Base-pair frequencies

predominant_types
Base-pair types shown in bold in the published table (most frequent).
covarying_types
Base-pair types marked * in the published table (involved in a covariation).
header_format
legacy = entry not yet revised to the v4 layout (no type / conformation).

1,330 rows where conformation = "cWW", group_code = "A" and header_format = "v4" sorted by position_1

✎ View and edit SQL

This data as json, CSV (advanced)

Suggested facets: reference_base_pair, AA, CC, CU, UC

strength 5

molecule 3

header_format 1

  • v4 · 1,330 ✖

group_code 1

  • A · 1,330 ✖

conformation 1

  • cWW · 1,330 ✖
Link rowid molecule helix_number position_1 ▼ position_2 pair_note header_format reference_base_pair conformation ai_code tertiary_type header_extra strength group_code GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq predominant_types covarying_types
3 3 5S 1 1 119   v4 U:A cWW       Strong A 11.4 6.8 13.6 4.5 4.5               2.3     2.3 54.5 44 GC,CG,UA,AU,GU,GA,UU GC,CG,UA,AU
3518 3518 23S 1 1 2902   v4 G:C cWW       Strong A 12.1 3.0   3.0 6.1         6.1   3.0         66.7 33 GC,CG,AU,GU,CA,CU GC,AU,CA
7 7 5S 1 2 118   v4 G:C cWW       Strong A 27.9 16.3   4.7 2.3       2.3               46.5 43 GC,CG,AU,GU,AG GC,CG,AU
3525 3525 23S 1 2 2901   v4 G:C cWW       Strong A 9.1 21.2               3.0   3.0       3.0 60.6 33 GC,CG,CA,CU,UU GC,CG,UU
11 11 5S 1 3 117   v4 C:G cWW       Strong A 36.4 15.9 4.5 15.9                         27.3 44 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
3532 3532 23S 1 3 2900   v4 U:A cWW       Strong A 3.0 30.3                         3.0 12.1 51.5 33 GC,CG,UC,UU GC,CG,UU
15 15 5S 1 4 116   v4 C:G cWW       Strong A 9.1 20.5 20.5 11.4   20.5                   2.3 15.9 44 GC,CG,UA,AU,UG,UU GC,CG,UA,AU
3539 3539 23S 1 4 2899   v4 U:A cWW       Strong A 18.2 6.1 15.2 21.2                     3.0   36.4 33 GC,CG,UA,AU,UC GC,CG,UA,AU
19 19 5S 1 5 115   v4 U:A cWW       Strong A 2.3 13.6 38.6 31.8   6.8       2.3             4.5 44 GC,CG,UA,AU,UG,CA GC,CG,UA,AU
3546 3546 23S 1 5 2898   v4 A:U cWW       Strong A 51.5 12.1 6.1 6.1     3.0         3.0         18.2 33 GC,CG,UA,AU,AA,CU GC,CG,UA,AU
23 23 5S 1 6 114   v4 G:C cWW       Strong A 65.9 15.9   15.9 2.3                         44 GC,CG,AU,GU GC,CG,AU
3553 3553 23S 1 6 2897   v4 A:U cWW       Strong A 63.6 3.0 9.1 3.0                   6.1     15.2 33 GC,CG,UA,AU,GG GC,CG,UA,AU
27 27 5S 1 7 113   v4 G:C cWW       Strong A 72.7 15.9   9.1 2.3                         44 GC,CG,AU,GU GC,CG,AU
3560 3560 23S 1 7 2896   v4 G:C cWW       Strong A 39.4 36.4 3.0 3.0 6.1         3.0             9.1 33 GC,CG,UA,AU,GU,CA GC,CG,UA,AU
31 31 5S 1 8 112   v4 C:G cWW       Strong A   97.7       2.3                       44 CG,UG  
3567 3567 23S 1 8 2895   v4 C:G cWW       Weak A 24.2 24.2 27.3 3.0   3.0         3.0           15.1 33 GC,CG,UA,AU,UG,CC GC,CG,UA,AU
35 35 5S 1 9 111   v4 G:U cWW       Strong A 38.6     2.3 59.1                         44 GC,AU,GU  
172 172 16S 1 9 25   v4 G:C cWW       Strong A   99.3       0.7                       148 CG  
39 39 5S 1 10 110   v4 G:C cWW       Strong A 93.2     2.3                         4.5 44 GC,AU GC,AU
179 179 16S 1 10 24   v4 A:U cWW       Strong A   73.5 25.9     0.7                       147 CG,UA CG,UA
