Base-pair statistics (frequencies and scores together) (view)

predominant_types
Base-pair types shown in bold in the published table (most frequent).
covarying_types
Base-pair types marked * in the published table (involved in a covariation).
sequences
Number of sequences in the group.

63 rows where molecule = "16S" and tertiary_type = "3°: pseudoknot" sorted by position_1

✎ View and edit SQL

This data as json, CSV (advanced)

Suggested facets: helix_number, position_1, position_2, reference_base_pair, GC, CG, UA, AU, GU, UG, AA, AC, AG, CA, CC, CU, GA, GG, UC, UU, gap, predominant_types, covarying_types, Xch, Ych, PE, PES, Cov3, WC, WCGU, XCons, YCons, DfDel, PNuc

group_code 7

strength 3

tertiary_type 1

  • 3°: pseudoknot · 63 ✖

molecule 1

  • 16S · 63 ✖

conformation 1

molecule helix_number position_1 ▼ position_2 reference_base_pair conformation tertiary_type strength group_code GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap sequences predominant_types covarying_types Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1_C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc
16S 2 17 918 U:A cWW 3°: pseudoknot Strong T   0.1 98.3 0.1   0.4 0.1     0.1     0.1   0.2 0.2 0.4 3912 UA CG,UA,AU 13 16 7 0.48 0.15 0.0 0.15 0.99 0.99 1.92 1.9 0.0 0.46
16S 2 17 918 U:A cWW 3°: pseudoknot Strong 3     98.5     0.5       0.1     0.1   0.2 0.2 0.3 3123 UA   3 6 1 0.22 0.05 0.0 0.05 0.99 0.99 1.94 1.92 0.0 0.43
16S 2 17 918 U:A cWW 3°: pseudoknot Strong B     99.1     0.1             0.1     0.2 0.2 2163 UA   1 3 0 0.0 0.07 0.0 0.07 0.99 0.99 1.95 1.96 0.0 0.37
16S 2 17 918 U:A cWW 3°: pseudoknot Strong A     98.6     1.4                       148 UA   0 1 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.99 1.0 2.0 1.93 0.0 0.56
16S 2 17 918 U:A cWW 3°: pseudoknot Strong C     100.0                             117 UA   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 2.0 1.93 0.01 0.64
16S 2 17 918 U:A cWW 3°: pseudoknot Strong E     96.8 0.1   1.4       0.4         0.7 0.1 0.5 812 UA UA,AU 2 2 1 0.5 0.04 0.0 0.04 0.97 0.99 1.91 1.81 0.0 0.77
16S 2 17 918 U:A cWW 3°: pseudoknot Strong M   0.4 97.3 0.4   0.1 0.3     0.1     0.1 0.1 0.3 0.3 0.3 672 UA CG,UA,AU 10 10 6 0.6 0.38 0.98 1.36 0.98 0.99 1.82 1.83 0.0 0.58
16S 2 18 917 C:G cWW 3°: pseudoknot Strong T 0.6 92.5 3.9     0.6     0.3 1.7   0.1 0.1       0.2 3930 CG,UA GC,CG,UA 44 41 21 0.49 0.62 0.97 1.6 0.97 0.98 1.62 1.59 0.0 0.46
16S 2 18 917 C:G cWW 3°: pseudoknot Strong 3   92.8 3.9     0.7     0.2 2.1   0.1         0.2 3137 CG,UA,CA CG,UA 27 23 11 0.44 0.56 0.97 1.53 0.97 0.98 1.68 1.66 0.0 0.44
16S 2 18 917 C:G cWW 3°: pseudoknot Strong B   95.2 3.0     0.7     0.2 0.5   0.1         0.1 2163 CG,UA CG,UA 24 18 10 0.48 0.64 0.98 1.62 0.98 0.99 1.7 1.75 0.0 0.37
16S 2 18 917 C:G cWW 3°: pseudoknot Strong A   99.3       0.7                       149 CG   1 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.99 1.0 1.94 1.96 0.0 0.56
16S 2 18 917 C:G cWW 3°: pseudoknot Strong C   99.2             0.8                 118 CG   1 1 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.99 0.99 1.94 1.93 0.01 0.65
