Base-pair frequencies

predominant_types
Base-pair types shown in bold in the published table (most frequent).
covarying_types
Base-pair types marked * in the published table (involved in a covariation).
header_format
legacy = entry not yet revised to the v4 layout (no type / conformation).

832 rows where conformation = "cWW", group_code = "M" and molecule = "23S" sorted by position_1

✎ View and edit SQL

This data as json, CSV (advanced)

Suggested facets: reference_base_pair, CC, CU, GG, UC

strength 5

molecule 1

  • 23S · 832 ✖

header_format 1

group_code 1

conformation 1

  • cWW · 832 ✖
Link rowid molecule helix_number position_1 ▼ position_2 pair_note header_format reference_base_pair conformation ai_code tertiary_type header_extra strength group_code GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq predominant_types covarying_types
3521 3521 23S 1 1 2902   v4 G:C cWW       Strong M 5.9   26.5 26.5 5.9 5.9 2.9 2.9             2.9 2.9 17.6 34 GC,UA,AU,GU,UG,AA,AC,UC,UU GC,UA,AU
3528 3528 23S 1 2 2901   v4 G:C cWW       Strong M 14.7 2.9 17.6 23.5 5.9       2.9   2.9   5.9     5.9 17.6 34 GC,CG,UA,AU,GU,AG,CC,GA,UU GC,CG,UA,AU
3535 3535 23S 1 3 2900   v4 U:A cWW       Strong M   2.9 23.5 47.1       2.9       2.9     2.9   17.6 34 CG,UA,AU,AC,CU,UC CG,UA,AU
3542 3542 23S 1 4 2899   v4 U:A cWW       Strong M 8.8 2.9 29.4 23.5 2.9 2.9 5.9           2.9     2.9 17.6 34 GC,CG,UA,AU,GU,UG,AA,GA,UU GC,CG,UA,AU
3549 3549 23S 1 5 2898   v4 A:U cWW       Strong M 8.8 5.9 11.8 35.3 2.9 5.9                 2.9 5.9 20.5 34 GC,CG,UA,AU,GU,UG,UC,UU GC,CG,UA,AU
3556 3556 23S 1 6 2897   v4 A:U cWW       Strong M 5.9   29.4 26.5     5.9           5.9     5.9 20.5 34 GC,UA,AU,AA,GA,UU GC,UA,AU
3563 3563 23S 1 7 2896   v4 G:C cWW       Strong M 5.9 5.9 14.7 38.2 5.9   2.9           5.9       20.5 34 GC,CG,UA,AU,GU,AA,GA GC,CG,UA,AU
3570 3570 23S 1 8 2895   v4 C:G cWW       Weak M 2.9   29.4 20.6 5.9   5.9 5.9   2.9           5.9 20.6 34 GC,UA,AU,GU,AA,AC,CA,UU GC,UA,AU
3577 3577 23S 2 15 525   v4 G:U cWW       Strong M 44.2 0.4 2.7 32.3 8.0 0.4 4.0 0.4 2.2       0.4   0.4   4.4 226 GC,UA,AU,GU,AA,AG GC,CG,UA,AU
3584 3584 23S 2 16 524   v4 C:G cWW       Strong M 3.5 69.7 8.8 8.8 1.3 1.8 1.3 0.4                 4.4 228 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
3591 3591 23S 2 17 523   v4 G:C cWW       Strong M 7.9 0.4 0.9 5.3 4.8     0.4   0.4     0.4     0.4 79.0 228 GC,AU,GU GC,CG,UA,AU
3598 3598 23S 2 18 522   v4 U:A cWW       Strong M 1.3 7.9 5.3 4.4     0.4             0.4     80.2 228 CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
3605 3605 23S 2 19 521   v4 A:U cWW       Strong M 0.4 3.5 3.9 10.1 0.4                     0.9 80.7 228 CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
3612 3612 23S 2 20 520   v4 C:G cWW       Strong M   2.2 11.0 5.3 0.4                       81.1 228 CG,UA,AU CG,UA,AU
