Base-pair frequencies

predominant_types
Base-pair types shown in bold in the published table (most frequent).
covarying_types
Base-pair types marked * in the published table (involved in a covariation).
header_format
legacy = entry not yet revised to the v4 layout (no type / conformation).

252 rows where header_format = "v4" and tertiary_type = "3°: pseudoknot" sorted by position_1

✎ View and edit SQL

This data as json, CSV (advanced)

Suggested facets: helix_number, reference_base_pair, AA, AC, AG, CA, CC, CU, GG, UC

group_code 7

  • 3 36
  • A 36
  • B 36
  • C 36
  • E 36
  • M 36
  • T 36

strength 5

conformation 4

molecule 2

tertiary_type 1

  • 3°: pseudoknot · 252 ✖

header_format 1

  • v4 · 252 ✖
Link rowid molecule helix_number position_1 ▼ position_2 pair_note header_format reference_base_pair conformation ai_code tertiary_type header_extra strength group_code GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq predominant_types covarying_types
204 204 16S 2 17 918   v4 U:A cWW   3°: pseudoknot   Strong T   0.1 98.3 0.1   0.4 0.1     0.1     0.1   0.2 0.2 0.4 3912 UA CG,UA,AU
205 205 16S 2 17 918   v4 U:A cWW   3°: pseudoknot   Strong 3     98.5     0.5       0.1     0.1   0.2 0.2 0.3 3123 UA  
206 206 16S 2 17 918   v4 U:A cWW   3°: pseudoknot   Strong B     99.1     0.1             0.1     0.2 0.2 2163 UA  
207 207 16S 2 17 918   v4 U:A cWW   3°: pseudoknot   Strong A     98.6     1.4                       148 UA  
208 208 16S 2 17 918   v4 U:A cWW   3°: pseudoknot   Strong C     100.0                             117 UA  
209 209 16S 2 17 918   v4 U:A cWW   3°: pseudoknot   Strong E     96.8 0.1   1.4       0.4         0.7 0.1 0.5 812 UA UA,AU
210 210 16S 2 17 918   v4 U:A cWW   3°: pseudoknot   Strong M   0.4 97.3 0.4   0.1 0.3     0.1     0.1 0.1 0.3 0.3 0.3 672 UA CG,UA,AU
211 211 16S 2 18 917   v4 C:G cWW   3°: pseudoknot   Strong T 0.6 92.5 3.9     0.6     0.3 1.7   0.1 0.1       0.2 3930 CG,UA GC,CG,UA
212 212 16S 2 18 917   v4 C:G cWW   3°: pseudoknot   Strong 3   92.8 3.9     0.7     0.2 2.1   0.1         0.2 3137 CG,UA,CA CG,UA
213 213 16S 2 18 917   v4 C:G cWW   3°: pseudoknot   Strong B   95.2 3.0     0.7     0.2 0.5   0.1         0.1 2163 CG,UA CG,UA
214 214 16S 2 18 917   v4 C:G cWW   3°: pseudoknot   Strong A   99.3       0.7                       149 CG  
215 215 16S 2 18 917   v4 C:G cWW   3°: pseudoknot   Strong C   99.2             0.8                 118 CG  
216 216 16S 2 18 917   v4 C:G cWW   3°: pseudoknot   Strong E   85.5 7.2     0.6       6.5             0.2 825 CG,UA,CA CG,UA
217 217 16S 2 18 917   v4 C:G cWW   3°: pseudoknot   Strong M 3.4 90.1 4.7 0.1   0.1 0.1   0.6 0.1     0.1     0.1 0.3 675 GC,CG,UA GC,CG,UA,AU
