Base-pair frequencies

predominant_types
Base-pair types shown in bold in the published table (most frequent).
covarying_types
Base-pair types marked * in the published table (involved in a covariation).
header_format
legacy = entry not yet revised to the v4 layout (no type / conformation).

152 rows where conformation = "cWW", header_format = "v4" and molecule = "5S" sorted by position_1

✎ View and edit SQL

This data as json, CSV (advanced)

Suggested facets: helix_number, reference_base_pair, AA, AC, AG, CA, CC, CU, GA, GG, UC, UU, Seq, covarying_types

group_code 4

  • 3 38
  • A 38
  • B 38
  • E 38

strength 2

molecule 1

  • 5S · 152 ✖

header_format 1

  • v4 · 152 ✖

conformation 1

  • cWW · 152 ✖

tertiary_type 0

Link rowid molecule helix_number position_1 ▼ position_2 pair_note header_format reference_base_pair conformation ai_code tertiary_type header_extra strength group_code GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq predominant_types covarying_types
1 1 5S 1 1 119   v4 U:A cWW       Strong 3 5.2 0.7 8.7 2.6 0.5 1.3 0.3 0.5 0.3 0.2 0.2 0.2 0.2   0.3 2.3 76.6 611 GC,UA,AU,UU GC,CG,UA,AU
2 2 5S 1 1 119   v4 U:A cWW       Strong B 18.8   35.4 9.7 0.7 5.6 1.4 2.1 1.4 1.4 0.7 0.7     1.4 11.8 9.0 144 GC,UA,AU,UG,AC,UU GC,UA,AU
3 3 5S 1 1 119   v4 U:A cWW       Strong A 11.4 6.8 13.6 4.5 4.5               2.3     2.3 54.5 44 GC,CG,UA,AU,GU,GA,UU GC,CG,UA,AU
4 4 5S 1 1 119   v4 U:A cWW       Strong E                                 100.0 1    
5 5 5S 1 2 118   v4 G:C cWW       Strong 3 20.0 1.8 3.8 3.8 0.5 1.3 0.5 1.8 0.2   0.2 0.2 0.3   0.7 0.7 64.4 610 GC,UA,AU GC,CG,UA,AU
6 6 5S 1 2 118   v4 G:C cWW       Strong B 54.8 2.7 10.5 10.0 1.4 4.1 1.4 5.5     0.5 0.5 0.9   1.8 1.8 4.1 219 GC,CG,UA,AU,UG,AC GC,CG,UA,AU
7 7 5S 1 2 118   v4 G:C cWW       Strong A 27.9 16.3   4.7 2.3       2.3               46.5 43 GC,CG,AU,GU,AG GC,CG,AU
8 8 5S 1 2 118   v4 G:C cWW       Strong E                                 100.0 1    
9 9 5S 1 3 117   v4 C:G cWW       Strong 3 27.2 23.4 9.0 23.3 0.7 9.6 0.3 0.7 0.2   0.2 0.2 0.2 0.2 0.7 0.7 3.7 602 GC,CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU
10 10 5S 1 3 117   v4 C:G cWW       Strong B 2.1 50.9 18.6 1.1   20.7   0.4     0.4 0.7 0.4 0.7 1.4 1.4 1.4 285 GC,CG,UA,UG GC,CG,UA,AU
11 11 5S 1 3 117   v4 C:G cWW       Strong A 36.4 15.9 4.5 15.9                         27.3 44 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
12 12 5S 1 3 117   v4 C:G cWW       Strong E 49.7 0.3 0.7 46.2 1.7   0.3 1.0                   292 GC,AU GC,CG,UA,AU
13 13 5S 1 4 116   v4 C:G cWW       Strong 3 9.1 46.2 13.0 2.5 5.6 13.4   0.2 0.2 0.2 0.3 0.2 0.3 0.3 0.2 6.9 1.5 606 GC,CG,UA,AU,GU,UG,UU GC,CG,UA,AU
14 14 5S 1 4 116   v4 C:G cWW       Strong B 2.3 60.9 14.7 1.7 1.0 15.7       0.3 0.7 0.3 0.7   0.3 0.3 1.0 299 GC,CG,UA,UG GC,CG,UA,AU
15 15 5S 1 4 116   v4 C:G cWW       Strong A 9.1 20.5 20.5 11.4   20.5                   2.3 15.9 44 GC,CG,UA,AU,UG,UU GC,CG,UA,AU
