Base-pair frequencies

predominant_types
Base-pair types shown in bold in the published table (most frequent).
covarying_types
Base-pair types marked * in the published table (involved in a covariation).
header_format
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460 rows where conformation = "cWW", group_code = "C" and molecule = "16S" sorted by position_1

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Suggested facets: reference_base_pair, AA, AC, AG, CA, CC, CU, GA, GG, UC, UU

strength 4

tertiary_type 2

molecule 1

  • 16S · 460 ✖

header_format 1

group_code 1

conformation 1

  • cWW · 460 ✖
Link rowid molecule helix_number position_1 ▼ position_2 pair_note header_format reference_base_pair conformation ai_code tertiary_type header_extra strength group_code GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq predominant_types covarying_types
173 173 16S 1 9 25   v4 G:C cWW       Strong C 97.6             1.6     0.8             123 GC  
180 180 16S 1 10 24   v4 A:U cWW       Strong C       100.0                           124 AU  
187 187 16S 1 11 23   v4 G:C cWW       Strong C 99.2             0.8                   125 GC  
194 194 16S 1 12 22   v4 U:G cWW       Strong C           99.2               0.8       126 UG  
208 208 16S 2 17 918   v4 U:A cWW   3°: pseudoknot   Strong C     100.0                             117 UA  
215 215 16S 2 18 917   v4 C:G cWW   3°: pseudoknot   Strong C   99.2             0.8                 118 CG  
222 222 16S 2 19 916   v4 A:U cWW   3°: pseudoknot   Strong C   91.5             8.5                 117 CG,AG  
229 229 16S 3 27 556   v4 G:C cWW       Strong C 97.7     1.5 0.8                         132 GC GC,AU
236 236 16S 3 28 555   v4 A:U cWW       Strong C 94.0     3.8 1.5     0.8                   133 GC,AU GC,AU
243 243 16S 3 29 554   v4 U:A cWW       Strong C 1.5     93.3 3.7                     1.5   134 AU,GU GC,AU
250 250 16S 3 30 553   v4 U:A cWW       Strong C   2.2 92.5 1.5   0.7             3.0         134 CG,UA,GA CG,UA,AU
257 257 16S 3 32 552   v4 A:U cWW       Strong C       100.0                           135 AU  
264 264 16S 3 33 551   v4 A:U cWW       Strong C     1.5 97.8               0.7           135 AU UA,AU
271 271 16S 3 34 550   v4 C:G cWW       Strong C   98.5       0.7       0.7               136 CG  
278 278 16S 3 35 549   v4 G:C cWW       Weak C 86.8       13.2                         136 GC,GU  
285 285 16S 3 36 548   v4 C:G cWW       Strong C   99.3                       0.7       152 CG  
299 299 16S 4 39 403   v4 G:C cWW       Weak C 98.1     0.6 0.6                   0.6     154 GC GC,AU
306 306 16S 4 40 402   v4 C:G cWW       Strong C   96.1 1.3 0.6     1.3   0.6                 155 CG CG,UA,AU
313 313 16S 4 41 401   v4 G:C cWW       Strong C 92.9     4.5 0.6     0.6             1.3     154 GC,AU GC,AU
320 320 16S 4 42 400   v4 G:C cWW       Strong C 94.8     3.2 0.6     0.6               0.6   155 GC,AU GC,AU
327 327 16S 4 43 399   v4 C:G cWW       Strong C   58.3 39.1 0.6   0.6       0.6       0.6       156 CG,UA CG,UA,AU
334 334 16S 4 44 398   v4 A:U cWW       Strong C 7.1     91.0       0.6       0.6       0.6   156 GC,AU GC,AU
341 341 16S 4 45 396   v4 G:C cWW       Strong C 0.6   93.6     5.8                       156 UA,UG GC,UA