3619 3619 23S 2 21 519   v4 A:U cWW       Strong M 0.4 1.3 5.7 6.1   3.1     0.4             0.9 82.1 228 UA,AU,UG GC,CG,UA,AU
3626 3626 23S 2 22 518   v4 C:G cWW       Strong M 3.1 3.1 0.9 4.4   5.7 0.4           0.4       81.9 228 GC,CG,AU,UG GC,AU,UG
3633 3633 23S 2 23 517   v4 G:C cWW       Strong M 4.8 1.3 3.9 7.5     0.4                   82.0 228 GC,UA,AU GC,CG,UA,AU
3640 3640 23S 2 24 516   v4 G:C cWW       Strong M 3.5     14.0                         82.4 228 GC,AU GC,AU
3647 3647 23S 2 30 510   v4 G:C cWW   3°: base pair   Strong M 10.0 0.4 2.2 4.8 0.4                     0.4 81.6 229 GC,UA,AU GC,CG,UA,AU
3654 3654 23S 3 31 474   v4 C:G cWW       Strong M 26.0 8.2 21.2 7.4   0.4 2.6 1.3 0.9 16.5 0.9   6.9 0.4 0.4 1.3 5.6 231 GC,CG,UA,AU,AA,CA,GA GC,CG,UA,AU
3661 3661 23S 3 32 473   v4 C:G cWW       Strong M   79.3 3.9 2.6 0.4 1.7 0.4     4.3 0.4 0.4     0.4 0.4 5.6 232 CG,UA,AU,CA CG,UA,AU
3668 3668 23S 4 35 445   v4 G:C cWW       Strong M 85.0     3.9   0.9 0.9                 0.9 8.5 233 GC,AU GC,AU,UG
3675 3675 23S 4 36 444   v4 G:C cWW       Strong M 7.7 73.0 1.7 6.0 0.9   0.4     0.4     0.9       9.0 233 GC,CG,AU GC,CG,UA,AU
3682 3682 23S 4 37 442   v4 C:G cWW       Strong M 1.3 48.5 31.3 4.3   3.4 0.4     0.4             10.3 233 CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU
3689 3689 23S 4 38 441   v4 A:U cWW       Strong M 0.4 42.9 26.6 14.2 1.3 2.1 0.9     0.9   0.4         10.2 233 CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU
3696 3696 23S 4 39 440   v4 G:C cWW       Strong M 3.4 1.3 18.5 28.3     5.2 6.0   0.9 3.4 2.6 1.3     1.7 27.5 233 GC,UA,AU,AA,AC,CC,CU GC,CG,UA,AU
3703 3703 23S 4 40 439   v4 U:A cWW       Strong M 1.3 0.4 10.7 7.7 0.4                       79.3 233 UA,AU GC,CG,UA,AU
3710 3710 23S 4 41 438   v4 C:G cWW       Strong M 2.1 0.9 6.4 7.7 0.4 0.4                     82.0 233 GC,UA,AU GC,CG,UA,AU
3717 3717 23S 4 42 437   v4 A:U cWW       Strong M 3.0 0.9 2.1 11.6                         82.5 233 GC,UA,AU GC,CG,UA,AU
3724 3724 23S 4 43 436   v4 G:C cWW       Strong M 4.7   4.7 8.2           0.4             82.0 233 GC,UA,AU GC,UA,AU
3731 3731 23S 4 44 434   v4 A:U cWW       Strong M 2.1   7.3 6.0   0.4               0.9   1.3 81.9 233 GC,UA,AU GC,UA,AU
3738 3738 23S 4 45 433   v4 G:C cWW       Strong M 0.9 0.4 6.0 8.6   0.9   0.4             0.4 0.4 81.9 233 UA,AU GC,CG,UA,AU
3745 3745 23S 4.1 46 179   v4 G:C cWW       Strong M 1.7   0.4 1.7     1.3   0.4 1.3     2.1   0.4 2.1 88.3 233 GA,UU AG,GA,UU
3752 3752 23S 4.1 47 178   v4 C:G cWW       Strong M 0.4   0.4 0.9 2.1                       96.1 233 GU UA,GU
3766 3766 23S 5 54 116   v4 G:C cWW       Strong M 7.3 0.4 1.7 4.3                         86.3 233 GC,AU GC,CG,UA,AU
3773 3773 23S 5 55 115   v4 G:C cWW       Strong M 9.9 0.9   1.7 0.9       0.4       0.4       85.8 233 GC GC,CG,AU
3780 3780 23S 5 56 114   v4 A:U cWW       Strong M 1.3   1.7 7.7   1.3 0.9 0.4 0.4             0.4 85.9 233 AU GC,UA,AU
