Base-pair statistics (frequencies and scores together) (view)

predominant_types
Base-pair types shown in bold in the published table (most frequent).
covarying_types
Base-pair types marked * in the published table (involved in a covariation).
sequences
Number of sequences in the group.

329 rows where molecule = "16S" and strength = "Weak" sorted by position_1

✎ View and edit SQL

This data as json, CSV (advanced)

Suggested facets: helix_number, reference_base_pair, AC, AG, CC, CU, GG, UC, PE, DfDel

group_code 7

  • 3 47
  • A 47
  • B 47
  • C 47
  • E 47
  • M 47
  • T 47

conformation 4

tertiary_type 2

strength 1

  • Weak · 329 ✖

molecule 1

  • 16S · 329 ✖
molecule helix_number position_1 ▼ position_2 reference_base_pair conformation tertiary_type strength group_code GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap sequences predominant_types covarying_types Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1_C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc
16S 1 13 21 U:G No BP   Weak T   0.1 8.8 0.1   88.5 0.1   1.5 0.1     0.1 0.1   0.3 0.5 3890 UA,UG UG,AA 14 68 3 0.07 0.02 0.0 0.02 0.09 0.98 1.8 1.5 0.0 0.46
16S 1 13 21 U:G No BP   Weak 3   0.1 0.2     99.0     0.1         0.1   0.1 0.4 3097 UG   4 7 1 0.18 0.05 0.0 0.05 0.0 1.0 1.93 1.91 0.0 0.43
16S 1 13 21 U:G No BP   Weak B     0.2     98.9     0.2         0.1   0.1 0.1 2128 UG   4 6 1 0.2 0.05 0.0 0.05 0.0 0.99 1.94 1.89 0.0 0.36
16S 1 13 21 U:G No BP   Weak A           100.0                       154 UG   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 2.0 2.0 0.0 0.58
16S 1 13 21 U:G No BP   Weak C     0.8     94.4                   4.8   126 UG,UU   0 2 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.95 2.0 1.66 0.0 0.69
16S 1 13 21 U:G No BP   Weak E   0.1 0.1     98.9                     0.8 815 UG   0 1 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.9 1.97 0.01 0.77
16S 1 13 21 U:G No BP   Weak M     50.2 0.1   38.6 0.4   8.1 0.7     0.4 0.1   0.6 0.6 669 UA,UG,AG UA,AG 10 59 2 0.06 0.16 0.0 0.16 0.51 0.9 1.4 0.89 0.0 0.57
16S 3 35 549 G:C cWW   Weak T 82.3 0.1 0.3 4.1 10.8     1.2   0.1 0.3   0.1   0.2 0.1 0.3 5420 GC,AU,GU GC,CG,UA,AU 75 71 20 0.27 0.26 0.87 1.13 0.87 0.98 1.57 1.35 0.0 0.63
16S 3 35 549 G:C cWW   Weak 3 93.4 0.1     5.3     0.2     0.3   0.1   0.2   0.4 4555 GC,GU GC,CG 14 10 4 0.33 0.03 0.0 0.03 0.94 0.99 1.89 1.68 0.0 0.63
16S 3 35 549 G:C cWW   Weak B 98.8 0.1     0.1     0.2     0.4       0.1   0.2 3467 GC GC,CG 10 2 2 0.33 0.11 0.0 0.11 0.99 0.99 1.91 1.94 0.0 0.59
16S 3 35 549 G:C cWW   Weak A 3.8 1.1     94.0             0.5         0.5 184 GC,GU CG,GU 2 3 1 0.4 0.2 0.0 0.2 0.05 0.99 1.89 1.65 0.0 0.69
16S 3 35 549 G:C cWW   Weak C 86.8       13.2                         136 GC,GU   0 6 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.87 1.0 2.0 1.43 0.0 0.75
