Base-pair frequencies

predominant_types
Base-pair types shown in bold in the published table (most frequent).
covarying_types
Base-pair types marked * in the published table (involved in a covariation).
header_format
legacy = entry not yet revised to the v4 layout (no type / conformation).

89 rows where conformation = "cWW", group_code = "A" and strength = "Weak" sorted by position_1

✎ View and edit SQL

This data as json, CSV (advanced)

Suggested facets: reference_base_pair, UA, AU, GU, UG, AA, CA, CC, GG, gap, covarying_types

tertiary_type 2

molecule 2

strength 1

  • Weak · 89 ✖

header_format 1

group_code 1

conformation 1

  • cWW · 89 ✖
Link rowid molecule helix_number position_1 ▼ position_2 pair_note header_format reference_base_pair conformation ai_code tertiary_type header_extra strength group_code GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq predominant_types covarying_types
3567 3567 23S 1 8 2895   v4 C:G cWW       Weak A 24.2 24.2 27.3 3.0   3.0         3.0           15.1 33 GC,CG,UA,AU,UG,CC GC,CG,UA,AU
277 277 16S 3 35 549   v4 G:C cWW       Weak A 3.8 1.1     94.0             0.5         0.5 184 GC,GU CG,GU
298 298 16S 4 39 403   v4 G:C cWW       Weak A     99.0     1.0                       193 UA  
375 375 16S 5 54 357   v4 C:G cWW       Weak A   97.5               2.5               201 CG,CA  
382 382 16S 5 56 356   v4 U:A cWW       Weak A     97.5                           2.5 201 UA  
396 396 16S 5 58 354   v4 C:G cWW       Weak A 19.0 76.5       0.5         1.5           2.5 200 GC,CG GC,CG
410 410 16S 6 62 105   v4 U:G cWW       Weak A           100.0                       202 UG  
3833 3833 23S 6.1 66 88   v4 C:G cWW   3°: pseudoknot   Weak A   94.4 5.6                             36 CG,UA CG,UA
438 438 16S 6 68 101   v4 G:A cWW   3°: base pair   Weak A 78.9     6.0 0.5 1.0             11.6 0.5     1.5 199 GC,AU,GA GC,AU,UG
4043 4043 23S 10 158 168   v4 U:G cWW       Weak A           2.8     5.6 2.8             88.9 36 UG,AG,CA AG,CA
4225 4225 23S 16 274 363   v4 C:G cWW       Weak A 33.3 30.6 8.3     2.8         5.6   5.6   13.9     36 GC,CG,UA,UG,CC,GA,UC GC,CG,UA
4232 4232 23S 18 281 359   v4 C:G cWW       Weak A 19.4 33.3 25.0 8.3 5.6           2.8       5.6     36 GC,CG,UA,AU,GU,CC,UC GC,CG,UA,AU
4253 4253 23S 18 284 356   v4 U:G cWW       Weak A   72.2 2.8 5.6 2.8 11.1       5.6               36 CG,UA,AU,GU,UG,CA CG,UA,AU
949 949 16S 12 292 308   v4 G:C cWW       Weak A 100.0                                 229 GC  
4316 4316 23S 18 293 347   v4 U:A cWW       Weak A   2.8 44.4   2.8 16.7 19.4             11.1     2.8 36 CG,UA,GU,UG,AA,GG UA,GG
4414 4414 23S 20 327 335   v4 G:C cWW       Weak A 100.0                                 36 GC  
1047 1047 16S 14 342 347   v4 C:G cWW       Weak A 2.2 92.9       0.4                     4.5 224 GC,CG GC,CG
4442 4442 23S 21 378 396   v4 C:G cWW       Weak A 5.4 27.0     18.9 48.6                       37 GC,CG,GU,UG GU,UG
4470 4470 23S 21 382 392   v4 A:U cWW       Weak A   21.6                           78.4   37 CG,UU CG,UU
1117 1117 16S 16 406 436   v4 G:C cWW       Weak A 97.7       0.5     0.5     0.5           1.0 218 GC  
1145 1145 16S 16 416 427   v4 G:U cWW       Weak A                                 100.0 237    
1166 1166 16S 16 419 424   v4 C:G cWW       Weak A                                 100.0 237    
4631 4631 23S 25 538 555   v4 A:G cWW   3°: base pair   Weak A 70.3     5.4 24.3                         37 GC,AU,GU GC,AU
4687 4687 23S 25.1 564 577   v4 C:G cWW       Weak A   100.0                               37 CG  
1425 1425 16S 19.1 571 865   v4 U:A cWW   3°: pseudoknot   Weak A     100.0                             220 UA  
1474 1474 16S 20 584 757   v4 G:U cWW       Weak A 1.8     0.5 97.7                         219 GU  
1537 1537 16S 21 594 645   v4 U:G cWW       Weak A   26.0 15.2 3.9   51.5 1.7     1.7               231 CG,UA,AU,UG AU,UG,CA
