA CG,UA
213 213 16S 2 18 917   v4 C:G cWW   3°: pseudoknot   Strong B   95.2 3.0     0.7     0.2 0.5   0.1         0.1 2163 CG,UA CG,UA
214 214 16S 2 18 917   v4 C:G cWW   3°: pseudoknot   Strong A   99.3       0.7                       149 CG  
215 215 16S 2 18 917   v4 C:G cWW   3°: pseudoknot   Strong C   99.2             0.8                 118 CG  
216 216 16S 2 18 917   v4 C:G cWW   3°: pseudoknot   Strong E   85.5 7.2     0.6       6.5             0.2 825 CG,UA,CA CG,UA
217 217 16S 2 18 917   v4 C:G cWW   3°: pseudoknot   Strong M 3.4 90.1 4.7 0.1   0.1 0.1   0.6 0.1     0.1     0.1 0.3 675 GC,CG,UA GC,CG,UA,AU
218 218 16S 2 19 916   v4 A:U cWW   3°: pseudoknot   Strong T 0.1 86.3 1.4 8.0   0.2 0.1   1.3 0.4 0.1 1.8   0.1     0.4 3959 CG,AU GC,CG,UA,AU
219 219 16S 2 19 916   v4 A:U cWW   3°: pseudoknot   Strong 3   85.3 0.9 9.6   0.3     1.2 0.3 0.1 2.2   0.1     0.2 3166 CG,AU,CU CG,UA,AU
220 220 16S 2 19 916   v4 A:U cWW   3°: pseudoknot   Strong B   79.9 0.3 13.9   0.4     1.7 0.2 0.1 3.2   0.1     0.2 2190 CG,AU,CU CG,UA,AU
221 221 16S 2 19 916   v4 A:U cWW   3°: pseudoknot   Strong A   100.0                               150 CG  
222 222 16S 2 19 916   v4 A:U cWW   3°: pseudoknot   Strong C   91.5             8.5                 117 CG,AG  
223 223 16S 2 19 916   v4 A:U cWW   3°: pseudoknot   Strong E   97.0 2.4             0.5             0.1 826 CG,UA CG,UA
224 224 16S 2 19 916   v4 A:U cWW   3°: pseudoknot   Strong M 0.4 90.7 4.4 1.9   0.1 0.3   0.4 0.9   0.1   0.3     0.3 676 CG,UA GC,CG,UA,AU
1324 1324 16S 18.1 505 526   v4 G:C cWW   3°: pseudoknot   Strong T 98.6 0.2 0.2 0.1 0.4               0.1 0.1 0.1   0.1 6520 GC GC,CG,UA,AU
1325 1325 16S 18.1 505 526   v4 G:C cWW   3°: pseudoknot   Strong 3 98.8 0.2 0.1   0.4           0.1     0.1 0.1   0.1 5536 GC GC,CG,UA
1326 1326 16S 18.1 505 526   v4 G:C cWW   3°: pseudoknot   Strong B 98.5 0.2 0.1   0.5           0.1     0.1 0.2   0.1 4329 GC GC,CG,UA
1327 1327 16S 18.1 505 526   v4 G:C cWW   3°: pseudoknot   Strong A 99.5                         0.5       205 GC  
1328 1328 16S 18.1 505 526   v4 G:C cWW   3°: pseudoknot   Strong C 99.4   0.6                             161 GC GC,UA
1329 1329 16S 18.1 505 526   v4 G:C cWW   3°: pseudoknot   Strong E 99.7       0.2                       0.1 1002 GC  
1330 1330 16S 18.1 505 526   v4 G:C cWW   3°: pseudoknot   Strong M 97.0 0.1 0.5 0.6 1.3               0.4       0.1 831 GC GC,CG,UA,AU
1331 1331 16S 18.1 506 525   v4 G:C cWW   3°: pseudoknot   Strong T 97.6   0.1 1.1       0.5     0.1       0.1   0.2 6563 GC GC,UA,AU
1332 1332 16S 18.1 506 525   v4 G:C cWW   3°: pseudoknot   Strong 3 98.7     0.3       0.5     0.1     0.1 0.1   0.2 5579 GC GC,AU
1333 1333 16S 18.1 506 525   v4 G:C cWW   3°: pseudoknot   Strong B 99.0     0.3       0.1     0.1           0.3 4377 GC GC,AU
1334 1334 16S 18.1 506 525   v4 G:C cWW   3°: pseudoknot   Strong A 100.0                                 204 GC  
1335 1335 16S 18.1 506 525   v4 G:C cWW   3°: pseudoknot   Strong C 98.1   1.2   0.6                         160 GC GC,UA
1336 1336 16S 18.1 506 525   v4 G:C cWW   3°: pseudoknot   Strong E 96.9             2.6           0.1 0.2   0.2 998 GC,AC  
1337 1337 16S 18.1 506 525   v4 G:C cWW   3°: pseudoknot   Strong M 89.3 0.2 0.8 8.1 0.1   0.1 0.2             0.7 0.4   832 GC,AU GC,CG,UA,AU
1338 1338 16S 18.1 507 524   v4 C:G cWW   3°: pseudoknot   Strong T   89.5 8.7     0.5     0.2 0.1 0.5 0.1         0.1 6527 CG,UA CG,UA
1339 1339 16S 18.1 507 524   v4 C:G cWW   3°: pseudoknot   Strong 3   98.4       0.3   0.1 0.3 0.1 0.6 0.1         0.2 5544 CG CG,AC
1340 1340 16S 18.1 507 524   v4 C:G cWW   3°: pseudoknot   Strong B   99.1       0.2       0.2 0.2 0.1         0.1 4344 CG  
1341 1341 16S 18.1 507 524   v4 C:G cWW   3°: pseudoknot   Strong A   93.5       4.5     2.0                 201 CG,UG,AG  