16S 3 35 549 G:C cWW   Weak E 90.8     0.1 7.1           0.1   0.2   0.3 0.2 1.1 904 GC,GU GC,UU 2 5 1 0.29 0.03 0.0 0.03 0.92 0.99 1.84 1.58 0.01 0.85
16S 3 35 549 G:C cWW   Weak M 12.1 0.4 1.8 31.0 44.2   0.3 8.2   0.4 0.1     0.1 0.5 0.5 0.3 733 GC,AU,GU,AC CG,UA,GU,AC 61 55 16 0.28 0.19 0.0 0.19 0.45 0.9 0.77 1.11 0.0 0.63
16S 3 37 547 U:A tWS   Weak T     97.5 0.1   0.7 0.2     0.9     0.2   0.1 0.1 0.3 5551 UA UA,AU 34 24 5 0.17 0.06 0.0 0.06 0.98 0.99 1.85 1.89 0.0 0.65
16S 3 37 547 U:A tWS   Weak 3     98.6     0.7 0.1     0.2     0.1     0.1 0.2 4665 UA   4 9 0 0.0 0.02 0.0 0.02 0.99 1.0 1.93 1.92 0.0 0.65
16S 3 37 547 U:A tWS   Weak B     98.7     0.7 0.1     0.2     0.1     0.1 0.1 3570 UA   4 5 0 0.0 0.02 0.0 0.02 0.99 0.99 1.94 1.91 0.0 0.61
16S 3 37 547 U:A tWS   Weak A     100.0                             183 UA   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 2.0 2.0 0.0 0.69
16S 3 37 547 U:A tWS   Weak C     96.7       1.3     0.7     0.7       0.7 152 UA   3 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.97 0.97 1.79 1.94 0.01 0.83
16S 3 37 547 U:A tWS   Weak E     98.0     0.8       0.1         0.1 0.1 0.9 912 UA   0 4 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.99 1.0 1.9 1.91 0.01 0.86
16S 3 37 547 U:A tWS   Weak M 0.1 0.1 90.8 0.5   0.5 0.5   0.3 5.3   0.1 0.5   0.1 0.4 0.5 738 UA,CA GC,CG,UA,AU 27 15 5 0.24 0.09 0.0 0.09 0.92 0.93 1.48 1.78 0.0 0.63
16S 4 39 403 G:C cWW   Weak T 67.3 0.2 13.1 1.2 1.0 0.2 0.3 0.3   0.6 0.3 0.1 14.2 0.1 0.3 0.6 0.5 5839 GC,UA,GA GC,CG,UA,AU 95 98 28 0.29 0.45 0.82 1.27 0.82 0.83 1.17 0.93 0.0 0.68
16S 4 39 403 G:C cWW   Weak 3 75.2   5.4 0.4 1.1   0.1 0.2     0.2   16.7 0.1 0.3   0.3 4942 GC,UA,GA GC,UA,AU 24 35 6 0.2 0.24 0.81 1.05 0.81 0.82 1.57 1.12 0.0 0.69
16S 4 39 403 G:C cWW   Weak B 96.4   1.0 0.5 1.0     0.2     0.2   0.1 0.1 0.3   0.1 3830 GC GC,UA,AU 18 24 5 0.24 0.44 0.98 1.42 0.98 0.99 1.8 1.75 0.0 0.65
16S 4 39 403 G:C cWW   Weak A     99.0     1.0                       193 UA   0 1 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.99 1.0 2.0 1.93 0.0 0.73
16S 4 39 403 G:C cWW   Weak C 98.1     0.6 0.6                   0.6     154 GC GC,AU 1 3 1 0.5 0.33 0.99 1.32 0.99 0.99 1.89 1.81 0.0 0.85
16S 4 39 403 G:C cWW   Weak E 2.4   4.0   1.5   0.8 0.4   0.1 0.1   89.7       1.0 919 GC,UA,GA AC,GA 6 10 1 0.12 0.05 0.0 0.05 0.07 0.08 1.54 1.69 0.01 0.86
16S 4 39 403 G:C cWW   Weak M 8.0 1.3 67.2 6.3 0.8 1.1 1.1 0.4 0.1 4.6 0.8 0.8 0.1 0.1 0.7 5.5 1.1 747 GC,UA,AU,CA,UU GC,CG,UA,AU 70 60 21 0.32 0.49 0.84 1.33 0.84 0.86 0.76 0.62 0.0 0.64
16S 5 54 357 C:G cWW   Weak T   99.0 0.3     0.3     0.1 0.1               6225 CG CG,UA 12 6 2 0.22 0.29 0.99 1.28 0.99 1.0 1.92 1.94 0.0 0.73
16S 5 54 357 C:G cWW   Weak 3   99.3 0.3     0.1     0.1 0.1               5285 CG CG,UA 6 2 1 0.25 0.41 1.0 1.4 1.0 1.0 1.94 1.94 0.0 0.74
16S 5 54 357 C:G cWW   Weak B   99.3 0.4     0.1     0.1                 4138 CG CG,UA 5 2 1 0.29 0.52 1.0 1.51 1.0 1.0 1.94 1.94 0.0 0.71
