Base-pair frequencies

predominant_types
Base-pair types shown in bold in the published table (most frequent).
covarying_types
Base-pair types marked * in the published table (involved in a covariation).
header_format
legacy = entry not yet revised to the v4 layout (no type / conformation).

61 rows where group_code = "A", molecule = "23S" and strength = "Weak" sorted by position_1

✎ View and edit SQL

This data as json, CSV (advanced)

Suggested facets: reference_base_pair, GC, CG, UA, AU, GU, UG, AA, Seq, covarying_types

conformation 3

tertiary_type 2

strength 1

  • Weak · 61 ✖

molecule 1

  • 23S · 61 ✖

header_format 1

group_code 1

Link rowid molecule helix_number position_1 ▼ position_2 pair_note header_format reference_base_pair conformation ai_code tertiary_type header_extra strength group_code GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq predominant_types covarying_types
3567 3567 23S 1 8 2895   v4 C:G cWW       Weak A 24.2 24.2 27.3 3.0   3.0         3.0           15.1 33 GC,CG,UA,AU,UG,CC GC,CG,UA,AU
3833 3833 23S 6.1 66 88   v4 C:G cWW   3°: pseudoknot   Weak A   94.4 5.6                             36 CG,UA CG,UA
4043 4043 23S 10 158 168   v4 U:G cWW       Weak A           2.8     5.6 2.8             88.9 36 UG,AG,CA AG,CA
4225 4225 23S 16 274 363   v4 C:G cWW       Weak A 33.3 30.6 8.3     2.8         5.6   5.6   13.9     36 GC,CG,UA,UG,CC,GA,UC GC,CG,UA
4232 4232 23S 18 281 359   v4 C:G cWW       Weak A 19.4 33.3 25.0 8.3 5.6           2.8       5.6     36 GC,CG,UA,AU,GU,CC,UC GC,CG,UA,AU
4253 4253 23S 18 284 356   v4 U:G cWW       Weak A   72.2 2.8 5.6 2.8 11.1       5.6               36 CG,UA,AU,GU,UG,CA CG,UA,AU
4316 4316 23S 18 293 347   v4 U:A cWW       Weak A   2.8 44.4   2.8 16.7 19.4             11.1     2.8 36 CG,UA,GU,UG,AA,GG UA,GG
4414 4414 23S 20 327 335   v4 G:C cWW       Weak A 100.0                                 36 GC  
4442 4442 23S 21 378 396   v4 C:G cWW       Weak A 5.4 27.0     18.9 48.6                       37 GC,CG,GU,UG GU,UG
4470 4470 23S 21 382 392   v4 A:U cWW       Weak A   21.6                           78.4   37 CG,UU CG,UU
4631 4631 23S 25 538 555   v4 A:G cWW   3°: base pair   Weak A 70.3     5.4 24.3                         37 GC,AU,GU GC,AU
4687 4687 23S 25.1 564 577   v4 C:G cWW       Weak A   100.0                               37 CG  
4827 4827 23S 27 600 657   v4 G:U cWW       Weak A 21.6     8.1 70.3                         37 GC,AU,GU  
4925 4925 23S 31 641 647   v4 U:G cWW       Weak A   24.3       67.6                     8.1 37 CG,UG  
4932 4932 23S 32 671 809   v4 C:G cWW       Weak A   100.0                               37 CG  
4995 4995 23S 33 687 775   v4 C:G No BP       Weak A   100.0                               37 CG  
5051 5051 23S 33 695 767   v4 G:U cWW       Weak A 43.2   2.7   54.1                         37 GC,UA,GU UA,GU
5100 5100 23S 34 703 729   v4 U:G No BP       Weak A   32.4       67.6                       37 CG,UG  
5107 5107 23S 34 707 724   v4 G:U cWW       Weak A         100.0                         37 GU  
5303 5303 23S 37 826 831   v4 U:G cWW       Weak A   18.9       81.1                       37 CG,UG  
5877 5877 23S 42 1051 1108   v4 G:U cWW       Weak A 75.0     11.1 13.9                         36 GC,AU,GU GC,AU
6122 6122 23S 46 1215 1234   v4 G:U cWW       Weak A         100.0                         37 GU  
6584 6584 23S 54 1415 1587   v4 U:G cWW       Weak A 41.5 31.7       2.4                     24.4 41 GC,CG,UG GC,CG
6682 6682 23S 56 1436 1556   v4 G:C cWW       Weak A 95.1     2.4 2.4                         41 GC,AU,GU GC,AU
6696 6696 23S 56 1440 1551   v4 U:A cWW       Weak A 53.7 2.4   2.4 41.5                         41 GC,CG,AU,GU GC,CG,AU
6731 6731 23S 57 1445 1466   v4 G:U cWW       Weak A 7.3     9.8 9.8   2.4 61.0     7.3       2.4     41 GC,AU,GU,AA,AC,CC,UC GU,AC
6780 6780 23S 58 1468 1524   v4 U:G cWW       Weak A   29.3   2.4 4.9 2.4 2.4         4.9 2.4     41.5 9.7 41 CG,AU,GU,UG,AA,CU,GA,UU CG,AA,UU
6815 6815 23S 58 1478 1513   v4 G:U cWW       Weak A 61.0       26.8     2.4     9.8             41 GC,GU,AC,CC  
6836 6836 23S 58 1481 1510   v4 U:G cWW       Weak A                               7.3 92.6 41 UU  
