Base-pair frequencies

predominant_types
Base-pair types shown in bold in the published table (most frequent).
covarying_types
Base-pair types marked * in the published table (involved in a covariation).
header_format
legacy = entry not yet revised to the v4 layout (no type / conformation).

105 rows where conformation = "No BP", header_format = "v4" and strength = "Weak" sorted by position_1

✎ View and edit SQL

This data as json, CSV (advanced)

Suggested facets: helix_number, position_1, position_2, reference_base_pair, GC, AU, GU, AA, AC, AG, CA, CC, CU, GA, GG, UC, UU, gap, covarying_types

group_code 7

  • 3 15
  • A 15
  • B 15
  • C 15
  • E 15
  • M 15
  • T 15

molecule 2

strength 1

  • Weak · 105 ✖

header_format 1

  • v4 · 105 ✖

conformation 1

  • No BP · 105 ✖

tertiary_type 0

Link rowid molecule helix_number position_1 ▼ position_2 pair_note header_format reference_base_pair conformation ai_code tertiary_type header_extra strength group_code GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq predominant_types covarying_types
197 197 16S 1 13 21   v4 U:G No BP       Weak T   0.1 8.8 0.1   88.5 0.1   1.5 0.1     0.1 0.1   0.3 0.5 3890 UA,UG UG,AA
198 198 16S 1 13 21   v4 U:G No BP       Weak 3   0.1 0.2     99.0     0.1         0.1   0.1 0.4 3097 UG  
199 199 16S 1 13 21   v4 U:G No BP       Weak B     0.2     98.9     0.2         0.1   0.1 0.1 2128 UG  
200 200 16S 1 13 21   v4 U:G No BP       Weak A           100.0                       154 UG  
201 201 16S 1 13 21   v4 U:G No BP       Weak C     0.8     94.4                   4.8   126 UG,UU  
202 202 16S 1 13 21   v4 U:G No BP       Weak E   0.1 0.1     98.9                     0.8 815 UG  
203 203 16S 1 13 21   v4 U:G No BP       Weak M     50.2 0.1   38.6 0.4   8.1 0.7     0.4 0.1   0.6 0.6 669 UA,UG,AG UA,AG
1079 1079 16S 15 375 388   v4 U:G No BP       Weak T   0.1 0.9     97.8     0.1         0.1 0.1 0.4 0.4 6852 UG  
1080 1080 16S 15 375 388   v4 U:G No BP       Weak 3   0.1 0.4     98.5     0.1           0.1 0.4 0.3 5867 UG  
1081 1081 16S 15 375 388   v4 U:G No BP       Weak B     0.3     98.8     0.1           0.2 0.5   4613 UG  
1082 1082 16S 15 375 388   v4 U:G No BP       Weak A     2.2     95.6                     2.2 228 UA,UG  
1083 1083 16S 15 375 388   v4 U:G No BP       Weak C     0.6     99.4                       164 UG  
1084 1084 16S 15 375 388   v4 U:G No BP       Weak E 0.1 0.2 0.1     98.0             0.1 0.2   0.1 1.3 1026 UG GC,UG
1085 1085 16S 15 375 388   v4 U:G No BP       Weak M 0.2 0.4 5.1     92.9 0.4   0.1         0.2   0.1 0.6 829 UA,UG GC,UG,AA
1611 1611 16S 21 606 632   v4 G:U No BP       Weak T 1.7 1.7 1.4 1.7 47.5 1.7 0.4 0.1 0.4   0.3 0.3 2.0 8.1 1.4 2.4 28.8 7251 GU,GA,GG,UU GU,UG,AA,CC
1612 1612 16S 21 606 632   v4 G:U No BP       Weak 3 2.0 0.8 0.8 1.9 56.4 1.6 0.3 0.1 0.4   0.4 0.3 2.4 9.7 1.5 2.8 18.4 6068 GC,GU,GA,GG,UU GU,UG,AA,CC
1613 1613 16S 21 606 632   v4 G:U No BP       Weak B 2.2 1.0 1.0 2.3 69.1 1.9 0.4 0.1 0.5   0.5 0.4 2.9 12.1 1.8 2.0 1.7 4794 GC,AU,GU,GA,GG,UU GU,UG,AA,CC
1614 1614 16S 21 606 632   v4 G:U No BP       Weak A 5.2     2.2 47.0 4.3           0.4 0.9 3.9 4.3 31.0 0.9 232 GC,AU,GU,UG,GG,UC,UU GU,UC
1615 1615 16S 21 606 632   v4 G:U No BP       Weak C 2.4 44.7 27.1 2.4 1.8 12.4 1.2   1.2     0.6     4.1 1.8 0.6 170 GC,CG,UA,AU,UG,UC GC,CG,UA,AU
