Base-pair frequencies

predominant_types
Base-pair types shown in bold in the published table (most frequent).
covarying_types
Base-pair types marked * in the published table (involved in a covariation).
header_format
legacy = entry not yet revised to the v4 layout (no type / conformation).

478 rows where group_code = 3 and molecule = "16S" sorted by position_1

✎ View and edit SQL

This data as json, CSV (advanced)

Suggested facets: reference_base_pair, AA, AC, CC, CU, UC

conformation 8

strength 4

tertiary_type 2

molecule 1

  • 16S · 478 ✖

header_format 1

group_code 1

Link rowid molecule helix_number position_1 ▼ position_2 pair_note header_format reference_base_pair conformation ai_code tertiary_type header_extra strength group_code GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq predominant_types covarying_types
170 170 16S 1 9 25   v4 G:C cWW       Strong 3 65.7 31.5     0.8 0.1   0.8           0.1 0.2   0.6 2878 GC,CG GC,CG
177 177 16S 1 10 24   v4 A:U cWW       Strong 3   3.9 26.1 66.9 1.9       0.1 0.1   0.5       0.1 0.3 2956 CG,UA,AU CG,UA,AU
184 184 16S 1 11 23   v4 G:C cWW       Strong 3 99.1     0.1       0.3             0.1   0.3 3010 GC GC,AU
191 191 16S 1 12 22   v4 U:G cWW       Strong 3 29.1 0.3 0.1 0.2   68.3   1.3 0.1   0.1     0.2 0.1 0.1 0.3 3095 GC,UG GC,AU,UG
198 198 16S 1 13 21   v4 U:G No BP       Weak 3   0.1 0.2     99.0     0.1         0.1   0.1 0.4 3097 UG  
205 205 16S 2 17 918   v4 U:A cWW   3°: pseudoknot   Strong 3     98.5     0.5       0.1     0.1   0.2 0.2 0.3 3123 UA  
212 212 16S 2 18 917   v4 C:G cWW   3°: pseudoknot   Strong 3   92.8 3.9     0.7     0.2 2.1   0.1         0.2 3137 CG,UA,CA CG,UA
219 219 16S 2 19 916   v4 A:U cWW   3°: pseudoknot   Strong 3   85.3 0.9 9.6   0.3     1.2 0.3 0.1 2.2   0.1     0.2 3166 CG,AU,CU CG,UA,AU
226 226 16S 3 27 556   v4 G:C cWW       Strong 3 78.8 2.4 0.1 17.2 0.1   0.1 0.3     0.1       0.1 0.4 0.2 3638 GC,CG,AU GC,CG,UA,AU
233 233 16S 3 28 555   v4 A:U cWW       Strong 3 45.4 1.4   35.5 16.8     0.1     0.1 0.2       0.1 0.2 4137 GC,AU,GU GC,CG,AU
240 240 16S 3 29 554   v4 U:A cWW       Strong 3 7.7 2.4 36.3 51.0 0.2 0.5   0.1       0.1   0.1   0.3 1.2 4239 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
247 247 16S 3 30 553   v4 U:A cWW       Strong 3 1.4 40.1 35.8 20.0 0.3 1.4 0.2     0.2   0.1 0.1       0.1 4314 CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
254 254 16S 3 32 552   v4 A:U cWW       Strong 3 0.6   19.1 78.7 0.3   0.1         0.1   0.5   0.2 0.3 4408 UA,AU GC,UA,AU
261 261 16S 3 33 551   v4 A:U cWW       Strong 3   3.0 1.1 95.2 0.2                       0.2 4439 CG,AU CG,UA,AU