6850 6850 23S 58 1483 1506   v4 G:U cWW       Weak A 43.9 9.8       43.9                   2.4   41 GC,CG,UG,UU GC,UG
7158 7158 23S 63 1707 1751   v4 G:U cWW       Weak A 2.4       97.6                         41 GC,GU  
7298 7298 23S 64 1770 1982   v4 G:U cWW       Weak A 4.9 90.2       4.9                       41 GC,CG,UG GC,CG
7319 7319 23S 65 1775 1789   v4 U:A tHS       Weak A     100.0                             41 UA  
7396 7396 23S 66 1799 1820   v4 G:U No BP       Weak A 90.2       9.8                         41 GC,GU  
7410 7410 23S 66 1803 1814   v4 A:G tHS   3°: base pair   Weak A         75.6     17.1     2.4         4.9   41 GU,AC,CC,UU GU,AC
7466 7466 23S 68 1835 1905   v4 G:C cWW       Weak A 100.0                                 41 GC  
7494 7494 23S 68 1841 1901   v4 U:A cWW       Weak A     100.0                             41 UA  
7501 7501 23S 68 1842 1898   v4 G:U cWW       Weak A 9.8       90.2                         41 GC,GU  
7550 7550 23S 68 1851 1891   v4 U:G cWW       Weak A           100.0                       41 UG  
7641 7641 23S 69 1907 1923   v4 G:U cWW       Weak A         100.0                         41 GU  
7669 7669 23S 69 1911 1919   v4 U:A No BP       Weak A     100.0                             41 UA  
7690 7690 23S 71 1945 1961   v4 G:C cWW       Weak A 100.0                                 41 GC  
7704 7704 23S 71 1947 1959   v4 C:G cWW       Weak A   100.0                               41 CG  
7844 7844 23S 73 2056 2612   v4 G:C cWW       Weak A 100.0                                 41 GC  
7865 7865 23S 74 2065 2445   v4 C:G cWW       Weak A   100.0                               41 CG  
7928 7928 23S 74 2075 2434   v4 U:A No BP       Weak A     100.0                             41 UA  
7935 7935 23S 75 2077 2243   v4 A:U cWW       Weak A       100.0                           41 AU  
8061 8061 23S 76 2100 2189   v4 G:U cWW       Weak A 43.9     4.9 36.6   4.9             9.8       41 GC,AU,GU,AA,GG GC,AA
8124 8124 23S 76 2109 2180   v4 U:U cWW   3°: base pair   Weak A     53.7     14.6       7.3         9.8 14.6   41 UA,UG,CA,UC,UU  
8159 8159 23S 77 2120 2178   v4 G:C cWW       Weak A 92.7   4.9   2.4                         41 GC,UA,GU GC,UA
8215 8215 23S 78 2136 2155   v4 G:U cWW       Weak A   43.9 4.9 4.9 26.8       2.4       14.6 2.4       41 CG,UA,AU,GU,AG,GA,GG CG,UA,GU
8264 8264 23S 78 2143 2148   v4 C:G cWW       Weak A   80.5       19.5                       41 CG,UG  
8362 8362 23S 80 2249 2255   v4 U:G No BP       Weak A           100.0                       41 UG  
8446 8446 23S 83 2291 2341   v4 U:G cWW       Weak A   4.9 7.3     87.8                       41 CG,UA,UG  
8558 8558 23S 85.1 2328 2387   v4 A:U cWW   3°: pseudoknot   Weak A       100.0                           41 AU  
8607 8607 23S 86 2351 2366   v4 G:A cWW   3°: base pair   Weak A 36.6   4.9 48.8 9.8                         41 GC,UA,AU,GU GC,UA,AU
8733 8733 23S 89 2455 2496   v4 G:C cWW       Weak A       61.0 39.0                         41 AU,GU  
8761 8761 23S 89 2460 2490   v4 U:G cWW       Weak A           100.0                       41 UG  
9020 9020 23S 93 2592 2601   v4 G:C cWW       Weak A 100.0                                 41 GC  
9174 9174 23S 95 2652 2668   v4 C:G cWW       Weak A   22.5 7.5 22.5   22.5       25.0               40 CG,UA,AU,UG,CA AU,UG,CA
9279 9279 23S 96 2696 2711   v4 U:A cWW       Weak A     100.0                             41 UA  

Advanced export

JSON shape: default, array, newline-delimited

CSV options: 

CREATE TABLE "basepair_frequency" (
   "molecule" TEXT,
   "helix_number" TEXT,
   "position_1" INTEGER,
   "position_2" INTEGER,
   "pair_note" TEXT,
   "header_format" TEXT,
   "reference_base_pair" TEXT,
   "conformation" TEXT,
   "ai_code" TEXT,
   "tertiary_type" TEXT,
   "header_extra" TEXT,
   "strength" TEXT,
   "group_code" TEXT,
   "GC" REAL,
   "CG" REAL,
   "UA" REAL,
   "AU" REAL,
   "GU" REAL,
   "UG" REAL,
   "AA" REAL,
   "AC" REAL,
   "AG" REAL,
   "CA" REAL,
   "CC" REAL,
   "CU" REAL,
   "GA" REAL,
   "GG" REAL,
   "UC" REAL,
   "UU" REAL,
   "gap" REAL,
   "Seq" INTEGER,
   "predominant_types" TEXT,
   "covarying_types" TEXT
);
CREATE INDEX "idx_basepair_frequency_molecule_position_1_position_2"
    ON "basepair_frequency" ("molecule", "position_1", "position_2");