1342 1342 16S 18.1 507 524   v4 C:G cWW   3°: pseudoknot   Strong C   100.0                               160 CG  
1343 1343 16S 18.1 507 524   v4 C:G cWW   3°: pseudoknot   Strong E   96.2           0.3 0.8   2.3 0.2         0.2 999 CG,CC CG,AC
1344 1344 16S 18.1 507 524   v4 C:G cWW   3°: pseudoknot   Strong M   28.8 68.2 0.4   2.2       0.1     0.1     0.2   831 CG,UA,UG CG,UA,AU
1380 1380 16S 18 521 528   v4 G:C cWW   3°: pseudoknot   No Support T 99.5       0.1     0.1           0.1     0.2 6570 GC  
1381 1381 16S 18 521 528   v4 G:C cWW   3°: pseudoknot   No Support 3 99.5       0.1     0.1           0.1     0.1 5577 GC  
1382 1382 16S 18 521 528   v4 G:C cWW   3°: pseudoknot   No Support B 99.4       0.1     0.1           0.1     0.2 4373 GC  
1383 1383 16S 18 521 528   v4 G:C cWW   3°: pseudoknot   No Support A 99.5                         0.5       203 GC  
1384 1384 16S 18 521 528   v4 G:C cWW   3°: pseudoknot   No Support C 99.4                   0.6             170 GC  
1385 1385 16S 18 521 528   v4 G:C cWW   3°: pseudoknot   No Support E 99.8             0.1                 0.1 1001 GC  
1386 1386 16S 18 521 528   v4 G:C cWW   3°: pseudoknot   No Support M 99.6       0.1                 0.1     0.1 831 GC  
1387 1387 16S 18 522 527   v4 C:G cWW   3°: pseudoknot   Strong T   99.3   0.4             0.1           0.1 6444 CG CG,AU
1388 1388 16S 18 522 527   v4 C:G cWW   3°: pseudoknot   Strong 3   99.3   0.3           0.1 0.1 0.1         0.1 5452 CG CG,AU
1389 1389 16S 18 522 527   v4 C:G cWW   3°: pseudoknot   Strong B   99.2   0.4           0.1 0.1 0.1         0.1 4252 CG CG,AU
1390 1390 16S 18 522 527   v4 C:G cWW   3°: pseudoknot   Strong A   99.5       0.5                       200 CG  
1391 1391 16S 18 522 527   v4 C:G cWW   3°: pseudoknot   Strong C   99.4                     0.6         168 CG CG,GA
1392 1392 16S 18 522 527   v4 C:G cWW   3°: pseudoknot   Strong E   99.8                       0.1     0.1 1000 CG  
1393 1393 16S 18 522 527   v4 C:G cWW   3°: pseudoknot   Strong M   99.0   0.8             0.1             832 CG CG,AU
1422 1422 16S 19.1 571 865   v4 U:A cWW   3°: pseudoknot   Weak T   0.3 98.8 0.1 0.1 0.2 0.1                   0.1 6825 UA CG,UA,GU
1423 1423 16S 19.1 571 865   v4 U:A cWW   3°: pseudoknot   Weak 3     99.7     0.1                       5788 UA  
1424 1424 16S 19.1 571 865   v4 U:A cWW   3°: pseudoknot   Weak B     99.7                             4553 UA  
1425 1425 16S 19.1 571 865   v4 U:A cWW   3°: pseudoknot   Weak A     100.0                             220 UA  
1426 1426 16S 19.1 571 865   v4 U:A cWW   3°: pseudoknot   Weak C     98.8                         0.6 0.6 162 UA  
1427 1427 16S 19.1 571 865   v4 U:A cWW   3°: pseudoknot   Weak E     99.6     0.3       0.1               1015 UA  
1428 1428 16S 19.1 571 865   v4 U:A cWW   3°: pseudoknot   Weak M   2.3 93.0 0.7 0.6 0.8 0.7     0.1   0.1 0.1   0.1 0.2 1.3 881 CG,UA CG,UA,AU

Advanced export

JSON shape: default, array, newline-delimited

CSV options: 

CREATE TABLE "basepair_frequency" (
   "molecule" TEXT,
   "helix_number" TEXT,
   "position_1" INTEGER,
   "position_2" INTEGER,
   "pair_note" TEXT,
   "header_format" TEXT,
   "reference_base_pair" TEXT,
   "conformation" TEXT,
   "ai_code" TEXT,
   "tertiary_type" TEXT,
   "header_extra" TEXT,
   "strength" TEXT,
   "group_code" TEXT,
   "GC" REAL,
   "CG" REAL,
   "UA" REAL,
   "AU" REAL,
   "GU" REAL,
   "UG" REAL,
   "AA" REAL,
   "AC" REAL,
   "AG" REAL,
   "CA" REAL,
   "CC" REAL,
   "CU" REAL,
   "GA" REAL,
   "GG" REAL,
   "UC" REAL,
   "UU" REAL,
   "gap" REAL,
   "Seq" INTEGER,
   "predominant_types" TEXT,
   "covarying_types" TEXT
);
CREATE INDEX "idx_basepair_frequency_molecule_position_1_position_2"
    ON "basepair_frequency" ("molecule", "position_1", "position_2");