Base-pair frequencies

predominant_types
Base-pair types shown in bold in the published table (most frequent).
covarying_types
Base-pair types marked * in the published table (involved in a covariation).
header_format
legacy = entry not yet revised to the v4 layout (no type / conformation).

478 rows where group_code = "T", header_format = "v4" and molecule = "16S" sorted by position_1

✎ View and edit SQL

This data as json, CSV (advanced)

Suggested facets: reference_base_pair, AC, CC, UC

conformation 8

strength 4

tertiary_type 2

molecule 1

  • 16S · 478 ✖

header_format 1

  • v4 · 478 ✖

group_code 1

Link rowid molecule helix_number position_1 ▼ position_2 pair_note header_format reference_base_pair conformation ai_code tertiary_type header_extra strength group_code GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq predominant_types covarying_types
169 169 16S 1 9 25   v4 G:C cWW       Strong T 56.7 24.9 0.2 15.1 0.9 0.1 0.1 1.1 0.1   0.2     0.1 0.1   0.5 3661 GC,CG,AU GC,CG,UA,AU
176 176 16S 1 10 24   v4 A:U cWW       Strong T 14.6 3.2 20.7 58.4 1.9     0.2 0.1 0.1   0.4       0.2 0.3 3741 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
183 183 16S 1 11 23   v4 G:C cWW       Strong T 93.8 0.1 0.4 1.1 0.1     4.0     0.1       0.1   0.3 3799 GC,AC GC,CG,UA,AU
190 190 16S 1 12 22   v4 U:G cWW       Strong T 23.1 0.6 0.9 0.2   68.2 0.2 1.0 0.1 4.9 0.1     0.2 0.1 0.2 0.4 3888 GC,UG,CA GC,AU,UG,CA
197 197 16S 1 13 21   v4 U:G No BP       Weak T   0.1 8.8 0.1   88.5 0.1   1.5 0.1     0.1 0.1   0.3 0.5 3890 UA,UG UG,AA
204 204 16S 2 17 918   v4 U:A cWW   3°: pseudoknot   Strong T   0.1 98.3 0.1   0.4 0.1     0.1     0.1   0.2 0.2 0.4 3912 UA CG,UA,AU
211 211 16S 2 18 917   v4 C:G cWW   3°: pseudoknot   Strong T 0.6 92.5 3.9     0.6     0.3 1.7   0.1 0.1       0.2 3930 CG,UA GC,CG,UA
218 218 16S 2 19 916   v4 A:U cWW   3°: pseudoknot   Strong T 0.1 86.3 1.4 8.0   0.2 0.1   1.3 0.4 0.1 1.8   0.1     0.4 3959 CG,AU GC,CG,UA,AU
225 225 16S 3 27 556   v4 G:C cWW       Strong T 71.0 3.4 2.3 18.6 0.3 0.1 2.0 0.8 0.2   0.2 0.1     0.1 0.5 0.4 4476 GC,CG,UA,AU,AA GC,CG,UA,AU
232 232 16S 3 28 555   v4 A:U cWW       Strong T 40.4 7.5 2.1 32.1 14.2 0.5 0.1 1.2   0.4 0.1 0.5     0.1 0.4 0.2 4977 GC,CG,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU
239 239 16S 3 29 554   v4 U:A cWW       Strong T 7.5 2.4 36.6 46.9 0.5 1.1 0.2 1.1   0.4 0.4 0.7 0.1 0.1 0.2 0.6 1.1 5079 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
246 246 16S 3 30 553   v4 U:A cWW       Strong T 7.3 33.6 34.0 22.1 0.6 1.2 0.2 0.2   0.2   0.1 0.2 0.1   0.1 0.2 5157 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
253 253 16S 3 32 552   v4 A:U cWW       Strong T 0.5 0.2 27.4 70.3 0.2   0.1   0.1 0.1   0.1   0.5   0.2 0.4 5253 UA,AU GC,CG,UA,AU
