Base-pair statistics (frequencies and scores together) (view)

predominant_types
Base-pair types shown in bold in the published table (most frequent).
covarying_types
Base-pair types marked * in the published table (involved in a covariation).
sequences
Number of sequences in the group.

85 rows where strength = "Significant" sorted by position_1

✎ View and edit SQL

This data as json, CSV (advanced)

Suggested facets: helix_number, position_1, position_2, reference_base_pair, CG, GU, AA, AC, AG, CA, CU, GA, GG, UC, UU, covarying_types, Xch, Ych, PE, PES, Cov3, DfDel

group_code 7

  • 3 13
  • A 13
  • B 13
  • E 13
  • C 11
  • M 11
  • T 11

conformation 4

tertiary_type 2

molecule 2

strength 1

  • Significant · 85 ✖
molecule helix_number position_1 ▼ position_2 reference_base_pair conformation tertiary_type strength group_code GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap sequences predominant_types covarying_types Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1_C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc
23S 5 53 117 A:G tHS 3°: base pair Significant T   0.4 1.5 2.1     0.8 0.3 66.2         0.1   0.3 28.1 719 AU,AG UA,AG 12 11 6 0.52 0.28 0.94 1.22 0.06 0.06 0.42 0.29 0.01 0.49
23S 5 53 117 A:G tHS 3°: base pair Significant 3   0.5   1.5         97.5         0.2     0.2 405 AG   2 2 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.02 0.02 1.9 1.86 0.0 0.64
23S 5 53 117 A:G tHS 3°: base pair Significant B                 100.0                 252 AG   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 2.0 2.0 0.0 0.77
23S 5 53 117 A:G tHS 3°: base pair Significant A   5.6   11.1         83.3                 36 CG,AU,AG   1 1 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.17 0.17 1.69 1.5 0.0 0.88
23S 5 53 117 A:G tHS 3°: base pair Significant C             6.2   93.8                 81 AA,AG   0 2 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 2.0 1.71 0.0 0.79
23S 5 53 117 A:G tHS 3°: base pair Significant E       1.7         96.6         0.9     0.9 117 AG   1 1 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.02 0.02 1.84 1.79 0.0 0.44
23S 5 53 117 A:G tHS 3°: base pair Significant M   0.4 4.7 3.9     0.4 0.9 2.1             0.9 86.6 233 UA,AU,AG CG,UA,AU 10 7 6 0.71 0.5 0.68 1.18 0.68 0.68 -0.51 -0.56 0.02 0.1
23S 6.1 64 90 A:U cWW 3°: pseudoknot Significant T 7.8 3.0 0.5 13.6 0.1 0.1 23.2 4.6 0.7   0.3 0.3 0.4 0.3   0.5 44.5 740 GC,CG,AU,AA,AC GC,CG,AA,UU 23 25 11 0.46 0.35 0.62 0.97 0.45 0.46 -0.16 -0.86 0.12 0.39
23S 6.1 64 90 A:U cWW 3°: pseudoknot Significant 3 14.1 5.1 0.7 22.1   0.2 29.0             0.2     28.4 411 GC,CG,AU,AA GC,CG,AA 15 11 8 0.61 0.45 0.67 1.12 0.59 0.59 0.89 -0.72 0.19 0.47
