Base-pair frequencies

predominant_types
Base-pair types shown in bold in the published table (most frequent).
covarying_types
Base-pair types marked * in the published table (involved in a covariation).
header_format
legacy = entry not yet revised to the v4 layout (no type / conformation).

1,386 rows where group_code = 3 and header_format = "v4" sorted by position_1

✎ View and edit SQL

This data as json, CSV (advanced)

Suggested facets: reference_base_pair

conformation 12

strength 5

molecule 3

header_format 1

  • v4 · 1,386 ✖

group_code 1

  • 3 · 1,386 ✖
Link rowid molecule helix_number position_1 ▼ position_2 pair_note header_format reference_base_pair conformation ai_code tertiary_type header_extra strength group_code GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq predominant_types covarying_types
1 1 5S 1 1 119   v4 U:A cWW       Strong 3 5.2 0.7 8.7 2.6 0.5 1.3 0.3 0.5 0.3 0.2 0.2 0.2 0.2   0.3 2.3 76.6 611 GC,UA,AU,UU GC,CG,UA,AU
3516 3516 23S 1 1 2902   v4 G:C cWW       Strong 3 50.8 1.2 2.4 7.7 3.7   1.6     0.8   0.8       0.4 30.4 246 GC,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU
5 5 5S 1 2 118   v4 G:C cWW       Strong 3 20.0 1.8 3.8 3.8 0.5 1.3 0.5 1.8 0.2   0.2 0.2 0.3   0.7 0.7 64.4 610 GC,UA,AU GC,CG,UA,AU
3523 3523 23S 1 2 2901   v4 G:C cWW       Strong 3 45.9 3.3 3.7 16.3 2.0   0.8 0.4   0.4   0.8     0.8 0.4 25.1 246 GC,CG,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU
9 9 5S 1 3 117   v4 C:G cWW       Strong 3 27.2 23.4 9.0 23.3 0.7 9.6 0.3 0.7 0.2   0.2 0.2 0.2 0.2 0.7 0.7 3.7 602 GC,CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU
3530 3530 23S 1 3 2900   v4 U:A cWW       Strong 3 5.3 7.3 49.0 2.8 0.8 1.2       1.2   3.6     0.4 3.6 24.6 247 GC,CG,UA,AU,CU,UU GC,CG,UA,AU
13 13 5S 1 4 116   v4 C:G cWW       Strong 3 9.1 46.2 13.0 2.5 5.6 13.4   0.2 0.2 0.2 0.3 0.2 0.3 0.3 0.2 6.9 1.5 606 GC,CG,UA,AU,GU,UG,UU GC,CG,UA,AU
3537 3537 23S 1 4 2899   v4 U:A cWW       Strong 3 3.2 30.8 36.4 4.5   0.8 1.2   0.4 0.4         0.4   21.8 247 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
17 17 5S 1 5 115   v4 U:A cWW       Strong 3 8.6 31.1 41.8 11.0 0.3 3.8 0.2   1.2 0.7           0.2 1.3 608 GC,CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU
3544 3544 23S 1 5 2898   v4 A:U cWW       Strong 3 6.9 2.0 0.8 70.2 0.4   0.4         0.4         18.9 248 GC,CG,AU GC,CG,UA,AU
21 21 5S 1 6 114   v4 G:C cWW       Strong 3 47.8 7.1 33.2 9.4 1.0 0.7 0.2 0.3       0.2         0.3 609 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
3551 3551 23S 1 6 2897   v4 A:U cWW       Strong 3 8.9 0.4 1.2 69.8 0.4   0.4             0.8     18.1 248 GC,AU GC,CG,UA,AU
25 25 5S 1 7 113   v4 G:C cWW       Strong 3 59.0 1.3 4.4 33.9 0.8 0.2   0.2         0.2         610 GC,UA,AU GC,CG,UA,AU
3558 3558 23S 1 7 2896   v4 G:C cWW       Strong 3 72.5 4.8 0.8 2.8 0.8   0.4     0.4 0.4           17.2 251 GC,CG,AU GC,CG,UA,AU
29 29 5S 1 8 112   v4 C:G cWW       Strong 3 2.5 70.0 0.5 0.7 0.3 25.9         0.2             611 GC,CG,UG GC,CG,UA,AU
