Base-pair statistics (frequencies and scores together) (view)

predominant_types
Base-pair types shown in bold in the published table (most frequent).
covarying_types
Base-pair types marked * in the published table (involved in a covariation).
sequences
Number of sequences in the group.

210 rows where strength = "Strong" and tertiary_type = "3°: pseudoknot" sorted by position_1

✎ View and edit SQL

This data as json, CSV (advanced)

Suggested facets: helix_number, position_1, position_2, reference_base_pair, AA, AC, AG, CA, CC, CU, GG, UC, UU, PE, DfDel

group_code 7

  • 3 30
  • A 30
  • B 30
  • C 30
  • E 30
  • M 30
  • T 30

conformation 4

molecule 2

tertiary_type 1

  • 3°: pseudoknot · 210 ✖

strength 1

  • Strong · 210 ✖
molecule helix_number position_1 ▼ position_2 reference_base_pair conformation tertiary_type strength group_code GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap sequences predominant_types covarying_types Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1_C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc
16S 2 17 918 U:A cWW 3°: pseudoknot Strong T   0.1 98.3 0.1   0.4 0.1     0.1     0.1   0.2 0.2 0.4 3912 UA CG,UA,AU 13 16 7 0.48 0.15 0.0 0.15 0.99 0.99 1.92 1.9 0.0 0.46
16S 2 17 918 U:A cWW 3°: pseudoknot Strong 3     98.5     0.5       0.1     0.1   0.2 0.2 0.3 3123 UA   3 6 1 0.22 0.05 0.0 0.05 0.99 0.99 1.94 1.92 0.0 0.43
16S 2 17 918 U:A cWW 3°: pseudoknot Strong B     99.1     0.1             0.1     0.2 0.2 2163 UA   1 3 0 0.0 0.07 0.0 0.07 0.99 0.99 1.95 1.96 0.0 0.37
16S 2 17 918 U:A cWW 3°: pseudoknot Strong A     98.6     1.4                       148 UA   0 1 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.99 1.0 2.0 1.93 0.0 0.56
16S 2 17 918 U:A cWW 3°: pseudoknot Strong C     100.0                             117 UA   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 2.0 1.93 0.01 0.64
16S 2 17 918 U:A cWW 3°: pseudoknot Strong E     96.8 0.1   1.4       0.4         0.7 0.1 0.5 812 UA UA,AU 2 2 1 0.5 0.04 0.0 0.04 0.97 0.99 1.91 1.81 0.0 0.77
16S 2 17 918 U:A cWW 3°: pseudoknot Strong M   0.4 97.3 0.4   0.1 0.3     0.1     0.1 0.1 0.3 0.3 0.3 672 UA CG,UA,AU 10 10 6 0.6 0.38 0.98 1.36 0.98 0.99 1.82 1.83 0.0 0.58
16S 2 18 917 C:G cWW 3°: pseudoknot Strong T 0.6 92.5 3.9     0.6     0.3 1.7   0.1 0.1       0.2 3930 CG,UA GC,CG,UA 44 41 21 0.49 0.62 0.97 1.6 0.97 0.98 1.62 1.59 0.0 0.46
16S 2 18 917 C:G cWW 3°: pseudoknot Strong 3   92.8 3.9     0.7     0.2 2.1   0.1         0.2 3137 CG,UA,CA CG,UA 27 23 11 0.44 0.56 0.97 1.53 0.97 0.98 1.68 1.66 0.0 0.44