23S 6.1 64 90 A:U cWW 3°: pseudoknot Significant B 22.6 8.2 0.8 35.4   0.4 32.3             0.4       257 GC,CG,AU,AA GC,CG,UA,AU 11 11 8 0.73 0.49 0.67 1.16 0.67 0.67 0.76 0.15 0.0 0.79
23S 6.1 64 90 A:U cWW 3°: pseudoknot Significant A             100.0                     36 AA   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 2.0 2.0 0.0 0.88
23S 6.1 64 90 A:U cWW 3°: pseudoknot Significant C       5.2     54.2 34.4 1.0         1.0   1.0 3.1 96 AU,AA,AC AA,GG,UU 2 8 1 0.2 0.05 0.0 0.05 0.05 0.05 1.57 0.66 0.03 0.9
23S 6.1 64 90 A:U cWW 3°: pseudoknot Significant E     0.8                           99.1 118     4 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 1.04 -0.05 0.45 0.0
23S 6.1 64 90 A:U cWW 3°: pseudoknot Significant M   0.4 0.4 2.1 0.4   0.4 0.4 1.7   0.9 0.9 1.3     1.3 89.7 233 AU AU,CC,GA 6 6 2 0.33 0.26 0.42 0.68 0.29 0.33 -0.57 -0.5 0.03 0.08
5S 3 78 98     3°: base pair Significant 3     0.3 0.5     5.2 0.3 92.3 0.7     0.2 0.3     0.2 611 AA,AG AG,CA                          
5S 3 78 98     3°: base pair Significant B     0.3 1.3     10.6 0.7 85.8       0.3 0.7     0.3 302 AA,AG AG,GA                          
5S 3 78 98     3°: base pair Significant A     2.3       2.3   86.4 9.1               44 UA,AA,AG,CA AG,CA                          
5S 3 78 98     3°: base pair Significant E                 100.0                 298 AG                            
5S 3 80 96 U:G cWW   Significant 3 0.3 8.5 0.2   0.2 89.2           0.2   0.2 0.2 1.1   611 CG,UG GC,UG,CU                          
5S 3 80 96 U:G cWW   Significant B 0.3 3.6 0.3     94.7               0.7   0.3   302 CG,UG GC,UG                          
5S 3 80 96 U:G cWW   Significant A           100.0                       44 UG                            
5S 3 80 96 U:G cWW   Significant E 0.7 14.8     0.3 80.9           0.3     0.3 2.7   298 CG,UG,UU GC,UG,CU                          
23S 13 239 258 C:G cWW   Significant T 5.7 5.5 22.5 12.1 2.5 21.2 1.4   0.1 4.4 5.9 0.3 0.3 0.2 9.6 4.7 3.3 866 GC,CG,UA,AU,GU,UG,CA,CC,UC,UU UA,AU,CC,GG 88 82 33 0.39 0.25 0.42 0.67 0.47 0.72 0.25 -0.19 0.01 0.8
23S 13 239 258 C:G cWW   Significant 3 3.3 8.2 20.3 4.9 1.0 31.6       3.9 9.8   0.2 0.4 13.9 2.1 0.4 512 GC,CG,UA,AU,UG,CA,CC,UC,UU AU,UG,CC,GA 52 42 18 0.38 0.22 0.47 0.69 0.37 0.7 0.71 0.13 0.0 0.81
23S 13 239 258 C:G cWW   Significant B 5.1 14.9 15.6 8.7 0.7 46.7         0.7       7.2   0.4 276 GC,CG,UA,AU,UG,UC GC,AU,UG 27 21 9 0.38 0.26 0.61 0.87 0.44 0.92 0.67 0.41 0.0 0.84
23S 13 239 258 C:G cWW   Significant A 5.6 2.8 8.3     77.8       5.6               36 GC,CG,UA,UG,CA GC,UG,CA 3 3 2 0.67 0.5 0.89 1.39 0.17 0.94 1.28 1.12 0.0 0.88
23S 13 239 258 C:G cWW   Significant C 29.0   8.0 5.0 17.0 5.0 3.0     4.0     1.0   12.0 16.0   100 GC,UA,AU,GU,UG,AA,CA,UC,UU GC,CA,UU 11 19 6 0.4 0.28 0.49 0.77 0.42 0.64 0.48 0.3 0.0 0.97
