Base-pair statistics (frequencies and scores together) (view)

predominant_types
Base-pair types shown in bold in the published table (most frequent).
covarying_types
Base-pair types marked * in the published table (involved in a covariation).
sequences
Number of sequences in the group.

203 rows where molecule = "16S" and tertiary_type = "3°: base pair" sorted by position_1

✎ View and edit SQL

This data as json, CSV (advanced)

Suggested facets: helix_number, position_1, position_2, reference_base_pair, GU, AC, CA, CU, UC, DfDel

group_code 7

  • 3 29
  • A 29
  • B 29
  • C 29
  • E 29
  • M 29
  • T 29

conformation 5

strength 4

tertiary_type 1

  • 3°: base pair · 203 ✖

molecule 1

  • 16S · 203 ✖
molecule helix_number position_1 ▼ position_2 reference_base_pair conformation tertiary_type strength group_code GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap sequences predominant_types covarying_types Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1_C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc
16S 5 47 361 C:G cWW 3°: base pair Strong T 18.0 65.2 3.2 2.5 0.2 0.4   0.7   0.1 1.4 3.3 1.1 0.5 0.1 2.7 0.4 6093 GC,CG,UA,AU,CU,UU GC,CG,UA,AU 85 51 22 0.32 0.69 0.89 1.58 0.89 0.9 0.75 0.66 0.0 0.71
16S 5 47 361 C:G cWW 3°: base pair Strong 3 21.2 72.3 3.5     0.4         0.1   1.2 0.6     0.4 5173 GC,CG,UA GC,CG,UA 12 9 9 0.86 0.91 0.97 1.89 0.97 0.98 0.97 1.0 0.0 0.72
16S 5 47 361 C:G cWW 3°: base pair Strong B   92.6 3.9     0.5             1.6 0.7     0.3 4038 CG,UA CG,UA 6 3 3 0.67 0.57 0.97 1.54 0.97 0.97 1.55 1.67 0.0 0.69
16S 5 47 361 C:G cWW 3°: base pair Strong A 91.0 0.5 4.5               0.5     1.0     2.5 199 GC,UA GC,CG,UA 4 4 4 1.0 0.77 0.98 1.75 0.98 0.98 1.64 1.47 0.02 0.73
16S 5 47 361 C:G cWW 3°: base pair Strong C   96.8               0.6 1.3     0.6     0.6 156 CG   1 1 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.97 0.97 1.88 1.85 0.01 0.85
16S 5 47 361 C:G cWW 3°: base pair Strong E 97.6   1.7 0.1       0.1         0.1   0.1   0.2 936 GC GC,UA,AU 2 2 2 1.0 0.85 1.0 1.85 1.0 1.0 1.83 1.85 0.0 0.89
16S 5 47 361 C:G cWW 3°: base pair Strong M   10.2 1.4 19.9 1.3 0.1 0.1 5.6   0.3 10.6 26.0 0.5   0.9 22.4 0.7 773 CG,AU,AC,CC,CU,UU UA,AC,CU 72 41 13 0.23 0.1 0.0 0.1 0.32 0.33 0.35 0.71 0.0 0.66
16S 6 68 101 G:A cWW 3°: base pair Weak T 3.1 0.3 13.9 0.7 0.3 0.3 0.2   0.1 0.2     68.8 0.4   0.2 11.6 6584 GC,UA,GA AU,UG,GA 39 50 15 0.34 0.05 0.0 0.05 0.2 0.21 0.52 0.9 0.01 0.68