16S 2 18 917 C:G cWW 3°: pseudoknot Strong B   95.2 3.0     0.7     0.2 0.5   0.1         0.1 2163 CG,UA CG,UA 24 18 10 0.48 0.64 0.98 1.62 0.98 0.99 1.7 1.75 0.0 0.37
16S 2 18 917 C:G cWW 3°: pseudoknot Strong A   99.3       0.7                       149 CG   1 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.99 1.0 1.94 1.96 0.0 0.56
16S 2 18 917 C:G cWW 3°: pseudoknot Strong C   99.2             0.8                 118 CG   1 1 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.99 0.99 1.94 1.93 0.01 0.65
16S 2 18 917 C:G cWW 3°: pseudoknot Strong E   85.5 7.2     0.6       6.5             0.2 825 CG,UA,CA CG,UA 2 5 1 0.29 0.5 0.93 1.43 0.93 0.93 1.58 1.34 0.0 0.78
16S 2 18 917 C:G cWW 3°: pseudoknot Strong M 3.4 90.1 4.7 0.1   0.1 0.1   0.6 0.1     0.1     0.1 0.3 675 GC,CG,UA GC,CG,UA,AU 16 17 10 0.61 0.86 0.99 1.85 0.99 0.99 1.39 1.35 0.0 0.58
16S 2 19 916 A:U cWW 3°: pseudoknot Strong T 0.1 86.3 1.4 8.0   0.2 0.1   1.3 0.4 0.1 1.8   0.1     0.4 3959 CG,AU GC,CG,UA,AU 49 31 7 0.17 0.71 0.96 1.67 0.96 0.96 1.38 1.41 0.0 0.46
16S 2 19 916 A:U cWW 3°: pseudoknot Strong 3   85.3 0.9 9.6   0.3     1.2 0.3 0.1 2.2   0.1     0.2 3166 CG,AU,CU CG,UA,AU 32 16 1 0.04 0.72 0.96 1.68 0.96 0.96 1.39 1.41 0.0 0.44
16S 2 19 916 A:U cWW 3°: pseudoknot Strong B   79.9 0.3 13.9   0.4     1.7 0.2 0.1 3.2   0.1     0.2 2190 CG,AU,CU CG,UA,AU 32 13 1 0.04 0.72 0.94 1.66 0.94 0.95 1.29 1.34 0.0 0.37
16S 2 19 916 A:U cWW 3°: pseudoknot Strong A   100.0                               150 CG   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 2.0 1.96 0.0 0.57
16S 2 19 916 A:U cWW 3°: pseudoknot Strong C   91.5             8.5                 117 CG,AG   5 2 1 0.29 0.0 0.0 0.0 0.92 0.92 1.4 1.93 0.0 0.64
16S 2 19 916 A:U cWW 3°: pseudoknot Strong E   97.0 2.4             0.5             0.1 826 CG,UA CG,UA 0 3 0 0.0 0.83 0.99 1.83 0.99 0.99 1.82 1.79 0.0 0.78
16S 2 19 916 A:U cWW 3°: pseudoknot Strong M 0.4 90.7 4.4 1.9   0.1 0.3   0.4 0.9   0.1   0.3     0.3 676 CG,UA GC,CG,UA,AU 12 13 5 0.4 0.75 0.98 1.73 0.98 0.98 1.46 1.52 0.0 0.58
23S 6.1 61 93 C:G cWW 3°: pseudoknot Strong T 23.0 8.3 5.0 9.9 2.0 0.3 0.4 3.1 0.3   0.1   0.7 0.4 0.4 0.8 45.0 734 GC,CG,UA,AU,GU,AC GC,CG,UA,AU 36 33 21 0.61 0.73 0.84 1.57 0.84 0.89 -0.6 -0.87 0.12 0.39
23S 6.1 61 93 C:G cWW 3°: pseudoknot Strong 3 26.0 14.3 8.8 15.7   0.5   5.7         0.2 0.2     28.5 407 GC,CG,UA,AU,AC GC,CG,UA,AU 22 20 13 0.62 0.85 0.91 1.76 0.91 0.91 0.29 -0.76 0.19 0.46