23S 13 239 258 C:G cWW   Significant E 0.5   29.0 0.5 1.5 2.5       9.0 24.0   0.5 1.0 25.5 5.5 0.5 200 UA,UG,CA,CC,UC,UU UA,GU,CC 22 18 7 0.35 0.36 0.55 0.91 0.3 0.34 0.84 0.47 0.0 0.76
23S 13 239 258 C:G cWW   Significant M 1.2 2.4 32.7 29.5   6.7 3.5   0.4 5.5 0.4 1.2 0.4     5.5 10.7 254 CG,UA,AU,UG,AA,CA,UU GC,CG,UA,AU 25 21 9 0.39 0.58 0.74 1.32 0.74 0.81 0.08 -0.01 0.02 0.73
23S 18 287 353 G:C cWW   Significant T 7.6 3.9 8.3 10.7 4.1 1.8 7.2 0.9 1.8 0.7 1.7 3.1 2.5 4.1 0.8 2.4 38.3 877 GC,CG,UA,AU,GU,AA,CU,GA,GG,UU GC,CG,UA,AU 70 69 26 0.37 0.39 0.49 0.89 0.49 0.59 -0.88 -0.86 0.01 0.52
23S 18 287 353 G:C cWW   Significant 3 12.4 6.5 9.4 14.5 6.5 3.1 8.2 1.1 1.5 0.2 2.9 4.8 3.4 6.9 1.0 2.7 14.9 523 GC,CG,UA,AU,GU,UG,AA,CC,CU,GA,GG,UU GC,CG,UA,AU 52 50 19 0.37 0.4 0.5 0.9 0.5 0.62 -0.35 -0.31 0.02 0.71
23S 18 287 353 G:C cWW   Significant B 8.4 6.2 15.3 21.8 4.7 4.4 14.2 0.4 1.1 0.4   8.7 2.9 5.5 0.7 4.0 1.5 275 GC,CG,UA,AU,GU,UG,AA,CU,GA,GG,UU GC,CG,UA,AU 32 27 12 0.41 0.39 0.52 0.91 0.52 0.62 0.08 0.07 0.01 0.83
23S 18 287 353 G:C cWW   Significant A 5.6 38.9   27.8   11.1   2.8     5.6   5.6     2.8   36 GC,CG,AU,UG,AC,CC,GA,UU GC,CG,AU 5 4 3 0.67 0.55 0.72 1.27 0.72 0.83 0.21 0.35 0.0 0.88
23S 18 287 353 G:C cWW   Significant C 2.0   23.0 12.0 1.0   18.0 2.0 7.0 5.0   2.0 3.0   2.0 4.0 19.0 100 GC,UA,AU,AA,AC,AG,CA,CU,GA,UC,UU GC,UA,AU 17 16 7 0.42 0.24 0.46 0.7 0.46 0.47 -0.36 -0.25 0.01 0.79
23S 18 287 353 G:C cWW   Significant E 18.9 1.4 3.3 2.8 9.9   1.9 1.9 2.4   6.1 0.5 3.8 9.9 1.4 0.9 35.0 212 GC,UA,AU,GU,AG,CC,GA,GG GC,CG,UA,AU 15 19 4 0.23 0.16 0.0 0.16 0.41 0.56 -0.32 -0.54 0.06 0.53
23S 18 287 353 G:C cWW   Significant M     0.4 2.4 0.4   0.8   0.4       0.4     1.2 94.1 254 AU UA,AU 1 3 0 0.0 0.11 0.0 0.11 0.47 0.53 -0.33 -0.33 0.0 0.05
23S 33 688 774 U:G No BP   Significant T     90.9 1.5 0.1 3.6       0.1         3.3 0.3 0.2 886 UA,UG,UC UA,AU 4 14 3 0.33 0.17 0.0 0.17 0.93 0.96 1.84 1.42 0.0 0.85
23S 33 688 774 U:G No BP   Significant 3     89.5     5.3                 5.0 0.2   524 UA,UG,UC   0 7 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.9 0.95 2.0 1.4 0.0 0.83
23S 33 688 774 U:G No BP   Significant B     88.7     9.2                 2.1     282 UA,UG,UC   0 4 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.89 0.98 2.0 1.41 0.0 0.86
23S 33 688 774 U:G No BP   Significant A     100.0                             37 UA   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 2.0 2.0 0.0 0.9
23S 33 688 774 U:G No BP   Significant C     100.0                             100 UA   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 2.0 2.0 0.0 0.97