16 16 5S 1 4 116   v4 C:G cWW       Strong E 15.1 35.4 10.0 1.7 10.7 9.6   0.3 0.3         1.7   14.4 0.7 291 GC,CG,UA,GU,UG,UU GC,CG,UU
17 17 5S 1 5 115   v4 U:A cWW       Strong 3 8.6 31.1 41.8 11.0 0.3 3.8 0.2   1.2 0.7           0.2 1.3 608 GC,CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU
18 18 5S 1 5 115   v4 U:A cWW       Strong B 3.3 18.4 70.6 0.3   3.0 0.3   2.3 0.3             1.3 299 GC,CG,UA,UG,AG GC,CG,UA,AU
19 19 5S 1 5 115   v4 U:A cWW       Strong A 2.3 13.6 38.6 31.8   6.8       2.3             4.5 44 GC,CG,UA,AU,UG,CA GC,CG,UA,AU
20 20 5S 1 5 115   v4 U:A cWW       Strong E 14.3 46.8 13.3 18.1 0.7 4.4 0.3     0.7       0.3   0.3 0.7 293 GC,CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU
21 21 5S 1 6 114   v4 G:C cWW       Strong 3 47.8 7.1 33.2 9.4 1.0 0.7 0.2 0.3       0.2         0.3 609 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
22 22 5S 1 6 114   v4 G:C cWW       Strong B 89.7 1.3 0.3 4.7 1.7 1.0         0.3 0.3         0.7 300 GC,AU GC,CG,UA,AU
23 23 5S 1 6 114   v4 G:C cWW       Strong A 65.9 15.9   15.9 2.3                         44 GC,CG,AU,GU GC,CG,AU
24 24 5S 1 6 114   v4 G:C cWW       Strong E 4.1 11.9 69.0 12.6   0.3 0.3 0.7             0.3 0.3 0.3 294 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
25 25 5S 1 7 113   v4 G:C cWW       Strong 3 59.0 1.3 4.4 33.9 0.8 0.2   0.2         0.2         610 GC,UA,AU GC,CG,UA,AU
26 26 5S 1 7 113   v4 G:C cWW       Strong B 89.4   0.3 7.6 1.3     0.3             0.3   0.7 301 GC,AU GC,UA,AU
27 27 5S 1 7 113   v4 G:C cWW       Strong A 72.7 15.9   9.1 2.3                         44 GC,CG,AU,GU GC,CG,AU
28 28 5S 1 7 113   v4 G:C cWW       Strong E 25.9 0.3 8.8 63.9           0.3     0.3       0.3 294 GC,UA,AU GC,CG,UA,AU
29 29 5S 1 8 112   v4 C:G cWW       Strong 3 2.5 70.0 0.5 0.7 0.3 25.9         0.2             611 GC,CG,UG GC,CG,UA,AU
30 30 5S 1 8 112   v4 C:G cWW       Strong B 2.0 39.5 1.3 1.3   55.1               0.3     0.3 301 CG,UG GC,AU,UG
31 31 5S 1 8 112   v4 C:G cWW       Strong A   97.7       2.3                       44 CG,UG  
32 32 5S 1 8 112   v4 C:G cWW       Strong E 3.4 94.9     0.3 0.7         0.3     0.3       295 GC,CG GC,CG
33 33 5S 1 9 111   v4 G:U cWW       Strong 3 42.5 0.7 0.3 2.5 52.5 0.2   0.2         0.5       0.8 610 GC,AU,GU CG,UA,GU,AC
34 34 5S 1 9 111   v4 G:U cWW       Strong B 63.6 0.7 0.7 3.6 28.8 0.7                     2.0 302 GC,AU,GU GC,CG,UA,AU
35 35 5S 1 9 111   v4 G:U cWW       Strong A 38.6     2.3 59.1                         44 GC,AU,GU  
36 36 5S 1 9 111   v4 G:U cWW       Strong E 24.1 0.7 0.3 1.0 72.1     0.3         1.0   0.3     294 GC,GU CG,UA,GU,AC
37 37 5S 1 10 110   v4 G:C cWW       Strong 3 51.1 2.5 5.6 32.6 5.2 0.3 0.7 1.1 0.2 0.2         0.2 0.2 0.3 611 GC,CG,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU
38 38 5S 1 10 110   v4 G:C cWW       Strong B 39.4 4.3 6.6 43.7 2.6 0.7 1.3 0.7 0.3               0.3 302 GC,CG,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU
39 39 5S 1 10 110   v4 G:C cWW       Strong A 93.2     2.3                         4.5 44 GC,AU GC,AU
40 40 5S 1 10 110   v4 G:C cWW       Strong E 55.3 1.0 5.4 26.8 8.5     2.0   0.3         0.3 0.3   295 GC,UA,AU,GU,AC GC,CG,UA,AU
41 41 5S 2 16 68   v4 G:C cWW       Strong 3 57.5 32.5 7.9 0.7 0.7 0.7   0.2                   610 GC,CG,UA GC,CG,UA,AU
42 42 5S 2 16 68   v4 G:C cWW       Strong B 86.4 3.3 5.3 1.0 1.7 1.3   0.3     0.3   0.3         302 GC,CG,UA GC,CG,UA,AU
43 43 5S 2 16 68   v4 G:C cWW       Strong A 97.7     2.3                           44 GC,AU GC,AU
44 44 5S 2 16 68   v4 G:C cWW       Strong E 22.8 65.3 11.9                             294 GC,CG,UA GC,CG,UA
45 45 5S 2 17 67   v4 C:G cWW       Strong 3 9.0 69.9 7.7 5.7   3.1 0.2     3.9     0.2 0.3       611 GC,CG,UA,AU,UG,CA GC,CG,UA,AU
46 46 5S 2 17 67   v4 C:G cWW       Strong B 2.0 75.5 3.0 5.3   5.6 0.3     6.6             1.7 302 CG,UA,AU,UG,CA GC,CG,UA,AU
47 47 5S 2 17 67   v4 C:G cWW       Strong A 2.3 81.8 13.6             2.3               44 GC,CG,UA,CA GC,CG,UA
48 48 5S 2 17 67   v4 C:G cWW       Strong E 16.6 61.0 13.2 6.8   1.0       0.7       0.7       295 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
49 49 5S 2 18 65   v4 G:U cWW       Strong 3 36.0 3.9 5.4 42.7 9.7 0.2 0.5 0.8   0.2 0.2 0.2 0.3         611 GC,CG,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU
50 50 5S 2 18 65   v4 G:U cWW       Strong B 54.6 2.0 4.0 16.9 20.2   0.3 1.0     0.3 0.3 0.3         302 GC,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU
51 51 5S 2 18 65   v4 G:U cWW       Strong A 90.9     4.5 4.5                         44 GC,AU,GU GC,AU
52 52 5S 2 18 65   v4 G:U cWW       Strong E 9.8 7.1 7.5 73.2 0.3 0.3 0.7 0.7     0.3             295 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
53 53 5S 2 19 64   v4 C:G cWW       Strong 3 23.0 30.2 18.9 23.0 1.3 0.8 0.2 0.5 0.3 0.7 0.5     0.3 0.2 0.2   609 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
54 54 5S 2 19 64   v4 C:G cWW       Strong B 22.8 14.9 26.2 31.1 2.0 0.7 0.3 0.3   0.3     0.3 0.3 0.3 0.3   302 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
55 55 5S 2 19 64   v4 C:G cWW       Strong A 77.3 4.5   9.1   6.8   2.3                   44 GC,CG,AU,UG,AC GC,AU,UG
56 56 5S 2 19 64   v4 C:G cWW       Strong E 15.0 49.8 14.7 16.4 1.0     0.3 0.3 1.0 1.0     0.3       293 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
57 57 5S 2 20 63   v4 G:C cWW       Strong 3 36.1 23.6 14.9 18.4 3.0 0.7   0.8     0.2       0.8 1.5   609 GC,CG,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU
58 58 5S 2 20 63   v4 G:C cWW       Strong B 30.1 8.9 23.8 29.8 3.3 0.7                 0.7 2.6   302 GC,CG,UA,AU,GU,UU GC,CG,UA,AU
59 59 5S 2 20 63   v4 G:C cWW       Strong A 18.2 45.5 6.8 13.6 9.1 4.5                   2.3   44 GC,CG,UA,AU,GU,UG,UU GC,CG,UA,AU
60 60 5S 2 20 63   v4 G:C cWW       Strong E 45.1 34.8 8.9 7.2 1.7 0.3   1.7             0.3     293 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