23S 6.1 61 93 C:G cWW 3°: pseudoknot Strong B 32.7 18.5 14.2 25.2   0.4   9.1                   254 GC,CG,UA,AU,AC GC,CG,UA,AU 16 17 12 0.73 0.86 0.91 1.76 0.91 0.91 0.09 0.12 0.0 0.78
23S 6.1 61 93 C:G cWW 3°: pseudoknot Strong A 63.9 30.6                     2.8 2.8       36 GC,CG,GA,GG GC,CG 1 3 1 0.5 0.85 0.94 1.79 0.94 0.94 1.11 0.92 0.0 0.88
23S 6.1 61 93 C:G cWW 3°: pseudoknot Strong C 67.0 3.2   7.4 16.0               2.1   2.1   2.2 94 GC,CG,AU,GU,GA,UC GC,CG,AU 5 7 3 0.5 0.34 0.79 1.14 0.79 0.96 1.13 0.8 0.0 0.89
23S 6.1 61 93 C:G cWW 3°: pseudoknot Strong E           0.9                     99.1 117     5 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.38 -0.05 0.45 0.0
23S 6.1 61 93 C:G cWW 3°: pseudoknot Strong M     0.4 0.9     1.3   0.9   0.4   0.9 0.9 0.4 2.6 91.5 233 UU AA,CC,GG,UU 9 6 5 0.67 0.43 0.6 1.03 0.15 0.15 -0.55 -0.5 0.02 0.06
23S 6.1 62 92   cWW 3°: pseudoknot Strong T 3.1 15.2 13.3 1.5 0.3 0.7 10.4   1.2 0.9 0.4 0.3 0.7 0.4   7.9 43.8 738 GC,CG,UA,AA,UU GC,CG,UA,AU 42 27 17 0.49 0.44 0.59 1.02 0.59 0.6 -0.67 -0.83 0.12 0.4
23S 6.1 62 92   cWW 3°: pseudoknot Strong 3 5.6 25.1 19.8 1.0 0.2 0.5 4.1   1.2 0.2 0.2   1.0 0.2   12.2 28.5 410 GC,CG,UA,AA,UU GC,CG,UA,AU 23 14 10 0.54 0.57 0.72 1.29 0.72 0.73 0.41 -0.73 0.19 0.47
23S 6.1 62 92   cWW 3°: pseudoknot Strong B 8.9 26.8 31.1 1.6 0.4 0.8 6.6   1.9 0.4     1.6     19.5 0.4 257 GC,CG,UA,AA,UU GC,CG,UA,AU 15 12 9 0.67 0.55 0.69 1.23 0.69 0.7 0.3 0.12 0.0 0.79
23S 6.1 62 92   cWW 3°: pseudoknot Strong A   94.4 2.8               2.8             36 CG,UA,CC CG,UA 1 2 1 0.67 0.5 0.97 1.47 0.97 0.97 1.82 1.64 0.0 0.88
23S 6.1 62 92   cWW 3°: pseudoknot Strong C   8.4 15.8 2.1     57.9   4.2 6.3       1.1   3.2 1.1 95 CG,UA,AU,AA,AG,CA,UU CG,AA,UU 10 7 4 0.47 0.28 0.7 0.98 0.27 0.27 0.65 1.02 0.01 0.91
23S 6.1 62 92   cWW 3°: pseudoknot Strong E                           0.9     99.1 117     7 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.23 -0.05 0.45 0.0
23S 6.1 62 92   cWW 3°: pseudoknot Strong M   0.4 0.9 2.1 0.4 1.3 2.1       0.9 0.9 0.4 0.4   2.1 88.0 233 AU,AA,UU AU,UG,CC,GA 9 6 3 0.4 0.35 0.46 0.81 0.29 0.43 -0.59 -0.53 0.02 0.09
23S 6.1 65 89 U:A cWW 3°: pseudoknot Strong T 10.4 24.5 4.9 9.1 2.8   0.1 0.1 0.4 0.1     1.9 0.3 0.3 0.1 44.9 740 GC,CG,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU 26 25 20 0.78 0.8 0.89 1.68 0.89 0.94 -0.75 -0.9 0.11 0.39