268 268 16S 3 34 550   v4 C:G cWW       Strong 3   78.2 0.6     20.0     0.2   0.1 0.1   0.4     0.3 4520 CG,UG CG,UA
275 275 16S 3 35 549   v4 G:C cWW       Weak 3 93.4 0.1     5.3     0.2     0.3   0.1   0.2   0.4 4555 GC,GU GC,CG
282 282 16S 3 36 548   v4 C:G cWW       Strong 3   96.8 1.8     0.2     0.1 0.2 0.2 0.1   0.2     0.4 4632 CG CG,UA
289 289 16S 3 37 547   v4 U:A tWS       Weak 3     98.6     0.7 0.1     0.2     0.1     0.1 0.2 4665 UA  
296 296 16S 4 39 403   v4 G:C cWW       Weak 3 75.2   5.4 0.4 1.1   0.1 0.2     0.2   16.7 0.1 0.3   0.3 4942 GC,UA,GA GC,UA,AU
303 303 16S 4 40 402   v4 C:G cWW       Strong 3 0.4 79.3 18.9 0.2   0.3     0.1 0.1 0.1   0.1 0.1 0.1   0.2 5027 CG,UA GC,CG,UA,AU
310 310 16S 4 41 401   v4 G:C cWW       Strong 3 77.2 7.6 1.9 2.0 0.3 0.6   0.1   4.1 0.1 5.5     0.1   0.2 5009 GC,CG,AU,CA,CU GC,CG,UA,AU
317 317 16S 4 42 400   v4 G:C cWW       Strong 3 79.1 0.4 17.5 1.9 0.3 0.1   0.1   0.1 0.2       0.1   0.4 5078 GC,UA GC,CG,UA,AU
324 324 16S 4 43 399   v4 C:G cWW       Strong 3 3.3 72.2 7.3 1.8   1.1 0.6   0.1 12.4 0.5 0.1   0.2   0.1 0.3 5063 GC,CG,UA,CA GC,CG,UA,AU
331 331 16S 4 44 398   v4 A:U cWW       Strong 3 44.3 0.2 0.2 35.3 0.3 0.1 1.3 16.7     0.2   0.1   0.3 0.8 0.4 5134 GC,AU,AC GC,CG,UA,AU
338 338 16S 4 45 396   v4 G:C cWW       Strong 3 21.5 5.4 29.8 1.7 0.7 20.2 0.1   16.9 0.1     0.2 0.4 2.8   0.2 5092 GC,CG,UA,UG,AG,UC GC,UA,AG
345 345 16S 4 46 395   v4 G:C cWW       Strong 3 78.5 2.5 0.1 14.7 3.6     0.1     0.1     0.1 0.1   0.2 5159 GC,CG,AU,GU GC,CG,UA,AU
352 352 16S 5 47 361   v4 C:G cWW   3°: base pair   Strong 3 21.2 72.3 3.5     0.4         0.1   1.2 0.6     0.4 5173 GC,CG,UA GC,CG,UA
359 359 16S 5 52 359   v4 C:G cWW       Strong 3 22.4 57.7 15.0 2.8 0.8 0.2   0.1 0.2 0.1 0.2 0.1   0.1     0.1 5252 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
366 366 16S 5 53 358   v4 A:U cWW       Strong 3 3.0 21.7   73.5 1.3     0.1     0.1 0.1       0.1 0.1 5240 GC,CG,AU GC,CG,AU
373 373 16S 5 54 357   v4 C:G cWW       Weak 3   99.3 0.3     0.1     0.1 0.1               5285 CG CG,UA
380 380 16S 5 56 356   v4 U:A cWW       Weak 3     99.6                   0.1     0.1 0.1 5283 UA  
387 387 16S 5 57 355   v4 G:C cWW       Strong 3 98.8       0.1     0.2     0.3   0.1 0.1 0.2   0.2 5351 GC  
394 394 16S 5 58 354   v4 C:G cWW       Weak 3 0.7 98.5       0.1     0.1 0.1 0.2     0.1     0.2 5381 CG GC,CG
401 401 16S 6 61 106   v4 G:C cWW       Strong 3 98.1     0.3 0.6     0.1     0.2   0.1 0.3 0.1   0.2 5558 GC GC,AU
408 408 16S 6 62 105   v4 U:G cWW       Weak 3   1.0 0.7     97.6               0.1 0.3 0.1 0.1 5571 UG  