218 218 16S 2 19 916   v4 A:U cWW   3°: pseudoknot   Strong T 0.1 86.3 1.4 8.0   0.2 0.1   1.3 0.4 0.1 1.8   0.1     0.4 3959 CG,AU GC,CG,UA,AU
219 219 16S 2 19 916   v4 A:U cWW   3°: pseudoknot   Strong 3   85.3 0.9 9.6   0.3     1.2 0.3 0.1 2.2   0.1     0.2 3166 CG,AU,CU CG,UA,AU
220 220 16S 2 19 916   v4 A:U cWW   3°: pseudoknot   Strong B   79.9 0.3 13.9   0.4     1.7 0.2 0.1 3.2   0.1     0.2 2190 CG,AU,CU CG,UA,AU
221 221 16S 2 19 916   v4 A:U cWW   3°: pseudoknot   Strong A   100.0                               150 CG  
222 222 16S 2 19 916   v4 A:U cWW   3°: pseudoknot   Strong C   91.5             8.5                 117 CG,AG  
223 223 16S 2 19 916   v4 A:U cWW   3°: pseudoknot   Strong E   97.0 2.4             0.5             0.1 826 CG,UA CG,UA
224 224 16S 2 19 916   v4 A:U cWW   3°: pseudoknot   Strong M 0.4 90.7 4.4 1.9   0.1 0.3   0.4 0.9   0.1   0.3     0.3 676 CG,UA GC,CG,UA,AU
3802 3802 23S 6.1 61 93   v4 C:G cWW   3°: pseudoknot   Strong T 23.0 8.3 5.0 9.9 2.0 0.3 0.4 3.1 0.3   0.1   0.7 0.4 0.4 0.8 45.0 734 GC,CG,UA,AU,GU,AC GC,CG,UA,AU
3803 3803 23S 6.1 61 93   v4 C:G cWW   3°: pseudoknot   Strong 3 26.0 14.3 8.8 15.7   0.5   5.7         0.2 0.2     28.5 407 GC,CG,UA,AU,AC GC,CG,UA,AU
3804 3804 23S 6.1 61 93   v4 C:G cWW   3°: pseudoknot   Strong B 32.7 18.5 14.2 25.2   0.4   9.1                   254 GC,CG,UA,AU,AC GC,CG,UA,AU
3805 3805 23S 6.1 61 93   v4 C:G cWW   3°: pseudoknot   Strong A 63.9 30.6                     2.8 2.8       36 GC,CG,GA,GG GC,CG
3806 3806 23S 6.1 61 93   v4 C:G cWW   3°: pseudoknot   Strong C 67.0 3.2   7.4 16.0               2.1   2.1   2.2 94 GC,CG,AU,GU,GA,UC GC,CG,AU
3807 3807 23S 6.1 61 93   v4 C:G cWW   3°: pseudoknot   Strong E           0.9                     99.1 117    
3808 3808 23S 6.1 61 93   v4 C:G cWW   3°: pseudoknot   Strong M     0.4 0.9     1.3   0.9   0.4   0.9 0.9 0.4 2.6 91.5 233 UU AA,CC,GG,UU
3809 3809 23S 6.1 62 92   v4   cWW   3°: pseudoknot   Strong T 3.1 15.2 13.3 1.5 0.3 0.7 10.4   1.2 0.9 0.4 0.3 0.7 0.4   7.9 43.8 738 GC,CG,UA,AA,UU GC,CG,UA,AU
3810 3810 23S 6.1 62 92   v4   cWW   3°: pseudoknot   Strong 3 5.6 25.1 19.8 1.0 0.2 0.5 4.1   1.2 0.2 0.2   1.0 0.2   12.2 28.5 410 GC,CG,UA,AA,UU GC,CG,UA,AU
3811 3811 23S 6.1 62 92   v4   cWW   3°: pseudoknot   Strong B 8.9 26.8 31.1 1.6 0.4 0.8 6.6   1.9 0.4     1.6     19.5 0.4 257 GC,CG,UA,AA,UU GC,CG,UA,AU
3812 3812 23S 6.1 62 92   v4   cWW   3°: pseudoknot   Strong A   94.4 2.8               2.8             36 CG,UA,CC CG,UA
3813 3813 23S 6.1 62 92   v4   cWW   3°: pseudoknot   Strong C   8.4 15.8 2.1     57.9   4.2 6.3       1.1   3.2 1.1 95 CG,UA,AU,AA,AG,CA,UU CG,AA,UU