260 260 16S 3 33 551   v4 A:U cWW       Strong T 0.1 5.5 9.3 84.1 0.4                     0.1 0.5 5282 CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
267 267 16S 3 34 550   v4 C:G cWW       Strong T 0.9 69.8 0.9 9.4 0.4 17.0   0.3 0.2   0.1 0.1   0.3   0.1 0.3 5366 CG,AU,UG GC,CG,UA,AU
274 274 16S 3 35 549   v4 G:C cWW       Weak T 82.3 0.1 0.3 4.1 10.8     1.2   0.1 0.3   0.1   0.2 0.1 0.3 5420 GC,AU,GU GC,CG,UA,AU
281 281 16S 3 36 548   v4 C:G cWW       Strong T   88.7 9.2     0.7 0.1   0.1 0.3 0.1 0.1   0.2     0.4 5516 CG,UA CG,UA
288 288 16S 3 37 547   v4 U:A tWS       Weak T     97.5 0.1   0.7 0.2     0.9     0.2   0.1 0.1 0.3 5551 UA UA,AU
295 295 16S 4 39 403   v4 G:C cWW       Weak T 67.3 0.2 13.1 1.2 1.0 0.2 0.3 0.3   0.6 0.3 0.1 14.2 0.1 0.3 0.6 0.5 5839 GC,UA,GA GC,CG,UA,AU
302 302 16S 4 40 402   v4 C:G cWW       Strong T 0.5 71.5 23.1 2.9 0.1 0.4 0.3 0.1 0.2 0.3 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.2 5927 CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
309 309 16S 4 41 401   v4 G:C cWW       Strong T 71.2 7.2 2.3 9.0 0.4 0.6 0.2 0.2   3.5 0.1 4.6 0.1 0.1 0.3   0.3 5909 GC,CG,UA,AU,CA,CU GC,CG,UA,AU
316 316 16S 4 42 400   v4 G:C cWW       Strong T 72.2 5.8 16.4 4.1 0.4 0.3   0.1   0.1 0.2       0.1   0.4 5987 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
323 323 16S 4 43 399   v4 C:G cWW       Strong T 3.1 65.4 15.0 2.4 0.1 1.3 0.6   0.1 10.7 0.5 0.1   0.2 0.1 0.2 0.4 5974 GC,CG,UA,AU,CA GC,CG,UA,AU
330 330 16S 4 44 398   v4 A:U cWW       Strong T 38.9 1.1 2.3 39.8 0.3 0.1 1.3 14.4   0.1 0.2   0.1   0.2 0.8 0.2 6046 GC,UA,AU,AC GC,CG,UA,AU
337 337 16S 4 45 396   v4 G:C cWW       Strong T 21.4 4.7 29.0 7.6 1.4 17.3 0.1 0.8 14.4 0.1     0.1 0.4 2.4 0.1 0.2 6007 GC,CG,UA,AU,UG,AG,UC GC,UA,AG
344 344 16S 4 46 395   v4 G:C cWW       Strong T 71.9 2.2 0.2 20.4 3.7     0.8     0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 6074 GC,CG,AU,GU GC,CG,UA,AU
351 351 16S 5 47 361   v4 C:G cWW   3°: base pair   Strong T 18.0 65.2 3.2 2.5 0.2 0.4   0.7   0.1 1.4 3.3 1.1 0.5 0.1 2.7 0.4 6093 GC,CG,UA,AU,CU,UU GC,CG,UA,AU
358 358 16S 5 52 359   v4 C:G cWW       Strong T 19.1 60.4 16.0 2.5 0.7 0.2     0.1 0.2 0.2 0.1   0.1     0.2 6188 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
365 365 16S 5 53 358   v4 A:U cWW       Strong T 2.5 18.4   77.2 1.2     0.1     0.1 0.1       0.1 0.1 6181 GC,CG,AU GC,CG,AU
372 372 16S 5 54 357   v4 C:G cWW       Weak T   99.0 0.3     0.3     0.1 0.1               6225 CG CG,UA
379 379 16S 5 56 356   v4 U:A cWW       Weak T     99.5             0.1     0.1       0.2 6225 UA  
386 386 16S 5 57 355   v4 G:C cWW       Strong T 98.7             0.3     0.3   0.1 0.1 0.2   0.3 6323 GC  
