Base-pair frequencies

predominant_types
Base-pair types shown in bold in the published table (most frequent).
covarying_types
Base-pair types marked * in the published table (involved in a covariation).
header_format
legacy = entry not yet revised to the v4 layout (no type / conformation).

1,247 rows where group_code = "E" and strength = "Strong" sorted by position_1

✎ View and edit SQL

This data as json, CSV (advanced)

Suggested facets: reference_base_pair

conformation 11

molecule 3

header_format 2

strength 1

  • Strong · 1,247 ✖

group_code 1

  • E · 1,247 ✖
Link rowid molecule helix_number position_1 ▼ position_2 pair_note header_format reference_base_pair conformation ai_code tertiary_type header_extra strength group_code GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq predominant_types covarying_types
4 4 5S 1 1 119   v4 U:A cWW       Strong E                                 100.0 1    
3520 3520 23S 1 1 2902   v4 G:C cWW       Strong E                                 100.0 40    
8 8 5S 1 2 118   v4 G:C cWW       Strong E                                 100.0 1    
3527 3527 23S 1 2 2901   v4 G:C cWW       Strong E                                 100.0 40    
12 12 5S 1 3 117   v4 C:G cWW       Strong E 49.7 0.3 0.7 46.2 1.7   0.3 1.0                   292 GC,AU GC,CG,UA,AU
3534 3534 23S 1 3 2900   v4 U:A cWW       Strong E                                 100.0 41    
16 16 5S 1 4 116   v4 C:G cWW       Strong E 15.1 35.4 10.0 1.7 10.7 9.6   0.3 0.3         1.7   14.4 0.7 291 GC,CG,UA,GU,UG,UU GC,CG,UU
3541 3541 23S 1 4 2899   v4 U:A cWW       Strong E             2.4                   97.5 41 AA  
20 20 5S 1 5 115   v4 U:A cWW       Strong E 14.3 46.8 13.3 18.1 0.7 4.4 0.3     0.7       0.3   0.3 0.7 293 GC,CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU
3548 3548 23S 1 5 2898   v4 A:U cWW       Strong E         2.4                       97.5 41 GU  
24 24 5S 1 6 114   v4 G:C cWW       Strong E 4.1 11.9 69.0 12.6   0.3 0.3 0.7             0.3 0.3 0.3 294 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
3555 3555 23S 1 6 2897   v4 A:U cWW       Strong E             2.4                   97.4 41 AA  
28 28 5S 1 7 113   v4 G:C cWW       Strong E 25.9 0.3 8.8 63.9           0.3     0.3       0.3 294 GC,UA,AU GC,CG,UA,AU
3562 3562 23S 1 7 2896   v4 G:C cWW       Strong E             2.4                   97.6 41 AA  
32 32 5S 1 8 112   v4 C:G cWW       Strong E 3.4 94.9     0.3 0.7         0.3     0.3       295 GC,CG GC,CG
36 36 5S 1 9 111   v4 G:U cWW       Strong E 24.1 0.7 0.3 1.0 72.1     0.3         1.0   0.3     294 GC,GU CG,UA,GU,AC
174 174 16S 1 9 25   v4 G:C cWW       Strong E   97.1 0.1     0.3     0.1 0.1 0.1     0.1     2.0 784 CG CG,UA
40 40 5S 1 10 110   v4 G:C cWW       Strong E 55.3 1.0 5.4 26.8 8.5     2.0   0.3         0.3 0.3   295 GC,UA,AU,GU,AC GC,CG,UA,AU
