Base-pair frequencies

predominant_types
Base-pair types shown in bold in the published table (most frequent).
covarying_types
Base-pair types marked * in the published table (involved in a covariation).
header_format
legacy = entry not yet revised to the v4 layout (no type / conformation).

782 rows where group_code = "C", molecule = "23S" and strength = "Strong" sorted by position_1

✎ View and edit SQL

This data as json, CSV (advanced)

Suggested facets: reference_base_pair, AC, AG, CA, CC, CU, GA, GG, UC, Seq

conformation 9

strength 1

  • Strong · 782 ✖

molecule 1

  • 23S · 782 ✖

header_format 1

group_code 1

Link rowid molecule helix_number position_1 ▼ position_2 pair_note header_format reference_base_pair conformation ai_code tertiary_type header_extra strength group_code GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq predominant_types covarying_types
3519 3519 23S 1 1 2902   v4 G:C cWW       Strong C 12.8   2.1 12.8 6.4   2.1                   63.8 47 GC,UA,AU,GU,AA GC,UA,AU
3526 3526 23S 1 2 2901   v4 G:C cWW       Strong C 2.2   21.7 17.4 2.2               2.2   4.3 4.3 45.7 46 GC,UA,AU,GU,GA,UC,UU GC,UA,AU
3533 3533 23S 1 3 2900   v4 U:A cWW       Strong C     40.9 6.8   45.5                   2.3 4.5 44 UA,AU,UG,UU AU,UG
3540 3540 23S 1 4 2899   v4 U:A cWW       Strong C   36.4 6.8 9.1 2.3             45.5           44 CG,UA,AU,GU,CU UA,CU
3547 3547 23S 1 5 2898   v4 A:U cWW       Strong C   2.3 2.3 95.5                           44 CG,UA,AU CG,UA,AU
3554 3554 23S 1 6 2897   v4 A:U cWW       Strong C     4.5 95.5                           44 UA,AU UA,AU
3561 3561 23S 1 7 2896   v4 G:C cWW       Strong C 15.9   4.5 68.2       11.4                   44 GC,UA,AU,AC GC,UA,AU
3575 3575 23S 2 15 525   v4 G:U cWW       Strong C 4.3   6.5 4.3 21.7   2.2 19.6 41.3                 46 GC,UA,AU,GU,AA,AC,AG UA,GU,AG
3582 3582 23S 2 16 524   v4 C:G cWW       Strong C 2.2     28.3 67.4   2.2                     46 GC,AU,GU,AA GU,AA
3589 3589 23S 2 17 523   v4 G:C cWW       Strong C 91.3     2.2 2.2           4.3             46 GC,AU,GU,CC GC,AU
3596 3596 23S 2 18 522   v4 U:A cWW       Strong C 4.3 84.8 4.3 2.2                   4.3       46 GC,CG,UA,AU,GG GC,CG,UA,AU
3603 3603 23S 2 19 521   v4 A:U cWW       Strong C 8.7   63.0 10.9 15.2                     2.2   46 GC,UA,AU,GU,UU UA,GU
3610 3610 23S 2 20 520   v4 C:G cWW       Strong C     84.8     10.9 4.3                     46 UA,UG,AA  
3617 3617 23S 2 21 519   v4 A:U cWW       Strong C       91.3 6.5                     2.2   46 AU,GU,UU  
3624 3624 23S 2 22 518   v4 C:G cWW       Strong C 4.3 63.0 13.0 10.9   6.5                     2.2 46 GC,CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU
3631 3631 23S 2 23 517   v4 G:C cWW       Strong C 93.5     6.5                           46 GC,AU GC,AU
3638 3638 23S 2 24 516   v4 G:C cWW       Strong C 80.4 2.2 4.3 8.7   4.3                       46 GC,CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU
3645 3645 23S 2 30 510   v4 G:C cWW   3°: base pair   Strong C 6.5   6.5       80.4   6.5                 46 GC,UA,AA,AG GC,AA
3652 3652 23S 3 31 474   v4 C:G cWW       Strong C 6.5 87.0 6.5                             46 GC,CG,UA GC,CG,UA
3659 3659 23S 3 32 473   v4 C:G cWW       Strong C   100.0                               46 CG  
3666 3666 23S 4 35 445   v4 G:C cWW       Strong C 97.8     2.2                           46 GC,AU GC,AU