415 415 16S 6 63 104   v4 C:G cWW       Strong 3 0.1 80.3 1.0 0.2   0.3       0.1 0.1     0.1     17.7 5580 CG GC,CG,UA,AU
422 422 16S 6 66 103   v4 A:U cWW       Strong 3 35.7 0.1 0.8 58.9 0.9 0.3 0.1 2.4 0.1   0.1 0.1 0.1 0.2 0.1 0.1 0.2 5579 GC,AU,AC GC,CG,UA,AU
429 429 16S 6 67 102   v4 C:G cWW       Strong 3 19.5 76.6 1.4 0.7 0.2   0.1 0.1 0.1 0.4 0.1 0.1   0.3 0.1   0.3 5613 GC,CG GC,CG,UA,AU
436 436 16S 6 68 101   v4 G:A cWW   3°: base pair   Weak 3 3.4 0.3 16.3 0.7 0.2 0.3 0.2   0.1 0.3     77.1 0.4   0.2 0.6 5599 GC,UA,GA CG,AU,GA
443 443 16S 6 69 99   v4 G:C cWW       Strong 3 34.0 7.2 0.4 14.8 10.6 0.2 0.3 0.2 1.2 0.1 0.1 0.5 0.4 0.7     29.4 5600 GC,CG,AU,GU GC,CG,UA,AU
450 450 16S 6 70 98   v4 U:A cWW       Strong 3 6.4 12.5 17.9 24.0 5.4 1.0 0.2 0.2 0.2 0.1 0.2   0.6 0.2   0.3 30.7 5626 GC,CG,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU
457 457 16S 6 73 97   v4 C:G cWW       Strong 3 9.2 22.7 1.0 0.8 0.3 0.8 0.1 0.1 0.3     0.1 0.1 0.1   0.1 64.3 5657 GC,CG GC,CG,UA,AU
464 464 16S 6 74 96   v4 A:U cWW       Strong 3 6.0 1.6 2.3 12.8 0.5 0.3             0.4 0.1   0.1 75.7 5649 GC,UA,AU GC,CG,UA,AU
471 471 16S 6 75 95   v4 G:C cWW       Strong 3 9.7 5.9 3.6 1.1 5.7 0.4 0.1   1.6   0.1 0.3 0.4 0.1   0.1 70.9 5650 GC,CG,UA,GU GC,CG,UA,AU
478 478 16S 6 76 93   v4 G:U cWW       Strong 3 2.9 3.5 3.9 6.0 4.7 0.8 0.4 0.2 3.9       0.7 0.6 0.1 0.5 71.9 5677 GC,CG,UA,AU,GU,AG GC,CG,UA,AU
485 485 16S 6 77 92   v4 A:U cWW       Strong 3 5.3 3.9 5.8 9.3 5.3 2.6 0.2 0.1 2.8 0.1   0.1 0.7 0.1 0.5 0.5 62.7 5641 GC,CG,UA,AU,GU,UG,AG GC,CG,UA,AU
492 492 16S 6 78 91   v4 A:U cWW       Strong 3 8.6 7.4 7.5 12.5 3.9 2.4 0.1 0.2 1.9   0.1 0.1 1.3 0.2 0.1 0.2 53.6 5652 GC,CG,UA,AU,GU,UG GC,CG,UA,AU
499 499 16S 6 79 90   v4 G:C cWW       Strong 3 16.5 13.8 7.4 9.7 8.2 2.4 0.6 0.2 0.9 0.1 0.1 0.1 0.2 0.1   0.3 39.5 5662 GC,CG,UA,AU,GU,UG GC,CG,UA,AU
506 506 16S 6 80 89   v4 A:U cWW       Strong 3 26.0 16.0 14.5 10.0 4.1 1.0 0.1 0.2 1.0 0.1   0.1   0.2   0.2 26.5 5625 GC,CG,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU
513 513 16S 6 81 88   v4 A:U cWW       Strong 3 8.1 20.9 19.2 27.7 2.5 0.9   0.1 0.1 0.1 0.1   0.1 0.1   0.1 19.9 5658 GC,CG,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU
520 520 16S 6 82 87   v4 G:C cWW       Strong 3 33.6 30.5 2.4 10.0 0.2 3.4 0.1   0.1 0.1 0.1   0.2     0.1 19.1 5690 GC,CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU
527 527 16S 6.1 113 314   v4 G:C cWW       Strong 3 78.8 20.9                   0.1   0.1     0.1 5931 GC,CG GC,CG