181 181 16S 1 10 24   v4 A:U cWW       Strong E   0.8 92.6 5.0           0.4   0.1 0.1       1.0 793 UA,AU CG,UA,AU
188 188 16S 1 11 23   v4 G:C cWW       Strong E 99.0                   0.1       0.1   0.7 806 GC  
195 195 16S 1 12 22   v4 U:G cWW       Strong E 93.9     0.6 0.1     4.8     0.1           0.4 815 GC,AC GC,AU
3576 3576 23S 2 15 525   v4 G:U cWW       Strong E 0.9 71.6 4.3 1.7 8.6       3.4 4.3   1.7 0.9   0.9   1.8 116 CG,UA,GU,AG,CA CG,UA,GU
44 44 5S 2 16 68   v4 G:C cWW       Strong E 22.8 65.3 11.9                             294 GC,CG,UA GC,CG,UA
3583 3583 23S 2 16 524   v4 C:G cWW       Strong E 7.8 9.5 64.7 0.9 4.3 7.8     0.9 1.7 1.7           0.9 116 GC,CG,UA,GU,UG GC,CG,UA,AU
48 48 5S 2 17 67   v4 C:G cWW       Strong E 16.6 61.0 13.2 6.8   1.0       0.7       0.7       295 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
209 209 16S 2 17 918   v4 U:A cWW   3°: pseudoknot   Strong E     96.8 0.1   1.4       0.4         0.7 0.1 0.5 812 UA UA,AU
3590 3590 23S 2 17 523   v4 G:C cWW       Strong E   37.1 54.3 1.7 0.9 0.9           3.4         1.8 116 CG,UA,CU CG,UA,AU
52 52 5S 2 18 65   v4 G:U cWW       Strong E 9.8 7.1 7.5 73.2 0.3 0.3 0.7 0.7     0.3             295 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
216 216 16S 2 18 917   v4 C:G cWW   3°: pseudoknot   Strong E   85.5 7.2     0.6       6.5             0.2 825 CG,UA,CA CG,UA
3597 3597 23S 2 18 522   v4 U:A cWW       Strong E 9.5 6.0 65.5 1.7   10.3     0.9     0.9 0.9 0.9   2.6 0.9 116 GC,CG,UA,UG,UU GC,CG,UA,AU
56 56 5S 2 19 64   v4 C:G cWW       Strong E 15.0 49.8 14.7 16.4 1.0     0.3 0.3 1.0 1.0     0.3       293 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
223 223 16S 2 19 916   v4 A:U cWW   3°: pseudoknot   Strong E   97.0 2.4             0.5             0.1 826 CG,UA CG,UA
3604 3604 23S 2 19 521   v4 A:U cWW       Strong E 0.9 47.4 31.0 11.2 1.7 0.9 3.4       0.9     1.7     0.9 116 CG,UA,AU,AA GC,CG,UA,AU
60 60 5S 2 20 63   v4 G:C cWW       Strong E 45.1 34.8 8.9 7.2 1.7 0.3   1.7             0.3     293 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
3611 3611 23S 2 20 520   v4 C:G cWW       Strong E 14.7 13.8 2.6 62.1 0.9 1.7   0.9             0.9 1.7 0.9 116 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
64 64 5S 2 21 62   v4 G:C cWW       Strong E 15.0 32.3 25.9 17.3 1.7 6.1     0.3 0.7   0.3   0.3       294 GC,CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU
3618 3618 23S 2 21 519   v4 A:U cWW       Strong E 31.9 2.6 2.6 34.5 25.0             1.7       0.9 0.9 116 GC,CG,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU
68 68 5S 2 22 61   v4 U:G cWW       Strong E 12.6 18.7 50.7 11.9 0.7 3.7   0.3 0.7   0.3       0.3     294 GC,CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU
3625 3625 23S 2 22 518   v4 C:G cWW       Strong E   94.8 1.7     0.9       1.7             0.9 116 CG CG,UA