3673 3673 23S 4 36 444   v4 G:C cWW       Strong C 97.8     2.2                           46 GC,AU GC,AU
3680 3680 23S 4 37 442   v4 C:G cWW       Strong C   84.8 6.5     4.3       4.3               46 CG,UA,UG,CA CG,UA
3687 3687 23S 4 38 441   v4 A:U cWW       Strong C 2.2   2.2 95.7                           46 GC,UA,AU GC,UA,AU
3694 3694 23S 4 39 440   v4 G:C cWW       Strong C   74.0 22.1     3.9                       77 CG,UA,UG CG,UA
3701 3701 23S 4 40 439   v4 U:A cWW       Strong C   50.6 48.1     1.3                       77 CG,UA CG,UA
3708 3708 23S 4 41 438   v4 C:G cWW       Strong C   79.2 20.8                             77 CG,UA CG,UA
3715 3715 23S 4 42 437   v4 A:U cWW       Strong C     2.6 97.4                           77 UA,AU UA,AU
3722 3722 23S 4 43 436   v4 G:C cWW       Strong C 88.6   1.3 10.1                           79 GC,AU GC,UA,AU
3729 3729 23S 4 44 434   v4 A:U cWW       Strong C     1.3 96.2 2.5                         79 AU,GU UA,AU
3736 3736 23S 4 45 433   v4 G:C cWW       Strong C 83.5     13.9 2.5                         79 GC,AU,GU GC,AU
3743 3743 23S 4.1 46 179   v4 G:C cWW       Strong C 10.1   3.8     1.3 44.3   34.2 2.5             3.8 79 GC,UA,AA,AG,CA GC,UG,AA
3750 3750 23S 4.1 47 178   v4 C:G cWW       Strong C   94.9 1.3       1.3                   2.5 79 CG CG,UA
3764 3764 23S 5 54 116   v4 G:C cWW       Strong C 98.8     1.2                           81 GC GC,AU
3771 3771 23S 5 55 115   v4 G:C cWW       Strong C 100.0                                 86 GC  
3778 3778 23S 5 56 114   v4 A:U cWW       Strong C 94.2     4.7       1.2                   86 GC,AU GC,AU
3785 3785 23S 6 57 70   v4 C:G cWW       Strong C   97.7       2.3                       87 CG,UG  
3792 3792 23S 6 58 69   v4 G:C cWW       Strong C 100.0                                 94 GC  
3799 3799 23S 6 59 68   v4 U:G cWW       Strong C   45.7 53.2     1.1                       94 CG,UA CG,UA
3806 3806 23S 6.1 61 93   v4 C:G cWW   3°: pseudoknot   Strong C 67.0 3.2   7.4 16.0               2.1   2.1   2.2 94 GC,CG,AU,GU,GA,UC GC,CG,AU
3813 3813 23S 6.1 62 92   v4   cWW   3°: pseudoknot   Strong C   8.4 15.8 2.1     57.9   4.2 6.3       1.1   3.2 1.1 95 CG,UA,AU,AA,AG,CA,UU CG,AA,UU
3827 3827 23S 6.1 65 89   v4 U:A cWW   3°: pseudoknot   Strong C   81.2 6.2 2.1                 8.3   1.0   1.0 96 CG,UA,AU,GA CG,AU,GA,UC
3841 3841 23S 6.2 67 74   v4 U:A cWH   3°: pseudoknot   Strong C 63.5 2.1 3.1 9.4 19.8   1.0           1.0         96 GC,CG,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU
3848 3848 23S 7 76 110   v4 C:G cWW       Strong C   94.9 4.1                     1.0       98 CG,UA CG,UA
3855 3855 23S 7 77 109   v4 G:C cWW       Strong C   2.0 93.9   1.0 1.0                 2.0     98 CG,UA,UC CG,UA,GU
3862 3862 23S 7 78 108   v4 U:G cWW       Strong C   9.2 54.1     34.7                   2.0   98 CG,UA,UG,UU CG,UA
3869 3869 23S 7 79 107   v4 C:G cWW       Strong C 2.0 86.7 8.2 2.0   1.0                       98 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
3876 3876 23S 7 80 106   v4 G:C cWW       Strong C 95.9   1.0 2.0   1.0                       98 GC,AU GC,UA,AU
3883 3883 23S 7 81 105   v4 G:C cWW       Strong C 85.7   3.1 7.1       3.1               1.0   98 GC,UA,AU,AC GC,UA,AU
3890 3890 23S 7 82 104   v4 U:A tSH       Strong C     2.0 2.0 91.8           2.0   1.0 1.0       98 UA,AU,GU,CC UA,GU,CC