16S 2 18 917 C:G cWW 3°: pseudoknot Strong E   85.5 7.2     0.6       6.5             0.2 825 CG,UA,CA CG,UA 2 5 1 0.29 0.5 0.93 1.43 0.93 0.93 1.58 1.34 0.0 0.78
16S 2 18 917 C:G cWW 3°: pseudoknot Strong M 3.4 90.1 4.7 0.1   0.1 0.1   0.6 0.1     0.1     0.1 0.3 675 GC,CG,UA GC,CG,UA,AU 16 17 10 0.61 0.86 0.99 1.85 0.99 0.99 1.39 1.35 0.0 0.58
16S 2 19 916 A:U cWW 3°: pseudoknot Strong T 0.1 86.3 1.4 8.0   0.2 0.1   1.3 0.4 0.1 1.8   0.1     0.4 3959 CG,AU GC,CG,UA,AU 49 31 7 0.17 0.71 0.96 1.67 0.96 0.96 1.38 1.41 0.0 0.46
16S 2 19 916 A:U cWW 3°: pseudoknot Strong 3   85.3 0.9 9.6   0.3     1.2 0.3 0.1 2.2   0.1     0.2 3166 CG,AU,CU CG,UA,AU 32 16 1 0.04 0.72 0.96 1.68 0.96 0.96 1.39 1.41 0.0 0.44
16S 2 19 916 A:U cWW 3°: pseudoknot Strong B   79.9 0.3 13.9   0.4     1.7 0.2 0.1 3.2   0.1     0.2 2190 CG,AU,CU CG,UA,AU 32 13 1 0.04 0.72 0.94 1.66 0.94 0.95 1.29 1.34 0.0 0.37
16S 2 19 916 A:U cWW 3°: pseudoknot Strong A   100.0                               150 CG   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 2.0 1.96 0.0 0.57
16S 2 19 916 A:U cWW 3°: pseudoknot Strong C   91.5             8.5                 117 CG,AG   5 2 1 0.29 0.0 0.0 0.0 0.92 0.92 1.4 1.93 0.0 0.64
16S 2 19 916 A:U cWW 3°: pseudoknot Strong E   97.0 2.4             0.5             0.1 826 CG,UA CG,UA 0 3 0 0.0 0.83 0.99 1.83 0.99 0.99 1.82 1.79 0.0 0.78
16S 2 19 916 A:U cWW 3°: pseudoknot Strong M 0.4 90.7 4.4 1.9   0.1 0.3   0.4 0.9   0.1   0.3     0.3 676 CG,UA GC,CG,UA,AU 12 13 5 0.4 0.75 0.98 1.73 0.98 0.98 1.46 1.52 0.0 0.58
16S 18.1 505 526 G:C cWW 3°: pseudoknot Strong T 98.6 0.2 0.2 0.1 0.4               0.1 0.1 0.1   0.1 6520 GC GC,CG,UA,AU 13 17 8 0.53 0.37 0.99 1.36 0.99 1.0 1.91 1.88 0.0 0.76
16S 18.1 505 526 G:C cWW 3°: pseudoknot Strong 3 98.8 0.2 0.1   0.4           0.1     0.1 0.1   0.1 5536 GC GC,CG,UA 6 7 3 0.46 0.3 0.99 1.29 0.99 1.0 1.92 1.9 0.0 0.77
16S 18.1 505 526 G:C cWW 3°: pseudoknot Strong B 98.5 0.2 0.1   0.5           0.1     0.1 0.2   0.1 4329 GC GC,CG,UA 6 7 3 0.46 0.32 0.99 1.31 0.99 1.0 1.9 1.88 0.0 0.74
16S 18.1 505 526 G:C cWW 3°: pseudoknot Strong A 99.5                         0.5       205 GC   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.99 0.99 2.0 1.96 0.0 0.78
16S 18.1 505 526 G:C cWW 3°: pseudoknot Strong C 99.4   0.6                             161 GC GC,UA 1 2 0 0.0 1.0 1.0 2.0 1.0 1.0 1.95 1.78 0.0 0.89
16S 18.1 505 526 G:C cWW 3°: pseudoknot Strong E 99.7       0.2                       0.1 1002 GC   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 2.0 1.97 0.0 0.95
16S 18.1 505 526 G:C cWW 3°: pseudoknot Strong M 97.0 0.1 0.5 0.6 1.3               0.4       0.1 831 GC GC,CG,UA,AU 6 8 5 0.71 0.42 0.98 1.4 0.98 1.0 1.87 1.78 0.0 0.72
16S 18.1 506 525 G:C cWW 3°: pseudoknot Strong T 97.6   0.1 1.1       0.5     0.1       0.1   0.2 6563 GC GC,UA,AU 25 19 14 0.64 0.6 0.99 1.59 0.99 0.99 1.82 1.86 0.0 0.77
16S 18.1 506 525 G:C cWW 3°: pseudoknot Strong 3 98.7     0.3       0.5     0.1     0.1 0.1   0.2 5579 GC GC,AU 9 3 1 0.17 0.26 0.99 1.25 0.99 0.99 1.9 1.94 0.0 0.78
