Base-pair frequencies

predominant_types
Base-pair types shown in bold in the published table (most frequent).
covarying_types
Base-pair types marked * in the published table (involved in a covariation).
header_format
legacy = entry not yet revised to the v4 layout (no type / conformation).

425 rows where group_code = "E", molecule = "16S" and strength = "Strong" sorted by position_1

✎ View and edit SQL

This data as json, CSV (advanced)

Suggested facets: reference_base_pair, AA, AG, CC, GA, GG, UC

conformation 6

tertiary_type 2

strength 1

  • Strong · 425 ✖

molecule 1

  • 16S · 425 ✖

header_format 1

group_code 1

Link rowid molecule helix_number position_1 ▼ position_2 pair_note header_format reference_base_pair conformation ai_code tertiary_type header_extra strength group_code GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq predominant_types covarying_types
174 174 16S 1 9 25   v4 G:C cWW       Strong E   97.1 0.1     0.3     0.1 0.1 0.1     0.1     2.0 784 CG CG,UA
181 181 16S 1 10 24   v4 A:U cWW       Strong E   0.8 92.6 5.0           0.4   0.1 0.1       1.0 793 UA,AU CG,UA,AU
188 188 16S 1 11 23   v4 G:C cWW       Strong E 99.0                   0.1       0.1   0.7 806 GC  
195 195 16S 1 12 22   v4 U:G cWW       Strong E 93.9     0.6 0.1     4.8     0.1           0.4 815 GC,AC GC,AU
209 209 16S 2 17 918   v4 U:A cWW   3°: pseudoknot   Strong E     96.8 0.1   1.4       0.4         0.7 0.1 0.5 812 UA UA,AU
216 216 16S 2 18 917   v4 C:G cWW   3°: pseudoknot   Strong E   85.5 7.2     0.6       6.5             0.2 825 CG,UA,CA CG,UA
223 223 16S 2 19 916   v4 A:U cWW   3°: pseudoknot   Strong E   97.0 2.4             0.5             0.1 826 CG,UA CG,UA
230 230 16S 3 27 556   v4 G:C cWW       Strong E 21.0 4.9 0.2 70.8 0.5   0.6 0.1       0.1       1.8 0.1 883 GC,CG,AU GC,CG,UA,AU
237 237 16S 3 28 555   v4 A:U cWW       Strong E 22.4 0.4 0.1 2.5 72.6 0.1   0.1       0.9 0.1     0.6 0.2 889 GC,AU,GU CG,UA,GU,AC
244 244 16S 3 29 554   v4 U:A cWW       Strong E 0.5   92.7 0.2 0.2 0.6       0.1 0.1         0.2 5.3 880 UA GC,UA,AU
251 251 16S 3 30 553   v4 U:A cWW       Strong E 0.7 0.7   95.8 1.7   0.4 0.1           0.1     0.6 898 AU GC,CG,AU
258 258 16S 3 32 552   v4 A:U cWW       Strong E 2.6 0.1 93.1       0.1     0.1   0.1   2.7 0.1 0.1 1.0 897 GC,UA,GG UA,CU,GG
265 265 16S 3 33 551   v4 A:U cWW       Strong E 0.2     98.3 0.1     0.1 0.1               1.1 895 AU GC,AU
272 272 16S 3 34 550   v4 C:G cWW       Strong E   9.6 1.8 0.2 0.1 86.5           0.2   0.7     0.9 893 CG,UG UG,CU
286 286 16S 3 36 548   v4 C:G cWW       Strong E   98.3       0.1       0.1 0.2           1.2 909 CG  
307 307 16S 4 40 402   v4 C:G cWW       Strong E 0.2 0.9 95.3 0.4   0.7 0.1     0.2   0.1 0.7   0.4 0.1 0.9 917 UA GC,CG,UA,AU