348 348 16S 4 46 395   v4 G:C cWW       Strong C 97.4     1.9                   0.6       156 GC GC,AU
355 355 16S 5 47 361   v4 C:G cWW   3°: base pair   Strong C   96.8               0.6 1.3     0.6     0.6 156 CG  
362 362 16S 5 52 359   v4 C:G cWW       Strong C   96.2 2.6             0.6             0.6 156 CG,UA CG,UA
369 369 16S 5 53 358   v4 A:U cWW       Strong C       100.0                           158 AU  
376 376 16S 5 54 357   v4 C:G cWW       Weak C   100.0                               158 CG  
383 383 16S 5 56 356   v4 U:A cWW       Weak C     100.0                             158 UA  
390 390 16S 5 57 355   v4 G:C cWW       Strong C 99.4             0.6                   157 GC  
397 397 16S 5 58 354   v4 C:G cWW       Weak C   100.0                               158 CG  
404 404 16S 6 61 106   v4 G:C cWW       Strong C 97.5     2.5                           162 GC,AU GC,AU
411 411 16S 6 62 105   v4 U:G cWW       Weak C           99.4                     0.6 162 UG  
418 418 16S 6 63 104   v4 C:G cWW       Strong C   85.8 6.8     6.8           0.6           162 CG,UA,UG CG,UA
425 425 16S 6 66 103   v4 A:U cWW       Strong C       100.0                           163 AU  
432 432 16S 6 67 102   v4 C:G cWW       Strong C   95.7 1.8 0.6             1.2         0.6   163 CG CG,UA,AU
439 439 16S 6 68 101   v4 G:A cWW   3°: base pair   Weak C 1.8   2.4 0.6 0.6               92.7 1.8       164 UA,GA AU,GA
446 446 16S 6 69 99   v4 G:C cWW       Strong C 31.7 1.8 1.2 28.0 11.6   4.9 7.9 5.5   1.8   2.4 0.6   1.8 0.6 164 GC,AU,GU,AA,AC,AG,GA GC,CG,UA,AU
453 453 16S 6 70 98   v4 U:A cWW       Strong C 34.4   3.1 36.2 13.5 1.2   1.8     0.6   2.5 1.8   2.5 2.4 163 GC,UA,AU,GU,GA,UU GC,UA,AU
460 460 16S 6 73 97   v4 C:G cWW       Strong C   0.6 3.0 1.8 1.2   1.2           0.6   0.6 3.0 87.8 164 UA,UU CG,UA,AU
467 467 16S 6 74 96   v4 A:U cWW       Strong C     2.4 1.2 0.6   1.8           1.2 2.4   3.0 87.2 164 UA,GG,UU AA,GG,UU
474 474 16S 6 75 95   v4 G:C cWW       Strong C   0.6 4.3 3.0 0.6   1.2       1.8 0.6     0.6 1.2 85.9 164 UA,AU UA,AU,CC
481 481 16S 6 76 93   v4 G:U cWW       Strong C 1.2 4.3 7.9 14.6 0.6 1.8   0.6 3.0             0.6 65.2 164 CG,UA,AU,AG GC,CG,UA,AU
488 488 16S 6 77 92   v4 A:U cWW       Strong C 0.6 1.8 12.8 17.7 2.4       1.2         0.6     62.8 164 UA,AU,GU GC,CG,UA,AU
495 495 16S 6 78 91   v4 A:U cWW       Strong C 3.0 1.8 17.6 5.5 9.1 1.2 0.6   0.6     0.6     0.6   59.4 165 GC,UA,AU,GU CG,UA,GU
502 502 16S 6 79 90   v4 G:C cWW       Strong C 3.6 10.3 7.9 30.9 2.4 3.0 0.6     0.6     0.6 0.6     39.4 165 GC,CG,UA,AU,GU,UG GC,CG,UA,AU
509 509 16S 6 80 89   v4 A:U cWW       Strong C 18.2 8.5 12.7 50.3 0.6 1.2   1.8             0.6 0.6 5.5 165 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
516 516 16S 6 81 88   v4 A:U cWW       Strong C 9.1 9.1 33.3 23.6 13.9 7.3             1.8       1.8 165 GC,CG,UA,AU,GU,UG GC,CG,UA,AU
523 523 16S 6 82 87   v4 G:C cWW       Strong C 7.3 21.2 29.1 13.3 10.9 14.5 0.6                 1.2 1.8 165 GC,CG,UA,AU,GU,UG GC,CG,UA,AU
530 530 16S 6.1 113 314   v4 G:C cWW       Strong C 99.4 0.6                               164 GC GC,CG
537 537 16S 6.1 114 313   v4 U:A cWW       Strong C     99.4       0.6                     164 UA  
544 544 16S 6.1 115 312   v4 G:C cWW       Strong C 99.4                   0.6             164 GC  