16S 18.1 506 525 G:C cWW 3°: pseudoknot Strong B 99.0     0.3       0.1     0.1           0.3 4377 GC GC,AU 5 3 1 0.25 0.52 1.0 1.51 1.0 1.0 1.93 1.93 0.0 0.74
16S 18.1 506 525 G:C cWW 3°: pseudoknot Strong A 100.0                                 204 GC   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 2.0 2.0 0.0 0.77
16S 18.1 506 525 G:C cWW 3°: pseudoknot Strong C 98.1   1.2   0.6                         160 GC GC,UA 0 1 0 0.0 0.67 0.99 1.66 0.99 1.0 1.9 1.85 0.0 0.88
16S 18.1 506 525 G:C cWW 3°: pseudoknot Strong E 96.9             2.6           0.1 0.2   0.2 998 GC,AC   4 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.97 0.97 1.77 1.99 0.0 0.94
16S 18.1 506 525 G:C cWW 3°: pseudoknot Strong M 89.3 0.2 0.8 8.1 0.1   0.1 0.2             0.7 0.4   832 GC,AU GC,CG,UA,AU 16 15 13 0.84 0.85 0.98 1.84 0.98 0.99 1.43 1.48 0.0 0.72
16S 18.1 507 524 C:G cWW 3°: pseudoknot Strong T   89.5 8.7     0.5     0.2 0.1 0.5 0.1         0.1 6527 CG,UA CG,UA 31 36 11 0.33 0.85 0.98 1.83 0.98 0.99 1.51 1.49 0.0 0.77
16S 18.1 507 524 C:G cWW 3°: pseudoknot Strong 3   98.4       0.3   0.1 0.3 0.1 0.6 0.1         0.2 5544 CG CG,AC 15 10 0 0.0 0.04 0.0 0.04 0.99 0.99 1.91 1.9 0.0 0.77
16S 18.1 507 524 C:G cWW 3°: pseudoknot Strong B   99.1       0.2       0.2 0.2 0.1         0.1 4344 CG   7 7 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.99 0.99 1.94 1.93 0.0 0.74
16S 18.1 507 524 C:G cWW 3°: pseudoknot Strong A   93.5       4.5     2.0                 201 CG,UG,AG   6 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.94 0.98 1.61 2.0 0.0 0.76
16S 18.1 507 524 C:G cWW 3°: pseudoknot Strong C   100.0                               160 CG   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 2.0 2.0 0.0 0.88
16S 18.1 507 524 C:G cWW 3°: pseudoknot Strong E   96.2           0.3 0.8   2.3 0.2         0.2 999 CG,CC CG,AC 2 3 0 0.0 0.08 0.0 0.08 0.96 0.96 1.9 1.79 0.0 0.95
16S 18.1 507 524 C:G cWW 3°: pseudoknot Strong M   28.8 68.2 0.4   2.2       0.1     0.1     0.2   831 CG,UA,UG CG,UA,AU 16 26 11 0.52 0.92 0.97 1.89 0.97 0.99 1.08 1.06 0.0 0.72
16S 18 521 528 G:C cWW 3°: pseudoknot No Support T 99.5       0.1     0.1           0.1     0.2 6570 GC   3 5 0 0.0 0.04 0.0 0.04 1.0 1.0 1.96 1.96 0.0 0.77
16S 18 521 528 G:C cWW 3°: pseudoknot No Support 3 99.5       0.1     0.1           0.1     0.1 5577 GC   3 4 0 0.0 0.05 0.0 0.05 1.0 1.0 1.97 1.96 0.0 0.78
16S 18 521 528 G:C cWW 3°: pseudoknot No Support B 99.4       0.1     0.1           0.1     0.2 4373 GC   3 3 0 0.0 0.06 0.0 0.06 1.0 1.0 1.96 1.95 0.0 0.74
16S 18 521 528 G:C cWW 3°: pseudoknot No Support A 99.5                         0.5       203 GC   0 1 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.99 0.99 2.0 1.96 0.0 0.77
16S 18 521 528 G:C cWW 3°: pseudoknot No Support C 99.4                   0.6             170 GC   0 1 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.99 0.99 1.95 2.0 0.0 0.93
16S 18 521 528 G:C cWW 3°: pseudoknot No Support E 99.8             0.1                 0.1 1001 GC   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 1.99 1.99 0.0 0.95
16S 18 521 528 G:C cWW 3°: pseudoknot No Support M 99.6       0.1                 0.1     0.1 831 GC   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 2.0 1.96 0.0 0.72
