Base-pair frequencies

predominant_types
Base-pair types shown in bold in the published table (most frequent).
covarying_types
Base-pair types marked * in the published table (involved in a covariation).
header_format
legacy = entry not yet revised to the v4 layout (no type / conformation).

1,207 rows where group_code = "T", header_format = "v4" and strength = "Strong" sorted by position_1

✎ View and edit SQL

This data as json, CSV (advanced)

Suggested facets: reference_base_pair

conformation 11

molecule 2

strength 1

  • Strong · 1,207 ✖

header_format 1

  • v4 · 1,207 ✖

group_code 1

  • T · 1,207 ✖
Link rowid molecule helix_number position_1 ▼ position_2 pair_note header_format reference_base_pair conformation ai_code tertiary_type header_extra strength group_code GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq predominant_types covarying_types
3515 3515 23S 1 1 2902   v4 G:C cWW       Strong T 40.7 0.9 4.9 10.4 4.3 0.6 1.8 0.3   0.6   0.6     0.3 0.6 33.9 327 GC,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU
3522 3522 23S 1 2 2901   v4 G:C cWW       Strong T 36.5 2.8 7.7 17.2 2.5   0.6 0.3 0.3 0.3 0.3 0.6 0.9   1.2 1.5 27.2 326 GC,CG,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU
3529 3529 23S 1 3 2900   v4 U:A cWW       Strong T 4.0 5.8 45.2 8.0 0.6 7.1   0.3   0.9   3.1     0.6 3.1 21.1 325 GC,CG,UA,AU,UG,CU,UU GC,CG,UA,AU
3536 3536 23S 1 4 2899   v4 U:A cWW       Strong T 3.4 28.6 31.7 7.1 0.6 0.9 1.5   0.3 0.3   6.2 0.3   0.3 0.3 18.4 325 GC,CG,UA,AU,CU GC,CG,UA,AU
3543 3543 23S 1 5 2898   v4 A:U cWW       Strong T 6.1 2.5 2.1 69.9 0.6 0.6 0.3         0.3     0.3 0.6 16.5 326 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
3550 3550 23S 1 6 2897   v4 A:U cWW       Strong T 7.4 0.3 4.6 68.7 0.3   0.9           0.6 0.6   0.6 15.9 326 GC,UA,AU GC,CG,UA,AU
3557 3557 23S 1 7 2896   v4 G:C cWW       Strong T 58.1 4.3 2.7 15.2 1.2   0.6 1.5   0.3 0.3   0.6       15.1 329 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
169 169 16S 1 9 25   v4 G:C cWW       Strong T 56.7 24.9 0.2 15.1 0.9 0.1 0.1 1.1 0.1   0.2     0.1 0.1   0.5 3661 GC,CG,AU GC,CG,UA,AU
176 176 16S 1 10 24   v4 A:U cWW       Strong T 14.6 3.2 20.7 58.4 1.9     0.2 0.1 0.1   0.4       0.2 0.3 3741 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
183 183 16S 1 11 23   v4 G:C cWW       Strong T 93.8 0.1 0.4 1.1 0.1     4.0     0.1       0.1   0.3 3799 GC,AC GC,CG,UA,AU
190 190 16S 1 12 22   v4 U:G cWW       Strong T 23.1 0.6 0.9 0.2   68.2 0.2 1.0 0.1 4.9 0.1     0.2 0.1 0.2 0.4 3888 GC,UG,CA GC,AU,UG,CA
3571 3571 23S 2 15 525   v4 G:U cWW       Strong T 15.9 12.5 2.4 12.4 41.9 2.5 1.5 1.8 4.8 0.7   1.0 0.3   0.3 0.1 1.7 671 GC,CG,UA,AU,GU,UG,AG CG,UA,GU,AC