16S 6 68 101 G:A cWW 3°: base pair Weak 3 3.4 0.3 16.3 0.7 0.2 0.3 0.2   0.1 0.3     77.1 0.4   0.2 0.6 5599 GC,UA,GA CG,AU,GA 27 32 7 0.24 0.04 0.0 0.04 0.21 0.21 1.18 1.55 0.0 0.78
16S 6 68 101 G:A cWW 3°: base pair Weak B 0.7   0.1   0.2 0.3 0.2     0.3     97.0 0.5     0.6 4427 GA UG,GA 15 18 1 0.06 0.13 0.0 0.13 0.01 0.01 1.86 1.76 0.0 0.75
16S 6 68 101 G:A cWW 3°: base pair Weak A 78.9     6.0 0.5 1.0             11.6 0.5     1.5 199 GC,AU,GA GC,AU,UG 4 8 3 0.5 0.36 0.87 1.23 0.86 0.88 1.45 0.91 0.0 0.74
16S 6 68 101 G:A cWW 3°: base pair Weak C 1.8   2.4 0.6 0.6               92.7 1.8       164 UA,GA AU,GA 4 5 1 0.22 0.08 0.0 0.08 0.05 0.06 1.78 1.65 0.0 0.9
16S 6 68 101 G:A cWW 3°: base pair Weak E   1.5 93.1 2.6   0.3 0.2   0.2 0.2   0.1 0.2 0.1   1.3 0.1 973 UA,AU CG,UA,AU 8 6 3 0.43 0.61 0.97 1.58 0.97 0.98 1.63 1.6 0.0 0.92
16S 6 68 101 G:A cWW 3°: base pair Weak M 1.2   0.4 0.7 1.2       0.1       6.9 0.1   0.1 89.2 830 GA AU,GA 8 13 7 0.67 0.01 0.0 0.01 0.02 0.04 -0.33 -0.42 0.0 0.0
16S 7 129 232 A:G cWW 3°: base pair Strong T 1.4 13.5 19.1 2.7 0.4 22.5 2.5 2.0 29.0 0.5 0.3 0.1 1.9 0.3 0.4 0.7 2.5 6964 CG,UA,AU,UG,AA,AC,AG GC,UA,AG,CU 204 218 59 0.28 0.3 0.51 0.81 0.38 0.61 0.26 0.58 0.01 0.8
16S 7 129 232 A:G cWW 3°: base pair Strong 3 1.2 15.7 21.8 0.8 0.3 26.1 0.1 0.1 30.3 0.2 0.1   1.9 0.2 0.1   1.0 5974 CG,UA,UG,AG GC,UA,AG 130 111 47 0.39 0.34 0.54 0.88 0.4 0.67 0.33 0.94 0.0 0.82
16S 7 129 232 A:G cWW 3°: base pair Strong B 1.5 17.8 11.5 1.0 0.4 25.1 0.1 0.1 38.0 0.2 0.2   2.4 0.3 0.1   1.2 4743 CG,UA,UG,AG,GA GC,UA,AG 113 88 42 0.42 0.21 0.52 0.73 0.32 0.58 0.24 1.08 0.0 0.8
16S 7 129 232 A:G cWW 3°: base pair Strong A   38.9 11.1     50.0                       216 CG,UA,UG   11 6 2 0.23 0.0 0.0 0.0 0.5 1.0 1.04 1.49 0.0 0.82
16S 7 129 232 A:G cWW 3°: base pair Strong C     0.6 4.8   1.8     91.0       0.6 0.6     0.6 167 AU,AG UA,AG 6 6 1 0.17 0.07 0.0 0.07 0.05 0.07 1.75 1.57 0.01 0.91
16S 7 129 232 A:G cWW 3°: base pair Strong E 0.1 0.8 72.3   0.1 25.7 0.1   0.4       0.1 0.1   0.2 0.1 1015 UA,UG CG,UA,GU 6 17 3 0.26 0.03 0.0 0.03 0.73 0.99 1.84 1.12 0.0 0.96
16S 7 129 232 A:G cWW 3°: base pair Strong M 3.1 0.5 3.0 15.6 1.0 0.6 20.6 16.7 7.5 2.6 1.6 0.8 2.2 0.6 3.0 5.3 15.4 832 GC,UA,AU,AA,AC,AG,CA,GA,UC,UU GC,CG,AA,UU 68 101 11 0.13 0.14 0.0 0.14 0.26 0.28 0.3 -0.49 0.04 0.61
16S 8 145 177 G:G cWW 3°: base pair Strong T 8.1 17.8 1.9 6.8 0.3 15.1 0.3 0.2 0.2 0.1   0.3 0.1 28.0   9.4 11.4 7032 GC,CG,AU,UG,GG,UU AA,GG,UU 211 148 61 0.34 0.16 0.0 0.16 0.39 0.56 -0.33 0.13 0.0 0.73
