Base-pair frequencies

predominant_types
Base-pair types shown in bold in the published table (most frequent).
covarying_types
Base-pair types marked * in the published table (involved in a covariation).
header_format
legacy = entry not yet revised to the v4 layout (no type / conformation).

61 rows where group_code = "B", molecule = "23S" and strength = "Weak" sorted by position_1

✎ View and edit SQL

This data as json, CSV (advanced)

Suggested facets: reference_base_pair, GC, CG, UA, AU, GU, UG, AA, AC, AG, CA, CC, CU, GA, GG, UC, UU, gap, Seq, covarying_types

conformation 3

tertiary_type 2

strength 1

  • Weak · 61 ✖

molecule 1

  • 23S · 61 ✖

header_format 1

group_code 1

Link rowid molecule helix_number position_1 ▼ position_2 pair_note header_format reference_base_pair conformation ai_code tertiary_type header_extra strength group_code GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq predominant_types covarying_types
3566 3566 23S 1 8 2895   v4 C:G cWW       Weak B 3.4 33.3 33.9 1.1   27.7               0.6       177 GC,CG,UA,UG GC,CG,UA,AU
3832 3832 23S 6.1 66 88   v4 C:G cWW   3°: pseudoknot   Weak B   94.6 1.6     2.3 0.4   0.4         0.8       257 CG,UG CG,UA
4042 4042 23S 10 158 168   v4 U:G cWW       Weak B   2.2 0.4     87.0       0.4       0.4     9.7 270 CG,UG UG,CA
4224 4224 23S 16 274 363   v4 C:G cWW       Weak B 6.9 26.1 26.8 18.8 0.4 5.1 0.7           0.7     0.4 14.2 276 GC,CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU
4231 4231 23S 18 281 359   v4 C:G cWW       Weak B 9.1 9.4 3.3 15.2 12.3 7.6 3.6 22.8 2.5   1.4 1.4 1.1 2.9 0.4 5.1 1.9 276 GC,CG,UA,AU,GU,UG,AA,AC,AG,GG,UU CG,UA,GU,AC
4252 4252 23S 18 284 356   v4 U:G cWW       Weak B 14.4 32.1 8.7 5.4 1.1 5.8 2.5 9.4 1.8 2.9 0.4 2.5 0.4   2.9 6.5 3.3 277 GC,CG,UA,AU,UG,AA,AC,CA,CU,UC,UU GC,CG,UA,AU
4315 4315 23S 18 293 347   v4 U:A cWW       Weak B   1.4 83.5   0.4 4.3 2.2   1.4 0.7     2.9 1.4     1.8 278 UA,UG,AA,GA UA,GU,AG
4413 4413 23S 20 327 335   v4 G:C cWW       Weak B 99.3                               0.8 281 GC  
4441 4441 23S 21 378 396   v4 C:G cWW       Weak B 3.2 96.1       0.7                       280 GC,CG GC,CG
4469 4469 23S 21 382 392   v4 A:U cWW       Weak B 8.2 0.7   56.2 13.5     21.4                   281 GC,AU,GU,AC GC,CG,AU
4630 4630 23S 25 538 555   v4 A:G cWW   3°: base pair   Weak B         0.7   1.1   97.5         0.4     0.4 281 AG GU,AG
4686 4686 23S 25.1 564 577   v4 C:G cWW       Weak B   99.3                 0.4 0.4           282 CG  
4826 4826 23S 27 600 657   v4 G:U cWW       Weak B         100.0                         282 GU  
4924 4924 23S 31 641 647   v4 U:G cWW       Weak B   14.2 0.4     85.4                       281 CG,UG  
4931 4931 23S 32 671 809   v4 C:G cWW       Weak B   99.6                             0.4 242 CG  
4994 4994 23S 33 687 775   v4 C:G No BP       Weak B   99.3               0.4 0.4             282 CG  
5050 5050 23S 33 695 767   v4 G:U cWW       Weak B         100.0                         282 GU  