314 314 16S 4 41 401   v4 G:C cWW       Strong E 0.9 41.2 0.7 0.4 0.1 3.2 0.2     22.5   29.7 0.1       1.1 920 CG,UG,CA,CU GC,CG,UA,AU
321 321 16S 4 42 400   v4 G:C cWW       Strong E   2.3 96.3     0.4       0.3             0.7 922 CG,UA CG,UA
328 328 16S 4 43 399   v4 C:G cWW       Strong E   19.4 7.4 0.1   2.2 3.4     66.4 0.1         0.4 0.6 922 CG,UA,UG,AA,CA AU,UG,CA
335 335 16S 4 44 398   v4 A:U cWW       Strong E       0.5     1.8 90.2 0.2   0.8       1.3 4.3 0.9 933 AC,UU AC,UU
342 342 16S 4 45 396   v4 G:C cWW       Strong E 0.2 0.3 0.3 2.5 1.7   0.4   92.3         2.1     0.1 935 AU,AG,GG UA,GU,AG
349 349 16S 4 46 395   v4 G:C cWW       Strong E 2.9     78.9 17.9                       0.3 938 GC,AU,GU GC,AU
356 356 16S 5 47 361   v4 C:G cWW   3°: base pair   Strong E 97.6   1.7 0.1       0.1         0.1   0.1   0.2 936 GC GC,UA,AU
363 363 16S 5 52 359   v4 C:G cWW       Strong E 95.6 3.7 0.1   0.1           0.1     0.2     0.1 940 GC,CG GC,CG,UA
370 370 16S 5 53 358   v4 A:U cWW       Strong E   99.6   0.1   0.1     0.1               0.1 944 CG CG,AU
391 391 16S 5 57 355   v4 G:C cWW       Strong E 99.7                         0.1 0.1   0.1 957 GC  
405 405 16S 6 61 106   v4 G:C cWW       Strong E 96.3     0.3 2.6           0.1   0.2 0.1 0.2 0.1 0.1 963 GC,GU GC,AU
419 419 16S 6 63 104   v4 C:G cWW       Strong E 0.1 69.3     0.1 0.6     0.6   0.1     24.3     4.8 971 CG,GG CG,GU
426 426 16S 6 66 103   v4 A:U cWW       Strong E   0.7 1.8 81.2 0.8 1.8 0.1 11.9 0.6   0.1 0.1 0.1 0.5   0.2 0.1 971 AU,AC AU,UG,CC,GA
433 433 16S 6 67 102   v4 C:G cWW       Strong E 94.6 0.2 1.4 1.0 0.5   0.4 0.4 0.3         0.1 0.8 0.1 0.1 974 GC GC,CG,UA,AU
447 447 16S 6 69 99   v4 G:C cWW       Strong E                                 100.0 1020    
454 454 16S 6 70 98   v4 U:A cWW       Strong E                                 100.0 1020    
461 461 16S 6 73 97   v4 C:G cWW       Strong E                                 100.0 1020    
468 468 16S 6 74 96   v4 A:U cWW       Strong E                                 100.0 1020    
475 475 16S 6 75 95   v4 G:C cWW       Strong E                                 100.0 1020    
482 482 16S 6 76 93   v4 G:U cWW       Strong E                                 100.0 1020    
489 489 16S 6 77 92   v4 A:U cWW       Strong E                                 100.0 1020    
496 496 16S 6 78 91   v4 A:U cWW       Strong E                                 100.0 1020    
503 503 16S 6 79 90   v4 G:C cWW       Strong E                                 100.0 1020    
510 510 16S 6 80 89   v4 A:U cWW       Strong E                                 100.0 1020    
517 517 16S 6 81 88   v4 A:U cWW       Strong E                                 100.0 1020    