16S 8 145 177 G:G cWW 3°: base pair Strong 3 7.4 20.3 2.1 6.6 0.3 17.5 0.3 0.3 0.3 0.1   0.4 0.1 32.5   11.0 0.9 6040 GC,CG,UA,AU,UG,GG,UU AA,GG,UU 193 120 48 0.31 0.17 0.0 0.17 0.37 0.55 0.15 0.7 0.0 0.83
16S 8 145 177 G:G cWW 3°: base pair Strong B 6.7 24.1 2.4 2.8 0.2 21.8 0.1 0.1 0.3 0.1   0.1 0.1 40.8   0.1 0.3 4809 GC,CG,UA,AU,UG,GG UA,AU,GG 147 99 32 0.26 0.09 0.0 0.09 0.36 0.58 0.3 1.23 0.0 0.82
16S 8 145 177 G:G cWW 3°: base pair Strong A 55.1 29.0 2.8 6.5   5.6       0.9               214 GC,CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU 18 14 12 0.75 0.85 0.94 1.79 0.94 0.99 0.45 0.56 0.0 0.81
16S 8 145 177 G:G cWW 3°: base pair Strong C 72.6     17.9 1.8   0.6 0.6         0.6 3.6     2.4 168 GC,AU,GG GC,AU 9 16 7 0.56 0.71 0.93 1.64 0.93 0.94 1.09 0.91 0.02 0.9
16S 8 145 177 G:G cWW 3°: base pair Strong E 0.3 0.3 0.1 24.8 1.2   1.3 0.9 0.2 0.1   2.0     0.1 64.6 4.3 1018 AU,CU,UU GC,CG,AA,UU 28 7 4 0.23 0.06 0.0 0.06 0.27 0.28 0.74 1.45 0.03 0.93
16S 8 145 177 G:G cWW 3°: base pair Strong M   3.2 1.0 5.5 0.1 0.6           0.1       0.2 89.1 832 CG,AU CG,UA,AU 9 12 6 0.57 0.04 0.0 0.04 0.1 0.1 -0.45 -0.42 0.0 0.0
16S 8 152 169 A:C tHW 3°: base pair Strong T 0.2     0.4 7.2 0.2 2.5 69.9 0.4 0.1 2.1 0.4 0.7 3.7 0.2 0.1 11.9 7096 GU,AA,AC,CC,GG GU,UG,AC,CA 98 108 48 0.47 0.41 0.88 1.29 0.01 0.09 0.53 0.41 0.0 0.73
16S 8 152 169 A:C tHW 3°: base pair Strong 3 0.2     0.4 8.4 0.3 2.8 78.7 0.4 0.2 2.5 0.5 0.8 4.3 0.3 0.1 0.3 6105 GU,AA,AC,CC,GG GU,UG,AC,CA 95 103 47 0.47 0.42 0.88 1.3 0.01 0.09 1.15 1.02 0.0 0.85
16S 8 152 169 A:C tHW 3°: base pair Strong B 0.1     0.4 10.5 0.3 1.1 79.6 0.2 0.1 0.6 0.5 0.8 5.4 0.1   0.3 4869 GU,AC,GG GU,UG,AC,CA 72 84 46 0.59 0.54 0.91 1.45 0.01 0.11 1.2 1.01 0.0 0.83
16S 8 152 169 A:C tHW 3°: base pair Strong A       0.5     47.9 35.8 0.9   11.2 2.3       1.4   215 AA,AC,CC,CU AA,CC,UU 7 13 1 0.1 0.24 0.6 0.85 0.01 0.01 1.33 0.73 0.0 0.81
16S 8 152 169 A:C tHW 3°: base pair Strong C     0.6 3.0     1.8 89.9 1.8   0.6     0.6     1.8 168 AU,AC UA,AC,GG 2 5 1 0.29 0.14 0.0 0.14 0.04 0.04 1.73 1.32 0.01 0.91
16S 8 152 169 A:C tHW 3°: base pair Strong E 0.4     0.1   0.2 1.3 83.6 1.0 0.6 9.8   0.9   1.4 0.2 0.6 1021 AC,CC UG,AC,GA 16 6 0 0.0 0.07 0.0 0.07 0.01 0.01 1.26 1.66 0.0 0.96
16S 8 152 169 A:C tHW 3°: base pair Strong M     0.1   0.1 0.1 0.2   0.2               99.2 832   GU,UG,AA 1 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 -0.13 -0.07 0.0 0.0
