Base-pair frequencies

predominant_types
Base-pair types shown in bold in the published table (most frequent).
covarying_types
Base-pair types marked * in the published table (involved in a covariation).
header_format
legacy = entry not yet revised to the v4 layout (no type / conformation).

478 rows where group_code = "A", header_format = "v4" and molecule = "16S" sorted by position_1

✎ View and edit SQL

This data as json, CSV (advanced)

Suggested facets: reference_base_pair, AA, AC, AG, CA, CC, CU, GA, GG, UC, UU

conformation 8

strength 4

tertiary_type 2

molecule 1

  • 16S · 478 ✖

header_format 1

  • v4 · 478 ✖

group_code 1

Link rowid molecule helix_number position_1 ▼ position_2 pair_note header_format reference_base_pair conformation ai_code tertiary_type header_extra strength group_code GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq predominant_types covarying_types
172 172 16S 1 9 25   v4 G:C cWW       Strong A   99.3       0.7                       148 CG  
179 179 16S 1 10 24   v4 A:U cWW       Strong A   73.5 25.9     0.7                       147 CG,UA CG,UA
186 186 16S 1 11 23   v4 G:C cWW       Strong A 100.0                                 151 GC  
193 193 16S 1 12 22   v4 U:G cWW       Strong A 90.6   0.7     8.1               0.7       149 GC,UG GC,UG
200 200 16S 1 13 21   v4 U:G No BP       Weak A           100.0                       154 UG  
207 207 16S 2 17 918   v4 U:A cWW   3°: pseudoknot   Strong A     98.6     1.4                       148 UA  
214 214 16S 2 18 917   v4 C:G cWW   3°: pseudoknot   Strong A   99.3       0.7                       149 CG  
221 221 16S 2 19 916   v4 A:U cWW   3°: pseudoknot   Strong A   100.0                               150 CG  
228 228 16S 3 27 556   v4 G:C cWW       Strong A 63.9 29.7   1.3       3.2     1.3           0.6 155 GC,CG,AC GC,CG,AU
235 235 16S 3 28 555   v4 A:U cWW       Strong A 56.5 28.0   1.2 11.3           1.2           1.8 168 GC,CG,GU GC,CG,AU
242 242 16S 3 29 554   v4 U:A cWW       Strong A 1.1 56.5 26.0 1.7   10.2               2.8     1.7 177 CG,UA,UG,GG GC,CG,UA,AU
249 249 16S 3 30 553   v4 U:A cWW       Strong A 28.1 50.6 14.0 1.1   5.6             0.6         178 GC,CG,UA,UG GC,CG,UA,AU
256 256 16S 3 32 552   v4 A:U cWW       Strong A 1.1     98.3               0.6           178 AU GC,AU
263 263 16S 3 33 551   v4 A:U cWW       Strong A   71.6 27.3             0.5             0.5 183 CG,UA CG,UA
270 270 16S 3 34 550   v4 C:G cWW       Strong A   29.0       71.0                       183 CG,UG  
277 277 16S 3 35 549   v4 G:C cWW       Weak A 3.8 1.1     94.0             0.5         0.5 184 GC,GU CG,GU
284 284 16S 3 36 548   v4 C:G cWW       Strong A   99.5                             0.5 184 CG  
291 291 16S 3 37 547   v4 U:A tWS       Weak A     100.0                             183 UA  
298 298 16S 4 39 403   v4 G:C cWW       Weak A     99.0     1.0                       193 UA  
305 305 16S 4 40 402   v4 C:G cWW       Strong A 8.7 62.1 25.1 2.6   1.0                     0.5 195 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
312 312 16S 4 41 401   v4 G:C cWW       Strong A 90.7 1.6   7.3 0.5                         193 GC,AU GC,CG,AU
319 319 16S 4 42 400   v4 G:C cWW       Strong A 94.9     2.0 2.5                       0.5 197 GC,AU,GU GC,AU
326 326 16S 4 43 399   v4 C:G cWW       Strong A 69.7   10.1 20.2                           198 GC,UA,AU GC,UA,AU
