Base-pair frequencies

predominant_types
Base-pair types shown in bold in the published table (most frequent).
covarying_types
Base-pair types marked * in the published table (involved in a covariation).
header_format
legacy = entry not yet revised to the v4 layout (no type / conformation).

1,292 rows where conformation = "cWW" and group_code = "M" sorted by position_1

✎ View and edit SQL

This data as json, CSV (advanced)

Suggested facets: reference_base_pair, GG

strength 5

molecule 2

header_format 1

  • v4 1,292

group_code 1

  • M · 1,292 ✖

conformation 1

  • cWW · 1,292 ✖
Link rowid molecule helix_number position_1 ▼ position_2 pair_note header_format reference_base_pair conformation ai_code tertiary_type header_extra strength group_code GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq predominant_types covarying_types
3521 3521 23S 1 1 2902   v4 G:C cWW       Strong M 5.9   26.5 26.5 5.9 5.9 2.9 2.9             2.9 2.9 17.6 34 GC,UA,AU,GU,UG,AA,AC,UC,UU GC,UA,AU
3528 3528 23S 1 2 2901   v4 G:C cWW       Strong M 14.7 2.9 17.6 23.5 5.9       2.9   2.9   5.9     5.9 17.6 34 GC,CG,UA,AU,GU,AG,CC,GA,UU GC,CG,UA,AU
3535 3535 23S 1 3 2900   v4 U:A cWW       Strong M   2.9 23.5 47.1       2.9       2.9     2.9   17.6 34 CG,UA,AU,AC,CU,UC CG,UA,AU
3542 3542 23S 1 4 2899   v4 U:A cWW       Strong M 8.8 2.9 29.4 23.5 2.9 2.9 5.9           2.9     2.9 17.6 34 GC,CG,UA,AU,GU,UG,AA,GA,UU GC,CG,UA,AU
3549 3549 23S 1 5 2898   v4 A:U cWW       Strong M 8.8 5.9 11.8 35.3 2.9 5.9                 2.9 5.9 20.5 34 GC,CG,UA,AU,GU,UG,UC,UU GC,CG,UA,AU
3556 3556 23S 1 6 2897   v4 A:U cWW       Strong M 5.9   29.4 26.5     5.9           5.9     5.9 20.5 34 GC,UA,AU,AA,GA,UU GC,UA,AU
3563 3563 23S 1 7 2896   v4 G:C cWW       Strong M 5.9 5.9 14.7 38.2 5.9   2.9           5.9       20.5 34 GC,CG,UA,AU,GU,AA,GA GC,CG,UA,AU
3570 3570 23S 1 8 2895   v4 C:G cWW       Weak M 2.9   29.4 20.6 5.9   5.9 5.9   2.9           5.9 20.6 34 GC,UA,AU,GU,AA,AC,CA,UU GC,UA,AU
175 175 16S 1 9 25   v4 G:C cWW       Strong M 9.5 0.5 1.1 83.8 1.4   0.3 2.3 0.3   0.6           0.3 662 GC,AU,AC GC,CG,UA,AU
182 182 16S 1 10 24   v4 A:U cWW       Strong M 82.5 0.8 0.2 12.5 2.1     0.9     0.2       0.2 0.5 0.3 663 GC,AU,GU GC,CG,UA,AU
189 189 16S 1 11 23   v4 G:C cWW       Strong M 68.9 0.5 2.1 5.4 0.5   0.2 21.3     0.2   0.2   0.5 0.2 0.3 666 GC,UA,AU,AC GC,CG,UA,AU
196 196 16S 1 12 22   v4 U:G cWW       Strong M   1.9 5.1     62.0 1.0   0.3 28.4   0.1   0.1   0.6 0.3 669 UA,UG,CA UG,CA