3578 3578 23S 2 16 524   v4 C:G cWW       Strong T 20.7 31.4 17.4 15.3 10.1 1.9 0.6 0.1 0.1 0.3 0.3           1.6 672 GC,CG,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU
204 204 16S 2 17 918   v4 U:A cWW   3°: pseudoknot   Strong T   0.1 98.3 0.1   0.4 0.1     0.1     0.1   0.2 0.2 0.4 3912 UA CG,UA,AU
3585 3585 23S 2 17 523   v4 G:C cWW       Strong T 45.0 11.5 9.6 2.2 3.1 0.1   0.1   0.1 0.3 0.6 0.1     0.1 26.9 676 GC,CG,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU
211 211 16S 2 18 917   v4 C:G cWW   3°: pseudoknot   Strong T 0.6 92.5 3.9     0.6     0.3 1.7   0.1 0.1       0.2 3930 CG,UA GC,CG,UA
3592 3592 23S 2 18 522   v4 U:A cWW       Strong T 2.4 44.5 20.0 1.9   2.2 0.3   0.1     0.1 0.1 0.6   0.4 27.3 676 GC,CG,UA,UG GC,CG,UA,AU
218 218 16S 2 19 916   v4 A:U cWW   3°: pseudoknot   Strong T 0.1 86.3 1.4 8.0   0.2 0.1   1.3 0.4 0.1 1.8   0.1     0.4 3959 CG,AU GC,CG,UA,AU
3599 3599 23S 2 19 521   v4 A:U cWW       Strong T 6.2 10.5 19.5 20.8 12.9 0.1 0.6       0.1     0.3   1.6 27.3 677 GC,CG,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU
3606 3606 23S 2 20 520   v4 C:G cWW       Strong T 4.1 22.3 19.8 21.3 1.0 2.2 0.3 0.1   0.4         0.1 0.6 27.5 677 GC,CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU
3613 3613 23S 2 21 519   v4 A:U cWW       Strong T 8.9 6.4 5.3 35.9 5.2 9.0     0.4     0.3       0.9 27.7 677 GC,CG,UA,AU,GU,UG GC,AU,UG
3620 3620 23S 2 22 518   v4 C:G cWW       Strong T 1.6 40.5 15.7 3.7   9.5 0.1     0.3 0.3   0.1       28.0 676 CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU
3627 3627 23S 2 23 517   v4 G:C cWW       Strong T 55.7 0.4 1.5 12.3 1.5   0.3   0.6               27.6 677 GC,AU GC,CG,UA,AU
3634 3634 23S 2 24 516   v4 G:C cWW       Strong T 51.3 0.1 1.5 16.7 1.3 0.4   0.1   0.4             27.9 676 GC,AU GC,CG,UA,AU
225 225 16S 3 27 556   v4 G:C cWW       Strong T 71.0 3.4 2.3 18.6 0.3 0.1 2.0 0.8 0.2   0.2 0.1     0.1 0.5 0.4 4476 GC,CG,UA,AU,AA GC,CG,UA,AU
232 232 16S 3 28 555   v4 A:U cWW       Strong T 40.4 7.5 2.1 32.1 14.2 0.5 0.1 1.2   0.4 0.1 0.5     0.1 0.4 0.2 4977 GC,CG,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU
239 239 16S 3 29 554   v4 U:A cWW       Strong T 7.5 2.4 36.6 46.9 0.5 1.1 0.2 1.1   0.4 0.4 0.7 0.1 0.1 0.2 0.6 1.1 5079 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
246 246 16S 3 30 553   v4 U:A cWW       Strong T 7.3 33.6 34.0 22.1 0.6 1.2 0.2 0.2   0.2   0.1 0.2 0.1   0.1 0.2 5157 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
3641 3641 23S 2 30 510   v4 G:C cWW   3°: base pair   Strong T 49.1 8.0 2.2 5.0 0.6 0.7 5.9   0.4             0.1 27.8 678 GC,CG,UA,AU,AA GC,CG,AA,UU
3648 3648 23S 3 31 474   v4 C:G cWW       Strong T 15.0 45.6 17.6 7.4 0.1 0.6 0.9 0.4 0.4 5.6 0.3 0.1 2.4 0.1 0.1 0.4 2.7 678 GC,CG,UA,AU,CA,GA GC,CG,UA,AU