3897 3897 23S 7 85 97   v4 G:C cWW       Strong C 87.9     5.1 4.0   1.0                 2.0   99 GC,AU,GU,UU GC,AU
3904 3904 23S 7 86 96   v4 G:C cWW       Strong C   72.7 7.1 2.0   17.2 1.0                     99 CG,UA,AU,UG CG,UA,AU
3911 3911 23S 7 87 95   v4 U:A cWW       Strong C 2.0 1.0 90.9 2.0   1.0                 2.0 1.0   99 GC,UA,AU,UC GC,CG,UA,AU
3918 3918 23S 8 121 130   v4 G:C cWW       Strong C 16.2     73.7 8.1   2.0                     99 GC,AU,GU,AA GC,AU
3925 3925 23S 8 122 129   v4 G:C cWW       Strong C 86.9     13.1                           99 GC,AU GC,AU
3932 3932 23S 8 123 128   v4 G:C cWW       Strong C 98.0     2.0                           99 GC,AU GC,AU
3939 3939 23S 9 131 148   v4 A:U cWW       Strong C     1.0                           99.0 100    
3946 3946 23S 9 132 147   v4 G:C cWW       Strong C       1.0                         99.0 100    
3953 3953 23S 9 133 146   v4 U:A cWW       Strong C                                 100.0 100    
3960 3960 23S 9 134 145   v4 G:C cWW       Strong C     1.0                           99.0 100    
3967 3967 23S 9 135 144   v4 U:A cWW       Strong C             1.0                   99.0 100    
3974 3974 23S 9 136 143   v4 G:C cWW       Strong C         1.0                       99.0 100    
3981 3981 23S 9 137 142   v4 U:A cWW       Strong C                               1.0 99.0 100    
3988 3988 23S 10 150 176   v4 U:A cWW       Strong C 2.0 90.9 1.0 5.1           1.0               99 GC,CG,AU GC,CG,UA,AU
3995 3995 23S 10 151 175   v4 C:G cWW       Strong C   1.0 93.9 4.0                 1.0         99 UA,AU CG,UA,AU
4002 4002 23S 10 152 174   v4 A:U cWW       Strong C 12.1 11.1 33.3 22.2 1.0 1.0 11.1 2.0   1.0 1.0 1.0 2.0       1.0 99 GC,CG,UA,AU,AA,AC,GA GC,CG,UA,AU
4009 4009 23S 10 153 173   v4 U:A cWW       Strong C   71.7 10.1 2.0     1.0 1.0   1.0 1.0     1.0 1.0 1.0 9.1 99 CG,UA,AU CG,UA,AU
4016 4016 23S 10 154 172   v4 U:A cWW       Strong C   62.6 28.3 4.0   1.0                   4.0   99 CG,UA,AU,UU CG,UA,AU
4023 4023 23S 10 155 171   v4 A:U cWW       Strong C   10.1 74.7 11.1 2.0               1.0       1.0 99 CG,UA,AU,GU CG,UA,AU
4030 4030 23S 10 156 170   v4 A:U cWW       Strong C 22.2 5.1 10.1 57.6   1.0 1.0             1.0     2.0 99 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
4037 4037 23S 10 157 169   v4 C:G cWW       Strong C 2.0 32.3 31.3 1.0 1.0 7.1 3.0       1.0     1.0   17.2 3.0 99 GC,CG,UA,UG,AA,UU GC,CG,UA,AU
4051 4051 23S 11 183 214   v4 C:G cWW       Strong C   100.0                               100 CG  
4058 4058 23S 11 184 212   v4 C:G cWW       Strong C   82.0 18.0                             100 CG,UA CG,UA
4065 4065 23S 11 185 211   v4 G:C cWW       Strong C 2.0 59.0 38.0     1.0                       100 GC,CG,UA GC,CG,UA
4072 4072 23S 11 186 210   v4 G:C cWW       Strong C 45.0     52.0 2.0     1.0                   100 GC,AU,GU GC,AU
4079 4079 23S 11 187 209   v4 G:C cWW       Strong C 93.0 2.0   4.0       1.0                   100 GC,CG,AU GC,CG,AU
4086 4086 23S 11 188 208   v4 G:C cWW       Strong C 3.0 22.0 18.0 1.0   55.0       1.0               100 GC,CG,UA,UG GC,AU,UG,CA
4093 4093 23S 11 194 201   v4 G:C cWW       Strong C 100.0                                 100 GC  
4100 4100 23S 11 195 200   v4 A:U tSH       Strong C       100.0                           100 AU  
4107 4107 23S 12 224 231   v4 U:A cWW       Strong C 96.0     4.0                           100 GC,AU GC,AU