72 72 5S 2 23 60   v4 G:C cWW       Strong E 78.0 0.3   1.7 0.7 0.3   2.7 0.3   0.7 0.3 0.3   13.5 0.3 0.7 296 GC,AC,UC GC,CG,AU
3632 3632 23S 2 23 517   v4 G:C cWW       Strong E 33.6   0.9 51.7 8.6   0.9   3.4               0.9 116 GC,AU,GU,AG GC,UA,AU
3639 3639 23S 2 24 516   v4 G:C cWW       Strong E 25.0   6.9 62.9   0.9   0.9   2.6             0.9 116 GC,UA,AU,CA GC,UA,AU
230 230 16S 3 27 556   v4 G:C cWW       Strong E 21.0 4.9 0.2 70.8 0.5   0.6 0.1       0.1       1.8 0.1 883 GC,CG,AU GC,CG,UA,AU
76 76 5S 2 28 56   v4 C:G cWW       Strong E 0.3       0.7 1.0   0.7   0.3 4.7 75.5     14.8 1.7 0.3 298 CC,CU,UC CU,UC
237 237 16S 3 28 555   v4 A:U cWW       Strong E 22.4 0.4 0.1 2.5 72.6 0.1   0.1       0.9 0.1     0.6 0.2 889 GC,AU,GU CG,UA,GU,AC
80 80 5S 2 29 55   v4 A:U cWW       Strong E 12.1   6.7 80.2 0.3     0.3                 0.3 298 GC,UA,AU GC,UA,AU
244 244 16S 3 29 554   v4 U:A cWW       Strong E 0.5   92.7 0.2 0.2 0.6       0.1 0.1         0.2 5.3 880 UA GC,UA,AU
84 84 5S 2 30 54   v4 C:G cWW       Strong E 5.7 91.9 1.7 0.3                   0.3       298 GC,CG GC,CG,UA,AU
251 251 16S 3 30 553   v4 U:A cWW       Strong E 0.7 0.7   95.8 1.7   0.4 0.1           0.1     0.6 898 AU GC,CG,AU
3646 3646 23S 2 30 510   v4 G:C cWW   3°: base pair   Strong E 30.8 44.4 1.7 17.1   4.3                     1.8 117 GC,CG,AU,UG GC,CG,UA,AU
88 88 5S 2 31 51   v4 C:G cWW       Strong E 10.7 81.5 4.0 0.7 0.3 0.3 0.3       0.3 1.7           298 GC,CG,UA GC,CG,UA,AU
3653 3653 23S 3 31 474   v4 C:G cWW       Strong E 2.6 4.3 55.2 28.4 0.9 2.6     0.9               5.2 116 GC,CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU
92 92 5S 2 32 50   v4 U:A cWW       Strong E 70.4 16.5 2.7 10.1   0.3                       297 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
258 258 16S 3 32 552   v4 A:U cWW       Strong E 2.6 0.1 93.1       0.1     0.1   0.1   2.7 0.1 0.1 1.0 897 GC,UA,GG UA,CU,GG
3660 3660 23S 3 32 473   v4 C:G cWW       Strong E   87.1 0.9 8.6   0.9               0.9     1.8 116 CG,AU CG,UA,AU
96 96 5S 2 33 49   v4 G:C cWW       Strong E 56.7 33.6 5.0 2.3   2.0               0.3       298 GC,CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU
265 265 16S 3 33 551   v4 A:U cWW       Strong E 0.2     98.3 0.1     0.1 0.1               1.1 895 AU GC,AU
100 100 5S 2 34 48   v4 A:U cWW       Strong E 4.4   31.5 63.4                     0.3   0.3 298 GC,UA,AU GC,UA,AU
272 272 16S 3 34 550   v4 C:G cWW       Strong E   9.6 1.8 0.2 0.1 86.5           0.2   0.7     0.9 893 CG,UG UG,CU
3667 3667 23S 4 35 445   v4 G:C cWW       Strong E 96.5     0.9                         2.6 115 GC GC,AU
286 286 16S 3 36 548   v4 C:G cWW       Strong E   98.3       0.1       0.1 0.2           1.2 909 CG  