3565 3565 23S 1 8 2895   v4 C:G cWW       Weak 3 5.6 27.1 27.5 1.2   19.9         0.4     0.4     18.0 251 GC,CG,UA,UG GC,CG,UA,AU
33 33 5S 1 9 111   v4 G:U cWW       Strong 3 42.5 0.7 0.3 2.5 52.5 0.2   0.2         0.5       0.8 610 GC,AU,GU CG,UA,GU,AC
170 170 16S 1 9 25   v4 G:C cWW       Strong 3 65.7 31.5     0.8 0.1   0.8           0.1 0.2   0.6 2878 GC,CG GC,CG
37 37 5S 1 10 110   v4 G:C cWW       Strong 3 51.1 2.5 5.6 32.6 5.2 0.3 0.7 1.1 0.2 0.2         0.2 0.2 0.3 611 GC,CG,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU
177 177 16S 1 10 24   v4 A:U cWW       Strong 3   3.9 26.1 66.9 1.9       0.1 0.1   0.5       0.1 0.3 2956 CG,UA,AU CG,UA,AU
184 184 16S 1 11 23   v4 G:C cWW       Strong 3 99.1     0.1       0.3             0.1   0.3 3010 GC GC,AU
191 191 16S 1 12 22   v4 U:G cWW       Strong 3 29.1 0.3 0.1 0.2   68.3   1.3 0.1   0.1     0.2 0.1 0.1 0.3 3095 GC,UG GC,AU,UG
198 198 16S 1 13 21   v4 U:G No BP       Weak 3   0.1 0.2     99.0     0.1         0.1   0.1 0.4 3097 UG  
3572 3572 23S 2 15 525   v4 G:U cWW       Strong 3 1.3 20.8 1.8 2.0 63.4 4.0   0.5 2.0 1.3   1.8 0.3   0.3 0.3 0.6 399 CG,AU,GU,UG,AG CG,UA,GU,AC
41 41 5S 2 16 68   v4 G:C cWW       Strong 3 57.5 32.5 7.9 0.7 0.7 0.7   0.2                   610 GC,CG,UA GC,CG,UA,AU
3579 3579 23S 2 16 524   v4 C:G cWW       Strong 3 32.7 13.1 24.4 17.6 8.5 2.3     0.3 0.5 0.5           0.3 398 GC,CG,UA,AU,GU,UG GC,CG,UA,AU
45 45 5S 2 17 67   v4 C:G cWW       Strong 3 9.0 69.9 7.7 5.7   3.1 0.2     3.9     0.2 0.3       611 GC,CG,UA,AU,UG,CA GC,CG,UA,AU
205 205 16S 2 17 918   v4 U:A cWW   3°: pseudoknot   Strong 3     98.5     0.5       0.1     0.1   0.2 0.2 0.3 3123 UA  
3586 3586 23S 2 17 523   v4 G:C cWW       Strong 3 60.7 19.2 15.7 0.5 2.2 0.2           1.0         0.4 402 GC,CG,UA,GU GC,CG,UA,AU
49 49 5S 2 18 65   v4 G:U cWW       Strong 3 36.0 3.9 5.4 42.7 9.7 0.2 0.5 0.8   0.2 0.2 0.2 0.3         611 GC,CG,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU
212 212 16S 2 18 917   v4 C:G cWW   3°: pseudoknot   Strong 3   92.8 3.9     0.7     0.2 2.1   0.1         0.2 3137 CG,UA,CA CG,UA
3593 3593 23S 2 18 522   v4 U:A cWW       Strong 3 2.7 60.7 30.1 0.5   3.7 0.2   0.2     0.2 0.2 0.2   0.7 0.2 402 GC,CG,UA,UG GC,CG,UA,AU
53 53 5S 2 19 64   v4 C:G cWW       Strong 3 23.0 30.2 18.9 23.0 1.3 0.8 0.2 0.5 0.3 0.7 0.5     0.3 0.2 0.2   609 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
219 219 16S 2 19 916   v4 A:U cWW   3°: pseudoknot   Strong 3   85.3 0.9 9.6   0.3     1.2 0.3 0.1 2.2   0.1     0.2 3166 CG,AU,CU CG,UA,AU
3600 3600 23S 2 19 521   v4 A:U cWW       Strong 3 9.2 15.6 23.3 28.0 19.6 0.2 1.0       0.2     0.5   2.0 0.2 403 GC,CG,UA,AU,GU,UU GC,CG,UA,AU
57 57 5S 2 20 63   v4 G:C cWW       Strong 3 36.1 23.6 14.9 18.4 3.0 0.7   0.8     0.2       0.8 1.5   609 GC,CG,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU
3607 3607 23S 2 20 520   v4 C:G cWW       Strong 3 6.9 36.2 17.4 32.8 1.5 2.5   0.2   0.7         0.2 1.0 0.4 403 GC,CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU
