Base-pair frequencies

predominant_types
Base-pair types shown in bold in the published table (most frequent).
covarying_types
Base-pair types marked * in the published table (involved in a covariation).
header_format
legacy = entry not yet revised to the v4 layout (no type / conformation).

425 rows where group_code = "M", molecule = "16S" and strength = "Strong" sorted by position_1

✎ View and edit SQL

This data as json, CSV (advanced)

Suggested facets: reference_base_pair, AG, GA, GG

conformation 6

tertiary_type 2

strength 1

  • Strong · 425 ✖

molecule 1

  • 16S · 425 ✖

header_format 1

group_code 1

Link rowid molecule helix_number position_1 ▼ position_2 pair_note header_format reference_base_pair conformation ai_code tertiary_type header_extra strength group_code GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq predominant_types covarying_types
175 175 16S 1 9 25   v4 G:C cWW       Strong M 9.5 0.5 1.1 83.8 1.4   0.3 2.3 0.3   0.6           0.3 662 GC,AU,AC GC,CG,UA,AU
182 182 16S 1 10 24   v4 A:U cWW       Strong M 82.5 0.8 0.2 12.5 2.1     0.9     0.2       0.2 0.5 0.3 663 GC,AU,GU GC,CG,UA,AU
189 189 16S 1 11 23   v4 G:C cWW       Strong M 68.9 0.5 2.1 5.4 0.5   0.2 21.3     0.2   0.2   0.5 0.2 0.3 666 GC,UA,AU,AC GC,CG,UA,AU
196 196 16S 1 12 22   v4 U:G cWW       Strong M   1.9 5.1     62.0 1.0   0.3 28.4   0.1   0.1   0.6 0.3 669 UA,UG,CA UG,CA
210 210 16S 2 17 918   v4 U:A cWW   3°: pseudoknot   Strong M   0.4 97.3 0.4   0.1 0.3     0.1     0.1 0.1 0.3 0.3 0.3 672 UA CG,UA,AU
217 217 16S 2 18 917   v4 C:G cWW   3°: pseudoknot   Strong M 3.4 90.1 4.7 0.1   0.1 0.1   0.6 0.1     0.1     0.1 0.3 675 GC,CG,UA GC,CG,UA,AU
224 224 16S 2 19 916   v4 A:U cWW   3°: pseudoknot   Strong M 0.4 90.7 4.4 1.9   0.1 0.3   0.4 0.9   0.1   0.3     0.3 676 CG,UA GC,CG,UA,AU
231 231 16S 3 27 556   v4 G:C cWW       Strong M 26.1 9.0 14.5 29.0 0.8 0.4 12.1 3.2 1.3 0.1 0.3 0.3 0.1 0.1 0.1 0.8 1.4 708 GC,CG,UA,AU,AA,AC GC,CG,UA,AU
238 238 16S 3 28 555   v4 A:U cWW       Strong M 1.6 44.3 14.5 17.5 1.0 3.5 0.8 7.9   3.1 0.1 2.1 0.1   0.4 2.7 0.3 709 CG,UA,AU,UG,AC,CA,CU,UU GC,CG,UA,AU
245 245 16S 3 29 554   v4 U:A cWW       Strong M 7.8 3.4 45.9 13.6 1.4 4.9 1.0 7.8 0.1 2.3 2.8 4.2 0.3   1.4 2.7 0.4 708 GC,CG,UA,AU,UG,AC,CA,CC,CU,UU GC,CG,UA,AU
252 252 16S 3 30 553   v4 U:A cWW       Strong M 44.6 0.3 11.5 39.2 2.1 0.1 0.1 1.0   0.3   0.1   0.1   0.1 0.3 711 GC,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU
259 259 16S 3 32 552   v4 A:U cWW       Strong M   1.1 84.3 12.5 0.1   0.3   0.3 0.3     0.1   0.1 0.4 0.4 712 UA,AU CG,UA,AU
266 266 16S 3 33 551   v4 A:U cWW       Strong M 0.4 22.2 62.2 11.5 1.4   0.3     0.1     0.1     0.3 1.3 712 CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
273 273 16S 3 34 550   v4 C:G cWW       Strong M 6.7 11.3 2.9 71.0 3.2 0.6 0.3 2.4       0.1 0.1     0.7 0.6 714 GC,CG,UA,AU,GU,AC GC,CG,UA,AU
287 287 16S 3 36 548   v4 C:G cWW       Strong M   35.6 57.1 0.4 0.1 4.6 0.4 0.1 0.1 1.0         0.1 0.1 0.3 736 CG,UA,UG CG,UA,AU
308 308 16S 4 40 402   v4 C:G cWW       Strong M 1.3 13.6 56.3 21.1 0.4 1.1 2.3 0.5 0.3 1.6   0.1 0.1     0.9 0.3 749 CG,UA,AU,AA GC,CG,UA,AU
315 315 16S 4 41 401   v4 G:C cWW       Strong M 26.0 5.9 5.9 56.4 1.3 0.5 1.1 0.4 0.1 0.1     0.3 0.1 1.3 0.3 0.3 750 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
322 322 16S 4 42 400   v4 G:C cWW       Strong M 21.4 43.1 12.5 19.1 1.1 1.5 0.1     0.1 0.1 0.1 0.3       0.5 758 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
329 329 16S 4 43 399   v4 C:G cWW       Strong M 2.1 21.5 61.8 7.5 0.5 2.9 0.4 0.3   1.1 0.1   0.3   0.3 0.9 0.4 759 GC,CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU
336 336 16S 4 44 398   v4 A:U cWW       Strong M 8.4 7.2 17.8 59.9   0.1 1.6 1.6 0.1 0.5 0.3 0.1 0.8 0.3 0.3 0.8 0.3 760 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
343 343 16S 4 45 396   v4 G:C cWW       Strong M 24.8 1.3 10.9 48.6 6.2 0.3 0.7 6.2           0.1 0.1 0.5 0.4 763 GC,UA,AU,GU,AC GC,CG,UA,AU
350 350 16S 4 46 395   v4 G:C cWW       Strong M 21.6 0.4 0.9 63.8 4.7 0.3 0.1 5.7 0.3   0.3 0.7 0.3   0.1 0.5 0.4 768 GC,AU,GU,AC GC,CG,UA,AU
357 357 16S 5 47 361   v4 C:G cWW   3°: base pair   Strong M   10.2 1.4 19.9 1.3 0.1 0.1 5.6   0.3 10.6 26.0 0.5   0.9 22.4 0.7 773 CG,AU,AC,CC,CU,UU UA,AC,CU
364 364 16S 5 52 359   v4 C:G cWW       Strong M 0.4 70.8 26.0 0.4   0.9       0.6 0.1     0.1     0.7 789 CG,UA GC,CG,UA,AU
371 371 16S 5 53 358   v4 A:U cWW       Strong M   0.1   97.7 0.9 0.1 0.1 0.1               0.3 0.7 792 AU AU,UG
392 392 16S 5 57 355   v4 G:C cWW       Strong M 97.5     0.5       0.7         0.5 0.1     0.7 824 GC GC,AU
406 406 16S 6 61 106   v4 G:C cWW       Strong M 81.9     13.8 1.4 0.1 0.2 0.6   0.1     0.1 0.2     1.3 828 GC,AU GC,AU,UG,CA
420 420 16S 6 63 104   v4 C:G cWW       Strong M   8.9 1.7 0.7   0.1             0.1       88.4 867 CG CG,UA,AU
427 427 16S 6 66 103   v4 A:U cWW       Strong M 0.1 0.2 0.7 10.2   0.2       0.2           0.1 88.0 830 AU GC,CG,UA,AU