16S 18 522 527 C:G cWW 3°: pseudoknot Strong T   99.3   0.4             0.1           0.1 6444 CG CG,AU 8 10 5 0.56 0.58 1.0 1.58 1.0 1.0 1.95 1.93 0.0 0.76
16S 18 522 527 C:G cWW 3°: pseudoknot Strong 3   99.3   0.3           0.1 0.1 0.1         0.1 5452 CG CG,AU 4 6 1 0.2 0.5 1.0 1.5 1.0 1.0 1.95 1.94 0.0 0.76
16S 18 522 527 C:G cWW 3°: pseudoknot Strong B   99.2   0.4           0.1 0.1 0.1         0.1 4252 CG CG,AU 3 6 1 0.22 0.53 1.0 1.53 1.0 1.0 1.95 1.92 0.0 0.72
16S 18 522 527 C:G cWW 3°: pseudoknot Strong A   99.5       0.5                       200 CG   1 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.99 1.0 1.96 2.0 0.0 0.76
16S 18 522 527 C:G cWW 3°: pseudoknot Strong C   99.4                     0.6         168 CG CG,GA 0 0 0 0.0 1.0 1.0 2.0 0.99 0.99 1.95 1.95 0.0 0.92
16S 18 522 527 C:G cWW 3°: pseudoknot Strong E   99.8                       0.1     0.1 1000 CG   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 1.99 1.99 0.0 0.95
16S 18 522 527 C:G cWW 3°: pseudoknot Strong M   99.0   0.8             0.1             832 CG CG,AU 4 4 4 1.0 0.88 1.0 1.87 1.0 1.0 1.93 1.92 0.0 0.72
16S 19.1 571 865 U:A cWW 3°: pseudoknot Weak T   0.3 98.8 0.1 0.1 0.2 0.1                   0.1 6825 UA CG,UA,GU 15 16 2 0.13 0.41 0.99 1.4 0.99 1.0 1.92 1.89 0.0 0.8
16S 19.1 571 865 U:A cWW 3°: pseudoknot Weak 3     99.7     0.1                       5788 UA   2 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 1.98 1.98 0.0 0.81
16S 19.1 571 865 U:A cWW 3°: pseudoknot Weak B     99.7                             4553 UA   2 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 1.98 1.98 0.0 0.78
16S 19.1 571 865 U:A cWW 3°: pseudoknot Weak A     100.0                             220 UA   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 2.0 2.0 0.0 0.83
16S 19.1 571 865 U:A cWW 3°: pseudoknot Weak C     98.8                         0.6 0.6 162 UA   0 1 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.99 0.99 1.94 1.89 0.01 0.89
16S 19.1 571 865 U:A cWW 3°: pseudoknot Weak E     99.6     0.3       0.1               1015 UA   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 1.99 1.97 0.0 0.96
16S 19.1 571 865 U:A cWW 3°: pseudoknot Weak M   2.3 93.0 0.7 0.6 0.8 0.7     0.1   0.1 0.1   0.1 0.2 1.3 881 CG,UA CG,UA,AU 13 15 2 0.14 0.52 0.97 1.49 0.97 0.99 1.63 1.55 0.01 0.75

Advanced export

JSON shape: default, array, newline-delimited

CSV options: 

CREATE VIEW basepair_combined as
select f.molecule, f.helix_number, f.position_1, f.position_2,
       f.reference_base_pair, f.conformation, f.tertiary_type, f.strength, f.group_code,
       f.GC, f.CG, f.UA, f.AU, f.GU, f.UG, f.AA, f.AC, f.AG, f.CA, f.CC, f.CU, f.GA, f.GG, f.UC, f.UU, f.gap, f.Seq as sequences,
       f.predominant_types, f.covarying_types,
       s.Xch, s.Ych, s.PE, s.PES, s.Cov1, s.Cov3, s."C1+C3" as C1_C3,
       s.WC, s.WCGU, s.XCons, s.YCons, s.DfDel, s.PNuc
from basepair_frequency f
left join basepair_collective_score s
  on s.molecule = f.molecule and s.position_1 = f.position_1
 and s.position_2 = f.position_2 and s.group_code = f.group_code;