Base-pair frequencies

predominant_types
Base-pair types shown in bold in the published table (most frequent).
covarying_types
Base-pair types marked * in the published table (involved in a covariation).
header_format
legacy = entry not yet revised to the v4 layout (no type / conformation).

61 rows where group_code = "C", molecule = "23S" and strength = "Weak" sorted by position_1

✎ View and edit SQL

This data as json, CSV (advanced)

Suggested facets: reference_base_pair, GC, CG, UA, AU, GU, UG, AA, AC, AG, CA, CC, CU, GG, UC, UU, gap, Seq, covarying_types

conformation 3

tertiary_type 2

strength 1

  • Weak · 61 ✖

molecule 1

  • 23S · 61 ✖

header_format 1

group_code 1

Link rowid molecule helix_number position_1 ▼ position_2 pair_note header_format reference_base_pair conformation ai_code tertiary_type header_extra strength group_code GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq predominant_types covarying_types
3568 3568 23S 1 8 2895   v4 C:G cWW       Weak C 2.3 6.8 56.8 2.3   2.3 9.1     20.5               44 GC,CG,UA,AU,UG,AA,CA GC,CG,UA,AU
3834 3834 23S 6.1 66 88   v4 C:G cWW   3°: pseudoknot   Weak C   92.7 3.1               1.0       2.1   1.0 96 CG,UA,UC CG,UA
4044 4044 23S 10 158 168   v4 U:G cWW       Weak C 1.0   11.1 4.0   41.4 7.1 2.0 14.1 5.1         2.0 1.0 11.1 99 UA,AU,UG,AA,AC,AG,CA,UC GC,UG,AA
4226 4226 23S 16 274 363   v4 C:G cWW       Weak C 1.0 1.0 2.0       2.0 1.0   1.0           1.0 91.0 100 UA,AA GC,CG,UA
4233 4233 23S 18 281 359   v4 C:G cWW       Weak C 4.0 1.0 6.1 17.2 1.0 2.0 2.0 1.0   2.0     3.0 1.0 2.0 9.1 48.3 99 GC,UA,AU,UG,AA,CA,GA,UC,UU GC,CG,UA,AU
4254 4254 23S 18 284 356   v4 U:G cWW       Weak C 1.0 4.0 9.1 11.1 2.0 10.1 12.1 5.1 2.0 3.0 2.0   2.0 2.0 4.0 7.1 23.2 99 CG,UA,AU,GU,UG,AA,AC,AG,CA,CC,GA,GG,UC,UU GU,UG,AA,CC
4317 4317 23S 18 293 347   v4 U:A cWW       Weak C   1.0 40.0 8.0     9.0 2.0 1.0 11.0   1.0 3.0 1.0   3.0 20.0 100 UA,AU,AA,AC,CA,GA,UU UA,AU,GG
4415 4415 23S 20 327 335   v4 G:C cWW       Weak C 96.0     1.0                         3.0 100 GC GC,AU
4443 4443 23S 21 378 396   v4 C:G cWW       Weak C   4.0   3.0   91.0     2.0                 100 CG,AU,UG,AG AU,UG
4471 4471 23S 21 382 392   v4 A:U cWW       Weak C       40.0 57.0     2.0                 1.0 100 AU,GU,AC GU,AC
4632 4632 23S 25 538 555   v4 A:G cWW   3°: base pair   Weak C       1.0     5.0   94.0                 100 AA,AG  
4688 4688 23S 25.1 564 577   v4 C:G cWW       Weak C   100.0                               100 CG  
4828 4828 23S 27 600 657   v4 G:U cWW       Weak C       2.0 98.0                         100 AU,GU  
4926 4926 23S 31 641 647   v4 U:G cWW       Weak C   2.0 8.0     86.0           2.0       2.0   100 CG,UA,UG,CU,UU UG,CU
4933 4933 23S 32 671 809   v4 C:G cWW       Weak C   98.0                             2.0 100 CG  
4996 4996 23S 33 687 775   v4 C:G No BP       Weak C   95.0             2.0     3.0           100 CG,AG,CU  