524 524 16S 6 82 87   v4 G:C cWW       Strong E                                 100.0 1020    
531 531 16S 6.1 113 314   v4 G:C cWW       Strong E   99.6                       0.3     0.1 1008 CG  
538 538 16S 6.1 114 313   v4 U:A cWW       Strong E     99.6       0.1     0.1     0.1       0.1 1013 UA  
545 545 16S 6.1 115 312   v4 G:C cWW       Strong E   99.3       0.3           0.2   0.1     0.1 1009 CG  
552 552 16S 7 122 239   v4 G:U cWW       Strong E 0.8   1.9   0.2   28.0 10.6 2.2 0.7 3.2   0.6 0.1 51.8   0.1 1014 AA,AC,AG,CC,UC GU,AA,UC
559 559 16S 7 123 238   v4 U:A cWW       Strong E 0.2 96.6 0.3 0.5     0.3         0.4 0.2 1.3     0.2 1014 CG GC,CG,UA,AU
566 566 16S 7 124 237   v4 C:G cWW       Strong E 1.3 0.5 3.3 94.1 0.5     0.2       0.1         0.1 1014 UA,AU GC,CG,UA,AU
573 573 16S 7 125 236   v4 U:A cWW       Strong E 96.0 1.6 0.5 1.3 0.2           0.2       0.1   0.2 1013 GC GC,CG,UA,AU
580 580 16S 7 126 235   v4 G:C cWW       Strong E 0.1 2.3 0.5 2.9 0.1   1.7         20.4   0.2 0.5 71.1 0.3 1012 CG,AU,CU,UU GC,CG,AA,UU
587 587 16S 7 127 234   v4 G:C cWW       Strong E 1.1 2.6 4.3 6.6 1.3 15.7 0.2   0.1 1.9   0.5   0.1 0.3 65.2 0.2 1013 CG,UA,AU,UG,UU GC,CG,AA,UU
594 594 16S 7 128 233   v4 G:C cWW       Strong E 2.6 0.2 2.0 89.6 1.4 0.1 0.7 0.9 0.1     0.2 0.1 0.2   1.9 0.1 1014 GC,UA,AU GC,CG,UA,AU
601 601 16S 7 129 232   v4 A:G cWW   3°: base pair   Strong E 0.1 0.8 72.3   0.1 25.7 0.1   0.4       0.1 0.1   0.2 0.1 1015 UA,UG CG,UA,GU
608 608 16S 7 131 231   v4 A:U cWW       Strong E   0.9 97.2 0.8   0.6       0.1   0.1 0.2       0.1 1014 UA CG,UA,AU
615 615 16S 7 132 230   v4 C:G cWW       Strong E 0.3 7.0 89.2 0.2   2.7 0.1   0.2 0.2         0.1   0.1 1015 CG,UA,UG GC,CG,UA,AU
622 622 16S 7 136 227   v4 C:G cWW       Strong E 0.7 2.4 8.3 0.9   0.1           0.1   0.3 0.3 86.3 0.7 1013 CG,UA,UU GC,CG,UU
629 629 16S 7 137 226   v4 U:G cWW       Strong E 3.6 21.2 56.4 12.9 3.6 0.4       0.3 0.1 0.2 0.1     0.6 0.6 1005 GC,CG,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU
636 636 16S 7 138 225   v4 G:C cWW       Strong E 92.2 0.3 3.4 0.5 0.2 0.1   0.1 0.5   0.5 1.5 0.4 0.1 0.1   0.1 1006 GC,UA GC,UA,AG,CU
643 643 16S 7 139 224   v4 A:U cWW       Strong E 12.1 1.3 0.1 80.3 3.1 0.1 0.6 0.4 0.7 0.2 0.7     0.3     0.2 1016 GC,AU,GU GC,CG,UA,AU
650 650 16S 7 140 223   v4 U:A cWW       Strong E 5.9 3.7 50.8 7.0   1.5 0.3     2.1 0.4 0.2 0.5 0.7 2.1 24.2 0.7 1014 GC,CG,UA,AU,CA,UC,UU GC,CG,UA,AU
657 657 16S 7 141 222   v4 G:C cWW       Strong E 26.8 6.9 1.8 6.3 9.7 0.4 5.1 5.7 13.3 2.5 9.6 2.4 3.8 4.3 0.3 1.1 0.1 1015 GC,CG,AU,GU,AA,AC,AG,CA,CC,CU,GA,GG GC,AG,CA,UU
664 664 16S 7 142 221   v4 G:C cWW       Strong E 0.6 2.7 2.4 4.6 1.0 8.4 6.8 2.1 6.2 0.3   0.2 3.2 59.7   0.4 1.6 1014 CG,UA,AU,UG,AA,AC,AG,GA,GG AA,GG,UU