3814 3814 23S 6.1 62 92   v4   cWW   3°: pseudoknot   Strong E                           0.9     99.1 117    
3815 3815 23S 6.1 62 92   v4   cWW   3°: pseudoknot   Strong M   0.4 0.9 2.1 0.4 1.3 2.1       0.9 0.9 0.4 0.4   2.1 88.0 233 AU,AA,UU AU,UG,CC,GA
3816 3816 23S 6.1 64 90   v4 A:U cWW   3°: pseudoknot   Significant T 7.8 3.0 0.5 13.6 0.1 0.1 23.2 4.6 0.7   0.3 0.3 0.4 0.3   0.5 44.5 740 GC,CG,AU,AA,AC GC,CG,AA,UU
3817 3817 23S 6.1 64 90   v4 A:U cWW   3°: pseudoknot   Significant 3 14.1 5.1 0.7 22.1   0.2 29.0             0.2     28.4 411 GC,CG,AU,AA GC,CG,AA
3818 3818 23S 6.1 64 90   v4 A:U cWW   3°: pseudoknot   Significant B 22.6 8.2 0.8 35.4   0.4 32.3             0.4       257 GC,CG,AU,AA GC,CG,UA,AU
3819 3819 23S 6.1 64 90   v4 A:U cWW   3°: pseudoknot   Significant A             100.0                     36 AA  
3820 3820 23S 6.1 64 90   v4 A:U cWW   3°: pseudoknot   Significant C       5.2     54.2 34.4 1.0         1.0   1.0 3.1 96 AU,AA,AC AA,GG,UU
3821 3821 23S 6.1 64 90   v4 A:U cWW   3°: pseudoknot   Significant E     0.8                           99.1 118    
3822 3822 23S 6.1 64 90   v4 A:U cWW   3°: pseudoknot   Significant M   0.4 0.4 2.1 0.4   0.4 0.4 1.7   0.9 0.9 1.3     1.3 89.7 233 AU AU,CC,GA
3823 3823 23S 6.1 65 89   v4 U:A cWW   3°: pseudoknot   Strong T 10.4 24.5 4.9 9.1 2.8   0.1 0.1 0.4 0.1     1.9 0.3 0.3 0.1 44.9 740 GC,CG,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU
3824 3824 23S 6.1 65 89   v4 U:A cWW   3°: pseudoknot   Strong 3 18.5 24.8 7.1 15.1 5.1                 0.5 0.2 0.2 28.5 411 GC,CG,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU
3825 3825 23S 6.1 65 89   v4 U:A cWW   3°: pseudoknot   Strong B 15.6 39.7 11.3 24.1 8.2                 0.8   0.4   257 GC,CG,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU
3826 3826 23S 6.1 65 89   v4 U:A cWW   3°: pseudoknot   Strong A 100.0                                 36 GC  
3827 3827 23S 6.1 65 89   v4 U:A cWW   3°: pseudoknot   Strong C   81.2 6.2 2.1                 8.3   1.0   1.0 96 CG,UA,AU,GA CG,AU,GA,UC
3828 3828 23S 6.1 65 89   v4 U:A cWW   3°: pseudoknot   Strong E                             0.8   99.1 118    
3829 3829 23S 6.1 65 89   v4 U:A cWW   3°: pseudoknot   Strong M 0.4 0.4 0.4 1.3     0.4 0.4 1.3 0.4     2.6       92.1 233 GA AG,GA
3830 3830 23S 6.1 66 88   v4 C:G cWW   3°: pseudoknot   Weak T 0.1 49.5 1.5 0.5 0.1 0.8 0.1   0.9 0.1 0.3   0.3 0.3 0.3 0.3 44.8 740 CG GC,CG,UA,AU
3831 3831 23S 6.1 66 88   v4 C:G cWW   3°: pseudoknot   Weak 3   67.4 1.5     1.5 0.2   0.2 0.2       0.5     28.5 411 CG CG,UA
3832 3832 23S 6.1 66 88   v4 C:G cWW   3°: pseudoknot   Weak B   94.6 1.6     2.3 0.4   0.4         0.8       257 CG,UG CG,UA