61 61 5S 2 21 62   v4 G:C cWW       Strong 3 37.2 17.5 19.0 16.9 2.6 3.6   1.1 0.3 0.3 0.2 0.2 0.2 0.2   0.7   610 GC,CG,UA,AU,GU,UG GC,CG,UA,AU
3614 3614 23S 2 21 519   v4 A:U cWW       Strong 3 14.6 9.9 5.7 46.4 7.9 13.4     0.5     0.5       0.7 0.2 403 GC,CG,UA,AU,GU,UG GC,AU,UG
65 65 5S 2 22 61   v4 U:G cWW       Strong 3 25.7 10.2 29.2 16.2 0.7 15.2   0.2 0.3   0.2     1.6 0.2 0.3   610 GC,CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU
3621 3621 23S 2 22 518   v4 C:G cWW       Strong 3 0.5 59.2 24.4 2.5   11.9       0.5 0.5           0.4 402 CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU
69 69 5S 2 23 60   v4 G:C cWW       Strong 3 79.5 0.8 0.2 1.1 1.6 0.5   1.6 0.2   0.3 1.0 2.1 0.5 8.9 1.5 0.2 609 GC,GA,UC GC,CG,UU
3628 3628 23S 2 23 517   v4 G:C cWW       Strong 3 80.1   0.2 15.6 2.5   0.2   1.0               0.2 403 GC,AU,GU GC,UA,AU
3635 3635 23S 2 24 516   v4 G:C cWW       Strong 3 75.1   2.0 19.2 2.2 0.2   0.2   0.7             0.2 402 GC,UA,AU,GU GC,UA,AU
226 226 16S 3 27 556   v4 G:C cWW       Strong 3 78.8 2.4 0.1 17.2 0.1   0.1 0.3     0.1       0.1 0.4 0.2 3638 GC,CG,AU GC,CG,UA,AU
73 73 5S 2 28 56   v4 C:G cWW       Strong 3 0.2 20.9   2.3 0.5 0.7   0.3   0.3 2.8 62.2   0.2 7.7 2.0   611 CG,AU,CC,CU,UC CU,GG,UC
233 233 16S 3 28 555   v4 A:U cWW       Strong 3 45.4 1.4   35.5 16.8     0.1     0.1 0.2       0.1 0.2 4137 GC,AU,GU GC,CG,AU
77 77 5S 2 29 55   v4 A:U cWW       Strong 3 10.5   5.9 83.3 0.2     0.2                   611 GC,UA,AU GC,UA,AU
240 240 16S 3 29 554   v4 U:A cWW       Strong 3 7.7 2.4 36.3 51.0 0.2 0.5   0.1       0.1   0.1   0.3 1.2 4239 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
81 81 5S 2 30 54   v4 C:G cWW       Strong 3 2.8 94.9 1.6 0.2   0.2         0.2     0.2       611 GC,CG GC,CG,UA,AU
247 247 16S 3 30 553   v4 U:A cWW       Strong 3 1.4 40.1 35.8 20.0 0.3 1.4 0.2     0.2   0.1 0.1       0.1 4314 CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
3642 3642 23S 2 30 510   v4 G:C cWW   3°: base pair   Strong 3 76.2 13.2 1.7 5.7 0.7 1.2 0.7                   0.4 403 GC,CG,AU GC,CG,UA,AU
85 85 5S 2 31 51   v4 C:G cWW       Strong 3 5.2 85.3 4.1 0.3 0.2 0.5 0.7     2.0 0.2 0.8 0.2   0.7     611 GC,CG,UA GC,CG,UA,AU
3649 3649 23S 3 31 474   v4 C:G cWW       Strong 3 9.7 62.3 16.7 8.2 0.2 0.7     0.2     0.2         1.4 401 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
89 89 5S 2 32 50   v4 U:A cWW       Strong 3 33.8 38.4 22.0 4.6   0.8     0.2 0.2 0.2             610 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
254 254 16S 3 32 552   v4 A:U cWW       Strong 3 0.6   19.1 78.7 0.3   0.1         0.1   0.5   0.2 0.3 4408 UA,AU GC,UA,AU
3656 3656 23S 3 32 473   v4 C:G cWW       Strong 3   96.0 0.2 2.5   0.2         0.2     0.2     0.4 403 CG,AU CG,UA,AU
93 93 5S 2 33 49   v4 G:C cWW       Strong 3 70.7 21.1 2.3 4.3 0.2 1.1               0.3       611 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
261 261 16S 3 33 551   v4 A:U cWW       Strong 3   3.0 1.1 95.2 0.2                       0.2 4439 CG,AU CG,UA,AU