16S 5 54 357 C:G cWW   Weak A   97.5               2.5               201 CG,CA   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.97 0.97 2.0 1.85 0.0 0.76
16S 5 54 357 C:G cWW   Weak C   100.0                               158 CG   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 2.0 2.0 0.0 0.87
16S 5 54 357 C:G cWW   Weak E   99.6       0.2           0.1         0.1 946 CG   1 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 1.96 1.98 0.0 0.9
16S 5 54 357 C:G cWW   Weak M   96.6 0.1     2.1 0.1   0.3     0.1         0.6 791 CG,UG CG,AA 6 4 1 0.2 0.04 0.0 0.04 0.97 0.99 1.74 1.91 0.0 0.68
16S 5 56 356 U:A cWW   Weak T     99.5             0.1     0.1       0.2 6225 UA   4 4 1 0.25 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 1.96 1.97 0.0 0.73
16S 5 56 356 U:A cWW   Weak 3     99.6                   0.1     0.1 0.1 5283 UA   2 2 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 1.98 1.98 0.0 0.73
16S 5 56 356 U:A cWW   Weak B     99.8                   0.1     0.1   4124 UA   1 1 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 1.98 1.99 0.0 0.7
16S 5 56 356 U:A cWW   Weak A     97.5                           2.5 201 UA   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 2.0 1.8 0.02 0.74
16S 5 56 356 U:A cWW   Weak C     100.0                             158 UA   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 2.0 2.0 0.0 0.87
16S 5 56 356 U:A cWW   Weak E     99.5       0.2           0.1   0.1   0.1 958 UA   1 1 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 1.95 1.99 0.0 0.91
16S 5 56 356 U:A cWW   Weak M     98.6     0.3       0.5             0.6 793 UA   2 2 1 0.5 0.0 0.0 0.0 0.99 0.99 1.89 1.91 0.0 0.68
16S 5 58 354 C:G cWW   Weak T 0.6 98.2       0.3     0.1 0.1 0.2     0.1     0.3 6357 CG GC,CG 16 11 3 0.22 0.46 0.99 1.45 0.99 0.99 1.87 1.88 0.0 0.74
16S 5 58 354 C:G cWW   Weak 3 0.7 98.5       0.1     0.1 0.1 0.2     0.1     0.2 5381 CG GC,CG 9 6 2 0.27 0.54 0.99 1.54 0.99 0.99 1.9 1.89 0.0 0.75
16S 5 58 354 C:G cWW   Weak B   99.3       0.1     0.1 0.1 0.2     0.1     0.1 4221 CG   5 3 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.99 0.99 1.96 1.94 0.0 0.72
16S 5 58 354 C:G cWW   Weak A 19.0 76.5       0.5         1.5           2.5 200 GC,CG GC,CG 4 3 2 0.57 0.91 0.98 1.88 0.98 0.98 1.24 1.11 0.02 0.74
16S 5 58 354 C:G cWW   Weak C   100.0                               158 CG   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 2.0 2.0 0.0 0.87
16S 5 58 354 C:G cWW   Weak E   99.6       0.1     0.1         0.1     0.1 960 CG   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 1.95 1.99 0.0 0.91
16S 5 58 354 C:G cWW   Weak M 0.4 96.1 0.2 0.2   1.6 0.1   0.4         0.1   0.2 0.6 827 CG GC,CG,UA,AU 7 5 1 0.17 0.26 0.98 1.24 0.98 0.99 1.69 1.82 0.0 0.71