23S 6.1 65 89 U:A cWW 3°: pseudoknot Strong 3 18.5 24.8 7.1 15.1 5.1                 0.5 0.2 0.2 28.5 411 GC,CG,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU 15 17 14 0.88 0.87 0.92 1.78 0.92 0.99 0.14 -0.78 0.19 0.47
23S 6.1 65 89 U:A cWW 3°: pseudoknot Strong B 15.6 39.7 11.3 24.1 8.2                 0.8   0.4   257 GC,CG,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU 15 17 14 0.88 0.84 0.91 1.75 0.91 0.99 0.12 0.17 0.0 0.79
23S 6.1 65 89 U:A cWW 3°: pseudoknot Strong A 100.0                                 36 GC   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 2.0 2.0 0.0 0.88
23S 6.1 65 89 U:A cWW 3°: pseudoknot Strong C   81.2 6.2 2.1                 8.3   1.0   1.0 96 CG,UA,AU,GA CG,AU,GA,UC 5 4 4 0.89 0.65 0.94 1.58 0.91 0.91 0.98 1.2 0.01 0.92
23S 6.1 65 89 U:A cWW 3°: pseudoknot Strong E                             0.8   99.1 118     0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.26 -0.05 0.45 0.0
23S 6.1 65 89 U:A cWW 3°: pseudoknot Strong M 0.4 0.4 0.4 1.3     0.4 0.4 1.3 0.4     2.6       92.1 233 GA AG,GA 6 4 2 0.4 0.25 0.5 0.75 0.33 0.33 -0.49 -0.46 0.01 0.06
23S 6.2 67 74 U:A cWH 3°: pseudoknot Strong T 9.9 1.5 34.7 6.9 6.2 0.8 0.7 0.1 0.1 0.5 0.5 0.4 0.8 0.5 7.3 1.8 27.1 740 GC,UA,AU,GU,UC GC,CG,UA,AU 33 37 15 0.43 0.48 0.73 1.21 0.73 0.82 -0.45 -0.59 0.0 0.52
23S 6.2 67 74 U:A cWH 3°: pseudoknot Strong 3 2.2 2.2 60.3 8.5 6.3 1.5       0.7 1.0   0.2   13.1 2.7 1.1 411 GC,CG,UA,AU,GU,UC,UU GC,CG,UA,AU 17 20 6 0.32 0.34 0.74 1.08 0.74 0.82 0.84 0.45 0.0 0.64
23S 6.2 67 74 U:A cWH 3°: pseudoknot Strong B 2.7 2.7 71.9 10.5 6.6         0.4     0.4   0.4 3.9 0.4 256 GC,CG,UA,AU,GU,UU GC,CG,UA,AU 8 10 3 0.33 0.58 0.88 1.46 0.88 0.95 0.84 0.9 0.0 0.78
23S 6.2 67 74 U:A cWH 3°: pseudoknot Strong A 2.8   75.0 8.3 11.1                       2.8 36 GC,UA,AU,GU UA,GU 2 2 1 0.5 0.5 0.89 1.39 0.89 1.0 0.8 1.06 0.02 0.85
23S 6.2 67 74 U:A cWH 3°: pseudoknot Strong C 63.5 2.1 3.1 9.4 19.8   1.0           1.0         96 GC,CG,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU 8 11 7 0.74 0.4 0.78 1.18 0.78 0.98 1.18 0.73 0.0 0.93
23S 6.2 67 74 U:A cWH 3°: pseudoknot Strong E 0.8 1.7 31.1 4.2 4.2 5.0       1.7 3.4       44.5 0.8 2.5 119 UA,AU,GU,UG,CC,UC CG,AU,UC 7 8 2 0.27 0.11 0.0 0.11 0.39 0.48 0.97 0.16 0.01 0.44
23S 6.2 67 74 U:A cWH 3°: pseudoknot Strong M 1.3   2.6 3.0 0.4   1.7 0.4 0.4 0.4   1.3 1.7 1.7   0.9 84.1 233 UA,AU UA,AU,GG 8 6 2 0.29 0.33 0.46 0.79 0.43 0.46 -0.61 -0.62 0.0 0.12