97 97 5S 2 34 48   v4 A:U cWW       Strong 3 9.8   32.9 57.0 0.2                   0.2     611 GC,UA,AU GC,UA,AU
268 268 16S 3 34 550   v4 C:G cWW       Strong 3   78.2 0.6     20.0     0.2   0.1 0.1   0.4     0.3 4520 CG,UG CG,UA
275 275 16S 3 35 549   v4 G:C cWW       Weak 3 93.4 0.1     5.3     0.2     0.3   0.1   0.2   0.4 4555 GC,GU GC,CG
3663 3663 23S 4 35 445   v4 G:C cWW       Strong 3 99.0     0.2                         0.7 402 GC GC,AU
282 282 16S 3 36 548   v4 C:G cWW       Strong 3   96.8 1.8     0.2     0.1 0.2 0.2 0.1   0.2     0.4 4632 CG CG,UA
3670 3670 23S 4 36 444   v4 G:C cWW       Strong 3 95.8 1.0   1.7       0.7     0.2           0.5 403 GC GC,CG,AU
289 289 16S 3 37 547   v4 U:A tWS       Weak 3     98.6     0.7 0.1     0.2     0.1     0.1 0.2 4665 UA  
3677 3677 23S 4 37 442   v4 C:G cWW       Strong 3 1.7 88.8 1.7 2.5   4.7               0.2     0.2 401 CG,AU,UG GC,CG,UA,AU
3684 3684 23S 4 38 441   v4 A:U cWW       Strong 3 10.2 0.5 37.7 51.4                         0.2 401 GC,UA,AU GC,CG,UA,AU
296 296 16S 4 39 403   v4 G:C cWW       Weak 3 75.2   5.4 0.4 1.1   0.1 0.2     0.2   16.7 0.1 0.3   0.3 4942 GC,UA,GA GC,UA,AU
3691 3691 23S 4 39 440   v4 G:C cWW       Strong 3 10.5 54.9 24.2 9.7   0.2   0.2                 0.2 401 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
303 303 16S 4 40 402   v4 C:G cWW       Strong 3 0.4 79.3 18.9 0.2   0.3     0.1 0.1 0.1   0.1 0.1 0.1   0.2 5027 CG,UA GC,CG,UA,AU
3698 3698 23S 4 40 439   v4 U:A cWW       Strong 3 16.3 23.1 52.1 6.5 0.3 1.0           0.3   0.3     0.3 399 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
310 310 16S 4 41 401   v4 G:C cWW       Strong 3 77.2 7.6 1.9 2.0 0.3 0.6   0.1   4.1 0.1 5.5     0.1   0.2 5009 GC,CG,AU,CA,CU GC,CG,UA,AU
3705 3705 23S 4 41 438   v4 C:G cWW       Strong 3 27.4 33.7 9.7 28.4               0.2         0.4 401 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
317 317 16S 4 42 400   v4 G:C cWW       Strong 3 79.1 0.4 17.5 1.9 0.3 0.1   0.1   0.1 0.2       0.1   0.4 5078 GC,UA GC,CG,UA,AU
3712 3712 23S 4 42 437   v4 A:U cWW       Strong 3 47.1 0.2 4.5 47.1 0.5     0.2                 0.2 401 GC,UA,AU GC,CG,UA,AU
324 324 16S 4 43 399   v4 C:G cWW       Strong 3 3.3 72.2 7.3 1.8   1.1 0.6   0.1 12.4 0.5 0.1   0.2   0.1 0.3 5063 GC,CG,UA,CA GC,CG,UA,AU
3719 3719 23S 4 43 436   v4 G:C cWW       Strong 3 38.1 36.6 4.5 5.5 1.0   4.0   1.0   0.2       0.2 0.7 8.1 402 GC,CG,UA,AU,AA GC,CG,UA,AU
331 331 16S 4 44 398   v4 A:U cWW       Strong 3 44.3 0.2 0.2 35.3 0.3 0.1 1.3 16.7     0.2   0.1   0.3 0.8 0.4 5134 GC,AU,AC GC,CG,UA,AU
3726 3726 23S 4 44 434   v4 A:U cWW       Strong 3 3.5 6.5 3.0 73.5 1.8 0.5 2.2 1.8 3.5 0.8 0.2   1.5 0.5   0.5 0.2 400 GC,CG,UA,AU,AA,AG GC,CG,UA,AU
338 338 16S 4 45 396   v4 G:C cWW       Strong 3 21.5 5.4 29.8 1.7 0.7 20.2 0.1   16.9 0.1     0.2 0.4 2.8   0.2 5092 GC,CG,UA,UG,AG,UC GC,UA,AG
3733 3733 23S 4 45 433   v4 G:C cWW       Strong 3 68.1 0.5 1.0 5.7 2.2 2.0 0.2 2.7     0.2       5.5 8.7 2.8 401 GC,AU,GU,UG,AC,UC,UU GC,CG,AA,UU
