Base-pair frequencies

predominant_types
Base-pair types shown in bold in the published table (most frequent).
covarying_types
Base-pair types marked * in the published table (involved in a covariation).
header_format
legacy = entry not yet revised to the v4 layout (no type / conformation).

217 rows where conformation = "No BP" and header_format = "v4" sorted by position_1

✎ View and edit SQL

This data as json, CSV (advanced)

Suggested facets: helix_number, reference_base_pair, AA, AC, AG, CA, CC, CU, GG

group_code 7

  • 3 31
  • A 31
  • B 31
  • C 31
  • E 31
  • M 31
  • T 31

strength 5

tertiary_type 2

molecule 2

header_format 1

  • v4 · 217 ✖

conformation 1

  • No BP · 217 ✖
Link rowid molecule helix_number position_1 ▼ position_2 pair_note header_format reference_base_pair conformation ai_code tertiary_type header_extra strength group_code GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq predominant_types covarying_types
197 197 16S 1 13 21   v4 U:G No BP       Weak T   0.1 8.8 0.1   88.5 0.1   1.5 0.1     0.1 0.1   0.3 0.5 3890 UA,UG UG,AA
198 198 16S 1 13 21   v4 U:G No BP       Weak 3   0.1 0.2     99.0     0.1         0.1   0.1 0.4 3097 UG  
199 199 16S 1 13 21   v4 U:G No BP       Weak B     0.2     98.9     0.2         0.1   0.1 0.1 2128 UG  
200 200 16S 1 13 21   v4 U:G No BP       Weak A           100.0                       154 UG  
201 201 16S 1 13 21   v4 U:G No BP       Weak C     0.8     94.4                   4.8   126 UG,UU  
202 202 16S 1 13 21   v4 U:G No BP       Weak E   0.1 0.1     98.9                     0.8 815 UG  
203 203 16S 1 13 21   v4 U:G No BP       Weak M     50.2 0.1   38.6 0.4   8.1 0.7     0.4 0.1   0.6 0.6 669 UA,UG,AG UA,AG
1079 1079 16S 15 375 388   v4 U:G No BP       Weak T   0.1 0.9     97.8     0.1         0.1 0.1 0.4 0.4 6852 UG  
1080 1080 16S 15 375 388   v4 U:G No BP       Weak 3   0.1 0.4     98.5     0.1           0.1 0.4 0.3 5867 UG  
1081 1081 16S 15 375 388   v4 U:G No BP       Weak B     0.3     98.8     0.1           0.2 0.5   4613 UG  
1082 1082 16S 15 375 388   v4 U:G No BP       Weak A     2.2     95.6                     2.2 228 UA,UG  
1083 1083 16S 15 375 388   v4 U:G No BP       Weak C     0.6     99.4                       164 UG  
1084 1084 16S 15 375 388   v4 U:G No BP       Weak E 0.1 0.2 0.1     98.0             0.1 0.2   0.1 1.3 1026 UG GC,UG
1085 1085 16S 15 375 388   v4 U:G No BP       Weak M 0.2 0.4 5.1     92.9 0.4   0.1         0.2   0.1 0.6 829 UA,UG GC,UG,AA
1464 1464 16S 20 582 758   v4 C:C No BP   3°: base pair   Strong T 0.1 7.6 7.8 0.1   52.0 0.9 0.2 0.1 0.5 10.5 0.5   0.1 15.3 0.3 3.9 6988 CG,UA,UG,CC,UC UG,AA,CC
1465 1465 16S 20 582 758   v4 C:C No BP   3°: base pair   Strong 3 0.1 8.9 2.3     57.7   0.1   0.1 12.3 0.6     17.5 0.3   5946 CG,UA,UG,CC,UC UG,CC