23S 19.1 317 334 G:C cWW 3°: pseudoknot Strong T 34.1 3.9 2.0 27.9 4.6 0.8   0.1 0.2   0.4 0.1       0.2 25.5 889 GC,CG,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU 46 40 35 0.81 0.84 0.91 1.75 0.91 0.98 -0.41 -0.4 0.0 0.63
23S 19.1 317 334 G:C cWW 3°: pseudoknot Strong 3 52.7 6.5 3.4 27.5 7.1 1.3   0.2 0.4   0.7 0.2           535 GC,CG,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU 38 32 27 0.77 0.79 0.9 1.69 0.9 0.98 0.56 0.51 0.0 0.85
23S 19.1 317 334 G:C cWW 3°: pseudoknot Strong B 57.7 0.4   38.8 2.5 0.4         0.4             281 GC,AU,GU GC,CG,AU 20 20 16 0.8 0.92 0.97 1.89 0.97 1.0 0.95 0.97 0.0 0.86
23S 19.1 317 334 G:C cWW 3°: pseudoknot Strong A 80.6     11.1             8.3             36 GC,AU,CC GC,AU 4 3 3 0.86 0.57 0.92 1.49 0.92 0.92 1.1 1.5 0.0 0.88
23S 19.1 317 334 G:C cWW 3°: pseudoknot Strong C 6.0     90.0                       1.0 3.0 100 GC,AU GC,AU 4 3 3 0.86 0.86 0.99 1.85 0.99 0.99 1.41 1.42 0.01 0.94
23S 19.1 317 334 G:C cWW 3°: pseudoknot Strong E 41.7 15.6 8.3 15.6 14.2 2.8   0.5 0.9     0.5           218 GC,CG,UA,AU,GU,UG GC,CG,UA,AU 14 9 8 0.7 0.68 0.81 1.49 0.81 0.98 0.33 0.15 0.0 0.83
23S 19.1 317 334 G:C cWW 3°: pseudoknot Strong M 5.9     4.3 1.2                     0.4 88.2 254 GC,AU GC,AU 4 5 5 1.0 0.73 0.87 1.6 0.87 0.97 -0.44 -0.41 0.0 0.1
23S 19.1 318 333 C:G cWW 3°: pseudoknot Strong T 1.8 56.0 9.8 1.8 0.2 3.0 0.7   0.1 0.1 0.6         0.4 25.4 889 CG,UA,UG GC,CG,UA,AU 25 32 21 0.74 0.72 0.93 1.65 0.93 0.97 -0.12 -0.06 0.0 0.63
23S 19.1 318 333 C:G cWW 3°: pseudoknot Strong 3 3.0 71.2 15.7 2.6 0.4 4.9 0.6   0.2   0.6         0.7 0.2 535 GC,CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU 19 25 16 0.73 0.74 0.93 1.67 0.93 0.98 0.81 0.92 0.0 0.85
23S 19.1 318 333 C:G cWW 3°: pseudoknot Strong B 3.2 82.1 6.8 1.8   6.1                       280 GC,CG,UA,UG GC,CG,UA,AU 12 11 10 0.87 0.66 0.94 1.6 0.94 1.0 1.12 1.31 0.0 0.86
23S 19.1 318 333 C:G cWW 3°: pseudoknot Strong A 5.6 80.6 13.9                             36 GC,CG,UA GC,CG,UA 1 1 1 1.0 1.0 1.0 2.0 1.0 1.0 1.12 1.12 0.0 0.88
23S 19.1 318 333 C:G cWW 3°: pseudoknot Strong C   92.0 2.0       1.0     1.0 2.0           2.0 100 CG,UA,CC CG,UA 2 4 2 0.67 0.33 0.96 1.29 0.96 0.96 1.6 1.44 0.0 0.95
23S 19.1 318 333 C:G cWW 3°: pseudoknot Strong E 2.3 55.7 27.4 4.1 0.9 4.1 1.4   0.5   1.4         1.8 0.5 219 GC,CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU 6 13 5 0.53 0.77 0.9 1.67 0.9 0.95 0.52 0.59 0.01 0.83
23S 19.1 318 333 C:G cWW 3°: pseudoknot Strong M   9.8 0.4 0.8   0.4 0.8                   87.8 254 CG CG,UA,AU 4 3 3 0.86 0.33 0.87 1.2 0.9 0.94 -0.4 -0.39 0.0 0.1