393 393 16S 5 58 354   v4 C:G cWW       Weak T 0.6 98.2       0.3     0.1 0.1 0.2     0.1     0.3 6357 CG GC,CG
400 400 16S 6 61 106   v4 G:C cWW       Strong T 96.2     2.0 0.6     0.1     0.2   0.1 0.3     0.4 6539 GC,AU GC,AU
407 407 16S 6 62 105   v4 U:G cWW       Weak T 0.1 1.4 1.1 0.2   94.0 0.1 0.2 0.1 0.9 0.5     0.1 0.4 0.2 0.6 6551 UG UG,AC,CA
414 414 16S 6 63 104   v4 C:G cWW       Strong T 0.1 71.2 1.2 0.3   0.5       0.1       0.1     26.4 6600 CG GC,CG,UA,AU
421 421 16S 6 66 103   v4 A:U cWW       Strong T 30.3 0.1 0.7 53.9 0.7 0.3   2.0 0.1     0.1   0.1 0.1 0.1 11.3 6563 GC,AU,AC GC,CG,UA,AU
428 428 16S 6 67 102   v4 C:G cWW       Strong T 16.6 68.6 1.5 0.7 0.2 0.1 0.1 0.1 0.1 0.3 0.2 0.1   0.2 0.1   11.1 6597 GC,CG GC,CG,UA,AU
435 435 16S 6 68 101   v4 G:A cWW   3°: base pair   Weak T 3.1 0.3 13.9 0.7 0.3 0.3 0.2   0.1 0.2     68.8 0.4   0.2 11.6 6584 GC,UA,GA AU,UG,GA
442 442 16S 6 69 99   v4 G:C cWW       Strong T 29.7 6.2 0.9 13.4 9.3 0.1 0.4 0.4 1.6 0.1 0.1 0.4 0.4 0.6   0.1 36.3 6585 GC,CG,AU,GU GC,CG,UA,AU
449 449 16S 6 70 98   v4 U:A cWW       Strong T 6.3 10.6 15.7 21.4 5.0 0.9 0.2 0.2 0.2 0.5 0.2   0.6 0.2 0.3 0.3 37.3 6610 GC,CG,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU
456 456 16S 6 73 97   v4 C:G cWW       Strong T 7.9 19.4 1.4 1.2 0.3 0.7 0.2 0.1 0.2     0.1 0.1 0.1   0.2 68.2 6642 GC,CG GC,CG,UA,AU
463 463 16S 6 74 96   v4 A:U cWW       Strong T 5.1 1.4 2.4 11.0 0.4 0.7 0.1           0.3 0.1   0.4 78.0 6634 GC,UA,AU GC,CG,UA,AU
470 470 16S 6 75 95   v4 G:C cWW       Strong T 8.3 5.0 3.7 1.0 4.9 0.6 0.3   1.4   0.1 0.3 0.3 0.1   0.1 74.0 6635 GC,CG,UA,GU GC,CG,UA,AU
477 477 16S 6 76 93   v4 G:U cWW       Strong T 2.5 3.3 3.6 5.9 4.0 0.8 0.4 0.2 3.4       0.6 0.5 0.1 0.6 74.0 6662 GC,CG,UA,AU,GU,AG GC,CG,UA,AU
484 484 16S 6 77 92   v4 A:U cWW       Strong T 4.9 3.4 5.4 8.4 5.0 2.2 0.2 0.1 2.4     0.1 0.6 0.1 0.4 0.5 66.5 6626 GC,CG,UA,AU,GU,UG,AG GC,CG,UA,AU
491 491 16S 6 78 91   v4 A:U cWW       Strong T 7.4 6.4 7.2 10.9 3.8 2.0 0.2 0.2 1.6     0.1 1.1 0.2 0.1 0.2 58.6 6638 GC,CG,UA,AU,GU,UG GC,CG,UA,AU
498 498 16S 6 79 90   v4 G:C cWW       Strong T 14.1 12.0 6.9 9.0 7.0 2.1 0.5 0.2 0.8 0.1 0.1 0.1 0.2 0.3   0.3 46.3 6648 GC,CG,UA,AU,GU,UG GC,CG,UA,AU
505 505 16S 6 80 89   v4 A:U cWW       Strong T 22.6 13.8 12.7 9.8 3.5 0.9 0.1 0.2 0.8 0.1   0.1 0.3 0.2   0.2 34.7 6611 GC,CG,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU
512 512 16S 6 81 88   v4 A:U cWW       Strong T 7.1 18.1 17.2 24.3 2.5 1.0 0.1 0.2 0.2 0.1 0.1   0.1     0.1 28.8 6644 GC,CG,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU
519 519 16S 6 82 87   v4 G:C cWW       Strong T 28.8 26.5 2.8 9.0 0.5 3.3 0.1   0.1 0.1 0.1   0.4     0.2 28.1 6676 GC,CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU
526 526 16S 6.1 113 314   v4 G:C cWW       Strong T 81.3 17.9                   0.1   0.1     0.3 6916 GC,CG GC,CG
533 533 16S 6.1 114 313   v4 U:A cWW       Strong T 0.4 0.1 98.3 0.3     0.1     0.1           0.2 0.3 6906 UA GC,CG,UA,AU
540 540 16S 6.1 115 312   v4 G:C cWW       Strong T 81.1 17.2 0.7   0.1 0.1   0.1   0.1     0.1       0.3 6856 GC,CG GC,CG,UA
547 547 16S 7 122 239   v4 G:U cWW       Strong T 8.9   1.2 8.9 35.7 0.1 4.7 5.0 26.2 0.1 0.5 0.1 0.1 0.2 7.6   0.5 6923 GC,AU,GU,AA,AC,AG,UC GU,AG,CA,UC
554 554 16S 7 123 238   v4 U:A cWW       Strong T 0.1 92.0 5.4 0.7 0.2 0.1 0.1     0.3   0.1 0.1 0.2     0.5 6977 CG,UA GC,CG,UA,AU
561 561 16S 7 124 237   v4 C:G cWW       Strong T 57.3 14.9 3.1 23.0 0.2 0.1   0.1       0.1 0.1     0.4 0.5 6975 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
568 568 16S 7 125 236   v4 U:A cWW       Strong T 14.2 10.2 18.4 0.5 0.1 55.2 0.1 0.3   0.1         0.1 0.1 0.6 6897 GC,CG,UA,UG GC,AU,UG,CA
575 575 16S 7 126 235   v4 G:C cWW       Strong T 42.7 5.5 8.6 21.4 5.2 0.3 0.5 0.5   0.6   3.0 0.1 0.1 0.2 10.5 1.0 6969 GC,CG,UA,AU,GU,CU,UU GC,CG,UA,AU
582 582 16S 7 127 234   v4 G:C cWW       Strong T 55.8 2.4 8.5 13.1 1.8 3.6 0.8 0.2 0.1 2.0 0.4 0.2 0.1 0.2 0.1 9.5 0.9 6995 GC,CG,UA,AU,UG,CA,UU GC,CG,UA,AU
589 589 16S 7 128 233   v4 G:C cWW       Strong T 61.6 4.1 4.0 20.3 0.6 0.7 1.4 1.4 0.3 0.8 0.4 0.2 0.4 0.4 0.9 0.6 2.0 6986 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
596 596 16S 7 129 232   v4 A:G cWW   3°: base pair   Strong T 1.4 13.5 19.1 2.7 0.4 22.5 2.5 2.0 29.0 0.5 0.3 0.1 1.9 0.3 0.4 0.7 2.5 6964 CG,UA,AU,UG,AA,AC,AG GC,UA,AG,CU
603 603 16S 7 131 231   v4 A:U cWW       Strong T 1.2 39.9 44.7 5.4 0.5 3.5 0.7 0.5 0.1 0.6 0.4 0.3 0.3 0.1 0.2 0.4 1.1 6998 CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU
610 610 16S 7 132 230   v4 C:G cWW       Strong T 9.9 63.1 20.2 3.3 0.1 1.0 0.2   0.1 0.5   0.1       0.1 1.2 6974 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
617 617 16S 7 136 227   v4 C:G cWW       Strong T 0.2 73.7 1.7 0.2   0.2       0.2   0.1   0.1   12.6 10.9 6934 CG,UU GC,CG,UU
624 624 16S 7 137 226   v4 U:G cWW       Strong T 1.8 44.3 36.1 2.2 1.2 2.3     0.1 0.3           0.4 11.2 6935 CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU
631 631 16S 7 138 225   v4 G:C cWW       Strong T 20.5 12.0 30.6 12.9 0.4 7.9 0.1   0.2 0.2 0.1 0.3 0.1 0.1 0.1 3.6 10.8 6940 GC,CG,UA,AU,UG,UU GC,CG,UA,AU
638 638 16S 7 139 224   v4 A:U cWW       Strong T 9.8 6.2 23.9 27.5 12.0 5.1 1.1 0.1 0.3 0.2 0.1 0.3 0.2 0.1 0.1 2.4 10.6 6986 GC,CG,UA,AU,GU,UG,UU GC,CG,UA,AU
645 645 16S 7 140 223   v4 U:A cWW       Strong T 8.5 13.9 32.8 18.6 5.1 4.1 0.4 0.1 0.1 0.4 0.1 0.1 0.3 0.3 0.4 3.8 10.7 6978 GC,CG,UA,AU,GU,UG,UU GC,CG,UA,AU