16S 11 245 283 U:U cWW 3°: base pair Strong T     0.1 0.1 0.2     0.1     42.1 0.1     0.2 56.3 0.5 7222 CC,UU CC,UU 46 39 29 0.68 0.98 0.99 1.97 0.0 0.0 0.93 0.94 0.0 0.84
16S 11 245 283 U:U cWW 3°: base pair Strong 3                     38.0 0.1     0.1 61.5   6230 CC,UU CC,UU 29 31 26 0.87 0.99 1.0 1.99 0.0 0.0 1.03 1.02 0.0 0.87
16S 11 245 283 U:U cWW 3°: base pair Strong B                     25.2 0.1     0.1 74.3   4985 CC,UU CC,UU 24 24 21 0.88 0.98 1.0 1.98 0.0 0.0 1.17 1.16 0.0 0.85
16S 11 245 283 U:U cWW 3°: base pair Strong A                     44.3       0.5 55.2   221 CC,UU CC,UU 2 3 2 0.8 0.99 0.99 1.99 0.0 0.0 1.01 1.01 0.0 0.84
16S 11 245 283 U:U cWW 3°: base pair Strong C           0.6           0.6       98.8   170 UU   1 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 1.95 1.95 0.0 0.93
16S 11 245 283 U:U cWW 3°: base pair Strong E               0.1   0.1 99.2         0.6   1024 CC CC,UU 3 4 3 0.86 0.75 1.0 1.75 0.0 0.0 1.94 1.94 0.0 0.97
16S 11 245 283 U:U cWW 3°: base pair Strong M 0.1   0.4 0.2 2.0 0.1 0.1 1.0     81.2       1.3 8.1 5.4 830 GU,CC,UU AA,CC,UU 16 8 3 0.25 0.61 0.94 1.56 0.01 0.03 0.91 1.06 0.0 0.68
16S 13 321 332 A:G cWW 3°: base pair Strong T   14.2 1.5 0.1     0.1 0.1 71.5   0.1       0.3   12.0 7470 CG,AG UA,AG,CC 20 18 4 0.21 0.1 0.0 0.1 0.18 0.18 0.54 1.06 0.0 0.77
16S 13 321 332 A:G cWW 3°: base pair Strong 3   16.7 1.5       0.1 0.1 81.2   0.1           0.1 6318 CG,AG UA,AG,CC 14 12 3 0.23 0.09 0.0 0.09 0.18 0.18 1.23 1.84 0.0 0.88
16S 13 321 332 A:G cWW 3°: base pair Strong B   0.1         0.1 0.1 99.3               0.1 5065 AG   7 6 0 0.0 0.04 0.0 0.04 0.0 0.0 1.97 1.95 0.0 0.86
16S 13 321 332 A:G cWW 3°: base pair Strong A   12.7 42.1           43.0   2.2             228 CG,UA,AG,CC UA,AG,CC 5 4 3 0.67 0.78 0.87 1.65 0.55 0.55 0.54 0.89 0.0 0.86
16S 13 321 332 A:G cWW 3°: base pair Strong C             1.2   98.8                 166 AG   0 2 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 2.0 1.91 0.0 0.91
16S 13 321 332 A:G cWW 3°: base pair Strong E   99.7               0.2       0.1       1025 CG   2 2 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 1.99 1.98 0.0 0.97
16S 13 321 332 A:G cWW 3°: base pair Strong M   0.1 1.9 0.5 0.2 0.1 0.1 0.1 4.5           2.4   90.0 994 AG,UC GU,AG,UC 6 4 1 0.2 0.03 0.0 0.03 0.03 0.03 -0.39 -0.44 0.0 0.0