671 671 16S 8 144 178   v4 G:C cWW       Strong E 0.1 85.1 0.4 0.2   4.8     2.4 0.7   0.4   1.3 0.1   4.7 1017 CG,UG,AG GC,CG,UA,AU
678 678 16S 8 145 177   v4 G:G cWW   3°: base pair   Strong E 0.3 0.3 0.1 24.8 1.2   1.3 0.9 0.2 0.1   2.0     0.1 64.6 4.3 1018 AU,CU,UU GC,CG,AA,UU
685 685 16S 8 146 176   v4 G:C cWW       Strong E 0.9 27.0 65.2 2.8 0.5 0.1     0.6     0.1 0.2 0.1   0.4 2.2 1015 CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
692 692 16S 8 147 175   v4 G:C cWW       Strong E 95.6 1.0 0.2 0.8 0.6       0.5   0.1 0.1       0.1 1.1 1019 GC GC,CG,UA,AU
699 699 16S 8 152 169   v4 A:C tHW   3°: base pair   Strong E 0.4     0.1   0.2 1.3 83.6 1.0 0.6 9.8   0.9   1.4 0.2 0.6 1021 AC,CC UG,AC,GA
706 706 16S 8 153 168   v4 C:G cWW       Strong E   98.4 0.3     0.3 0.3     0.1 0.2     0.2   0.2   1019 CG CG,UA
713 713 16S 8 154 167   v4 U:A cWW       Strong E 0.6 8.8 30.4 0.3   0.1   0.3   59.3     0.1       0.1 1020 CG,UA,CA GC,AU,UG,CA
720 720 16S 8 155 166   v4 A:U cWW       Strong E 1.4 2.1 2.7 4.8 3.3       0.1 0.1 0.2     85.3       1020 CG,UA,AU,GU,GG UA,AU,CC,GG
727 727 16S 8 156 165   v4 C:G cWW       Strong E 1.6 7.8 86.8 1.7 0.2 1.3     0.1 0.5   0.1         0.1 1019 CG,UA GC,CG,UA,AU
734 734 16S 8 157 164   v4 U:G cWW       Strong E 2.7     48.8 47.2 0.4 0.1         0.1       0.3 0.4 1019 GC,AU,GU GC,AU,UG
741 741 16S 8 158 163   v4 G:C cWW       Strong E 89.3 5.8 1.1 0.4 0.3 1.9   0.2     0.2   0.2   0.1 0.4 0.2 1021 GC,CG GC,CG,UA,AU
748 748 16S 9 184 193   v4 G:C cWW       Strong E                                 100.0 1028    
755 755 16S 9 185 192   v4 U:A cWW       Strong E                                 100.0 1028    
762 762 16S 9 186 191   v4 C:G cWW       Strong E                                 100.0 1028    
769 769 16S 10 198 219   v4 G:U cWW       Strong E                                 100.0 1028    
776 776 16S 10 199 218   v4 A:U cWW       Strong E                                 100.0 1028    
783 783 16S 10 200 217   v4 G:C cWW       Strong E                                 100.0 1028    
790 790 16S 10 201 216   v4 G:U cWW       Strong E                                 100.0 1028    
797 797 16S 10 202 215   v4 G:C cWW       Strong E                                 100.0 1028    
804 804 16S 10 203 214   v4 G:C cWW       Strong E                                 100.0 1028    
811 811 16S 10 206 213   v4 C:G cWW       Strong E                                 100.0 1028    
818 818 16S 10 207 212   v4 C:G cWW       Strong E                                 100.0 1028    
825 825 16S 11 240 286   v4 G:C cWW       Strong E 0.6 97.3 1.3 0.5   0.2       0.1             0.1 1026 CG GC,CG,UA,AU