23S 22.1 413 2410 C:G cWW 3°: pseudoknot Strong T 0.1 47.7 1.4 20.4 1.4   0.3   0.1   0.1 0.3 0.1 0.3     27.9 771 CG,AU GC,CG,UA,AU 17 51 9 0.27 0.89 0.96 1.86 0.96 0.98 -0.23 0.2 0.19 0.53
23S 22.1 413 2410 C:G cWW 3°: pseudoknot Strong 3 0.2 57.3 1.4 37.2 2.6       0.2     0.2 0.2 0.5       419 CG,AU,GU GC,CG,UA,AU 11 7 5 0.56 0.91 0.96 1.87 0.96 0.99 0.65 0.9 0.0 0.67
23S 22.1 413 2410 C:G cWW 3°: pseudoknot Strong B   100.0                               232 CG   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 2.0 2.0 0.0 0.71
23S 22.1 413 2410 C:G cWW 3°: pseudoknot Strong A       100.0                           37 AU   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 2.0 2.0 0.0 0.9
23S 22.1 413 2410 C:G cWW 3°: pseudoknot Strong C   99.0 1.0                             98 CG CG,UA 1 1 1 1.0 1.0 1.0 2.0 1.0 1.0 1.92 1.92 0.0 0.95
23S 22.1 413 2410 C:G cWW 3°: pseudoknot Strong E 0.7 5.3 4.0 79.3 7.3       0.7     0.7 0.7 1.3       150 CG,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU 11 7 5 0.56 0.48 0.89 1.38 0.89 0.97 0.86 1.27 0.0 0.57
23S 22.1 413 2410 C:G cWW 3°: pseudoknot Strong M   12.2 1.6 0.4     0.8       0.4 0.4         84.2 254 CG CG,UA,AU 4 42 3 0.13 0.56 0.9 1.46 0.9 0.9 -0.45 -0.04 0.63 0.13
23S 22.1 414 2409 C:G cWW 3°: pseudoknot Strong T 2.2 48.4 4.0 15.0 0.4 1.4   0.1 0.3 0.1     0.1       27.8 771 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU 17 37 8 0.3 0.9 0.97 1.86 0.97 0.99 -0.36 -0.1 0.14 0.53
23S 22.1 414 2409 C:G cWW 3°: pseudoknot Strong 3 4.1 58.5 6.7 27.4 0.7 1.7     0.2 0.2     0.2       0.2 419 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU 10 8 5 0.56 0.93 0.97 1.89 0.97 0.99 0.44 0.55 0.0 0.66
23S 22.1 414 2409 C:G cWW 3°: pseudoknot Strong B   99.6                             0.4 232 CG   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 2.0 1.95 0.0 0.71
23S 22.1 414 2409 C:G cWW 3°: pseudoknot Strong A   37.8 35.1   5.4 18.9       2.7               37 CG,UA,GU,UG,CA CG,UA,GU 4 3 2 0.57 0.65 0.78 1.44 0.73 0.97 0.77 0.82 0.0 0.9
23S 22.1 414 2409 C:G cWW 3°: pseudoknot Strong C   96.9 1.0     2.0                       98 CG,UG CG,UA 1 1 0 0.0 0.33 0.98 1.31 0.98 1.0 1.81 1.92 0.0 0.95
23S 22.1 414 2409 C:G cWW 3°: pseudoknot Strong E 11.3   10.0 76.7 0.7       0.7       0.7         150 GC,UA,AU GC,UA,AU 6 5 3 0.55 0.91 0.98 1.89 0.98 0.99 0.83 0.89 0.0 0.57