16S 15 367 393 U:A cWW 3°: base pair Strong T 0.6 2.7 95.7 0.1   0.4       0.1           0.1 0.2 7180 CG,UA GC,CG,UA,AU 17 26 14 0.65 0.85 0.99 1.84 0.99 1.0 1.72 1.7 0.0 0.84
16S 15 367 393 U:A cWW 3°: base pair Strong 3 0.7 3.1 95.4 0.1   0.3       0.1             0.1 6193 CG,UA GC,CG,UA,AU 11 12 10 0.87 0.9 0.99 1.89 0.99 1.0 1.7 1.7 0.0 0.86
16S 15 367 393 U:A cWW 3°: base pair Strong B 0.4   99.2 0.2           0.1               4947 UA GC,UA,AU 7 5 6 1.0 0.75 1.0 1.75 1.0 1.0 1.93 1.94 0.0 0.84
16S 15 367 393 U:A cWW 3°: base pair Strong A 10.9 84.3 2.2               0.4           2.2 229 GC,CG,UA GC,CG,UA 3 4 3 0.86 0.97 1.0 1.96 1.0 1.0 1.17 1.35 0.02 0.85
16S 15 367 393 U:A cWW 3°: base pair Strong C     98.2     1.8                       165 UA   0 3 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.98 1.0 2.0 1.87 0.0 0.91
16S 15 367 393 U:A cWW 3°: base pair Strong E 0.1 0.1 98.0     1.8                       1017 UA GC,CG,UA 1 3 1 0.5 0.1 0.0 0.1 0.98 1.0 1.98 1.85 0.0 0.96
16S 15 367 393 U:A cWW 3°: base pair Strong M   0.2 97.5   0.1 0.8               0.1   0.5 0.6 830 UA CG,UA,GU 6 11 4 0.47 0.2 0.0 0.2 0.98 0.99 1.9 1.78 0.0 0.71
16S 17 438 496 U:A tWH 3°: base pair Strong T     53.9     0.2 1.5   0.3       1.5 16.2   0.2 25.9 6924 UA,GG UA,GG 44 43 17 0.39 0.81 0.95 1.76 0.73 0.73 -0.04 0.06 0.01 0.6
16S 17 438 496 U:A tWH 3°: base pair Strong 3     59.6     0.2 1.5   0.4       1.7 18.9 0.1 0.2 17.5 5934 UA,GG UA,GG 38 36 17 0.46 0.82 0.95 1.77 0.72 0.72 0.2 0.31 0.0 0.68
16S 17 438 496 U:A tWH 3°: base pair Strong B     71.9     0.2 1.9   0.5       2.2 22.9 0.1 0.2   4678 UA,GA,GG UA,GG 34 32 14 0.42 0.82 0.95 1.77 0.72 0.72 1.03 1.17 0.0 0.8
16S 17 438 496 U:A tWH 3°: base pair Strong A     77.0     0.4       0.4       21.7     0.4 226 UA,GG UA,GG 4 4 4 1.0 0.96 0.99 1.95 0.77 0.78 1.16 1.19 0.0 0.85
16S 17 438 496 U:A tWH 3°: base pair Strong C     98.8     0.6             0.6         163 UA   1 1 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.99 0.99 1.95 1.95 0.0 0.9
16S 17 438 496 U:A tWH 3°: base pair Strong E                                 100.0 1030     0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 -0.04 0.0 0.0
16S 17 438 496 U:A tWH 3°: base pair Strong M     4.3 0.1     1.7           0.4     0.2 93.3 835 UA UA,AU 5 6 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.04 0.04 -0.31 -0.42 0.0 0.0
16S 17 440 497 C:G cWW 3°: base pair Strong T 0.3 35.2 10.6 2.7   2.0 0.6   0.1 0.5 0.4 0.1 0.7 0.1 0.3 19.5 26.9 6937 CG,UA,AU,UG,UU CG,GA,UU 98 101 46 0.46 0.54 0.76 1.29 0.67 0.7 -0.34 -0.49 0.0 0.59