1616 1616 16S 21 606 632   v4 G:U No BP       Weak E                                 100.0 1042    
1617 1617 16S 21 606 632   v4 G:U No BP       Weak M   0.1 0.6 0.2 2.0 0.2 0.4   0.2 0.1     0.1     0.4 95.8 1021 GU UA,GU,AG
4992 4992 23S 33 687 775   v4 C:G No BP       Weak T   95.8 0.2 0.9   1.2   0.1 0.3 0.1 0.1 0.3 0.1 0.3     0.3 886 CG CG,UA,AU
4993 4993 23S 33 687 775   v4 C:G No BP       Weak 3   99.0               0.2 0.2     0.4     0.2 524 CG  
4994 4994 23S 33 687 775   v4 C:G No BP       Weak B   99.3               0.4 0.4             282 CG  
4995 4995 23S 33 687 775   v4 C:G No BP       Weak A   100.0                               37 CG  
4996 4996 23S 33 687 775   v4 C:G No BP       Weak C   95.0             2.0     3.0           100 CG,AG,CU  
4997 4997 23S 33 687 775   v4 C:G No BP       Weak E   98.5                       1.0     0.5 205 CG  
4998 4998 23S 33 687 775   v4 C:G No BP       Weak M   89.7 0.8 3.1   4.2   0.4 0.4       0.4 0.4     0.8 262 CG,AU,UG CG,UA,AU
5097 5097 23S 34 703 729   v4 U:G No BP       Weak T   15.1 0.1 0.1 0.1 71.4 0.2   5.1 0.1   0.1   0.6     7.1 887 CG,UG,AG GU,UG,AA
5098 5098 23S 34 703 729   v4 U:G No BP       Weak 3   22.5       77.3       0.2               524 CG,UG UG,CA
5099 5099 23S 34 703 729   v4 U:G No BP       Weak B   1.8       98.2                       282 UG  
5100 5100 23S 34 703 729   v4 U:G No BP       Weak A   32.4       67.6                       37 CG,UG  
5101 5101 23S 34 703 729   v4 U:G No BP       Weak C           100.0                       100 UG  
5102 5102 23S 34 703 729   v4 U:G No BP       Weak E   49.3       50.2       0.5               205 CG,UG UG,CA
5103 5103 23S 34 703 729   v4 U:G No BP       Weak M   6.1 0.4 0.4 0.4 48.7 0.8   17.1     0.4   1.9     24.0 263 CG,UG,AG GU,UG,AA
2381 2381 16S 31 960 975   v4 U:A No BP       Weak T     61.8 14.8   22.4 0.2   0.1           0.2 0.2 0.3 6871 UA,AU,UG UA,AU
2382 2382 16S 31 960 975   v4 U:A No BP       Weak 3     72.2     27.5                     0.1 5561 UA,UG  
2383 2383 16S 31 960 975   v4 U:A No BP       Weak B     92.1     7.5                     0.2 4347 UA,UG  
2384 2384 16S 31 960 975   v4 U:A No BP       Weak A           100.0                       208 UG  
2385 2385 16S 31 960 975   v4 U:A No BP       Weak C     96.9                         3.1   162 UA,UU  
2386 2386 16S 31 960 975   v4 U:A No BP       Weak E     0.7     99.0     0.1         0.2       1006 UG  
2387 2387 16S 31 960 975   v4 U:A No BP       Weak M     6.5 89.1   0.6 0.9 0.3 0.6   0.1 0.3     1.0 0.7 0.1 1153 UA,AU UA,AU,CC
2388 2388 16S 31 961 974   v4 U:A No BP       Weak T 0.1 0.1 66.4 0.1 0.1 16.8 0.3     0.6 0.2 2.1     8.7 4.1 0.3 6856 UA,UG,CU,UC,UU GC,UA,CU
2389 2389 16S 31 961 974   v4 U:A No BP       Weak 3 0.1 0.1 68.1     20.8         0.2       8.9 1.5 0.3 5546 UA,UG,UC UA,CC
2390 2390 16S 31 961 974   v4 U:A No BP       Weak B 0.1   86.4     0.3         0.1       11.3 1.2 0.4 4330 UA,UC GC,UA
2391 2391 16S 31 961 974   v4 U:A No BP       Weak A   3.3 3.3     78.5                   14.8   209 CG,UA,UG,UU  
2392 2392 16S 31 961 974   v4 U:A No BP       Weak C     96.9             2.5           0.6   163 UA,CA  
2393 2393 16S 31 961 974   v4 U:A No BP       Weak E   0.1 2.4     96.7         0.4     0.1 0.3     1007 UA,UG UG,CC
2394 2394 16S 31 961 974   v4 U:A No BP       Weak M 0.6   54.6 0.6 0.4 0.1 1.5 0.1   3.3 0.3 12.3 0.1   8.9 17.3   1151 UA,CA,CU,UC,UU GC,UA,CU