3577 3577 23S 2 15 525   v4 G:U cWW       Strong M 44.2 0.4 2.7 32.3 8.0 0.4 4.0 0.4 2.2       0.4   0.4   4.4 226 GC,UA,AU,GU,AA,AG GC,CG,UA,AU
3584 3584 23S 2 16 524   v4 C:G cWW       Strong M 3.5 69.7 8.8 8.8 1.3 1.8 1.3 0.4                 4.4 228 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
210 210 16S 2 17 918   v4 U:A cWW   3°: pseudoknot   Strong M   0.4 97.3 0.4   0.1 0.3     0.1     0.1 0.1 0.3 0.3 0.3 672 UA CG,UA,AU
3591 3591 23S 2 17 523   v4 G:C cWW       Strong M 7.9 0.4 0.9 5.3 4.8     0.4   0.4     0.4     0.4 79.0 228 GC,AU,GU GC,CG,UA,AU
217 217 16S 2 18 917   v4 C:G cWW   3°: pseudoknot   Strong M 3.4 90.1 4.7 0.1   0.1 0.1   0.6 0.1     0.1     0.1 0.3 675 GC,CG,UA GC,CG,UA,AU
3598 3598 23S 2 18 522   v4 U:A cWW       Strong M 1.3 7.9 5.3 4.4     0.4             0.4     80.2 228 CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
224 224 16S 2 19 916   v4 A:U cWW   3°: pseudoknot   Strong M 0.4 90.7 4.4 1.9   0.1 0.3   0.4 0.9   0.1   0.3     0.3 676 CG,UA GC,CG,UA,AU
3605 3605 23S 2 19 521   v4 A:U cWW       Strong M 0.4 3.5 3.9 10.1 0.4                     0.9 80.7 228 CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
3612 3612 23S 2 20 520   v4 C:G cWW       Strong M   2.2 11.0 5.3 0.4                       81.1 228 CG,UA,AU CG,UA,AU
3619 3619 23S 2 21 519   v4 A:U cWW       Strong M 0.4 1.3 5.7 6.1   3.1     0.4             0.9 82.1 228 UA,AU,UG GC,CG,UA,AU
3626 3626 23S 2 22 518   v4 C:G cWW       Strong M 3.1 3.1 0.9 4.4   5.7 0.4           0.4       81.9 228 GC,CG,AU,UG GC,AU,UG
3633 3633 23S 2 23 517   v4 G:C cWW       Strong M 4.8 1.3 3.9 7.5     0.4                   82.0 228 GC,UA,AU GC,CG,UA,AU
3640 3640 23S 2 24 516   v4 G:C cWW       Strong M 3.5     14.0                         82.4 228 GC,AU GC,AU
231 231 16S 3 27 556   v4 G:C cWW       Strong M 26.1 9.0 14.5 29.0 0.8 0.4 12.1 3.2 1.3 0.1 0.3 0.3 0.1 0.1 0.1 0.8 1.4 708 GC,CG,UA,AU,AA,AC GC,CG,UA,AU
238 238 16S 3 28 555   v4 A:U cWW       Strong M 1.6 44.3 14.5 17.5 1.0 3.5 0.8 7.9   3.1 0.1 2.1 0.1   0.4 2.7 0.3 709 CG,UA,AU,UG,AC,CA,CU,UU GC,CG,UA,AU
245 245 16S 3 29 554   v4 U:A cWW       Strong M 7.8 3.4 45.9 13.6 1.4 4.9 1.0 7.8 0.1 2.3 2.8 4.2 0.3   1.4 2.7 0.4 708 GC,CG,UA,AU,UG,AC,CA,CC,CU,UU GC,CG,UA,AU
252 252 16S 3 30 553   v4 U:A cWW       Strong M 44.6 0.3 11.5 39.2 2.1 0.1 0.1 1.0   0.3   0.1   0.1   0.1 0.3 711 GC,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU
3647 3647 23S 2 30 510   v4 G:C cWW   3°: base pair   Strong M 10.0 0.4 2.2 4.8 0.4                     0.4 81.6 229 GC,UA,AU GC,CG,UA,AU