1551 1551 16S 21 597 643   v4 G:C cWW       Weak A 95.7             3.9                 0.4 233 GC,AC  
4827 4827 23S 27 600 657   v4 G:U cWW       Weak A 21.6     8.1 70.3                         37 GC,AU,GU  
1607 1607 16S 21 605 633   v4 U:G cWW       Weak A 30.4 10.4   2.2 7.0 47.8               0.4 0.4   1.3 230 GC,CG,AU,GU,UG GC,AU,UG
4925 4925 23S 31 641 647   v4 U:G cWW       Weak A   24.3       67.6                     8.1 37 CG,UG  
1691 1691 16S 22 658 748   v4 C:G cWW       Weak A   25.1 8.2             24.7 7.3     33.3 0.5 0.9   219 CG,UA,CA,CC,GG CA,GG,UU
1733 1733 16S 22 666 740   v4 G:U cWW       Weak A 32.0 16.7 0.9 0.9 49.5                         222 GC,CG,GU CG,UA,GU
4932 4932 23S 32 671 809   v4 C:G cWW       Weak A   100.0                               37 CG  
1796 1796 16S 23 677 713   v4 U:G cWW       Weak A   87.5       2.2       0.4   9.9           232 CG,UG,CU  
1845 1845 16S 23 684 706   v4 U:A cWW       Weak A 85.7       0.9   3.5 10.0                   230 GC,AA,AC GC,AA
5051 5051 23S 33 695 767   v4 G:U cWW       Weak A 43.2   2.7   54.1                         37 GC,UA,GU UA,GU
5107 5107 23S 34 707 724   v4 G:U cWW       Weak A         100.0                         37 GU  
5303 5303 23S 37 826 831   v4 U:G cWW       Weak A   18.9       81.1                       37 CG,UG  
2041 2041 16S 26 832 854   v4 G:U cWW       Weak A 3.0     2.6 93.0         0.4       0.4   0.4   230 GC,AU,GU GU,CA
2104 2104 16S 26.1 861 868   v4 G:C cWW       Weak A 83.1       16.0     0.4                 0.4 231 GC,GU  
2195 2195 16S 28 925 1391   v4 G:U cWW       Weak A         100.0                         177 GU  
2251 2251 16S 28 935 1380   v4 A:U cWW       Weak A 1.1     98.9                           189 AU GC,AU
2286 2286 16S 29 942 1341   v4 G:U cWW       Weak A         100.0                         191 GU  
2342 2342 16S 30 950 1231   v4 U:G cWW       Weak A   0.5       99.5                       184 UG  
5877 5877 23S 42 1051 1108   v4 G:U cWW       Weak A 75.0     11.1 13.9                         36 GC,AU,GU GC,AU
2622 2622 16S 34 1052 1206   v4 U:G cWW       Weak A   1.6       97.8     0.5                 186 UG  
2650 2650 16S 34 1058 1199   v4 G:U cWW       Weak A         100.0                         195 GU  
6122 6122 23S 46 1215 1234   v4 G:U cWW       Weak A         100.0                         37 GU  
3021 3021 16S 41 1255 1282   v4 G:C cWW       Weak A 100.0                                 207 GC  
3189 3189 16S 44 1401 1501   v4 G:C cWW       Weak A 100.0                                 104 GC  
6584 6584 23S 54 1415 1587   v4 U:G cWW       Weak A 41.5 31.7       2.4                     24.4 41 GC,CG,UG GC,CG
3322 3322 16S 44 1425 1475   v4 U:G cWW       Weak A 9.9 19.3 9.9 7.0 1.2 39.2                     13.4 171 GC,CG,UA,AU,UG GC,AU,UG
3364 3364 16S 44 1435 1466   v4 G:C cWW       Weak A 96.0       1.2     0.6                 2.3 173 GC  
6682 6682 23S 56 1436 1556   v4 G:C cWW       Weak A 95.1     2.4 2.4                         41 GC,AU,GU GC,AU
6696 6696 23S 56 1440 1551   v4 U:A cWW       Weak A 53.7 2.4   2.4 41.5                         41 GC,CG,AU,GU GC,CG,AU
3406 3406 16S 44 1442 1460   v4 G:C cWW       Weak A 23.7 18.3 3.0 17.2 12.4 19.5             0.6 0.6   0.6 4.2 169 GC,CG,UA,AU,GU,UG GC,AU,UG
6731 6731 23S 57 1445 1466   v4 G:U cWW       Weak A 7.3     9.8 9.8   2.4 61.0     7.3       2.4     41 GC,AU,GU,AA,AC,CC,UC GU,AC
6780 6780 23S 58 1468 1524   v4 U:G cWW       Weak A   29.3   2.4 4.9 2.4 2.4         4.9 2.4     41.5 9.7 41 CG,AU,GU,UG,AA,CU,GA,UU CG,AA,UU
6815 6815 23S 58 1478 1513   v4 G:U cWW       Weak A 61.0       26.8     2.4     9.8             41 GC,GU,AC,CC  
6836 6836 23S 58 1481 1510   v4 U:G cWW       Weak A                               7.3 92.6 41 UU  