434 434 16S 6 67 102   v4 C:G cWW       Strong M 0.2 8.6 1.9 0.6   0.2 0.1                 0.1 88.1 830 CG GC,CG,UA,AU
448 448 16S 6 69 99   v4 G:C cWW       Strong M   0.2 4.6 0.5     0.5   3.3 0.1 0.1   0.1     0.4 90.3 830 UA,AG UA,AG,CC
455 455 16S 6 70 98   v4 U:A cWW       Strong M 0.1 0.1 2.7 0.6 0.2       0.1 3.1         2.3 0.4 90.3 830 UA,CA,UC AU,CA,UC
462 462 16S 6 73 97   v4 C:G cWW       Strong M   0.1 4.2 3.6     0.7   0.1     0.1       0.5 90.5 830 UA,AU CG,UA,AU
469 469 16S 6 74 96   v4 A:U cWW       Strong M   0.6 2.9 0.4   3.1 0.2     0.1           1.9 90.7 830 UA,UG AU,UG,CA
476 476 16S 6 75 95   v4 G:C cWW       Strong M   0.1 4.1 0.1   2.0 1.4 0.1 0.1       0.1     0.5 91.2 830 UA,UG CG,UA,AU
483 483 16S 6 76 93   v4 G:U cWW       Strong M   2.3 0.2 3.0 0.1   0.2 0.5       0.1       1.2 92.3 830 CG,AU CG,UA,AU
490 490 16S 6 77 92   v4 A:U cWW       Strong M 2.8   1.1 0.6 2.8   0.4             0.1     92.2 830 GC,GU GC,UA,AU
497 497 16S 6 78 91   v4 A:U cWW       Strong M     3.1 0.8 1.8   0.5             0.1   0.1 93.4 830 UA UA,GU
504 504 16S 6 79 90   v4 G:C cWW       Strong M   0.1 3.0 0.4         0.4       0.1 1.8   0.1 94.1 830 UA UA,AU,GG
511 511 16S 6 80 89   v4 A:U cWW       Strong M 0.1   0.4 0.1     0.2 0.1   0.4 0.1   1.8     0.4 96.4 830   CC,GA,UU
518 518 16S 6 81 88   v4 A:U cWW       Strong M 0.1   0.1 1.1 0.1   0.4 0.6 0.5 0.4           0.4 96.4 830   GC,AU,CA
525 525 16S 6 82 87   v4 G:C cWW       Strong M   0.1 0.5 0.6   0.1     0.1 0.1     1.7 0.1   0.4 96.2 830   CG,AU,GA
532 532 16S 6.1 113 314   v4 G:C cWW       Strong M 95.2 0.1 0.1   0.2   0.1 0.1 0.1       0.1     0.6 3.2 830 GC GC,CG,AA,UU
539 539 16S 6.1 114 313   v4 U:A cWW       Strong M   0.5 94.7 0.2 0.1   0.2     0.1     0.1     1.2 2.7 830 UA CG,UA,AU
546 546 16S 6.1 115 312   v4 G:C cWW       Strong M 94.9   0.4 0.2 0.2 0.1   0.1 0.2       1.0     0.1 2.6 830 GC GC,UA,AG
553 553 16S 7 122 239   v4 G:U cWW       Strong M 71.9   7.4 4.2 7.5 0.4 1.2 2.2 0.5 0.1   0.1   0.1   0.1 4.3 829 GC,UA,AU,GU,AC GC,UA,AU
560 560 16S 7 123 238   v4 U:A cWW       Strong M 0.5 84.0 2.8 4.7 0.5 0.1 0.5 0.1   2.2     0.2     0.1 4.3 830 CG,UA,AU,CA GC,CG,UA,AU
567 567 16S 7 124 237   v4 C:G cWW       Strong M 3.0 82.8 1.6 3.5 0.2 0.4 0.2 0.2 0.1 0.1 0.1   0.4 0.1   2.9 4.3 830 GC,CG,AU,UU GC,CG,UA,AU
574 574 16S 7 125 236   v4 U:A cWW       Strong M 0.8 81.2 4.6 1.7 0.5 2.9 0.4 2.6 0.1 0.2     0.1 0.2   0.1 4.4 831 CG,UA,UG,AC CG,UA,GU,AC