186 186 16S 1 11 23   v4 G:C cWW       Strong A 100.0                                 151 GC  
193 193 16S 1 12 22   v4 U:G cWW       Strong A 90.6   0.7     8.1               0.7       149 GC,UG GC,UG
3574 3574 23S 2 15 525   v4 G:U cWW       Strong A       16.7 5.6 44.4   5.6 11.1     13.9       2.8   36 AU,GU,UG,AC,AG,CU,UU AU,UG
43 43 5S 2 16 68   v4 G:C cWW       Strong A 97.7     2.3                           44 GC,AU GC,AU
3581 3581 23S 2 16 524   v4 C:G cWW       Strong A 47.2 13.9 2.8   36.1                         36 GC,CG,UA,GU GC,CG,UA
47 47 5S 2 17 67   v4 C:G cWW       Strong A 2.3 81.8 13.6             2.3               44 GC,CG,UA,CA GC,CG,UA
207 207 16S 2 17 918   v4 U:A cWW   3°: pseudoknot   Strong A     98.6     1.4                       148 UA  
3588 3588 23S 2 17 523   v4 G:C cWW       Strong A 5.6 94.4                               36 GC,CG GC,CG
51 51 5S 2 18 65   v4 G:U cWW       Strong A 90.9     4.5 4.5                         44 GC,AU,GU GC,AU
214 214 16S 2 18 917   v4 C:G cWW   3°: pseudoknot   Strong A   99.3       0.7                       149 CG  
3595 3595 23S 2 18 522   v4 U:A cWW       Strong A   94.4 5.6                             36 CG,UA CG,UA
55 55 5S 2 19 64   v4 C:G cWW       Strong A 77.3 4.5   9.1   6.8   2.3                   44 GC,CG,AU,UG,AC GC,AU,UG
221 221 16S 2 19 916   v4 A:U cWW   3°: pseudoknot   Strong A   100.0                               150 CG  
3602 3602 23S 2 19 521   v4 A:U cWW       Strong A 38.9   2.8 47.2 2.8                     8.3   36 GC,UA,AU,GU,UU GC,UA,AU
59 59 5S 2 20 63   v4 G:C cWW       Strong A 18.2 45.5 6.8 13.6 9.1 4.5                   2.3   44 GC,CG,UA,AU,GU,UG,UU GC,CG,UA,AU
3609 3609 23S 2 20 520   v4 C:G cWW       Strong A 16.7 47.2 5.6 8.3 13.9 8.3                       36 GC,CG,UA,AU,GU,UG GC,CG,UA,AU
63 63 5S 2 21 62   v4 G:C cWW       Strong A 63.6 11.4 2.3 18.2 2.3           2.3             44 GC,CG,UA,AU,GU,CC GC,CG,UA,AU
3616 3616 23S 2 21 519   v4 A:U cWW       Strong A   88.9 11.1                             36 CG,UA CG,UA
67 67 5S 2 22 61   v4 U:G cWW       Strong A 93.2     4.5 2.3                         44 GC,AU,GU GC,AU
3623 3623 23S 2 22 518   v4 C:G cWW       Strong A   52.8 41.7 5.6                           36 CG,UA,AU CG,UA,AU
71 71 5S 2 23 60   v4 G:C cWW       Strong A 65.9   2.3   15.9 2.3   2.3             11.4     44 GC,UA,GU,UG,AC,UC GC,UA
3630 3630 23S 2 23 517   v4 G:C cWW       Strong A 94.4     5.6                           36 GC,AU GC,AU
3637 3637 23S 2 24 516   v4 G:C cWW       Strong A 75.0       25.0                         36 GC,GU  
228 228 16S 3 27 556   v4 G:C cWW       Strong A 63.9 29.7   1.3       3.2     1.3           0.6 155 GC,CG,AC GC,CG,AU
75 75 5S 2 28 56   v4 C:G cWW       Strong A       2.3   2.3       2.3   77.3   2.3   13.6   44 AU,UG,CA,CU,GG,UU CU,GG
235 235 16S 3 28 555   v4 A:U cWW       Strong A 56.5 28.0   1.2 11.3           1.2           1.8 168 GC,CG,GU GC,CG,AU
79 79 5S 2 29 55   v4 A:U cWW       Strong A 2.3   34.1 63.6                           44 GC,UA,AU GC,UA,AU
242 242 16S 3 29 554   v4 U:A cWW       Strong A 1.1 56.5 26.0 1.7   10.2               2.8     1.7 177 CG,UA,UG,GG GC,CG,UA,AU
83 83 5S 2 30 54   v4 C:G cWW       Strong A   88.6 11.4                             44 CG,UA CG,UA