23S 33 688 774 U:G No BP   Significant E     88.8     1.0                 9.8 0.5   205 UA,UC   0 3 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.89 0.9 2.0 1.42 0.0 0.78
23S 33 688 774 U:G No BP   Significant M     90.1 5.0 0.4 1.5       0.4         1.1 0.8 0.8 262 UA,AU UA,AU 4 7 3 0.55 0.54 0.96 1.5 0.96 0.98 1.56 1.41 0.01 0.83
23S 38 874 903 G:C cWW   Significant T 29.1 1.5 2.2 2.6 12.9 0.3 0.6 0.3         22.8   0.2 0.5 26.8 859 GC,UA,AU,GU,GA GC,CG,UA,AU 18 22 10 0.5 0.14 0.0 0.14 0.48 0.67 0.13 -0.62 0.01 0.6
23S 38 874 903 G:C cWW   Significant 3 30.6 2.6 1.2 2.4 21.3   0.4 0.2         39.8       1.4 493 GC,CG,AU,GU,GA CG,AU,GA 9 16 6 0.48 0.09 0.0 0.09 0.37 0.59 1.42 0.2 0.0 0.77
23S 38 874 903 G:C cWW   Significant B 53.7 4.5 2.5 4.9 34.4                         244 GC,CG,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU 6 6 3 0.5 0.26 0.66 0.91 0.66 1.0 1.29 0.66 0.0 0.75
23S 38 874 903 G:C cWW   Significant A 40.5       45.9     2.7         10.8         37 GC,GU,AC,GA GU,AC 0 7 0 0.0 0.05 0.0 0.05 0.41 0.86 1.82 0.61 0.0 0.9
23S 38 874 903 G:C cWW   Significant C 91.0     1.0 2.0 2.0   2.0             2.0     100 GC,GU,UG,AC,UC GC,AU,UG 3 3 2 0.67 0.33 0.94 1.27 0.92 0.96 1.56 1.67 0.0 0.97
23S 38 874 903 G:C cWW   Significant E 2.4 0.9     1.9   0.9           90.6       3.3 212 GC,GA CG,GA 3 3 3 1.0 0.15 0.0 0.15 0.03 0.05 1.6 1.33 0.0 0.78
23S 38 874 903 G:C cWW   Significant M 3.0   4.9 3.8 1.5 0.4 0.8                 1.5 84.3 266 GC,UA,AU GC,UA,AU 6 3 2 0.44 0.62 0.74 1.36 0.74 0.86 -0.57 -0.57 0.04 0.14
23S 42 1035 1120 U:G cWW   Significant T 0.2 0.2 1.5 0.7 0.2 69.2 0.1 0.2         0.1     0.6 26.8 858 UG GC,AU,UG 9 13 5 0.46 0.23 0.96 1.19 0.04 0.99 0.49 0.39 0.0 0.6
23S 42 1035 1120 U:G cWW   Significant 3   0.2 0.2     98.3                   0.8 0.4 482 UG   0 1 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.99 1.93 1.89 0.0 0.76
23S 42 1035 1120 U:G cWW   Significant B           100.0                       239 UG   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 2.0 2.0 0.0 0.73
23S 42 1035 1120 U:G cWW   Significant A           97.3                     2.7 37 UG   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.77 2.0 0.02 0.88
23S 42 1035 1120 U:G cWW   Significant C     1.0     98.0                   1.0   100 UG   0 2 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.99 2.0 1.84 0.0 0.97
23S 42 1035 1120 U:G cWW   Significant E   0.5 0.5     96.6                   1.9 0.5 206 UG   0 1 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.98 1.9 1.76 0.0 0.78
23S 42 1035 1120 U:G cWW   Significant M 0.7 0.4 4.0 2.2 0.7 8.0 0.4 0.7         0.4       82.6 276 UA,AU,UG GC,AU,UG 9 10 5 0.53 0.31 0.62 0.93 0.42 0.92 -0.54 -0.64 0.01 0.15