6850 6850 23S 58 1483 1506   v4 G:U cWW       Weak A 43.9 9.8       43.9                   2.4   41 GC,CG,UG,UU GC,UG
3483 3483 16S 45 1511 1524   v4 G:C cWW       Weak A 97.5       2.5                         80 GC,GU  
3490 3490 16S 45 1512 1523   v4 U:G cWW       Weak A     4.9     95.1                       82 UA,UG  
7158 7158 23S 63 1707 1751   v4 G:U cWW       Weak A 2.4       97.6                         41 GC,GU  
7298 7298 23S 64 1770 1982   v4 G:U cWW       Weak A 4.9 90.2       4.9                       41 GC,CG,UG GC,CG
7466 7466 23S 68 1835 1905   v4 G:C cWW       Weak A 100.0                                 41 GC  
7494 7494 23S 68 1841 1901   v4 U:A cWW       Weak A     100.0                             41 UA  
7501 7501 23S 68 1842 1898   v4 G:U cWW       Weak A 9.8       90.2                         41 GC,GU  
7550 7550 23S 68 1851 1891   v4 U:G cWW       Weak A           100.0                       41 UG  
7641 7641 23S 69 1907 1923   v4 G:U cWW       Weak A         100.0                         41 GU  
7690 7690 23S 71 1945 1961   v4 G:C cWW       Weak A 100.0                                 41 GC  
7704 7704 23S 71 1947 1959   v4 C:G cWW       Weak A   100.0                               41 CG  
7844 7844 23S 73 2056 2612   v4 G:C cWW       Weak A 100.0                                 41 GC  
7865 7865 23S 74 2065 2445   v4 C:G cWW       Weak A   100.0                               41 CG  
7935 7935 23S 75 2077 2243   v4 A:U cWW       Weak A       100.0                           41 AU  
8061 8061 23S 76 2100 2189   v4 G:U cWW       Weak A 43.9     4.9 36.6   4.9             9.8       41 GC,AU,GU,AA,GG GC,AA
8124 8124 23S 76 2109 2180   v4 U:U cWW   3°: base pair   Weak A     53.7     14.6       7.3         9.8 14.6   41 UA,UG,CA,UC,UU  
8159 8159 23S 77 2120 2178   v4 G:C cWW       Weak A 92.7   4.9   2.4                         41 GC,UA,GU GC,UA
8215 8215 23S 78 2136 2155   v4 G:U cWW       Weak A   43.9 4.9 4.9 26.8       2.4       14.6 2.4       41 CG,UA,AU,GU,AG,GA,GG CG,UA,GU
8264 8264 23S 78 2143 2148   v4 C:G cWW       Weak A   80.5       19.5                       41 CG,UG  
8446 8446 23S 83 2291 2341   v4 U:G cWW       Weak A   4.9 7.3     87.8                       41 CG,UA,UG  
8558 8558 23S 85.1 2328 2387   v4 A:U cWW   3°: pseudoknot   Weak A       100.0                           41 AU  
8607 8607 23S 86 2351 2366   v4 G:A cWW   3°: base pair   Weak A 36.6   4.9 48.8 9.8                         41 GC,UA,AU,GU GC,UA,AU
8733 8733 23S 89 2455 2496   v4 G:C cWW       Weak A       61.0 39.0                         41 AU,GU  
8761 8761 23S 89 2460 2490   v4 U:G cWW       Weak A           100.0                       41 UG  
9020 9020 23S 93 2592 2601   v4 G:C cWW       Weak A 100.0                                 41 GC  
9174 9174 23S 95 2652 2668   v4 C:G cWW       Weak A   22.5 7.5 22.5   22.5       25.0               40 CG,UA,AU,UG,CA AU,UG,CA
9279 9279 23S 96 2696 2711   v4 U:A cWW       Weak A     100.0                             41 UA  

Advanced export

JSON shape: default, array, newline-delimited

CSV options: 

CREATE TABLE "basepair_frequency" (
   "molecule" TEXT,
   "helix_number" TEXT,
   "position_1" INTEGER,
   "position_2" INTEGER,
   "pair_note" TEXT,
   "header_format" TEXT,
   "reference_base_pair" TEXT,
   "conformation" TEXT,
   "ai_code" TEXT,
   "tertiary_type" TEXT,
   "header_extra" TEXT,
   "strength" TEXT,
   "group_code" TEXT,
   "GC" REAL,
   "CG" REAL,
   "UA" REAL,
   "AU" REAL,
   "GU" REAL,
   "UG" REAL,
   "AA" REAL,
   "AC" REAL,
   "AG" REAL,
   "CA" REAL,
   "CC" REAL,
   "CU" REAL,
   "GA" REAL,
   "GG" REAL,
   "UC" REAL,
   "UU" REAL,
   "gap" REAL,
   "Seq" INTEGER,
   "predominant_types" TEXT,
   "covarying_types" TEXT
);
CREATE INDEX "idx_basepair_frequency_molecule_position_1_position_2"
    ON "basepair_frequency" ("molecule", "position_1", "position_2");