581 581 16S 7 126 235   v4 G:C cWW       Strong M 0.8 3.4 70.0 5.9 2.6 2.2 1.8 0.1   4.9 0.2   0.5   0.5 1.1 5.8 831 CG,UA,AU,GU,UG,CA GC,CG,UA,AU
588 588 16S 7 127 234   v4 G:C cWW       Strong M 4.6 7.9 40.8 2.9 0.8 7.3 6.5 0.6 0.2 14.9 3.4 0.7 0.7 0.1 0.5 0.6 7.4 831 GC,CG,UA,AU,UG,AA,CA,CC GC,CG,UA,AU
595 595 16S 7 128 233   v4 G:C cWW       Strong M 5.8 1.2 22.0 9.7 1.1 1.8 10.5 10.2 2.2 6.4 1.3 1.1 2.6 0.2 7.7 2.2 13.9 831 GC,UA,AU,AA,AC,AG,CA,GA,UC,UU CG,UA,GU,AC
602 602 16S 7 129 232   v4 A:G cWW   3°: base pair   Strong M 3.1 0.5 3.0 15.6 1.0 0.6 20.6 16.7 7.5 2.6 1.6 0.8 2.2 0.6 3.0 5.3 15.4 832 GC,UA,AU,AA,AC,AG,CA,GA,UC,UU GC,CG,AA,UU
609 609 16S 7 131 231   v4 A:U cWW       Strong M 9.3 14.4 17.1 21.2 3.9 1.2 5.4 4.2 0.8 4.3 2.7 1.8 2.1 0.4 1.2 1.9 8.0 829 GC,CG,UA,AU,GU,AA,AC,CA,CC,GA GC,CG,UA,AU
616 616 16S 7 132 230   v4 C:G cWW       Strong M 1.4 42.2 38.1 1.6 0.1 2.0 1.4 0.1   3.5   0.1 0.2     0.5 8.5 831 CG,UA,UG,CA GC,CG,UA,AU
623 623 16S 7 136 227   v4 C:G cWW       Strong M   10.3   0.2           0.1     0.2 0.1     88.9 832 CG CG,AU,GA
630 630 16S 7 137 226   v4 U:G cWW       Strong M 0.1 1.0 6.9 0.2 2.2     0.1 0.1 0.1       0.2     89.0 832 UA,GU CG,UA,GU,AC
637 637 16S 7 138 225   v4 G:C cWW       Strong M 0.4 0.4 5.4 4.8     0.1                   89.0 832 UA,AU GC,CG,UA,AU
644 644 16S 7 139 224   v4 A:U cWW       Strong M 0.4 0.1 2.0 7.8 0.2                     0.5 88.9 832 UA,AU GC,CG,UA,AU
651 651 16S 7 140 223   v4 U:A cWW       Strong M 0.1 2.6 1.6 5.6 0.5 0.1   0.1   0.1       0.1   0.1 88.9 832 CG,AU GC,CG,UA,AU
658 658 16S 7 141 222   v4 G:C cWW       Strong M 1.4 0.2 0.6 8.3 0.2             0.1       0.1 88.9 831 AU GC,CG,UA,AU
665 665 16S 7 142 221   v4 G:C cWW       Strong M 7.6 0.1 0.2 2.3 0.2 0.1 0.2   0.1     0.1         88.9 832 GC,AU GC,CG,UA,AU
672 672 16S 8 144 178   v4 G:C cWW       Strong M 0.4 0.5 4.4 4.2   0.1 0.2     0.2   0.1 0.1     0.2 89.3 832 UA,AU GC,CG,UA,AU
679 679 16S 8 145 177   v4 G:G cWW   3°: base pair   Strong M   3.2 1.0 5.5 0.1 0.6           0.1       0.2 89.1 832 CG,AU CG,UA,AU
686 686 16S 8 146 176   v4 G:C cWW       Strong M 4.1 0.5 0.6 2.3 2.6 0.2 0.1   0.1       0.2       89.1 832 GC,AU,GU GC,CG,UA,AU
693 693 16S 8 147 175   v4 G:C cWW       Strong M 8.2 0.2 0.7 0.5 0.7   0.1                 0.1 89.3 832 GC GC,CG,UA,AU
700 700 16S 8 152 169   v4 A:C tHW   3°: base pair   Strong M     0.1   0.1 0.1 0.2   0.2               99.2 832   GU,UG,AA