61 61 5S 2 21 62   v4 G:C cWW       Strong 3 37.2 17.5 19.0 16.9 2.6 3.6   1.1 0.3 0.3 0.2 0.2 0.2 0.2   0.7   610 GC,CG,UA,AU,GU,UG GC,CG,UA,AU
62 62 5S 2 21 62   v4 G:C cWW       Strong B 57.6 4.3 14.6 15.9 3.6 1.7   0.3 0.3       0.3     1.3   302 GC,CG,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU
63 63 5S 2 21 62   v4 G:C cWW       Strong A 63.6 11.4 2.3 18.2 2.3           2.3             44 GC,CG,UA,AU,GU,CC GC,CG,UA,AU
64 64 5S 2 21 62   v4 G:C cWW       Strong E 15.0 32.3 25.9 17.3 1.7 6.1     0.3 0.7   0.3   0.3       294 GC,CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU
65 65 5S 2 22 61   v4 U:G cWW       Strong 3 25.7 10.2 29.2 16.2 0.7 15.2   0.2 0.3   0.2     1.6 0.2 0.3   610 GC,CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU
66 66 5S 2 22 61   v4 U:G cWW       Strong B 29.1 5.3 11.6 22.5 1.0 29.8                   0.7   302 GC,CG,UA,AU,UG GC,AU,UG
67 67 5S 2 22 61   v4 U:G cWW       Strong A 93.2     4.5 2.3                         44 GC,AU,GU GC,AU
68 68 5S 2 22 61   v4 U:G cWW       Strong E 12.6 18.7 50.7 11.9 0.7 3.7   0.3 0.7   0.3       0.3     294 GC,CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU
69 69 5S 2 23 60   v4 G:C cWW       Strong 3 79.5 0.8 0.2 1.1 1.6 0.5   1.6 0.2   0.3 1.0 2.1 0.5 8.9 1.5 0.2 609 GC,GA,UC GC,CG,UU
70 70 5S 2 23 60   v4 G:C cWW       Strong B 82.1 1.7   3.0 0.3 0.3   0.3         4.3 1.0 4.7 2.0 0.3 301 GC,AU,GA,UC GC,CG,AU
71 71 5S 2 23 60   v4 G:C cWW       Strong A 65.9   2.3   15.9 2.3   2.3             11.4     44 GC,UA,GU,UG,AC,UC GC,UA
72 72 5S 2 23 60   v4 G:C cWW       Strong E 78.0 0.3   1.7 0.7 0.3   2.7 0.3   0.7 0.3 0.3   13.5 0.3 0.7 296 GC,AC,UC GC,CG,AU
73 73 5S 2 28 56   v4 C:G cWW       Strong 3 0.2 20.9   2.3 0.5 0.7   0.3   0.3 2.8 62.2   0.2 7.7 2.0   611 CG,AU,CC,CU,UC CU,GG,UC
74 74 5S 2 28 56   v4 C:G cWW       Strong B   46.0   4.3 0.3           1.0 46.0     1.3 1.0   302 CG,AU,CU CG,AU,UC
75 75 5S 2 28 56   v4 C:G cWW       Strong A       2.3   2.3       2.3   77.3   2.3   13.6   44 AU,UG,CA,CU,GG,UU CU,GG
76 76 5S 2 28 56   v4 C:G cWW       Strong E 0.3       0.7 1.0   0.7   0.3 4.7 75.5     14.8 1.7 0.3 298 CC,CU,UC CU,UC
77 77 5S 2 29 55   v4 A:U cWW       Strong 3 10.5   5.9 83.3 0.2     0.2                   611 GC,UA,AU GC,UA,AU
78 78 5S 2 29 55   v4 A:U cWW       Strong B 9.6   0.3 89.7 0.3                         302 GC,AU GC,UA,AU
79 79 5S 2 29 55   v4 A:U cWW       Strong A 2.3   34.1 63.6                           44 GC,UA,AU GC,UA,AU
80 80 5S 2 29 55   v4 A:U cWW       Strong E 12.1   6.7 80.2 0.3     0.3                 0.3 298 GC,UA,AU GC,UA,AU
81 81 5S 2 30 54   v4 C:G cWW       Strong 3 2.8 94.9 1.6 0.2   0.2         0.2     0.2       611 GC,CG GC,CG,UA,AU
82 82 5S 2 30 54   v4 C:G cWW       Strong B   99.3       0.3         0.3             302 CG  
83 83 5S 2 30 54   v4 C:G cWW       Strong A   88.6 11.4                             44 CG,UA CG,UA