16S 17 440 497 C:G cWW 3°: base pair Strong 3 0.4 40.6 12.2 3.1   2.2 0.5   0.1 0.6 0.5 0.1 0.7 0.1 0.3 20.2 18.7 5948 CG,UA,AU,UG,UU CG,GA,UU 83 89 40 0.47 0.51 0.76 1.27 0.69 0.72 -0.12 -0.3 0.01 0.67
16S 17 440 497 C:G cWW 3°: base pair Strong B 0.4 51.4 15.3 3.9   2.8 0.6   0.1 0.5 0.1 0.1 0.9 0.1 0.1 22.0 1.6 4693 CG,UA,AU,UG,UU CG,GA,UU 79 82 38 0.47 0.49 0.76 1.24 0.72 0.75 0.63 0.41 0.01 0.79
16S 17 440 497 C:G cWW 3°: base pair Strong A     4.0     0.4 0.4     4.4 11.1       5.8 73.8   225 UA,CA,CC,UC,UU AA,CC,UU 4 7 2 0.36 0.44 0.85 1.29 0.04 0.04 1.3 0.9 0.0 0.85
16S 17 440 497 C:G cWW 3°: base pair Strong C   0.6 2.5 0.6                       95.7 0.6 162 UA,UU CG,UU 4 3 1 0.29 0.17 0.0 0.17 0.04 0.04 1.85 1.71 0.01 0.89
16S 17 440 497 C:G cWW 3°: base pair Strong E                                 100.0 1030     0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 -0.05 0.0 0.0
16S 17 440 497 C:G cWW 3°: base pair Strong M   3.2 0.7 0.2 0.1 0.5 1.3   0.2     0.1 0.4 0.1 0.1 0.1 92.8 835 CG CG,GU,AA,UC 11 9 5 0.5 0.02 0.0 0.02 0.04 0.05 -0.36 -0.47 0.0 0.0
16S 17 441 493 A:A cWW 3°: base pair Strong T 10.1 6.6 0.7 6.1 2.5 2.0 28.3 1.7 0.9 0.3   0.1 12.4 1.2 0.1 0.1 26.7 6927 GC,CG,AU,GU,UG,AA,GA GC,CG,AA,UU 181 167 71 0.41 0.38 0.62 0.99 0.32 0.38 -0.49 -0.57 0.01 0.6
16S 17 441 493 A:A cWW 3°: base pair Strong 3 11.6 5.9 0.5 6.9 2.8 2.3 32.9 1.9 0.9 0.3   0.1 14.3 1.1 0.1   18.2 5937 GC,CG,AU,GU,UG,AA,GA GC,CG,AA 155 138 60 0.41 0.36 0.62 0.98 0.3 0.37 -0.24 -0.36 0.01 0.68
16S 17 441 493 A:A cWW 3°: base pair Strong B 14.1 4.2 0.6 8.8 3.5 2.9 41.7 2.4 1.0       18.0 1.4 0.1   1.1 4684 GC,CG,AU,GU,UG,AA,AC,GA GC,CG,AA 144 123 54 0.4 0.32 0.61 0.93 0.28 0.34 0.54 0.4 0.01 0.79
16S 17 441 493 A:A cWW 3°: base pair Strong A 13.0 69.1 0.9   1.8 0.4 1.3 0.9 3.6 6.3   0.4 1.3   0.9     223 GC,CG,AG,CA GC,CG,AA 11 15 6 0.46 0.46 0.83 1.3 0.83 0.85 0.88 0.79 0.0 0.84
16S 17 441 493 A:A cWW 3°: base pair Strong C 3.1 67.5 11.0 4.3 1.2   0.6   4.3 4.9     2.5       0.6 163 GC,CG,UA,AU,AG,CA,GA GC,CG,UA,AU 19 17 9 0.5 0.58 0.86 1.44 0.86 0.88 0.72 0.76 0.01 0.89
16S 17 441 493 A:A cWW 3°: base pair Strong E                                 100.0 1030     0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 -0.04 0.0 0.0
16S 17 441 493 A:A cWW 3°: base pair Strong M 0.4   0.5 0.2 0.4   0.5   0.2     0.1 1.0 2.2 0.1 1.0 93.6 835 GG AA,GG,UU 7 12 2 0.21 0.01 0.0 0.01 0.01 0.01 -0.32 -0.44 0.0 0.0