707 707 16S 8 153 168   v4 C:G cWW       Strong M     0.4       0.1                   99.4 832    
714 714 16S 8 154 167   v4 U:A cWW       Strong M   0.1 0.1 0.1                         99.5 832   CG,UA,AU
721 721 16S 8 155 166   v4 A:U cWW       Strong M     0.5 0.2 0.1 0.1                     99.0 832   UA,AU
728 728 16S 8 156 165   v4 C:G cWW       Strong M     0.4 0.7   0.1 0.1                   98.6 832   UA,AU
735 735 16S 8 157 164   v4 U:G cWW       Strong M     0.6 1.1     0.2             0.1     97.9 832   UA,AU,GG
742 742 16S 8 158 163   v4 G:C cWW       Strong M 0.6 0.2 0.5 0.4 0.2             2.3       0.2 95.5 832 CU GC,UA,CU
749 749 16S 9 184 193   v4 G:C cWW       Strong M 5.5 0.1 0.2 2.2 0.1 0.2 0.8 0.1 0.2       0.1       90.2 832 GC,AU GC,AU,UG
756 756 16S 9 185 192   v4 U:A cWW       Strong M 3.2 2.4 0.5 2.4   0.4 0.6   0.1       0.1     0.1 90.0 832 GC,CG,AU GC,CG,UA,AU
763 763 16S 9 186 191   v4 C:G cWW       Strong M 0.4 0.5 2.9 4.7   0.2 0.6   0.1       0.2 0.1     90.2 832 UA,AU GC,CG,UA,AU
770 770 16S 10 198 219   v4 G:U cWW       Strong M 0.2   0.1 1.3 0.2         0.1           0.4 97.4 832   GC,AU,CA
777 777 16S 10 199 218   v4 A:U cWW       Strong M     0.1 0.5 0.1   1.2 0.1     0.2           97.7 832   GU,AA,CC
784 784 16S 10 200 217   v4 G:C cWW       Strong M   0.2 0.5 0.4 0.4 1.2                     97.3 832   GU,UG
791 791 16S 10 201 216   v4 G:U cWW       Strong M     0.2 0.1 0.1     0.4 1.1 0.2       0.1   0.2 97.4 832   UA,GU,AG
798 798 16S 10 202 215   v4 G:C cWW       Strong M     0.2 0.4     0.2           0.1 0.1     98.8 832   UA,AU,GG
805 805 16S 10 203 214   v4 G:C cWW       Strong M       0.2 0.1   0.5 0.1   0.1             98.8 832   GU,AA
812 812 16S 10 206 213   v4 C:G cWW       Strong M 0.1   0.2 0.2 0.1   0.2     0.2     0.1 0.2   0.2 98.2 832   UA,AU,GG
819 819 16S 10 207 212   v4 C:G cWW       Strong M 0.1   0.5 0.6   0.2     0.1     0.1     0.1 0.1 98.0 832   GC,UA,AU
826 826 16S 11 240 286   v4 G:C cWW       Strong M 77.5 4.3 1.8 10.8 0.7       0.1   0.1           4.5 832 GC,CG,AU GC,CG,UA,AU
833 833 16S 11 241 285   v4 G:C cWW       Strong M 84.7   0.6 7.0 2.5 0.2   0.1     0.1         0.1 4.5 832 GC,AU,GU GC,UA,AU
840 840 16S 11 242 284   v4 G:C cWW       Strong M 7.0 24.4 45.6 0.6 0.5 16.3 0.1     0.5   0.1 0.1 0.2     4.5 832 GC,CG,UA,UG GC,CG,UA,AU
847 847 16S 11 245 283   v4 U:U cWW   3°: base pair   Strong M 0.1   0.4 0.2 2.0 0.1 0.1 1.0     81.2       1.3 8.1 5.4 830 GU,CC,UU AA,CC,UU