84 84 5S 2 30 54   v4 C:G cWW       Strong E 5.7 91.9 1.7 0.3                   0.3       298 GC,CG GC,CG,UA,AU
85 85 5S 2 31 51   v4 C:G cWW       Strong 3 5.2 85.3 4.1 0.3 0.2 0.5 0.7     2.0 0.2 0.8 0.2   0.7     611 GC,CG,UA GC,CG,UA,AU
86 86 5S 2 31 51   v4 C:G cWW       Strong B   88.1 5.0     0.7 1.0     3.6     0.3   1.3     302 CG,UA,CA CG,UA
87 87 5S 2 31 51   v4 C:G cWW       Strong A   97.7               2.3               44 CG,CA  
88 88 5S 2 31 51   v4 C:G cWW       Strong E 10.7 81.5 4.0 0.7 0.3 0.3 0.3       0.3 1.7           298 GC,CG,UA GC,CG,UA,AU
89 89 5S 2 32 50   v4 U:A cWW       Strong 3 33.8 38.4 22.0 4.6   0.8     0.2 0.2 0.2             610 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
90 90 5S 2 32 50   v4 U:A cWW       Strong B 0.3 57.6 40.1     1.3       0.3 0.3             302 CG,UA GC,CG,UA
91 91 5S 2 32 50   v4 U:A cWW       Strong A   63.6 34.1           2.3                 44 CG,UA,AG CG,UA
92 92 5S 2 32 50   v4 U:A cWW       Strong E 70.4 16.5 2.7 10.1   0.3                       297 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
93 93 5S 2 33 49   v4 G:C cWW       Strong 3 70.7 21.1 2.3 4.3 0.2 1.1               0.3       611 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
94 94 5S 2 33 49   v4 G:C cWW       Strong B 81.1 10.6 0.7 6.6 0.3 0.3               0.3       302 GC,CG,AU GC,CG,UA,AU
95 95 5S 2 33 49   v4 G:C cWW       Strong A 100.0                                 44 GC  
96 96 5S 2 33 49   v4 G:C cWW       Strong E 56.7 33.6 5.0 2.3   2.0               0.3       298 GC,CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU
97 97 5S 2 34 48   v4 A:U cWW       Strong 3 9.8   32.9 57.0 0.2                   0.2     611 GC,UA,AU GC,UA,AU
98 98 5S 2 34 48   v4 A:U cWW       Strong B 13.2   32.8 53.6 0.3                         302 GC,UA,AU GC,UA,AU
99 99 5S 2 34 48   v4 A:U cWW       Strong A 25.0   47.7 27.3                           44 GC,UA,AU GC,UA,AU
100 100 5S 2 34 48   v4 A:U cWW       Strong E 4.4   31.5 63.4                     0.3   0.3 298 GC,UA,AU GC,UA,AU

Next page

Advanced export

JSON shape: default, array, newline-delimited

CSV options: 

CREATE TABLE "basepair_frequency" (
   "molecule" TEXT,
   "helix_number" TEXT,
   "position_1" INTEGER,
   "position_2" INTEGER,
   "pair_note" TEXT,
   "header_format" TEXT,
   "reference_base_pair" TEXT,
   "conformation" TEXT,
   "ai_code" TEXT,
   "tertiary_type" TEXT,
   "header_extra" TEXT,
   "strength" TEXT,
   "group_code" TEXT,
   "GC" REAL,
   "CG" REAL,
   "UA" REAL,
   "AU" REAL,
   "GU" REAL,
   "UG" REAL,
   "AA" REAL,
   "AC" REAL,
   "AG" REAL,
   "CA" REAL,
   "CC" REAL,
   "CU" REAL,
   "GA" REAL,
   "GG" REAL,
   "UC" REAL,
   "UU" REAL,
   "gap" REAL,
   "Seq" INTEGER,
   "predominant_types" TEXT,
   "covarying_types" TEXT
);
CREATE INDEX "idx_basepair_frequency_molecule_position_1_position_2"
    ON "basepair_frequency" ("molecule", "position_1", "position_2");