Base-pair frequencies

predominant_types
Base-pair types shown in bold in the published table (most frequent).
covarying_types
Base-pair types marked * in the published table (involved in a covariation).
header_format
legacy = entry not yet revised to the v4 layout (no type / conformation).

86 rows where group_code = "A" and tertiary_type = "3°: base pair" sorted by position_1

✎ View and edit SQL

This data as json, CSV (advanced)

Suggested facets: reference_base_pair, AU, GU, UG, UC, UU, gap, Seq, covarying_types

conformation 7

strength 5

molecule 3

header_format 2

tertiary_type 1

  • 3°: base pair · 86 ✖

group_code 1

Link rowid molecule helix_number position_1 ▼ position_2 pair_note header_format reference_base_pair conformation ai_code tertiary_type header_extra strength group_code GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq predominant_types covarying_types
3644 3644 23S 2 30 510   v4 G:C cWW   3°: base pair   Strong A 75.0 2.8 13.9 8.3                           36 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
354 354 16S 5 47 361   v4 C:G cWW   3°: base pair   Strong A 91.0 0.5 4.5               0.5     1.0     2.5 199 GC,UA GC,CG,UA
3756 3756 23S 5 53 117   v4 A:G tHS   3°: base pair   Significant A   5.6   11.1         83.3                 36 CG,AU,AG  
438 438 16S 6 68 101   v4 G:A cWW   3°: base pair   Weak A 78.9     6.0 0.5 1.0             11.6 0.5     1.5 199 GC,AU,GA GC,AU,UG
123 123 5S 3 75 101 Tertiary legacy     B 3°: base pair   Strong A 52.3 6.8 18.2 4.5 2.3 2.3                 9.1 4.5   44 GC,CG,UA,AU,GU,UG,UC,UU GC,CG,UA,AU
127 127 5S 3 76 100 Tertiary legacy     B 3°: base pair   Strong A 31.8 11.4 11.4 20.5 4.5 6.8       2.3         2.3 9.1   44 GC,CG,UA,AU,GU,UG,CA,UC,UU GC,CG,UA,AU
131 131 5S 3 77 99 Tertiary legacy     B 3°: base pair   Strong A   13.6 86.4                             44 CG,UA CG,UA
135 135 5S 3 78 98 Tertiary legacy     B 3°: base pair   Significant A     2.3       2.3   86.4 9.1               44 UA,AA,AG,CA AG,CA
599 599 16S 7 129 232   v4 A:G cWW   3°: base pair   Strong A   38.9 11.1     50.0                       216 CG,UA,UG  
676 676 16S 8 145 177   v4 G:G cWW   3°: base pair   Strong A 55.1 29.0 2.8 6.5   5.6       0.9               214 GC,CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU
697 697 16S 8 152 169   v4 A:C tHW   3°: base pair   Strong A       0.5     47.9 35.8 0.9   11.2 2.3       1.4   215 AA,AC,CC,CU AA,CC,UU
844 844 16S 11 245 283   v4 U:U cWW   3°: base pair   Strong A                     44.3       0.5 55.2   221 CC,UU CC,UU
4393 4393 23S 19.2 319 323   v4 G:C cWW   3°: base pair   Strong A 19.4 77.8       2.8                       36 GC,CG,UG GC,CG
1019 1019 16S 13 321 332   v4 A:G cWW   3°: base pair   Strong A   12.7 42.1           43.0   2.2             228 CG,UA,AG,CC UA,AG,CC
1054 1054 16S 15 367 393   v4 U:A cWW   3°: base pair   Strong A 10.9 84.3 2.2               0.4           2.2 229 GC,CG,UA GC,CG,UA
4477 4477 23S 21 383 391   v4 C:A cWW   3°: base pair   ??? A                                 99.9 37    
1173 1173 16S 17 438 496   v4 U:A tWH   3°: base pair   Strong A     77.0     0.4       0.4       21.7     0.4 226 UA,GG UA,GG