1466 1466 16S 20 582 758   v4 C:C No BP   3°: base pair   Strong B 0.1 11.2 2.6     68.4   0.1   0.2 15.6 0.8     0.6 0.3   4697 CG,UA,UG,CC UG,CC
1467 1467 16S 20 582 758   v4 C:C No BP   3°: base pair   Strong A     1.8     94.9                 3.2     217 UG,UC  
1468 1468 16S 20 582 758   v4 C:C No BP   3°: base pair   Strong C   0.6 3.0 1.2   73.8   0.6 0.6   1.8     1.2 15.9 1.2   164 UA,UG,UC AU,UG,CC
1469 1469 16S 20 582 758   v4 C:C No BP   3°: base pair   Strong E 0.3   0.9     1.2   0.2             97.4   0.1 1032 UC  
1470 1470 16S 20 582 758   v4 C:C No BP   3°: base pair   Strong M 0.1 0.3 45.6 0.7 0.2 9.1 7.2 1.1 0.7 3.2 0.1     0.1 0.5 0.1 31.0 886 UA,UG,AA,CA CG,UA,GU,AC
1611 1611 16S 21 606 632   v4 G:U No BP       Weak T 1.7 1.7 1.4 1.7 47.5 1.7 0.4 0.1 0.4   0.3 0.3 2.0 8.1 1.4 2.4 28.8 7251 GU,GA,GG,UU GU,UG,AA,CC
1612 1612 16S 21 606 632   v4 G:U No BP       Weak 3 2.0 0.8 0.8 1.9 56.4 1.6 0.3 0.1 0.4   0.4 0.3 2.4 9.7 1.5 2.8 18.4 6068 GC,GU,GA,GG,UU GU,UG,AA,CC
1613 1613 16S 21 606 632   v4 G:U No BP       Weak B 2.2 1.0 1.0 2.3 69.1 1.9 0.4 0.1 0.5   0.5 0.4 2.9 12.1 1.8 2.0 1.7 4794 GC,AU,GU,GA,GG,UU GU,UG,AA,CC
1614 1614 16S 21 606 632   v4 G:U No BP       Weak A 5.2     2.2 47.0 4.3           0.4 0.9 3.9 4.3 31.0 0.9 232 GC,AU,GU,UG,GG,UC,UU GU,UC
1615 1615 16S 21 606 632   v4 G:U No BP       Weak C 2.4 44.7 27.1 2.4 1.8 12.4 1.2   1.2     0.6     4.1 1.8 0.6 170 GC,CG,UA,AU,UG,UC GC,CG,UA,AU
1616 1616 16S 21 606 632   v4 G:U No BP       Weak E                                 100.0 1042    
1617 1617 16S 21 606 632   v4 G:U No BP       Weak M   0.1 0.6 0.2 2.0 0.2 0.4   0.2 0.1     0.1     0.4 95.8 1021 GU UA,GU,AG
4992 4992 23S 33 687 775   v4 C:G No BP       Weak T   95.8 0.2 0.9   1.2   0.1 0.3 0.1 0.1 0.3 0.1 0.3     0.3 886 CG CG,UA,AU
4993 4993 23S 33 687 775   v4 C:G No BP       Weak 3   99.0               0.2 0.2     0.4     0.2 524 CG  
4994 4994 23S 33 687 775   v4 C:G No BP       Weak B   99.3               0.4 0.4             282 CG  
4995 4995 23S 33 687 775   v4 C:G No BP       Weak A   100.0                               37 CG  
4996 4996 23S 33 687 775   v4 C:G No BP       Weak C   95.0             2.0     3.0           100 CG,AG,CU  
4997 4997 23S 33 687 775   v4 C:G No BP       Weak E   98.5                       1.0     0.5 205 CG  
4998 4998 23S 33 687 775   v4 C:G No BP       Weak M   89.7 0.8 3.1   4.2   0.4 0.4       0.4 0.4     0.8 262 CG,AU,UG CG,UA,AU
4999 4999 23S 33 688 774   v4 U:G No BP       Significant T     90.9 1.5 0.1 3.6       0.1         3.3 0.3 0.2 886 UA,UG,UC UA,AU
5000 5000 23S 33 688 774   v4 U:G No BP       Significant 3     89.5     5.3                 5.0 0.2   524 UA,UG,UC  
5001 5001 23S 33 688 774   v4 U:G No BP       Significant B     88.7     9.2                 2.1     282 UA,UG,UC  