5099 5099 23S 34 703 729   v4 U:G No BP       Weak B   1.8       98.2                       282 UG  
5106 5106 23S 34 707 724   v4 G:U cWW       Weak B       5.3 94.3     0.4                   282 AU,GU GU,AC
5302 5302 23S 37 826 831   v4 U:G cWW       Weak B           99.6                     0.4 243 UG  
5876 5876 23S 42 1051 1108   v4 G:U cWW       Weak B 0.8     58.1 40.2               0.4     0.4   241 AU,GU GC,AU
6121 6121 23S 46 1215 1234   v4 G:U cWW       Weak B       0.4 99.2                     0.4   266 GU  
6583 6583 23S 54 1415 1587   v4 U:G cWW       Weak B   15.2 9.9 0.8 2.7 31.2 0.4   1.5 2.7     12.2 8.4     15.3 263 CG,UA,GU,UG,CA,GA,GG AU,UG,GA
6681 6681 23S 56 1436 1556   v4 G:C cWW       Weak B 65.9 1.9 3.0 0.4 20.8   0.4   1.1       5.7 0.4   0.4   264 GC,UA,GU,GA GC,CG,UA,AU
6695 6695 23S 56 1440 1551   v4 U:A cWW       Weak B 5.7 3.4 7.6 19.7 48.9   1.1 1.9 0.4 0.4 1.1       3.8 1.9 4.2 264 GC,CG,UA,AU,GU,UC CG,UA,GU,AC
6730 6730 23S 57 1445 1466   v4 G:U cWW       Weak B 1.5 9.5   0.8 56.4 9.5   1.1     1.9 1.9 0.4     9.5 7.6 264 CG,GU,UG,UU CG,GU,AC
6779 6779 23S 58 1468 1524   v4 U:G cWW       Weak B 5.7 29.9 10.2 1.5 0.8 27.7 3.4 0.4 2.7 0.4   1.1 3.0 1.9 0.4 2.3 8.7 264 GC,CG,UA,UG,AA,AG,GA,UU GC,CG,UA,AU
6814 6814 23S 58 1478 1513   v4 G:U cWW       Weak B 26.6 2.7   1.5 50.2   3.0 2.3 0.4 0.4 0.4   2.7 0.4     9.5 263 GC,CG,GU,AA,AC,GA CG,GU,AA
6835 6835 23S 58 1481 1510   v4 U:G cWW       Weak B 19.7 9.5 7.2 9.1 1.5 34.5 0.8 0.4   0.8             16.6 264 GC,CG,UA,AU,UG GC,AU,UG,CA
6849 6849 23S 58 1483 1506   v4 G:U cWW       Weak B 52.3 2.3 4.5 6.8 8.3 0.8   0.4     0.4   4.5 1.5   1.5 16.6 264 GC,CG,UA,AU,GU,GA GC,CG,UA,AU
7157 7157 23S 63 1707 1751   v4 G:U cWW       Weak B 44.4 4.2   10.4 38.6           1.9           0.4 259 GC,CG,AU,GU GC,CG,AU
7297 7297 23S 64 1770 1982   v4 G:U cWW       Weak B 24.2 5.5   2.5 64.8             2.1 0.4       0.4 236 GC,CG,AU,GU,CU CG,GU
7318 7318 23S 65 1775 1789   v4 U:A tHS       Weak B     99.6       0.4                     261 UA  
7395 7395 23S 66 1799 1820   v4 G:U No BP       Weak B         100.0                         262 GU  
7409 7409 23S 66 1803 1814   v4 A:G tHS   3°: base pair   Weak B       0.4     0.4 0.4 98.5               0.4 259 AG  
7465 7465 23S 68 1835 1905   v4 G:C cWW       Weak B 100.0                                 243 GC  
7493 7493 23S 68 1841 1901   v4 U:A cWW       Weak B     100.0                             244 UA  
7500 7500 23S 68 1842 1898   v4 G:U cWW       Weak B         100.0                         244 GU  
7549 7549 23S 68 1851 1891   v4 U:G cWW       Weak B           100.0                       259 UG  
7640 7640 23S 69 1907 1923   v4 G:U cWW       Weak B 0.4       99.2               0.4         242 GU  
7668 7668 23S 69 1911 1919   v4 U:A No BP       Weak B     98.0             1.6             0.4 244 UA  
7689 7689 23S 71 1945 1961   v4 G:C cWW       Weak B 98.8     0.4             0.8             240 GC GC,AU