16S 17 450 483 G:C cWW 3°: base pair Strong T 66.4 0.7 1.8 0.9   0.2 0.2 0.1     0.1   0.1 0.1 0.1   29.2 7036 GC GC,CG,UA,AU 42 39 31 0.77 0.79 0.99 1.78 0.99 0.99 0.26 0.26 0.0 0.58
16S 17 450 483 G:C cWW 3°: base pair Strong 3 74.3 0.9 2.0 1.0   0.2   0.1     0.1   0.1 0.1     21.1 6047 GC,UA GC,CG,UA,AU 31 30 26 0.85 0.85 0.99 1.84 0.99 0.99 0.53 0.53 0.0 0.66
16S 17 450 483 G:C cWW 3°: base pair Strong B 94.0 1.1 2.6 1.3   0.2   0.1     0.1   0.1 0.1     0.2 4780 GC,UA GC,CG,UA,AU 31 30 26 0.85 0.85 0.99 1.84 0.99 0.99 1.59 1.59 0.0 0.81
16S 17 450 483 G:C cWW 3°: base pair Strong A                                 100.0 237     0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
16S 17 450 483 G:C cWW 3°: base pair Strong C 93.2   0.6 1.9       1.2             2.5   0.6 162 GC,UC GC,UA,AU 4 3 1 0.29 0.4 0.96 1.36 0.96 0.96 1.54 1.78 0.01 0.89
16S 17 450 483 G:C cWW 3°: base pair Strong E                                 100.0 1030     0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
16S 17 450 483 G:C cWW 3°: base pair Strong M 3.4   0.4 0.1 0.1   1.2         0.2 0.1   0.2 0.1 94.1 835 GC GC,AA,CU 7 6 4 0.61 0.01 0.0 0.01 0.04 0.04 -0.31 -0.3 0.0 0.0
16S 19.1 575 880 G:C cWW 3°: base pair Strong T 81.5   0.1 16.1 0.6   0.1 0.7     0.1     0.1 0.2   0.4 6647 GC,AU GC,UA,AU 43 49 23 0.5 0.89 0.98 1.87 0.98 0.99 1.29 1.26 0.0 0.78
16S 19.1 575 880 G:C cWW 3°: base pair Strong 3 81.0     17.7 0.7     0.1           0.1     0.3 5604 GC,AU GC,AU 13 15 8 0.57 0.94 0.99 1.93 0.99 1.0 1.31 1.27 0.0 0.78
16S 19.1 575 880 G:C cWW 3°: base pair Strong B 98.6     0.4 0.2     0.1           0.2     0.4 4383 GC GC,AU 6 9 3 0.4 0.44 0.99 1.44 0.99 1.0 1.91 1.88 0.0 0.74
16S 19.1 575 880 G:C cWW 3°: base pair Strong A 97.2     2.8                           216 GC,AU GC,AU 2 2 2 1.0 1.0 1.0 2.0 1.0 1.0 1.81 1.82 0.0 0.82
16S 19.1 575 880 G:C cWW 3°: base pair Strong C 98.8     1.2                           162 GC GC,AU 2 2 2 1.0 1.0 1.0 2.0 1.0 1.0 1.91 1.91 0.0 0.89
16S 19.1 575 880 G:C cWW 3°: base pair Strong E 0.6   0.1 96.0 3.0   0.1 0.1 0.1                 1005 AU,GU GC,UA,AU 5 4 3 0.67 0.17 0.0 0.17 0.97 1.0 1.77 1.91 0.0 0.95
16S 19.1 575 880 G:C cWW 3°: base pair Strong M 81.3 0.2 0.3 8.9 0.5 0.1 1.2 4.6 0.1   0.2 0.1 0.1 0.1 1.7   0.4 887 GC,AU,AC GC,CG,UA,AU 28 32 13 0.43 0.52 0.91 1.43 0.91 0.92 1.16 1.26 0.0 0.76