23S 22.1 414 2409 C:G cWW 3°: pseudoknot Strong M   13.0 0.8 0.4   0.8   0.4 0.4               84.2 254 CG CG,UA,AU 6 28 3 0.18 0.43 0.9 1.33 0.9 0.95 -0.46 -0.66 0.46 0.13
23S 22.1 415 2408 A:U cWW 3°: pseudoknot Strong T 1.9 8.4 13.5 47.3 0.1 0.3     0.1   0.3         0.3 27.8 771 CG,UA,AU GC,CG,UA,AU 20 20 13 0.65 0.96 0.99 1.94 0.99 0.99 -0.39 -0.35 0.03 0.53
23S 22.1 415 2408 A:U cWW 3°: pseudoknot Strong 3 3.6 15.5 23.2 56.3 0.2 0.5     0.2   0.5             419 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU 17 13 11 0.73 0.97 0.99 1.95 0.99 0.99 0.38 0.42 0.0 0.67
23S 22.1 415 2408 A:U cWW 3°: pseudoknot Strong B       100.0                           232 AU   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 2.0 2.0 0.0 0.71
23S 22.1 415 2408 A:U cWW 3°: pseudoknot Strong A 18.9 56.8 13.5   2.7 5.4         2.7             37 GC,CG,UA,GU,UG,CC GC,CG,UA 4 4 3 0.75 0.75 0.89 1.64 0.89 0.97 0.62 0.64 0.0 0.9
23S 22.1 415 2408 A:U cWW 3°: pseudoknot Strong C       98.0                       2.0   98 AU,UU   1 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.98 0.98 1.86 2.0 0.0 0.95
23S 22.1 415 2408 A:U cWW 3°: pseudoknot Strong E 5.3 29.3 61.3 2.7         0.7   0.7             150 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU 13 9 8 0.73 0.97 0.99 1.95 0.99 0.99 0.57 0.63 0.0 0.57
23S 22.1 415 2408 A:U cWW 3°: pseudoknot Strong M     2.8 13.0                         84.3 254 UA,AU UA,AU 2 7 2 0.44 1.0 1.0 2.0 1.0 1.0 -0.42 -0.75 0.11 0.13
23S 22.1 416 2407 U:A cWW 3°: pseudoknot Strong T 2.3 31.3 32.3 2.2 0.8 2.6   0.3               0.4 27.7 772 GC,CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU 24 23 17 0.72 0.9 0.94 1.84 0.94 0.99 -0.39 -0.51 0.02 0.53
23S 22.1 416 2407 U:A cWW 3°: pseudoknot Strong 3 4.3 31.0 54.5 2.9 1.4 4.8   0.5               0.7   420 GC,CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU 18 16 11 0.65 0.84 0.93 1.76 0.93 0.99 0.52 0.54 0.0 0.67
23S 22.1 416 2407 U:A cWW 3°: pseudoknot Strong B   44.2 55.8                             233 CG,UA CG,UA 7 6 5 0.77 1.0 1.0 2.0 1.0 1.0 1.0 1.01 0.0 0.71
23S 22.1 416 2407 U:A cWW 3°: pseudoknot Strong A 35.1 2.7 18.9 21.6 16.2     5.4                   37 GC,CG,UA,AU,GU,AC GC,CG,UA,AU 3 4 2 0.57 0.67 0.78 1.45 0.78 0.95 0.4 0.39 0.0 0.9
23S 22.1 416 2407 U:A cWW 3°: pseudoknot Strong C   96.9 3.1                             98 CG,UA CG,UA 1 1 1 1.0 1.0 1.0 2.0 1.0 1.0 1.81 1.81 0.0 0.95
23S 22.1 416 2407 U:A cWW 3°: pseudoknot Strong E 3.3 17.3 61.3 2.7   13.3                   2.0   150 GC,CG,UA,AU,UG,UU GC,CG,UA,AU 8 6 4 0.57 0.6 0.85 1.45 0.85 0.98 0.65 0.64 0.0 0.57