3787 3787 23S 6 57 70   v4 C:G cWW       Strong M 0.9 9.0 1.3 4.7     0.4     0.4             83.3 233 CG,AU GC,CG,UA,AU
3794 3794 23S 6 58 69   v4 G:C cWW       Strong M 10.3   3.0 1.3 0.4   0.4 1.3                 83.3 233 GC,UA GC,UA,AU
3801 3801 23S 6 59 68   v4 U:G cWW       Strong M   3.9 6.0 4.3   1.7 0.4 0.4                 83.3 233 CG,UA,AU CG,UA,AU
3808 3808 23S 6.1 61 93   v4 C:G cWW   3°: pseudoknot   Strong M     0.4 0.9     1.3   0.9   0.4   0.9 0.9 0.4 2.6 91.5 233 UU AA,CC,GG,UU
3815 3815 23S 6.1 62 92   v4   cWW   3°: pseudoknot   Strong M   0.4 0.9 2.1 0.4 1.3 2.1       0.9 0.9 0.4 0.4   2.1 88.0 233 AU,AA,UU AU,UG,CC,GA
3822 3822 23S 6.1 64 90   v4 A:U cWW   3°: pseudoknot   Significant M   0.4 0.4 2.1 0.4   0.4 0.4 1.7   0.9 0.9 1.3     1.3 89.7 233 AU AU,CC,GA
3829 3829 23S 6.1 65 89   v4 U:A cWW   3°: pseudoknot   Strong M 0.4 0.4 0.4 1.3     0.4 0.4 1.3 0.4     2.6       92.1 233 GA AG,GA
3836 3836 23S 6.1 66 88   v4 C:G cWW   3°: pseudoknot   Weak M 0.4   0.9 1.7 0.4       2.6   0.4   0.9     0.9 91.7 233 AG UA,GU,AG,CC
3850 3850 23S 7 76 110   v4 C:G cWW       Strong M 2.1 3.8 5.1 0.4   0.9 0.9   0.4             0.4 86.0 234 GC,CG,UA GC,CG,UA,AU
3857 3857 23S 7 77 109   v4 G:C cWW       Strong M 1.3 4.3 3.8 3.8   0.9                     86.0 234 CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
3864 3864 23S 7 78 108   v4 U:G cWW       Strong M 1.3   2.6 9.4 0.4   0.4                   85.9 234 UA,AU GC,UA,AU
3871 3871 23S 7 79 107   v4 C:G cWW       Strong M 1.3 0.9 6.8 3.4   1.7                     85.8 234 UA,AU GC,CG,UA,AU
3878 3878 23S 7 80 106   v4 G:C cWW       Strong M 3.8 1.3 1.7 6.4 0.9 0.4                     85.4 234 GC,AU GC,CG,UA,AU
3885 3885 23S 7 81 105   v4 G:C cWW       Strong M 4.3 0.4 2.6 3.0 0.4 0.9 0.4 0.4                 87.6 234 GC,UA,AU GC,CG,UA,AU
3899 3899 23S 7 85 97   v4 G:C cWW       Strong M     2.6 8.1       0.4 0.4       0.4       88.1 234 UA,AU UA,AU
3906 3906 23S 7 86 96   v4 G:C cWW       Strong M 4.7 1.3 2.1 3.0   0.4 0.4                   88.1 234 GC,UA,AU GC,CG,UA,AU
3913 3913 23S 7 87 95   v4 U:A cWW       Strong M 2.1 0.9 2.1 4.3   0.4 0.9                   89.3 234 GC,UA,AU GC,CG,UA,AU
3920 3920 23S 8 121 130   v4 G:C cWW       Strong M 3.8 3.0 0.4 3.4     0.9         0.4         88.0 234 GC,CG,AU GC,CG,UA,AU
3927 3927 23S 8 122 129   v4 G:C cWW       Strong M 8.5   0.4 2.6 0.4                   0.4   87.6 234 GC,AU GC,UA,AU
3934 3934 23S 8 123 128   v4 G:C cWW       Strong M 6.4 0.4 0.9 2.1   0.4   0.4                 89.3 234 GC,AU GC,CG,UA,AU
3941 3941 23S 9 131 148   v4 A:U cWW       Strong M 0.4   0.4 0.4 0.4       0.4               97.9 234   GC,UA,AU
3948 3948 23S 9 132 147   v4 G:C cWW       Strong M 0.4 0.4 0.9 0.4                       0.4 97.4 234   GC,CG,UA,AU
3955 3955 23S 9 133 146   v4 U:A cWW       Strong M 0.4 0.4 0.9             0.4 0.4           97.4 234   GC,CG,UA