3654 3654 23S 3 31 474   v4 C:G cWW       Strong M 26.0 8.2 21.2 7.4   0.4 2.6 1.3 0.9 16.5 0.9   6.9 0.4 0.4 1.3 5.6 231 GC,CG,UA,AU,AA,CA,GA GC,CG,UA,AU
259 259 16S 3 32 552   v4 A:U cWW       Strong M   1.1 84.3 12.5 0.1   0.3   0.3 0.3     0.1   0.1 0.4 0.4 712 UA,AU CG,UA,AU
3661 3661 23S 3 32 473   v4 C:G cWW       Strong M   79.3 3.9 2.6 0.4 1.7 0.4     4.3 0.4 0.4     0.4 0.4 5.6 232 CG,UA,AU,CA CG,UA,AU
266 266 16S 3 33 551   v4 A:U cWW       Strong M 0.4 22.2 62.2 11.5 1.4   0.3     0.1     0.1     0.3 1.3 712 CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
273 273 16S 3 34 550   v4 C:G cWW       Strong M 6.7 11.3 2.9 71.0 3.2 0.6 0.3 2.4       0.1 0.1     0.7 0.6 714 GC,CG,UA,AU,GU,AC GC,CG,UA,AU
280 280 16S 3 35 549   v4 G:C cWW       Weak M 12.1 0.4 1.8 31.0 44.2   0.3 8.2   0.4 0.1     0.1 0.5 0.5 0.3 733 GC,AU,GU,AC CG,UA,GU,AC
3668 3668 23S 4 35 445   v4 G:C cWW       Strong M 85.0     3.9   0.9 0.9                 0.9 8.5 233 GC,AU GC,AU,UG
287 287 16S 3 36 548   v4 C:G cWW       Strong M   35.6 57.1 0.4 0.1 4.6 0.4 0.1 0.1 1.0         0.1 0.1 0.3 736 CG,UA,UG CG,UA,AU
3675 3675 23S 4 36 444   v4 G:C cWW       Strong M 7.7 73.0 1.7 6.0 0.9   0.4     0.4     0.9       9.0 233 GC,CG,AU GC,CG,UA,AU
3682 3682 23S 4 37 442   v4 C:G cWW       Strong M 1.3 48.5 31.3 4.3   3.4 0.4     0.4             10.3 233 CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU
3689 3689 23S 4 38 441   v4 A:U cWW       Strong M 0.4 42.9 26.6 14.2 1.3 2.1 0.9     0.9   0.4         10.2 233 CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU
301 301 16S 4 39 403   v4 G:C cWW       Weak M 8.0 1.3 67.2 6.3 0.8 1.1 1.1 0.4 0.1 4.6 0.8 0.8 0.1 0.1 0.7 5.5 1.1 747 GC,UA,AU,CA,UU GC,CG,UA,AU
3696 3696 23S 4 39 440   v4 G:C cWW       Strong M 3.4 1.3 18.5 28.3     5.2 6.0   0.9 3.4 2.6 1.3     1.7 27.5 233 GC,UA,AU,AA,AC,CC,CU GC,CG,UA,AU
308 308 16S 4 40 402   v4 C:G cWW       Strong M 1.3 13.6 56.3 21.1 0.4 1.1 2.3 0.5 0.3 1.6   0.1 0.1     0.9 0.3 749 CG,UA,AU,AA GC,CG,UA,AU
3703 3703 23S 4 40 439   v4 U:A cWW       Strong M 1.3 0.4 10.7 7.7 0.4                       79.3 233 UA,AU GC,CG,UA,AU
315 315 16S 4 41 401   v4 G:C cWW       Strong M 26.0 5.9 5.9 56.4 1.3 0.5 1.1 0.4 0.1 0.1     0.3 0.1 1.3 0.3 0.3 750 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
3710 3710 23S 4 41 438   v4 C:G cWW       Strong M 2.1 0.9 6.4 7.7 0.4 0.4                     82.0 233 GC,UA,AU GC,CG,UA,AU