832 832 16S 11 241 285   v4 G:C cWW       Strong E 0.8 87.0 0.1     12.0       0.1               1026 CG,UG GC,CG,UA
839 839 16S 11 242 284   v4 G:C cWW       Strong E   3.4 0.3     95.8     0.4           0.1     1026 CG,UG  
846 846 16S 11 245 283   v4 U:U cWW   3°: base pair   Strong E               0.1   0.1 99.2         0.6   1024 CC CC,UU
853 853 16S 11 247 277   v4 G:C cWW       Strong E 26.7 0.7 0.5 72.0                     0.1     1025 GC,AU GC,CG,UA,AU
860 860 16S 11 248 276   v4 C:G cWW       Strong E 0.3 95.0 2.3 0.4   1.5       0.1           0.1 0.3 1024 CG,UA GC,CG,UA,AU
867 867 16S 11 249 275   v4 U:G cWW       Strong E   1.8   0.2   97.0             0.3 0.1   0.4 0.3 1023 UG AU,UG,GA
874 874 16S 11 252 274   v4 U:A cWW       Strong E   0.1 6.9 89.3 0.2   1.7 0.1 1.2             0.5   1023 UA,AU CG,UA,AU
881 881 16S 11 253 273   v4 A:U cWW       Strong E 0.2 10.1 85.9 2.3     0.1   0.2 0.5         0.3 0.4   1026 CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
888 888 16S 11 254 272   v4 G:C cWW       Strong E 97.0 0.1 0.9 0.4 1.4                 0.1 0.1   0.1 1023 GC GC,CG,UA,AU
895 895 16S 11 255 271   v4 G:C cWW       Strong E 92.7 0.4 6.2 0.1 0.3 0.1         0.1   0.1         1026 GC,UA GC,CG,UA,AU
902 902 16S 11 256 270   v4 U:A cWW       Strong E 0.3 3.3 95.2 0.3     0.1 0.1   0.1         0.3 0.3   1025 CG,UA GC,CG,UA,AU
909 909 16S 11 257 269   v4 G:C cWW       Strong E 0.5   2.2 93.8   0.8 0.3 0.1     0.1 1.7 0.2   0.1 0.2 0.1 1025 UA,AU GC,UA,AU
916 916 16S 11 258 268   v4 G:U cWW       Strong E 70.1 0.7 0.1 22.4 0.1 0.3   0.6     4.9 0.1       0.8   1026 GC,AU,CC GC,CG,UA,AU
923 923 16S 11 259 267   v4 G:C cWW       Strong E 76.3   12.1 9.5       0.5   0.1         1.1 0.4 0.1 1025 GC,UA,AU GC,UA,AU
930 930 16S 12 289 311   v4 G:C cWW       Strong E   99.4               0.1 0.4           0.1 1024 CG  

Next page

Advanced export

JSON shape: default, array, newline-delimited

CSV options: 

CREATE TABLE "basepair_frequency" (
   "molecule" TEXT,
   "helix_number" TEXT,
   "position_1" INTEGER,
   "position_2" INTEGER,
   "pair_note" TEXT,
   "header_format" TEXT,
   "reference_base_pair" TEXT,
   "conformation" TEXT,
   "ai_code" TEXT,
   "tertiary_type" TEXT,
   "header_extra" TEXT,
   "strength" TEXT,
   "group_code" TEXT,
   "GC" REAL,
   "CG" REAL,
   "UA" REAL,
   "AU" REAL,
   "GU" REAL,
   "UG" REAL,
   "AA" REAL,
   "AC" REAL,
   "AG" REAL,
   "CA" REAL,
   "CC" REAL,
   "CU" REAL,
   "GA" REAL,
   "GG" REAL,
   "UC" REAL,
   "UU" REAL,
   "gap" REAL,
   "Seq" INTEGER,
   "predominant_types" TEXT,
   "covarying_types" TEXT
);
CREATE INDEX "idx_basepair_frequency_molecule_position_1_position_2"
    ON "basepair_frequency" ("molecule", "position_1", "position_2");