3962 3962 23S 9 134 145   v4 G:C cWW       Strong M   0.9 0.4     0.4                 0.4   97.8 234   CG,UA
3969 3969 23S 9 135 144   v4 U:A cWW       Strong M   0.4 0.4       0.4 0.4                 98.2 234   CG,UA,AC
3976 3976 23S 9 136 143   v4 G:C cWW       Strong M 0.4       0.4                       99.1 234    
3983 3983 23S 9 137 142   v4 U:A cWW       Strong M                               0.4 99.6 234    
3990 3990 23S 10 150 176   v4 U:A cWW       Strong M 0.4 0.4 3.0 1.3                   0.4     94.4 234 UA GC,CG,UA,AU
3997 3997 23S 10 151 175   v4 C:G cWW       Strong M   2.1 0.4 3.0                 0.4       94.0 234 CG,AU CG,UA,AU
4004 4004 23S 10 152 174   v4 A:U cWW       Strong M 0.4 2.6   2.1 0.4                       94.4 234 CG,AU GC,CG,AU
4011 4011 23S 10 153 173   v4 U:A cWW       Strong M 0.4   0.9 3.4                         95.3 234 AU GC,UA,AU
4018 4018 23S 10 154 172   v4 U:A cWW       Strong M   0.4   3.0             0.4           96.2 234 AU CG,AU
4025 4025 23S 10 155 171   v4 A:U cWW       Strong M 0.4     1.3 1.7                   0.4   96.2 234   GU,UC
4032 4032 23S 10 156 170   v4 A:U cWW       Strong M     0.4 0.4             2.1   0.4     0.4 96.2 234 CC UA,AU,CC
4039 4039 23S 10 157 169   v4 C:G cWW       Strong M         0.4                 0.4   1.7 97.4 234   GG,UU
4046 4046 23S 10 158 168   v4 U:G cWW       Weak M 0.4     0.4             1.7           97.4 234   AU,CC
4053 4053 23S 11 183 214   v4 C:G cWW       Strong M   10.8 1.6 0.4   0.4                   0.8 86.0 250 CG CG,UA,AU
4060 4060 23S 11 184 212   v4 C:G cWW       Strong M 1.2 1.6 8.4 2.4 2.0   0.4   0.4             0.8 82.8 250 UA,AU,GU GC,CG,UA,AU
4067 4067 23S 11 185 211   v4 G:C cWW       Strong M 0.4 3.2 7.6 5.2       0.4 0.4               82.8 250 CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
4074 4074 23S 11 186 210   v4 G:C cWW       Strong M 2.4 0.8 4.8 8.8                       0.4 82.8 250 GC,UA,AU GC,CG,UA,AU
4081 4081 23S 11 187 209   v4 G:C cWW       Strong M 10.8 0.8 0.8 4.8                         82.8 250 GC,AU GC,CG,UA,AU
4088 4088 23S 11 188 208   v4 G:C cWW       Strong M 1.2 4.8 8.0 1.2   2.0                     82.8 250 CG,UA,UG GC,CG,UA,AU
4095 4095 23S 11 194 201   v4 G:C cWW       Strong M 16.1 1.2 2.8 69.7   0.4           0.4       2.8 6.7 254 GC,UA,AU,UU GC,CG,UA,AU
4109 4109 23S 12 224 231   v4 U:A cWW       Strong M   0.4 15.0 0.4     1.6           0.4       82.3 254 UA CG,UA,AU
4116 4116 23S 12 225 230   v4 C:G cWW       Strong M   15.4 0.8 0.4 0.4                     0.8 82.3 254 CG CG,UA,GU
4130 4130 23S 13 235 262   v4 U:A cWW       Strong M   0.4 11.0 1.6 0.4   0.4     1.2   0.4 1.6     2.8 80.4 254 UA,UU CG,UA,AU
4137 4137 23S 13 236 261   v4 C:G cWW       Strong M 2.4 7.9 9.4 28.7 4.3   5.9 1.6 0.4 2.4 0.8 2.0     2.0 6.3 26.1 254 GC,CG,UA,AU,GU,AA,CA,CU,UC,UU GC,CG,UA,AU