322 322 16S 4 42 400   v4 G:C cWW       Strong M 21.4 43.1 12.5 19.1 1.1 1.5 0.1     0.1 0.1 0.1 0.3       0.5 758 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
3717 3717 23S 4 42 437   v4 A:U cWW       Strong M 3.0 0.9 2.1 11.6                         82.5 233 GC,UA,AU GC,CG,UA,AU
329 329 16S 4 43 399   v4 C:G cWW       Strong M 2.1 21.5 61.8 7.5 0.5 2.9 0.4 0.3   1.1 0.1   0.3   0.3 0.9 0.4 759 GC,CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU
3724 3724 23S 4 43 436   v4 G:C cWW       Strong M 4.7   4.7 8.2           0.4             82.0 233 GC,UA,AU GC,UA,AU
336 336 16S 4 44 398   v4 A:U cWW       Strong M 8.4 7.2 17.8 59.9   0.1 1.6 1.6 0.1 0.5 0.3 0.1 0.8 0.3 0.3 0.8 0.3 760 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
3731 3731 23S 4 44 434   v4 A:U cWW       Strong M 2.1   7.3 6.0   0.4               0.9   1.3 81.9 233 GC,UA,AU GC,UA,AU
343 343 16S 4 45 396   v4 G:C cWW       Strong M 24.8 1.3 10.9 48.6 6.2 0.3 0.7 6.2           0.1 0.1 0.5 0.4 763 GC,UA,AU,GU,AC GC,CG,UA,AU
3738 3738 23S 4 45 433   v4 G:C cWW       Strong M 0.9 0.4 6.0 8.6   0.9   0.4             0.4 0.4 81.9 233 UA,AU GC,CG,UA,AU
350 350 16S 4 46 395   v4 G:C cWW       Strong M 21.6 0.4 0.9 63.8 4.7 0.3 0.1 5.7 0.3   0.3 0.7 0.3   0.1 0.5 0.4 768 GC,AU,GU,AC GC,CG,UA,AU
3745 3745 23S 4.1 46 179   v4 G:C cWW       Strong M 1.7   0.4 1.7     1.3   0.4 1.3     2.1   0.4 2.1 88.3 233 GA,UU AG,GA,UU
357 357 16S 5 47 361   v4 C:G cWW   3°: base pair   Strong M   10.2 1.4 19.9 1.3 0.1 0.1 5.6   0.3 10.6 26.0 0.5   0.9 22.4 0.7 773 CG,AU,AC,CC,CU,UU UA,AC,CU
3752 3752 23S 4.1 47 178   v4 C:G cWW       Strong M 0.4   0.4 0.9 2.1                       96.1 233 GU UA,GU
364 364 16S 5 52 359   v4 C:G cWW       Strong M 0.4 70.8 26.0 0.4   0.9       0.6 0.1     0.1     0.7 789 CG,UA GC,CG,UA,AU
371 371 16S 5 53 358   v4 A:U cWW       Strong M   0.1   97.7 0.9 0.1 0.1 0.1               0.3 0.7 792 AU AU,UG
378 378 16S 5 54 357   v4 C:G cWW       Weak M   96.6 0.1     2.1 0.1   0.3     0.1         0.6 791 CG,UG CG,AA
3766 3766 23S 5 54 116   v4 G:C cWW       Strong M 7.3 0.4 1.7 4.3                         86.3 233 GC,AU GC,CG,UA,AU
3773 3773 23S 5 55 115   v4 G:C cWW       Strong M 9.9 0.9   1.7 0.9       0.4       0.4       85.8 233 GC GC,CG,AU
385 385 16S 5 56 356   v4 U:A cWW       Weak M     98.6     0.3       0.5             0.6 793 UA  
3780 3780 23S 5 56 114   v4 A:U cWW       Strong M 1.3   1.7 7.7   1.3 0.9 0.4 0.4             0.4 85.9 233 AU GC,UA,AU
392 392 16S 5 57 355   v4 G:C cWW       Strong M 97.5     0.5       0.7         0.5 0.1     0.7 824 GC GC,AU