16S 6 62 105 U:G cWW   Weak T 0.1 1.4 1.1 0.2   94.0 0.1 0.2 0.1 0.9 0.5     0.1 0.4 0.2 0.6 6551 UG UG,AC,CA 65 65 17 0.26 0.21 0.96 1.16 0.03 0.97 1.64 1.66 0.0 0.76
16S 6 62 105 U:G cWW   Weak 3   1.0 0.7     97.6               0.1 0.3 0.1 0.1 5571 UG   9 18 1 0.07 0.01 0.0 0.01 0.02 0.99 1.9 1.87 0.0 0.78
16S 6 62 105 U:G cWW   Weak B   0.4 0.2     98.6                 0.4 0.2 0.1 4404 UG   4 12 1 0.12 0.02 0.0 0.02 0.01 0.99 1.95 1.9 0.0 0.75
16S 6 62 105 U:G cWW   Weak A           100.0                       202 UG   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 2.0 2.0 0.0 0.77
16S 6 62 105 U:G cWW   Weak C           99.4                     0.6 162 UG   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 2.0 1.94 0.01 0.89
16S 6 62 105 U:G cWW   Weak E                                 100.0 965     5 6 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.72 -0.01 0.0 0.0
16S 6 62 105 U:G cWW   Weak M 1.0 4.7 4.0 1.3   68.2 0.5 1.8 1.0 6.8 3.9 0.1     0.8 1.0 4.7 827 CG,UA,UG,CA,CC UG,AC,CA 56 47 16 0.31 0.32 0.81 1.13 0.12 0.83 0.51 0.67 0.04 0.68
16S 6 68 101 G:A cWW 3°: base pair Weak T 3.1 0.3 13.9 0.7 0.3 0.3 0.2   0.1 0.2     68.8 0.4   0.2 11.6 6584 GC,UA,GA AU,UG,GA 39 50 15 0.34 0.05 0.0 0.05 0.2 0.21 0.52 0.9 0.01 0.68
16S 6 68 101 G:A cWW 3°: base pair Weak 3 3.4 0.3 16.3 0.7 0.2 0.3 0.2   0.1 0.3     77.1 0.4   0.2 0.6 5599 GC,UA,GA CG,AU,GA 27 32 7 0.24 0.04 0.0 0.04 0.21 0.21 1.18 1.55 0.0 0.78
16S 6 68 101 G:A cWW 3°: base pair Weak B 0.7   0.1   0.2 0.3 0.2     0.3     97.0 0.5     0.6 4427 GA UG,GA 15 18 1 0.06 0.13 0.0 0.13 0.01 0.01 1.86 1.76 0.0 0.75
16S 6 68 101 G:A cWW 3°: base pair Weak A 78.9     6.0 0.5 1.0             11.6 0.5     1.5 199 GC,AU,GA GC,AU,UG 4 8 3 0.5 0.36 0.87 1.23 0.86 0.88 1.45 0.91 0.0 0.74
16S 6 68 101 G:A cWW 3°: base pair Weak C 1.8   2.4 0.6 0.6               92.7 1.8       164 UA,GA AU,GA 4 5 1 0.22 0.08 0.0 0.08 0.05 0.06 1.78 1.65 0.0 0.9
16S 6 68 101 G:A cWW 3°: base pair Weak E   1.5 93.1 2.6   0.3 0.2   0.2 0.2   0.1 0.2 0.1   1.3 0.1 973 UA,AU CG,UA,AU 8 6 3 0.43 0.61 0.97 1.58 0.97 0.98 1.63 1.6 0.0 0.92
16S 6 68 101 G:A cWW 3°: base pair Weak M 1.2   0.4 0.7 1.2       0.1       6.9 0.1   0.1 89.2 830 GA AU,GA 8 13 7 0.67 0.01 0.0 0.01 0.02 0.04 -0.33 -0.42 0.0 0.0
16S 12 292 308 G:C cWW   Weak T 74.5     6.4 7.4     0.3         0.2   0.1 0.2 10.6 7204 GC,AU,GU GC,AU 24 16 6 0.3 0.43 0.91 1.34 0.91 0.99 0.81 0.72 0.02 0.76
16S 12 292 308 G:C cWW   Weak 3 82.8     7.4 8.6     0.3         0.3   0.1 0.3   6174 GC,AU,GU GC,AU 19 12 2 0.13 0.43 0.9 1.33 0.9 0.99 1.55 1.33 0.0 0.86
16S 12 292 308 G:C cWW   Weak B 99.2     0.2 0.1     0.1     0.1       0.2     4920 GC GC,AU 4 4 1 0.25 0.33 0.99 1.33 0.99 1.0 1.93 1.95 0.0 0.84
16S 12 292 308 G:C cWW   Weak A 100.0                                 229 GC   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 2.0 2.0 0.0 0.87
