Base-pair frequencies

predominant_types
Base-pair types shown in bold in the published table (most frequent).
covarying_types
Base-pair types marked * in the published table (involved in a covariation).
header_format
legacy = entry not yet revised to the v4 layout (no type / conformation).

2,975 rows where molecule = "16S" and strength = "Strong" sorted by position_1

✎ View and edit SQL

This data as json, CSV (advanced)

Suggested facets: reference_base_pair

group_code 7

  • 3 425
  • A 425
  • B 425
  • C 425
  • E 425
  • M 425
  • T 425

conformation 6

tertiary_type 2

strength 1

  • Strong · 2,975 ✖

molecule 1

  • 16S · 2,975 ✖

header_format 1

  • v4 2,975
Link rowid molecule helix_number position_1 ▼ position_2 pair_note header_format reference_base_pair conformation ai_code tertiary_type header_extra strength group_code GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq predominant_types covarying_types
169 169 16S 1 9 25   v4 G:C cWW       Strong T 56.7 24.9 0.2 15.1 0.9 0.1 0.1 1.1 0.1   0.2     0.1 0.1   0.5 3661 GC,CG,AU GC,CG,UA,AU
170 170 16S 1 9 25   v4 G:C cWW       Strong 3 65.7 31.5     0.8 0.1   0.8           0.1 0.2   0.6 2878 GC,CG GC,CG
171 171 16S 1 9 25   v4 G:C cWW       Strong B 97.2       1.2 0.1   1.2           0.1 0.3   0.1 1946 GC GC,UG
172 172 16S 1 9 25   v4 G:C cWW       Strong A   99.3       0.7                       148 CG  
173 173 16S 1 9 25   v4 G:C cWW       Strong C 97.6             1.6     0.8             123 GC  
174 174 16S 1 9 25   v4 G:C cWW       Strong E   97.1 0.1     0.3     0.1 0.1 0.1     0.1     2.0 784 CG CG,UA
175 175 16S 1 9 25   v4 G:C cWW       Strong M 9.5 0.5 1.1 83.8 1.4   0.3 2.3 0.3   0.6           0.3 662 GC,AU,AC GC,CG,UA,AU
176 176 16S 1 10 24   v4 A:U cWW       Strong T 14.6 3.2 20.7 58.4 1.9     0.2 0.1 0.1   0.4       0.2 0.3 3741 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
177 177 16S 1 10 24   v4 A:U cWW       Strong 3   3.9 26.1 66.9 1.9       0.1 0.1   0.5       0.1 0.3 2956 CG,UA,AU CG,UA,AU
178 178 16S 1 10 24   v4 A:U cWW       Strong B       96.2 2.8       0.1     0.6       0.1   2016 AU,GU  
179 179 16S 1 10 24   v4 A:U cWW       Strong A   73.5 25.9     0.7                       147 CG,UA CG,UA
180 180 16S 1 10 24   v4 A:U cWW       Strong C       100.0                           124 AU  
181 181 16S 1 10 24   v4 A:U cWW       Strong E   0.8 92.6 5.0           0.4   0.1 0.1       1.0 793 UA,AU CG,UA,AU
182 182 16S 1 10 24   v4 A:U cWW       Strong M 82.5 0.8 0.2 12.5 2.1     0.9     0.2       0.2 0.5 0.3 663 GC,AU,GU GC,CG,UA,AU
183 183 16S 1 11 23   v4 G:C cWW       Strong T 93.8 0.1 0.4 1.1 0.1     4.0     0.1       0.1   0.3 3799 GC,AC GC,CG,UA,AU
184 184 16S 1 11 23   v4 G:C cWW       Strong 3 99.1     0.1       0.3             0.1   0.3 3010 GC GC,AU