333 333 16S 4 44 398   v4 A:U cWW       Strong A 75.4 2.0 5.5 14.6   1.5   0.5         0.5         199 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
340 340 16S 4 45 396   v4 G:C cWW       Strong A 11.7 31.4 19.1 16.0 6.4 14.9       0.5               188 GC,CG,UA,AU,GU,UG GC,CG,UA,AU
347 347 16S 4 46 395   v4 G:C cWW       Strong A 17.9 63.7 3.0 6.0 8.5     0.5             0.5     201 GC,CG,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU
354 354 16S 5 47 361   v4 C:G cWW   3°: base pair   Strong A 91.0 0.5 4.5               0.5     1.0     2.5 199 GC,UA GC,CG,UA
361 361 16S 5 52 359   v4 C:G cWW       Strong A 95.5 1.0                 1.0           2.5 199 GC GC,CG
368 368 16S 5 53 358   v4 A:U cWW       Strong A   96.5   1.0             2.5             201 CG,CC CG,AU
375 375 16S 5 54 357   v4 C:G cWW       Weak A   97.5               2.5               201 CG,CA  
382 382 16S 5 56 356   v4 U:A cWW       Weak A     97.5                           2.5 201 UA  
389 389 16S 5 57 355   v4 G:C cWW       Strong A 95.5                         1.5     3.0 200 GC  
396 396 16S 5 58 354   v4 C:G cWW       Weak A 19.0 76.5       0.5         1.5           2.5 200 GC,CG GC,CG
403 403 16S 6 61 106   v4 G:C cWW       Strong A 99.5                         0.5       203 GC  
410 410 16S 6 62 105   v4 U:G cWW       Weak A           100.0                       202 UG  
417 417 16S 6 63 104   v4 C:G cWW       Strong A   82.2 11.9     5.0               1.0       202 CG,UA,UG CG,UA
424 424 16S 6 66 103   v4 A:U cWW       Strong A 30.7   4.5 61.8 0.5           0.5   0.5       1.5 199 GC,UA,AU GC,UA,AU
431 431 16S 6 67 102   v4 C:G cWW       Strong A 11.4 50.7 25.4 11.9                         0.5 201 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
438 438 16S 6 68 101   v4 G:A cWW   3°: base pair   Weak A 78.9     6.0 0.5 1.0             11.6 0.5     1.5 199 GC,AU,GA GC,AU,UG
445 445 16S 6 69 99   v4 G:C cWW       Strong A                                 100.0 202    
452 452 16S 6 70 98   v4 U:A cWW       Strong A                                 100.0 202    
459 459 16S 6 73 97   v4 C:G cWW       Strong A                                 100.0 202    
466 466 16S 6 74 96   v4 A:U cWW       Strong A                                 100.0 202    
473 473 16S 6 75 95   v4 G:C cWW       Strong A                                 100.0 202    
480 480 16S 6 76 93   v4 G:U cWW       Strong A 4.0                               96.0 201 GC  
487 487 16S 6 77 92   v4 A:U cWW       Strong A 3.5 9.5   1.0 0.5 3.0     0.5               82.1 201 GC,CG,UG GC,CG,AU
494 494 16S 6 78 91   v4 A:U cWW       Strong A 5.0 23.8 1.0 2.5   1.5             0.5 1.0     64.9 202 GC,CG,AU GC,CG,UA,AU
501 501 16S 6 79 90   v4 G:C cWW       Strong A 3.9 15.8 11.3 1.5   5.4                     62.1 203 GC,CG,UA,UG GC,CG,UA,AU
508 508 16S 6 80 89   v4 A:U cWW       Strong A 15.3 35.2 9.7 16.3   1.5                     21.9 196 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
515 515 16S 6 81 88   v4 A:U cWW       Strong A 44.4 22.2 22.7 8.1 1.0                   0.5   1.0 198 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
522 522 16S 6 82 87   v4 G:C cWW       Strong A 11.9 45.0 26.7 10.4   4.0       2.0               202 GC,CG,UA,AU,UG,CA GC,CG,UA,AU
529 529 16S 6.1 113 314   v4 G:C cWW       Strong A   97.5                   2.5           203 CG,CU  