5002 5002 23S 33 688 774   v4 U:G No BP       Significant A     100.0                             37 UA  
5003 5003 23S 33 688 774   v4 U:G No BP       Significant C     100.0                             100 UA  
5004 5004 23S 33 688 774   v4 U:G No BP       Significant E     88.8     1.0                 9.8 0.5   205 UA,UC  
5005 5005 23S 33 688 774   v4 U:G No BP       Significant M     90.1 5.0 0.4 1.5       0.4         1.1 0.8 0.8 262 UA,AU UA,AU
5097 5097 23S 34 703 729   v4 U:G No BP       Weak T   15.1 0.1 0.1 0.1 71.4 0.2   5.1 0.1   0.1   0.6     7.1 887 CG,UG,AG GU,UG,AA
5098 5098 23S 34 703 729   v4 U:G No BP       Weak 3   22.5       77.3       0.2               524 CG,UG UG,CA
5099 5099 23S 34 703 729   v4 U:G No BP       Weak B   1.8       98.2                       282 UG  
5100 5100 23S 34 703 729   v4 U:G No BP       Weak A   32.4       67.6                       37 CG,UG  
5101 5101 23S 34 703 729   v4 U:G No BP       Weak C           100.0                       100 UG  
5102 5102 23S 34 703 729   v4 U:G No BP       Weak E   49.3       50.2       0.5               205 CG,UG UG,CA
5103 5103 23S 34 703 729   v4 U:G No BP       Weak M   6.1 0.4 0.4 0.4 48.7 0.8   17.1     0.4   1.9     24.0 263 CG,UG,AG GU,UG,AA
2297 2297 16S 30 944 1237   v4 G:C No BP       No Support T 99.3       0.2     0.1                 0.3 6633 GC  
2298 2298 16S 30 944 1237   v4 G:C No BP       No Support 3 99.6             0.1                 0.2 5326 GC  
2299 2299 16S 30 944 1237   v4 G:C No BP       No Support B 99.7                               0.1 4162 GC  
2300 2300 16S 30 944 1237   v4 G:C No BP       No Support A 99.5             0.5                   191 GC  
2301 2301 16S 30 944 1237   v4 G:C No BP       No Support C 100.0                                 160 GC  
2302 2302 16S 30 944 1237   v4 G:C No BP       No Support E 99.2                       0.1     0.1 0.6 972 GC GC,UU
2303 2303 16S 30 944 1237   v4 G:C No BP       No Support M 98.4       1.1     0.2         0.1       0.3 1152 GC  
2381 2381 16S 31 960 975   v4 U:A No BP       Weak T     61.8 14.8   22.4 0.2   0.1           0.2 0.2 0.3 6871 UA,AU,UG UA,AU
2382 2382 16S 31 960 975   v4 U:A No BP       Weak 3     72.2     27.5                     0.1 5561 UA,UG  
2383 2383 16S 31 960 975   v4 U:A No BP       Weak B     92.1     7.5                     0.2 4347 UA,UG  
2384 2384 16S 31 960 975   v4 U:A No BP       Weak A           100.0                       208 UG  
2385 2385 16S 31 960 975   v4 U:A No BP       Weak C     96.9                         3.1   162 UA,UU  
2386 2386 16S 31 960 975   v4 U:A No BP       Weak E     0.7     99.0     0.1         0.2       1006 UG  
2387 2387 16S 31 960 975   v4 U:A No BP       Weak M     6.5 89.1   0.6 0.9 0.3 0.6   0.1 0.3     1.0 0.7 0.1 1153 UA,AU UA,AU,CC