185 185 16S 1 11 23   v4 G:C cWW       Strong B 99.1     0.2       0.4                 0.1 2053 GC GC,AU
186 186 16S 1 11 23   v4 G:C cWW       Strong A 100.0                                 151 GC  
187 187 16S 1 11 23   v4 G:C cWW       Strong C 99.2             0.8                   125 GC  
188 188 16S 1 11 23   v4 G:C cWW       Strong E 99.0                   0.1       0.1   0.7 806 GC  
189 189 16S 1 11 23   v4 G:C cWW       Strong M 68.9 0.5 2.1 5.4 0.5   0.2 21.3     0.2   0.2   0.5 0.2 0.3 666 GC,UA,AU,AC GC,CG,UA,AU
190 190 16S 1 12 22   v4 U:G cWW       Strong T 23.1 0.6 0.9 0.2   68.2 0.2 1.0 0.1 4.9 0.1     0.2 0.1 0.2 0.4 3888 GC,UG,CA GC,AU,UG,CA
191 191 16S 1 12 22   v4 U:G cWW       Strong 3 29.1 0.3 0.1 0.2   68.3   1.3 0.1   0.1     0.2 0.1 0.1 0.3 3095 GC,UG GC,AU,UG
192 192 16S 1 12 22   v4 U:G cWW       Strong B   0.4       98.6     0.1         0.2 0.1 0.1 0.2 2131 UG  
193 193 16S 1 12 22   v4 U:G cWW       Strong A 90.6   0.7     8.1               0.7       149 GC,UG GC,UG
194 194 16S 1 12 22   v4 U:G cWW       Strong C           99.2               0.8       126 UG  
195 195 16S 1 12 22   v4 U:G cWW       Strong E 93.9     0.6 0.1     4.8     0.1           0.4 815 GC,AC GC,AU
196 196 16S 1 12 22   v4 U:G cWW       Strong M   1.9 5.1     62.0 1.0   0.3 28.4   0.1   0.1   0.6 0.3 669 UA,UG,CA UG,CA
204 204 16S 2 17 918   v4 U:A cWW   3°: pseudoknot   Strong T   0.1 98.3 0.1   0.4 0.1     0.1     0.1   0.2 0.2 0.4 3912 UA CG,UA,AU
205 205 16S 2 17 918   v4 U:A cWW   3°: pseudoknot   Strong 3     98.5     0.5       0.1     0.1   0.2 0.2 0.3 3123 UA  
206 206 16S 2 17 918   v4 U:A cWW   3°: pseudoknot   Strong B     99.1     0.1             0.1     0.2 0.2 2163 UA  
207 207 16S 2 17 918   v4 U:A cWW   3°: pseudoknot   Strong A     98.6     1.4                       148 UA  
208 208 16S 2 17 918   v4 U:A cWW   3°: pseudoknot   Strong C     100.0                             117 UA  
209 209 16S 2 17 918   v4 U:A cWW   3°: pseudoknot   Strong E     96.8 0.1   1.4       0.4         0.7 0.1 0.5 812 UA UA,AU
210 210 16S 2 17 918   v4 U:A cWW   3°: pseudoknot   Strong M   0.4 97.3 0.4   0.1 0.3     0.1     0.1 0.1 0.3 0.3 0.3 672 UA CG,UA,AU
211 211 16S 2 18 917   v4 C:G cWW   3°: pseudoknot   Strong T 0.6 92.5 3.9     0.6     0.3 1.7   0.1 0.1       0.2 3930 CG,UA GC,CG,UA
212 212 16S 2 18 917   v4 C:G cWW   3°: pseudoknot   Strong 3   92.8 3.9     0.7     0.2 2.1   0.1         0.2 3137 CG,UA,CA CG,UA
213 213 16S 2 18 917   v4 C:G cWW   3°: pseudoknot   Strong B   95.2 3.0     0.7     0.2 0.5   0.1         0.1 2163 CG,UA CG,UA
214 214 16S 2 18 917   v4 C:G cWW   3°: pseudoknot   Strong A   99.3       0.7                       149 CG  
215 215 16S 2 18 917   v4 C:G cWW   3°: pseudoknot   Strong C   99.2             0.8                 118 CG  
216 216 16S 2 18 917   v4 C:G cWW   3°: pseudoknot   Strong E   85.5 7.2     0.6       6.5             0.2 825 CG,UA,CA CG,UA