2626 2626 16S 34 1053 1205   v4 G:U No BP       Weak T 2.6     15.1 81.7     0.1       0.1         0.3 6891 GC,AU,GU GU,AC
2627 2627 16S 34 1053 1205   v4 G:U No BP       Weak 3 3.0     0.1 96.4             0.2         0.3 5581 GC,GU  
2628 2628 16S 34 1053 1205   v4 G:U No BP       Weak B 3.8       95.6             0.2         0.2 4383 GC,GU  
2629 2629 16S 34 1053 1205   v4 G:U No BP       Weak A 1.0     0.5 98.5                         197 GU  
2630 2630 16S 34 1053 1205   v4 G:U No BP       Weak C 0.6       99.4                         163 GU  
2631 2631 16S 34 1053 1205   v4 G:U No BP       Weak E         99.8                       0.2 997 GU  
2632 2632 16S 34 1053 1205   v4 G:U No BP       Weak M 0.5     90.9 7.8     0.5       0.1       0.1 0.1 1152 AU,GU GC,AU
2899 2899 16S 40 1158 1178   v4 C:G No BP       Weak T   81.2 0.4 0.1   0.5       0.1 1.8 0.2   0.1 0.2 0.1 15.2 7138 CG CG,UA,AU
2900 2900 16S 40 1158 1178   v4 C:G No BP       Weak 3   96.4       0.5       0.2 2.2 0.1     0.2   0.2 5825 CG,CC CG,UC
2901 2901 16S 40 1158 1178   v4 C:G No BP       Weak B   99.8                               4605 CG  
2902 2902 16S 40 1158 1178   v4 C:G No BP       Weak A   99.5       0.5                       195 CG  
2903 2903 16S 40 1158 1178   v4 C:G No BP       Weak C   91.0   0.6   3.0 0.6   0.6     0.6         3.6 167 CG,UG CG,AU
2904 2904 16S 40 1158 1178   v4 C:G No BP       Weak E   80.9 0.1     2.7   0.1 0.1 0.8 12.7 0.7   0.2 1.2 0.1 0.5 1019 CG,UG,CC CG,UC
2905 2905 16S 40 1158 1178   v4 C:G No BP       Weak M 0.1 2.5 2.3 0.3     0.2   0.1     0.3   0.2   0.4 93.5 1152 CG,UA GC,CG,UA,AU
2906 2906 16S 40 1159 1177   v4 U:G No BP       Weak T   5.5 0.2 0.1   73.5 1.5 0.3 1.5 0.4 0.4 0.1 0.1 0.8   0.4 15.2 7135 CG,UG UG,AA,CC
2907 2907 16S 40 1159 1177   v4 U:G No BP       Weak 3   6.6 0.2 0.1   87.0 1.8 0.4 1.8 0.4   0.1 0.1 0.9 0.1 0.4 0.3 5822 CG,UG UG,AA,CU
2908 2908 16S 40 1159 1177   v4 U:G No BP       Weak B   5.7 0.1     93.5     0.5               0.1 4600 CG,UG  
2909 2909 16S 40 1159 1177   v4 U:G No BP       Weak A   53.0       46.0           0.5       0.5   198 CG,UG CG,UU
2910 2910 16S 40 1159 1177   v4 U:G No BP       Weak C   3.0 0.6 0.6   90.4     1.2 0.6       0.6   0.6 2.4 167 CG,UG AU,UG,CA
2911 2911 16S 40 1159 1177   v4 U:G No BP       Weak E 0.1 1.6 0.7 0.4   65.6 10.1 2.2 8.0 2.3 0.2 0.2 0.4 5.1 0.3 2.3 0.7 1018 UG,AA,AC,AG,CA,GG,UU UG,AA,CC
2912 2912 16S 40 1159 1177   v4 U:G No BP       Weak M   0.3 0.3 0.2 0.1 2.5 0.1   0.1 0.3 2.0 0.2   0.2   0.4 93.6 1152 UG,CC AU,UG,CC
3445 3445 16S 45 1506 1529   v4 U:G No BP       Weak T   0.6 4.6     93.0               0.2 0.5 0.4 0.7 2260 UA,UG  
3446 3446 16S 45 1506 1529   v4 U:G No BP       Weak 3   0.9 0.3     96.7     0.1   0.1     0.2 0.7 0.1 0.9 1484 UG UG,CC
3447 3447 16S 45 1506 1529   v4 U:G No BP       Weak B     0.3     98.1         0.1     0.4 0.7 0.3 0.1 718 UG UG,CC
3448 3448 16S 45 1506 1529   v4 U:G No BP       Weak A           95.0                 5.0     80 UG,UC  
3449 3449 16S 45 1506 1529   v4 U:G No BP       Weak C           100.0                       108 UG  
3450 3450 16S 45 1506 1529   v4 U:G No BP       Weak E   2.0 0.4     95.8     0.1           0.1   1.4 684 CG,UG  
3451 3451 16S 45 1506 1529   v4 U:G No BP       Weak M     15.6     83.0               0.1 0.1 0.9 0.1 672 UA,UG  