23S 51 1348 1598 C:A cWW 3°: base pair Significant T 29.1   7.8 1.3 0.6 0.5 1.5 0.8 0.1 15.5 0.6 0.2 0.1     0.1 41.5 844 GC,UA,CA GC,AU,UG,CA 26 35 4 0.13 0.59 0.8 1.39 0.66 0.67 -0.81 -0.5 0.2 0.47
23S 51 1348 1598 C:A cWW 3°: base pair Significant 3 32.1   4.3 0.4 0.6 0.4 0.9     19.7             41.6 468 GC,UA,CA GC,AU,UG,CA 8 22 2 0.13 0.78 0.9 1.68 0.63 0.65 -0.67 0.12 0.33 0.43
23S 51 1348 1598 C:A cWW 3°: base pair Significant B 57.0   5.3 0.8 1.1 0.8       35.0               263 GC,UA,CA GC,AU,UG,CA 7 5 2 0.33 0.85 0.94 1.78 0.63 0.65 0.71 0.81 0.0 0.81
23S 51 1348 1598 C:A cWW 3°: base pair Significant A                                 99.9 41     0 6 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.2 1.0 0.0
23S 51 1348 1598 C:A cWW 3°: base pair Significant C 96.0     2.0 2.0                         100 GC,AU,GU GC,AU 2 3 2 0.8 0.5 0.98 1.48 0.98 1.0 1.86 1.76 0.0 0.97
23S 51 1348 1598 C:A cWW 3°: base pair Significant E     3.7       2.4                   93.9 164 UA,AA   1 11 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.6 0.6 -0.3 0.74 0.63 0.04
23S 51 1348 1598 C:A cWW 3°: base pair Significant M     16.7 2.5   0.7 3.3 2.5 0.4 14.1 1.8 0.7 0.4     0.4 56.6 276 UA,AU,AA,AC,CA UA,AC,CU 16 10 0 0.0 0.12 0.0 0.12 0.44 0.46 -0.83 -0.56 0.01 0.39
23S 61 1667 1993 G:U tSH   Significant T 0.1   1.2 0.6 97.3   0.1           0.1 0.1   0.1 0.2 807 GU UA,GU 4 6 2 0.4 0.5 0.99 1.49 0.02 0.99 1.81 1.87 0.0 0.77
23S 61 1667 1993 G:U tSH   Significant 3 0.2     0.2 99.3                     0.2   430 GU   1 1 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 1.0 1.96 1.98 0.0 0.68
23S 61 1667 1993 G:U tSH   Significant B 0.4       99.2                     0.4   236 GU   0 1 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.96 1.96 0.0 0.72
23S 61 1667 1993 G:U tSH   Significant A         100.0                         41 GU   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 2.0 2.0 0.0 1.0
23S 61 1667 1993 G:U tSH   Significant C         100.0                         101 GU   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 2.0 2.0 0.0 0.98
23S 61 1667 1993 G:U tSH   Significant E       0.7 99.3                         153 GU   1 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 1.0 1.95 2.0 0.0 0.58
23S 61 1667 1993 G:U tSH   Significant M     3.6 1.4 93.1   0.4           0.4 0.4     0.7 276 UA,GU UA,GU 3 5 2 0.5 0.59 0.97 1.56 0.05 0.99 1.57 1.73 0.01 0.88
23S 77 2124 2174 G:C cWW   Significant T 67.5   0.2     0.1   0.1             0.2 0.1 31.6 847 GC GC,UA 3 2 2 0.8 0.29 0.99 1.28 0.99 0.99 0.4 0.41 0.0 0.55
23S 77 2124 2174 G:C cWW   Significant 3 100.0                                 437 GC   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 2.0 2.0 0.0 0.69