652 652 16S 7 141 222   v4 G:C cWW       Strong T 24.1 4.1 3.4 46.0 1.6 2.0 0.8 0.9 1.9 0.4 1.4 0.4 0.6 0.7 0.1 0.7 10.7 7002 GC,CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU
659 659 16S 7 142 221   v4 G:C cWW       Strong T 49.7 22.1 0.7 2.5 0.7 1.4 1.1 0.4 0.9 0.1 0.1 0.1 0.6 8.7 0.1 0.1 11.0 7034 GC,CG,AU,GG GC,CG,UA,AU
666 666 16S 8 144 178   v4 G:C cWW       Strong T 30.6 30.1 6.9 8.3 0.2 10.6 0.1 0.1 0.4 0.2   0.1 0.1 0.3 0.1 0.1 11.6 6972 GC,CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU
673 673 16S 8 145 177   v4 G:G cWW   3°: base pair   Strong T 8.1 17.8 1.9 6.8 0.3 15.1 0.3 0.2 0.2 0.1   0.3 0.1 28.0   9.4 11.4 7032 GC,CG,AU,UG,GG,UU AA,GG,UU
680 680 16S 8 146 176   v4 G:C cWW       Strong T 67.5 4.4 9.9 3.5 3.0 0.3     0.1       0.1 0.1   0.1 10.9 7057 GC,CG,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU
687 687 16S 8 147 175   v4 G:C cWW       Strong T 87.1 0.5 0.2 0.7 0.3   0.1   0.1               10.8 7071 GC GC,CG,UA,AU
694 694 16S 8 152 169   v4 A:C tHW   3°: base pair   Strong T 0.2     0.4 7.2 0.2 2.5 69.9 0.4 0.1 2.1 0.4 0.7 3.7 0.2 0.1 11.9 7096 GU,AA,AC,CC,GG GU,UG,AC,CA
701 701 16S 8 153 168   v4 C:G cWW       Strong T   66.9 1.1   9.0 0.5 0.1     9.7 0.2 0.3   0.1   0.1 12.0 7070 CG,GU,CA CG,UA,GU
708 708 16S 8 154 167   v4 U:A cWW       Strong T 5.3 31.0 20.4 14.4 2.6 3.3 0.1 0.1 0.1 8.9   0.1 0.1 0.1   1.4 11.7 7029 GC,CG,UA,AU,GU,UG,CA GC,CG,UA,AU
715 715 16S 8 155 166   v4 A:U cWW       Strong T 10.0 29.8 13.5 14.4 2.0 4.6 0.1 0.1 0.1 0.5 0.1 0.1   12.5 0.1 0.3 11.8 7030 GC,CG,UA,AU,GU,UG,GG GC,CG,UA,AU
722 722 16S 8 156 165   v4 C:G cWW       Strong T 6.2 27.0 27.1 11.2 2.0 13.3 0.1   0.1 0.2   0.1   0.1 0.1 0.1 12.2 7030 GC,CG,UA,AU,GU,UG GC,CG,UA,AU
729 729 16S 8 157 164   v4 U:G cWW       Strong T 9.5 7.1 7.9 8.8 32.6 21.8 0.1 0.1   0.1       0.2   0.1 11.8 7078 GC,CG,UA,AU,GU,UG GU,UG,AC,CA
736 736 16S 8 158 163   v4 G:C cWW       Strong T 66.1 12.7 0.6 7.3 0.2 0.8         0.1 0.3       0.1 11.4 7078 GC,CG,AU GC,CG,UA,AU
743 743 16S 9 184 193   v4 G:C cWW       Strong T 11.6 19.9 9.3 19.8 6.2 2.0 0.2 0.3 1.4 0.2 0.3 0.3 0.1 0.2 0.5 1.4 26.4 7034 GC,CG,UA,AU,GU,UG GC,CG,UA,AU
750 750 16S 9 185 192   v4 U:A cWW       Strong T 4.1 32.9 20.0 8.6 1.1 4.9 0.2   0.1 0.4 0.1 0.1 0.1 0.1   1.2 25.8 7065 GC,CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU
757 757 16S 9 186 191   v4 C:G cWW       Strong T 7.5 53.7 3.7 2.0 0.2 5.2 0.1   0.1   0.1 0.1 0.1 0.2   0.4 26.2 7040 GC,CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU
764 764 16S 10 198 219   v4 G:U cWW       Strong T 59.8 0.5 0.5 3.7 8.5 0.1   0.1 0.1   0.1   0.1 0.2 0.1 0.1 26.0 7137 GC,AU,GU GC,CG,UA,AU
771 771 16S 10 199 218   v4 A:U cWW       Strong T 11.8 17.9 4.2 26.0 5.4 1.2 0.2 0.1     0.1 0.2 0.9 0.1   0.1 31.7 7117 GC,CG,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU
778 778 16S 10 200 217   v4 G:C cWW       Strong T 10.8 5.2 6.2 12.5 0.9 1.4   0.1 0.1 0.1   0.1 0.5 0.2   0.2 61.7 7093 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
785 785 16S 10 201 216   v4 G:U cWW       Strong T 3.9 2.9 1.8 0.8 21.0 0.5 0.1 0.1 0.1 0.1   0.1 0.1 0.2   0.3 67.8 7143 GC,CG,GU CG,UA,GU,AC
792 792 16S 10 202 215   v4 G:C cWW       Strong T 22.8 5.6 0.4 0.7 0.2 0.1               0.1     69.8 7151 GC,CG GC,CG,UA,AU
799 799 16S 10 203 214   v4 G:C cWW       Strong T 15.2 5.7 1.0 0.8 0.1 2.4 0.1       0.1     0.1     74.2 7167 GC,CG,UG GC,CG,UA,AU
806 806 16S 10 206 213   v4 C:G cWW       Strong T 0.5 10.2 6.9 0.5 0.1 0.2       0.1 0.1 0.1         81.2 7176 CG,UA GC,CG,UA,AU
813 813 16S 10 207 212   v4 C:G cWW       Strong T 1.2 14.2 1.2 0.9 0.5 0.8                     81.0 7178 CG GC,CG,UA,AU
820 820 16S 11 240 286   v4 G:C cWW       Strong T 16.0 67.3 10.5 4.7 0.1 0.5 0.1     0.1 0.1     0.1     0.6 7196 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
827 827 16S 11 241 285   v4 G:C cWW       Strong T 32.6 40.6 12.6 9.0 2.2 2.1   0.1     0.1     0.2     0.5 7233 GC,CG,UA,AU,GU,UG GC,CG,UA,AU
834 834 16S 11 242 284   v4 G:C cWW       Strong T 38.1 18.2 10.1 0.2 0.1 32.3     0.1 0.1 0.2     0.1 0.1   0.4 7218 GC,CG,UA,UG GC,AU,UG,CA
841 841 16S 11 245 283   v4 U:U cWW   3°: base pair   Strong T     0.1 0.1 0.2     0.1     42.1 0.1     0.2 56.3 0.5 7222 CC,UU CC,UU
848 848 16S 11 247 277   v4 G:C cWW       Strong T 84.4 0.1 0.1 14.3 0.4           0.1           0.4 7251 GC,AU GC,CG,UA,AU
855 855 16S 11 248 276   v4 C:G cWW       Strong T 20.5 72.6 3.7 1.2   0.8       0.1 0.4     0.1     0.4 7247 GC,CG,UA GC,CG,UA,AU
862 862 16S 11 249 275   v4 U:G cWW       Strong T   9.1 0.1 0.1   88.7     0.1 1.2       0.1   0.1 0.5 7256 CG,UG AU,UG,CA

Next page

Advanced export

JSON shape: default, array, newline-delimited

CSV options: 

CREATE TABLE "basepair_frequency" (
   "molecule" TEXT,
   "helix_number" TEXT,
   "position_1" INTEGER,
   "position_2" INTEGER,
   "pair_note" TEXT,
   "header_format" TEXT,
   "reference_base_pair" TEXT,
   "conformation" TEXT,
   "ai_code" TEXT,
   "tertiary_type" TEXT,
   "header_extra" TEXT,
   "strength" TEXT,
   "group_code" TEXT,
   "GC" REAL,
   "CG" REAL,
   "UA" REAL,
   "AU" REAL,
   "GU" REAL,
   "UG" REAL,
   "AA" REAL,
   "AC" REAL,
   "AG" REAL,
   "CA" REAL,
   "CC" REAL,
   "CU" REAL,
   "GA" REAL,
   "GG" REAL,
   "UC" REAL,
   "UU" REAL,
   "gap" REAL,
   "Seq" INTEGER,
   "predominant_types" TEXT,
   "covarying_types" TEXT
);
CREATE INDEX "idx_basepair_frequency_molecule_position_1_position_2"
    ON "basepair_frequency" ("molecule", "position_1", "position_2");