4144 4144 23S 13 237 260   v4 C:G cWW       Strong M 1.2 25.6 17.7 10.6   2.4 1.6 0.4 3.1 2.0 0.4 3.1 0.8   3.5 13.4 14.3 254 CG,UA,AU,UG,AG,CA,CU,UC,UU GC,CG,UA,AU
4151 4151 23S 13 238 259   v4 C:G cWW       Strong M 8.7 29.5 10.6 14.6 1.2   0.4 1.2   0.8 1.2 2.8 0.4   2.4 15.0 11.5 254 GC,CG,UA,AU,CU,UC,UU GC,CG,AA,UU
4158 4158 23S 13 239 258   v4 C:G cWW       Significant M 1.2 2.4 32.7 29.5   6.7 3.5   0.4 5.5 0.4 1.2 0.4     5.5 10.7 254 CG,UA,AU,UG,AA,CA,UU GC,CG,UA,AU
4165 4165 23S 13 245 253   v4 G:C cWW       Strong M 13.4 10.2 55.1 8.3 0.8 0.4 0.8 1.2   1.6 0.4   0.4     1.6 5.9 254 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
4172 4172 23S 13 246 252   v4 C:G cWW       Strong M 19.7 5.9 11.8 46.1   7.5 0.4     0.4   0.4 0.4     1.6 5.9 254 GC,CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU
4186 4186 23S 14 266 426   v4 G:C cWW       Strong M 12.6   0.4 2.4                       0.4 84.3 254 GC,AU GC,UA,AU
4193 4193 23S 14 267 425   v4 C:G cWW       Strong M 6.3 5.1 2.8 0.4     0.4       0.4   0.4       84.3 254 GC,CG,UA GC,CG,UA,AU
4200 4200 23S 14 268 424   v4 C:G cWW       Strong M 0.4 8.7 3.5 0.4   0.4 0.4             1.2   0.8 84.3 254 CG,UA GC,CG,UA,AU
4207 4207 23S 16 271 366   v4 G:C cWW       Strong M 1.6     0.4                 0.4       97.7 254   GC,AU
4214 4214 23S 16 272 365   v4 A:U cWW       Strong M   0.4     0.4   0.4 0.4               1.2 97.3 254   CG,AA,UU
4221 4221 23S 16 273 364   v4 G:C cWW       Strong M     0.4 0.4 1.2 0.4             0.4     0.4 96.9 254   UA,GU
4228 4228 23S 16 274 363   v4 C:G cWW       Weak M 1.6       0.4 0.4                   0.8 96.9 254   GC,UU
4235 4235 23S 18 281 359   v4 C:G cWW       Weak M   1.6 1.2 1.2   0.4 0.8         0.4     0.4   94.1 254   CG,UA,AU
4242 4242 23S 18 282 358   v4 A:U cWW       Strong M     0.4 1.2 0.4   0.4 1.6 0.4     0.8       0.4 94.5 254   UA,AC,CU
4249 4249 23S 18 283 357   v4 G:C cWW       Strong M       1.6 1.6   0.8   0.8   0.4 0.4       0.8 93.7 254   AU,CC
4256 4256 23S 18 284 356   v4 U:G cWW       Weak M   0.8 1.2 0.4   0.4 0.8       0.4     0.4 0.4 1.6 93.7 254   CG,AA,UU

Next page

Advanced export

JSON shape: default, array, newline-delimited

CSV options: 

CREATE TABLE "basepair_frequency" (
   "molecule" TEXT,
   "helix_number" TEXT,
   "position_1" INTEGER,
   "position_2" INTEGER,
   "pair_note" TEXT,
   "header_format" TEXT,
   "reference_base_pair" TEXT,
   "conformation" TEXT,
   "ai_code" TEXT,
   "tertiary_type" TEXT,
   "header_extra" TEXT,
   "strength" TEXT,
   "group_code" TEXT,
   "GC" REAL,
   "CG" REAL,
   "UA" REAL,
   "AU" REAL,
   "GU" REAL,
   "UG" REAL,
   "AA" REAL,
   "AC" REAL,
   "AG" REAL,
   "CA" REAL,
   "CC" REAL,
   "CU" REAL,
   "GA" REAL,
   "GG" REAL,
   "UC" REAL,
   "UU" REAL,
   "gap" REAL,
   "Seq" INTEGER,
   "predominant_types" TEXT,
   "covarying_types" TEXT
);
CREATE INDEX "idx_basepair_frequency_molecule_position_1_position_2"
    ON "basepair_frequency" ("molecule", "position_1", "position_2");