3674 3674 23S 4 36 444   v4 G:C cWW       Strong E 96.6 0.9   0.9                         1.7 116 GC GC,CG,AU
3681 3681 23S 4 37 442   v4 C:G cWW       Strong E 3.5 73.9 4.3 3.5   13.9                     0.9 115 GC,CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU
3688 3688 23S 4 38 441   v4 A:U cWW       Strong E 0.9 1.7 90.4 6.1                         0.9 115 UA,AU GC,CG,UA,AU
3695 3695 23S 4 39 440   v4 G:C cWW       Strong E   77.4 16.5 5.2                         0.9 115 CG,UA,AU CG,UA,AU
307 307 16S 4 40 402   v4 C:G cWW       Strong E 0.2 0.9 95.3 0.4   0.7 0.1     0.2   0.1 0.7   0.4 0.1 0.9 917 UA GC,CG,UA,AU
3702 3702 23S 4 40 439   v4 U:A cWW       Strong E 20.9 32.2 29.6 11.3 0.9 3.5           0.9         0.9 115 GC,CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU
314 314 16S 4 41 401   v4 G:C cWW       Strong E 0.9 41.2 0.7 0.4 0.1 3.2 0.2     22.5   29.7 0.1       1.1 920 CG,UG,CA,CU GC,CG,UA,AU
3709 3709 23S 4 41 438   v4 C:G cWW       Strong E 5.2 62.6 24.3 6.1               0.9         0.9 115 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
321 321 16S 4 42 400   v4 G:C cWW       Strong E   2.3 96.3     0.4       0.3             0.7 922 CG,UA CG,UA
3716 3716 23S 4 42 437   v4 A:U cWW       Strong E 60.9 0.9 10.4 25.2 0.9     0.9                 0.9 115 GC,UA,AU GC,CG,UA,AU
328 328 16S 4 43 399   v4 C:G cWW       Strong E   19.4 7.4 0.1   2.2 3.4     66.4 0.1         0.4 0.6 922 CG,UA,UG,AA,CA AU,UG,CA
3723 3723 23S 4 43 436   v4 G:C cWW       Strong E 6.9 68.1 12.1 8.6             0.9       0.9   2.6 116 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
335 335 16S 4 44 398   v4 A:U cWW       Strong E       0.5     1.8 90.2 0.2   0.8       1.3 4.3 0.9 933 AC,UU AC,UU
3730 3730 23S 4 44 434   v4 A:U cWW       Strong E 9.6   9.6 38.3 6.1 1.7 7.8 6.1 12.2   0.9   5.2 1.7     0.9 115 GC,UA,AU,GU,AA,AC,AG,GA GC,UA,AU
342 342 16S 4 45 396   v4 G:C cWW       Strong E 0.2 0.3 0.3 2.5 1.7   0.4   92.3         2.1     0.1 935 AU,AG,GG UA,GU,AG
3737 3737 23S 4 45 433   v4 G:C cWW       Strong E   0.9 3.4 10.3 7.8 6.9 0.9 9.5     0.9       19.0 30.2 10.5 116 UA,AU,GU,UG,AC,UC,UU CG,AC,UU
349 349 16S 4 46 395   v4 G:C cWW       Strong E 2.9     78.9 17.9                       0.3 938 GC,AU,GU GC,AU
3744 3744 23S 4.1 46 179   v4 G:C cWW       Strong E     8.6                           91.4 116 UA  
356 356 16S 5 47 361   v4 C:G cWW   3°: base pair   Strong E 97.6   1.7 0.1       0.1         0.1   0.1   0.2 936 GC GC,UA,AU
3751 3751 23S 4.1 47 178   v4 C:G cWW       Strong E   97.4 0.9                           1.8 114 CG CG,UA
363 363 16S 5 52 359   v4 C:G cWW       Strong E 95.6 3.7 0.1   0.1           0.1     0.2     0.1 940 GC,CG GC,CG,UA
370 370 16S 5 53 358   v4 A:U cWW       Strong E   99.6   0.1   0.1     0.1               0.1 944 CG CG,AU
3765 3765 23S 5 54 116   v4 G:C cWW       Strong E 24.8       73.5               0.9       0.9 117 GC,GU  