536 536 16S 6.1 114 313   v4 U:A cWW       Strong A     97.5                         2.5   204 UA,UU  
543 543 16S 6.1 115 312   v4 G:C cWW       Strong A 18.2 79.3               2.5               203 GC,CG,CA GC,CG
550 550 16S 7 122 239   v4 G:U cWW       Strong A       4.4       5.4 87.7       0.5 2.0       204 AU,AC,AG,GG AG,GA
557 557 16S 7 123 238   v4 U:A cWW       Strong A   99.5 0.5                             206 CG CG,UA
564 564 16S 7 124 237   v4 C:G cWW       Strong A 99.0     0.5 0.5                         206 GC GC,AU
571 571 16S 7 125 236   v4 U:A cWW       Strong A   1.4 7.8     89.9                   0.5 0.5 217 UA,UG  
578 578 16S 7 126 235   v4 G:C cWW       Strong A 5.5 5.1   5.1 83.9                       0.5 217 GC,CG,AU,GU CG,GU
585 585 16S 7 127 234   v4 G:C cWW       Strong A 96.8 3.2                               216 GC,CG GC,CG
592 592 16S 7 128 233   v4 G:C cWW       Strong A 7.0 44.1 16.4 31.5           0.5       0.5       213 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
599 599 16S 7 129 232   v4 A:G cWW   3°: base pair   Strong A   38.9 11.1     50.0                       216 CG,UA,UG  
606 606 16S 7 131 231   v4 A:U cWW       Strong A 2.8 74.1 5.1 14.8   2.8         0.5             216 GC,CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU
613 613 16S 7 132 230   v4 C:G cWW       Strong A   93.1 2.8 3.2         0.5 0.5               216 CG,UA,AU CG,UA,AU
620 620 16S 7 136 227   v4 C:G cWW       Strong A   99.5                             0.5 188 CG  
627 627 16S 7 137 226   v4 U:G cWW       Strong A   98.5       0.5       1.0               203 CG  
634 634 16S 7 138 225   v4 G:C cWW       Strong A     98.6     0.5                   0.9   211 UA  
641 641 16S 7 139 224   v4 A:U cWW       Strong A 9.4 35.8 25.5 27.8   0.5 0.5   0.5                 212 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
648 648 16S 7 140 223   v4 U:A cWW       Strong A 46.3 8.4 12.1 25.7 0.5 2.8   0.5             0.9 0.5 2.3 214 GC,CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU
655 655 16S 7 141 222   v4 G:C cWW       Strong A 87.2     10.0                         2.9 211 GC,AU GC,AU
662 662 16S 7 142 221   v4 G:C cWW       Strong A 95.8 2.3   0.5                   0.9     0.5 216 GC,CG GC,CG,AU
669 669 16S 8 144 178   v4 G:C cWW       Strong A 39.7 46.3 6.5 5.1 0.5 0.9                     1.0 214 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
676 676 16S 8 145 177   v4 G:G cWW   3°: base pair   Strong A 55.1 29.0 2.8 6.5   5.6       0.9               214 GC,CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU
683 683 16S 8 146 176   v4 G:C cWW       Strong A 71.6 4.2 2.8 15.3 4.2 1.9                       215 GC,CG,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU
690 690 16S 8 147 175   v4 G:C cWW       Strong A 81.9 10.2 0.9 4.6 0.9 0.5   0.5   0.5               216 GC,CG,AU GC,CG,UA,AU
697 697 16S 8 152 169   v4 A:C tHW   3°: base pair   Strong A       0.5     47.9 35.8 0.9   11.2 2.3       1.4   215 AA,AC,CC,CU AA,CC,UU
704 704 16S 8 153 168   v4 C:G cWW       Strong A   84.2   1.4   6.7       5.7     0.5   1.4     209 CG,UG,CA CG,AU,GA,UC
711 711 16S 8 154 167   v4 U:A cWW       Strong A   89.8 5.6 2.3                       1.9 0.5 216 CG,UA,AU CG,UA,AU
718 718 16S 8 155 166   v4 A:U cWW       Strong A   61.6 36.1     0.9       0.5   0.9           216 CG,UA CG,UA
725 725 16S 8 156 165   v4 C:G cWW       Strong A   92.1       7.9                       216 CG,UG  