534 534 16S 6.1 114 313   v4 U:A cWW       Strong 3 0.5 0.1 98.6 0.3   0.1       0.1           0.1 0.1 5921 UA GC,CG,UA,AU
541 541 16S 6.1 115 312   v4 G:C cWW       Strong 3 78.5 20.1 0.8   0.1 0.1   0.1   0.1             0.1 5871 GC,CG GC,CG,UA
548 548 16S 7 122 239   v4 G:U cWW       Strong 3 0.3   0.3 9.3 39.0   5.4 5.2 30.1 0.1 0.5 0.2 0.2 0.2 8.9   0.2 5935 AU,GU,AA,AC,AG,UC GU,AG,CA,UC
555 555 16S 7 123 238   v4 U:A cWW       Strong 3 0.1 93.0 5.7 0.1 0.2 0.2 0.1       0.1 0.1   0.3     0.2 5989 CG,UA CG,UA,GU
562 562 16S 7 124 237   v4 C:G cWW       Strong 3 63.8 5.8 3.4 26.2 0.2 0.1   0.1       0.1 0.1     0.1 0.2 5987 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
569 569 16S 7 125 236   v4 U:A cWW       Strong 3 16.4 0.5 20.5 0.3   61.6       0.1         0.1 0.1 0.3 5909 GC,UA,UG GC,AU,UG,CA
576 576 16S 7 126 235   v4 G:C cWW       Strong 3 48.8 5.9 0.2 22.8 5.6 0.1 0.3         3.5 0.1 0.1 0.1 12.1 0.4 5980 GC,CG,AU,GU,CU,UU GC,CG,UA,AU
583 583 16S 7 127 234   v4 G:C cWW       Strong 3 64.4 1.7 4.3 12.1 2.0 3.2   0.1   0.3   0.1   0.2 0.1 11.0 0.3 6006 GC,UA,AU,GU,UG,UU GC,CG,UA,AU
590 590 16S 7 128 233   v4 G:C cWW       Strong 3 68.3 4.7 1.6 22.2 0.6 0.5 0.1 0.2   0.1 0.3   0.1 0.4   0.4 0.4 5997 GC,CG,AU GC,CG,UA,AU
597 597 16S 7 129 232   v4 A:G cWW   3°: base pair   Strong 3 1.2 15.7 21.8 0.8 0.3 26.1 0.1 0.1 30.3 0.2 0.1   1.9 0.2 0.1   1.0 5974 CG,UA,UG,AG GC,UA,AG
604 604 16S 7 131 231   v4 A:U cWW       Strong 3 0.2 43.0 48.4 3.4 0.1 4.0       0.1 0.1 0.1       0.2 0.3 6012 CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU
611 611 16S 7 132 230   v4 C:G cWW       Strong 3 11.4 65.3 17.9 3.6 0.1 0.8     0.1 0.1   0.1   0.1     0.4 5986 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
618 618 16S 7 136 227   v4 C:G cWW       Strong 3 0.1 82.0 1.9 0.2   0.2       0.2   0.1   0.1 0.1 14.7 0.6 5943 CG,UU GC,CG,UU
625 625 16S 7 137 226   v4 U:G cWW       Strong 3 2.1 49.9 40.1 2.5 1.1 2.7 0.1   0.1 0.4   0.1       0.4 0.6 5944 GC,CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU
632 632 16S 7 138 225   v4 G:C cWW       Strong 3 23.9 13.8 33.0 14.3 0.4 8.8 0.1   0.2 0.2 0.2 0.3 0.1 0.1 0.2 4.2 0.3 5949 GC,CG,UA,AU,UG,UU GC,CG,UA,AU
639 639 16S 7 139 224   v4 A:U cWW       Strong 3 11.4 7.1 25.7 30.9 13.9 5.3 1.3 0.2 0.3 0.3 0.1 0.3 0.2 0.2 0.1 2.7 0.2 5995 GC,CG,UA,AU,GU,UG,UU GC,CG,UA,AU
646 646 16S 7 140 223   v4 U:A cWW       Strong 3 9.0 15.7 37.8 19.7 5.8 4.7 0.5 0.1 0.1 0.4 0.1 0.2 0.3 0.3 0.5 4.4 0.4 5987 GC,CG,UA,AU,GU,UG,UU GC,CG,UA,AU
653 653 16S 7 141 222   v4 G:C cWW       Strong 3 25.2 4.8 3.9 52.4 1.9 2.4 0.9 1.1 2.3 0.5 1.6 0.5 0.7 0.8 0.1 0.8 0.3 6012 GC,CG,UA,AU,UG,AG GC,CG,UA,AU