5052 5052 23S 33 695 767   v4 G:U cWW       Weak C     2.0 1.0 96.0                     1.0   100 UA,GU UA,GU
5101 5101 23S 34 703 729   v4 U:G No BP       Weak C           100.0                       100 UG  
5108 5108 23S 34 707 724   v4 G:U cWW       Weak C 4.0     7.0 87.0     1.0               1.0   100 GC,AU,GU GU,AC
5304 5304 23S 37 826 831   v4 U:G cWW       Weak C     1.0     96.0               1.0     2.0 100 UG  
5878 5878 23S 42 1051 1108   v4 G:U cWW       Weak C       83.0 14.0       1.0               2.0 100 AU,GU  
6123 6123 23S 46 1215 1234   v4 G:U cWW       Weak C       2.0 96.0                     2.0   100 AU,GU,UU  
6585 6585 23S 54 1415 1587   v4 U:G cWW       Weak C 29.0 1.0 45.0 13.0   2.0 1.0     1.0     1.0   2.0 2.0 3.0 100 GC,UA,AU,UG,UC,UU GC,CG,UA,AU
6683 6683 23S 56 1436 1556   v4 G:C cWW       Weak C 19.0 1.0 1.0 13.0 61.0 1.0             2.0       2.0 100 GC,AU,GU,GA CG,UA,GU
6697 6697 23S 56 1440 1551   v4 U:A cWW       Weak C 9.0   2.0 32.0 5.0   9.0 5.0 2.0 3.0 1.0 4.0   1.0   2.0 25.0 100 GC,UA,AU,GU,AA,AC,AG,CA,CU,UU GC,AU,CA
6732 6732 23S 57 1445 1466   v4 G:U cWW       Weak C 2.0 9.0   3.0 27.0                       59.0 100 GC,CG,AU,GU CG,GU
6781 6781 23S 58 1468 1524   v4 U:G cWW       Weak C 46.0   3.0 2.0 3.0 3.0   1.0 1.0 1.0 2.0 6.0 7.0   1.0 12.0 12.0 100 GC,UA,AU,GU,UG,CC,CU,GA,UU GC,AG,CA,UU
6816 6816 23S 58 1478 1513   v4 G:U cWW       Weak C 21.0   4.0 4.0 41.0   2.0 1.0 1.0       5.0 8.0     13.0 100 GC,UA,AU,GU,AA,GA,GG UA,GU,AC
6837 6837 23S 58 1481 1510   v4 U:G cWW       Weak C     7.0       1.0     1.0       2.0     89.0 100 UA,GG UA,GG
6851 6851 23S 58 1483 1506   v4 G:U cWW       Weak C   1.0 1.0   3.0 3.0 1.0 1.0   2.0     42.0 3.0   1.0 42.0 100 GU,UG,CA,GA,GG UG,AC,GA
7159 7159 23S 63 1707 1751   v4 G:U cWW       Weak C 27.7     21.8 49.5     1.0                   101 GC,AU,GU GU,AC
7299 7299 23S 64 1770 1982   v4 G:U cWW       Weak C 3.0     1.0 93.1               1.0       2.0 101 GC,GU  
7320 7320 23S 65 1775 1789   v4 U:A tHS       Weak C     100.0                             101 UA  
7397 7397 23S 66 1799 1820   v4 G:U No BP       Weak C 1.0       96.0               3.0         101 GU,GA  
7411 7411 23S 66 1803 1814   v4 A:G tHS   3°: base pair   Weak C       4.0     53.5 11.9 29.7               1.0 101 AU,AA,AC,AG  
7467 7467 23S 68 1835 1905   v4 G:C cWW       Weak C 100.0                                 101 GC  
7495 7495 23S 68 1841 1901   v4 U:A cWW       Weak C     100.0                             101 UA  
7502 7502 23S 68 1842 1898   v4 G:U cWW       Weak C 1.0       99.0                         101 GU  
7551 7551 23S 68 1851 1891   v4 U:G cWW       Weak C           100.0                       101 UG  
7642 7642 23S 69 1907 1923   v4 G:U cWW       Weak C         100.0                         101 GU  
7670 7670 23S 69 1911 1919   v4 U:A No BP       Weak C     100.0                             101 UA  
7691 7691 23S 71 1945 1961   v4 G:C cWW       Weak C 100.0                                 101 GC  