3787 3787 23S 6 57 70   v4 C:G cWW       Strong M 0.9 9.0 1.3 4.7     0.4     0.4             83.3 233 CG,AU GC,CG,UA,AU
399 399 16S 5 58 354   v4 C:G cWW       Weak M 0.4 96.1 0.2 0.2   1.6 0.1   0.4         0.1   0.2 0.6 827 CG GC,CG,UA,AU
3794 3794 23S 6 58 69   v4 G:C cWW       Strong M 10.3   3.0 1.3 0.4   0.4 1.3                 83.3 233 GC,UA GC,UA,AU
3801 3801 23S 6 59 68   v4 U:G cWW       Strong M   3.9 6.0 4.3   1.7 0.4 0.4                 83.3 233 CG,UA,AU CG,UA,AU
406 406 16S 6 61 106   v4 G:C cWW       Strong M 81.9     13.8 1.4 0.1 0.2 0.6   0.1     0.1 0.2     1.3 828 GC,AU GC,AU,UG,CA
3808 3808 23S 6.1 61 93   v4 C:G cWW   3°: pseudoknot   Strong M     0.4 0.9     1.3   0.9   0.4   0.9 0.9 0.4 2.6 91.5 233 UU AA,CC,GG,UU
413 413 16S 6 62 105   v4 U:G cWW       Weak M 1.0 4.7 4.0 1.3   68.2 0.5 1.8 1.0 6.8 3.9 0.1     0.8 1.0 4.7 827 CG,UA,UG,CA,CC UG,AC,CA
3815 3815 23S 6.1 62 92   v4   cWW   3°: pseudoknot   Strong M   0.4 0.9 2.1 0.4 1.3 2.1       0.9 0.9 0.4 0.4   2.1 88.0 233 AU,AA,UU AU,UG,CC,GA
420 420 16S 6 63 104   v4 C:G cWW       Strong M   8.9 1.7 0.7   0.1             0.1       88.4 867 CG CG,UA,AU
3822 3822 23S 6.1 64 90   v4 A:U cWW   3°: pseudoknot   Significant M   0.4 0.4 2.1 0.4   0.4 0.4 1.7   0.9 0.9 1.3     1.3 89.7 233 AU AU,CC,GA
3829 3829 23S 6.1 65 89   v4 U:A cWW   3°: pseudoknot   Strong M 0.4 0.4 0.4 1.3     0.4 0.4 1.3 0.4     2.6       92.1 233 GA AG,GA
427 427 16S 6 66 103   v4 A:U cWW       Strong M 0.1 0.2 0.7 10.2   0.2       0.2           0.1 88.0 830 AU GC,CG,UA,AU
3836 3836 23S 6.1 66 88   v4 C:G cWW   3°: pseudoknot   Weak M 0.4   0.9 1.7 0.4       2.6   0.4   0.9     0.9 91.7 233 AG UA,GU,AG,CC
434 434 16S 6 67 102   v4 C:G cWW       Strong M 0.2 8.6 1.9 0.6   0.2 0.1                 0.1 88.1 830 CG GC,CG,UA,AU
441 441 16S 6 68 101   v4 G:A cWW   3°: base pair   Weak M 1.2   0.4 0.7 1.2       0.1       6.9 0.1   0.1 89.2 830 GA AU,GA
448 448 16S 6 69 99   v4 G:C cWW       Strong M   0.2 4.6 0.5     0.5   3.3 0.1 0.1   0.1     0.4 90.3 830 UA,AG UA,AG,CC
455 455 16S 6 70 98   v4 U:A cWW       Strong M 0.1 0.1 2.7 0.6 0.2       0.1 3.1         2.3 0.4 90.3 830 UA,CA,UC AU,CA,UC
462 462 16S 6 73 97   v4 C:G cWW       Strong M   0.1 4.2 3.6     0.7   0.1     0.1       0.5 90.5 830 UA,AU CG,UA,AU
469 469 16S 6 74 96   v4 A:U cWW       Strong M   0.6 2.9 0.4   3.1 0.2     0.1           1.9 90.7 830 UA,UG AU,UG,CA
476 476 16S 6 75 95   v4 G:C cWW       Strong M   0.1 4.1 0.1   2.0 1.4 0.1 0.1       0.1     0.5 91.2 830 UA,UG CG,UA,AU