16S 20 582 758 C:C No BP 3°: base pair Strong T 0.1 7.6 7.8 0.1   52.0 0.9 0.2 0.1 0.5 10.5 0.5   0.1 15.3 0.3 3.9 6988 CG,UA,UG,CC,UC UG,AA,CC 95 111 26 0.25 0.26 0.66 0.92 0.16 0.7 0.79 0.52 0.03 0.79
16S 20 582 758 C:C No BP 3°: base pair Strong 3 0.1 8.9 2.3     57.7   0.1   0.1 12.3 0.6     17.5 0.3   5946 CG,UA,UG,CC,UC UG,CC 56 55 17 0.31 0.29 0.7 0.99 0.11 0.69 1.2 0.89 0.0 0.83
16S 20 582 758 C:C No BP 3°: base pair Strong B 0.1 11.2 2.6     68.4   0.1   0.2 15.6 0.8     0.6 0.3   4697 CG,UA,UG,CC UG,CC 54 47 17 0.34 0.5 0.84 1.34 0.14 0.82 1.11 1.08 0.0 0.8
16S 20 582 758 C:C No BP 3°: base pair Strong A     1.8     94.9                 3.2     217 UG,UC   0 4 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.02 0.97 2.0 1.52 0.0 0.82
16S 20 582 758 C:C No BP 3°: base pair Strong C   0.6 3.0 1.2   73.8   0.6 0.6   1.8     1.2 15.9 1.2   164 UA,UG,UC AU,UG,CC 8 17 4 0.32 0.12 0.0 0.12 0.05 0.79 1.55 0.98 0.0 0.9
16S 20 582 758 C:C No BP 3°: base pair Strong E 0.3   0.9     1.2   0.2             97.4   0.1 1032 UC   2 4 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.02 1.95 1.82 0.0 0.98
16S 20 582 758 C:C No BP 3°: base pair Strong M 0.1 0.3 45.6 0.7 0.2 9.1 7.2 1.1 0.7 3.2 0.1     0.1 0.5 0.1 31.0 886 UA,UG,AA,CA CG,UA,GU,AC 31 39 5 0.14 0.07 0.0 0.07 0.68 0.81 -0.31 0.37 0.2 0.53
16S 21 611 629 C:A cWW 3°: base pair Strong T 0.3 14.6 3.4 1.6 2.1 3.1 2.5 0.3 2.6 34.3 1.3 1.2 1.3 0.6 0.6 0.5 29.5 7041 CG,UA,GU,UG,AA,AG,CA GU,UG,AC,CA 160 150 30 0.19 0.15 0.0 0.15 0.28 0.36 -0.33 -0.46 0.0 0.58
16S 21 611 629 C:A cWW 3°: base pair Strong 3 0.4 17.5 4.0 1.7 2.5 3.4 2.3 0.4 2.6 40.1 1.5 1.4 1.4 0.8 0.7 0.6 18.8 5858 CG,UA,GU,UG,AA,AG,CA GU,UG,AC,CA 140 130 26 0.19 0.15 0.0 0.15 0.29 0.36 -0.03 -0.21 0.0 0.66

Next page

Advanced export

JSON shape: default, array, newline-delimited

CSV options: 

CREATE VIEW basepair_combined as
select f.molecule, f.helix_number, f.position_1, f.position_2,
       f.reference_base_pair, f.conformation, f.tertiary_type, f.strength, f.group_code,
       f.GC, f.CG, f.UA, f.AU, f.GU, f.UG, f.AA, f.AC, f.AG, f.CA, f.CC, f.CU, f.GA, f.GG, f.UC, f.UU, f.gap, f.Seq as sequences,
       f.predominant_types, f.covarying_types,
       s.Xch, s.Ych, s.PE, s.PES, s.Cov1, s.Cov3, s."C1+C3" as C1_C3,
       s.WC, s.WCGU, s.XCons, s.YCons, s.DfDel, s.PNuc
from basepair_frequency f
left join basepair_collective_score s
  on s.molecule = f.molecule and s.position_1 = f.position_1
 and s.position_2 = f.position_2 and s.group_code = f.group_code;