7705 7705 23S 71 1947 1959   v4 C:G cWW       Weak C 1.0 99.0                               101 CG GC,CG
7845 7845 23S 73 2056 2612   v4 G:C cWW       Weak C             96.2   3.8                 52 AA,AG  
7866 7866 23S 74 2065 2445   v4 C:G cWW       Weak C   100.0                               99 CG  
7929 7929 23S 74 2075 2434   v4 U:A No BP       Weak C     100.0                             99 UA  
7936 7936 23S 75 2077 2243   v4 A:U cWW       Weak C       99.0               1.0           100 AU  
8062 8062 23S 76 2100 2189   v4 G:U cWW       Weak C     1.0 7.9 90.1             1.0           101 AU,GU UA,GU
8125 8125 23S 76 2109 2180   v4 U:U cWW   3°: base pair   Weak C       1.0               1.0     1.0 97.0   101 UU  
8160 8160 23S 77 2120 2178   v4 G:C cWW       Weak C 2.0     7.9 90.1                         101 GC,AU,GU  
8216 8216 23S 78 2136 2155   v4 G:U cWW       Weak C 21.8 4.0 3.0 20.8 36.6 1.0 2.0     2.0     4.0 1.0   2.0 2.0 101 GC,CG,UA,AU,GU,AA,CA,GA,UU CG,UA,GU
8265 8265 23S 78 2143 2148   v4 C:G cWW       Weak C           95.0                     5.0 101 UG  
8363 8363 23S 80 2249 2255   v4 U:G No BP       Weak C     2.0     98.0                       102 UA,UG  
8447 8447 23S 83 2291 2341   v4 U:G cWW       Weak C     1.0     97.1             2.0         102 UG,GA UG,GA
8559 8559 23S 85.1 2328 2387   v4 A:U cWW   3°: pseudoknot   Weak C       100.0                           102 AU  
8608 8608 23S 86 2351 2366   v4 G:A cWW   3°: base pair   Weak C             83.3           16.7         102 AA,GA  
8734 8734 23S 89 2455 2496   v4 G:C cWW       Weak C 100.0                                 102 GC  
8762 8762 23S 89 2460 2490   v4 U:G cWW       Weak C           100.0                       102 UG  
9021 9021 23S 93 2592 2601   v4 G:C cWW       Weak C 94.5                       5.5         55 GC,GA  
9175 9175 23S 95 2652 2668   v4 C:G cWW       Weak C 5.2 27.6 8.6 39.7   19.0                       58 GC,CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU
9280 9280 23S 96 2696 2711   v4 U:A cWW       Weak C     96.6                         3.4   58 UA,UU  

Advanced export

JSON shape: default, array, newline-delimited

CSV options: 

CREATE TABLE "basepair_frequency" (
   "molecule" TEXT,
   "helix_number" TEXT,
   "position_1" INTEGER,
   "position_2" INTEGER,
   "pair_note" TEXT,
   "header_format" TEXT,
   "reference_base_pair" TEXT,
   "conformation" TEXT,
   "ai_code" TEXT,
   "tertiary_type" TEXT,
   "header_extra" TEXT,
   "strength" TEXT,
   "group_code" TEXT,
   "GC" REAL,
   "CG" REAL,
   "UA" REAL,
   "AU" REAL,
   "GU" REAL,
   "UG" REAL,
   "AA" REAL,
   "AC" REAL,
   "AG" REAL,
   "CA" REAL,
   "CC" REAL,
   "CU" REAL,
   "GA" REAL,
   "GG" REAL,
   "UC" REAL,
   "UU" REAL,
   "gap" REAL,
   "Seq" INTEGER,
   "predominant_types" TEXT,
   "covarying_types" TEXT
);
CREATE INDEX "idx_basepair_frequency_molecule_position_1_position_2"
    ON "basepair_frequency" ("molecule", "position_1", "position_2");