Base-pair frequencies

predominant_types
Base-pair types shown in bold in the published table (most frequent).
covarying_types
Base-pair types marked * in the published table (involved in a covariation).
header_format
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1,348 rows where group_code = "C" and header_format = "v4" sorted by position_1

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Suggested facets: reference_base_pair, CC, CU, GG, UC

conformation 12

strength 5

molecule 2

header_format 1

  • v4 · 1,348 ✖

group_code 1

  • C · 1,348 ✖
Link rowid molecule helix_number position_1 ▼ position_2 pair_note header_format reference_base_pair conformation ai_code tertiary_type header_extra strength group_code GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq predominant_types covarying_types
3519 3519 23S 1 1 2902   v4 G:C cWW       Strong C 12.8   2.1 12.8 6.4   2.1                   63.8 47 GC,UA,AU,GU,AA GC,UA,AU
3526 3526 23S 1 2 2901   v4 G:C cWW       Strong C 2.2   21.7 17.4 2.2               2.2   4.3 4.3 45.7 46 GC,UA,AU,GU,GA,UC,UU GC,UA,AU
3533 3533 23S 1 3 2900   v4 U:A cWW       Strong C     40.9 6.8   45.5                   2.3 4.5 44 UA,AU,UG,UU AU,UG
3540 3540 23S 1 4 2899   v4 U:A cWW       Strong C   36.4 6.8 9.1 2.3             45.5           44 CG,UA,AU,GU,CU UA,CU
3547 3547 23S 1 5 2898   v4 A:U cWW       Strong C   2.3 2.3 95.5                           44 CG,UA,AU CG,UA,AU
3554 3554 23S 1 6 2897   v4 A:U cWW       Strong C     4.5 95.5                           44 UA,AU UA,AU
3561 3561 23S 1 7 2896   v4 G:C cWW       Strong C 15.9   4.5 68.2       11.4                   44 GC,UA,AU,AC GC,UA,AU
3568 3568 23S 1 8 2895   v4 C:G cWW       Weak C 2.3 6.8 56.8 2.3   2.3 9.1     20.5               44 GC,CG,UA,AU,UG,AA,CA GC,CG,UA,AU
173 173 16S 1 9 25   v4 G:C cWW       Strong C 97.6             1.6     0.8             123 GC  
180 180 16S 1 10 24   v4 A:U cWW       Strong C       100.0                           124 AU  
187 187 16S 1 11 23   v4 G:C cWW       Strong C 99.2             0.8                   125 GC  
194 194 16S 1 12 22   v4 U:G cWW       Strong C           99.2               0.8       126 UG  
201 201 16S 1 13 21   v4 U:G No BP       Weak C     0.8     94.4                   4.8   126 UG,UU  
3575 3575 23S 2 15 525   v4 G:U cWW       Strong C 4.3   6.5 4.3 21.7   2.2 19.6 41.3                 46 GC,UA,AU,GU,AA,AC,AG UA,GU,AG
3582 3582 23S 2 16 524   v4 C:G cWW       Strong C 2.2     28.3 67.4   2.2                     46 GC,AU,GU,AA GU,AA
208 208 16S 2 17 918   v4 U:A cWW   3°: pseudoknot   Strong C     100.0                             117 UA  
3589 3589 23S 2 17 523   v4 G:C cWW       Strong C 91.3     2.2 2.2           4.3             46 GC,AU,GU,CC GC,AU
215 215 16S 2 18 917   v4 C:G cWW   3°: pseudoknot   Strong C   99.2             0.8                 118 CG  
3596 3596 23S 2 18 522   v4 U:A cWW       Strong C 4.3 84.8 4.3 2.2                   4.3       46 GC,CG,UA,AU,GG GC,CG,UA,AU
222 222 16S 2 19 916   v4 A:U cWW   3°: pseudoknot   Strong C   91.5             8.5                 117 CG,AG  
3603 3603 23S 2 19 521   v4 A:U cWW       Strong C 8.7   63.0 10.9 15.2                     2.2   46 GC,UA,AU,GU,UU UA,GU
3610 3610 23S 2 20 520   v4 C:G cWW       Strong C     84.8     10.9 4.3                     46 UA,UG,AA  