483 483 16S 6 76 93   v4 G:U cWW       Strong M   2.3 0.2 3.0 0.1   0.2 0.5       0.1       1.2 92.3 830 CG,AU CG,UA,AU
3850 3850 23S 7 76 110   v4 C:G cWW       Strong M 2.1 3.8 5.1 0.4   0.9 0.9   0.4             0.4 86.0 234 GC,CG,UA GC,CG,UA,AU
490 490 16S 6 77 92   v4 A:U cWW       Strong M 2.8   1.1 0.6 2.8   0.4             0.1     92.2 830 GC,GU GC,UA,AU
3857 3857 23S 7 77 109   v4 G:C cWW       Strong M 1.3 4.3 3.8 3.8   0.9                     86.0 234 CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
497 497 16S 6 78 91   v4 A:U cWW       Strong M     3.1 0.8 1.8   0.5             0.1   0.1 93.4 830 UA UA,GU
3864 3864 23S 7 78 108   v4 U:G cWW       Strong M 1.3   2.6 9.4 0.4   0.4                   85.9 234 UA,AU GC,UA,AU
504 504 16S 6 79 90   v4 G:C cWW       Strong M   0.1 3.0 0.4         0.4       0.1 1.8   0.1 94.1 830 UA UA,AU,GG
3871 3871 23S 7 79 107   v4 C:G cWW       Strong M 1.3 0.9 6.8 3.4   1.7                     85.8 234 UA,AU GC,CG,UA,AU
511 511 16S 6 80 89   v4 A:U cWW       Strong M 0.1   0.4 0.1     0.2 0.1   0.4 0.1   1.8     0.4 96.4 830   CC,GA,UU
3878 3878 23S 7 80 106   v4 G:C cWW       Strong M 3.8 1.3 1.7 6.4 0.9 0.4                     85.4 234 GC,AU GC,CG,UA,AU
518 518 16S 6 81 88   v4 A:U cWW       Strong M 0.1   0.1 1.1 0.1   0.4 0.6 0.5 0.4           0.4 96.4 830   GC,AU,CA
3885 3885 23S 7 81 105   v4 G:C cWW       Strong M 4.3 0.4 2.6 3.0 0.4 0.9 0.4 0.4                 87.6 234 GC,UA,AU GC,CG,UA,AU
525 525 16S 6 82 87   v4 G:C cWW       Strong M   0.1 0.5 0.6   0.1     0.1 0.1     1.7 0.1   0.4 96.2 830   CG,AU,GA

Next page

Advanced export

JSON shape: default, array, newline-delimited

CSV options: 

CREATE TABLE "basepair_frequency" (
   "molecule" TEXT,
   "helix_number" TEXT,
   "position_1" INTEGER,
   "position_2" INTEGER,
   "pair_note" TEXT,
   "header_format" TEXT,
   "reference_base_pair" TEXT,
   "conformation" TEXT,
   "ai_code" TEXT,
   "tertiary_type" TEXT,
   "header_extra" TEXT,
   "strength" TEXT,
   "group_code" TEXT,
   "GC" REAL,
   "CG" REAL,
   "UA" REAL,
   "AU" REAL,
   "GU" REAL,
   "UG" REAL,
   "AA" REAL,
   "AC" REAL,
   "AG" REAL,
   "CA" REAL,
   "CC" REAL,
   "CU" REAL,
   "GA" REAL,
   "GG" REAL,
   "UC" REAL,
   "UU" REAL,
   "gap" REAL,
   "Seq" INTEGER,
   "predominant_types" TEXT,
   "covarying_types" TEXT
);
CREATE INDEX "idx_basepair_frequency_molecule_position_1_position_2"
    ON "basepair_frequency" ("molecule", "position_1", "position_2");