16S 12 292 308 G:C cWW   Weak C 99.4             0.6                   167 GC   1 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.99 0.99 1.95 2.0 0.0 0.92
16S 12 292 308 G:C cWW   Weak E 0.3     43.2 51.6   0.1 1.3 0.1     0.1 1.5     1.8 0.1 1025 AU,GU GU,AC 15 8 1 0.09 0.03 0.0 0.03 0.44 0.95 0.87 1.76 0.0 0.97
16S 12 292 308 G:C cWW   Weak M 9.6   0.2 0.6   0.2                     89.2 871 GC GC,UA,AU 4 4 4 1.0 0.01 0.0 0.01 0.1 0.11 -0.31 -0.37 0.0 0.0
16S 14 342 347 C:G cWW   Weak T 0.1 94.9 0.4 0.1   0.6     1.7         0.1   0.1 2.1 7119 CG GC,CG,UA,AU 44 14 8 0.28 0.17 0.0 0.17 0.97 0.98 1.59 1.82 0.01 0.82
16S 14 342 347 C:G cWW   Weak 3 0.1 98.2       0.3               0.1     1.3 6131 CG GC,CG 10 0 0 0.0 0.19 0.0 0.19 1.0 1.0 1.83 1.97 0.01 0.84
16S 14 342 347 C:G cWW   Weak B   98.1       0.4               0.1     1.4 4889 CG   8 0 0 0.0 0.04 0.0 0.04 0.99 1.0 1.82 1.97 0.01 0.82
16S 14 342 347 C:G cWW   Weak A 2.2 92.9       0.4                     4.5 224 GC,CG GC,CG 1 0 0 0.0 0.83 0.99 1.83 0.99 1.0 1.46 1.85 0.04 0.81
16S 14 342 347 C:G cWW   Weak C   93.3 1.2     4.2     0.6             0.6   165 CG,UG CG,UA 7 3 1 0.2 0.18 0.0 0.18 0.94 0.99 1.62 1.85 0.0 0.91
16S 14 342 347 C:G cWW   Weak E   100.0                               1018 CG   1 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 1.99 2.0 0.0 0.97
16S 14 342 347 C:G cWW   Weak M 0.2 69.7 2.8 0.5   1.7 0.4 0.1 14.1     0.1 0.1   0.1 0.4 9.8 831 CG,UA,AG GC,CG,UA,AU 27 11 7 0.37 0.17 0.0 0.17 0.81 0.83 0.51 1.02 0.02 0.65
16S 15 375 388 U:G No BP   Weak T   0.1 0.9     97.8     0.1         0.1 0.1 0.4 0.4 6852 UG   10 30 4 0.2 0.05 0.0 0.05 0.01 0.99 1.94 1.68 0.02 0.8
16S 15 375 388 U:G No BP   Weak 3   0.1 0.4     98.5     0.1           0.1 0.4 0.3 5867 UG   3 21 1 0.08 0.01 0.0 0.01 0.0 0.99 1.96 1.88 0.0 0.81
16S 15 375 388 U:G No BP   Weak B     0.3     98.8     0.1           0.2 0.5   4613 UG   2 17 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.99 1.97 1.89 0.0 0.79
16S 15 375 388 U:G No BP   Weak A     2.2     95.6                     2.2 228 UA,UG   0 3 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.02 1.0 1.81 1.85 0.02 0.84
16S 15 375 388 U:G No BP   Weak C     0.6     99.4                       164 UG   0 1 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 1.0 2.0 1.95 0.0 0.9
16S 15 375 388 U:G No BP   Weak E 0.1 0.2 0.1     98.0             0.1 0.2   0.1 1.3 1026 UG GC,UG 1 1 1 1.0 0.12 0.0 0.12 0.0 1.0 1.93 1.84 0.01 0.96
16S 15 375 388 U:G No BP   Weak M 0.2 0.4 5.1     92.9 0.4   0.1         0.2   0.1 0.6 829 UA,UG GC,UG,AA 7 8 3 0.4 0.09 0.0 0.09 0.06 0.99 1.82 0.84 0.11 0.71
16S 16 406 436 G:C cWW   Weak T 73.7   0.1 0.5 0.5                 0.1 0.1   24.9 7096 GC GC,UA,AU 30 18 5 0.21 0.47 0.99 1.46 0.99 1.0 0.58 0.59 0.01 0.63
16S 16 406 436 G:C cWW   Weak 3 82.4       0.4                 0.1 0.1   16.9 6109 GC   5 9 1 0.14 0.05 0.0 0.05 0.99 1.0 1.0 0.96 0.0 0.71