249 249 16S 3 30 553   v4 U:A cWW       Strong A 28.1 50.6 14.0 1.1   5.6             0.6         178 GC,CG,UA,UG GC,CG,UA,AU
3644 3644 23S 2 30 510   v4 G:C cWW   3°: base pair   Strong A 75.0 2.8 13.9 8.3                           36 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
87 87 5S 2 31 51   v4 C:G cWW       Strong A   97.7               2.3               44 CG,CA  
3651 3651 23S 3 31 474   v4 C:G cWW       Strong A 100.0                                 36 GC  
91 91 5S 2 32 50   v4 U:A cWW       Strong A   63.6 34.1           2.3                 44 CG,UA,AG CG,UA
256 256 16S 3 32 552   v4 A:U cWW       Strong A 1.1     98.3               0.6           178 AU GC,AU
3658 3658 23S 3 32 473   v4 C:G cWW       Strong A   100.0                               36 CG  
95 95 5S 2 33 49   v4 G:C cWW       Strong A 100.0                                 44 GC  
263 263 16S 3 33 551   v4 A:U cWW       Strong A   71.6 27.3             0.5             0.5 183 CG,UA CG,UA
99 99 5S 2 34 48   v4 A:U cWW       Strong A 25.0   47.7 27.3                           44 GC,UA,AU GC,UA,AU
270 270 16S 3 34 550   v4 C:G cWW       Strong A   29.0       71.0                       183 CG,UG  
277 277 16S 3 35 549   v4 G:C cWW       Weak A 3.8 1.1     94.0             0.5         0.5 184 GC,GU CG,GU
3665 3665 23S 4 35 445   v4 G:C cWW       Strong A 100.0                                 36 GC  
284 284 16S 3 36 548   v4 C:G cWW       Strong A   99.5                             0.5 184 CG  
3672 3672 23S 4 36 444   v4 G:C cWW       Strong A 100.0                                 36 GC  
3679 3679 23S 4 37 442   v4 C:G cWW       Strong A   94.4 2.8     2.8                       36 CG,UA,UG CG,UA
3686 3686 23S 4 38 441   v4 A:U cWW       Strong A     100.0                             36 UA  
298 298 16S 4 39 403   v4 G:C cWW       Weak A     99.0     1.0                       193 UA  
3693 3693 23S 4 39 440   v4 G:C cWW       Strong A   80.6 19.4                             36 CG,UA CG,UA
305 305 16S 4 40 402   v4 C:G cWW       Strong A 8.7 62.1 25.1 2.6   1.0                     0.5 195 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
3700 3700 23S 4 40 439   v4 U:A cWW       Strong A 91.7     8.3                           36 GC,AU GC,AU
312 312 16S 4 41 401   v4 G:C cWW       Strong A 90.7 1.6   7.3 0.5                         193 GC,AU GC,CG,AU
3707 3707 23S 4 41 438   v4 C:G cWW       Strong A 75.0     25.0                           36 GC,AU GC,AU
319 319 16S 4 42 400   v4 G:C cWW       Strong A 94.9     2.0 2.5                       0.5 197 GC,AU,GU GC,AU
3714 3714 23S 4 42 437   v4 A:U cWW       Strong A 94.4     5.6                           36 GC,AU GC,AU
326 326 16S 4 43 399   v4 C:G cWW       Strong A 69.7   10.1 20.2                           198 GC,UA,AU GC,UA,AU
3721 3721 23S 4 43 436   v4 G:C cWW       Strong A       2.8 11.1                     8.3 77.8 36 AU,GU,UU  
333 333 16S 4 44 398   v4 A:U cWW       Strong A 75.4 2.0 5.5 14.6   1.5   0.5         0.5         199 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU
3728 3728 23S 4 44 434   v4 A:U cWW       Strong A 5.6 72.2 2.8 5.6           8.3           5.6   36 GC,CG,UA,AU,CA,UU GC,CG,UA,AU