217 217 16S 2 18 917   v4 C:G cWW   3°: pseudoknot   Strong M 3.4 90.1 4.7 0.1   0.1 0.1   0.6 0.1     0.1     0.1 0.3 675 GC,CG,UA GC,CG,UA,AU
218 218 16S 2 19 916   v4 A:U cWW   3°: pseudoknot   Strong T 0.1 86.3 1.4 8.0   0.2 0.1   1.3 0.4 0.1 1.8   0.1     0.4 3959 CG,AU GC,CG,UA,AU
219 219 16S 2 19 916   v4 A:U cWW   3°: pseudoknot   Strong 3   85.3 0.9 9.6   0.3     1.2 0.3 0.1 2.2   0.1     0.2 3166 CG,AU,CU CG,UA,AU
220 220 16S 2 19 916   v4 A:U cWW   3°: pseudoknot   Strong B   79.9 0.3 13.9   0.4     1.7 0.2 0.1 3.2   0.1     0.2 2190 CG,AU,CU CG,UA,AU
221 221 16S 2 19 916   v4 A:U cWW   3°: pseudoknot   Strong A   100.0                               150 CG  
222 222 16S 2 19 916   v4 A:U cWW   3°: pseudoknot   Strong C   91.5             8.5                 117 CG,AG  
223 223 16S 2 19 916   v4 A:U cWW   3°: pseudoknot   Strong E   97.0 2.4             0.5             0.1 826 CG,UA CG,UA
224 224 16S 2 19 916   v4 A:U cWW   3°: pseudoknot   Strong M 0.4 90.7 4.4 1.9   0.1 0.3   0.4 0.9   0.1   0.3     0.3 676 CG,UA GC,CG,UA,AU
225 225 16S 3 27 556   v4 G:C cWW       Strong T 71.0 3.4 2.3 18.6 0.3 0.1 2.0 0.8 0.2   0.2 0.1     0.1 0.5 0.4 4476 GC,CG,UA,AU,AA GC,CG,UA,AU
226 226 16S 3 27 556   v4 G:C cWW       Strong 3 78.8 2.4 0.1 17.2 0.1   0.1 0.3     0.1       0.1 0.4 0.2 3638 GC,CG,AU GC,CG,UA,AU
227 227 16S 3 27 556   v4 G:C cWW       Strong B 99.3             0.2     0.1       0.1   0.2 2600 GC  
228 228 16S 3 27 556   v4 G:C cWW       Strong A 63.9 29.7   1.3       3.2     1.3           0.6 155 GC,CG,AC GC,CG,AU
229 229 16S 3 27 556   v4 G:C cWW       Strong C 97.7     1.5 0.8                         132 GC GC,AU
230 230 16S 3 27 556   v4 G:C cWW       Strong E 21.0 4.9 0.2 70.8 0.5   0.6 0.1       0.1       1.8 0.1 883 GC,CG,AU GC,CG,UA,AU
231 231 16S 3 27 556   v4 G:C cWW       Strong M 26.1 9.0 14.5 29.0 0.8 0.4 12.1 3.2 1.3 0.1 0.3 0.3 0.1 0.1 0.1 0.8 1.4 708 GC,CG,UA,AU,AA,AC GC,CG,UA,AU
232 232 16S 3 28 555   v4 A:U cWW       Strong T 40.4 7.5 2.1 32.1 14.2 0.5 0.1 1.2   0.4 0.1 0.5     0.1 0.4 0.2 4977 GC,CG,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU
233 233 16S 3 28 555   v4 A:U cWW       Strong 3 45.4 1.4   35.5 16.8     0.1     0.1 0.2       0.1 0.2 4137 GC,AU,GU GC,CG,AU
234 234 16S 3 28 555   v4 A:U cWW       Strong B 51.4 0.2   46.9 1.0     0.1     0.1           0.1 3080 GC,AU GC,CG,AU
235 235 16S 3 28 555   v4 A:U cWW       Strong A 56.5 28.0   1.2 11.3           1.2           1.8 168 GC,CG,GU GC,CG,AU
236 236 16S 3 28 555   v4 A:U cWW       Strong C 94.0     3.8 1.5     0.8                   133 GC,AU GC,AU
237 237 16S 3 28 555   v4 A:U cWW       Strong E 22.4 0.4 0.1 2.5 72.6 0.1   0.1       0.9 0.1     0.6 0.2 889 GC,AU,GU CG,UA,GU,AC