345 345 16S 4 46 395   v4 G:C cWW       Strong 3 78.5 2.5 0.1 14.7 3.6     0.1     0.1     0.1 0.1   0.2 5159 GC,CG,AU,GU GC,CG,UA,AU
3740 3740 23S 4.1 46 179   v4 G:C cWW       Strong 3 40.0 28.6 4.2                     0.5     26.5 402 GC,CG,UA GC,CG,UA
352 352 16S 5 47 361   v4 C:G cWW   3°: base pair   Strong 3 21.2 72.3 3.5     0.4         0.1   1.2 0.6     0.4 5173 GC,CG,UA GC,CG,UA
3747 3747 23S 4.1 47 178   v4 C:G cWW       Strong 3   95.7 1.0 0.5   2.3                     0.6 399 CG,UG CG,UA,AU
359 359 16S 5 52 359   v4 C:G cWW       Strong 3 22.4 57.7 15.0 2.8 0.8 0.2   0.1 0.2 0.1 0.2 0.1   0.1     0.1 5252 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
366 366 16S 5 53 358   v4 A:U cWW       Strong 3 3.0 21.7   73.5 1.3     0.1     0.1 0.1       0.1 0.1 5240 GC,CG,AU GC,CG,AU
3754 3754 23S 5 53 117   v4 A:G tHS   3°: base pair   Significant 3   0.5   1.5         97.5         0.2     0.2 405 AG  
373 373 16S 5 54 357   v4 C:G cWW       Weak 3   99.3 0.3     0.1     0.1 0.1               5285 CG CG,UA
3761 3761 23S 5 54 116   v4 G:C cWW       Strong 3 75.6     2.5 21.4               0.2       0.2 406 GC,AU,GU GC,AU
3768 3768 23S 5 55 115   v4 G:C cWW       Strong 3 77.0 0.2   21.2 1.2                       0.2 405 GC,AU GC,CG,AU
380 380 16S 5 56 356   v4 U:A cWW       Weak 3     99.6                   0.1     0.1 0.1 5283 UA  
3775 3775 23S 5 56 114   v4 A:U cWW       Strong 3 8.9 3.7 3.0 83.7 0.2     0.2                 0.2 406 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
387 387 16S 5 57 355   v4 G:C cWW       Strong 3 98.8       0.1     0.2     0.3   0.1 0.1 0.2   0.2 5351 GC  
3782 3782 23S 6 57 70   v4 C:G cWW       Strong 3   91.4 7.9     0.2                     0.4 406 CG,UA CG,UA
394 394 16S 5 58 354   v4 C:G cWW       Weak 3 0.7 98.5       0.1     0.1 0.1 0.2     0.1     0.2 5381 CG GC,CG
3789 3789 23S 6 58 69   v4 G:C cWW       Strong 3 98.5     0.2 0.7     0.2                 0.2 406 GC GC,AU
3796 3796 23S 6 59 68   v4 U:G cWW       Strong 3 8.3 40.7 9.8     40.9                     0.2 408 GC,CG,UA,UG GC,UG
401 401 16S 6 61 106   v4 G:C cWW       Strong 3 98.1     0.3 0.6     0.1     0.2   0.1 0.3 0.1   0.2 5558 GC GC,AU

Next page

Advanced export

JSON shape: default, array, newline-delimited

CSV options: 

CREATE TABLE "basepair_frequency" (
   "molecule" TEXT,
   "helix_number" TEXT,
   "position_1" INTEGER,
   "position_2" INTEGER,
   "pair_note" TEXT,
   "header_format" TEXT,
   "reference_base_pair" TEXT,
   "conformation" TEXT,
   "ai_code" TEXT,
   "tertiary_type" TEXT,
   "header_extra" TEXT,
   "strength" TEXT,
   "group_code" TEXT,
   "GC" REAL,
   "CG" REAL,
   "UA" REAL,
   "AU" REAL,
   "GU" REAL,
   "UG" REAL,
   "AA" REAL,
   "AC" REAL,
   "AG" REAL,
   "CA" REAL,
   "CC" REAL,
   "CU" REAL,
   "GA" REAL,
   "GG" REAL,
   "UC" REAL,
   "UU" REAL,
   "gap" REAL,
   "Seq" INTEGER,
   "predominant_types" TEXT,
   "covarying_types" TEXT
);
CREATE INDEX "idx_basepair_frequency_molecule_position_1_position_2"
    ON "basepair_frequency" ("molecule", "position_1", "position_2");