854 854 16S 11 247 277   v4 G:C cWW       Strong M 59.0 0.1 0.4 34.7 0.2   0.2       0.2 0.2         4.8 832 GC,AU GC,CG,UA,AU
861 861 16S 11 248 276   v4 C:G cWW       Strong M 93.4 0.1 0.2 1.0 0.1 0.1                     5.0 832 GC GC,CG,UA,AU
868 868 16S 11 249 275   v4 U:G cWW       Strong M 0.1 76.4 0.1 0.4   16.2 0.1   0.2 0.6 0.1 0.1   0.2     5.3 831 CG,UG GC,CG,UA,AU
875 875 16S 11 252 274   v4 U:A cWW       Strong M 17.8   11.0 56.6 0.6 0.6 1.0 2.3 0.1 0.1 0.2 0.1     0.6 2.4 6.5 831 GC,UA,AU,AC,UU GC,UA,AU
882 882 16S 11 253 273   v4 A:U cWW       Strong M 1.3 53.5 11.0 10.8 0.1   0.2   0.2 0.1 0.4   0.1 0.2 0.1   21.9 840 CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
889 889 16S 11 254 272   v4 G:C cWW       Strong M 10.2 2.6 16.4 7.0 0.4   0.1 0.4   0.5 0.5 0.1 0.1 0.1 0.1 0.5 61.1 853 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
896 896 16S 11 255 271   v4 G:C cWW       Strong M 6.3 1.3 3.7 1.3 2.9 0.2 0.1 0.1         0.1 0.1     83.7 859 GC,UA,GU GC,CG,UA,AU
903 903 16S 11 256 270   v4 U:A cWW       Strong M 0.5 0.2 7.8 3.7     0.2 0.2   0.2             87.1 859 UA,AU GC,CG,UA,AU
910 910 16S 11 257 269   v4 G:C cWW       Strong M 0.6 2.0 1.4 5.8 0.3 0.3             0.3     0.1 89.0 859 CG,AU GC,CG,UA,AU
917 917 16S 11 258 268   v4 G:U cWW       Strong M 1.3 0.3 1.3 6.8 0.5     0.1 0.1 0.1     0.2   0.1 0.1 89.0 859 AU GC,CG,UA,AU
924 924 16S 11 259 267   v4 G:C cWW       Strong M 8.0 0.1 0.7 1.5                 0.2     0.2 89.2 859 GC GC,CG,UA,AU
931 931 16S 12 289 311   v4 G:C cWW       Strong M 92.4   0.1 1.4 0.6     0.2     0.1   0.1     0.1 4.7 832 GC GC,UA,AU

Next page

Advanced export

JSON shape: default, array, newline-delimited

CSV options: 

CREATE TABLE "basepair_frequency" (
   "molecule" TEXT,
   "helix_number" TEXT,
   "position_1" INTEGER,
   "position_2" INTEGER,
   "pair_note" TEXT,
   "header_format" TEXT,
   "reference_base_pair" TEXT,
   "conformation" TEXT,
   "ai_code" TEXT,
   "tertiary_type" TEXT,
   "header_extra" TEXT,
   "strength" TEXT,
   "group_code" TEXT,
   "GC" REAL,
   "CG" REAL,
   "UA" REAL,
   "AU" REAL,
   "GU" REAL,
   "UG" REAL,
   "AA" REAL,
   "AC" REAL,
   "AG" REAL,
   "CA" REAL,
   "CC" REAL,
   "CU" REAL,
   "GA" REAL,
   "GG" REAL,
   "UC" REAL,
   "UU" REAL,
   "gap" REAL,
   "Seq" INTEGER,
   "predominant_types" TEXT,
   "covarying_types" TEXT
);
CREATE INDEX "idx_basepair_frequency_molecule_position_1_position_2"
    ON "basepair_frequency" ("molecule", "position_1", "position_2");