238 238 16S 3 28 555   v4 A:U cWW       Strong M 1.6 44.3 14.5 17.5 1.0 3.5 0.8 7.9   3.1 0.1 2.1 0.1   0.4 2.7 0.3 709 CG,UA,AU,UG,AC,CA,CU,UU GC,CG,UA,AU
239 239 16S 3 29 554   v4 U:A cWW       Strong T 7.5 2.4 36.6 46.9 0.5 1.1 0.2 1.1   0.4 0.4 0.7 0.1 0.1 0.2 0.6 1.1 5079 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
240 240 16S 3 29 554   v4 U:A cWW       Strong 3 7.7 2.4 36.3 51.0 0.2 0.5   0.1       0.1   0.1   0.3 1.2 4239 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
241 241 16S 3 29 554   v4 U:A cWW       Strong B 10.0   21.2 67.7 0.3     0.1       0.2 0.1     0.3   3182 GC,UA,AU GC,UA,AU
242 242 16S 3 29 554   v4 U:A cWW       Strong A 1.1 56.5 26.0 1.7   10.2               2.8     1.7 177 CG,UA,UG,GG GC,CG,UA,AU
243 243 16S 3 29 554   v4 U:A cWW       Strong C 1.5     93.3 3.7                     1.5   134 AU,GU GC,AU
244 244 16S 3 29 554   v4 U:A cWW       Strong E 0.5   92.7 0.2 0.2 0.6       0.1 0.1         0.2 5.3 880 UA GC,UA,AU
245 245 16S 3 29 554   v4 U:A cWW       Strong M 7.8 3.4 45.9 13.6 1.4 4.9 1.0 7.8 0.1 2.3 2.8 4.2 0.3   1.4 2.7 0.4 708 GC,CG,UA,AU,UG,AC,CA,CC,CU,UU GC,CG,UA,AU
246 246 16S 3 30 553   v4 U:A cWW       Strong T 7.3 33.6 34.0 22.1 0.6 1.2 0.2 0.2   0.2   0.1 0.2 0.1   0.1 0.2 5157 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
247 247 16S 3 30 553   v4 U:A cWW       Strong 3 1.4 40.1 35.8 20.0 0.3 1.4 0.2     0.2   0.1 0.1       0.1 4314 CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
248 248 16S 3 30 553   v4 U:A cWW       Strong B 0.1 50.4 47.0     1.6 0.1   0.1 0.3   0.1 0.1     0.1   3238 CG,UA GC,CG,UA
249 249 16S 3 30 553   v4 U:A cWW       Strong A 28.1 50.6 14.0 1.1   5.6             0.6         178 GC,CG,UA,UG GC,CG,UA,AU
250 250 16S 3 30 553   v4 U:A cWW       Strong C   2.2 92.5 1.5   0.7             3.0         134 CG,UA,GA CG,UA,AU
251 251 16S 3 30 553   v4 U:A cWW       Strong E 0.7 0.7   95.8 1.7   0.4 0.1           0.1     0.6 898 AU GC,CG,AU
252 252 16S 3 30 553   v4 U:A cWW       Strong M 44.6 0.3 11.5 39.2 2.1 0.1 0.1 1.0   0.3   0.1   0.1   0.1 0.3 711 GC,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU
253 253 16S 3 32 552   v4 A:U cWW       Strong T 0.5 0.2 27.4 70.3 0.2   0.1   0.1 0.1   0.1   0.5   0.2 0.4 5253 UA,AU GC,CG,UA,AU
254 254 16S 3 32 552   v4 A:U cWW       Strong 3 0.6   19.1 78.7 0.3   0.1         0.1   0.5   0.2 0.3 4408 UA,AU GC,UA,AU
255 255 16S 3 32 552   v4 A:U cWW       Strong B     0.2 98.8 0.4   0.1 0.1       0.1       0.2 0.1 3333 AU UA,AU
256 256 16S 3 32 552   v4 A:U cWW       Strong A 1.1     98.3               0.6           178 AU GC,AU
257 257 16S 3 32 552   v4 A:U cWW       Strong C       100.0                           135 AU  
258 258 16S 3 32 552   v4 A:U cWW       Strong E 2.6 0.1 93.1       0.1     0.1   0.1   2.7 0.1 0.1 1.0 897 GC,UA,GG UA,CU,GG
259 259 16S 3 32 552   v4 A:U cWW       Strong M   1.1 84.3 12.5 0.1   0.3   0.3 0.3     0.1   0.1 0.4 0.4 712 UA,AU CG,UA,AU