253 253 16S 3 32 552   v4 A:U cWW       Strong T 0.5 0.2 27.4 70.3 0.2   0.1   0.1 0.1   0.1   0.5   0.2 0.4 5253 UA,AU GC,CG,UA,AU
3655 3655 23S 3 32 473   v4 C:G cWW       Strong T   90.6 1.5 2.3 0.1 0.7 0.1     1.5 0.3 0.1   0.1 0.1 0.1 2.1 681 CG,AU CG,UA,AU
260 260 16S 3 33 551   v4 A:U cWW       Strong T 0.1 5.5 9.3 84.1 0.4                     0.1 0.5 5282 CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
267 267 16S 3 34 550   v4 C:G cWW       Strong T 0.9 69.8 0.9 9.4 0.4 17.0   0.3 0.2   0.1 0.1   0.3   0.1 0.3 5366 CG,AU,UG GC,CG,UA,AU
3662 3662 23S 4 35 445   v4 G:C cWW       Strong T 94.1     1.6   0.3 0.3                 0.3 3.2 681 GC GC,AU,UG
281 281 16S 3 36 548   v4 C:G cWW       Strong T   88.7 9.2     0.7 0.1   0.1 0.3 0.1 0.1   0.2     0.4 5516 CG,UA CG,UA
3669 3669 23S 4 36 444   v4 G:C cWW       Strong T 65.8 25.5 0.6 3.2 0.3   0.1 0.4   0.1 0.1   0.3       3.3 682 GC,CG,AU GC,CG,UA,AU
3676 3676 23S 4 37 442   v4 C:G cWW       Strong T 1.5 74.7 12.2 2.9   4.3 0.1     0.4       0.1     3.6 680 CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU
3683 3683 23S 4 38 441   v4 A:U cWW       Strong T 6.3 15.0 31.5 41.6 0.4 0.7 0.3     0.3   0.1         3.5 680 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
3690 3690 23S 4 39 440   v4 G:C cWW       Strong T 7.0 39.4 22.1 14.8   0.6 1.7 2.1   0.3 1.1 0.8 0.4     0.6 9.0 711 GC,CG,UA,AU,AC GC,CG,UA,AU
302 302 16S 4 40 402   v4 C:G cWW       Strong T 0.5 71.5 23.1 2.9 0.1 0.4 0.3 0.1 0.2 0.3 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.2 5927 CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
3697 3697 23S 4 40 439   v4 U:A cWW       Strong T 9.6 18.6 38.1 6.2 0.3 0.7           0.1   0.1     26.0 709 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
309 309 16S 4 41 401   v4 G:C cWW       Strong T 71.2 7.2 2.3 9.0 0.4 0.6 0.2 0.2   3.5 0.1 4.6 0.1 0.1 0.3   0.3 5909 GC,CG,UA,AU,CA,CU GC,CG,UA,AU
3704 3704 23S 4 41 438   v4 C:G cWW       Strong T 16.2 27.8 9.8 18.6 0.1 0.1           0.1         27.1 711 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
316 316 16S 4 42 400   v4 G:C cWW       Strong T 72.2 5.8 16.4 4.1 0.4 0.3   0.1   0.1 0.2       0.1   0.4 5987 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
3711 3711 23S 4 42 437   v4 A:U cWW       Strong T 27.6 0.4 3.5 40.9 0.3     0.1                 27.1 711 GC,UA,AU GC,CG,UA,AU
323 323 16S 4 43 399   v4 C:G cWW       Strong T 3.1 65.4 15.0 2.4 0.1 1.3 0.6   0.1 10.7 0.5 0.1   0.2 0.1 0.2 0.4 5974 GC,CG,UA,AU,CA GC,CG,UA,AU
3718 3718 23S 4 43 436   v4 G:C cWW       Strong T 32.8 20.6 4.2 6.9 0.6   2.2   0.6 0.1 0.1       0.1 0.4 31.3 714 GC,CG,UA,AU,AA GC,CG,UA,AU
330 330 16S 4 44 398   v4 A:U cWW       Strong T 38.9 1.1 2.3 39.8 0.3 0.1 1.3 14.4   0.1 0.2   0.1   0.2 0.8 0.2 6046 GC,UA,AU,AC GC,CG,UA,AU