660 660 16S 7 142 221   v4 G:C cWW       Strong 3 54.3 25.7 0.7 2.5 0.7 1.5 1.2 0.4 1.0 0.1 0.1 0.1 0.7 10.1 0.1 0.1 0.6 6043 GC,CG,AU,GG GC,CG,UA,AU
667 667 16S 8 144 178   v4 G:C cWW       Strong 3 33.5 34.9 7.4 8.9 0.2 12.4 0.1 0.1 0.4 0.2 0.1 0.1 0.1 0.3 0.1 0.1 1.5 5980 GC,CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU
674 674 16S 8 145 177   v4 G:G cWW   3°: base pair   Strong 3 7.4 20.3 2.1 6.6 0.3 17.5 0.3 0.3 0.3 0.1   0.4 0.1 32.5   11.0 0.9 6040 GC,CG,UA,AU,UG,GG,UU AA,GG,UU
681 681 16S 8 146 176   v4 G:C cWW       Strong 3 75.7 5.0 11.4 3.3 3.1 0.4     0.1       0.1 0.1   0.1 0.4 6065 GC,CG,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU
688 688 16S 8 147 175   v4 G:C cWW       Strong 3 97.6 0.6 0.1 0.7 0.3       0.1               0.3 6079 GC GC,CG,UA,AU
695 695 16S 8 152 169   v4 A:C tHW   3°: base pair   Strong 3 0.2     0.4 8.4 0.3 2.8 78.7 0.4 0.2 2.5 0.5 0.8 4.3 0.3 0.1 0.3 6105 GU,AA,AC,CC,GG GU,UG,AC,CA
702 702 16S 8 153 168   v4 C:G cWW       Strong 3   75.3 1.2   10.5 0.5 0.1     11.2 0.2 0.3   0.1   0.1 0.3 6079 CG,GU,CA CG,UA,GU
709 709 16S 8 154 167   v4 U:A cWW       Strong 3 6.2 36.0 23.5 14.7 3.0 3.8 0.1 0.1   10.4   0.1 0.1 0.1   1.5 0.1 6038 GC,CG,UA,AU,GU,UG,CA GC,CG,UA,AU
716 716 16S 8 155 166   v4 A:U cWW       Strong 3 10.5 34.6 15.6 16.0 2.0 5.2 0.1 0.1 0.1 0.5 0.1 0.1   14.5   0.3 0.1 6041 GC,CG,UA,AU,GU,UG,GG GC,CG,UA,AU
723 723 16S 8 156 165   v4 C:G cWW       Strong 3 7.3 29.9 30.8 12.8 2.3 15.3 0.1   0.1 0.2   0.1   0.1 0.1 0.1 0.7 6040 GC,CG,UA,AU,GU,UG GC,CG,UA,AU
730 730 16S 8 157 164   v4 U:G cWW       Strong 3 11.0 8.2 8.9 10.1 37.8 23.2   0.1   0.1       0.2   0.1 0.3 6087 GC,CG,UA,AU,GU,UG GU,UG,AC,CA
737 737 16S 8 158 163   v4 G:C cWW       Strong 3 74.3 14.8 0.6 8.4 0.2 0.9         0.2 0.1       0.1 0.3 6087 GC,CG,AU GC,CG,UA,AU
744 744 16S 9 184 193   v4 G:C cWW       Strong 3 11.8 23.1 10.7 22.6 5.8 2.3 0.1 0.3 1.6 0.2 0.3 0.3 0.1 0.2 0.5 1.6 18.4 6041 GC,CG,UA,AU,GU,UG GC,CG,UA,AU
751 751 16S 9 185 192   v4 U:A cWW       Strong 3 4.3 35.5 23.1 9.6 1.3 5.6 0.1   0.1 0.5 0.1 0.1 0.1 0.2   1.3 17.8 6072 GC,CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU
758 758 16S 9 186 191   v4 C:G cWW       Strong 3 8.7 62.1 1.8 1.7 0.3 5.9     0.1   0.1 0.1   0.2   0.4 18.2 6048 GC,CG,UG GC,CG,UA,AU
765 765 16S 10 198 219   v4 G:U cWW       Strong 3 67.7 0.5 0.5 3.7 9.7 0.1   0.1     0.1   0.1 0.3 0.1   17.1 6144 GC,AU,GU GC,CG,UA,AU
772 772 16S 10 199 218   v4 A:U cWW       Strong 3 12.0 20.8 4.8 29.5 6.2 1.4   0.1     0.1 0.2 1.0 0.1   0.1 23.6 6124 GC,CG,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU
779 779 16S 10 200 217   v4 G:C cWW       Strong 3 12.5 5.9 6.8 12.9 1.0 1.5   0.1 0.1 0.1   0.1 0.5 0.2   0.2 58.0 6101 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
786 786 16S 10 201 216   v4 G:U cWW       Strong 3 4.5 3.3 2.0 0.7 24.4 0.5   0.1   0.1   0.1 0.1 0.2   0.3 63.5 6151 GC,CG,UA,GU CG,UA,GU,AC
793 793 16S 10 202 215   v4 G:C cWW       Strong 3 26.5 6.5 0.3 0.8 0.3 0.1               0.1     65.4 6159 GC,CG GC,CG,UA,AU
800 800 16S 10 203 214   v4 G:C cWW       Strong 3 17.6 6.6 1.2 0.8 0.1 2.8         0.2     0.1     70.3 6175 GC,CG,UG GC,CG,UA,AU
807 807 16S 10 206 213   v4 C:G cWW       Strong 3 0.6 11.8 8.0 0.5 0.1 0.3       0.1 0.1 0.1         78.5 6184 CG,UA GC,CG,UA,AU
814 814 16S 10 207 212   v4 C:G cWW       Strong 3 1.4 16.5 1.2 1.0 0.6 0.9                     78.4 6186 CG GC,CG,UA,AU
821 821 16S 11 240 286   v4 G:C cWW       Strong 3 8.1 74.9 11.9 4.0   0.6 0.1     0.1       0.1     0.1 6203 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
828 828 16S 11 241 285   v4 G:C cWW       Strong 3 26.5 47.0 11.8 9.5 2.2 2.4         0.1     0.2       6240 GC,CG,UA,AU,GU,UG GC,CG,UA,AU
835 835 16S 11 242 284   v4 G:C cWW       Strong 3 40.6 17.8 5.7 0.1   35.2     0.1   0.2       0.1     6225 GC,CG,UA,UG GC,AU,UG
842 842 16S 11 245 283   v4 U:U cWW   3°: base pair   Strong 3                     38.0 0.1     0.1 61.5   6230 CC,UU CC,UU
849 849 16S 11 247 277   v4 G:C cWW       Strong 3 87.3 0.1 0.1 11.9 0.3           0.1             6257 GC,AU GC,CG,UA,AU
856 856 16S 11 248 276   v4 C:G cWW       Strong 3 11.3 81.5 4.2 1.2   0.8       0.1 0.4     0.1       6253 GC,CG,UA GC,CG,UA,AU
863 863 16S 11 249 275   v4 U:G cWW       Strong 3   0.4 0.1     97.9       1.2           0.1   6263 UG UG,CA

Next page

Advanced export

JSON shape: default, array, newline-delimited

CSV options: 

CREATE TABLE "basepair_frequency" (
   "molecule" TEXT,
   "helix_number" TEXT,
   "position_1" INTEGER,
   "position_2" INTEGER,
   "pair_note" TEXT,
   "header_format" TEXT,
   "reference_base_pair" TEXT,
   "conformation" TEXT,
   "ai_code" TEXT,
   "tertiary_type" TEXT,
   "header_extra" TEXT,
   "strength" TEXT,
   "group_code" TEXT,
   "GC" REAL,
   "CG" REAL,
   "UA" REAL,
   "AU" REAL,
   "GU" REAL,
   "UG" REAL,
   "AA" REAL,
   "AC" REAL,
   "AG" REAL,
   "CA" REAL,
   "CC" REAL,
   "CU" REAL,
   "GA" REAL,
   "GG" REAL,
   "UC" REAL,
   "UU" REAL,
   "gap" REAL,
   "Seq" INTEGER,
   "predominant_types" TEXT,
   "covarying_types" TEXT
);
CREATE INDEX "idx_basepair_frequency_molecule_position_1_position_2"
    ON "basepair_frequency" ("molecule", "position_1", "position_2");