732 732 16S 8 157 164   v4 U:G cWW       Strong A         99.5                       0.5 216 GU  
739 739 16S 8 158 163   v4 G:C cWW       Strong A 99.5 0.5                               216 GC GC,CG
746 746 16S 9 184 193   v4 G:C cWW       Strong A 3.7 1.4 4.2 6.5 29.4 4.7   0.5 3.3   5.6 0.5     14.0 25.7 0.5 214 GC,UA,AU,GU,UG,AG,CC,UC,UU GU,AG,UC
753 753 16S 9 185 192   v4 U:A cWW       Strong A 25.5 42.6 12.5 14.4   0.9 1.9     0.9     1.4         216 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
760 760 16S 9 186 191   v4 C:G cWW       Strong A   94.4 3.7     0.5       0.5   0.9           215 CG,UA CG,UA
767 767 16S 10 198 219   v4 G:U cWW       Strong A 82.2   0.9 7.3 7.3       0.5         1.4     0.5 219 GC,AU,GU GC,UA,AU
774 774 16S 10 199 218   v4 A:U cWW       Strong A 30.9 38.7 2.8 10.1 1.8 10.6         0.5 0.5 0.9       3.3 217 GC,CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU
781 781 16S 10 200 217   v4 G:C cWW       Strong A 6.8 19.6 5.5 9.1 3.2 0.5   2.3 0.5         0.5     52.1 219 GC,CG,UA,AU,GU,AC GC,CG,UA,AU
788 788 16S 10 201 216   v4 G:U cWW       Strong A 3.2 16.4 7.3 0.5 0.5 3.2       0.9   0.5   1.8     66.0 220 GC,CG,UA,UG GC,CG,UA,AU
795 795 16S 10 202 215   v4 G:C cWW       Strong A 2.3 13.6 1.4 8.6           0.9             73.3 221 GC,CG,AU GC,CG,UA,AU
802 802 16S 10 203 214   v4 G:C cWW       Strong A 6.8 2.7 9.5 0.5 0.9 3.2   0.5                 76.1 221 GC,CG,UA,UG GC,CG,UA,AU
809 809 16S 10 206 213   v4 C:G cWW       Strong A 10.0 10.0 0.5 4.1   0.5 0.5     0.5             74.2 221 GC,CG,AU GC,CG,UA,AU
816 816 16S 10 207 212   v4 C:G cWW       Strong A 13.6 1.8   0.5 8.6 0.5               0.5     74.7 221 GC,GU GC,CG,AU
823 823 16S 11 240 286   v4 G:C cWW       Strong A 0.5 86.9 6.3     6.3                       221 CG,UA,UG GC,CG,UA
830 830 16S 11 241 285   v4 G:C cWW       Strong A 5.4 91.0 0.5 2.3   0.5                     0.5 221 GC,CG,AU GC,CG,UA,AU
837 837 16S 11 242 284   v4 G:C cWW       Strong A 54.5 21.4 4.5     19.1         0.5             220 GC,CG,UA,UG GC,CG,UA
844 844 16S 11 245 283   v4 U:U cWW   3°: base pair   Strong A                     44.3       0.5 55.2   221 CC,UU CC,UU
851 851 16S 11 247 277   v4 G:C cWW       Strong A 100.0                                 221 GC  
858 858 16S 11 248 276   v4 C:G cWW       Strong A 95.5 2.7 1.8                             223 GC,CG GC,CG,UA
865 865 16S 11 249 275   v4 U:G cWW       Strong A     0.4     91.5       8.1               223 UG,CA UG,CA

Next page

Advanced export

JSON shape: default, array, newline-delimited

CSV options: 

CREATE TABLE "basepair_frequency" (
   "molecule" TEXT,
   "helix_number" TEXT,
   "position_1" INTEGER,
   "position_2" INTEGER,
   "pair_note" TEXT,
   "header_format" TEXT,
   "reference_base_pair" TEXT,
   "conformation" TEXT,
   "ai_code" TEXT,
   "tertiary_type" TEXT,
   "header_extra" TEXT,
   "strength" TEXT,
   "group_code" TEXT,
   "GC" REAL,
   "CG" REAL,
   "UA" REAL,
   "AU" REAL,
   "GU" REAL,
   "UG" REAL,
   "AA" REAL,
   "AC" REAL,
   "AG" REAL,
   "CA" REAL,
   "CC" REAL,
   "CU" REAL,
   "GA" REAL,
   "GG" REAL,
   "UC" REAL,
   "UU" REAL,
   "gap" REAL,
   "Seq" INTEGER,
   "predominant_types" TEXT,
   "covarying_types" TEXT
);
CREATE INDEX "idx_basepair_frequency_molecule_position_1_position_2"
    ON "basepair_frequency" ("molecule", "position_1", "position_2");