551 551 16S 7 122 239   v4 G:U cWW       Strong C 0.6     18.5 56.0     11.3 13.1               0.6 168 AU,GU,AC,AG GU,AG
558 558 16S 7 123 238   v4 U:A cWW       Strong C   92.8 6.0 0.6                         0.6 167 CG,UA CG,UA,AU
565 565 16S 7 124 237   v4 C:G cWW       Strong C 92.8     6.0                         1.2 167 GC,AU GC,AU
572 572 16S 7 125 236   v4 U:A cWW       Strong C     11.4     87.3                     1.2 166 UA,UG  
579 579 16S 7 126 235   v4 G:C cWW       Strong C 29.3     49.1 2.4     18.6                 0.6 167 GC,AU,GU,AC GC,AU
586 586 16S 7 127 234   v4 G:C cWW       Strong C 1.2     97.6 0.6                       0.6 167 AU GC,AU
593 593 16S 7 128 233   v4 G:C cWW       Strong C 97.0     1.8                         1.2 167 GC GC,AU
600 600 16S 7 129 232   v4 A:G cWW   3°: base pair   Strong C     0.6 4.8   1.8     91.0       0.6 0.6     0.6 167 AU,AG UA,AG
607 607 16S 7 131 231   v4 A:U cWW       Strong C   50.6 48.2                     0.6     0.6 166 CG,UA CG,UA
614 614 16S 7 132 230   v4 C:G cWW       Strong C 0.6 83.7 12.0 0.6   1.8 0.6                   0.6 166 CG,UA GC,CG,UA,AU
621 621 16S 7 136 227   v4 C:G cWW       Strong C 3.6 88.0 4.2 0.6   0.6 1.8     0.6   0.6           167 GC,CG,UA GC,CG,UA,AU
628 628 16S 7 137 226   v4 U:G cWW       Strong C   58.1 38.3 0.6           1.2     0.6     1.2   167 CG,UA CG,UA,AU
635 635 16S 7 138 225   v4 G:C cWW       Strong C   6.6 69.5 3.0   17.4       1.8           1.8   167 CG,UA,AU,UG CG,UA,AU
642 642 16S 7 139 224   v4 A:U cWW       Strong C   3.6 67.1 1.8 0.6 22.8 1.2 0.6         1.2     1.2   167 CG,UA,UG CG,UA,AU
649 649 16S 7 140 223   v4 U:A cWW       Strong C 33.5 6.0 10.8 39.5 5.4 0.6   0.6 0.6 0.6         0.6 0.6 1.2 167 GC,CG,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU
656 656 16S 7 141 222   v4 G:C cWW       Strong C 94.0 0.6 0.6 3.6 0.6                     0.6   167 GC,AU GC,CG,UA,AU
663 663 16S 7 142 221   v4 G:C cWW       Strong C 92.2 0.6 1.2 3.6 0.6 0.6   0.6             0.6     167 GC,AU GC,CG,UA,AU
670 670 16S 8 144 178   v4 G:C cWW       Strong C 76.8 3.6 3.0 8.3 2.4   0.6 1.2       0.6 1.2       2.4 168 GC,CG,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU
677 677 16S 8 145 177   v4 G:G cWW   3°: base pair   Strong C 72.6     17.9 1.8   0.6 0.6         0.6 3.6     2.4 168 GC,AU,GG GC,AU
684 684 16S 8 146 176   v4 G:C cWW       Strong C 81.0   1.2 14.3 1.2   0.6       0.6           1.2 168 GC,AU GC,UA,AU
691 691 16S 8 147 175   v4 G:C cWW       Strong C 94.0   0.6 1.8 1.2   1.8                   0.6 168 GC GC,UA,AU
705 705 16S 8 153 168   v4 C:G cWW       Strong C   91.7 0.6     1.8 0.6     1.8 0.6           3.0 168 CG CG,AA
712 712 16S 8 154 167   v4 U:A cWW       Strong C 1.2 5.4 9.5 73.8 1.2   1.2   1.2     0.6       4.8 1.2 168 CG,UA,AU,UU GC,CG,UA,AU
719 719 16S 8 155 166   v4 A:U cWW       Strong C 42.8 1.2 4.2 26.5 11.4 3.0 1.2 1.8             1.8 4.8 1.2 166 GC,UA,AU,GU,UG,UU GC,CG,UA,AU
726 726 16S 8 156 165   v4 C:G cWW       Strong C   57.5 24.6 6.0 1.2 5.4     1.2 1.2   0.6   0.6   1.2 0.6 167 CG,UA,AU,UG CG,UA,AU
733 733 16S 8 157 164   v4 U:G cWW       Strong C 4.8 3.0 6.5 0.6 6.0 78.0 0.6                   0.6 168 GC,CG,UA,GU,UG GU,UG,AA
740 740 16S 8 158 163   v4 G:C cWW       Strong C 89.9 1.2 3.0 2.4 1.2   0.6 0.6             0.6   0.6 168 GC,UA,AU GC,CG,UA,AU