3725 3725 23S 4 44 434   v4 A:U cWW       Strong T 2.7 3.7 4.2 53.9 1.3 0.4 1.3 1.0 2.0 0.4 0.1   0.8 0.6   0.7 26.8 712 GC,CG,UA,AU,AG GC,CG,UA,AU
337 337 16S 4 45 396   v4 G:C cWW       Strong T 21.4 4.7 29.0 7.6 1.4 17.3 0.1 0.8 14.4 0.1     0.1 0.4 2.4 0.1 0.2 6007 GC,CG,UA,AU,UG,AG,UC GC,UA,AG
3732 3732 23S 4 45 433   v4 G:C cWW       Strong T 47.8 0.4 2.5 7.6 1.5 1.4 0.1 1.7     0.1       3.2 5.0 28.4 713 GC,UA,AU,UC,UU GC,CG,UA,AU
344 344 16S 4 46 395   v4 G:C cWW       Strong T 71.9 2.2 0.2 20.4 3.7     0.8     0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 6074 GC,CG,AU,GU GC,CG,UA,AU
3739 3739 23S 4.1 46 179   v4 G:C cWW       Strong T 24.2 16.1 2.9 0.6   0.1 5.3   3.9 0.7     0.7 0.3 0.1 0.7 44.1 714 GC,CG,UA,AA,AG GC,CG,AA,UU
351 351 16S 5 47 361   v4 C:G cWW   3°: base pair   Strong T 18.0 65.2 3.2 2.5 0.2 0.4   0.7   0.1 1.4 3.3 1.1 0.5 0.1 2.7 0.4 6093 GC,CG,UA,AU,CU,UU GC,CG,UA,AU
3746 3746 23S 4.1 47 178   v4 C:G cWW       Strong T 0.1 64.3 0.8 0.6 0.7 1.3 0.1                   32.1 711 CG CG,UA,GU
358 358 16S 5 52 359   v4 C:G cWW       Strong T 19.1 60.4 16.0 2.5 0.7 0.2     0.1 0.2 0.2 0.1   0.1     0.2 6188 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
365 365 16S 5 53 358   v4 A:U cWW       Strong T 2.5 18.4   77.2 1.2     0.1     0.1 0.1       0.1 0.1 6181 GC,CG,AU GC,CG,AU
3760 3760 23S 5 54 116   v4 G:C cWW       Strong T 56.1 0.1 0.6 2.9 12.1               0.1       28.0 720 GC,AU,GU GC,CG,UA,AU
3767 3767 23S 5 55 115   v4 G:C cWW       Strong T 58.1 0.4   12.4 1.0       0.1       0.1       27.7 724 GC,AU GC,CG,AU
3774 3774 23S 5 56 114   v4 A:U cWW       Strong T 16.6 2.1 2.2 49.9 0.1 0.4 0.3 0.4 0.1             0.1 27.7 725 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
386 386 16S 5 57 355   v4 G:C cWW       Strong T 98.7             0.3     0.3   0.1 0.1 0.2   0.3 6323 GC  
3781 3781 23S 6 57 70   v4 C:G cWW       Strong T 0.3 65.7 4.8 1.5   0.4 0.1     0.1             27.0 726 CG,UA GC,CG,UA,AU
3788 3788 23S 6 58 69   v4 G:C cWW       Strong T 70.7   1.0 0.5 0.5   0.1 0.5                 26.6 733 GC GC,UA,AU
3795 3795 23S 6 59 68   v4 U:G cWW       Strong T 4.6 29.7 14.1 1.4   23.4 0.1 0.1                 26.5 735 GC,CG,UA,UG GC,CG,UA,AU
400 400 16S 6 61 106   v4 G:C cWW       Strong T 96.2     2.0 0.6     0.1     0.2   0.1 0.3     0.4 6539 GC,AU GC,AU
3802 3802 23S 6.1 61 93   v4 C:G cWW   3°: pseudoknot   Strong T 23.0 8.3 5.0 9.9 2.0 0.3 0.4 3.1 0.3   0.1   0.7 0.4 0.4 0.8 45.0 734 GC,CG,UA,AU,GU,AC GC,CG,UA,AU
3809 3809 23S 6.1 62 92   v4   cWW   3°: pseudoknot   Strong T 3.1 15.2 13.3 1.5 0.3 0.7 10.4   1.2 0.9 0.4 0.3 0.7 0.4   7.9 43.8 738 GC,CG,UA,AA,UU GC,CG,UA,AU
414 414 16S 6 63 104   v4 C:G cWW       Strong T 0.1 71.2 1.2 0.3   0.5       0.1       0.1     26.4 6600 CG GC,CG,UA,AU