16S 16 406 436 G:C cWW   Weak B 99.1       0.5                 0.1 0.1   0.1 4861 GC   3 9 1 0.17 0.05 0.0 0.05 0.99 1.0 1.97 1.93 0.0 0.83
16S 16 406 436 G:C cWW   Weak A 97.7       0.5     0.5     0.5           1.0 218 GC   2 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.99 0.99 1.86 1.91 0.0 0.82
16S 16 406 436 G:C cWW   Weak C 98.1   0.6                   0.6     0.6   162 GC GC,UA 2 3 1 0.4 0.33 0.99 1.32 0.99 0.99 1.91 1.85 0.0 0.89
16S 16 406 436 G:C cWW   Weak E                                 100.0 1030     0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 -0.02 0.0 0.0 0.0
16S 16 406 436 G:C cWW   Weak M 4.4 0.2 0.4 4.6 1.2               0.2       88.9 833 GC,AU GC,CG,UA,AU 23 6 3 0.21 0.05 0.0 0.05 0.1 0.11 -0.75 -0.43 0.0 0.0
16S 16 416 427 G:U cWW   Weak T 12.5   0.4 0.8 56.1     0.7       0.1       1.4 27.8 7239 GC,GU UA,GU,AC 48 72 10 0.17 0.07 0.0 0.07 0.19 0.97 0.35 0.05 0.0 0.61
16S 16 416 427 G:U cWW   Weak 3 13.4     0.4 63.4     0.8       0.1       1.5 20.4 6249 GC,GU GU,AC 26 58 3 0.07 0.05 0.0 0.05 0.17 0.97 0.66 0.32 0.0 0.69
16S 16 416 427 G:U cWW   Weak B 16.8     0.5 79.5     1.0       0.1       1.8 0.1 4982 GC,GU GU,AC 26 58 3 0.07 0.05 0.0 0.05 0.17 0.97 1.73 1.3 0.0 0.85
16S 16 416 427 G:U cWW   Weak A                                 100.0 237     0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
16S 16 416 427 G:U cWW   Weak C 41.1     6.7 44.2 0.6   1.8               4.9 0.6 163 GC,AU,GU,UU GU,UG,AC 11 7 3 0.33 0.04 0.0 0.04 0.48 0.93 1.2 0.96 0.01 0.89
16S 16 416 427 G:U cWW   Weak E                                 100.0 1030     0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
16S 16 416 427 G:U cWW   Weak M 0.4 0.1 3.6 2.5 2.9 0.1 0.2   0.2     0.2         89.6 835 UA,AU,GU UA,GU,AG 11 7 4 0.44 0.03 0.0 0.03 0.07 0.1 -0.46 -0.42 0.0 0.0
16S 16 419 424 C:G cWW   Weak T 0.2 56.0 0.7 0.4   12.2 0.1   0.1               30.1 7217 CG,UG GC,CG,UA,AU 103 33 16 0.23 0.1 0.0 0.1 0.82 1.0 -0.04 0.46 0.02 0.59
16S 16 419 424 C:G cWW   Weak 3 0.3 62.3 0.4 0.2   13.8                     23.0 6225 CG,UG GC,CG,UA,AU 86 23 10 0.18 0.06 0.0 0.06 0.82 1.0 0.19 0.79 0.02 0.67

Next page

Advanced export

JSON shape: default, array, newline-delimited

CSV options: 

CREATE VIEW basepair_combined as
select f.molecule, f.helix_number, f.position_1, f.position_2,
       f.reference_base_pair, f.conformation, f.tertiary_type, f.strength, f.group_code,
       f.GC, f.CG, f.UA, f.AU, f.GU, f.UG, f.AA, f.AC, f.AG, f.CA, f.CC, f.CU, f.GA, f.GG, f.UC, f.UU, f.gap, f.Seq as sequences,
       f.predominant_types, f.covarying_types,
       s.Xch, s.Ych, s.PE, s.PES, s.Cov1, s.Cov3, s."C1+C3" as C1_C3,
       s.WC, s.WCGU, s.XCons, s.YCons, s.DfDel, s.PNuc
from basepair_frequency f
left join basepair_collective_score s
  on s.molecule = f.molecule and s.position_1 = f.position_1
 and s.position_2 = f.position_2 and s.group_code = f.group_code;