2388 2388 16S 31 961 974   v4 U:A No BP       Weak T 0.1 0.1 66.4 0.1 0.1 16.8 0.3     0.6 0.2 2.1     8.7 4.1 0.3 6856 UA,UG,CU,UC,UU GC,UA,CU
2389 2389 16S 31 961 974   v4 U:A No BP       Weak 3 0.1 0.1 68.1     20.8         0.2       8.9 1.5 0.3 5546 UA,UG,UC UA,CC
2390 2390 16S 31 961 974   v4 U:A No BP       Weak B 0.1   86.4     0.3         0.1       11.3 1.2 0.4 4330 UA,UC GC,UA
2391 2391 16S 31 961 974   v4 U:A No BP       Weak A   3.3 3.3     78.5                   14.8   209 CG,UA,UG,UU  
2392 2392 16S 31 961 974   v4 U:A No BP       Weak C     96.9             2.5           0.6   163 UA,CA  
2393 2393 16S 31 961 974   v4 U:A No BP       Weak E   0.1 2.4     96.7         0.4     0.1 0.3     1007 UA,UG UG,CC
2394 2394 16S 31 961 974   v4 U:A No BP       Weak M 0.6   54.6 0.6 0.4 0.1 1.5 0.1   3.3 0.3 12.3 0.1   8.9 17.3   1151 UA,CA,CU,UC,UU GC,UA,CU
2626 2626 16S 34 1053 1205   v4 G:U No BP       Weak T 2.6     15.1 81.7     0.1       0.1         0.3 6891 GC,AU,GU GU,AC
2627 2627 16S 34 1053 1205   v4 G:U No BP       Weak 3 3.0     0.1 96.4             0.2         0.3 5581 GC,GU  
2628 2628 16S 34 1053 1205   v4 G:U No BP       Weak B 3.8       95.6             0.2         0.2 4383 GC,GU  
2629 2629 16S 34 1053 1205   v4 G:U No BP       Weak A 1.0     0.5 98.5                         197 GU  
2630 2630 16S 34 1053 1205   v4 G:U No BP       Weak C 0.6       99.4                         163 GU  
2631 2631 16S 34 1053 1205   v4 G:U No BP       Weak E         99.8                       0.2 997 GU  
2632 2632 16S 34 1053 1205   v4 G:U No BP       Weak M 0.5     90.9 7.8     0.5       0.1       0.1 0.1 1152 AU,GU GC,AU
2689 2689 16S 34 1064 1192   v4 G:C No BP       Strong T 73.2   2.5 0.4 1.8 0.2 0.2 0.1 0.1 0.7 0.1 12.9 2.5 0.5 4.2 0.4 0.1 6914 GC,UA,CU,GA,UC GC,UA,AG,CU
2690 2690 16S 34 1064 1192   v4 G:C No BP       Strong 3 79.8   0.4   1.8 0.2   0.1 0.1     15.9 0.1 0.4 0.8 0.2 0.1 5606 GC,CU GC,UA,AG,CU
2691 2691 16S 34 1064 1192   v4 G:C No BP       Strong B 97.1       2.1     0.1         0.1 0.6       4404 GC,GU  
2692 2692 16S 34 1064 1192   v4 G:C No BP       Strong A 100.0                                 198 GC  
2693 2693 16S 34 1064 1192   v4 G:C No BP       Strong C 89.6       6.1   0.6             3.7       163 GC,GU,GG GC,AA
2694 2694 16S 34 1064 1192   v4 G:C No BP       Strong E   0.1 2.2   1.0 1.3     0.3 0.1 0.1 89.3     4.3 1.1 0.2 1000 UA,CU,UC AG,CU,UC
2695 2695 16S 34 1064 1192   v4 G:C No BP       Strong M 38.0 0.1 12.9 3.0 1.0   1.0 0.2 0.3 3.9 0.7   15.0 0.3 21.7 1.6 0.5 1150 GC,UA,AU,CA,GA,UC GC,CG,UA,AU
2899 2899 16S 40 1158 1178   v4 C:G No BP       Weak T   81.2 0.4 0.1   0.5       0.1 1.8 0.2   0.1 0.2 0.1 15.2 7138 CG CG,UA,AU