340 340 16S 4 45 396   v4 G:C cWW       Strong A 11.7 31.4 19.1 16.0 6.4 14.9       0.5               188 GC,CG,UA,AU,GU,UG GC,CG,UA,AU
3735 3735 23S 4 45 433   v4 G:C cWW       Strong A 86.1     13.9                           36 GC,AU GC,AU
347 347 16S 4 46 395   v4 G:C cWW       Strong A 17.9 63.7 3.0 6.0 8.5     0.5             0.5     201 GC,CG,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU
3742 3742 23S 4.1 46 179   v4 G:C cWW       Strong A 5.6 94.4                               36 GC,CG GC,CG
354 354 16S 5 47 361   v4 C:G cWW   3°: base pair   Strong A 91.0 0.5 4.5               0.5     1.0     2.5 199 GC,UA GC,CG,UA
3749 3749 23S 4.1 47 178   v4 C:G cWW       Strong A   69.4 8.3 5.6   16.7                       36 CG,UA,AU,UG CG,UA,AU
361 361 16S 5 52 359   v4 C:G cWW       Strong A 95.5 1.0                 1.0           2.5 199 GC GC,CG
368 368 16S 5 53 358   v4 A:U cWW       Strong A   96.5   1.0             2.5             201 CG,CC CG,AU
375 375 16S 5 54 357   v4 C:G cWW       Weak A   97.5               2.5               201 CG,CA  
3763 3763 23S 5 54 116   v4 G:C cWW       Strong A 100.0                                 36 GC  
3770 3770 23S 5 55 115   v4 G:C cWW       Strong A 100.0                                 36 GC  
382 382 16S 5 56 356   v4 U:A cWW       Weak A     97.5                           2.5 201 UA  
3777 3777 23S 5 56 114   v4 A:U cWW       Strong A 55.6 13.9   30.6                           36 GC,CG,AU GC,CG,AU
389 389 16S 5 57 355   v4 G:C cWW       Strong A 95.5                         1.5     3.0 200 GC  
3784 3784 23S 6 57 70   v4 C:G cWW       Strong A   100.0                               36 CG  
396 396 16S 5 58 354   v4 C:G cWW       Weak A 19.0 76.5       0.5         1.5           2.5 200 GC,CG GC,CG
3791 3791 23S 6 58 69   v4 G:C cWW       Strong A 100.0                                 36 GC  
3798 3798 23S 6 59 68   v4 U:G cWW       Strong A   19.4       80.6                       36 CG,UG  
403 403 16S 6 61 106   v4 G:C cWW       Strong A 99.5                         0.5       203 GC  
3805 3805 23S 6.1 61 93   v4 C:G cWW   3°: pseudoknot   Strong A 63.9 30.6                     2.8 2.8       36 GC,CG,GA,GG GC,CG
410 410 16S 6 62 105   v4 U:G cWW       Weak A           100.0                       202 UG  
3812 3812 23S 6.1 62 92   v4   cWW   3°: pseudoknot   Strong A   94.4 2.8               2.8             36 CG,UA,CC CG,UA

Next page

Advanced export

JSON shape: default, array, newline-delimited

CSV options: 

CREATE TABLE "basepair_frequency" (
   "molecule" TEXT,
   "helix_number" TEXT,
   "position_1" INTEGER,
   "position_2" INTEGER,
   "pair_note" TEXT,
   "header_format" TEXT,
   "reference_base_pair" TEXT,
   "conformation" TEXT,
   "ai_code" TEXT,
   "tertiary_type" TEXT,
   "header_extra" TEXT,
   "strength" TEXT,
   "group_code" TEXT,
   "GC" REAL,
   "CG" REAL,
   "UA" REAL,
   "AU" REAL,
   "GU" REAL,
   "UG" REAL,
   "AA" REAL,
   "AC" REAL,
   "AG" REAL,
   "CA" REAL,
   "CC" REAL,
   "CU" REAL,
   "GA" REAL,
   "GG" REAL,
   "UC" REAL,
   "UU" REAL,
   "gap" REAL,
   "Seq" INTEGER,
   "predominant_types" TEXT,
   "covarying_types" TEXT
);
CREATE INDEX "idx_basepair_frequency_molecule_position_1_position_2"
    ON "basepair_frequency" ("molecule", "position_1", "position_2");