3823 3823 23S 6.1 65 89   v4 U:A cWW   3°: pseudoknot   Strong T 10.4 24.5 4.9 9.1 2.8   0.1 0.1 0.4 0.1     1.9 0.3 0.3 0.1 44.9 740 GC,CG,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU
421 421 16S 6 66 103   v4 A:U cWW       Strong T 30.3 0.1 0.7 53.9 0.7 0.3   2.0 0.1     0.1   0.1 0.1 0.1 11.3 6563 GC,AU,AC GC,CG,UA,AU
428 428 16S 6 67 102   v4 C:G cWW       Strong T 16.6 68.6 1.5 0.7 0.2 0.1 0.1 0.1 0.1 0.3 0.2 0.1   0.2 0.1   11.1 6597 GC,CG GC,CG,UA,AU
3837 3837 23S 6.2 67 74   v4 U:A cWH   3°: pseudoknot   Strong T 9.9 1.5 34.7 6.9 6.2 0.8 0.7 0.1 0.1 0.5 0.5 0.4 0.8 0.5 7.3 1.8 27.1 740 GC,UA,AU,GU,UC GC,CG,UA,AU
442 442 16S 6 69 99   v4 G:C cWW       Strong T 29.7 6.2 0.9 13.4 9.3 0.1 0.4 0.4 1.6 0.1 0.1 0.4 0.4 0.6   0.1 36.3 6585 GC,CG,AU,GU GC,CG,UA,AU
449 449 16S 6 70 98   v4 U:A cWW       Strong T 6.3 10.6 15.7 21.4 5.0 0.9 0.2 0.2 0.2 0.5 0.2   0.6 0.2 0.3 0.3 37.3 6610 GC,CG,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU
456 456 16S 6 73 97   v4 C:G cWW       Strong T 7.9 19.4 1.4 1.2 0.3 0.7 0.2 0.1 0.2     0.1 0.1 0.1   0.2 68.2 6642 GC,CG GC,CG,UA,AU
463 463 16S 6 74 96   v4 A:U cWW       Strong T 5.1 1.4 2.4 11.0 0.4 0.7 0.1           0.3 0.1   0.4 78.0 6634 GC,UA,AU GC,CG,UA,AU
470 470 16S 6 75 95   v4 G:C cWW       Strong T 8.3 5.0 3.7 1.0 4.9 0.6 0.3   1.4   0.1 0.3 0.3 0.1   0.1 74.0 6635 GC,CG,UA,GU GC,CG,UA,AU
477 477 16S 6 76 93   v4 G:U cWW       Strong T 2.5 3.3 3.6 5.9 4.0 0.8 0.4 0.2 3.4       0.6 0.5 0.1 0.6 74.0 6662 GC,CG,UA,AU,GU,AG GC,CG,UA,AU
3844 3844 23S 7 76 110   v4 C:G cWW       Strong T 0.9 52.3 3.5 0.3   8.3 0.3   0.1 2.3 0.7 0.1   0.7 1.3 0.4 28.7 745 CG,UA,UG,CA GC,CG,UA,AU
484 484 16S 6 77 92   v4 A:U cWW       Strong T 4.9 3.4 5.4 8.4 5.0 2.2 0.2 0.1 2.4     0.1 0.6 0.1 0.4 0.5 66.5 6626 GC,CG,UA,AU,GU,UG,AG GC,CG,UA,AU
3851 3851 23S 7 77 109   v4 G:C cWW       Strong T 7.1 13.7 37.3 1.9 0.4 0.4 0.1 8.6     0.7 0.3     0.4   29.2 745 GC,CG,UA,AC CG,UA,GU,AC
491 491 16S 6 78 91   v4 A:U cWW       Strong T 7.4 6.4 7.2 10.9 3.8 2.0 0.2 0.2 1.6     0.1 1.1 0.2 0.1 0.2 58.6 6638 GC,CG,UA,AU,GU,UG GC,CG,UA,AU
3858 3858 23S 7 78 108   v4 U:G cWW       Strong T 4.0 11.0 15.4 9.7 1.1 17.6 0.3     0.3 0.3 0.1 0.8 0.3 0.1 0.3 38.7 745 GC,CG,UA,AU,UG GC,AU,UG,CA
498 498 16S 6 79 90   v4 G:C cWW       Strong T 14.1 12.0 6.9 9.0 7.0 2.1 0.5 0.2 0.8 0.1 0.1 0.1 0.2 0.3   0.3 46.3 6648 GC,CG,UA,AU,GU,UG GC,CG,UA,AU
3865 3865 23S 7 79 107   v4 C:G cWW       Strong T 6.7 37.7 11.0 2.7   2.8 6.6   0.1     0.1 2.7 0.5 0.7 0.1 28.2 745 GC,CG,UA,AU,UG,AA,GA GC,CG,UA,AU
505 505 16S 6 80 89   v4 A:U cWW       Strong T 22.6 13.8 12.7 9.8 3.5 0.9 0.1 0.2 0.8 0.1   0.1 0.3 0.2   0.2 34.7 6611 GC,CG,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU
3872 3872 23S 7 80 106   v4 G:C cWW       Strong T 54.1 0.4 1.1 3.9 0.5 0.3       0.1   0.1 0.3 0.5 9.8 0.9 27.9 745 GC,AU,UC GC,CG,UA,AU
512 512 16S 6 81 88   v4 A:U cWW       Strong T 7.1 18.1 17.2 24.3 2.5 1.0 0.1 0.2 0.2 0.1 0.1   0.1     0.1 28.8 6644 GC,CG,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU
3879 3879 23S 7 81 105   v4 G:C cWW       Strong T 48.7 0.7 1.9 3.4 0.4 0.4 0.1 0.9         0.1     0.1 43.3 744 GC,AU GC,CG,UA,AU
519 519 16S 6 82 87   v4 G:C cWW       Strong T 28.8 26.5 2.8 9.0 0.5 3.3 0.1   0.1 0.1 0.1   0.4     0.2 28.1 6676 GC,CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU
3886 3886 23S 7 82 104   v4 U:A tSH       Strong T   0.1 4.3 0.8 35.6 1.2 0.1 0.1 0.1 0.4 6.2   3.6 0.8 2.6 0.3 43.7 745 UA,GU,CC,GA,UC UA,GU,AG,CC
3893 3893 23S 7 85 97   v4 G:C cWW       Strong T 49.5 0.3 1.1 3.6 1.1   0.1 0.1 0.1       0.3     0.3 43.6 746 GC,AU GC,CG,UA,AU
3900 3900 23S 7 86 96   v4 G:C cWW       Strong T 9.2 36.3 4.0 2.7 0.1 3.8 0.3                   43.6 746 GC,CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU
3907 3907 23S 7 87 95   v4 U:A cWW       Strong T 2.0 10.1 38.3 2.9   0.5 0.3 0.4   0.1 0.3 0.1     0.7 0.1 44.1 746 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
526 526 16S 6.1 113 314   v4 G:C cWW       Strong T 81.3 17.9                   0.1   0.1     0.3 6916 GC,CG GC,CG
533 533 16S 6.1 114 313   v4 U:A cWW       Strong T 0.4 0.1 98.3 0.3     0.1     0.1           0.2 0.3 6906 UA GC,CG,UA,AU
540 540 16S 6.1 115 312   v4 G:C cWW       Strong T 81.1 17.2 0.7   0.1 0.1   0.1   0.1     0.1       0.3 6856 GC,CG GC,CG,UA
3914 3914 23S 8 121 130   v4 G:C cWW       Strong T 51.1 0.9 0.1 11.2 5.4   0.7 0.8 0.1     0.1         29.4 753 GC,AU,GU GC,CG,UA,AU
547 547 16S 7 122 239   v4 G:U cWW       Strong T 8.9   1.2 8.9 35.7 0.1 4.7 5.0 26.2 0.1 0.5 0.1 0.1 0.2 7.6   0.5 6923 GC,AU,GU,AA,AC,AG,UC GU,AG,CA,UC

Next page

Advanced export

JSON shape: default, array, newline-delimited

CSV options: 

CREATE TABLE "basepair_frequency" (
   "molecule" TEXT,
   "helix_number" TEXT,
   "position_1" INTEGER,
   "position_2" INTEGER,
   "pair_note" TEXT,
   "header_format" TEXT,
   "reference_base_pair" TEXT,
   "conformation" TEXT,
   "ai_code" TEXT,
   "tertiary_type" TEXT,
   "header_extra" TEXT,
   "strength" TEXT,
   "group_code" TEXT,
   "GC" REAL,
   "CG" REAL,
   "UA" REAL,
   "AU" REAL,
   "GU" REAL,
   "UG" REAL,
   "AA" REAL,
   "AC" REAL,
   "AG" REAL,
   "CA" REAL,
   "CC" REAL,
   "CU" REAL,
   "GA" REAL,
   "GG" REAL,
   "UC" REAL,
   "UU" REAL,
   "gap" REAL,
   "Seq" INTEGER,
   "predominant_types" TEXT,
   "covarying_types" TEXT
);
CREATE INDEX "idx_basepair_frequency_molecule_position_1_position_2"
    ON "basepair_frequency" ("molecule", "position_1", "position_2");