23S 22.1 416 2407 U:A cWW 3°: pseudoknot Strong M   6.7 6.7 2.0                         84.8 254 CG,UA,AU CG,UA,AU 5 6 5 0.91 1.0 1.0 2.0 1.0 1.0 -0.55 -0.73 0.08 0.12
16S 18.1 505 526 G:C cWW 3°: pseudoknot Strong T 98.6 0.2 0.2 0.1 0.4               0.1 0.1 0.1   0.1 6520 GC GC,CG,UA,AU 13 17 8 0.53 0.37 0.99 1.36 0.99 1.0 1.91 1.88 0.0 0.76
16S 18.1 505 526 G:C cWW 3°: pseudoknot Strong 3 98.8 0.2 0.1   0.4           0.1     0.1 0.1   0.1 5536 GC GC,CG,UA 6 7 3 0.46 0.3 0.99 1.29 0.99 1.0 1.92 1.9 0.0 0.77
16S 18.1 505 526 G:C cWW 3°: pseudoknot Strong B 98.5 0.2 0.1   0.5           0.1     0.1 0.2   0.1 4329 GC GC,CG,UA 6 7 3 0.46 0.32 0.99 1.31 0.99 1.0 1.9 1.88 0.0 0.74
16S 18.1 505 526 G:C cWW 3°: pseudoknot Strong A 99.5                         0.5       205 GC   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.99 0.99 2.0 1.96 0.0 0.78
16S 18.1 505 526 G:C cWW 3°: pseudoknot Strong C 99.4   0.6                             161 GC GC,UA 1 2 0 0.0 1.0 1.0 2.0 1.0 1.0 1.95 1.78 0.0 0.89
16S 18.1 505 526 G:C cWW 3°: pseudoknot Strong E 99.7       0.2                       0.1 1002 GC   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 2.0 1.97 0.0 0.95
16S 18.1 505 526 G:C cWW 3°: pseudoknot Strong M 97.0 0.1 0.5 0.6 1.3               0.4       0.1 831 GC GC,CG,UA,AU 6 8 5 0.71 0.42 0.98 1.4 0.98 1.0 1.87 1.78 0.0 0.72
16S 18.1 506 525 G:C cWW 3°: pseudoknot Strong T 97.6   0.1 1.1       0.5     0.1       0.1   0.2 6563 GC GC,UA,AU 25 19 14 0.64 0.6 0.99 1.59 0.99 0.99 1.82 1.86 0.0 0.77
16S 18.1 506 525 G:C cWW 3°: pseudoknot Strong 3 98.7     0.3       0.5     0.1     0.1 0.1   0.2 5579 GC GC,AU 9 3 1 0.17 0.26 0.99 1.25 0.99 0.99 1.9 1.94 0.0 0.78

Next page

Advanced export

JSON shape: default, array, newline-delimited

CSV options: 

CREATE VIEW basepair_combined as
select f.molecule, f.helix_number, f.position_1, f.position_2,
       f.reference_base_pair, f.conformation, f.tertiary_type, f.strength, f.group_code,
       f.GC, f.CG, f.UA, f.AU, f.GU, f.UG, f.AA, f.AC, f.AG, f.CA, f.CC, f.CU, f.GA, f.GG, f.UC, f.UU, f.gap, f.Seq as sequences,
       f.predominant_types, f.covarying_types,
       s.Xch, s.Ych, s.PE, s.PES, s.Cov1, s.Cov3, s."C1+C3" as C1_C3,
       s.WC, s.WCGU, s.XCons, s.YCons, s.DfDel, s.PNuc
from basepair_frequency f
left join basepair_collective_score s
  on s.molecule = f.molecule and s.position_1 = f.position_1
 and s.position_2 = f.position_2 and s.group_code = f.group_code;