4114 4114 23S 12 225 230   v4 C:G cWW       Strong C   95.0 5.0                             100 CG,UA CG,UA
4121 4121 23S 12.1 234 430   v4 U:A tWW       Strong C     100.0                             100 UA  
4128 4128 23S 13 235 262   v4 U:A cWW       Strong C     97.0     3.0                       100 UA,UG  
4135 4135 23S 13 236 261   v4 C:G cWW       Strong C   85.0 12.0             1.0 2.0             100 CG,UA,CC CG,UA
4142 4142 23S 13 237 260   v4 C:G cWW       Strong C   93.0 3.0     2.0         2.0             100 CG,UA,UG,CC CG,UA
4149 4149 23S 13 238 259   v4 C:G cWW       Strong C   98.0                 2.0             100 CG,CC  
4163 4163 23S 13 245 253   v4 G:C cWW       Strong C 100.0                                 100 GC  
4170 4170 23S 13 246 252   v4 C:G cWW       Strong C   79.0 6.0     15.0                       100 CG,UA,UG CG,UA
4177 4177 23S 14 265 427   v4 A:U tSS       Strong C       97.0 2.0   1.0                     100 AU,GU  
4184 4184 23S 14 266 426   v4 G:C cWW       Strong C 99.0     1.0                           100 GC GC,AU
4191 4191 23S 14 267 425   v4 C:G cWW       Strong C   89.0 6.0     1.0 3.0             1.0       100 CG,UA,AA CG,UA
4198 4198 23S 14 268 424   v4 C:G cWW       Strong C   96.0 1.0       2.0     1.0               100 CG,AA CG,AA
4205 4205 23S 16 271 366   v4 G:C cWW       Strong C     1.0 1.0   1.0   1.0 2.0             1.0 93.0 100 AG UA,AG
4212 4212 23S 16 272 365   v4 A:U cWW       Strong C   1.0       1.0 2.0 2.0     1.0       1.0 2.0 90.0 100 AA,AC,UU AA,CC,UU
4219 4219 23S 16 273 364   v4 G:C cWW       Strong C   1.0 2.0 2.0 1.0   1.0 1.0           2.0     90.0 100 UA,AU,GG UA,AU,GG
4240 4240 23S 18 282 358   v4 A:U cWW       Strong C 1.0 1.0 5.1 13.1 2.0 2.0 5.1 4.0 1.0 1.0   1.0 2.0 1.0 6.1 11.1 43.4 99 UA,AU,GU,UG,AA,AC,GA,UC,UU CG,AU,GA,UC
4247 4247 23S 18 283 357   v4 G:C cWW       Strong C     10.1 9.1 3.0 2.0 9.1 3.0 2.0 1.0 3.0 1.0 3.0   2.0 6.1 45.4 99 UA,AU,GU,UG,AA,AC,AG,CC,GA,UC,UU UA,AU,CC
4296 4296 23S 18 290 350   v4 U:G cWW       Strong C 4.0   24.0 23.0 4.0 1.0 5.0 4.0 1.0 1.0 1.0 1.0 1.0 2.0 4.0 5.0 19.0 100 GC,UA,AU,GU,AA,AC,GG,UC,UU GC,UA,AU
4303 4303 23S 18 291 349   v4 G:U cWW       Strong C 16.0 4.0 12.0 13.0 1.0 2.0 7.0 2.0 1.0 2.0 2.0   5.0 1.0 6.0 7.0 19.0 100 GC,CG,UA,AU,UG,AA,AC,CA,CC,GA,UC,UU GC,CG,UA,AU
4310 4310 23S 18 292 348   v4 U:A cWW       Strong C 1.0 14.0 24.0 6.0 1.0 5.0 7.0 1.0 4.0 1.0   2.0 7.0 3.0 1.0 4.0 19.0 100 CG,UA,AU,UG,AA,AG,CU,GA,GG,UU GC,CG,UA,AU

Next page

Advanced export

JSON shape: default, array, newline-delimited

CSV options: 

CREATE TABLE "basepair_frequency" (
   "molecule" TEXT,
   "helix_number" TEXT,
   "position_1" INTEGER,
   "position_2" INTEGER,
   "pair_note" TEXT,
   "header_format" TEXT,
   "reference_base_pair" TEXT,
   "conformation" TEXT,
   "ai_code" TEXT,
   "tertiary_type" TEXT,
   "header_extra" TEXT,
   "strength" TEXT,
   "group_code" TEXT,
   "GC" REAL,
   "CG" REAL,
   "UA" REAL,
   "AU" REAL,
   "GU" REAL,
   "UG" REAL,
   "AA" REAL,
   "AC" REAL,
   "AG" REAL,
   "CA" REAL,
   "CC" REAL,
   "CU" REAL,
   "GA" REAL,
   "GG" REAL,
   "UC" REAL,
   "UU" REAL,
   "gap" REAL,
   "Seq" INTEGER,
   "predominant_types" TEXT,
   "covarying_types" TEXT
);
CREATE INDEX "idx_basepair_frequency_molecule_position_1_position_2"
    ON "basepair_frequency" ("molecule", "position_1", "position_2");