1180 1180 16S 17 440 497   v4 C:G cWW   3°: base pair   Strong A     4.0     0.4 0.4     4.4 11.1       5.8 73.8   225 UA,CA,CC,UC,UU AA,CC,UU
1187 1187 16S 17 441 493   v4 A:A cWW   3°: base pair   Strong A 13.0 69.1 0.9   1.8 0.4 1.3 0.9 3.6 6.3   0.4 1.3   0.9     223 GC,CG,AG,CA GC,CG,AA
1229 1229 16S 17 450 483   v4 G:C cWW   3°: base pair   Strong A                                 100.0 237    
4589 4589 23S 24.1 531 2018   v4 C:G cWW   3°: base pair   Strong A 32.4 10.8 2.7 2.7 21.6 2.7 8.1     2.7 10.8     5.4       37 GC,CG,UA,AU,GU,UG,AA,CA,CC,GG GC,CG,AA
4624 4624 23S 25 537 556   v4 G:A cWW   3°: base pair   Strong A 29.7 40.5 21.6 5.4   2.7                       37 GC,CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU
4631 4631 23S 25 538 555   v4 A:G cWW   3°: base pair   Weak A 70.3     5.4 24.3                         37 GC,AU,GU GC,AU
4680 4680 23S 25.1 563 578   v4 A:G cWW   3°: base pair   Strong A   43.2       21.6 16.2   16.2       2.7         37 CG,UG,AA,AG,GA CG,AA
4694 4694 23S 25.1 565 576   v4 C:U cWW   3°: base pair   Strong A 100.0                                 37 GC  
1432 1432 16S 19.1 575 880   v4 G:C cWW   3°: base pair   Strong A 97.2     2.8                           216 GC,AU GC,AU
1467 1467 16S 20 582 758   v4 C:C No BP   3°: base pair   Strong A     1.8     94.9                 3.2     217 UG,UC  
1621 1621 16S 21 611 629   v4 C:A cWW   3°: base pair   Strong A   79.4 6.4     3.2 3.2   7.3               0.5 218 CG,UA,UG,AA,AG CG,UA
4897 4897 23S 31 637 651   v4 A:G cWW   3°: base pair   Strong A 70.3 29.7                               37 GC,CG GC,CG
1726 1726 16S 22 663 742   v4 A:G cWW   3°: base pair   Strong A           0.9 6.3   92.8                 221 AA,AG  
1789 1789 16S 23 674 716   v4 G:A cWW   3°: base pair   Strong A 100.0                                 232 GC  
4946 4946 23S 32 674 806   v4 G:C cWW   3°: base pair   ??? A 100.0                                 37 GC  
5072 5072 23S 33 698 763   v4 C:G cWW   3°: base pair   Strong A   83.8 8.1     8.1                       37 CG,UA,UG CG,UA
5149 5149 23S 34 713 718   v4 G:A cWW   3°: base pair   Strong A 35.1 62.2       2.7                       37 GC,CG,UG GC,CG
1873 1873 16S 23.1 722 733   v4 G:G tWW   3°: base pair   Strong A         0.8   20.3   0.4         78.4       241 AA,GG AA,GG
5366 5366 23S 38 847 933   v4 U:A cWW   3°: base pair   Strong A                                 100.0 36    
5436 5436 23S 38 857 920   v4 G:A cWW   3°: base pair   Strong A 64.9 5.4   16.2 13.5                         37 GC,CG,AU,GU GC,CG,AU
2307 2307 16S 30 945 1236   v4 G:A cWW   3°: base pair   Strong A                 12.6       87.4         190 AG,GA AG,GA
2573 2573 16S 33.2 1026 1035   v4 G:A cWW   3°: base pair   Strong A                                 100.0 204    
5800 5800 23S 42 1032 1122   v4 A:G cWW   3°: base pair   Strong A 59.5         21.6     5.4       8.1       5.4 37 GC,UG,AG,GA GC,UG
5842 5842 23S 42 1039 1116   v4 A:G cWW   3°: base pair   Strong A 19.4 30.6 27.8 5.6 11.1       2.8         2.8       36 GC,CG,UA,AU,GU,AG,GG GC,CG,UA,AU
5849 5849 23S 42 1040 1115   v4 A:G cWW   3°: base pair   Strong A 25.0 16.7 8.3 41.7 8.3                         36 GC,CG,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU
2671 2671 16S 34 1061 1195   v4 G:C cWW   3°: base pair   No Support A 36.0     7.6 55.8                       0.5 197 GC,AU,GU  
2678 2678 16S 34 1062 1194   v4 U:U cWW   3°: base pair   Strong A   37.9 9.1     52.5       0.5               198 CG,UA,UG UG,CA
5954 5954 23S 43.1 1082 1086   v4 U:A tWW   3°: base pair   Strong A   59.5 40.5                             37 CG,UA CG,UA
5961 5961 23S 44 1087 1102   v4 G:C cWW   3°: base pair   Strong A 64.9 5.4   29.7                           37 GC,CG,AU GC,CG,AU
6045 6045 23S 46 1196 1250   v4 C:G cWW   3°: base pair   Strong A   100.0                               37 CG  
6087 6087 23S 46 1203 1242   v4 U:U cWW   3°: base pair   Strong A 32.4 13.5 8.1 29.7 2.7 10.8                   2.7   37 GC,CG,UA,AU,GU,UG,UU GC,CG,UA,AU
6094 6094 23S 46 1204 1241   v4 A:A cWW   3°: base pair   Strong A 10.8 2.7 21.6 5.4   48.6                   10.8   37 GC,CG,UA,AU,UG,UU GC,AU,UG
6185 6185 23S 46.1 1263 2016   v4 U:U cWW   3°: base pair   Strong A 53.7   2.4 17.1                 7.3 19.5       41 GC,UA,AU,GA,GG GC,UA,AU
3063 3063 16S 42 1303 1334   v4 C:G cWW   3°: base pair   Strong A 28.0 65.2   6.8                           207 GC,CG,AU GC,CG,AU
3070 3070 16S 42 1307 1330   v4 U:U cWW   3°: base pair   Strong A         0.5           2.9       0.5 96.1   207 CC,UU CC,UU
6409 6409 23S 51 1348 1598   v4 C:A cWW   3°: base pair   Significant A                                 99.9 41    
3175 3175 16S 43 1357 1365   v4 A:G cWW   3°: base pair   Strong A 56.8 5.8 35.4 1.9                           206 GC,CG,UA GC,CG,UA,AU
6451 6451 23S 52 1359 1372   v4 A:U cWW   3°: base pair   Strong A 53.7 9.8 14.6 17.1 2.4         2.4               41 GC,CG,UA,AU,GU,CA GC,CG,UA,AU
3182 3182 16S 44 1399 1504   v4 C:G cWW   3°: base pair   Strong A   100.0                               104 CG  
3196 3196 16S 44 1402 1500   v4 C:A cWW   3°: base pair   Strong A                   100.0               104 CA  
3217 3217 16S 44 1407 1494   v4 C:G cWW   3°: base pair   ??? A   96.8       3.2                       95 CG,UG  
3252 3252 16S 44 1413 1487   v4 A:G cWW   3°: base pair   Strong A   2.7   0.7         96.6                 148 CG,AG  
6640 6640 23S 55 1425 1573   v4 G:G cWW   3°: base pair   Strong A   39.0   2.4   58.5                       41 CG,AU,UG AU,UG
6913 6913 23S 59 1527 1544   v4 G:A No BP   3°: base pair   Strong A         73.2                       26.8 41 GU  
6920 6920 23S 59 1528 1543   v4 A:G tHS   3°: base pair   Strong A 10.3 61.5     2.6                       25.6 39 GC,CG,GU GC,CG
7144 7144 23S 62 1690 1697   v4 A:G tHS   3°: base pair   Strong A         4.9       63.4 17.1   4.9 2.4     7.3   41 GU,AG,CA,CU,GA,UU AG,CA,UU
7249 7249 23S 63.1 1752 1756   v4 C:G cWW   3°: base pair   Strong A   92.7       7.3                       41 CG,UG  
7403 7403 23S 66 1800 1817   v4 C:G tWW   3°: base pair   Strong A   100.0                               41 CG  
7410 7410 23S 66 1803 1814   v4 A:G tHS   3°: base pair   Weak A         75.6     17.1     2.4         4.9   41 GU,AC,CC,UU GU,AC
7557 7557 23S 68 1855 1887   v4 U:C cWW   3°: base pair   Strong A                                 99.9 41    
7564 7564 23S 68 1856 1886   v4 U:U cWW   3°: base pair   Strong A                                 100.0 41    