3617 3617 23S 2 21 519   v4 A:U cWW       Strong C       91.3 6.5                     2.2   46 AU,GU,UU  
3624 3624 23S 2 22 518   v4 C:G cWW       Strong C 4.3 63.0 13.0 10.9   6.5                     2.2 46 GC,CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU
3631 3631 23S 2 23 517   v4 G:C cWW       Strong C 93.5     6.5                           46 GC,AU GC,AU
3638 3638 23S 2 24 516   v4 G:C cWW       Strong C 80.4 2.2 4.3 8.7   4.3                       46 GC,CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU
229 229 16S 3 27 556   v4 G:C cWW       Strong C 97.7     1.5 0.8                         132 GC GC,AU
236 236 16S 3 28 555   v4 A:U cWW       Strong C 94.0     3.8 1.5     0.8                   133 GC,AU GC,AU
243 243 16S 3 29 554   v4 U:A cWW       Strong C 1.5     93.3 3.7                     1.5   134 AU,GU GC,AU
250 250 16S 3 30 553   v4 U:A cWW       Strong C   2.2 92.5 1.5   0.7             3.0         134 CG,UA,GA CG,UA,AU
3645 3645 23S 2 30 510   v4 G:C cWW   3°: base pair   Strong C 6.5   6.5       80.4   6.5                 46 GC,UA,AA,AG GC,AA
3652 3652 23S 3 31 474   v4 C:G cWW       Strong C 6.5 87.0 6.5                             46 GC,CG,UA GC,CG,UA
257 257 16S 3 32 552   v4 A:U cWW       Strong C       100.0                           135 AU  
3659 3659 23S 3 32 473   v4 C:G cWW       Strong C   100.0                               46 CG  
264 264 16S 3 33 551   v4 A:U cWW       Strong C     1.5 97.8               0.7           135 AU UA,AU
271 271 16S 3 34 550   v4 C:G cWW       Strong C   98.5       0.7       0.7               136 CG  
278 278 16S 3 35 549   v4 G:C cWW       Weak C 86.8       13.2                         136 GC,GU  
3666 3666 23S 4 35 445   v4 G:C cWW       Strong C 97.8     2.2                           46 GC,AU GC,AU
285 285 16S 3 36 548   v4 C:G cWW       Strong C   99.3                       0.7       152 CG  
3673 3673 23S 4 36 444   v4 G:C cWW       Strong C 97.8     2.2                           46 GC,AU GC,AU
292 292 16S 3 37 547   v4 U:A tWS       Weak C     96.7       1.3     0.7     0.7       0.7 152 UA  
3680 3680 23S 4 37 442   v4 C:G cWW       Strong C   84.8 6.5     4.3       4.3               46 CG,UA,UG,CA CG,UA
3687 3687 23S 4 38 441   v4 A:U cWW       Strong C 2.2   2.2 95.7                           46 GC,UA,AU GC,UA,AU
299 299 16S 4 39 403   v4 G:C cWW       Weak C 98.1     0.6 0.6                   0.6     154 GC GC,AU
3694 3694 23S 4 39 440   v4 G:C cWW       Strong C   74.0 22.1     3.9                       77 CG,UA,UG CG,UA
306 306 16S 4 40 402   v4 C:G cWW       Strong C   96.1 1.3 0.6     1.3   0.6                 155 CG CG,UA,AU
3701 3701 23S 4 40 439   v4 U:A cWW       Strong C   50.6 48.1     1.3                       77 CG,UA CG,UA
313 313 16S 4 41 401   v4 G:C cWW       Strong C 92.9     4.5 0.6     0.6             1.3     154 GC,AU GC,AU
3708 3708 23S 4 41 438   v4 C:G cWW       Strong C   79.2 20.8                             77 CG,UA CG,UA
320 320 16S 4 42 400   v4 G:C cWW       Strong C 94.8     3.2 0.6     0.6               0.6   155 GC,AU GC,AU
3715 3715 23S 4 42 437   v4 A:U cWW       Strong C     2.6 97.4                           77 UA,AU UA,AU
327 327 16S 4 43 399   v4 C:G cWW       Strong C   58.3 39.1 0.6   0.6       0.6       0.6       156 CG,UA CG,UA,AU