260 260 16S 3 33 551   v4 A:U cWW       Strong T 0.1 5.5 9.3 84.1 0.4                     0.1 0.5 5282 CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
261 261 16S 3 33 551   v4 A:U cWW       Strong 3   3.0 1.1 95.2 0.2                       0.2 4439 CG,AU CG,UA,AU
262 262 16S 3 33 551   v4 A:U cWW       Strong B       99.6 0.2                         3361 AU  
263 263 16S 3 33 551   v4 A:U cWW       Strong A   71.6 27.3             0.5             0.5 183 CG,UA CG,UA
264 264 16S 3 33 551   v4 A:U cWW       Strong C     1.5 97.8               0.7           135 AU UA,AU
265 265 16S 3 33 551   v4 A:U cWW       Strong E 0.2     98.3 0.1     0.1 0.1               1.1 895 AU GC,AU
266 266 16S 3 33 551   v4 A:U cWW       Strong M 0.4 22.2 62.2 11.5 1.4   0.3     0.1     0.1     0.3 1.3 712 CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
267 267 16S 3 34 550   v4 C:G cWW       Strong T 0.9 69.8 0.9 9.4 0.4 17.0   0.3 0.2   0.1 0.1   0.3   0.1 0.3 5366 CG,AU,UG GC,CG,UA,AU
268 268 16S 3 34 550   v4 C:G cWW       Strong 3   78.2 0.6     20.0     0.2   0.1 0.1   0.4     0.3 4520 CG,UG CG,UA
269 269 16S 3 34 550   v4 C:G cWW       Strong B   98.6 0.3     0.1     0.3   0.1 0.1   0.3     0.2 3444 CG CG,UA
270 270 16S 3 34 550   v4 C:G cWW       Strong A   29.0       71.0                       183 CG,UG  
271 271 16S 3 34 550   v4 C:G cWW       Strong C   98.5       0.7       0.7               136 CG  
272 272 16S 3 34 550   v4 C:G cWW       Strong E   9.6 1.8 0.2 0.1 86.5           0.2   0.7     0.9 893 CG,UG UG,CU
273 273 16S 3 34 550   v4 C:G cWW       Strong M 6.7 11.3 2.9 71.0 3.2 0.6 0.3 2.4       0.1 0.1     0.7 0.6 714 GC,CG,UA,AU,GU,AC GC,CG,UA,AU
281 281 16S 3 36 548   v4 C:G cWW       Strong T   88.7 9.2     0.7 0.1   0.1 0.3 0.1 0.1   0.2     0.4 5516 CG,UA CG,UA
282 282 16S 3 36 548   v4 C:G cWW       Strong 3   96.8 1.8     0.2     0.1 0.2 0.2 0.1   0.2     0.4 4632 CG CG,UA

Next page

Advanced export

JSON shape: default, array, newline-delimited

CSV options: 

CREATE TABLE "basepair_frequency" (
   "molecule" TEXT,
   "helix_number" TEXT,
   "position_1" INTEGER,
   "position_2" INTEGER,
   "pair_note" TEXT,
   "header_format" TEXT,
   "reference_base_pair" TEXT,
   "conformation" TEXT,
   "ai_code" TEXT,
   "tertiary_type" TEXT,
   "header_extra" TEXT,
   "strength" TEXT,
   "group_code" TEXT,
   "GC" REAL,
   "CG" REAL,
   "UA" REAL,
   "AU" REAL,
   "GU" REAL,
   "UG" REAL,
   "AA" REAL,
   "AC" REAL,
   "AG" REAL,
   "CA" REAL,
   "CC" REAL,
   "CU" REAL,
   "GA" REAL,
   "GG" REAL,
   "UC" REAL,
   "UU" REAL,
   "gap" REAL,
   "Seq" INTEGER,
   "predominant_types" TEXT,
   "covarying_types" TEXT
);
CREATE INDEX "idx_basepair_frequency_molecule_position_1_position_2"
    ON "basepair_frequency" ("molecule", "position_1", "position_2");