3772 3772 23S 5 55 115   v4 G:C cWW       Strong E 21.4 0.9   73.5 3.4                       0.9 117 GC,AU,GU GC,CG,AU
3779 3779 23S 5 56 114   v4 A:U cWW       Strong E 6.8 8.5 5.1 78.6                         0.9 117 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
391 391 16S 5 57 355   v4 G:C cWW       Strong E 99.7                         0.1 0.1   0.1 957 GC  
3786 3786 23S 6 57 70   v4 C:G cWW       Strong E   98.3                             1.6 118 CG  
3793 3793 23S 6 58 69   v4 G:C cWW       Strong E 94.9     0.8 2.5     0.8                 0.8 118 GC,GU GC,AU
3800 3800 23S 6 59 68   v4 U:G cWW       Strong E   76.3 10.2     12.7                     0.8 118 CG,UA,UG CG,UA
405 405 16S 6 61 106   v4 G:C cWW       Strong E 96.3     0.3 2.6           0.1   0.2 0.1 0.2 0.1 0.1 963 GC,GU GC,AU
3807 3807 23S 6.1 61 93   v4 C:G cWW   3°: pseudoknot   Strong E           0.9                     99.1 117    
3814 3814 23S 6.1 62 92   v4   cWW   3°: pseudoknot   Strong E                           0.9     99.1 117    
419 419 16S 6 63 104   v4 C:G cWW       Strong E 0.1 69.3     0.1 0.6     0.6   0.1     24.3     4.8 971 CG,GG CG,GU
3828 3828 23S 6.1 65 89   v4 U:A cWW   3°: pseudoknot   Strong E                             0.8   99.1 118    
426 426 16S 6 66 103   v4 A:U cWW       Strong E   0.7 1.8 81.2 0.8 1.8 0.1 11.9 0.6   0.1 0.1 0.1 0.5   0.2 0.1 971 AU,AC AU,UG,CC,GA
433 433 16S 6 67 102   v4 C:G cWW       Strong E 94.6 0.2 1.4 1.0 0.5   0.4 0.4 0.3         0.1 0.8 0.1 0.1 974 GC GC,CG,UA,AU
3842 3842 23S 6.2 67 74   v4 U:A cWH   3°: pseudoknot   Strong E 0.8 1.7 31.1 4.2 4.2 5.0       1.7 3.4       44.5 0.8 2.5 119 UA,AU,GU,UG,CC,UC CG,AU,UC
447 447 16S 6 69 99   v4 G:C cWW       Strong E                                 100.0 1020    
104 104 5S 3 70 106   v4 C:G cWW       Strong E 9.4 84.5 3.4 2.0   0.7                       297 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU

Next page

Advanced export

JSON shape: default, array, newline-delimited

CSV options: 

CREATE TABLE "basepair_frequency" (
   "molecule" TEXT,
   "helix_number" TEXT,
   "position_1" INTEGER,
   "position_2" INTEGER,
   "pair_note" TEXT,
   "header_format" TEXT,
   "reference_base_pair" TEXT,
   "conformation" TEXT,
   "ai_code" TEXT,
   "tertiary_type" TEXT,
   "header_extra" TEXT,
   "strength" TEXT,
   "group_code" TEXT,
   "GC" REAL,
   "CG" REAL,
   "UA" REAL,
   "AU" REAL,
   "GU" REAL,
   "UG" REAL,
   "AA" REAL,
   "AC" REAL,
   "AG" REAL,
   "CA" REAL,
   "CC" REAL,
   "CU" REAL,
   "GA" REAL,
   "GG" REAL,
   "UC" REAL,
   "UU" REAL,
   "gap" REAL,
   "Seq" INTEGER,
   "predominant_types" TEXT,
   "covarying_types" TEXT
);
CREATE INDEX "idx_basepair_frequency_molecule_position_1_position_2"
    ON "basepair_frequency" ("molecule", "position_1", "position_2");