3722 3722 23S 4 43 436   v4 G:C cWW       Strong C 88.6   1.3 10.1                           79 GC,AU GC,UA,AU
334 334 16S 4 44 398   v4 A:U cWW       Strong C 7.1     91.0       0.6       0.6       0.6   156 GC,AU GC,AU
3729 3729 23S 4 44 434   v4 A:U cWW       Strong C     1.3 96.2 2.5                         79 AU,GU UA,AU
341 341 16S 4 45 396   v4 G:C cWW       Strong C 0.6   93.6     5.8                       156 UA,UG GC,UA
3736 3736 23S 4 45 433   v4 G:C cWW       Strong C 83.5     13.9 2.5                         79 GC,AU,GU GC,AU
348 348 16S 4 46 395   v4 G:C cWW       Strong C 97.4     1.9                   0.6       156 GC GC,AU
3743 3743 23S 4.1 46 179   v4 G:C cWW       Strong C 10.1   3.8     1.3 44.3   34.2 2.5             3.8 79 GC,UA,AA,AG,CA GC,UG,AA
355 355 16S 5 47 361   v4 C:G cWW   3°: base pair   Strong C   96.8               0.6 1.3     0.6     0.6 156 CG  
3750 3750 23S 4.1 47 178   v4 C:G cWW       Strong C   94.9 1.3       1.3                   2.5 79 CG CG,UA
362 362 16S 5 52 359   v4 C:G cWW       Strong C   96.2 2.6             0.6             0.6 156 CG,UA CG,UA
369 369 16S 5 53 358   v4 A:U cWW       Strong C       100.0                           158 AU  
3757 3757 23S 5 53 117   v4 A:G tHS   3°: base pair   Significant C             6.2   93.8                 81 AA,AG  
376 376 16S 5 54 357   v4 C:G cWW       Weak C   100.0                               158 CG  
3764 3764 23S 5 54 116   v4 G:C cWW       Strong C 98.8     1.2                           81 GC GC,AU
3771 3771 23S 5 55 115   v4 G:C cWW       Strong C 100.0                                 86 GC  
383 383 16S 5 56 356   v4 U:A cWW       Weak C     100.0                             158 UA  
3778 3778 23S 5 56 114   v4 A:U cWW       Strong C 94.2     4.7       1.2                   86 GC,AU GC,AU
390 390 16S 5 57 355   v4 G:C cWW       Strong C 99.4             0.6                   157 GC  
3785 3785 23S 6 57 70   v4 C:G cWW       Strong C   97.7       2.3                       87 CG,UG  
397 397 16S 5 58 354   v4 C:G cWW       Weak C   100.0                               158 CG  
3792 3792 23S 6 58 69   v4 G:C cWW       Strong C 100.0                                 94 GC  
3799 3799 23S 6 59 68   v4 U:G cWW       Strong C   45.7 53.2     1.1                       94 CG,UA CG,UA
404 404 16S 6 61 106   v4 G:C cWW       Strong C 97.5     2.5                           162 GC,AU GC,AU
3806 3806 23S 6.1 61 93   v4 C:G cWW   3°: pseudoknot   Strong C 67.0 3.2   7.4 16.0               2.1   2.1   2.2 94 GC,CG,AU,GU,GA,UC GC,CG,AU
411 411 16S 6 62 105   v4 U:G cWW       Weak C           99.4                     0.6 162 UG  
3813 3813 23S 6.1 62 92   v4   cWW   3°: pseudoknot   Strong C   8.4 15.8 2.1     57.9   4.2 6.3       1.1   3.2 1.1 95 CG,UA,AU,AA,AG,CA,UU CG,AA,UU
418 418 16S 6 63 104   v4 C:G cWW       Strong C   85.8 6.8     6.8           0.6           162 CG,UA,UG CG,UA
3820 3820 23S 6.1 64 90   v4 A:U cWW   3°: pseudoknot   Significant C       5.2     54.2 34.4 1.0         1.0   1.0 3.1 96 AU,AA,AC AA,GG,UU
3827 3827 23S 6.1 65 89   v4 U:A cWW   3°: pseudoknot   Strong C   81.2 6.2 2.1                 8.3   1.0   1.0 96 CG,UA,AU,GA CG,AU,GA,UC
425 425 16S 6 66 103   v4 A:U cWW       Strong C       100.0                           163 AU  