3833 3833 23S 6.1 66 88   v4 C:G cWW   3°: pseudoknot   Weak A   94.4 5.6                             36 CG,UA CG,UA
3834 3834 23S 6.1 66 88   v4 C:G cWW   3°: pseudoknot   Weak C   92.7 3.1               1.0       2.1   1.0 96 CG,UA,UC CG,UA
3835 3835 23S 6.1 66 88   v4 C:G cWW   3°: pseudoknot   Weak E                   0.8             99.1 118    
3836 3836 23S 6.1 66 88   v4 C:G cWW   3°: pseudoknot   Weak M 0.4   0.9 1.7 0.4       2.6   0.4   0.9     0.9 91.7 233 AG UA,GU,AG,CC
3837 3837 23S 6.2 67 74   v4 U:A cWH   3°: pseudoknot   Strong T 9.9 1.5 34.7 6.9 6.2 0.8 0.7 0.1 0.1 0.5 0.5 0.4 0.8 0.5 7.3 1.8 27.1 740 GC,UA,AU,GU,UC GC,CG,UA,AU
3838 3838 23S 6.2 67 74   v4 U:A cWH   3°: pseudoknot   Strong 3 2.2 2.2 60.3 8.5 6.3 1.5       0.7 1.0   0.2   13.1 2.7 1.1 411 GC,CG,UA,AU,GU,UC,UU GC,CG,UA,AU
3839 3839 23S 6.2 67 74   v4 U:A cWH   3°: pseudoknot   Strong B 2.7 2.7 71.9 10.5 6.6         0.4     0.4   0.4 3.9 0.4 256 GC,CG,UA,AU,GU,UU GC,CG,UA,AU
3840 3840 23S 6.2 67 74   v4 U:A cWH   3°: pseudoknot   Strong A 2.8   75.0 8.3 11.1                       2.8 36 GC,UA,AU,GU UA,GU
3841 3841 23S 6.2 67 74   v4 U:A cWH   3°: pseudoknot   Strong C 63.5 2.1 3.1 9.4 19.8   1.0           1.0         96 GC,CG,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU
3842 3842 23S 6.2 67 74   v4 U:A cWH   3°: pseudoknot   Strong E 0.8 1.7 31.1 4.2 4.2 5.0       1.7 3.4       44.5 0.8 2.5 119 UA,AU,GU,UG,CC,UC CG,AU,UC
3843 3843 23S 6.2 67 74   v4 U:A cWH   3°: pseudoknot   Strong M 1.3   2.6 3.0 0.4   1.7 0.4 0.4 0.4   1.3 1.7 1.7   0.9 84.1 233 UA,AU UA,AU,GG
4376 4376 23S 19.1 317 334   v4 G:C cWW   3°: pseudoknot   Strong T 34.1 3.9 2.0 27.9 4.6 0.8   0.1 0.2   0.4 0.1       0.2 25.5 889 GC,CG,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU
4377 4377 23S 19.1 317 334   v4 G:C cWW   3°: pseudoknot   Strong 3 52.7 6.5 3.4 27.5 7.1 1.3   0.2 0.4   0.7 0.2           535 GC,CG,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU
4378 4378 23S 19.1 317 334   v4 G:C cWW   3°: pseudoknot   Strong B 57.7 0.4   38.8 2.5 0.4         0.4             281 GC,AU,GU GC,CG,AU
4379 4379 23S 19.1 317 334   v4 G:C cWW   3°: pseudoknot   Strong A 80.6     11.1             8.3             36 GC,AU,CC GC,AU
4380 4380 23S 19.1 317 334   v4 G:C cWW   3°: pseudoknot   Strong C 6.0     90.0                       1.0 3.0 100 GC,AU GC,AU
4381 4381 23S 19.1 317 334   v4 G:C cWW   3°: pseudoknot   Strong E 41.7 15.6 8.3 15.6 14.2 2.8   0.5 0.9     0.5           218 GC,CG,UA,AU,GU,UG GC,CG,UA,AU
4382 4382 23S 19.1 317 334   v4 G:C cWW   3°: pseudoknot   Strong M 5.9     4.3 1.2                     0.4 88.2 254 GC,AU GC,AU