7703 7703 23S 71 1947 1959   v4 C:G cWW       Weak B   99.6                             0.4 240 CG  
7843 7843 23S 73 2056 2612   v4 G:C cWW       Weak B 97.5           1.7 0.8                   236 GC GC,AA
7864 7864 23S 74 2065 2445   v4 C:G cWW       Weak B   99.6                             0.4 239 CG  
7927 7927 23S 74 2075 2434   v4 U:A No BP       Weak B     100.0                             241 UA  
7934 7934 23S 75 2077 2243   v4 A:U cWW       Weak B       100.0                           240 AU  
8060 8060 23S 76 2100 2189   v4 G:U cWW       Weak B 8.3     1.7 79.3 10.8                       241 GC,GU,UG GU,UG
8123 8123 23S 76 2109 2180   v4 U:U cWW   3°: base pair   Weak B                       0.4       99.6   241 UU  
8158 8158 23S 77 2120 2178   v4 G:C cWW       Weak B 80.5     0.4 18.7                       0.4 241 GC,GU GC,AU
8214 8214 23S 78 2136 2155   v4 G:U cWW       Weak B 2.9 7.5 3.7 32.0 46.5   3.3 1.7   1.7   0.4         0.4 241 GC,CG,UA,AU,GU,AA CG,UA,GU,AC
8263 8263 23S 78 2143 2148   v4 C:G cWW       Weak B   95.5       2.9       0.4             1.2 242 CG,UG  
8361 8361 23S 80 2249 2255   v4 U:G No BP       Weak B           99.6                     0.4 238 UG  
8445 8445 23S 83 2291 2341   v4 U:G cWW       Weak B     0.8     97.9                 0.4   0.8 241 UG  
8557 8557 23S 85.1 2328 2387   v4 A:U cWW   3°: pseudoknot   Weak B       100.0                           241 AU  
8606 8606 23S 86 2351 2366   v4 G:A cWW   3°: base pair   Weak B 0.8       0.8   12.8   0.4       84.3 0.4     0.4 242 AA,GA AG,GA
8732 8732 23S 89 2455 2496   v4 G:C cWW       Weak B 98.8       0.8     0.4                   241 GC  
8760 8760 23S 89 2460 2490   v4 U:G cWW       Weak B           100.0                       241 UG  
9019 9019 23S 93 2592 2601   v4 G:C cWW       Weak B 99.6       0.4                         237 GC  
9173 9173 23S 95 2652 2668   v4 C:G cWW       Weak B   58.6 0.4     38.0       2.5           0.4   237 CG,UG,CA CG,UA
9278 9278 23S 96 2696 2711   v4 U:A cWW       Weak B   0.8 99.2                             237 UA CG,UA

Advanced export

JSON shape: default, array, newline-delimited

CSV options: 

CREATE TABLE "basepair_frequency" (
   "molecule" TEXT,
   "helix_number" TEXT,
   "position_1" INTEGER,
   "position_2" INTEGER,
   "pair_note" TEXT,
   "header_format" TEXT,
   "reference_base_pair" TEXT,
   "conformation" TEXT,
   "ai_code" TEXT,
   "tertiary_type" TEXT,
   "header_extra" TEXT,
   "strength" TEXT,
   "group_code" TEXT,
   "GC" REAL,
   "CG" REAL,
   "UA" REAL,
   "AU" REAL,
   "GU" REAL,
   "UG" REAL,
   "AA" REAL,
   "AC" REAL,
   "AG" REAL,
   "CA" REAL,
   "CC" REAL,
   "CU" REAL,
   "GA" REAL,
   "GG" REAL,
   "UC" REAL,
   "UU" REAL,
   "gap" REAL,
   "Seq" INTEGER,
   "predominant_types" TEXT,
   "covarying_types" TEXT
);
CREATE INDEX "idx_basepair_frequency_molecule_position_1_position_2"
    ON "basepair_frequency" ("molecule", "position_1", "position_2");