747 747 16S 9 184 193   v4 G:C cWW       Strong C 33.7 1.2 3.6 7.1 52.7             0.6         1.2 169 GC,UA,AU,GU CG,UA,GU
754 754 16S 9 185 192   v4 U:A cWW       Strong C   89.9 4.1 3.6   0.6       0.6             1.2 169 CG,UA,AU CG,UA,AU
761 761 16S 9 186 191   v4 C:G cWW       Strong C   14.9 76.2 1.8 0.6 4.8       0.6             1.2 168 CG,UA,UG CG,UA,AU
768 768 16S 10 198 219   v4 G:U cWW       Strong C 61.5 4.1 0.6 18.3 5.9   0.6 0.6 0.6       1.2 0.6 0.6 1.8 3.6 169 GC,CG,AU,GU GC,CG,UA,AU
775 775 16S 10 199 218   v4 A:U cWW       Strong C 64.5 1.2 0.6 23.7 4.1     0.6     0.6 0.6   0.6     3.6 169 GC,AU,GU GC,CG,UA,AU
782 782 16S 10 200 217   v4 G:C cWW       Strong C 1.2 0.6 15.4 60.4 0.6 0.6 0.6       0.6 1.2 0.6 1.2   0.6 16.6 169 UA,AU GC,CG,UA,AU
789 789 16S 10 201 216   v4 G:U cWW       Strong C 3.6 0.6 4.1 5.3 0.6 1.8 0.6 0.6               0.6 82.3 169 GC,UA,AU GC,CG,UA,AU
796 796 16S 10 202 215   v4 G:C cWW       Strong C     7.7 0.6   0.6                 0.6   90.6 169 UA UA,AU
803 803 16S 10 203 214   v4 G:C cWW       Strong C 1.2 0.6 1.2 1.8 1.2   0.6             0.6     92.9 169   GC,CG,UA,AU
810 810 16S 10 206 213   v4 C:G cWW       Strong C   0.6   2.4                         97.1 169 AU CG,AU
817 817 16S 10 207 212   v4 C:G cWW       Strong C     1.8 1.2     0.6                   96.5 169   UA,AU
824 824 16S 11 240 286   v4 G:C cWW       Strong C   97.6 1.2             0.6             0.6 169 CG CG,UA
831 831 16S 11 241 285   v4 G:C cWW       Strong C   1.2 97.6                   0.6       0.6 169 UA CG,UA
838 838 16S 11 242 284   v4 G:C cWW       Strong C 97.0     1.8                 0.6       0.6 169 GC GC,AU
845 845 16S 11 245 283   v4 U:U cWW   3°: base pair   Strong C           0.6           0.6       98.8   170 UU  
852 852 16S 11 247 277   v4 G:C cWW       Strong C 97.1     0.6 2.4                         170 GC,GU GC,AU
859 859 16S 11 248 276   v4 C:G cWW       Strong C   95.3 2.9     1.8                       170 CG,UA CG,UA
866 866 16S 11 249 275   v4 U:G cWW       Strong C           97.6       2.4               170 UG,CA UG,CA
873 873 16S 11 252 274   v4 U:A cWW       Strong C     97.6 2.4                           170 UA,AU UA,AU
880 880 16S 11 253 273   v4 A:U cWW       Strong C     99.4     0.6                       170 UA  
887 887 16S 11 254 272   v4 G:C cWW       Strong C 98.8     1.2                           170 GC GC,AU

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JSON shape: default, array, newline-delimited

CSV options: 

CREATE TABLE "basepair_frequency" (
   "molecule" TEXT,
   "helix_number" TEXT,
   "position_1" INTEGER,
   "position_2" INTEGER,
   "pair_note" TEXT,
   "header_format" TEXT,
   "reference_base_pair" TEXT,
   "conformation" TEXT,
   "ai_code" TEXT,
   "tertiary_type" TEXT,
   "header_extra" TEXT,
   "strength" TEXT,
   "group_code" TEXT,
   "GC" REAL,
   "CG" REAL,
   "UA" REAL,
   "AU" REAL,
   "GU" REAL,
   "UG" REAL,
   "AA" REAL,
   "AC" REAL,
   "AG" REAL,
   "CA" REAL,
   "CC" REAL,
   "CU" REAL,
   "GA" REAL,
   "GG" REAL,
   "UC" REAL,
   "UU" REAL,
   "gap" REAL,
   "Seq" INTEGER,
   "predominant_types" TEXT,
   "covarying_types" TEXT
);
CREATE INDEX "idx_basepair_frequency_molecule_position_1_position_2"
    ON "basepair_frequency" ("molecule", "position_1", "position_2");