4383 4383 23S 19.1 318 333   v4 C:G cWW   3°: pseudoknot   Strong T 1.8 56.0 9.8 1.8 0.2 3.0 0.7   0.1 0.1 0.6         0.4 25.4 889 CG,UA,UG GC,CG,UA,AU
4384 4384 23S 19.1 318 333   v4 C:G cWW   3°: pseudoknot   Strong 3 3.0 71.2 15.7 2.6 0.4 4.9 0.6   0.2   0.6         0.7 0.2 535 GC,CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU
4385 4385 23S 19.1 318 333   v4 C:G cWW   3°: pseudoknot   Strong B 3.2 82.1 6.8 1.8   6.1                       280 GC,CG,UA,UG GC,CG,UA,AU
4386 4386 23S 19.1 318 333   v4 C:G cWW   3°: pseudoknot   Strong A 5.6 80.6 13.9                             36 GC,CG,UA GC,CG,UA
4387 4387 23S 19.1 318 333   v4 C:G cWW   3°: pseudoknot   Strong C   92.0 2.0       1.0     1.0 2.0           2.0 100 CG,UA,CC CG,UA
4388 4388 23S 19.1 318 333   v4 C:G cWW   3°: pseudoknot   Strong E 2.3 55.7 27.4 4.1 0.9 4.1 1.4   0.5   1.4         1.8 0.5 219 GC,CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU
4389 4389 23S 19.1 318 333   v4 C:G cWW   3°: pseudoknot   Strong M   9.8 0.4 0.8   0.4 0.8                   87.8 254 CG CG,UA,AU
4516 4516 23S 22.1 413 2410   v4 C:G cWW   3°: pseudoknot   Strong T 0.1 47.7 1.4 20.4 1.4   0.3   0.1   0.1 0.3 0.1 0.3     27.9 771 CG,AU GC,CG,UA,AU
4517 4517 23S 22.1 413 2410   v4 C:G cWW   3°: pseudoknot   Strong 3 0.2 57.3 1.4 37.2 2.6       0.2     0.2 0.2 0.5       419 CG,AU,GU GC,CG,UA,AU
4518 4518 23S 22.1 413 2410   v4 C:G cWW   3°: pseudoknot   Strong B   100.0                               232 CG  
4519 4519 23S 22.1 413 2410   v4 C:G cWW   3°: pseudoknot   Strong A       100.0                           37 AU  
4520 4520 23S 22.1 413 2410   v4 C:G cWW   3°: pseudoknot   Strong C   99.0 1.0                             98 CG CG,UA
4521 4521 23S 22.1 413 2410   v4 C:G cWW   3°: pseudoknot   Strong E 0.7 5.3 4.0 79.3 7.3       0.7     0.7 0.7 1.3       150 CG,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU
4522 4522 23S 22.1 413 2410   v4 C:G cWW   3°: pseudoknot   Strong M   12.2 1.6 0.4     0.8       0.4 0.4         84.2 254 CG CG,UA,AU
4523 4523 23S 22.1 414 2409   v4 C:G cWW   3°: pseudoknot   Strong T 2.2 48.4 4.0 15.0 0.4 1.4   0.1 0.3 0.1     0.1       27.8 771 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
4524 4524 23S 22.1 414 2409   v4 C:G cWW   3°: pseudoknot   Strong 3 4.1 58.5 6.7 27.4 0.7 1.7     0.2 0.2     0.2       0.2 419 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
4525 4525 23S 22.1 414 2409   v4 C:G cWW   3°: pseudoknot   Strong B   99.6                             0.4 232 CG  
4526 4526 23S 22.1 414 2409   v4 C:G cWW   3°: pseudoknot   Strong A   37.8 35.1   5.4 18.9       2.7               37 CG,UA,GU,UG,CA CG,UA,GU