7393 7393 23S 66 1799 1820   v4 G:U No BP       Weak T 22.1   0.1 0.6 73.2     0.1         0.4       3.5 842 GC,GU UA,GU,AC
7394 7394 23S 66 1799 1820   v4 G:U No BP       Weak 3 40.0       58.3     0.2                 1.5 458 GC,GU GU,AC
7395 7395 23S 66 1799 1820   v4 G:U No BP       Weak B         100.0                         262 GU  
7396 7396 23S 66 1799 1820   v4 G:U No BP       Weak A 90.2       9.8                         41 GC,GU  
7397 7397 23S 66 1799 1820   v4 G:U No BP       Weak C 1.0       96.0               3.0         101 GU,GA  
7398 7398 23S 66 1799 1820   v4 G:U No BP       Weak E 97.4       0.6     0.6                 1.2 155 GC  
7399 7399 23S 66 1799 1820   v4 G:U No BP       Weak M 0.7   0.4 1.8 89.0                       8.1 283 GU UA,GU
7666 7666 23S 69 1911 1919   v4 U:A No BP       Weak T     97.9             0.5           0.1 1.5 852 UA  
7667 7667 23S 69 1911 1919   v4 U:A No BP       Weak 3     98.6             0.9           0.2 0.2 440 UA  
7668 7668 23S 69 1911 1919   v4 U:A No BP       Weak B     98.0             1.6             0.4 244 UA  
7669 7669 23S 69 1911 1919   v4 U:A No BP       Weak A     100.0                             41 UA  
7670 7670 23S 69 1911 1919   v4 U:A No BP       Weak C     100.0                             101 UA  
7671 7671 23S 69 1911 1919   v4 U:A No BP       Weak E     99.4                         0.6   155 UA  
7672 7672 23S 69 1911 1919   v4 U:A No BP       Weak M     96.1                           3.8 311 UA  
7925 7925 23S 74 2075 2434   v4 U:A No BP       Weak T   0.1 97.8     0.4 0.2         0.1     0.2 1.2   845 UA CG,UA
7926 7926 23S 74 2075 2434   v4 U:A No BP       Weak 3     99.3                         0.7   437 UA  
7927 7927 23S 74 2075 2434   v4 U:A No BP       Weak B     100.0                             241 UA  
7928 7928 23S 74 2075 2434   v4 U:A No BP       Weak A     100.0                             41 UA  
7929 7929 23S 74 2075 2434   v4 U:A No BP       Weak C     100.0                             99 UA  
7930 7930 23S 74 2075 2434   v4 U:A No BP       Weak E     98.1                         1.9   155 UA  
7931 7931 23S 74 2075 2434   v4 U:A No BP       Weak M   0.3 94.8     1.0 0.6         0.3     0.6 2.3   309 UA,UU CG,UA
8359 8359 23S 80 2249 2255   v4 U:G No BP       Weak T     4.1     94.6       0.6       0.4 0.1 0.1 0.1 845 UA,UG UG,CA
8360 8360 23S 80 2249 2255   v4 U:G No BP       Weak 3           99.1               0.7     0.2 434 UG  

Next page

Advanced export

JSON shape: default, array, newline-delimited

CSV options: 

CREATE TABLE "basepair_frequency" (
   "molecule" TEXT,
   "helix_number" TEXT,
   "position_1" INTEGER,
   "position_2" INTEGER,
   "pair_note" TEXT,
   "header_format" TEXT,
   "reference_base_pair" TEXT,
   "conformation" TEXT,
   "ai_code" TEXT,
   "tertiary_type" TEXT,
   "header_extra" TEXT,
   "strength" TEXT,
   "group_code" TEXT,
   "GC" REAL,
   "CG" REAL,
   "UA" REAL,
   "AU" REAL,
   "GU" REAL,
   "UG" REAL,
   "AA" REAL,
   "AC" REAL,
   "AG" REAL,
   "CA" REAL,
   "CC" REAL,
   "CU" REAL,
   "GA" REAL,
   "GG" REAL,
   "UC" REAL,
   "UU" REAL,
   "gap" REAL,
   "Seq" INTEGER,
   "predominant_types" TEXT,
   "covarying_types" TEXT
);
CREATE INDEX "idx_basepair_frequency_molecule_position_1_position_2"
    ON "basepair_frequency" ("molecule", "position_1", "position_2");