23S 77 2124 2174 G:C cWW   Significant B 100.0                                 241 GC   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 2.0 2.0 0.0 0.74
23S 77 2124 2174 G:C cWW   Significant A 100.0                                 41 GC   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 2.0 2.0 0.0 1.0
23S 77 2124 2174 G:C cWW   Significant C 99.0             1.0                   101 GC   1 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.99 0.99 1.92 2.0 0.0 0.98
23S 77 2124 2174 G:C cWW   Significant E 100.0                                 155 GC   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 2.0 2.0 0.0 0.59
23S 77 2124 2174 G:C cWW   Significant M 11.3   0.6     0.3                 0.6 0.3 86.7 309 GC GC,UA 2 2 2 1.0 0.33 0.9 1.24 0.9 0.93 -0.38 -0.4 0.0 0.13
23S 88 2401 2415 U:G cWW   Significant T 1.3 15.7 2.4 1.4   45.0     2.1 0.4     0.2   0.4 0.6 30.6 847 CG,UA,UG,AG GC,AU,UG,CA 30 23 14 0.53 0.13 0.0 0.13 0.3 0.95 -0.33 0.08 0.0 0.56
23S 88 2401 2415 U:G cWW   Significant 3 2.3 29.5 1.6 1.6   59.3     4.1           0.5 1.1   437 GC,CG,UG,AG GC,AU,UG 21 10 8 0.52 0.1 0.0 0.1 0.35 0.94 0.7 1.49 0.0 0.69
23S 88 2401 2415 U:G cWW   Significant B   6.6       92.9     0.4                 241 CG,UG   4 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.07 1.0 1.61 1.95 0.0 0.74
23S 88 2401 2415 U:G cWW   Significant A 12.2 70.7       12.2                 4.9     41 GC,CG,UG,UC GC,CG 4 2 1 0.33 0.42 0.83 1.25 0.83 0.95 0.84 1.34 0.0 1.0
23S 88 2401 2415 U:G cWW   Significant C     2.0     93.1       3.0     1.0   1.0     101 UA,UG,CA UG,CA 3 4 2 0.57 0.43 0.96 1.39 0.02 0.95 1.73 1.6 0.0 0.98
23S 88 2401 2415 U:G cWW   Significant E 3.2 54.2 4.5 4.5   19.4     11.0             3.2   155 GC,CG,UA,AU,UG,AG,UU GC,CG,UA,AU 13 8 7 0.67 0.27 0.67 0.93 0.67 0.86 0.43 1.08 0.0 0.59
23S 88 2401 2415 U:G cWW   Significant M 0.3 1.3 3.6 1.6   9.1             0.3       83.8 309 UA,UG GC,AU,UG 6 9 4 0.53 0.27 0.68 0.95 0.42 0.98 -0.49 -0.53 0.0 0.16

Advanced export

JSON shape: default, array, newline-delimited

CSV options: 

CREATE VIEW basepair_combined as
select f.molecule, f.helix_number, f.position_1, f.position_2,
       f.reference_base_pair, f.conformation, f.tertiary_type, f.strength, f.group_code,
       f.GC, f.CG, f.UA, f.AU, f.GU, f.UG, f.AA, f.AC, f.AG, f.CA, f.CC, f.CU, f.GA, f.GG, f.UC, f.UU, f.gap, f.Seq as sequences,
       f.predominant_types, f.covarying_types,
       s.Xch, s.Ych, s.PE, s.PES, s.Cov1, s.Cov3, s."C1+C3" as C1_C3,
       s.WC, s.WCGU, s.XCons, s.YCons, s.DfDel, s.PNuc
from basepair_frequency f
left join basepair_collective_score s
  on s.molecule = f.molecule and s.position_1 = f.position_1
 and s.position_2 = f.position_2 and s.group_code = f.group_code;