3834 3834 23S 6.1 66 88   v4 C:G cWW   3°: pseudoknot   Weak C   92.7 3.1               1.0       2.1   1.0 96 CG,UA,UC CG,UA
432 432 16S 6 67 102   v4 C:G cWW       Strong C   95.7 1.8 0.6             1.2         0.6   163 CG CG,UA,AU
3841 3841 23S 6.2 67 74   v4 U:A cWH   3°: pseudoknot   Strong C 63.5 2.1 3.1 9.4 19.8   1.0           1.0         96 GC,CG,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU
439 439 16S 6 68 101   v4 G:A cWW   3°: base pair   Weak C 1.8   2.4 0.6 0.6               92.7 1.8       164 UA,GA AU,GA
446 446 16S 6 69 99   v4 G:C cWW       Strong C 31.7 1.8 1.2 28.0 11.6   4.9 7.9 5.5   1.8   2.4 0.6   1.8 0.6 164 GC,AU,GU,AA,AC,AG,GA GC,CG,UA,AU
453 453 16S 6 70 98   v4 U:A cWW       Strong C 34.4   3.1 36.2 13.5 1.2   1.8     0.6   2.5 1.8   2.5 2.4 163 GC,UA,AU,GU,GA,UU GC,UA,AU
460 460 16S 6 73 97   v4 C:G cWW       Strong C   0.6 3.0 1.8 1.2   1.2           0.6   0.6 3.0 87.8 164 UA,UU CG,UA,AU
467 467 16S 6 74 96   v4 A:U cWW       Strong C     2.4 1.2 0.6   1.8           1.2 2.4   3.0 87.2 164 UA,GG,UU AA,GG,UU
474 474 16S 6 75 95   v4 G:C cWW       Strong C   0.6 4.3 3.0 0.6   1.2       1.8 0.6     0.6 1.2 85.9 164 UA,AU UA,AU,CC
481 481 16S 6 76 93   v4 G:U cWW       Strong C 1.2 4.3 7.9 14.6 0.6 1.8   0.6 3.0             0.6 65.2 164 CG,UA,AU,AG GC,CG,UA,AU
3848 3848 23S 7 76 110   v4 C:G cWW       Strong C   94.9 4.1                     1.0       98 CG,UA CG,UA
488 488 16S 6 77 92   v4 A:U cWW       Strong C 0.6 1.8 12.8 17.7 2.4       1.2         0.6     62.8 164 UA,AU,GU GC,CG,UA,AU
3855 3855 23S 7 77 109   v4 G:C cWW       Strong C   2.0 93.9   1.0 1.0                 2.0     98 CG,UA,UC CG,UA,GU
495 495 16S 6 78 91   v4 A:U cWW       Strong C 3.0 1.8 17.6 5.5 9.1 1.2 0.6   0.6     0.6     0.6   59.4 165 GC,UA,AU,GU CG,UA,GU
3862 3862 23S 7 78 108   v4 U:G cWW       Strong C   9.2 54.1     34.7                   2.0   98 CG,UA,UG,UU CG,UA
502 502 16S 6 79 90   v4 G:C cWW       Strong C 3.6 10.3 7.9 30.9 2.4 3.0 0.6     0.6     0.6 0.6     39.4 165 GC,CG,UA,AU,GU,UG GC,CG,UA,AU
3869 3869 23S 7 79 107   v4 C:G cWW       Strong C 2.0 86.7 8.2 2.0   1.0                       98 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
509 509 16S 6 80 89   v4 A:U cWW       Strong C 18.2 8.5 12.7 50.3 0.6 1.2   1.8             0.6 0.6 5.5 165 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU

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JSON shape: default, array, newline-delimited

CSV options: 

CREATE TABLE "basepair_frequency" (
   "molecule" TEXT,
   "helix_number" TEXT,
   "position_1" INTEGER,
   "position_2" INTEGER,
   "pair_note" TEXT,
   "header_format" TEXT,
   "reference_base_pair" TEXT,
   "conformation" TEXT,
   "ai_code" TEXT,
   "tertiary_type" TEXT,
   "header_extra" TEXT,
   "strength" TEXT,
   "group_code" TEXT,
   "GC" REAL,
   "CG" REAL,
   "UA" REAL,
   "AU" REAL,
   "GU" REAL,
   "UG" REAL,
   "AA" REAL,
   "AC" REAL,
   "AG" REAL,
   "CA" REAL,
   "CC" REAL,
   "CU" REAL,
   "GA" REAL,
   "GG" REAL,
   "UC" REAL,
   "UU" REAL,
   "gap" REAL,
   "Seq" INTEGER,
   "predominant_types" TEXT,
   "covarying_types" TEXT
);
CREATE INDEX "idx_basepair_frequency_molecule_position_1_position_2"
    ON "basepair_frequency" ("molecule", "position_1", "position_2");