2900 2900 16S 40 1158 1178   v4 C:G No BP       Weak 3   96.4       0.5       0.2 2.2 0.1     0.2   0.2 5825 CG,CC CG,UC
2901 2901 16S 40 1158 1178   v4 C:G No BP       Weak B   99.8                               4605 CG  
2902 2902 16S 40 1158 1178   v4 C:G No BP       Weak A   99.5       0.5                       195 CG  
2903 2903 16S 40 1158 1178   v4 C:G No BP       Weak C   91.0   0.6   3.0 0.6   0.6     0.6         3.6 167 CG,UG CG,AU
2904 2904 16S 40 1158 1178   v4 C:G No BP       Weak E   80.9 0.1     2.7   0.1 0.1 0.8 12.7 0.7   0.2 1.2 0.1 0.5 1019 CG,UG,CC CG,UC
2905 2905 16S 40 1158 1178   v4 C:G No BP       Weak M 0.1 2.5 2.3 0.3     0.2   0.1     0.3   0.2   0.4 93.5 1152 CG,UA GC,CG,UA,AU
2906 2906 16S 40 1159 1177   v4 U:G No BP       Weak T   5.5 0.2 0.1   73.5 1.5 0.3 1.5 0.4 0.4 0.1 0.1 0.8   0.4 15.2 7135 CG,UG UG,AA,CC
2907 2907 16S 40 1159 1177   v4 U:G No BP       Weak 3   6.6 0.2 0.1   87.0 1.8 0.4 1.8 0.4   0.1 0.1 0.9 0.1 0.4 0.3 5822 CG,UG UG,AA,CU
2908 2908 16S 40 1159 1177   v4 U:G No BP       Weak B   5.7 0.1     93.5     0.5               0.1 4600 CG,UG  
2909 2909 16S 40 1159 1177   v4 U:G No BP       Weak A   53.0       46.0           0.5       0.5   198 CG,UG CG,UU
2910 2910 16S 40 1159 1177   v4 U:G No BP       Weak C   3.0 0.6 0.6   90.4     1.2 0.6       0.6   0.6 2.4 167 CG,UG AU,UG,CA
2911 2911 16S 40 1159 1177   v4 U:G No BP       Weak E 0.1 1.6 0.7 0.4   65.6 10.1 2.2 8.0 2.3 0.2 0.2 0.4 5.1 0.3 2.3 0.7 1018 UG,AA,AC,AG,CA,GG,UU UG,AA,CC
2912 2912 16S 40 1159 1177   v4 U:G No BP       Weak M   0.3 0.3 0.2 0.1 2.5 0.1   0.1 0.3 2.0 0.2   0.2   0.4 93.6 1152 UG,CC AU,UG,CC
6602 6602 23S 55 1420 1578   v4 A:U No BP       Strong T 4.5 10.9 5.9 7.0 0.8 0.2 0.1 0.2 0.6 0.2   0.8       22.3 46.3 860 GC,CG,UA,AU,UU GC,CG,AA,UU
6603 6603 23S 55 1420 1578   v4 A:U No BP       Strong 3 8.1 18.8 9.1 10.5 1.0 0.4   0.2 0.8 0.4   1.2       39.5 9.8 484 GC,CG,UA,AU,UU GC,CG,UU

Next page

Advanced export

JSON shape: default, array, newline-delimited

CSV options: 

CREATE TABLE "basepair_frequency" (
   "molecule" TEXT,
   "helix_number" TEXT,
   "position_1" INTEGER,
   "position_2" INTEGER,
   "pair_note" TEXT,
   "header_format" TEXT,
   "reference_base_pair" TEXT,
   "conformation" TEXT,
   "ai_code" TEXT,
   "tertiary_type" TEXT,
   "header_extra" TEXT,
   "strength" TEXT,
   "group_code" TEXT,
   "GC" REAL,
   "CG" REAL,
   "UA" REAL,
   "AU" REAL,
   "GU" REAL,
   "UG" REAL,
   "AA" REAL,
   "AC" REAL,
   "AG" REAL,
   "CA" REAL,
   "CC" REAL,
   "CU" REAL,
   "GA" REAL,
   "GG" REAL,
   "UC" REAL,
   "UU" REAL,
   "gap" REAL,
   "Seq" INTEGER,
   "predominant_types" TEXT,
   "covarying_types" TEXT
);
CREATE INDEX "idx_basepair_frequency_molecule_position_1_position_2"
    ON "basepair_frequency" ("molecule", "position_1", "position_2");