4527 4527 23S 22.1 414 2409   v4 C:G cWW   3°: pseudoknot   Strong C   96.9 1.0     2.0                       98 CG,UG CG,UA
4528 4528 23S 22.1 414 2409   v4 C:G cWW   3°: pseudoknot   Strong E 11.3   10.0 76.7 0.7       0.7       0.7         150 GC,UA,AU GC,UA,AU
4529 4529 23S 22.1 414 2409   v4 C:G cWW   3°: pseudoknot   Strong M   13.0 0.8 0.4   0.8   0.4 0.4               84.2 254 CG CG,UA,AU
4530 4530 23S 22.1 415 2408   v4 A:U cWW   3°: pseudoknot   Strong T 1.9 8.4 13.5 47.3 0.1 0.3     0.1   0.3         0.3 27.8 771 CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
4531 4531 23S 22.1 415 2408   v4 A:U cWW   3°: pseudoknot   Strong 3 3.6 15.5 23.2 56.3 0.2 0.5     0.2   0.5             419 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
4532 4532 23S 22.1 415 2408   v4 A:U cWW   3°: pseudoknot   Strong B       100.0                           232 AU  
4533 4533 23S 22.1 415 2408   v4 A:U cWW   3°: pseudoknot   Strong A 18.9 56.8 13.5   2.7 5.4         2.7             37 GC,CG,UA,GU,UG,CC GC,CG,UA
4534 4534 23S 22.1 415 2408   v4 A:U cWW   3°: pseudoknot   Strong C       98.0                       2.0   98 AU,UU  
4535 4535 23S 22.1 415 2408   v4 A:U cWW   3°: pseudoknot   Strong E 5.3 29.3 61.3 2.7         0.7   0.7             150 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
4536 4536 23S 22.1 415 2408   v4 A:U cWW   3°: pseudoknot   Strong M     2.8 13.0                         84.3 254 UA,AU UA,AU
4537 4537 23S 22.1 416 2407   v4 U:A cWW   3°: pseudoknot   Strong T 2.3 31.3 32.3 2.2 0.8 2.6   0.3               0.4 27.7 772 GC,CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU
4538 4538 23S 22.1 416 2407   v4 U:A cWW   3°: pseudoknot   Strong 3 4.3 31.0 54.5 2.9 1.4 4.8   0.5               0.7   420 GC,CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU

Next page

Advanced export

JSON shape: default, array, newline-delimited

CSV options: 

CREATE TABLE "basepair_frequency" (
   "molecule" TEXT,
   "helix_number" TEXT,
   "position_1" INTEGER,
   "position_2" INTEGER,
   "pair_note" TEXT,
   "header_format" TEXT,
   "reference_base_pair" TEXT,
   "conformation" TEXT,
   "ai_code" TEXT,
   "tertiary_type" TEXT,
   "header_extra" TEXT,
   "strength" TEXT,
   "group_code" TEXT,
   "GC" REAL,
   "CG" REAL,
   "UA" REAL,
   "AU" REAL,
   "GU" REAL,
   "UG" REAL,
   "AA" REAL,
   "AC" REAL,
   "AG" REAL,
   "CA" REAL,
   "CC" REAL,
   "CU" REAL,
   "GA" REAL,
   "GG" REAL,
   "UC" REAL,
   "UU" REAL,
   "gap" REAL,
   "Seq" INTEGER,
   "predominant_types" TEXT,
   "covarying_types" TEXT
);
CREATE INDEX "idx_basepair_frequency_molecule_position_1_position_2"
    ON "basepair_frequency" ("molecule", "position_1", "position_2");