7571 7571 23S 68 1858 1884   v4 A:G tHS/tSH   3°: base pair   Strong A                                 100.0 41    
7578 7578 23S 68 1859 1883   v4 U:U cWW   3°: base pair   Strong A                                 99.9 41    
7676 7676 23S 69.1 1925 1929   v4 C:G tWW   3°: base pair   Strong A           100.0                       41 UG  
7977 7977 23S 75 2086 2233   v4 U:U cWW   3°: base pair   Strong A   9.8 87.8                         2.4   41 CG,UA,UU CG,UA
8089 8089 23S 76 2104 2185   v4 C:U cWW   3°: base pair   Strong A 43.9 7.3 4.9 12.2 29.3                     2.4   41 GC,CG,UA,AU,GU,UU GC,CG,UA,AU
8124 8124 23S 76 2109 2180   v4 U:U cWW   3°: base pair   Weak A     53.7     14.6       7.3         9.8 14.6   41 UA,UG,CA,UC,UU  
8411 8411 23S 81.1 2282 2427   v4 G:C cWW   3°: base pair   Strong A 97.6 2.4                               41 GC,CG GC,CG
8607 8607 23S 86 2351 2366   v4 G:A cWW   3°: base pair   Weak A 36.6   4.9 48.8 9.8                         41 GC,UA,AU,GU GC,UA,AU
8614 8614 23S 86 2352 2365   v4 A:G cWW   3°: base pair   Strong A   61.0 31.7 7.3                           41 CG,UA,AU CG,UA,AU
8824 8824 23S 90 2507 2582   v4 C:G cWW   3°: base pair   Strong A   100.0                               41 CG  
8859 8859 23S 90 2512 2574   v4 C:G cWW   3°: base pair   Strong A 2.4 90.2 7.3                             41 GC,CG,UA GC,CG,UA
9181 9181 23S 96 2675 2732   v4 A:G cWW   3°: base pair   Strong A   24.4               53.7 4.9   17.1         41 CG,CA,CC,GA  
9419 9419 23S 99 2808 2891   v4 G:U No BP   3°: base pair   ??? A 7.9 2.6 2.6       2.6     36.8     13.2       34.3 38 GC,CG,UA,AA,CA,GA GC,CA
9440 9440 23S 99 2813 2887   v4 A:A cWW   3°: base pair   Strong A 47.4 18.4 18.4 7.9               7.9           38 GC,CG,UA,AU,CU GC,CG,UA,AU
9447 9447 23S 99 2814 2886   v4 A:A cWW   3°: base pair   Strong A   76.3 7.9     5.3           5.3       2.6 2.6 38 CG,UA,UG,CU,UU CG,UA
9545 9545 23S 101 2844 2872   v4 G:A cWW   3°: base pair   Strong A 73.7 7.9 5.3   13.2                         38 GC,CG,UA,GU GC,CG,UA
9552 9552 23S 101 2845 2871   v4 U:U cWW   3°: base pair   No Support A 100.0                                 38 GC  
9566 9566 23S 101 2849 2866   v4 U:U No BP   3°: base pair   Strong A     2.6     10.5                   78.9 7.9 38 UA,UG,UU  

Advanced export

JSON shape: default, array, newline-delimited

CSV options: 

CREATE TABLE "basepair_frequency" (
   "molecule" TEXT,
   "helix_number" TEXT,
   "position_1" INTEGER,
   "position_2" INTEGER,
   "pair_note" TEXT,
   "header_format" TEXT,
   "reference_base_pair" TEXT,
   "conformation" TEXT,
   "ai_code" TEXT,
   "tertiary_type" TEXT,
   "header_extra" TEXT,
   "strength" TEXT,
   "group_code" TEXT,
   "GC" REAL,
   "CG" REAL,
   "UA" REAL,
   "AU" REAL,
   "GU" REAL,
   "UG" REAL,
   "AA" REAL,
   "AC" REAL,
   "AG" REAL,
   "CA" REAL,
   "CC" REAL,
   "CU" REAL,
   "GA" REAL,
   "GG" REAL,
   "UC" REAL,
   "UU" REAL,
   "gap" REAL,
   "Seq" INTEGER,
   "predominant_types" TEXT,
   "covarying_types" TEXT
);
CREATE INDEX "idx_basepair_frequency_molecule_position_1_position_2"
    ON "basepair_frequency" ("molecule", "position_1", "position_2");